1MLCE

Monoclonal antibody fab d44.1 raised against chicken egg-white lysozyme complexed with lysozyme
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Three-dimensional structures of the free and the antigen-complexed Fab from monoclonal anti-lysozyme antibody D44.1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords IGG1-KAPPA D44.1 FAB (LIGHT CHAIN)
molecule tags Complex (antibody/antigen)
source organism Mus musculus
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence F
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-03-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1mlcE00
1F0WA 1LSFA 3WXTA 4PHIA 5DM9A 4W94A 1GB6A 4PPOA 4NHPA 1GE3A 2G4QA 4WM4A 1IO5A 4XJDA 4BAFA 1LZRA 2D4JA 2CDSA 2C8PA 1LYZA 5KXXA 3TMWA 4NSJA 1BHZA 5D5FA 3WVYA 1VFBC 1IC5Y 4LFXA 2BQCA 3G3AB 3TXBA 3FI7A 1LKSA 4TWSA 1VEDA 4CFPA 1LSAA 5L3HA 4DC4A 1B7LA 1IWUA 1YAPA 1V7SA 3ZVQA 1B7QA 1IC7Y 1LZGA 5APEA 1GFJA 5FSTA 1UA6Y 1SQ2L 4NHSA 1YAMA 4G49A 5LIOA 1B5VA 1IY3A 1GBWA 5EBHA 1GBZA 2W1LA 2GV0A 1D6PA 1B0DA 1YQVY 5HNLA 3EXDA 4ZFPA 1D0LA 5L3IA 3B72A 4QDNA 2F2NA 1AKIA 3D9AC 5DN5A 1H6MA 2BQJA 1IOTA 3WPJA 2HTXA 4TX7A 3P68A 5KXPA 1GB2A 1LHKA 3CT0A 2DBTA 2Z18A 4II8A 5KXYA 5C6JA 3A6BY 1GAZA 1QTKA 2EIZC 2YSSC 3ATNA 3ATOA 1YIKA 1JEFA 4LFPA 2IHLA 2MEAA 1YILA 1Z55A 3CT1A 3HBEX 4KXIA 4LT1A 1D0KA 8LYZA 1JKDA 4OWCA 4YEOA 5KKIA 4LZTA 3WYHA 1AZFA 3CB7A 1WQNA 5C6LA 1EQ5A 1D0MA 4NGIA 1LSYA 5LVIA 3TXDA 4HJYA 1IX0A 1G7HC 1KXWA 1UIBA 3QNGA 4D9ZA 1IWWA 1GF3A 4P2EA 2LYZA 4U3XB 1HC0A 5B05A 1ZVHL 4ZEEA 4OWAA 1C46A 1CKFA 2MEHA 5F81A 1GF4A 2MEBA 1UACY 2EKSC 4ZIXA 5KY1A 4LGKA 4TSBA 5KKJA 1HERA 1JTPL 1LOZA 1NBYC 1IIZA 4TSCA 5LINA 153LA 4FJRA 5APFA 3A95A 3FE0A 1GFEA 5AMYA 3WULA 1GFRA 1C7PA 1I1ZA 1AT6A 4DD0A 4QEQA 2ZIKA 4I8SA 4YM8A 5DN4A 4NGWA 2F30A 1CJ7A 1GDXA 4KT3A 4UWUA 5LVKA 4XN6A 1GF0A 5FCPA 4WM5A 1HFYA 1EQ4A 1IOQA 1MLCE 3AGIA 1BWIA 4M4OA 1W6ZA 1GXV2 1LHMA 2CJLA 3LZTA 2WARA 2LZTA 1BVKC 3N9EA 2DQIY 1XEJA 4H92A 4WOAA 5A3EA 5KXKA 2A7FA 1OUEA 3G3BB 3HBHA 2FBBA 2N5ZA 1I56A 1HHLA 3TXIA 1GEVA 3A8ZA 3AZ4A 2ZYPA 2IFFY 4QY9A 4GCDA 3LYZA 1WVVA 