1NHBA

Specificity of ligand binding in a buried non-polar cavity of t4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Specificity of ligand binding in a buried nonpolar cavity of T4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1nhbA00
1C62A 1L03A 1C6DA 4I7SA 3HTBA 1CV5A 4EKSA 2F2QA 3CDVA 138LA 1L83A 163LA 1KY1A 1D2YA 1C6EA 225LA 1C6CA 3DNAA 1L36A 4AQNA 4EKQA 3SB5A 4YXCA 1LWGA 1QT7A 1B6IA 1QSBA 188LA 3GUPA 4ARJA 1OVKA 1LLHA 1L02A 1QT4A 4ARMA 2RBOA 226LA 2F32A 1L52A 110LA 1L97A 142LA 213LA 1LWKA 2B6WA 4ARQA 1L69A 1CU5A 1KNIA 3K2RA 4W59A 1L16A 3GUKA 232LA 1L28A 4DAJA 1CUPA 1L06A 1JTMA 3EMLA 3GUOA 1G1WA 3HH3A 197LA 2LC9A 4I7RA 171LA 205LA 1L56A 129LA 1QUDA 1KW7A 1DYBA 1QTHA 4GBRB 4YXAC 130LA 111LA 1L11A 1L65A 1PQJA 1L82A 4I7JA 224LA 260LA 3CDTA 3OE9A 1SWZA 1G0GA 3HDFA 3SB7A 1D3FA 1CU2A 1L04A 1SWYA 1TLAA 166LA 3NY8A 109LA 4YX7C 261LA 1L14A 2ANVA 146LA 2RBQA 3DN8A 183LA 1LYDA 4EPFA 4K5YA 156LA 182LA 3JR6A 4W52A 4EXMA 257LA 1L46A 220LA 2RBPA 262LA 1L23A 2LCBA 1P37A 1L68A 1L31A 2Z6BA 1JQUA 1LW9A 258LA 155LA 4W53A 1L15A 1C6FA 3HT6A 149LA 1L63A 1L0KA 3HT7A 3HT8A 123LA 4ARMB 1L77A 3DMVA 1L57A 3HTGA 1ZYTA 1L72A 1CV1A 4OO9A 4ARQB 1C6TA 2O79A 1L84A 2OTZX 3C83A 1C6PA 1L53A 170LA 2IGCA 3HUKA 1L24A 1G0JA 2RBRA 3SN6R 158LA 1L67A 4W56A 2RBNA 1L60A 3OE0A 1QTDA 3G3XA 1DYEA 1DYAA 1LGWA 1QUHA 1P5CA 256LA 1L92A 217LA 1D3JA 2HUMA 177LA 1LYEA 1L25A 1L71A 1DYFA 1P3NA 162LA 4EKPA 1LYJA 1L94A 1C66A 4I7TA 1C6LA 1QS5A 2NTGA 161LA 1C6AA 1DYDA 1CV4A 1LYGA 2B6YA 3DN6A 3HU9A 235LA 219LA 3G3VA 141LA 251LA 1CX7A 1L39A 248LA 2OU8A 1CV0A 222LA 253LA 3UONA 242LA 1L41A 234LA 3D4SA 3PDSA 3HU8A 1L08A 180LA 1SX2A 1L91A 1SX7A 1D3MA 1QS9A 1KS3A 254LA 1LI6A 1ZWNA 1L38A 1L59A 157LA 206LA 3CDOA 1L18A 1L98A 1PQOA 1L22A 1T8AA 1L50A 1CU3A 1CU0A 1L21A 1L48A 3QAKA 2B7XA 3SB8A 2HUKA 175LA 119LA 233LA 3V2YA 1C61A 1LYIA 196LA 178LA 3HWLA 1L88A 3GUMA 1L35A 1K28A 1L58A 4ZPUA 1QUOA 2B70A 4I7QA 144LA 3DKEX 3FI5A 1G0KA 151LA 2QB0B 1L93A 1LI3A 1G1VA 1KW5A 169LA 2CUUA 1KY0A 1XEPA 2RBSA 174LA 4IAPA 249LA 4PK0A 3OE8A 127LA 2HULA 1G06A 1L75A 218LA 1OV7A 