1LZD | Genus

Total Genus 49

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	49
sequence length	129
structure length	129
Chain Sequence	KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRYWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__754180029500862__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__754180029500862__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1LZD/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__754180029500862__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"754180029500862","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1LZD/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__754180029500862__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb8cfc94e8e74666e62d56/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb8cfc94e8e74666e62d56/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb8cfc94e8e74666e62d56/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb8cfc94e8e74666e62d56/pdb.gz): 142 ms

reading 129 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

129 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 18 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:128});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase (o-glycosyl)
source organism	Gallus gallus
publication title	Dissection of protein-carbohydrate interactions in mutant hen egg-white lysozyme complexes and their hydrolytic activity. pubmed doi rcsb
molecule keywords	HEN EGG WHITE LYSOZYME
total genus	49
structure length	129
sequence length	129
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	1995-02-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1lzdA00

4ETBA 1LSNA 1JKCA 1GEZA 1XEJA 5I5QA 2N5ZA 9LYZA 1LMCA 3TXIA 2Z37A 2YBNA 4NIJA 4NSGA 1LZ4A 5LVJA 1LMNA 1GHLA 4HPIA 1GE3A 1LMTA 2XBRA 2DQDY 3T6UA 1YILA 4XJBA 5LVHA 1GAZA 1DZBX 4NSIA 1WVUA 3B0IA 2MEGA 4NHQA 1WQPA 3A96A 3A93A 1N4FA 1B0DA 1HFXA 4H94A 4H93A 3AW6A 3M3UA 4HPEA 1HFZA 1LKRA 2MEAA 1GB2A 3CT5A 3MGWA 4LYBA 4YEOA 4QY9A 2ZQ4A 1IORA 4NHPA 1I20A 2Z39A 5KXMA 2DQFC 1EL1A 1J1OY 133LA 1LZYA 5KXZA 4TWSA 1GF4A 1LZRA 1KXYA 4DWXA 3SP3A 4XJGA 5I4WA 3W6CA 1VAUA 1LJGA 3EMSA 1V7SA 5I54A 3LZ2A 5B1GA 4H9AA 1BHZA 1PZYA 2HECA 2YSSC 4XYYA 5APDA 4DD0A 4Z41A 1WQNA 3P65A 1C46A 2H5ZA 1HSXA 3P64A 1FBIX 1UIHA 4B4EA 4X3BA 3WUMA 2W1MA 4D9ZA 2AUBA 