1LZSA

Structural changes of the active site cleft and different saccharide binding modes in human lysozyme co-crystallized with hexa-n-acetyl-chitohexaose at ph 4.0
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural changes of active site cleft and different saccharide binding modes in human lysozyme co-crystallized with hexa-N-acetyl-chitohexaose at pH 4.0.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HUMAN LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lzsA00
2MEBA 3AGIA 3M18B 1IOTA 5M1YA 5B06A 2YBJA 2BQBA 4NGYA 4DD1A 1GFAA 2W1XA 1OP9B 2W1MA 4DYGA 1AM7A 2BQLA 3WPKA 1TBYA 4KPMA 1GB7A 3GXKA 1LMOA 5F81A 4QGZA 3A96A 4XENA 5FEKA 3EMSA 4LYTA 1DXJA 1JKAA 1XSFA 3AZ6A 1DPWA 1QQYA 5KXTA 4WMGA 2YSSC 2Z19A 1OUAA 2WARA 4C5FA 4EOFA 4B4IA 1HMLA 1NDGC 1HMKA 4NHTA 4NHQA 2FYDA 4LYBA 1LZYA 2ZIJA 2Z18A 1I56A 2D6BA 3HBDA 1JSEA 3KAMA 1GHLA 2ZIKA 1CKDA 1LMPA 1CKGA 2C8PA 1FKQA 4H8ZA 4N8ZA 1KIRC 1HEMA 1V7SA 5ILCA 5KXPA 1UC0A 1B5ZA 2F4GA 1JTTL 3T36A 2XTHA 4DD3A 2BQIA 3AB6A 1DI5A 1HEWA 2Z38A 3LZTA 1MLCE 3A6CY 3AZ4A 4J1BA 1I20A 1XEIA 3AW7A 1JISA 3LYTA 4WLDA 1T3PA 1LPIA 2CJLA 3WMKA 1GFVA 5FSTA 1HFXA 3RW8A 1BVKC 2LZ2A 5II3A 1GF5A 3WUMA 6LYZA 4KXIA 2YBLA 1GB5A 3ULRA 4Z3MA 3TXBA 5HNCA 5L3IA 154LA 1JHLA 5C6LA 1DI3A 1GF3A 1B7MA 3A34A 1LHMA 3SP3A 3TXFA 3A93A 3WXTA 1DZBX 4HV2A 4NWEA 1E8LA 1GD6A 3A94A 4CGEA 1GF9A 3N9EA 4FDYA 1HEQA 1WQPA 2DKVA 1GE2A 1IP7A 4GLVA 4H92A 2Z39A 4R0FA 4TWSA 3WU9A 1VDPA 4LFPA 1QIOA 1B5WA 4H8YA 1REXA 2MEDA 2HECA 3A3RX 3F6ZA 2PC2A 1RFPA 2A7DA 2VB1A 2HEBA 1GFTA 1JKCA 1JIYA 1JTOL 1VDSA 2X0AA 4B49A 1LSAA 1J1XY 1GBXA 5LYTA 1XEJA 3TMVA 4ZEEA 4NHPA 1YILA 5D5FA 2HEFA 2HEDA 3LN2A 1LOZA 4WG7A 4M6DA 1B5VA 3HFMY 1B5XA 1NKHA 1LZCA 4H9EA 1GF6A 1B2KA 1FKVA 1OUFA 2DBTA 2HEEA 3AZ7A 3IJVA 1GF4A 4RLNA 5DLAA 5KXZA 4DC4A 5LAGA 2Q0MX 1H6MA 4AGAA 4CJ2A 4NGLA 1GFGA 3A92A 5LINA 4GCBA 1JUGA 1B0DA 1LMTA 4MR1A 2BLYA 1UIDA 1TAYA 2DQGY 3WXUA 5IELA 4YEMA 1XGTC 3A67Y 4NY5A 1YANA 3GXRA 4NGVA 4KT3A 2MEIA 1G7JC 1LZBA 3QE8A 1F6RA 8LYZA 3RZ4A 1IC7Y 2YBHA 4LYMA 4WM3A 1LZSA 2DQEY 1UACY 1GB2A 7LYZA 