1OP9B

Complex of human lysozyme with camelid vhh hl6 antibody fragment
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A camelid antibody fragment inhibits the formation of amyloid fibrils by human lysozyme
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Camelus dromedarius
molecule keywords HL6 camel VHH fragment
total genus 46
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1op9B00
1GF9A 134LA 1BWJA 3LZTA 4YM8A 1IY4A 1JTTL 1JJ1A 4H93A 1IWZA 1B5YA 4KPMA 2MEDA 1LZ8A 4LZTA 3HBEX 3B72A 5LVGA 1D9UA 3W6AA 4WLYA 2ZYPA 1HEPA 1REXA 4GN5C 4N0JA 4C3WA 5ILFA 5LAGA 3WUMA 1UIDA 1TDYA 4AXTA 4NHQA 1LSNA 4XJFA 5DM9A 4WO6A 3B6LA 1HC0A 3CSZA 2CJLA 2Z18A 4OWAA 4NEBA 3LN2A 3TXFA 4WG7A 1AT5A 5LVIA 3A3QA 1FKVA 3N9CA 1YAQA 1GFGA 1AM7A 5LA5A 1B5WA 1BB7A 1LSDA 1LZNA 4RW1A 3TXIA 1CJ6A 1LKRA 2DQDY 2H5ZA 3AGHA 1QDTA 2MEGA 135LA 2A7FA 4HSFA 1F10A 2Z2FA 3A93A 1LJEA 3E3DA 4NFVA 1UC0A 1ZVYB 1LJFA 1IP2A 1LMCA 4LFXA 1LSZA 4GLVA 4NGOA 1WQRA 4ETBA 4NG8A 4ZEEA 1HEOA 4H9BA 1LMOA 4TX7A 1LZAA 2YVBA 1GBXA 1IOCA 4H8XA 4GN4A 3A95A 4LYCA 4WLXA 3RNXA 1LHLA 3CT0A 5HNLA 3AW7A 4WOAA 2MEAA 5KXNA 1LHIA 4LT3A 1XEKA 4LGKA 1GE2A 2Z12A 1IWUA 1GAYA 1IORA 2BQLA 3QE8A 4G4HA 1B7OA 1O23A 4C5FA 4PGJB 1LMAA 4H1PA 2YBIA 1QUTA 1B5XA 5EBHA 1JSEA 1YL0X 1LZRA 1D0LA 1GB2A 3AZ4A 1IWXA 1JTOL 2YBHA 2DQFC 208LA 3WVXA 3WU7A 4LYZA 4LT0A 4D9ZA 4BS7A 4A7DA 1C45A 2MEHA 3TMXA 2ZNXY 4N1CC 5KXYA 1IWVA 1LJGA 4GCCA 1UICA 2N5ZA 1B9OA 2FBBA 1GAZA 5I4WA 3WXTA 1IVMA 2BQAA 1WQPA 1C10A 1TAYA 1GB9A 5KXOA 4X3BA 4WM6A 1I56A 1GB8A 2DQJY 1JTPL 1IC7Y 1LMTA 2YSSC 1LSFA 3A91A 3AJNA 1JSFA 3M18B 1NF5A 2DQEY 4YOPA 3N9AA 3P4ZA 5FELA 2ZQ4A 5FSTA 5KXMA 1IWWA 3A6BY 2Q0MX 1FDLY 5HQ1A 3A94A 3TMUA 1FLQA 3G3AB 5LYTA 1WTMA 1JKDA 5IDDA 1EL1A 1GBOA 1F0WA 3EBAB 1AZFA 1B7LA 4O34A 1VEDA 4OOOA 1WVVA 4DC4A 1GF0A 4WM2A 1HMLA 1YQVY 4Z98A 4M4OA 1HFZA 2I25L 1GB6A 1XGQC 1GEVA 2I26L 1VATA 2XBSA 4I8SA 2HECA 5B59A 1SLYA 1IR8A 3LYOA 3WH1A 3EMSA 1IC5Y 2BLXA 5KXZA 1GF4A 1HHLA 4OWHA 1HERA 4H9IA 1VDQA 2DQAA 2HEBA 1CKHA 3CSQA 3HBDA 1F6RA 1DQJC 5B07A 3AZ6A 207LA 1LYYA 4H8ZA 3F6ZA 4DD2A 4ZIXA 1VDSA 4RW2A 2F30A 4HJZA 4IJ4A 1B7RA 4WM1A 5IELA 4DD1A 2AUBA 1JJ3A 4HTQA 1REYA 4HV1A 1YAPA 2I6ZA 1GD6A 4NWHA 4WM3A 4NGVA 1D0KA 4NGZA 2BQIA 1F6SA 4WLTA 1NBYC 1QSWA 1VAUA 4XJIA 1YILA 4G4BA 3K3TA 1HELA 1HSWA 1I20A 4NGIA 4H9FA 1DPXA 1LKSA 2C8OA 5KXXA 4N9RA 1JUGA 3AGIA 4HP0A 3WXUA 