1LZ8A

Lysozyme phased on anomalous signal of sulfurs and chlorines
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Can anomalous signal of sulfur become a tool for solving protein crystal structures?
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-03-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lz8A00
1GE1A 3QE8A 2I25L 4WL6A 1SLYA 1LSNA 3BKVA 1HEWA 3TMWA 1UIBA 2YBLA 1QSWA 1BHZA 5LYTA 1G7IC 3A91A 4B4JA 1PZYA 2GV0A 1VATA 4NSGA 4ETEA 1G7HC 1B7OA 1OUJA 1REYA 1WVVA 1YQVY 3T6UA 3WUAA 1JSFA 4ML7A 5B07A 4H90A 1LKSA 4YM8A 1GWDA 1IP6A 1AM7A 1IOTA 2LYMA 2D91A 2EKSC 2HU1A 1KXXA 3ZVQB 2EIZC 4LT3A 1B5WA 1ZVYB 3AZ6A 4LFXA 4NGKA 1OUHA 5KXNA 1LKRA 4N1CC 4Z3MA 1F10A 1KIQC 5DN4A 1IWZA 3W6CA 1LJNA 2F4GA 4A7DA 1EQEA 1GF4A 2BLXA 3AZ7A 1UCOA 1IP3A 3OK0A 4H8ZA 1UIAA 5EBHA 4DT3A 4UWUA 3W6AA 1GE2A 2HEBA 3TXEA 2CDSA 1NBZC 2YSSC 3WL2A 1KIRC 4PHIA 3TMVA 1HMLA 4NSIA 1GAYA 2Z2EA 1GBXA 5KXRA 1JKBA 1RI8B 2FYCA 1RJCB 4UWVA 4R6CA 4WG1A 2CWIA 5AMYA 3TMUA 1GB5A 4QGZA 1GDWA 1XSFA 1YILA 3AZ5A 3W6DA 1JISA 2BQBA 2BQNA 5LAGA 2LZ2A 1LHMA 4N8ZA 2MEDA 1B7RA 3GXKA 4LYOA 2F30A 4TTDA 4H92A 4WO9A 3B0OA 4H9CA 2Z2FA 132LA 1LOZA 4B4EA 3A92A 1HF4A 4LT0A 1QIOA 2MEHA 4CGEA 4DDAA 4H9EA 5I5QA 5L3HA 1GFUA 2MEEA 2BAAA 1BVXA 1B5VA 3M3UA 4OWHA 1GFVA 2YBIA 2DKVA 3CSRA 1IWWA 4N5RA 1JKAA 4GCFA 3WU8A 4DWXA 4NSHA 2DQAA 2W1YA 1LSZA 1AZFA 4ZFPA 1B7NA 4OWEA 3A3RX 4DDCA 3B72A 5DM9A 4P2EA 2C8PA 4J0LA 1JTTL 4LZTA 4J1BA 1ZVHL 2D6BA 1IC7Y 3EMSA 2XJWA 3LYTA 4H91A 3FE0A 1UACY 1W08A 1YAOA 1WQNA 3TXIA 4DD9A 1DKKA 1N4FA 3IWRA 1LZ1A 3BKHA 5FHWA 4NY5A 4WM1A 1GB9A 5D5FA 4GLVA 4ET8A 3N9EA 5APFA 3TXBA 1XFPL 1LZBA 4G49A 4PRQA 3RZ4A 1B7PA 1CKDA 1GDXA 1LJGA 4I8SA 207LA 1LZTA 1LZ9A 3P68A 1LZCA 2Q0MX 3J4GA 1A2YC 4WLDA 4XJBA 1IWXA 3HBHA 3W6BA 1VDQA 4W94A 3MGWA 1NF5A 1GEZA 2CJLA 4LFPA 4OWCA 1GBWA 133LA 1LSAA 4NEBA 3WULA 4M4OA 3WH1A 2ZIJA 4H9FA 5LVIA 1IWUA 1IP2A 1NDMC 2LYOA 4BS7A 1LJ4A 4DD7A 1NKHA 4NGWA 4WOAA 1G7JC 135LA 1C08C 4HJVA 3WYHA 4YEMA 4KXIA 1XGUC 4IASA 1GEVA 4ANRA 1WQMA 5APCA 1VAUA 4MSTA 4NGVA 4NHSA 