1LZ5A

Structural and functional analyses of the arg-gly-asp sequence introduced into human lysozyme
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVRGDSNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and functional analyses of the Arg-Gly-Asp sequence introduced into human lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords HUMAN LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Homo sapiens
total genus 50
structure length 134
sequence length 134
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-02-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lz5A00
2H5ZA 4NHIA 1LMNA 3TMWA 1GXV2 1EQEA 1LZBA 1LMCA 4FJRA 2MEAA 4HTQA 2BQAA 3TXBA 5LA5A 3WXUA 1LHIA 2B5ZA 2BQDA 4H8YA 1LJEA 1WQRA 4HJYA 4B4IA 5LYTA 1E8LA 1G7HC 154LA 3AJNA 1FN5A 4QGZA 2C8OA 3AZ6A 1IP5A 3B72A 4NG8A 1BHZA 1GWDA 1MELL 5FELA 1JHLA 3OJPA 4GN5C 4QY9A 1GEVA 1UIFA 1WQNA 4LFPA 4LT0A 5II3A 5KXKA 2H9KA 1TAYA 4GLAA 1JJ0A 3A67Y 1RFPA 4PGJB 4AXTA 1F10A 1Z55A 194LA 5LVJA 4BS7A 1GB3A 1XGRC 4A7DA 4WM6A 4DD0A 4CJ2A 1D0MA 5K7OA 1CKGA 1LZTA 1H6MA 4ETEA 2ZNWY 1A2YC 2Z19A 4UWUA 132LA 2ZYPA 1LSAA 1RJCB 1D0KA 1G7LC 1GE1A 5D5CA 3W6FA 2F2NA 1LJJA 5L9JA 3A8ZA 4OOTA 1NDGC 1W08A 3E3DA 1NDMC 2CGIA 3WMKA 1IOCA 1IP6A 2HECA 1LZYA 4H9IA 4O34A 1TBYA 4NHSA 5DLAA 3KAMA 1HFZA 3HBHA 3TMVA 1GE2A 1YAPA 4IATA 2ZIKA 4ET8A 2YBMA 2YBLA 5E4PA 5HMVA 2DQCY 6LYZA 1JKBA 2DQHY 3N9CA 1I1ZA 4PHIA 3TXFA 4DC4A 5B07A 4KXIA 4B0DA 4IASA 4FDYA 1HSWA 2XBSA 1PS5A 1LHKA 3WH1A 1OUFA 1GFHA 1WQMA 4HJZA 4XJHA 5KXNA 4HP0A 1UCOA 5E9RA 3W6BA 1GFRA 1LAAA 5F9XA 3WU8A 1IOSA 1GB7A 4TSBA 1HERA 3SP3A 2DQFC 3AW6A 3T36A 5HLLA 1OP9B 1CJ8A 4WM3A 5APCA 5KJ9A 3ZVQB 3QY4A 1GFKA 1CJ9A 1B7LA 1B0DA 1LHHA 4NHQA 1B2KA 4BAFA 2YSSC 5APFA 5HNCA 1DPWA 1IWTA 1YKXX 1GBYA 2YVBA 3WPJA 1UC0A 2HEBA 4NGJA 1B7RA 4PRUA 1IEEA 1IP4A 1C45A 1AT5A 4B4EA 4LGKA 1CJ7A 4Z3MA 2IFFY 1XEJA 1C7PA 4L41A 4P2EA 3WU9A 2XTHA 2ZIJA 2DQAA 1REMA 1LSPA 2D6BA 7LYZA 4XYYA 1CKCA 4II8A 1GFVA 1GDWA 5FHWA 1WTNA 4ANRA 2Z37A 3P4ZA 1LHMA 1KIRC 2Q0MX 5AMYA 1GE0A 4ML7A 4NSJA 1OUJA 2BQLA 1KXWA 2MEFA 3FI7A 4GCEA 5DL9A 1HEMA 2D91A 