2BQBA 2MECA 3WXUA 1IVMA 4DD1A 4ETBA 5IDDA 1WQMA 1IP4A 1RJCB 4UWVA 1BQLY 3LN2A 1C45A 4I0CA 1NWGA 1LZBA 1JJ0A 1REYA 1FKVA 1LJFA 1LSEA 1GB0A 1QSWA 1WTNA 4HJVA 4OWHA 4GN5C 5I5QA 3MGWA 2XJWA 3A96A 2ZILA 1F10A 5IELA 2RSCA 132LA 1CJ6A 1HEQA 1SLYA 1LZ6A 4ML7A 2YBHA 4HPEA 4H9IA 4ET9A 5LVJA 1GWDA 1GDWA 2ZNXY 1GD6A 4UWNA 1BB6A 1LSBA 4XENA 4WM2A 1LJGA 1UIDA 4WMGA 4YF2A 3W6BA 2FYDA 1QUSA 1RI8B 1LMCA 3WU8A 1UIFA 1LJ3A 4LT2A 3AW6A 4OWEA 1HF4A 1LCNA 7LYZA 1CKGA 2A7DA 2DQAA 3CSRA 3A3QA 4DWXA 3IJVA 1GE2A 4ETDA 5KXMA 2W1MA 1VATA 3ULRA 1LMAA 1LMTA 1YL0X 4G9SA 2HU1A 1LZ4A 3M18B 1GPQC 1OUAA 1YAQA 4LYCA 3RNXA 3AGGG 4WO9A 4NG8A 1IORA 4DDBA 1UIEA 4NSIA 1HFZA 4H9EA 3A94A 3A92A 1BGIA 1DPWA 4KL7A 2Z37A 3K3TA 1KIPC 1CNSA 1LSDA 2YVBA 1J1PY 4J0LA 4MCKA 5LA8A 4OW1A 4M6DA 2W1YA 5B07A 3A93A 5KXTA 1FLQA 1WQRA 5E9RA 1LSMA 1ZV5L 2FBDA 2BQFA 4IJ4A 3TXHA 1WQPA 3WUMA 1LJHA 1KIQC 1LZ9A 1GE1A 1PZYA 1TAYA 1GAYA 1IWTA 4CGEA 1QDRA 1HNLA 3ZVQB 4DD3A 5KXRA 1B5YA 3WMKA 3WPLA 1WTMA 4HTKA 5B1GA 5ILCA 1DI5A 2XTHA 3EBAB 1OUHA 4WM1A 1LYYA 1D6QA 4R6CA 1CKDA 1LSNA 2CWIA 1REMA 2Z2EA 1C43A 2XBSA 3AYQA 4BAPA 1IOSA 1TCYA 1LZ1A 1YANA 4LYZA 4EOFA 2YBJA 6LYTA 2Y8PA 1DKJA 4DD9A 3RZ4A 2BQDA 3CT5A 4XADA 5C6IA 1EQEA 3CSZA 2LYMA 1XEKA 3ZEKA 4ETCA 1JSFA 2EPEA 4X3BA 3CSQA 1DI4A 3WUNA 2BAAA 2HU3A 5HNCA 2D4KA 1GE0A 1LAAA 3WL2A 5JENB 5KXNA 1GB7A 1VDQA 1FBIX 1GF6A 3CQLA 4H8XA 1XSFA 4NEBA 5F9XA 4NWEA 1UIGA 3M3UA 1HSWA 1BB3A 2I25L 1G7JC 3EO5A 1GF9A 154LA 1JJ3A 4NGLA 1P2CC 1UICA 3WVXA 1IP1A 1HELA 1GB3A 2F4GA 2Z19A 4RW1A 1T6VL 1UIHA 2FYCA 1LZEA 1LSPA 1G7LC 1LZYA 1QIOA 2BQGA 5KXWA 4A7DA 1IC4Y 4WO6A 4HV1A 2D91A 1GHLA 2BQOA 4CFOA 5IHGA 1TEWA 3A91A 3TXFA 4B0DA 4DDAA 1NDGC 133LA 1IR8A 1IR7A 1J1XY 1AT5A 4B4JA 2MEEA 4KPMA 3RT5X 1VDPA 3W6DA 5LVGA 2HEFA 3SP3A 3N9AA 2YBIA 3TXEA 4WLYA 2W1XA 1B7SA 4NGOA 1CKCA 1JIYA 4XJGA 1IP5A 1N4FA 1YAOA 2ZYCA 4H8ZA 5B1FA 1JITA 4ET8A 1LSGA 1LTMA 1I20A 4RLNA 3WU7A 1GF8A 1J1OY 1HFXA 1UIAA 1BB7A 1CKHA 3LYMA 1NDMC 5APCA 5B06A 2YBMA 4G4BA 1IWZA 1XGPC 1FDLY 2XBRA 1CJ9A 3HBDA 5KXZA 5FDJA 2D4IA 3WW6A 1LZ5A 3P66A 4FDYA 4H9FA 2DQEY 1LJIA 1JKAA 1IWVA 4G4CA 