1NKHA

Crystal structure of lactose synthase complex with udp and manganese
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
123
structure length
123
Chain Sequence
TELTKCKVSHAIKDIDGYQGISLLEWACVLFHTSGYDTQAVVNDNGSTEYGLFQISDRFWCKSSEFPESENICGISCDKLLDDELDDDIACAKKILAIKGIDYWKAYKPMCSEKLEQWRCEKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of lactose synthase reveals a large conformational change in its catalytic component, the beta-1,4-galactosyltransferase
pubmed doi rcsb
molecule keywords ALPHA-LACTALBUMIN
molecule tags Transferase activator/transferase
source organism Mus musculus
total genus 41
structure length 123
sequence length 123
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-01-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1nkhA00
4I0CA 5E9RA 5B06A 1B5WA 3EXDA 5LVJA 5L3IA 3TXHA 1VAUA 3LZTA 4YM8A 1YL0X 1GFEA 3BKHA 4PPOA 2W1MA 1LZAA 1B7OA 2MEIA 1GB2A 4WM6A 1BQLY 1A4VA 1IIZA 4G4HA 1QSAA 2YSSC 2LYMA 4YEMA 1B7PA 3FI7A 2BQDA 2HECA 5LA5A 1IOCA 5I54A 3HBDA 4LYCA 2DQHY 4TUNA 1B7NA 1LJ4A 1N4FA 4KT3A 3LHMA 1LJEA 1LTMA 1WQPA 1HERA 2A7DA 5FEKA 1IWTA 2XJWA 2MEFA 2ZNWY 1WQMA 1LJHA 1GF3A 2BQLA 3HFMY 2DQFC 4GN4A 4TWSA 4N1EI 1HEPA 4J1BA 2DBTA 4ANRA 1LZCA 1P2CC 3M18B 1JEFA 1HSXA 2EKSC 3TXIA 1DKJA 4UWUA 5D5CA 4GCBA 1LYSA 1XSFA 1DPXA 2G4QA 4GCFA 1DI5A 4J0LA 1LZ8A 4OWHA 1B5XA 1V7SA 1WQQA 1GE3A 1LSFA 4NHQA 4HP0A 3ZVQA 4NSJA 3TMWA 1UC0A 4HV2A 1JKAA 1SQ2L 4WLXA 5LVKA 1D6PA 1LYZA 1YANA 4BADA 4C5FA 5J7CA 4QGZA 1QTEA 1GBXA 208LA 1BB4A 2ZYCA 5B05A 2D4JA 3CQLA 4DYGA 1VEDA 3FE0A 9LYZA 2MEDA 4BAFA 4GN5C 2ZIJA 2BQMA 1GDXA 1GFGA 2DQEY 1OUEA 4H1PA 4IATA 5HMJA 1GXV2 1G7MC 5K7OA 5LIOA 3WU9A 1REYA 4H9AA 1LJJA 1AT6A 1RFPA 3QNGA 4DD2A 5KKIA 3WUMA 1GF8A 2F4GA 5LVIA 3LYOA 4H92A 3TXKA 1XGPC 4LT1A 4WM1A 1HEOA 1LAAA 2Z2FA 3A93A 1LJGA 1V7TA 2WARA 2DQIY 5C6JA 6LYZA 3ZEKA 1DPWA 1HF4A 3AZ5A 4LFXA 4XADA 4G49A 4ML7A 1NDGC 1J1PY 5I5QA 1AT5A 1CKFA 1LJKA 1TCYA 4PHIA 3A90A 1XGTC 2BQHA 1VDQA 4P2EA 1IO5A 3WPJA 1YROA 1FBIX 1HHLA 2XTHA 5I4YA 2BQFA 4LT0A 2I26L 1LSZA 4WLTA 1DQJC 3J6KA 1QDRA 4NWEA 3AGGG 1GB9A 1OUIA 1LSAA 2HEEA 5APFA 3WVXA 4ZIXA 3AJNA 1JITA 