3WVXA 4LYTA 1B7QA 134LA 1DKJA 2I25L 4R6CA 5DM9A 3RT5X 2DBTA 1OUDA 4NEBA 4GCCA 2W1MA 1D0LA 3D9AC 4TTDA 4ETAA 2YDGA 1RI8B 1BB5A 4AGAA 3EXDA 5KXRA 1V7TA 5C6IA 1GE3A 5L3HA 1TDYA 4G49A 5APDA 1WVUA 4B1AA 2BQGA 1LJHA 2GV0A 1LSBA 3P65A 4PPOA 4WLDA 2BLXA 4XENA 2F4GA 2WARA 4LT1A 4NGIA 5APEA 3LYZA 3WUMA 4YF2A 1XEIA 4WO9A 1HEQA 4XJFA 1B9OA 1HMLA 2MEDA 2BQFA 4H9EA 2N5ZA 5KXZA 3WVYA 4CGEA 1IY3A 4WG7A 1JTTL 1T6VL 2LZ2A 5B1FA 2EKSC 5J7CA 4HPEA 3A92A 3GXRA 1C08C 2MEGA 5LVKA 2G4NA 1IP7A 1LHLA 1UA6Y 1B7SA 1B5XA 1XGTC 1FDLY 1LSCA 2BQMA 1WVVA 4H94A 4H90A 4N1EI 3VWOA 5KXWA 3RW8A 5FDJA 3AGIA 2VB1A 1LHJA 1FKVA 1HMKA 4H8XA 4OWHA 1D6QA 5LAGA 1VEDA 1BVKC 2FYDA 3TXIA 1LSFA 4HJVA 4HTKA 4PRQA 1C46A 1XGPC 3CT5A 4J1AA 1LJ4A 3LYMA 3W6AA 1IP2A 1UIEA 3N9EA 5HQ1A 1LJKA 1TEWA 4DDAA 1UIDA 3CT1A 1LYYA 1JITA 2YBJA 3OK0A 5B06A 1LPIA 1XGQC 4LT3A 4GN4A 1UIAA 1IC4Y 4OW1A 135LA 9LYZA 1FBIX 1F6SA 1KXYA 1GF5A 1LJGA 1AKIA 1GF4A 2XBRA 1F6RA 2YBIA 3AGHA 1YL1X 1I56A 3CB7A 1IR9A 4HV1A 3M3UA 3WULA 4XJDA 1AM7A 5JENB 1VDTA 1LZDA 1YAMA 4H9BA 5I54A 1IORA 1HEOA 3ATNA 3F6ZA 2HEFA 1LZ5A 1LKSA 2C8PA 3IJVA 1FLWA 3CSQA 1NBZC 6LYTA 1XEKA 2DQGY 4H91A 4H9CA 3TMXA 1HELA 1LJ3A 1LSZA 1ZVYB 4HPIA 3A3RX 3WU7A 4ZFPA 5LVIA 1MLCE 4QDNA 1GBZA 1GFUA 1HC0A 2CJLA 3J4GA 1LZGA 1LYSA 1BWJA 1IO5A 4NG1A 5KXOA 3WXTA 3ZEKA 4NIJA 1IWWA 4DD2A 5C6JA 1OUAA 2Z2FA 1ZMYL 1B5VA 4GCBA 4DD3A 3P64A 1UIHA 4WLXA 1YL0X 3A91A 1UIGA 1GPQC 1EQ5A 1WQQA 1LSNA 3G3BB 3TXHA 1G7IC 1C43A 2DKVA 4C3WA 4YOPA 5B05A 2G4PA 2HEDA 3A3QA 3BKHA 1LZNA 1YANA 3A96A 1EQ4A 4UWNA 2LHMA 1HEWA 1DI4A 1QTKA 1HENA 4M6DA 3B0OA 1INUA 1NKHA 2A7FA 2A7DA 2ZWBA 3HBDA 4NGOA 4QEQA 4WM5A 4WG1A 5DN5A 1CKFA 1GF7A 1JSFA 5F14A 5D5FA 1QUTA 3QNGA 4H92A 1JJ1A 1GDXA 1JPOA 1QTEA 4NWHA 4NGZA 1XGUC 4LFXA 4LYBA 4LYMA 1A4VA 4B4JA 5KXTA 2DQIY 1B7MA 4J1BA 3RZ4A 1B5UA 1G7JC 1OUIA 1V7SA 4BAPA 1LSEA 4ZEEA 3RNXA 2HTXA 4NHPA 1IOTA 2Z38A 4RLMA 133LA 1VDPA 5FEKA 3A6BY 1DI3A 3LZ2A 3A95A 1GEZA 1LMPA 1YKYX 4N9RA 1GB6A 4ETCA 1LSMA 2MECA 4H8ZA 1GBWA 1UACY 4N5RA 4NHTA 1VDSA 1BQLY 1GAZA 1JISA 3AYQA 1QSAA 2BQHA 4H9FA 5B59A 5B1GA 2X0AA 5HNLA 1BGIA 2FBBA 