4OOTA 5HNLA 4HPIA 1GBWA 4WM5A 3TXJA 1QSAA 1GDXA 3P65A 4RW2A 1LYSA 3CT5A 1UIEA 4HV1A 1G7MC 3AGHA 4LT3A 4TSBA 4Z98A 3RNXA 5LYMA 2ZYCA 5C6JA 2EQLA 2W1LA 2YDGA 1LSDA 3E3DA 3G3AB 2ZYPA 1VEDA 1YKYX 5HLLA 4GCFA 5B1FA 3EBAB 1HELA 2DQJY 5KKIA 1OUHA 1GB9A 1J1OY 4W96A 1PZYA 1YAMA 2Z2EA 4DD0A 5DN5A 2BQDA 1LHJA 5A3EA 1JKDA 208LA 1LZEA 4ANRA 4WM1A 5EBHA 4KL7A 5FDJA 2LZTA 4H91A 2LYZA 1IP5A 4LYZA 4ZIXA 4UWUA 1WTMA 3B0IA 1LZ4A 1D0MA 5LAFA 3W3EA 2D91A 4UWNA 2YVBA 5K7OA 1RCMA 3WVXA 4WG1A 1BB6A 5KJ9A 1LSNA 3ATNA 5D5CA 1LMCA 1LSBA 1UUZC 5FELA 5IDDA 4ZFPA 1IC5Y 4ETDA 1MELL 1QTKA 2BQNA 3M3UA 2CGIA 1IY3A 1LHKA 1Z55A 1IWVA 1IEEA 1DPXA 1UIGA 1BWHA 3P64A 2ZWBA 4RLMA 4W94A 4H1PA 1IR8A 4AXTA 1QTEA 1GEZA 1B7NA 4UWVA 2B5ZA 1LZTA 1N4FA 4YM8A 5KXXA 1GXXA 4H9IA 1JJ3A 3CSRA 1LKSA 1GE4A 1SQ2L 1ZMYL 1ZV5L 1PS5A 1FBIX 1C43A 1EL1A 2I6ZA 1B7PA 2CDSA 1GBZA 1C45A 1HFYA 2YBNA 3CT1A 1LZ6A 1IP4A 4LGKA 3AGGG 3A6BY 5ILFA 1IWZA 4XJIA 2HU1A 2MEGA 1REMA 2XJWA 3AJNA 4LYCA 1AT6A 4LZTA 1GE3A 1LJNA 4PPOA 4NG1A 4NGJA 3MGWA 4DDAA 1IWYA 2H9KA 3D3DA 1GXV2 1YKXX 1VATA 2Z37A 4HTQA 1GBYA 1GEVA 1UIBA 4NHSA 134LA 1DKJA 1LHLA 2N5ZA 5I54A 4N1CC 5KXYA 3A3QA 1LSPA 1I1ZA 4H94A 2NWDX 2H9JA 4BAPA 1HSWA 4HSFA 2DQCY 2D4JA 3EXDA 5I4YA 5KKJA 4NEBA 1QDTA 3J6KA 3WVYA 4NSIA 1XEKA 1ZVYB 3AYQA 5APEA 1YAOA 4XJHA 3ZEKA 1WQQA 2DQHY 1NHEA 5DL9A 2A7FA 1XGQC 4N5RA 2LYMA 4OWAA 4NIJA 1BWIA 2G4PA 3B72A 1FDLY 4YEOA 1GB0A 1LMQA 5L3HA 2DQFC 3ZVQB 4B1AA 5LVGA 4B0DA 1NMMA 4PGJB 4WL6A 1LZAA 1G7HC 1AZFA 1OUDA 3A8ZA 3CT0A 4WOAA 1B7QA 1BVXA 1HEOA 1A4VA 1IO5A 2MECA 4H9BA 4OWEA 2ZQ3A 4DD9A 1O23A 2ZNWY 4NGWA 5E4PA 4DWXA 5KXRA 1B5UA 1IX0A 4CFOA 2BQKA 1LYOA 4HTNA 2H5ZA 1T6VL 1BB7A 4J0LA 1AT5A 1JTPL 1UICA 1IWTA 1OUCA 1UIFA 5B1GA 4NSJA 4GCCA 4WM4A 2ZILA 2F30A 3N9AA 1INUA 4H9HA 3QNGA 4C3WA 5KXWA 3WPJA 1REYA 4DDCA 4DT3A 3WUNA 2LHMA 1XFPL 5C6IA 1LJGA 1W08A 2I26L 1WVUA 4OOOA 1QUTA 1C10A 3IWRA 4OWHA 5F9UA 3WW6A 3OK0A 1LJ3A 1LSMA 1GAZA 4H9FA 2DQIY 1GE1A 3BKVA 4NGKA 3CSQA 4H90A 133LA 1GAYA 3WUAA 1NDMC 2G4QA 4PRQA 1GWDA 5IHGA 4OW1A 4TTDA 3LYOA 4RDSA 4O34A 3FI7A 1TCYA 4J7VA 1LZ1A 