3M18B 208LA 1LMOA 2BQDA 1XEJA 1AT6A 3TXJA 193LA 3WPLA 1JITA 1YANA 2DQHY 1OUBA 3CSZA 4XJFA 3WVYA 1IP4A 3WVXA 1GPQC 1GF0A 4ET9A 4Z46A 1BB5A 2BQMA 1MELL 1JHLA 3AGHA 1WTNA 4NGOA 5B05A 5HMVA 1LYZA 153LA 4LYMA 1GBZA 4RLNA 1GE0A 1IC5Y 2DQEY 1LZNA 2AUBA 4WG7A 4XN6A 1LAAA 2RSCA 5LA5A 3AW7A 1REZA 1CKCA 1LSEA 4NFVA 2IHLA 4AGAA 4PRUA 1IY4A 1T6VL 3W6EA 1XGTC 1IR8A 1G7MC 3A90A 5KXSA 3VWOA 2Y8PA 2BQAA 1IY3A 1LTMA 3WPKA 4B1AA 2NWDX 1IP1A 4BAPA 3LHMA 3RT5X 1DI4A 1LMTA 1GB8A 3QNGA 1AKIA 1F6SA 2DBTA 1VDTA 4ETAA 1I20A 4H9HA 1QTEA 4ETDA 2ZWBA 3TMXA 1OUEA 4DD0A 1YKXX 1LJEA 3A96A 3AYQA 1J1OY 1FLQA 1LSCA 3A3QA 1LZ4A 1IP7A 5FCPA 5KXMA 5L3IA 3FI7A 2YBJA 4HPIA 4PPOA 5IDDA 1CKHA 1H87A 5I53A 1CKGA 6LYTA 3CB7A 4WM6A 5IELA 1GB7A 1LSYA 2BQIA 1LJIA 1D6QA 2VB1A 2MECA 1HEMA 1XGPC 2YVBA 1JIYA 5LVKA 1DPWA 4HTNA 1B7LA 1WQPA 4FDYA 4PJ2C 1GF8A 1GFAA 4OWAA 4NHTA 1UC0A 1LZSA 3ULRA 1E8LA 4B49A 1A4VA 3ATNA 2LHMA 1WTMA 3QY4A 4H9BA 5LVHA 3AGGG 1GB3A 3HBEX 3J6KA 1KXYA 1VDPA 4HV1A 2FBDA 3AJNA 5HQ1A 1D0MA 2ZIKA 1BB3A 4WLTA 1WQRA 1YL1X 1UIFA 1O23A 1IOQA 2W1MA 1BB7A 1CJ9A 1LHLA 1QUTA 4DD1A 1QQYA 5II3A 1LZGA 1UBZA 1LZDA 3B0KA 1MLCE 3P65A 4NGZA 1D0LA 5JENB 1JPOA 1LSGA 1IP5A 1BWIA 2BQLA 4GCBA 5FEKA 1GB0A 4WMGA 1IVMA 5C6JA 5KKIA 1XGQC 3KAMA 4RW2A 1F0WA 3G3AB 4TUNA 3T36A 1HFZA 1JJ0A 1NDGC 4EOFA 1LHIA 2D4KA 1CJ7A 2YBNA 4IJ4A 1XEIA 2BQGA 4CJ2A 1GBSA 1C43A 1GFRA 1GXXA 2EQLA 2ZNWY 3D9AC 4WM5A 5F9XA 5F14A 1B5UA 5KXWA 194LA 1GD6A 1FBIX 3WU7A 2BQFA 1LJ3A 5KXYA 1HMKA 2HEFA 4C3WA 1LZYA 1C46A 1W6ZA 1JUGA 3LYOA 1LJJA 4GN3A 1GFKA 1LJKA 2H9JA 4WLYA 1QDRA 1BB4A 1B7QA 1LSPA 3F6ZA 5LXWA 3WUNA 4DYGA 1CKFA 2BQCA 3LN2A 4GLAA 1HERA 3E3DA 1DXJA 4OWBA 4O34A 1IOCA 2MEGA 1TEWA 1FLYA 4IATA 5E9RA 4J7VA 2G4PA 1HELA 1VFBC 1IWTA 2N5ZA 4TSBA 1FLWA 1GBOA 1YROA 2BQJA 1OUFA 4GCCA 4XADA 1GAZA 1ZMYL 4NSJA 1LHHA 5C6LA 4XJHA 1GXV2 1OP9B 4NGJA 1LSBA 1OUIA 2G4QA 1B7SA 1TDYA 1DQJC 4HTQA 4KPMA 4NGYA 2Z19A 2Z37A 1LJHA 1V7SA 2BQHA 2DQGY 4WM2A 1GFJA 1REXA 1UUZC 3WW6A 1B2KA 1JEFA 1UIGA 4KL7A 1LYOA 3EXDA 5LINA 2BLYA 1LJFA 3CQLA 1CJ8A 