5EBHA 4OWCA 4WLYA 3AW7A 1NQIA 5L3IA 4OWBA 1DPXA 1NBYC 1B7OA 1JEFA 4YENA 5HMJA 1IWVA 5LXWA 3HFMY 4DD7A 1OUGA 2ZYCA 3B0KA 4CFOA 4I8SA 1WQOA 1DKKA 4EOFA 1CNSA 1IP3A 1TCYA 1GB2A 2MEEA 5KY1A 2NWDX 4RLNA 4NY5A 1D6PA 5KKIA 1IC5Y 1BWIA 1VATA 2D4IA 3LYTA 4X3BA 4J0LA 1GFTA 4B49A 4ZIXA 5C6LA 1LYZA 1I20A 5FSTA 1B5ZA 5A3ZA 3GXKA 1GF8A 1KIQC 2MEIA 3B6LA 3ATOA 4NWEA 1KIPC 5LAFA 4OWEA 2Z12A 2AUBA 2W1LA 3LHMA 4KL7A 1LZ9A 5LIOA 4HTNA 1DZBX 5KXPA 4LYZA 1HFXA 4TX7A 1BB3A 1IWXA 4HV2A 4W96A 1DI5A 3WW5A 4NGVA 4M4OA 2MEBA 5FCPA 3M18B 4NGWA 2DQDY 1EL1A 4MSTA 1IIZA 1XSFA 4TUNA 1LZRA 1JTOL 3WPKA 1HFYA 1GHLA 1LMOA 1LZ8A 4YEOA 3T6UA 1IWYA 1LJIA 3AZ7A 1GF3A 2IHLA 1FLUA 2LYMA 1IWZA 2HEAA 4C5FA 1GFJA 4LZTA 2XJWA 2D4JA 1LZ4A 3W6CA 1GBXA 2F4AA 4UWVA 1LMTA 3AZ4A 1QSWA 2CWIA 4NFVA 1REXA 3TXGA 4ET9A 1SLYA 3CSZA 5KXYA 4Z46A 3A6CY 1VDQA 1B5YA 1GF9A 1LMQA 1LZCA 1QUSA 3A34A 1BVXA 5A3EA 1GXXA 1LZSA 1GFAA 1GB0A 4MR1A 3WUNA 1FLQA 4WOAA 1LSDA 4MCKA 1AT6A 2BQJA 4G4CA 2W1XA 5F9UA 1CKDA 1QQYA 3FE0A 8LYZA 4E3UA 3WL2A 4GN3A 1YAQA 153LA 3TMUA 5LYMA 3AGGG 1DXJA 1LZAA 4HSFA 4TWSA 2HUBA 4N8ZA 4OOOA 1HEPA 1JUGA 2LYOA 1GBSA 1G7MC 3J6KA 1WQPA 4YM8A 1T3PA 3EBAB 3N9AA 2DQJY 1JTPL 4H9HA 4OWAA 4LYCA 4XJBA 4RW2A 3A93A 2YBNA 3W3EA 4DWXA 1OUCA 4DYGA 3A90A 3TXEA 1BWHA 2BQBA 1SQ2L 1JKDA 3EMSA 3WYHA 4LT2A 4XJGA 5T3FA 1FLYA 1B7NA 3D3DA 5F16A 4WO6A 1DQJC 1LZ1A 1LYOA 2DQEY 3LN2A 4H93A 1AZFA 4KPMA 3MGWA 4NGYA 1IP1A 4WMGA 3A94A 1ALCA 1IWUA 4ETBA 1IOQA 1C10A 2F30A 2Z18A 4G4BA 1FKQA 1RE2A 2G4QA 4DDBA 5IELA 193LA 1W6ZA 3ULRA 3IWRA 4KT3A 2LZTA 4NSGA 4D9ZA 5I4WA 5LYZA 2ZQ3A 2PC2A 4Z98A 3LZTA 4NGKA 1JSEA 5IDDA 2I26L 1HHLA 1GB5A 1LJNA 5IHGA 3WW6A 4LYOA 1QDRA 1QDTA 2BLYA 4NSIA 1J1XY 4G4HA 1J1PY 2BQEA 1JIYA 3IJUA 2HU3A 1RCMA 1OUBA 1YILA 3EO5A 1QIOA 1VFBC 4WL7A 4TSCA 4WM2A 5I4YA 1NWGA 1YAOA 3CQLA 3TXDA 1IVMA 1GBOA 1YKZX 5KXSA 1IC7Y 3AB6A 1HSXA 1YIKA 2H9JA 1LTMA 1JJ3A 4J7VA 3WUAA 4EMNA 1LJFA 3BKVA 5I5QA 1H87A 2Z2EA 4PJ2C 2HEEA 4H1PA 1O23A 1ZVHL 1OUHA 2BQIA 5KXXA 208LA 5I53A 1LSGA 5KXMA 1ZV5L 1HF4A 1GF0A 1GAYA 1BB4A 5M1YA 4WL6A 3TXJA 3WPLA 3RU5A 1IR8A 2EPEA 1IX0A 4I0CA 4IJ4A 