6LYZA 1UIEA 4UWNA 1LTMA 3B6LA 4IATA 4TUNA 1GFJA 1ZV5L 2BQEA 2EPEA 1LMAA 4E3UA 1HENA 2MEHA 4OWEA 5LAGA 1XEKA 2DQHY 1IY4A 3WMKA 1D0LA 5J7CA 2ZQ3A 4GCCA 1REYA 1IWYA 4LYTA 5D5CA 1BWHA 2C8PA 5A3EA 1LMPA 1JWRA 1BWJA 1JHLA 1JUGA 3A6BY 5ILFA 4L41A 3A94A 1O23A 1IOCA 1OUCA 1D9UA 1XSFA 1OP9B 3A95A 4YENA 1WQRA 3CB7A 1LZEA 1JEFA 4TSCA 4NGZA 4WMGA 4GLVA 4PJ2C 1GB0A 1B9OA 4CHXA 1B5VA 1IVMA 4LFXA 2A7DA 5DLAA 2EIZC 5KKJA 1GBXA 1QSAA 2NWDX 4NSJA 4Z3MA 1CNSA 1B7LA 1DPXA 2LYMA 1GFEA 1IOTA 3CSRA 3ATNA 4I0CA 4J0LA 4NGOA 3AZ5A 2LZ2A 4J1AA 3A67Y 5F9UA 1A2YC 1AT5A 5IELA 1IX0A 4WG7A 5I53A 1JJ3A 1GFAA 2BAAA 1LSGA 4OWAA 3WU7A 1DI3A 4HSFA 2W1XA 4HTKA 1LCNA 1YQVY 2D91A 4J7VA 2YBJA 3A34A 4ZEEA 4H1PA 1T3PA 4HJYA 1IP1A 3LN2A 5KY1A 4CFPA 1CJ7A 4O34A 3LYZA 4II8A 1H6MA 1OUFA 4GN4A 4WOAA 1QSWA 1GE1A 4H9FA 5HMJA 1HEQA 1QUSA 1XFPL 4FDYA 2FYDA 5ILCA 4NHSA 1C10A 4N1EI 1XEIA 3EXDA 4KT3A 2HEEA 1XGRC 1TDYA 1LJEA 1QDTA 4GCDA 1MELL 2WARA 3AW7A 1QUTA 4N0JA 1QDRA 4NHIA 1B7OA 5FDJA 1B5YA 4KPMA 2HU3A 1IWUA 4TTDA 4DC4A 5B05A 2Z12A 1JISA 1W08A 1IIZA 2VB1A 153LA 4BS7A 1I56A 5LVKA 1EQ4A 1FKQA 3CSQA 4H8XA 3WVXA 1C7PA 1HEMA 2W1LA 1JSEA 1F6RA 1HF4A 2ZNXY 1IP6A 1GF6A 2BQLA 1E8LA 2HUBA 4G4BA 4G49A 4LGKA 4N9RA 4RLNA 1KIRC 2Z18A 2IFFY 1CKHA 1LSMA 1GXXA 1DQJC 1KIQC 1GBSA 1B7MA 2FBDA 1VATA 1IP4A 2BQMA 5IHGA 1JIYA 4B0DA 1LKSA 1AT6A 4EOFA 1REMA 3AGGG 2I6ZA 2BQJA 1JJ1A 1LHKA 3TXGA 1LJNA 1B7RA 3WH1A 3WUNA 1NDGC 1XGUC 5KXPA 3A3RX 1DI4A 4PPOA 3ZVQA 3F6ZA 4DD9A 1OQMA 3WW5A 5KXNA 5F9XA 1XGPC 3P68A 2Z19A 1QIOA 1RI8B 2DQJY 4M6DA 2DKVA 3WYHA 1LSFA 1LHJA 4WLXA 4C5FA 5L3HA 5C6IA 134LA 1SLYA 5FHWA 2F2NA 1TBYA 1GFRA 1OUEA 1VDSA 3CT0A 4NGIA 4RLMA 4DYGA 4NGVA 4R6CA 1BVKC 4ZIXA 4HV1A 5HNLA 4YM8A 3KAMA 5T3FA 2D4IA 1FN5A 4OWHA 5B1FA 1A4VA 1VDQA 1YKYX 4XJIA 3WPKA 1YIKA 1LZGA 1LYZA 1Z55A 3VWOA 1WTMA 1B2KA 1LZAA 4H91A 3WXTA 2BQAA 2G4QA 1OUIA 3AZ6A 5E4PA 1KXWA 4NGLA 3IWRA 8LYZA 1C08C 1GBOA 3A8ZA 2GV0A 1IC5Y 5C6LA 5E9RA 4MSTA 5HNCA 1LSZA 1LZ5A 1IWXA 2BQIA 3BKVA 4YOPA 3RW8A 4WLTA 3W3EA 1GF3A 3W6EA 4EMNA 4UWVA 1W6ZA 4KXIA 3LYMA 1HEPA 3CT1A 3WU8A 1B7SA 1LZ9A 4WLDA 2BPUA 2F4GA 1GWDA 1ALCA 1VFBC 2D4JA 4OWBA 1SQ2L 1LSYA 2G4PA 4WM5A 5KXYA 1IR8A 1IR7A 1HFYA 2YBLA 3OK0A 1GFUA 4N5RA 2BLXA 1ZMYL 1JTTL 1HMLA 2D6BA 1B5WA 4IASA 3TMXA 4C3WA 3WXUA 5II3A 2YDGA 3B0KA 4LFPA 194LA 1OUGA 1RCMA 1IC7Y 3A91A 5KJ9A 1LJ3A 1B5ZA 1LJ4A 1J1PY 2BQOA 4NY5A 1GF0A 