1LZTA

Refinement of triclinic lysozyme
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Refinement of triclinic lysozyme: I. Fourier and least-squares methods.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Gallus gallus
total genus 36
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1985-04-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lztA00
4LYCA 2HU3A 1GE2A 1JHLA 4WG1A 5T3FA 4CGEA 3RZ4A 7LYZA 2DQFC 1LKRA 2Q0MX 3TXIA 4DD7A 3WMKA 1DZBX 2GV0A 4C5FA 2D6BA 4DDBA 2ZYCA 4KPMA 1GWDA 5KXKA 4TUNA 1FLWA 4YENA 1NWGA 4DD2A 1JITA 4G4HA 5HNLA 1FLYA 4HJYA 4H9AA 1LJHA 4RW2A 5I4YA 3ZVQA 1OUBA 2BQIA 4PGJB 3GXRA 4DWXA 1LHKA 3A92A 4H9CA 153LA 1QSWA 1B7OA 4NEBA 1BWIA 4WM1A 1LTMA 1G7IC 2XTHA 1D0LA 2C8PA 1O23A 5FEKA 1DI3A 4ZEEA 1B7PA 4DDCA 1QUSA 1GF4A 3WUNA 1JPOA 4J0LA 1BVKC 2ZNWY 5KXRA 5I4WA 1YQVY 2N5ZA 5DN4A 1IP2A 1FDLY 1LOZA 3LZ2A 1BB4A 4NHPA 1QDRA 1GF7A 1LYOA 3A3QA 3TXHA 1D9UA 1NKHA 1HC0A 3TXDA 1OUCA 4OWCA 3AZ5A 5L9JA 4HSFA 3TXKA 3A96A 3FE0A 4DD1A 2FBDA 2YBMA 134LA 1IP6A 1LJEA 2DQEY 3A8ZA 3CT5A 4QEQA 1BB5A 2W1MA 1TDYA 3LYZA 3AW6A 4G4BA 1VDTA 2XJWA 1LSPA 3WUAA 3AGIA 1TEWA 4ETAA 5LAFA 1ZMYL 2MEGA 1A2YC 4O34A 5LYTA 4WM2A 3D9AC 1D0KA 1DI4A 2X0AA 3WH1A 2BQDA 4NGZA 4GCCA 4TX7A 3M3UA 1HELA 3TXJA 3IJVA 1A4VA 1LJJA 2FYCA 5KY1A 5KXOA 2VB1A 4LYZA 4RLMA 3TXFA 3WXUA 1LYZA 2DKVA 4WM6A 6LYZA 3CT1A 1GB3A 5I5QA 4I8SA 5L3IA 4NSJA 3AZ4A 3QE8A 1WQOA 4OWAA 1AZFA 5APFA 2BQLA 2YBIA 4ANRA 2F4AA 1B5XA 1GB9A 2DQJY 1LZ8A 4WM5A 1UBZA 4NGYA 4PRQA 1IWYA 2HEEA 5LVIA 3J4GA 1XEKA 1G7HC 2H9KA 5KXPA 3T36A 2C8OA 2ZIKA 1B9OA 3W6FA 1YILA 4NHSA 1LHJA 208LA 3WYHA 3QY4A 3ZVQB 1GDXA 4EMNA 4XJHA 1UACY 2W1XA 1HFZA 1LZSA 1RE2A 1GPQC 4DD3A 1IP4A 1LSDA 1DXJA 2PC2A 1BVXA 4KT3A 1UIHA 4NFVA 1IOCA 4NY5A 1LMNA 1LSEA 1OUEA 1RI8B 1RJCB 3AZ7A 4MSTA 5HMJA 1BWHA 1B5ZA 3AGHA 5KXYA 3WVXA 4YEMA 1XEJA 4H1PA 1JJ3A 1LZ4A 4N8ZA 1OUGA 5IHGA 4GCDA 1XFPL 2Z18A 4GLAA 1IP7A 1GFKA 3TMWA 2YBHA 3IJUA 2H5ZA 2Z2EA 1HERA 1LSYA 1IC5Y 1XGPC 3A3RX 3K3TA 4H9IA 4HTNA 1HENA 4MR1A 4XYYA 1HSWA 4YEOA 3BKHA 3BKVA 1LZTA 5DM9A 