5F81A 1F0WA 1GB8A 1LZ6A 2EIZC 5I4XA 2D4KA 5LINA 5LVHA 2CDSA 3CT0A 1GFGA 1PZYA 1YROA 4DD9A 2BPUA 1OQMA 1KXXA 4RDSA 3K3TA 4ETDA 2BAAA 5ILCA 2FBDA 2YBHA 2W1YA 3LYOA 3CSRA 3P68A 5DN4A 1LSYA 2Y8PA 5ILFA 4Z41A 1IR7A 4XN6A 1LCNA 1P2CC 4GLVA 2BQKA 3G3AB 1BB6A 1NMMA 2ZQ4A 1WTMA 4RW1A 3ZVQA 4DDCA 4U3XB 2BQOA 1LMAA 1J1OY 1GD6A 3W6EA 3QE8A 4WM4A 1B7PA 4WLTA 2Z39A 1UIBA 4GCDA 5LA8A 1CJ6A 5KXLA 4N0JA 1GF6A 4CHXA 4DT3A 1CKHA 1D9UA 1GE4A 1NF5A 1UBZA 2HU1A 2MEHA 1YQVY 4BADA 1UUZC 1N4FA 1JKAA 1VAUA 2ZNXY 3B0IA 2RSCA 2I6ZA 4DD1A 1OUEA 4CFPA 2BQNA 4WM1A 1HNLA 4GCFA 3AZ5A 3HBEX 3TXKA 1JKCA 1BB7A 4XJIA 1IY4A 1LOZA 4G9SA 4YEMA 1REZA 4N1CC 2LYZA 4NSHA 4R0FA 1LZEA 4XADA 1JWRA 1UICA 1GFEA 207LA 2EQLA 5KKJA 4H9AA 2ZILA 1XFPL 3P66A 2FYCA 4W94A 3W6DA 1B5WA 1REYA 4NGLA 1GB9A 2BQCA 1NHEA 5LVGA 1LKRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LMNA 3TMWA 4HTQA 3TXBA 2MEAA 3WXUA 218LA 1CU6A 1C6TA 1C6MA 1L49A 2Q9DA 1T97A 2C8OA 1IP5A 3B72A 1BHZA 1GWDA 1MELL 221LA 3HUQA 4ARLA 219LA 1F10A 1XGRC 2RH1A 4CJ2A 1D0MA 1LZTA 2ZYPA 1G1VA 1RJCB 1L42A 1NDGC 1W08A 3WMKA 1IOCA 2HECA 1HFZA 3TMVA 1G0KA 4ET8A 3V2WA 6LYZA 3N9CA 3TXFA 4DC4A 4FDYA 1HSWA 1QTDA 1L06A 1WQMA 4HJZA 4HP0A 5E9RA 5F9XA 3EMLA 1GB7A 4TSBA 2DQFC 3AW6A 3T36A 1SX7A 4DAJA 3ZVQB 1YKXX 160LA 2HEBA 2B73A 1CX6A 4B4EA 4DJHA 1C64A 1C7PA 3WU9A 3DMZA 1L52A 3DN6A 4II8A 5FHWA 1WTNA 2Z37A 5AMYA 223LA 162LA 3FI7A 1G07A 4LYTA 1D2WA 212LA 4I7OA 3G3WA 2I25L 1C6EA 2W1MA 4ETAA 1C6LA 1BB5A 5KXRA 5C6IA 2OTYX 210LA 2B74A 2BQGA 1LJHA 3C81A 2BLXA 4LT1A 4NGIA 4WO9A 1HMLA 4CGEA 2N5ZA 1JTTL 2LZ2A 235LA 3OE9A 3HDEA 255LA 1C08C 1OV5A 1G06A 1XGTC 1LSCA 3DNAA 4N1EI 188LA 4LDLA 176LA 1LHJA 1HMKA 5LAGA 1D6QA 1B6IA 4HTKA 1OWZA 3GULA 4HJVA 1QT6A 1UIDA 3CT1A 3OK0A 5B06A 1SSYA 4LT3A 140LA 135LA 2YBIA 1C65A 3CB7A 1IR9A 1CV5A 4XJDA 1AM7A 5JENB 1VDTA 5I54A 3F6ZA 1LZ5A 2C8PA 6LYTA 2DQGY 4H9CA 2B72A 1LSZA 4HPIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2H5Z A;  4NHI A;  1LMN A;  3TMW A;  1GXV 2;  1EQE A;  1LZB A;  1LMC A;  4FJR A;  2MEA A;  4HTQ A;  2BQA A;  3TXB A;  5LA5 A;  3WXU A;  1LHI A;  2B5Z