4TUNA 3BKVA 5HLLA 4QGZA 1VDSA 1DKKA 1JKCA 1HMKA 1XGUC 1LJNA 1ZMYL 4B1AA 4E3UA 6LYZA 1JPOA 5HMJA 1OUJA 5E4PA 3HFMY 3TMUA 5LAFA 4H93A 4L41A 1OQMA 1HEPA 4H9HA 4NWHA 5LYMA 1EL1A 4NHQA 4PRUA 5L9JA 2YDGA 2Z39A 1UUZC 4J7VA 4N1CC 3W6EA 1GBYA 2HEEA 1FLUA 2CGIA 1MELL 1IWXA 1KXXA 1VAUA 1INUA 1QSAA 2BQLA 1IP2A 2MEGA 4H91A 5F14A 3AZ5A 3WU9A 5I4YA 5I4XA 2ZIJA 2DQFC 2Q0MX 1LYSA 4YEMA 1ALCA 2B5ZA 2Z2FA 2G4NA 4GN3A 1BB5A 1HEOA 1C08C 3TXGA 4DD7A 1B5ZA 1BB4A 2BQHA 4C3WA 1YKZX 4NGZA 1LMNA 1NF5A 5I53A 1IP3A 3A6CY 3P4ZA 1B9OA 2BQMA 5APDA 3AW7A 134LA 1GF7A 3TMVA 5B59A 1YKXX 3TXJA 2HEAA 1GE4A 4HV2A 4RDSA 4B4EA 1GBOA 1GFVA 5LA5A 1B2KA 2MEDA 2BLXA 2BPUA 2Z38A 4Z3MA 4G4HA 2ZQ3A 1JKBA 3A90A 4LYBA 4NFVA 1HEMA 1A2YC 2HEBA 135LA 5T3FA 5KXLA 4DT3A 1LZTA 1B5UA 1REZA 1DPXA 2PC2A 1OUCA 3WUAA 1LZCA 1O23A 3KAMA 1XFPL 4H1PA 1JWRA 4HTQA 4NSGA 3TXKA 1JTTL 1V7TA 2BQIA 4CHXA 5ILFA 4HJZA 4N5RA 1HMLA 5F16A 2I6ZA 4OWBA 2NWDX 1LHLA 5HQ1A 3AGHA 5LVHA 5LAGA 1JISA 1FN5A 1TBYA 3WW5A 1B7RA 1JHLA 3GXKA 3J6KA 5DL9A 1JTOL 1GFTA 1DQJC 4GLVA 4WLDA 1OUDA 4PJ2C 1XEIA 1LZAA 1NBZC 4NGKA 1REXA 4B49A 4TTDA 4RW2A 2LZ2A 2H9KA 1GB9A 3W6AA 3B0KA 2HECA 2HEDA 4N8ZA 4PRQA 1H87A 4N0JA 1WQOA 4WM6A 4B4IA 1LMQA 1OUIA 1LHIA 2DQHY 3IJUA 4MSTA 3VWOA 5I54A 1E8LA 2H5ZA 4XJHA 4BADA 1LKRA 3QE8A 4NIJA 4IATA 1G7IC 1VDTA 4NY5A 3WH1A 1WVUA 4DD2A 3D3DA 3A67Y 2F4AA 4XJBA 2DQDY 3W6FA 4LYTA 4GCBA 1JSEA 4H94A 1UBZA 1TDYA 1RCMA 2I26L 3B0OA 1LMPA 3BKHA 4H8YA 1RFPA 2ZNWY 2YBLA 4NGVA 5DLAA 1LJJA 1A4VA 1IP6A 2BQKA 3J4GA 2HUBA 4Z98A 4HPIA 1QDTA 1AM7A 1B5WA 1LZSA 4WLTA 5FEKA 1LZNA 4J1BA 1GFHA 1GFKA 1PS5A 2BLYA 1IWYA 1C10A 2AUBA 1B7PA 1LZDA 1NHEA 1HSXA 4DYGA 2C8OA 3OK0A 4PGJB 1GFUA 1BVXA 1GEZA 1GXXA 1WQQA 4HP0A 4Z46A 2EQLA 1XGQC 3N9CA 4H90A 3RW8A 4NG1A 3LYTA 1NQIA 3AB6A 1GB8A 1DI3A 1F6SA 1GFAA 4WLXA 1HENA 1BWJA 1LJKA 1T3PA 1GBSA 4NHIA 4ETAA 5LXWA 3EMSA 4YENA 1KIRC 1XGRC 1IEEA 5D5CA 1LPIA 4HTNA 207LA 2MEIA 1HEWA 4DDCA 4GCCA 4XJIA 1UCOA 5FELA 5HMVA 4N9RA 1GFGA 1QUTA 2G4PA 4YOPA 4ETEA 3WPKA 3LYOA 1B5XA 4H9CA 4H9AA 1QTEA 4GCFA 4AXTA 4Z41A 1LMOA 4GN4A 3B6LA 1LJ4A 5KXOA 1GF5A 1LHHA 4ANRA 3B0IA 5II3A 