1FKVA 2PC2A 4H94A 4NG8A 3WULA 3WW6A 4HTKA 132LA 1OUJA 3D3DA 4LGKA 4G4BA 2MEGA 1HEMA 1BWJA 1GEVA 1UIBA 4GN3A 2BAAA 4LYMA 1IP3A 1GBZA 1VATA 4H9CA 4XJHA 2LZ2A 2C8OA 4DDCA 3OJPA 3B0KA 3M3UA 1D0MA 5HNLA 3TMUA 5DN5A 1LYOA 2W1YA 1AZFA 1KIRC 4NGIA 1JHLA 3LN2A 2MECA 1YKZX 4H90A 5B1FA 4NGLA 1EQEA 4ET9A 1GF4A 1PS5A 2BQCA 1IEEA 3HBEX 3IJVA 1LJIA 1NWGA 4H8YA 5EBHA 1UIHA 1YAOA 4GLVA 2BQAA 4OOTA 4B4JA 1BHZA 4OW1A 1ALCA 4CFOA 1WTMA 1LJ3A 4NGVA 1LCNA 4DDBA 1EQ4A 3A34A 3GXKA 3WXUA 1LZBA 1GB8A 1GBSA 1LZEA 1GB6A 1LZGA 1QIOA 2FBDA 1GF9A 1GFUA 3CT0A 2F2NA 4GLAA 3A3QA 1H87A 5L9JA 1XGQC 3T6UA 1IWVA 3W6FA 1OUFA 2YBHA 1VDPA 5FDJA 1IR8A 3TMXA 1YAMA 5KXPA 1JKCA 3LZ2A 1LKRA 1LMOA 4R0FA 4B49A 1LSYA 1OQMA 3LYTA 4CHXA 1C10A 2G4NA 1JUGA 4M6DA 1A2YC 4WO9A 4XJFA 1LSPA 1DI4A 207LA 2Q0MX 1C46A 2Z12A 1JTOL 5KXXA 4CJ2A 5IELA 5KXMA 1JSFA 3P68A 1DXJA 1B9OA 2YBIA 8LYZA 4LT2A 5KXKA 1RI8B 4H9BA 1AM7A 1GFKA 1HMLA 5HNCA 2HUBA 5APEA 1IOTA 1CKGA 1GF7A 1LHKA 1CKHA 1JJ0A 2FYCA 4PRUA 4TSCA 5KXYA 3A67Y 4NGJA 133LA 1LMPA 4XJBA 1REMA 2H5ZA 1RE2A 1LHHA 1GFJA 1EQ5A 1LMNA 4DC4A 4DD3A 2BLYA 4WL7A 1GF0A 3CSQA 193LA 1IOQA 1KIPC 1IWZA 2ZNXY 3A8ZA 1FLQA 4J1AA 1O23A 1B7MA 5I4WA 2FYDA 2LZTA 1OUHA 1CJ9A 1WTNA 2BQBA 2Y8PA 1GFTA 1VDTA 1CJ6A 1LZTA 3W6BA 5A3ZA 4WO6A 1YAQA 5F14A 1LJNA 1NBYC 3WU8A 1D0LA 1HENA 1XEJA 1I1ZA 3AGIA 4N9RA 1LHIA 5F9UA 3HBHA 3A91A 1LZNA 2N5ZA 3QE8A 4WM4A 3ULRA 5HMVA 5D5FA 2BQKA 4U3XB 3WL2A 1LMQA 1NF5A 1REXA 2Z38A 1E8LA 1OP9B 1GE1A 1KXXA 2F4AA 2Z39A 4MCKA 3AW7A 1LSNA 1GB0A 4NFVA 3WU7A 1F10A 4GCDA 1GE2A 3GXRA 2C8PA 1JTTL 1IR7A 4B4EA 1LSCA 2G4PA 1NHEA 3AB6A 4W94A 1GFVA 3N9EA 5B59A 1QQYA 3ATNA 1G7LC 1LZ4A 1BWHA 1TDYA 3AZ7A 1CKCA 2Z18A 3IWRA 4Z41A 3K3TA 4AXTA 4HV1A 1W08A 4H93A 1EL1A 3LYZA 1YKYX 5II3A 4NGWA 3RW8A 3WUNA 3P64A 5F9XA 4NY5A 1BB5A 1HSWA 4NHTA 5LYTA 1UIEA 2VB1A 4DDAA 4X3BA 1FLUA 3P4ZA 1J1XY 4XJGA 4WM5A 4NSHA 4LYZA 1IP7A 1C08C 4H8ZA 1LHMA 153LA 1D9UA 2NWDX 5F16A 3KAMA 1GWDA 4A7DA 1DI3A 1DKKA 1UIDA 1ZVYB 2DQAA 194LA 3WUAA 4NHIA 3RNXA 1GAYA 4HTQA 4NGZA 1IP4A 4FDYA 3RU5A 1B5UA 1NDMC 2H9JA 1G7HC 2HEAA 5KKJA 2MEAA 1LHJA 2BQIA 4OWBA 1YL1X 1LKSA 5FCPA 1IVMA 1ZVHL 2HTXA 1FN5A 