A;  2BQD A;  4H8Y A;  1LJE A;  1WQR A;  4HJY A;  4B4I A;  5LYT A;  1E8L A;  1G7H C;  154L A;  3AJN A;  1FN5 A;  4QGZ A;  2C8O A;  3AZ6 A;  1IP5 A;  3B72 A;  4NG8 A;  1BHZ A;  1GWD A;  1MEL L;  5FEL A;  1JHL A;  3OJP A;  4GN5 C;  4QY9 A;  1GEV A;  1UIF A;  1WQN A;  4LFP A;  4LT0 A;  5II3 A;  5KXK A;  2H9K A;  1TAY A;  4GLA A;  1JJ0 A;  3A67 Y;  1RFP A;  4PGJ B;  4AXT A;  1F10 A;  1Z55 A;  194L A;  5LVJ A;  4BS7 A;  1GB3 A;  1XGR C;  4A7D A;  4WM6 A;  4DD0 A;  4CJ2 A;  1D0M A;  5K7O A;  1CKG A;  1LZT A;  1H6M A;  4ETE A;  2ZNW Y;  1A2Y C;  2Z19 A;  4UWU A;  132L A;  2ZYP A;  1LSA A;  1RJC B;  1D0K A;  1G7L C;  1GE1 A;  5D5C A;  3W6F A;  2F2N A;  1LJJ A;  5L9J A;  3A8Z A;  4OOT A;  1NDG C;  1W08 A;  3E3D A;  1NDM C;  2CGI A;  3WMK A;  1IOC A;  1IP6 A;  2HEC A;  1LZY A;  4H9I A;  4O34 A;  1TBY A;  4NHS A;  5DLA A;  3KAM A;  1HFZ A;  3HBH A;  3TMV A; 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 5I53 A;  1LSG A;  5KXM A;  1ZV5 L;  1HF4 A;  1GF0 A;  1GAY A;  1BB4 A;  5M1Y A;  4WL6 A;  3TXJ A;  3WPL A;  3RU5 A;  1IR8 A;  2EPE A;  1IX0 A;  4I0C A;  4IJ4 A;  5F81 A;  1F0W A;  1GB8 A;  1LZ6 A;  2EIZ C;  5I4X A;  2D4K A;  5LIN A;  5LVH A;  2CDS A;  3CT0 A;  1GFG A;  1PZY A;  1YRO A;  4DD9 A;  2BPU A;  1OQM A;  1KXX A;  4RDS A;  3K3T A;  4ETD A;  2BAA A;  5ILC A;  2FBD A;  2YBH A;  2W1Y A;  3LYO A;  3CSR A;  3P68 A;  5DN4 A;  1LSY A;  2Y8P A;  5ILF A;  4Z41 A;  1IR7 A;  4XN6 A;  1LCN A;  1P2C C;  4GLV A;  2BQK A;  3G3A B;  1BB6 A;  1NMM A;  2ZQ4 A;  1WTM A;  4RW1 A;  3ZVQ A;  4DDC A;  4U3X B;  2BQO A;  1LMA A;  1J1O Y;  1GD6 A;  3W6E A;  3QE8 A;  4WM4 A;  1B7P A;  4WLT A;  2Z39 A;  1UIB A;  4GCD A;  5LA8 A;  1CJ6 A;  5KXL A;  4N0J A;  1GF6 A;  4CHX A;  4DT3 A;  1CKH A;  1D9U A;  1GE4 A;  1NF5 A;  1UBZ A;  2HU1 A;  2MEH A;  1YQV Y;  4BAD A;  1UUZ C;  1N4F A;  1JKA A;  1VAU A;  2ZNX Y;  3B0I A;  2RSC A;  2I6Z A;  4DD1 A;  1OUE A;  4CFP A;  2BQN A;  4WM1 A;  1HNL A;  4GCF A;  3AZ5 A;  3HBE X; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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