3F6ZA 5I4WA 1LYOA 4MR1A 1IY4A 4W96A 1LHJA 1GBXA 1UC0A 4LT3A 5LYZA 1QQYA 2BQNA 4OOTA 5J7CA 1FLYA 4GLAA 2DKVA 4R0FA 4LYMA 4NHTA 1GB5A 2ZWBA 4WL6A 2D6BA 3LZ2A 4WG7A 1RE2A 5M1YA 1YKYX 2LHMA 1YROA 2YBNA 2LYOA 4IASA 1JJ1A 1LSCA 4O34A 5FHWA 4C5FA 2DQCY 1DZBX 5KJ9A 5F9UA 3W3EA 3E3DA 1D9UA 4NSHA 4XYYA 4H9BA 3W6CA 9LYZA 1OUFA 3P64A 3T36A 4WL7A 3IWRA 1LZ8A 4AGAA 1OP9B 3AJNA 4WG1A 4HSFA 1W08A 1B7MA 1YL1X 1NMMA 1NKHA 1JUGA 1ZVYB 4OOOA 4EMNA 2VB1A 3AZ7A 1IP7A 1OUGA 1CJ8A 4BS7A 1KXYA 193LA 1DXJA 1B7NA 2BQAA 4J1AA 4LYOA 4NGYA 1LSZA 3GXRA 2H9JA 3TMXA 3RU5A 4CJ2A 1OUBA 194LA 1G7MC 1B7OA 2X0AA 3A34A 4NGJA 2ZQ4A 3LHMA 2BQEA 3AZ6A 3A3RX 4N1EI 2Z12A 4LT0A 4XJFA 2DQJY 1LJEA 5A3ZA 5LYTA 1IR9A 1FLWA 4RLMA 2DQGY 3OJPA 4WM3A 3T6UA 5K7OA 1BWHA 2MEFA 3QY4A 208LA 1IOCA 5KXSA 1F6RA 1XGTC 1FKQA 3P65A 4GCEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LSFA 3WXTA 4W94A 4BAFA 4W53A 4W59A 3GUNA 1LZRA 2D4JA 1L47A 206LA 1BHZA 1KY0A 2BQCA 180LA 3FI7A 2RH1A 4EKRA 4DC4A 3GUJA 1OYUA 4K5YA 3ZVQA 1LZGA 5APEA 1SQ2L 1B5VA 1IY3A 1D6PA 3EXDA 3B72A 4I7RA 1WTHA 5KXPA 147LA 1L38A 1NHBA 4II8A 5KXYA 2EIZC 1QTKA 4LFPA 3UONA 4LT1A 2OTZX 1KY1A 1C6QA 1AZFA 5C6LA 1UIBA 4W58A 1IWWA 4I7PA 1C46A 2EKSC 4ZIXA 5KY1A 4LGKA 1C6MA 1JTPL 2IGCA 4TSCA 5LINA 1L27A 1DYFA 1G0LA 4DD0A 4I8SA 4KT3A 2OE7X 3EMLA 249LA 1IOQA 1L96A 4EXMA 4DQ5A 1LHMA 3N9EA 1XEJA 4H92A 4WOAA 1OUEA 3G3BB 1GEVA 4YX7C 2IFFY 3LYZA 1DYBA 1P2RA 1RJCB 1BQLY 3NY9A 4I0CA 1C45A 1QUOA 1LI2A 5I5QA 3MGWA 215LA 2XJWA 129LA 1F10A 5IELA 4ARMA 103LA 1LZ6A 1D3FA 2YBHA 4H9IA 1BB6A 3FI5A 3HTGA 252LA 1QUSA 1L98A 4OWEA 227LA 1HF4A 1CKGA 2A7DA 4DWXA 4DAJA 3CDOA 1VATA 1LMAA 1LMTA 1DYAA 4G9SA 1K28A 1OUAA 3M18B 1YAQA 262LA 2HULA 1C6NA 197LA 4DDBA 1L55A 1BGIA 1DPWA 4S0WA 1CNSA 2O79A 3A93A 5KXTA 4IJ4A 190LA 1TAYA 2B74A 3SN6R 1SX2A 5B1GA 1DI5A 4WM1A 1LYYA 1D6QA 1LSNA 3AYQA 1L84A 1C43A 6LYTA 2YBJA 170LA 1T8FA 3RZ4A 1L66A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1F0W A;  1LSF A;  3WXT A;  4PHI A;  5DM9 A;  4W94 A;  1GB6 A;  4PPO A;  4NHP A;  1GE3 A;  2G4Q A;  4WM4 A;  1IO5 A;  4XJD A;  4BAF A;  1LZR A;  