4I0CA 1LCNA 1C08C 5KXKA 1B5YA 2BQHA 1LSEA 2BQCA 1XGUC 4NG8A 4A7DA 1CKHA 2BLXA 3TMUA 5B05A 1JJ0A 1IOQA 3TXGA 1NF5A 1VDTA 1IR9A 1WQOA 5B59A 4G4HA 1LJEA 1LJ4A 1LSGA 3IJUA 4J1AA 2BQJA 4HJVA 4NWHA 2F4AA 4XJBA 4DD2A 4XJGA 3TXHA 1GFKA 3QY4A 4XADA 5KXNA 4Z46A 5JENB 1C46A 4DD7A 1LAAA 2BQAA 5LVHA 1IP6A 2MEFA 1CJ6A 1XGRC 3WL2A 1EQEA 1HENA 2EIZC 5LA8A 5FHWA 1GB6A 1IOSA 3LHMA 2EPEA 1IWWA 2HTXA 5LA5A 1GE0A 4RW1A 3TXDA 4HPEA 4YENA 4PHIA 1DI4A 4TSCA 1LSZA 1JPOA 1HHLA 3B6LA 4TUNA 4WLYA 4PJ2C 1IIZA 1LJIA 4GN5C 1OQMA 1D0KA 4N1EI 3W6FA 5HMVA 1SLYA 1IOCA 2IHLA 1JSFA 2BQOA 4XJFA 2HUBA 2BAAA 4N9RA 1RJCB 3CQLA 1GFRA 3LZ2A 4BADA 4DDBA 1HF4A 2BQFA 1GBSA 4WM2A 4YF2A 2MEHA 2IFFY 3LYMA 2Z12A 5LYZA 1CJ9A 4LT2A 1LZGA 1YAQA 4H9CA 2BQMA 5I53A 1HFZA 1JEFA 3ATOA 3BKHA 3FE0A 1ALCA 3J4GA 9LYZA 1D6PA 5APFA 4WO6A 5I4WA 5L9JA 4HJYA 4XJDA 4G4CA 4B4EA 5KXOA 1IY4A 1ZVHL 4LYOA 4ETBA 2W1YA 4ET8A 5KXMA 3A90A 4G4BA 207LA 4GCEA 1RI8B 1BHZA 1YQVY 2I25L 3HBHA 1UCOA 1VDQA 1LSFA 3W6BA 1DQJC 1LJFA 1GB3A 2BQGA 4G49A 4FJRA 2FBDA 1D6QA 4WO9A 1LJHA 2DQAA 1QSWA 3T6UA 2GV0A 1KXXA 3W6EA 1NBZC 1FLYA 1LYZA 1IWUA 1FLQA 1LHHA 2D4KA 2ZNXY 1WQNA 3RU5A 1XGPC 1CKFA 1QUSA 1LMNA 1BB5A 1B9OA 1BWJA 1EQ5A 1F0WA 1G7IC 3P68A 4B4JA 5F14A 4I8SA 5LVIA 1IVMA 2G4NA 2XBSA 4OWCA 3CB7A 1B7SA 1IR7A 1UA6Y 4X3BA 4ML7A 3P4ZA 1VAUA 5APCA 1LZNA 1LJKA 3EO5A 5T3FA 1B7LA 4XN6A 5HMJA 1B7RA 3B0KA 3D9AC 135LA 1G7LC 1GBOA 2C8OA 2FBBA 4P2EA 4L41A 3ZVQA 1W6ZA 1JKBA 1OUJA 1OUGA 1KIPC 1BGIA 5I4XA 4OWBA 5DM9A 3TXKA 1GFJA 4XYYA 4ETEA 2CWIA 4QEQA 3W6AA 1WVVA 1JJ1A 1OUBA 4YOPA 1TDYA 3W6DA 5HQ1A 1GF7A 4IJ4A 1DKKA 5KXLA 3LYZA 1FLUA 4WLTA 1TEWA 3HBEX 3TMWA 1UIHA 4GCDA 4IATA 1YROA 4MSTA 1QDRA 4NSGA 4E3UA 4GLAA 1H87A 1LTMA 5J7CA 1P2CC 4ETCA 1HNLA 5E9RA 4H93A 2HU3A 4TX7A 1NQIA 4HTKA 2YBMA 3WW5A 4II8A 1YL1X 4LT0A 1BB3A 1FN5A 3WH1A 1WQRA 1KIQC 1UBZA 4WLXA 2MEAA 1YL0X 1KXYA 1JITA 4NGIA 5F9XA 3K3TA 5DN4A 2ZQ4A 1JWRA 5LVJA 2DQDY 4HP0A 4ET9A 5B07A 1CJ7A 4LT1A 4IASA 3WU7A 5AMYA 1CKCA 5F16A 2F2NA 4WM6A 2Y8PA 3OJPA 4NHIA 4BAFA 2BPUA 3A95A 1GFEA 4PRUA 4WL7A 5APDA 1GF8A 1GF0A 2EKSC 3RT5X 