3G3AB 3OJPA 1NBYC 4LFXA 4BAFA 5I4XA 5KXMA 1G7LC 1T3PA 1IOQA 3A93A 1C7PA 2I26L 1YKZX 3EBAB 3LYOA 2HEBA 2LYMA 4LT0A 4WM3A 5APEA 4DC4A 1QDTA 5LXWA 1AM7A 5DLAA 2BLXA 2BQHA 2DQDY 1GXXA 1LSFA 1UIGA 1H87A 1KIQC 135LA 2DQAA 5B06A 3TMVA 1XGTC 1LYSA 1DKJA 2LYZA 2YBNA 3EO5A 3FI7A 1TBYA 1IO5A 2WARA 3F6ZA 1RFPA 3P4ZA 4Z98A 5E4PA 3TXBA 133LA 4E3UA 1NMMA 5A3ZA 1IWUA 3E3DA 3EXDA 5JENB 5KJ9A 1JSEA 2B5ZA 2HUBA 1QTKA 1JJ1A 3AJNA 1IC7Y 1JTTL 3LYTA 1LHIA 1I1ZA 4EOFA 1LZ5A 3A34A 3LYMA 4G4CA 2F4GA 3N9EA 1LMOA 1GAZA 4BADA 2RSCA 4UWUA 1GHLA 2LZTA 1GBXA 1OUFA 3RNXA 1CJ6A 4IASA 1VDPA 4NSHA 1BGIA 4X3BA 3W3EA 1YAPA 3A67Y 1CKHA 1LAAA 1TCYA 2F30A 1LCNA 4H94A 1HSXA 1DPXA 4XJFA 1GFAA 2BLYA 4TSCA 1UIEA 4R0FA 4KL7A 4WLYA 3WXTA 4M6DA 1IWZA 1YL0X 2DQGY 5LA8A 3HBEX 5KXWA 4LT1A 1W6ZA 1GFRA 4N5RA 1GE3A 4DDAA 4ZFPA 1QSAA 1NDMC 2BQNA 5AMYA 1LMPA 2D4JA 4A7DA 1LJ3A 1LJGA 1GB7A 4G9SA 1IY4A 1IWWA 3AYQA 4II8A 1PS5A 1JIYA 4QY9A 1XGQC 5HLLA 1GB0A 1IR8A 5LAGA 3WW6A 2YSSC 5B1GA 2BQBA 4Z41A 4W94A 1WQQA 4IATA 1JTPL 4RDSA 1D6PA 2Z12A 1HEWA 5KXLA 5KXXA 2G4QA 1B2KA 4OWEA 2MEDA 3T6UA 2MEIA 1QIOA 1UUZC 4WLXA 1B5VA 4LYTA 5KKJA 1GFVA 1WTMA 1LZGA 1HHLA 4ML7A 4WLTA 1GDWA 1YAQA 2BAAA 3A6CY 1REXA 1EQ4A 2BQOA 9LYZA 3LN2A 2FYDA 1LSNA 2MEFA 1LSCA 2ZQ4A 2Z38A 4HJZA 1Z55A 5LIOA 4OWBA 5II3A 3AB6A 4GCEA 4NGOA 1HMLA 4H8ZA 1GFUA 4H8YA 4OWHA 1YAOA 1JKBA 4C3WA 2ZIJA 4GN5C 4J1AA 4HPEA 1GBSA 1VDSA 1G7JC 1REYA 1IEEA 2D4IA 1UIBA 5FDJA 5LINA 5LVGA 1XGUC 4B1AA 1NBZC 3W6EA 2CJLA 4AXTA 1UC0A 2XBSA 4XN6A 1VAUA 1JEFA 1KIPC 3J6KA 4H9FA 1LZRA 5HMVA 1AT5A 1YL1X 1J1PY 2BQMA 2BQKA 1B7QA 1LMAA 2LHMA 3TMUA 4UWNA 3W6AA 1LJ4A 1BQLY 2LZ2A 1LSZA 1IWVA 1V7SA 2W1YA 1LZDA 2ZWBA 4NGWA 4LYBA 3WU9A 4ETEA 4Z3MA 2D91A 3CSQA 4N0JA 4XJIA 1G7MC 2A7DA 1B7NA 5B07A 1CKDA 5HQ1A 2H9JA 1C10A 1HMKA 1LMCA 1I20A 2Z39A 4NHTA 5I53A 1KXYA 4QGZA 1GF8A 1GB8A 1JUGA 3B72A 4TSBA 2F2NA 1GFEA 2HEFA 1GFJA 4HJVA 1UIFA 1EL1A 1J1OY 1IIZA 1CKCA 1DI5A 1LYYA 3A95A 4NIJA 5C6IA 1OUIA 1OUDA 5DN5A 1TAYA 1WVUA 5KXTA 1IR7A 1SQ2L 1SLYA 1LJFA 1J1XY 2CGIA 1F6RA 3A94A 3WPLA 4B0DA 2BQEA 