4HTKA 1B9OA 1GBYA 1IOSA 2HEDA 1RFPA 2HU3A 4B0DA 4BADA 3CSQA 4YOPA 5KXPA 5KXZA 1SQ2L 4N9RA 1FKVA 4B4IA 1NBYC 4NWHA 4I0CA 4XJGA 1LZ6A 1DPXA 5B1FA 4W96A 1CJ6A 2F4AA 1D0KA 3G3BB 3A6BY 3ATOA 5FSTA 3EBAB 1INUA 5T3FA 4GCDA 2F2NA 4GCEA 4G4HA 1Z55A 4CFPA 4HP0A 1QSAA 1BWJA 5LA8A 1BQLY 1XGRC 3CT5A 3ZVQA 1OUGA 4WM4A 5I4XA 5KXOA 2XBRA 2H9KA 2HEAA 4GN5C 1BB6A 1DZBX 1JTPL 1DKJA 4TWSA 1WQOA 1IC4Y 5C6IA 1GF7A 4LYTA 5DN5A 5ILFA 1TCYA 2DQIY 4QDNA 4C5FA 1B7MA 2X0AA 2DQCY 4WM3A 4QEQA 1LZ5A 3LYMA 4II8A 4PGJB 5K7OA 1FN5A 1FKQA 4NIJA 3LZTA 1J1XY 2BQKA 2Z12A 2FYDA 1LZAA 1IR7A 1OUCA 1IEEA 1YAQA 4DD3A 1J1PY 1JKCA 2BQEA 2Z39A 1KXWA 4MCKA 4OOOA 4HJYA 1NHEA 4UWNA 4H1PA 3WMKA 1WQQA 2MEIA 1HEOA 5KY1A 1JJ1A 4YENA 5ILCA 5I4YA 4U3XB 1LSDA 5LIOA 134LA 1LMAA 4HV2A 3TXKA 3AZ4A 4G9SA 2ZILA 1C10A 2YBHA 1RCMA 1YKYX 4ETCA 3RU5A 4E3UA 1GHLA 1LMQA 4LGKA 1GF5A 4H93A 4NGIA 1HSWA 5F9UA 1HEPA 1FDLY 5DL9A 5B06A 5KXTA 1HSXA 1C7PA 3W6FA 4NHQA 1UIHA 2DQFC 4BAFA 1JWRA 1JKDA 8LYZA 3WPJA 2WARA 1IWVA 5A3ZA 2PC2A 2MEBA 1OUDA 2D4IA 1UIEA 3RNXA 4MR1A 2DQJY 2XBSA 2IFFY 3P66A 2HEEA 4HJZA 3AW6A 5LYZA 3W3EA 1NMMA 2A7FA 3TXFA 4AXTA 5B59A 4NHIA 1JTOL 4G4BA 1LMCA 2D4JA 1GFHA 5L9JA 5M1YA 1V7TA 1DI5A 7LYZA 4HPEA 1ALCA 1DI3A 5FDJA 1PS5A 5J7CA 1IO5A 1OUAA 2B5ZA 1LCNA 3A6CY 3CT0A 3N9CA 5DLAA 1NWGA 3WXUA 4X3BA 3WW5A 3TXGA 1WVUA 4TSCA 1GF9A 5F81A 5HNCA 4CFOA 1D6PA 1GF3A 1EQ4A 2ZYPA 4LYZA 4YEOA 1HC0A 1GE3A 2ZQ3A 4LYCA 1LSMA 3OJPA 3A8ZA 1JSEA 5KKJA 1GFEA 1YAPA 2DQDY 4R0FA 3A93A 1KIPC 2FBBA 4ZEEA 1B0DA 3HBDA 5I4WA 5LVJA 5LVGA 1B5ZA 1HHLA 1GFGA 1EQ5A 1REMA 3EO5A 3IJVA 4RW1A 3CT1A 4NGLA 1P2CC 1BVKC 3D3DA 3HFMY 2YBMA 5LYMA 1QTKA 1LSFA 2BPUA 5KJ9A 1BWHA 1T3PA 1ZV5L 1LZRA 2MEAA 4NG1A 1B5YA 3TXDA 2XTHA 1FLUA 1G7LC 4TX7A 4EMNA 4G4CA 1VDSA 5FELA 3GXRA 4GN4A 2W1LA 5I54A 1YIKA 4OW1A 1HENA 5B1GA 2Z38A 4Z98A 4WLXA 4XENA 4H94A 1VEDA 2ZNXY 4WL7A 2W1XA 2YDGA 1GE4A 1B5XA 4DDBA 5KXXA 4M6DA 5APEA 1NQIA 1BGIA 4LYBA 1GFTA 2LZTA 4HSFA 1YAMA 1EL1A 1YKZX 2G4NA 1HFXA 5HMJA 1C45A 3B6LA 4FJRA 4YF2A 4ETBA 1LHKA 4KT3A 4NHPA 1HEQA 1YL0X 