5APCA 4M4OA 2EQLA 4XENA 4LYOA 4NGKA 4PRQA 3EMSA 4WL6A 2CJLA 4DD7A 3WYHA 2I25L 3W6CA 1GF5A 3WXTA 1JWRA 4Z46A 2YVBA 1FKQA 4HJVA 3A94A 1RJCB 1BVKC 1BGIA 1BB7A 2I6ZA 1YAPA 5ILCA 3TXEA 4BS7A 3ATOA 1GFHA 1JISA 1QDTA 4HTNA 1LMCA 3W6EA 4B1AA 1UBZA 3A6CY 3IJUA 5FSTA 1YKXX 1Z55A 1T6VL 1MELL 3WH1A 4YF2A 2D6BA 2A7FA 3A92A 1BB6A 4YOPA 4DD0A 1QSWA 4ZFPA 1LSEA 4H9EA 2D4IA 4LYTA 3WMKA 4Z3MA 3RT5X 4AGAA 1GFRA 4CGEA 1WVUA 4HJYA 5C6IA 1CJ8A 5AMYA 4RW2A 4LYBA 4CFPA 5APDA 1I20A 1UACY 1GE0A 1IWUA 2XBSA 1LZYA 1OUGA 4KL7A 1HNLA 1B2KA 1GB3A 2YBJA 2MEHA 1LSDA 2Z37A 1YILA 4Z98A 3B6LA 1NBZC 1GD6A 4B0DA 5IHGA 5LINA 1GHLA 1JPOA 3E3DA 5KXNA 3A6BY 2LHMA 2LYOA 4RLMA 7LYZA 3WPKA 1WQNA 2IFFY 4YEOA 5DL9A 1UIFA 1LMTA 1B7SA 1JIYA 3TXDA 1NQIA 3AGHA 1XGRC 4ETAA 4NG1A 1B7LA 1B7RA 1JKBA 5DLAA 3B0OA 2CDSA 1LMAA 2HEBA 4EOFA 2ZILA 5JENB 1IP5A 2D4KA 1B7QA 1FLWA 4WLDA 4HSFA 1JTPL 2CGIA 4OWAA 1HFYA 3AYQA 4H9IA 1LZ9A 2D91A 3LYMA 5HLLA 4NWHA 1JJ1A 5DN4A 4N5RA 3ZVQB 1XEIA 4RW1A 3SP3A 5LYMA 5LXWA 4OWEA 1IC4Y 4G9SA 4WG7A 1GPQC 2RSCA 1D0KA 5LA8A 4H8XA 3A95A 2ZQ3A 3CB7A 2X0AA 4QEQA 4KPMA 1HFXA 4N0JA 4NGOA 1HEQA 1LZ5A 1WQOA 3WVYA 3D9AC 4ZEEA 2LYZA 1GBOA 2B5ZA 2EIZC 4HPEA 5KXZA 1TEWA 4OOOA 2EPEA 3TXJA 3W3EA 3AZ6A 3EBAB 4J7VA 1HMKA 3TXGA 5I4XA 1LZ6A 4ETDA 1IC5Y 1UA6Y 5KXOA 4IJ4A 1D6QA 4LFPA 1IX0A 2IHLA 4WLYA 2BQNA 1XFPL 1BWIA 4YENA 1FLYA 1UCOA 5KXRA 5KXWA 4XJIA 4MR1A 4RDSA 5A3EA 1GB5A 2YDGA 3AZ4A 5LAFA 2ZIKA 1KIQC 4FJRA 2HEDA 4LZTA 4QDNA 1HFZA 2W1LA 1IWYA 2ZYPA 4H91A 5B1GA 2GV0A 1LSBA 2YBMA 3TMVA 1XGUC 4GCEA 6LYTA 1IWWA 1C43A 1QUTA 1GFAA 2DQGY 1JJ3A 2BPUA 2YBNA 3F6ZA 1UUZC 134LA 1QUSA 5E4PA 3WPLA 4D9ZA 3RZ4A 4L41A 1IP1A 1GBWA 1YIKA 4UWNA 4DT3A 4HPIA 3A3RX 2CWIA 1F6SA 5DM9A 1OUCA 3AW6A 5FELA 4PGJB 1CJ7A 4ET8A 5KJ9A 1H6MA 1IC7Y 1HELA 1IP6A 1TBYA 1LPIA 1HEWA 1CNSA 2H9KA 2DQDY 4NSGA 4WOAA 1LZRA 1DZBX 1LYYA 2BLXA 4RLNA 2HEFA 1W6ZA 1ZMYL 1BVXA 2BQJA 4KXIA 2ZQ4A 3WW5A 1KXYA 5KXSA 3N9CA 3T36A 4C3WA 4TTDA 4BAPA 4NSIA 4N8ZA 4WMGA 5F81A 2MEBA 5T3FA 1B5YA 1B0DA 154LA 2FBBA 5HQ1A 1B5ZA 4G4CA 4ETEA 2F30A 5KY1A 1SLYA 3W6AA 3J4GA 2DKVA 5LYZA 5KXTA 1MLCE 3G3BB 4DD1A 1G7JC 4NIJA 4QY9A 1UIGA 2BQOA 