2D4J A;  2CDS A;  2C8P A;  1LYZ A;  5KXX A;  3TMW A;  4NSJ A;  1BHZ A;  5D5F A;  3WVY A;  1VFB C;  1IC5 Y;  4LFX A;  2BQC A;  3G3A B;  3TXB A;  3FI7 A;  1LKS A;  4TWS A;  1VED A;  4CFP A;  1LSA A;  5L3H A;  4DC4 A;  1B7L A;  1IWU A;  1YAP A;  1V7S A;  3ZVQ A;  1B7Q A;  1IC7 Y;  1LZG A;  5APE A;  1GFJ A;  5FST A;  1UA6 Y;  1SQ2 L;  4NHS A;  1YAM A;  4G49 A;  5LIO A;  1B5V A;  1IY3 A;  1GBW A;  5EBH A;  1GBZ A;  2W1L A;  2GV0 A;  1D6P A;  1B0D A;  1YQV Y;  5HNL A;  3EXD A;  4ZFP A;  1D0L A;  5L3I A;  3B72 A;  4QDN A;  2F2N A;  1AKI A;  3D9A C;  5DN5 A;  1H6M A;  2BQJ A;  1IOT A;  3WPJ A;  2HTX A;  4TX7 A;  3P68 A;  5KXP A;  1GB2 A;  1LHK A;  3CT0 A;  2DBT A;  2Z18 A;  4II8 A;  5KXY A;  5C6J A;  3A6B Y;  1GAZ A;  1QTK A;  2EIZ C;  2YSS C;  3ATN A;  3ATO A;  1YIK A;  1JEF A;  4LFP A;  2IHL A;  2MEA A;  1YIL A;  1Z55 A;  3CT1 A;  3HBE X;  4KXI A;  4LT1 A; 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 1B5X A;  4H9C A;  4H9A A;  1QTE A;  4GCF A;  4AXT A;  4Z41 A;  1LMO A;  4GN4 A;  3B6L A;  1LJ4 A;  5KXO A;  1GF5 A;  1LHH A;  4ANR A;  3B0I A;  5II3 A;  3F6Z A;  5I4W A;  1LYO A;  4MR1 A;  1IY4 A;  4W96 A;  1LHJ A;  1GBX A;  1UC0 A;  4LT3 A;  5LYZ A;  1QQY A;  2BQN A;  4OOT A;  5J7C A;  1FLY A;  4GLA A;  2DKV A;  4R0F A;  4LYM A;  4NHT A;  1GB5 A;  2ZWB A;  4WL6 A;  2D6B A;  3LZ2 A;  4WG7 A;  1RE2 A;  5M1Y A;  1YKY X;  2LHM A;  1YRO A;  2YBN A;  2LYO A;  4IAS A;  1JJ1 A;  1LSC A;  4O34 A;  5FHW A;  4C5F A;  2DQC Y;  1DZB X;  5KJ9 A;  5F9U A;  3W3E A;  3E3D A;  1D9U A;  4NSH A;  4XYY A;  4H9B A;  3W6C A;  9LYZ A;  1OUF A;  3P64 A;  3T36 A;  4WL7 A;  3IWR A;  1LZ8 A;  4AGA A;  1OP9 B;  3AJN A;  4WG1 A;  4HSF A;  1W08 A;  1B7M A;  1YL1 X;  1NMM A;  1NKH A;  1JUG A;  1ZVY B;  4OOO A;  4EMN A;  2VB1 A;  3AZ7 A;  1IP7 A;  1OUG A;  1CJ8 A;  4BS7 A;  1KXY A;  193L A;  1DXJ A;  1B7N A;  2BQA A;  4J1A A;  4LYO A;  4NGY A;  1LSZ A;  3GXR A;  2H9J A;  3TMX A;  3RU5 A;  4CJ2 A;  1OUB A;  194L A;  1G7M C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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