1LYYA 4H9AA 3AGIA 4DC4A 1LHJA 2HECA 4RLMA 4Z41A 1H6MA 1LYSA 4N0JA 1D9UA 4H8XA 3A34A 2A7DA 5A3EA 3P64A 5KXKA 4XJIA 1IORA 1F6RA 1TAYA 2ZQ4A 1XEKA 9LYZA 1UIDA 2I26L 5IHGA 1I56A 4CHXA 2LYZA 4LT2A 5HNLA 3AB6A 4H8YA 4RDSA 1HNLA 5F16A 4N1EI 6LYZA 3LYZA 2MEFA 4XJDA 4H9IA 3TXHA 154LA 4LT1A 1LZEA 1LPIA 4WO6A 1UA6Y 4D9ZA 5APDA 4ZIXA 1QUSA 1GB6A 2HTXA 4NG8A 1GB2A 3ZEKA 1AT5A 3LZ2A 4J1AA 3WXTA 1HFYA 4XYYA 3K3TA 5KXLA 1QDTA 1UICA 1OQMA 2HUBA 1TBYA 3N9AA 1I1ZA 1IR9A 1LMNA 5D5CA 1IWYA 1LZ8A 3A94A 2I6ZA 3RW8A 3B0IA 2BQOA 2Z18A 2C8OA 5E4PA 4OOTA 3WUMA 1CNSA 5HLLA 1IIZA 2ZYCA 4QY9A 3A95A 4DD2A 4L41A 2EPEA 3IJUA 1IX0A 2H5ZA 1LMPA 4NWEA 1RE2A 3WU9A 5LAFA 1GF6A 2CGIA 3SP3A 1JJ3A 3A67Y 3P4ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GE1A 3QE8A 231LA 4WL6A 1UIBA 3A91A 1PZYA 1WVVA 1CV0A 1REYA 3T6UA 3OE8A 1LKSA 4YM8A 4EKSA 1AM7A 2LYMA 1KXXA 1L00A 2EIZC 1LYDA 3HWLA 1B5WA 1ZVYB 4LFXA 1OUHA 1LKRA 225LA 1KIQC 3W6CA 4ARMB 1L16A 1LJNA 2F4GA 1GF4A 162LA 2BLXA 224LA 1UCOA 1IP3A 3HU9A 3OK0A 1L61A 1SX2A 1L84A 4I7PA 3TXEA 2YSSC 1D2YA 1KIRC 4PHIA 1OWYA 4NSIA 2OU9A 1GBXA 5KXRA 1L73A 1CV6A 4I7OA 4W57A 1L46A 1XSFA 1P2LA 2LZ2A 1LHMA 4LYOA 1L37A 2Z2FA 132LA 4B4EA 4LT0A 1QIOA 1QS9A 4H9EA 1GFUA 3PDSA 1BVXA 1GFVA 1SX7A 4N5RA 1JKAA 4DWXA 2W1YA 2D6BA 1IC7Y 4H91A 2XJWA 3TXIA 1L62A 4ARJA 3BKHA 1L20A 5D5FA 4ET8A 1LZBA 1GDXA 3P68A 1LZTA 1LZ9A 223LA 3J4GA 4LFPA 228LA 1LSAA 4NEBA 4DD7A 1IP2A 1NDMC 3WYHA 163LA 4HJVA 4KXIA 1P3NA 160LA 5APCA 2Z6BA 1CU6A 244LA 1L22A 4DQJA 1YANA 1CV5A 3WVYA 1OUBA 1MELL 1JHLA 1QTDA 256LA 3AGHA 5HMVA 1LYZA 4W56A 1C6FA 1QTCA 1L82A 1C64A 4WG7A 118LA 2B6ZA 1LAAA 4I7QA 1REZA 1LSEA 4EKRA 4PRUA 5KXSA 1G7MC 3A90A 1KW5A 2Y8PA 3WPKA 3RT5X 1G1VA 2LC9A 1I20A 1QTEA 1OUEA 1LJEA 1J1OY 1LZ4A 5KXMA 158LA 1QTZA 5IDDA 5I53A 3CB7A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GE1 A;  3QE8 A;  2I25 L;  4WL6 A;  1SLY A;  1LSN A;  3BKV A;  1HEW A;  3TMW A;  1UIB A;  2YBL A;  1QSW A;  1BHZ A;  5LYT A;  1G7I C;  3A91 A;  4B4J A;  1PZY A;  2GV0 A;  1VAT A;  4NSG A;  4ETE A;  