4ETAA 3P66A 1LZRA 3WYHA 1VFBC 1YIKA 4NFVA 1LZ9A 1GB8A 1YAPA 193LA 4CHXA 1A2YC 3AZ5A 2FYCA 4GN3A 4NSHA 1HC0A 3TXEA 2D4IA 1FLWA 1LJJA 1LHIA 1CNSA 4HJZA 4MCKA 1HSXA 1NBYC 4NGOA 4QDNA 1GFUA 1OUIA 1LSCA 1IORA 3VWOA 4R6CA 4GN4A 3WPLA 3A91A 1REZA 4EMNA 4M4OA 1F6SA 1UIAA 2MEEA 2YBIA 1EQ4A 1HERA 3W6CA 1LZ8A 2RSCA 3G3BB 1KXWA 3N9CA 1LZDA 1IWXA 1IP2A 132LA 1IC4Y 1IP3A 1C7PA 3CSZA 153LA 1D9UA 1LZ5A 1AKIA 1GFHA 5I5QA 5KY1A 4Z41A 1WTNA 1LYYA 3B0OA 4LFXA 4NGZA 4BS7A 1LMAA 4H9AA 2Z2FA 4H8XA 1NWGA 2AUBA 5KXSA 4CFPA 4QY9A 5A3ZA 1J1PY 5FCPA 2HEAA 4G9SA 1V7TA 194LA 1HEPA 6LYTA 5LIOA 1WQMA 1LKRA 1LSYA 5LXWA 4N0JA 1BB4A 3TMXA 3TXIA 1IP1A 1D0LA 1OUEA 3WULA 5LVKA 3AW6A 4U3XB 1RE2A 1BQLY 1YKZX 1B7OA 2LYOA 2BQEA 1GPQC 1F10A 3WU8A 4D9ZA 1CJ8A 1GDWA 2XBRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
221LA 5M1YA 5B06A 2BQBA 1OP9B 239LA 4DYGA 1TBYA 217LA 1GB7A 4KPMA 5F81A 5FEKA 4XENA 1C6TA 1DXJA 2RBRA 1QQYA 5KXTA 1OUAA 4NHTA 2Z18A 186LA 2D6BA 240LA 1P3NA 1CKDA 130LA 140LA 1DYEA 4N8ZA 1V7SA 2O4WA 5ILCA 1DYFA 1JTTL 1LI6A 1QUGA 3T36A 3V2YA 1P5CA 201LA 3HTDA 5FSTA 3RW8A 1GF5A 1QTHA 3WUMA 1L56A 1PQDA 1JHLA 3CDQA 1C6KA 4EKQA 3A93A 1DZBX 3A94A 4CGEA 1GF9A 1HEQA 2DKVA 3WU9A 1QIOA 1B5WA 1G0GA 2MEDA 4EXMA 3A3RX 1L42A 1RFPA 3G3XA 104LA 109LA 1GFTA 2X0AA 1QT6A 1VDSA 1L75A 4ZEEA 4NHPA 5D5FA 3LN2A 4IAPA 2OE7X 3HTFA 2HEEA 6LYTA 1L57A 5DLAA 5KXZA 138LA 164LA 213LA 1GFGA 1JUGA 144LA 1TAYA 2DQGY 3WXUA 3C82A 1XGTC 4NY5A 2MEIA 3DKEX 1F6RA 3QE8A 170LA 5LZMA 2OEAX 1OWZA 3NY9A 2OTYX 4OOTA 3HU9A 4RW2A 3P65A 3TXJA 1LYSA 4TSBA 4Z98A 5LYMA 1DYBA 2YDGA 1LSDA 152LA 1EPYA 2QB0B 4EKPA 3RZEA 1QUOA 3OE8A 1D2YA 1HELA 1L73A 2DQJY 5KKIA 1OUHA 4DD0A 4DAJA 131LA 1JKDA 208LA 1L84A 5EBHA 2LZTA 2LYZA 1IP5A 4UWUA 5LAFA 2YVBA 4I7KA 1RCMA 238LA 1BB6A 1UUZC 5FELA 4ZFPA 1L23A 4ETDA 1QTKA 2CGIA 1IY3A 2LCBA 4H1PA 1QTEA 5KXXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2MEB A;  3AGI A;  3M18 B;  1IOT A;  5M1Y A;  5B06 A;  2YBJ A;  2BQB A;  4NGY A;  4DD1 A;  1GFA A;  2W1X A;  1OP9 B;  2W1M A;  4DYG A;  1AM7 A;  2BQL A;  3WPK A;  1TBY