4OW1A 4DD3A 5I4XA 4N8ZA 5FEKA 2FYCA 1IOSA 2XTHA 3AGIA 5HLLA 4WO6A 2H9KA 1FLYA 3E3DA 1UBZA 1FKVA 1LZ6A 1LZNA 1IOQA 3TXEA 1YKXX 2CJLA 135LA 1OUBA 1IY3A 7LYZA 1GAYA 4H9IA 4U3XB 4WM4A 5HQ1A 1CKDA 1JTPL 4WM2A 3WW6A 4LYMA 1B7NA 4QDNA 1LJKA 2A7FA 2Y8PA 4TX7A 3W6AA 2Z2FA 1GB8A 3A92A 3AZ4A 4IJ4A 4BAFA 5KXXA 3AZ7A 5APEA 1RFPA 1IP7A 1IR9A 1DXJA 1G7IC 2DQAA 4J1BA 3TXJA 3WVYA 1F6SA 1GFGA 4B1AA 4P2EA 3HFMY 1LSPA 1B5XA 1JITA 1GF5A 4LT1A 1HMKA 4ML7A 3EO5A 3QY4A 4ANRA 5B06A 4CGEA 1DPWA 5C6JA 1IO5A 1OUAA 4WL7A 2LYZA 5LYZA 2PC2A 1JJ0A 1LHLA 3AGHA 3W6DA 5LVGA 5KXLA 4ETEA 1LHMA 5HMVA 2MEDA 1BQLY 3B72A 4WM6A 3RNXA 1LPIA 4HP0A 4MCKA 2BQFA 1BGIA 1FLWA 3TMVA 4RW2A 1OUHA 1YAOA 2DQGY 3AJNA 2Z2EA 1TEWA 3K3TA 3LYOA 4B4JA 2IHLA 3ZEKA 1AM7A 2H9JA 1RJCB 1YL1X 1TCYA 2CWIA 1LAAA 1QTEA 3OJPA 1UICA 4NG1A 1HNLA 1IC4Y 4NHTA 2EQLA 5DN5A 1LSEA 1WQQA 4GN3A 1LSBA 4A7DA 5K7OA 1LJJA 1ZVYB 5LYTA 1NHEA 4GCEA 1BB7A 2HEAA 1YAMA 4GLAA 3WPJA 4H90A 1NKHA 2DQEY 4H8ZA 1QQYA 5LIOA 1GF8A 5EBHA 1BB3A 3P4ZA 1LSAA 1GE0A 4R0FA 3W6BA 4DT3A 1GB7A 2XBSA 2YBMA 1J1XY 3RT5X 4WM1A 5KXRA 1GBYA 1AZFA 3B0OA 6LYTA 3TMWA 4ETAA 4ETCA 4TSBA 1LZBA 4WO9A 1UIAA 1IP3A 3EBAB 4G4CA 1ZVHL 5FCPA 5F81A 4LYZA 3WUAA 1D0MA 5M1YA 1CJ8A 1GDXA 3A3QA 2HU1A 1NMMA 2BQBA 1UC0A 1C43A 4N1CC 2I26L 1LJHA 1T6VL 1XGTC 1VDPA 1CKCA 1NWGA 1LZCA 3N9AA 4OOTA 4PHIA 4AXTA 4PGJB 2BQHA 4LZTA 1JKDA 4XJHA 4G4HA 1OUJA 1UIFA 2B5ZA 3FE0A 4HJZA 4NGJA 5L9JA 2FBBA 1GB5A 5LVIA 5B59A 1JKBA 3QE8A 4B49A 4B4IA 4BADA 1KXXA 1LSCA 4OWCA 1NF5A 1GEVA 1DKJA 2BQKA 4BAPA 1JKAA 1B7PA 1TAYA 1V7TA 1YANA 1GB6A 154LA 3T36A 193LA 2ZIJA 3G3AB 1UIBA 5KXSA 5KXWA 3ZVQB 1GFVA 1NBZC 4HV2A 4ET9A 1HEOA 3TXBA 2F4AA 5D5FA 4LYOA 1EQEA 3TXKA 5DN4A 4KL7A 3QNGA 3HBHA 1F0WA 1EQ5A 1GE2A 5APFA 1WVVA 4DD1A 4NWHA 2MEFA 1G7HC 1D6QA 1LYOA 2C8OA 1G7MC 4XENA 1DI5A 1G7LC 3HBDA 3LHMA 4DDCA 1NBYC 2EKSC 1WTNA 1PS5A 3A6CY 3M18B 4H9EA 3CQLA 1HC0A 4DDAA 1D0KA 4NEBA 2DQIY 4NGYA 4XJFA 1BB4A 5DM9A 1C45A 207LA 1WQOA 1H87A 2YBHA 4H9HA 1LHIA 4LT2A 4G9SA 4H9CA 1IP2A 1VEDA 2XJWA 3WL2A 2D4KA 1JSFA 3D3DA 1WQMA 3BKHA 1QTKA 4UWUA 4ZFPA 1CJ6A 4OOOA 1LZTA 3J6KA 2I25L 5LA5A 3W6FA 2HEFA 4CFOA 2LHMA 1UCOA 1LYSA 4GN5C 2BQNA 2MECA 2Z38A 5F16A 4XADA 2RSCA 1LJFA 1LHHA 3ATOA 4LT0A 2CDSA 1GFKA 3GXKA 4DDBA 1GPQC 1UUZC 1LMQA 1LZSA 4WM3A 5B07A 5KXKA 1YAQA 2ZNWY 4HTQA 5LA8A 1BVXA 3HBEX 4NWEA 2YBIA 1F10A 4W96A 3TXHA 4CJ2A 132LA 1YL0X 