3B6LA 1CKGA 4TWSA 3WU8A 1GBOA 1LHMA 1XEIA 1WQNA 1CJ7A 4WG7A 2ZNXY 5D5FA 4ET8A 132LA 1MLCE 5J7CA 3WPJA 1F0WA 1BHZA 4RLNA 2I25L 4LYMA 4NGKA 5ILFA 1IORA 3WW5A 2MEAA 1B0DA 4B49A 4DT3A 4H93A 1INUA 4DYGA 3CSZA 1H6MA 2A7FA 1GFGA 1UCOA 4LZTA 1GAYA 2NWDX 4P2EA 4QDNA 1JKAA 3W6CA 4N1EI 2DQCY 2IFFY 2CDSA 5L3HA 1FLUA 2HTXA 1IX0A 2MEHA 1RCMA 4HP0A 4XADA 5LVHA 1E8LA 1CKFA 3CT0A 1OP9B 1KXWA 1B5YA 1BB3A 1IP1A 3M18B 1DKKA 4WO9A 3RT5X 1N4FA 4D9ZA 4OOOA 1LZBA 4H90A 4CFPA 5B05A 4KXIA 4HV2A 4RW1A 1LSMA 1BB6A 3ATOA 4WL7A 1B7RA 1DPWA 4HV1A 1YAMA 1LJIA 4DD9A 2CWIA 1V7TA 1BB7A 1XGRC 4N1CC 4WLDA 1T6VL 2DBTA 4GCBA 3TMXA 1GB2A 1IP3A 1LSGA 1GF0A 4YOPA 4B4IA 207LA 1GEVA 4H91A 2IHLA 1MELL 5APDA 5C6LA 1YKYX 1JSFA 1WQMA 1UIAA 3HBHA 1NHEA 3LHMA 5F16A 4LFPA 5ILCA 3A6BY 1WQRA 1GF9A 5IELA 1QUTA 4ZIXA 1VFBC 1EQEA 1D0MA 1IOSA 1QTEA 4GLVA 3P64A 3B0KA 2HEDA 4NG8A 4H92A 2BQJA 4ETDA 3AGGG 1GE0A 4ETCA 3WU7A 5LYZA 1LKSA 2YDGA 5D5CA 3B0IA 4LYOA 4J7VA 1GBWA 2LYOA 3A90A 8LYZA 3WPKA 5LYMA 1FLQA 1LJNA 4OW1A 5APCA 5IDDA 4NWEA 1GB5A 1OQMA 5LVKA 1LZEA 3VWOA 3WULA 1OUAA 3HFMY 2BQFA 4ET9A 1VATA 3WVYA 1YROA 3W6DA 1IY3A 2BQAA 4CFOA 5KXNA 1LZ6A 3EMSA 3RW8A 1GXV2 2YBJA 5F14A 2YVBA 4NGJA 1D6QA 2AUBA 4MCKA 5I54A 3SP3A 5FELA 1JKCA 1ZV5L 4WMGA 4LGKA 3QNGA 3ULRA 1GFTA 3N9CA 4HTQA 1NF5A 193LA 4NGLA 4WL6A 1LJKA 1LMTA 4WM4A 4PRUA 2G4NA 4CHXA 2HECA 1F10A 5B1FA 5KKIA 1W08A 1LHLA 1HF4A 1B7LA 3P65A 4YM8A 5KXSA 3B0OA 3AW7A 2ZQ3A 4L41A 1GF6A 4CJ2A 1YIKA 1B7SA 4GN3A 2BQCA 1DQJC 4AGAA 2EQLA 1LZNA 4NSIA 4XJDA 5M1YA 3MGWA 4NHIA 5FCPA 1IVMA 4N9RA 1EQ5A 1P2CC 4WO6A 1YKXX 1OUHA 3TXEA 2G4PA 3N9AA 4FJRA 1FN5A 2EIZC 4XJGA 5EBHA 5E9RA 4WOAA 4BAPA 1REMA 1NDGC 1B5UA 4G49A 1HEOA 3AZ6A 4U3XB 4B4JA 3LZTA 3TXGA 1REZA 2ZYPA 4DD0A 4HTKA 5F81A 1LSBA 1ALCA 3D3DA 4Z46A 1UIDA 5F9XA 4H8XA 5F9UA 5B59A 1GD6A 3G3BB 3KAMA 2HU1A 4OOTA 1YANA 4FDYA 4NG1A 3W6BA 1I56A 4HPIA 4M4OA 1IWTA 1HEMA 4R6CA 5FHWA 1BWJA 1HFXA 1FKQA 5DL9A 4ETBA 1PZYA 1LZCA 4LT2A 1LMQA 1LSAA 1IP5A 4GCFA 2FBBA 5FSTA 2Z2FA 4H9EA 4PHIA 1AKIA 1GE4A 1GFHA 1KXXA 5HNCA 1GB6A 2HEAA 1GF3A 