1NMMA 4ETBA 4R6CA 1WQRA 5IDDA 1HC0A 3CT5A 5L3HA 5C6LA 3CT1A 5KXLA 1XEKA 1YQVY 3MGWA 4W96A 4NHPA 1J1OY 2BQEA 4HJZA 3P65A 4N1CC 1GBYA 1JKDA 1VFBC 4DWXA 1T3PA 1TAYA 2W1XA 4I8SA 4O34A 5LVHA 1OUDA 1GF6A 1IORA 1F0WA 1BB3A 1UICA 3VWOA 1AKIA 3B72A 4XYYA 1OUAA 1LZ1A 4UWVA 2AUBA 4GCCA 1IP2A 5LVGA 4XN6A 3TXBA 1RCMA 2XBRA 4XJDA 135LA 1JSEA 2MEEA 3CSZA 5B07A 4EMNA 2BQGA 3TXFA 2ZWBA 1LSMA 2YBLA 1LSGA 1F6RA 4NEBA 5FHWA 2Z19A 3G3AB 3N9AA 4TSBA 5M1YA 3W6DA 1LZSA 4H9HA 2DQJY 4NGYA 3B0IA 2HU1A 1LJFA 1GEZA 5LAGA 1FDLY 4B4IA 4E3UA 5ILFA 3EO5A 1REZA 3CSRA 1G7IC 1PZYA 1CKDA 4IASA 4II8A 1LOZA 2DQCY 1B5VA 1GAZA 1I56A 1ZV5L 1IY4A 1GE4A 1IY3A 1QTKA 2Z2EA 4WG1A 4WM2A 1IR9A 1WVVA 1GB7A 1KXWA 1GXXA 3BKVA 5I53A 4ETCA 2HU3A 3OK0A 1LHLA 3A96A 3P66A 4LT3A 4DD9A 1OUBA 4MSTA 4WM3A 1VDSA 1C7PA 1LZDA 4NHSA 4TX7A 1IOSA 1NKHA 4PJ2C 1C45A 1INUA 4H9FA 4OWCA 3QY4A 1GDWA 1IWXA 1UIAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5E9RA 1B5WA 3LZTA 4YM8A 1G0MA 1GFEA 122LA 1LW9A 4YEMA 2LYMA 4ARLA 3DN8A 4OO9A 5I54A 3HBDA 4LYCA 3CDOA 1CU5A 1L92A 1LJ4A 145LA 1HERA 4EKQA 3CDQA 2MEFA 1WQMA 3HFMY 4W52A 3TXIA 1DKJA 3GUOA 5D5CA 3GUKA 4GCBA 1XSFA 1DPXA 1LZ8A 3C80A 4NSJA 1UC0A 4HV2A 1L69A 166LA 4WLXA 1QT8A 1LYZA 1L90A 4BADA 4C5FA 1GBXA 5B05A 3HT8A 4BAFA 2ZIJA 1GFGA 2DQEY 1G7MC 1L75A 4H9AA 1GF8A 4H92A 3TXKA 1XGPC 235LA 4I7QA 1C6PA 1LJGA 1V7TA 2Q9DA 2WARA 3ZEKA 1CX6A 1HF4A 3AZ5A 1QUHA 1NDGC 1L57A 1G0QA 1CKFA 1LJKA 1TCYA 211LA 1XGTC 186LA 1C63A 4LT0A 1L13A 2I26L 4WLTA 1QDRA 1GB9A 3AJNA 1JITA 3WULA 4H94A 1C6NA 1OUJA 4LGKA 177LA 1C68A 1LI3A 1HEMA 1BWJA 4XJHA 3B0KA 3M3UA 1L03A 1LI6A 1KIRC 1LYEA 4H90A 3HTDA 3HBEX 1NWGA 1UIHA 1JTNA 2BQAA 4OW1A 1L46A 1LJ3A 4NGVA 1EQ4A 1GB8A 1LZEA 1QIOA 3CT0A 4S0WA 5L9JA 2OTZX 1IWVA 232LA 2YBHA 1JKCA 1L52A 1LSYA 3LYTA 2RH1A 1C10A 1JUGA 1D3MA 3C7ZA 5IELA 1JSFA 8LYZA 4LT2A 1P7SA 4H9BA 1AM7A 5HNCA 2HUBA 1WTHA 1IOTA 1LHKA 2FYCA 5KXYA 3G3VA 1RE2A 3HU8A 1L44A 4DC4A 1C6TA 239LA 7LZMA 193LA 3GUJA 1O23A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4I0C A;  5E9R A;  5B06 A;  1B5W A;  3EXD A;  5LVJ A;  5L3I A;  3TXH A;  1VAU A;  3LZT A;  4YM8 A;  1YL0 X;  1GFE