3IJVA 1HSWA 2BQDA 2ZYPA 5FELA 1GF9A 4ETDA 1GFTA 1FLUA 1CJ9A 4W94A 1GBWA 1LJIA 1MLCE 3WPLA 4XJDA 5F14A 3RZ4A 1GE4A 1NQIA 3D9AC 4LYCA 5AMYA 2CGIA 1FDLY 3TMUA 2HTXA 3A90A 3RU5A 5I4YA 4H9BA 1REZA 4PRQA 4QEQA 2YVBA 1UACY 3ULRA 1BB6A 1IWZA 4H8YA 1LOZA 3P66A 4NGKA 4QGZA 1AKIA 1LZ1A 1IWWA 1CKFA 4DD2A 4RW1A 1DKKA 1FLQA 3CSZA 3IJUA 4M4OA 1OUDA 4AGAA 1GBZA 2ZIKA 1YKZX 1IEEA 1LZDA 2DBTA 1LMOA 4NGWA 1LZ8A 1GDWA 4DD7A 2LZTA 1GXV2 4YF2A 3AB6A 2MEIA 3TXDA 4GCBA 5KXOA 4NG8A 5KKIA 1JPOA 1CKGA 1YAPA 1BB5A 2ZILA 1GB3A 5IDDA 1I1ZA 1UIDA 4Z98A 5LYMA 1VDTA 5APCA 3LZTA 1D6PA 3N9EA 4I8SA 1IWTA 3GXRA 4WLYA 1YROA 1HERA 1HELA 2X0AA 3J4GA 2F30A 4H92A 4RDSA 3LYTA 1LYYA 2BQCA 2BQGA 4WG1A 1P2CC 1IWVA 2G4NA 4HTNA 1LSDA 1B5UA 2MEEA 2ZWBA 5KXTA 1JTOL 4HJVA 2ZYCA 208LA 1GFHA 4PRUA 4NFVA 1UA6Y 2BLYA 1KIPC 1IP5A 1G7JC 2Q0MX 1INUA 3FI7A 3G3BB 5LAFA 1GB9A 5L3IA 4NSHA 2HEBA 2LYOA 4FJRA 5LINA 4YEMA 1B7QA 1GF7A 5LXWA 4MR1A 4ET8A 4LT3A 1HHLA 2W1YA 4Z46A 1GD6A 1XGQC 3AYQA 5DL9A 5JENB 5FSTA 1BWIA 1NDMC 1RE2A 2DQCY 4GCFA 1UIGA 4XN6A 3TXFA 3WU9A 5A3ZA 3N9CA 1HEWA 3WULA 2MEBA 2HEDA 4WL6A 1REXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ETB A;  1LSN A;  1JKC A;  1GEZ A;  1XEJ A;  5I5Q A;  2N5Z A;  9LYZ A;  1LMC A;  3TXI A;  2Z37 A;  2YBN A;  4NIJ A;  4NSG A;  1LZ4 A;  5LVJ A;  1LMN A;  1GHL A;  4HPI A;  1GE3 A;  1LMT A;  2XBR A;  2DQD Y;  3T6U A;  1YIL A;  4XJB A;  5LVH A;  1GAZ A;  1DZB X;  4NSI A;  1WVU A;  3B0I A;  2MEG A;  4NHQ A;  1WQP A;  3A96 A;  3A93 A;  1N4F A;  1B0D A;  1HFX A;  4H94 A;  4H93 A;  3AW6 A;  3M3U A;  4HPE A;  1HFZ A;  1LKR A;  2MEA A;  1GB2 A;  3CT5 A;  3MGW A;  4LYB A;  4YEO A;  4QY9 A;  2ZQ4 A;  1IOR A;  4NHP A;  1I20 A;  2Z39 A;  5KXM A;  2DQF C;  1EL1 A;  1J1O Y;  133L A;  1LZY A;  5KXZ A;  4TWS A;  1GF4 A;  1LZR A;  1KXY A;  4DWX A;  3SP3 A;  4XJG A;  5I4W A;  3W6C A;  1VAU A;  1LJG A;  3EMS A;  1V7S A;  5I54 A;  3LZ2 A;  5B1G A;  4H9A A;  1BHZ A;  1PZY A;  2HEC A;  2YSS C;  4XYY A;  5APD A;  4DD0 A;  4Z41 A;  1WQN A;  3P65 A;  1C46 A;  2H5Z A;  1HSX A;  3P64 A;  1FBI X;  1UIH A;  4B4E A;  4X3B A;  3WUM A;  2W1M A;  4D9Z A;  2AUB A;  6LYZ A;  1UIE A;  4UWN A;  1LTM A;  3B6L A;  4IAT A;  4TUN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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Chain Sequence

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