1LI2A 1G0PA 1L64A 4E97A 1QTVA 1P2RA 1C69A 1L37A 240LA 3C8RA 2F47A 4EKRA 159LA 3GUJA 1L73A 3DN0A 198LA 3CDRA 1L47A 1G07A 4I7PA 221LA 1L90A 6LZMA 102LA 3C7YA 104LA 3G3WA 3DMZA 1L86A 4ARLA 3FADA 1L76A 1C6NA 150LA 108LA 1ZURA 192LA 1OYUA 2NTHA 1L89A 184LA 1P36A 3C7ZA 3GULA 223LA 1P7SA 1JTNA 2Q9DA 1D3NA 215LA 1L44A 1DYGA 2O7AA 1L55A 1L12A 2B72A 3NY9A 237LA 1PQKA 227LA 1CV6A 2B6XA 209LA 1SSYA 1QTZA 1QUGA 244LA 3HTFA 118LA 1L20A 2OE9X 2RB0X 131LA 1C6GA 4W51A 1C6JA 4LZMA 1P64A 1T8FA 1L17A 241LA 4I7MA 167LA 229LA 259LA 4W58A 1SSWA 173LA 2B6ZA 195LA 1L66A 1D2WA 148LE 3V2WA 1C60A 2B75A 1L09A 2A4TA 2O4WA 4W57A 1CV3A 126LA 185LA 1C6IA 1G0QA 1L87A 1QT3A 252LA 2RAZX 199LA 228LA 4DKLA 236LA 3C80A 3ODUA 1L34A 115LA 3F8VA 1G0MA 1L30A 1L27A 1L33A 2B74A 112LA 187LA 3NYAA 1C6MA 3FA0A 2OTYX 1OVJA 4I7LA 145LA 4LDLA 3SB6A 3C8QA 2Q9EA 4LDOA 3CDQA 120LA 1L96A 1QT6A 250LA 1L85A 1D9WA 1L43A 200LA 1L51A 3HT9A 139LA 1QTCA 1C64A 2ANXA 3GUIA 4LDEA 1CU6A 2OU0X 3RUNA 1L0JA 1P2LA 1C63A 160LA 247LA 2OU9A 1LGXA 1QT5A 7LZMA 147LA 1T6HA 3L64A 1L79A 1C65A 1L74A 1QTBA 152LA 1PQMA 1L26A 4W55A 3HH6A 4I7OA 3F9LA 3PBLA 1LGUA 1OWZA 1C6BA 1EPYA 243LA 1T8GA 3DMXA 1L13A 1L80A 3LZMA 1QT8A 2RH1A 2RB1X 164LA 3HH4A 140LA 1T97A 1QSQA 2QARC 2RB2X 1L61A 3VW7A 1C6KA 4I7KA 3GUNA 1L42A 3DN2A 4ARPA 1XJUA 239LA 1L10A 214LA 1G0LA 1C68A 1XJTA 2OEAX 1PQIA 4DJHA 189LA 122LA 1C6QA 3HH5A 4W54A 3HTDA 186LA 114LA 5LZMA 1L81A 231LA 2B73A 211LA 1L95A 3SBAA 125LA 2B6TA 176LA 1L40A 3RZEA 191LA 1P46A 3SBBC 1L70A 1L07A 238LA 4PJZA 230LA 1CVKA 1CTWA 1L99A 190LA 3C7WA 4I7NA 3DN1A 2OE7X 168LA 246LA 1CX6A 1L32A 3C81A 4GRVA 3HDEA 1L01A 4EJ4A 1C67A 3DN3A 1C6HA 181LA 1CUQA 1L05A 1L29A 172LA 1WTHA 2RAYX 3C82A 1OV5A 212LA 1DYCA 3DN4A 3OE6A 3L2XA 1OVHA 1P6YA 216LA 2L78A 1L54A 201LA 3HUAA 2LZMA 1L19A 4EPIA 113LA 107LA 1L00A 128LA 103LA 1LYHA 1L62A 143LA 4S0WA 137LA 1P56A 3HUQA 1L45A 210LA 1LPYA 1I6SA 245LA 1LYFA 3SB9A 3C8SA 165LA 1OWYA 2OE4X 255LA 5I14A 1NHBA 1PQDA 1L49A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L03A 5KXTA 1JWRA 3CDVA 2YBIA 1L83A 1WTNA 4HV1A 3J4GA 2A7FA 2C8OA 188LA 