4BS7A 2W1LA 4TTDA 1C46A 4NGVA 5K7OA 2MEEA 1F6SA 3CB7A 2EKSC 2DQIY 3HBDA 4XJBA 1LZ9A 1IWXA 4XENA 1C08C 5LA5A 5C6JA 1JJ0A 3CSRA 4NSGA 1VEDA 2MECA 4I0CA 1IOTA 2I6ZA 3P66A 3OK0A 1LHHA 1LZAA 2XBRA 1UICA 1XSFA 4W96A 3ZEKA 1JTOL 1JWRA 1GF5A 2YBLA 1GBYA 3ATNA 4H9HA 3CQLA 4H9BA 4PPOA 1IR9A 3WL2A 3IWRA 1JKDA 1JISA 1HFYA 1WVVA 1HNLA 2EPEA 1C43A 2DQHY 1QQYA 4YF2A 4B4EA 1B5WA 5A3EA 2BPUA 2Y8PA 3GXKA 1HEPA 2Z37A 4NHQA 4NWHA 2MEBA 4UWVA 1KIRC 1CJ8A 1ZVHL 1B7MA 4LT3A 1WQPA 1HEQA 1LZYA 4PJ2C 4IJ4A 2BQGA 6LYTA 1FKVA 1GBZA 2D4KA 3RU5A 194LA 3A91A 1FBIX 3WUMA 1GEZA 1UA6Y 5KXZA 4J1BA 4GN4A 1GE1A 1LZ1A 3P68A 1WTNA 1CJ9A 1OUJA 5LVJA 1AT6A 1C45A 2ZILA 1LPIA 1CNSA 1NQIA 1VDQA 1ZVYB 4NGIA 154LA 2Z19A 1IC4Y
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LC9A 2HU3A 1JTNA 4CGEA 3TXIA 233LA 2GV0A 2D6BA 214LA 1FLWA 1NWGA 1FLYA 4RW2A 1OV5A 4H9CA 1LYFA 153LA 4NEBA 1B7OA 1BWIA 3G3XA 1O23A 127LA 4DDCA 1G0QA 1QTBA 1DYDA 2N5ZA 1LOZA 1QT6A 4ARQB 1QDRA 1D9UA 247LA 4OWCA 1C6GA 4HSFA 3TXKA 3A96A 1QSQA 3FE0A 2YBMA 1LJEA 1G06A 1TDYA 2XJWA 2B73A 212LA 3D9AC 184LA 3PBLA 4NGZA 2HUMA 1LJJA 5KY1A 5KXOA 4RLMA 3WXUA 1LYZA 4OWAA 2BQLA 189LA 1B5XA 1G1VA 3RUNA 4PRQA 2HEEA 2F2QA 5LVIA 130LA 2C8OA 1B9OA 3WYHA 2RB1X 3ZVQB 4ARMB 1OVJA 166LA 2L78A 4ARLA 163LA 1LSDA 5M1YA 1LMNA 1LSEA 5HMJA 2B72A 1LZ4A 172LA 3TMWA 1LSYA 2A4TA 4YEOA 5KXYA 2B74A 3G3AB 4LFXA 1G7LC 1T3PA 3A93A 1YKZX 1LYDA 4DC4A 1QDTA 5LXWA 1L16A 5DLAA 1GXXA 3TMVA 135LA 2DQAA 2LYZA 3FI7A 2WARA 3F6ZA 4Z98A 5JENB 133LA 3UONA 1JSEA 2B5ZA 3LYTA 1I1ZA 1L41A 3A34A 1LMOA 3HT7A 1C65A 1GAZA 1L70A 1GBXA 4YX7C 1DYCA 201LA 1D3FA 1YAPA 4PJZA 1L21A 1LCNA 191LA 1DYAA 1GFAA 1L90A 226LA 2B6YA 4M6DA 2DQGY 1YL0X 4W56A 4LT1A 4DDAA 107LA 1L08A 1QSAA 2D4JA 1IWWA 5HLLA 4LDLA 1SWZA 1GB0A 1IR8A 2YSSC 4K5YA 2BQBA 1C6IA 1B2KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LYC A;  2HU3 A;  1GE2 A;  1JHL A;  4WG1 A;  5T3F A;  4CGE A;  3RZ4 A;  7LYZ A;  2DQF C;  1LKR A;  2Q0M X;  3TXI A;  4DD7 A;  3WMK A;  1DZB X;  2GV0 A;  4C5F A;  2D6B A;  4DDB A;  2ZYC A;  