A;  4KPM A;  1GB7 A;  3GXK A;  1LMO A;  5F81 A;  4QGZ A;  3A96 A;  4XEN A;  5FEK A;  3EMS A;  4LYT A;  1DXJ A;  1JKA A;  1XSF A;  3AZ6 A;  1DPW A;  1QQY A;  5KXT A;  4WMG A;  2YSS C;  2Z19 A;  1OUA A;  2WAR A;  4C5F A;  4EOF A;  4B4I A;  1HML A;  1NDG C;  1HMK A;  4NHT A;  4NHQ A;  2FYD A;  4LYB A;  1LZY A;  2ZIJ A;  2Z18 A;  1I56 A;  2D6B A;  3HBD A;  1JSE A;  3KAM A;  1GHL A;  2ZIK A;  1CKD A;  1LMP A;  1CKG A;  2C8P A;  1FKQ A;  4H8Z A;  4N8Z A;  1KIR C;  1HEM A;  1V7S A;  5ILC A;  5KXP A;  1UC0 A;  1B5Z A;  2F4G A;  1JTT L;  3T36 A;  2XTH A;  4DD3 A;  2BQI A;  3AB6 A;  1DI5 A;  1HEW A;  2Z38 A;  3LZT A;  1MLC E;  3A6C Y;  3AZ4 A;  4J1B A;  1I20 A;  1XEI A;  3AW7 A;  1JIS A;  3LYT A;  4WLD A;  1T3P A;  1LPI A;  2CJL A;  3WMK A;  1GFV A;  5FST A;  1HFX A;  3RW8 A;  1BVK C;  2LZ2 A;  5II3 A;  1GF5 A;  3WUM A;  6LYZ A;  4KXI A; 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 4ET9 A;  5B07 A;  1CJ7 A;  4LT1 A;  4IAS A;  3WU7 A;  5AMY A;  1CKC A;  5F16 A;  2F2N A;  4WM6 A;  2Y8P A;  3OJP A;  4NHI A;  4BAF A;  2BPU A;  3A95 A;  1GFE A;  4PRU A;  4WL7 A;  5APD A;  1GF8 A;  1GF0 A;  2EKS C;  3RT5 X;  4ETA A;  3P66 A;  1LZR A;  3WYH A;  1VFB C;  1YIK A;  4NFV A;  1LZ9 A;  1GB8 A;  1YAP A;  193L A;  4CHX A;  1A2Y C;  3AZ5 A;  2FYC A;  4GN3 A;  4NSH A;  1HC0 A;  3TXE A;  2D4I A;  1FLW A;  1LJJ A;  1LHI A;  1CNS A;  4HJZ A;  4MCK A;  1HSX A;  1NBY C;  4NGO A;  4QDN A;  1GFU A;  1OUI A;  1LSC A;  1IOR A;  3VWO A;  4R6C A;  4GN4 A;  3WPL A;  3A91 A;  1REZ A;  4EMN A;  4M4O A;  1F6S A;  1UIA A;  2MEE A;  2YBI A;  1EQ4 A;  1HER A;  3W6C A;  1LZ8 A;  2RSC A;  3G3B B;  1KXW A;  3N9C A;  1LZD A;  1IWX A;  1IP2 A;  132L A;  1IC4 Y;  1IP3 A;  1C7P A;  3CSZ A;  153L A;  1D9U A;  1LZ5 A;  1AKI A;  1GFH A;  5I5Q A;  5KY1 A;  4Z41 A;  1WTN A;  1LYY A;  3B0O A;  4LFX A;  4NGZ A;  4BS7 A;  1LMA A;  4H9A A;  2Z2F A;  4H8X A;  1NWG A;  2AUB A;  5KXS A;  4CFP A;  4QY9 A;  5A3Z A;  1J1P Y; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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