A;  3BKH A;  4PPO A;  2W1M A;  1LZA A;  1B7O A;  2MEI A;  1GB2 A;  4WM6 A;  1BQL Y;  1A4V A;  1IIZ A;  4G4H A;  1QSA A;  2YSS C;  2LYM A;  4YEM A;  1B7P A;  3FI7 A;  2BQD A;  2HEC A;  5LA5 A;  1IOC A;  5I54 A;  3HBD A;  4LYC A;  2DQH Y;  4TUN A;  1B7N A;  1LJ4 A;  1N4F A;  4KT3 A;  3LHM A;  1LJE A;  1LTM A;  1WQP A;  1HER A;  2A7D A;  5FEK A;  1IWT A;  2XJW A;  2MEF A;  2ZNW Y;  1WQM A;  1LJH A;  1GF3 A;  2BQL A;  3HFM Y;  2DQF C;  4GN4 A;  4TWS A;  4N1E I;  1HEP A;  4J1B A;  2DBT A;  4ANR A;  1LZC A;  1P2C C;  3M18 B;  1JEF A;  1HSX A;  2EKS C;  3TXI A;  1DKJ A;  4UWU A;  5D5C A;  4GCB A;  1LYS A;  1XSF A;  1DPX A;  2G4Q A;  4GCF A;  1DI5 A;  4J0L A;  1LZ8 A;  4OWH A;  1B5X A;  1V7S A;  1WQQ A;  1GE3 A;  1LSF A;  4NHQ A;  4HP0 A;  3ZVQ A;  4NSJ A;  3TMW A;  1UC0 A;  4HV2 A;  1JKA A;  1SQ2 L;  4WLX A;  5LVK A;  1D6P A;  1LYZ A;  1YAN A;  4BAD A;  4C5F A;  5J7C A;  4QGZ A;  1QTE A; 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 2YDG A;  3AZ4 A;  5LAF A;  2ZIK A;  1KIQ C;  4FJR A;  2HED A;  4LZT A;  4QDN A;  1HFZ A;  2W1L A;  1IWY A;  2ZYP A;  4H91 A;  5B1G A;  2GV0 A;  1LSB A;  2YBM A;  3TMV A;  1XGU C;  4GCE A;  6LYT A;  1IWW A;  1C43 A;  1QUT A;  1GFA A;  2DQG Y;  1JJ3 A;  2BPU A;  2YBN A;  3F6Z A;  1UUZ C;  134L A;  1QUS A;  5E4P A;  3WPL A;  4D9Z A;  3RZ4 A;  4L41 A;  1IP1 A;  1GBW A;  1YIK A;  4UWN A;  4DT3 A;  4HPI A;  3A3R X;  2CWI A;  1F6S A;  5DM9 A;  1OUC A;  3AW6 A;  5FEL A;  4PGJ B;  1CJ7 A;  4ET8 A;  5KJ9 A;  1H6M A;  1IC7 Y;  1HEL A;  1IP6 A;  1TBY A;  1LPI A;  1HEW A;  1CNS A;  2H9K A;  2DQD Y;  4NSG A;  4WOA A;  1LZR A;  1DZB X;  1LYY A;  2BLX A;  4RLN A;  2HEF A;  1W6Z A;  1ZMY L;  1BVX A;  2BQJ A;  4KXI A;  2ZQ4 A;  3WW5 A;  1KXY A;  5KXS A;  3N9C A;  3T36 A;  4C3W A;  4TTD A;  4BAP A;  4NSI A;  4N8Z A;  4WMG A;  5F81 A;  2MEB A;  5T3F A;  1B5Y A;  1B0D A;  154L A;  2FBB A;  5HQ1 A;  1B5Z A;  4G4C A;  4ETE A;  2F30 A;  5KY1 A;  1SLY A;  3W6A A;  3J4G A;  2DKV A;  5LYZ A;  5KXT A;  1MLC E;  3G3B B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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