3GUPA 4ARJA 1L02A 1QT4A 4ARMA 2RBOA 110LA 213LA 4YEMA 5APFA 4PRQA 1JKBA 1KNIA 3QNGA 1GWDA 1L16A 3B6LA 232LA 4DAJA 1CUPA 1GDWA 4ANRA 4B0DA 3GUOA 1G1WA 1LZ4A 3HH3A 2Z2EA 4I7RA 3SP3A 4TSCA 3HBEX 1LJ4A 5E9RA 1KW7A 3W6FA 1J1PY 111LA 1L11A 1L65A 1PQJA 1GAYA 3D3DA 5B1FA 1G0GA 2Z12A 4XADA 2LYOA 2ZILA 1DI5A 1J1XY 1KXXA 2IHLA 133LA 1YIKA 261LA 1JKDA 146LA 1DKKA 1LZSA 4K5YA 1WQOA 2ZWBA 4W52A 1A2YC 262LA 1P37A 1L31A 2ZNXY 3LYMA 1JQUA 258LA 5LYTA 1B7LA 149LA 1JHLA 2BAAA 123LA 2MEEA 1OUIA 1BB7A 4DDBA 4Z46A 4NWEA 1C6TA 3M3UA 1L84A 3C83A 4GCFA 1CKFA 1ZV5L 1L24A 5AMYA 3A96A 4W56A 1LJ3A 1L60A 3OE0A 4G4CA 2I6ZA 4IJ4A 1DYEA 1GXXA 2YBJA 4H1PA 1P5CA 256LA 217LA 1L25A 1L71A 3LN2A 1LYJA 4UWUA 2BQLA 1DYDA 4NG1A 1LYGA 3HU9A 3WH1A 1CX7A 1L39A 2DQHY 1GB0A 1CV0A 2HU1A 222LA 253LA 3TMXA 1BB5A 1L41A 5L9JA 2YBLA 3J6KA 1GFGA 3HU8A 4DQJA 1SX2A 1LZEA 1QS9A 1LYYA 1CNSA 1B7QA 1CKHA 3FE0A 5IELA 1PQOA 1L22A 3A6CY 4NGLA 5DM9A 1O23A 1FKQA 2B7XA 2HUKA 4R0FA 3V2YA 1C61A 4NFVA 178LA 1C43A 3GUMA 1BHZA 1AZFA 5LVKA 3DKEX 2G4NA 1G1VA 2RBSA 1FKVA 4IAPA 3A3QA 249LA 2DQEY 1B7RA 3OE8A 3WUNA 3D9AC 1YQVY 2HUBA 1G06A 4GN3A 4QDNA 1LI2A 2ZNWY 240LA 4B4EA 5APEA 159LA 3GUJA 198LA 2H5ZA 5LXWA 1GHLA 2F2NA 1G07A 1L90A 6LZMA 3G3WA 4ARLA 1L76A 1BB4A 1OYUA 4H8YA 1I56A 1LMCA 3TMWA 3C7ZA 5KXMA 3GULA 1IP1A 1P7SA 1JTNA 1CJ6A 1DYGA 3HBDA 3NY9A 1JSFA 2B6XA 209LA 4LYOA 1LJNA 2B5ZA 3HTFA 2RB0X 4W51A 4LZMA 3A91A 259LA 1DQJC 1C60A 4TSBA 1CV3A 2BQNA 1GF5A 5FHWA 1L87A 2DQJY 1AT6A 1VFBC 5KXYA 4DKLA 1YAQA 3C80A 4WLDA 3RU5A 115LA 4NGZA 1C45A 4ETCA 1QUSA 3CT5A 1E8LA 2XTHA 4WM6A 4WOAA 4ET9A 3NYAA 2OTYX 4LDLA 145LA 1SQ2L 4LYBA 1I1ZA 4XYYA 1TDYA 3BKVA 1GD6A 139LA 4H90A 4H8XA 4HV2A 2ANXA 4WM2A 160LA 2OU9A 1UIFA 147LA 5LAFA 1CJ7A 1C65A 152LA 4EOFA 4W55A 3HH6A 4ZEEA 3F9LA 3P68A 1QSAA 1C6BA 4C3WA 4LYTA 3AGHA 2RH1A 1YAMA 3HH4A 4J0LA 140LA 4KXIA 2RB2X 1L61A 2BQBA 2DQIY 3WYHA 2FYDA 2Z2FA 1NDGC 4MR1A 1EQ5A 2HEEA 1VDSA 4NGOA 1C68A 4B4JA 1XJTA 1NBZC 4B49A 1YKXX 4DJHA 122LA 1C6QA 1YL1X 3HH5A 3HTDA 4DT3A 4H9FA 1LZ1A 5LZMA 1LSZA 2BQDA 1GE0A 3G3AB 1IC7Y 3SBAA 4H9CA 1BQLY 4BAFA 4H93A 4IATA 1VDQA 