4KPM A;  1GWD A;  5KXK A;  4TUN A;  1FLW A;  4YEN A;  1NWG A;  4DD2 A;  1JIT A;  4G4H A;  5HNL A;  1FLY A;  4HJY A;  4H9A A;  1LJH A;  4RW2 A;  5I4Y A;  3ZVQ A;  1OUB A;  2BQI A;  4PGJ B;  3GXR A;  4DWX A;  1LHK A;  3A92 A;  4H9C A;  153L A;  1QSW A;  1B7O A;  4NEB A;  1BWI A;  4WM1 A;  1LTM A;  1G7I C;  2XTH A;  1D0L A;  2C8P A;  1O23 A;  5FEK A;  1DI3 A;  4ZEE A;  1B7P A;  4DDC A;  1QUS A;  1GF4 A;  3WUN A;  1JPO A;  4J0L A;  1BVK C;  2ZNW Y;  5KXR A;  5I4W A;  1YQV Y;  2N5Z A;  5DN4 A;  1IP2 A;  1FDL Y;  1LOZ A;  3LZ2 A;  1BB4 A;  4NHP A;  1QDR A;  1GF7 A;  1LYO A;  3A3Q A;  3TXH A;  1D9U A;  1NKH A;  1HC0 A;  3TXD A;  1OUC A;  4OWC A;  3AZ5 A;  5L9J A;  4HSF A;  3TXK A;  3A96 A;  3FE0 A;  4DD1 A;  2FBD A;  2YBM A;  134L A;  1IP6 A;  1LJE A;  2DQE Y;  3A8Z A;  3CT5 A;  4QEQ A;  1BB5 A;  2W1M A;  1TDY A; 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 3W6B A;  1I56 A;  4HPI A;  4M4O A;  1IWT A;  1HEM A;  4R6C A;  5FHW A;  1BWJ A;  1HFX A;  1FKQ A;  5DL9 A;  4ETB A;  1PZY A;  1LZC A;  4LT2 A;  1LMQ A;  1LSA A;  1IP5 A;  4GCF A;  2FBB A;  5FST A;  2Z2F A;  4H9E A;  4PHI A;  1AKI A;  1GE4 A;  1GFH A;  1KXX A;  5HNC A;  1GB6 A;  2HEA A;  1GF3 A;  4BS7 A;  2W1L A;  4TTD A;  1C46 A;  4NGV A;  5K7O A;  2MEE A;  1F6S A;  3CB7 A;  2EKS C;  2DQI Y;  3HBD A;  4XJB A;  1LZ9 A;  1IWX A;  4XEN A;  1C08 C;  5LA5 A;  5C6J A;  1JJ0 A;  3CSR A;  4NSG A;  1VED A;  2MEC A;  4I0C A;  1IOT A;  2I6Z A;  3P66 A;  3OK0 A;  1LHH A;  1LZA A;  2XBR A;  1UIC A;  1XSF A;  4W96 A;  3ZEK A;  1JTO L;  1JWR A;  1GF5 A;  2YBL A;  1GBY A;  3ATN A;  4H9H A;  3CQL A;  4H9B A;  4PPO A;  1IR9 A;  3WL2 A;  3IWR A;  1JKD A;  1JIS A;  1HFY A;  1WVV A;  1HNL A;  2EPE A;  1C43 A;  2DQH Y;  1QQY A;  4YF2 A;  4B4E A;  1B5W A;  5A3E A;  2BPU A;  2Y8P A;  3GXK A;  1HEP A;  2Z37 A;  4NHQ A;  4NWH A;  2MEB A;  4UWV A;  1KIR C;  1CJ8 A;  1ZVH L;  1B7M A;  4LT3 A;  1WQP A;  1HEQ A;  1LZY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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