1G7H C;  1B7O A;  1OUJ A;  1REY A;  1WVV A;  1YQV Y;  3T6U A;  3WUA A;  1JSF A;  4ML7 A;  5B07 A;  4H90 A;  1LKS A;  4YM8 A;  1GWD A;  1IP6 A;  1AM7 A;  1IOT A;  2LYM A;  2D91 A;  2EKS C;  2HU1 A;  1KXX A;  3ZVQ B;  2EIZ C;  4LT3 A;  1B5W A;  1ZVY B;  3AZ6 A;  4LFX A;  4NGK A;  1OUH A;  5KXN A;  1LKR A;  4N1C C;  4Z3M A;  1F10 A;  1KIQ C;  5DN4 A;  1IWZ A;  3W6C A;  1LJN A;  2F4G A;  4A7D A;  1EQE A;  1GF4 A;  2BLX A;  3AZ7 A;  1UCO A;  1IP3 A;  3OK0 A;  4H8Z A;  1UIA A;  5EBH A;  4DT3 A;  4UWU A;  3W6A A;  1GE2 A;  2HEB A;  3TXE A;  2CDS A;  1NBZ C;  2YSS C;  3WL2 A;  1KIR C;  4PHI A;  3TMV A;  1HML A;  4NSI A;  1GAY A;  2Z2E A;  1GBX A;  5KXR A;  1JKB A;  1RI8 B;  2FYC A;  1RJC B;  4UWV A;  4R6C A;  4WG1 A;  2CWI A;  5AMY A;  3TMU A;  1GB5 A;  4QGZ A;  1GDW A;  1XSF A;  1YIL A;  3AZ5 A;  3W6D A; 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 4XEN A;  4H94 A;  1VED A;  2ZNX Y;  4WL7 A;  2W1X A;  2YDG A;  1GE4 A;  1B5X A;  4DDB A;  5KXX A;  4M6D A;  5APE A;  1NQI A;  1BGI A;  4LYB A;  1GFT A;  2LZT A;  4HSF A;  1YAM A;  1EL1 A;  1YKZ X;  2G4N A;  1HFX A;  5HMJ A;  1C45 A;  3B6L A;  4FJR A;  4YF2 A;  4ETB A;  1LHK A;  4KT3 A;  4NHP A;  1HEQ A;  1YL0 X;  1LYY A;  4H9A A;  3AGI A;  4DC4 A;  1LHJ A;  2HEC A;  4RLM A;  4Z41 A;  1H6M A;  1LYS A;  4N0J A;  1D9U A;  4H8X A;  3A34 A;  2A7D A;  5A3E A;  3P64 A;  5KXK A;  4XJI A;  1IOR A;  1F6R A;  1TAY A;  2ZQ4 A;  1XEK A;  9LYZ A;  1UID A;  2I26 L;  5IHG A;  1I56 A;  4CHX A;  2LYZ A;  4LT2 A;  5HNL A;  3AB6 A;  4H8Y A;  4RDS A;  1HNL A;  5F16 A;  4N1E I;  6LYZ A;  3LYZ A;  2MEF A;  4XJD A;  4H9I A;  3TXH A;  154L A;  4LT1 A;  1LZE A;  1LPI A;  4WO6 A;  1UA6 Y;  4D9Z A;  5APD A;  4ZIX A;  1QUS A;  1GB6 A;  2HTX A;  4NG8 A;  1GB2 A;  3ZEK A;  1AT5 A;  3LZ2 A;  4J1A A;  3WXT A;  1HFY A;  4XYY A;  3K3T A;  5KXL A;  1QDT A;  1UIC A;  1OQM A;  2HUB A;  1TBY A;  3N9A A;  1I1Z A;  1IR9 A;  1LMN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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