1P46A 3SBBC 2BQCA 5KXZA 3TXEA 1LSMA 4H9BA 4LFXA 230LA 4WL6A 1CVKA 4DC4A 246LA 1HNLA 1FLQA 3AGIA 1CX6A 1L01A 1G7HC 2CGIA 1C67A 4HTNA 1L05A 172LA 1OV5A 4MSTA 212LA 3TMUA 3TXGA 3L2XA 1OVHA 1UIAA 2Z37A 4NHPA 2L78A 4AXTA 5I4WA 3HUAA 4GCBA 1L19A 1CJ8A 1L00A 1LYHA 103LA 1EQ4A 1L62A 2BQHA 4DDAA 4S0WA 1L45A 1LJIA 1I6SA 245LA 5J7CA 4ETAA 1LZ8A 1OWYA 2ZYPA 4ETEA 4OWEA 3DN1A 4WG7A 1PQDA 4DD2A 1OUGA 1GB7A 4WO6A 1BWIA 1LZ9A 4YF2A 4OOTA 1KY1A 1D2YA 4LT3A 1WVUA 1GFTA 1QTEA 4U3XB 3TXKA 1QT7A 3LHMA 4G49A 2F4AA 1IR9A 1LLHA 4ML7A 4WM1A 1GFVA 226LA 4DD0A 1L97A 142LA 2B6WA 4FJRA 4W59A 1FLYA 1JTMA 2W1MA 4NSIA 5LYMA 3P64A 4LGKA 197LA 1H6MA 1GBOA 2I26L 1OQMA 205LA 129LA 1W6ZA 1DYBA 1QTHA 4GBRB 4YXAC 3AW7A 130LA 5C6LA 1L82A 4I7JA 224LA 3A34A 3CDTA 1IOCA 5LIOA 1SWZA 3SB7A 4J1AA 1D3FA 1CU2A 4G4HA 5KJ9A 109LA 5I53A 1TBYA 1GXV2 5HQ1A 1AKIA 5M1YA 1L14A 2BQEA 5LA5A 1GFRA 1LYDA 257LA 220LA 5APCA 2LCBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L03 A;  5KXT A;  1JWR A;  3CDV A;  2YBI A;  1L83 A;  1WTN A;  4HV1 A;  3J4G A;  2A7F A;  2C8O A;  188L A;  3GUP A;  4ARJ A;  1L02 A;  1QT4 A;  4ARM A;  2RBO A;  110L A;  213L A;  4YEM A;  5APF A;  4PRQ A;  1JKB A;  1KNI A;  3QNG A;  1GWD A;  1L16 A;  3B6L A;  232L A;  4DAJ A;  1CUP A;  1GDW A;  4ANR A;  4B0D A;  3GUO A;  1G1W A;  1LZ4 A;  3HH3 A;  2Z2E A;  4I7R A;  3SP3 A;  4TSC A;  3HBE X;  1LJ4 A;  5E9R A;  1KW7 A;  3W6F A;  1J1P Y;  111L A;  1L11 A;  1L65 A;  1PQJ A;  1GAY A;  3D3D A;  5B1F A;  1G0G A;  2Z12 A;  4XAD A;  2LYO A;  2ZIL A;  1DI5 A;  1J1X Y;  1KXX A;  2IHL A;  133L A;  1YIK A;  261L A;  1JKD A;  146L A;  1DKK A;  1LZS A;  4K5Y A;  1WQO A;  2ZWB A;  4W52 A;  1A2Y C;  262L A;  1P37 A;  1L31 A;  2ZNX Y;  3LYM A;  1JQU A;  258L A;  5LYT A;  1B7L A;  149L A;  1JHL A;  2BAA A;  123L A;  2MEE A;  1OUI A;  1BB7 A;  4DDB A;  4Z46 A;  4NWE A;  1C6T A;  3M3U A;  1L84 A;  3C83 A;  4GCF A;  1CKF A;  1ZV5 L;  1L24 A;  5AMY A;  3A96 A;  4W56 A;  1LJ3 A;  1L60 A;  3OE0 A;  4G4C A;  2I6Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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