1GF6A 1LYZA 1B7NA 1NDMC 4BADA 1LCNA 1OUJA 3TXDA 5HMVA 1LHMA 1LAAA 4DD7A 4DDCA 5IHGA 4ETCA 1BWIA 1JKBA 2YBMA 2MEEA 4MR1A 2ZYCA 1CJ8A 4J1AA 1ZVHL 1DXJA 4LYTA 2MEBA 4H8YA 1UIFA 2HU1A 5J7CA 5B1GA 1RE2A 1CKCA 1LZTA 1LSBA 2D6BA 1KIPC 5APFA 1DKJA 2BQHA 3LYMA 4PJ2C 3GXRA 4DD9A 5DN4A 1LZYA 5I53A 4BAPA 4EMNA 1LZBA 1KXXA 4FJRA 2LZ2A 4TSBA 5T3FA 1BGIA 1T6VL 2H9JA 2LZTA 4HTNA 2DQGY 4CHXA 4NGJA 5M1YA 5E4PA 4DYGA 1KXWA 2BQDA 3P65A 1G7LC 1OUCA 1FN5A 1HMKA 4NGKA 5LVKA 3ZEKA 4H94A 4RLMA 1OQMA 1XGPC 1LZGA 2BQMA 2D91A 6LYZA 5HNCA 3RZ4A 2ZWBA 1LOZA 1W6ZA 3WL2A 1T3PA 3W6CA 3WVYA 4B49A 4B4JA 1G7HC 1BQLY 1JKCA 4YF2A 4WL6A 2HTXA 4LYMA 2EIZC 5LVHA 1FLWA 4J7VA 3G3BB 4W96A 3TXJA 1ZV5L 1LZ1A 5HMJA 3CT5A 1OUHA 1WQQA 3FI7A 1UIEA 1DKKA 3AGGG 4NY5A 1GFAA 1YIKA 3TXKA 4MCKA 1YAOA 4YENA 3WULA 1JPOA 1G7JC 1GBSA 1GF3A 1IEEA 3P64A 1B5UA 1LSPA 4ML7A 3AZ7A 7LYZA 1GF7A 133LA 1OUBA 1ZMYL 4QDNA 1E8LA 1C7PA 1GE4A 1XGUC 4UWUA 5HLLA 1D0MA 1GBWA 1GB7A 1LZ9A 1TCYA 1YANA 3ULRA 4H91A 1UUZC 5APDA 1LZ5A 1YROA 4NGYA 2Z19A 3T36A 1EQEA 4GCFA 4QY9A 1B7MA 1V7TA 1B0DA 1J1OY 2DQHY 2FYCA 4NSJA 1GFVA 1QTKA 3A92A 1TBYA 1XFPL 1GFRA 3TXHA 1RJCB 1WQMA 2YDGA 1XGTC 1OUIA 1XGRC 1SQ2L 3W6DA 3W6FA 1GFKA 4ET9A 5JENB 2IFFY 3P68A 1JITA 3M3UA 1LJ3A 1Z55A 3WUNA 4EOFA 5I4YA 3WUAA 1GBYA 1UACY 4RLNA 4NSIA 4Z46A 4W94A 2IHLA 1EQ5A 3J4GA 1IP6A 4WM4A 5LINA 2NWDX 5LYZA 132LA 1IOQA 1HFYA 4CFPA 1HEMA 3CSRA 4Z41A 3OK0A 2DKVA 1OP9B 2G4QA 1H87A 1IP4A 1GEZA 2F4GA 2LYZA 2PC2A 1LMPA 1LZSA 1INUA 2Z2EA 5DLAA 1LMQA 4GLAA 9LYZA 4UWVA 1CKFA 2XTHA 2HEDA 3ZVQB 5AMYA 1AKIA 4ZFPA 1IY3A 3A90A 4DD3A 4NHSA 3N9EA 5F9UA 1LHHA 4H9AA 4P2EA 3AYQA 1LTMA 4J1BA 5E9RA 4OW1A 1GFEA 5B06A 2CWIA 1WQNA 3MGWA 4RDSA 4YEOA 1WQOA 1DPWA 2BLYA 3A67Y 3A96A 4G49A 4PPOA 4TUNA 4ETAA 1LMNA 5KXRA 5L3IA 5D5FA 3IWRA 4OWEA 5F9XA 1IX0A 3IJUA 2W1XA 3LZ2A 1NQIA 3B0OA 1HF4A 4NHTA 1W08A 1NBZC 1GDWA 1JKAA 1GF5A 1LZDA 3ZVQA 3A6CY 1QQYA 1FBIX 5L3HA 4WG1A 1FLYA 1HEQA 1NHEA 2BQBA 4ANRA 5KKJA 2G4PA 5FCPA 3RU5A 1GF8A 1WVUA 1OUFA 5LYMA 1RFPA 4HPIA 1IP7A 1NKHA 5I4XA 5KXWA 1N4FA 2MEFA 1LYSA 5DL9A 1NWGA 1CKGA 2X0AA 3B0IA 5F16A 1UIGA 1LJIA 1HFXA 1IR9A 2VB1A 2XBRA 4TTDA 1LZEA 2CDSA 5FEKA 1LJNA 3A8ZA 4G4CA 3A3RX 1FKQA 2WARA 5A3EA 2YBJA 1AT6A 3P66A 1KIQC 1LSMA 4GCBA 4J0LA 2LYOA 1QTEA 2ZILA 1C46A 2Y8PA 5DN5A 5KXLA 1DI3A 4XJHA 4NG1A 1REZA 3D9AC 4OOTA 1IO5A 1QIOA 4XJGA 3WYHA 3RT5X 3W6EA 2EPEA 1QUSA 1B5VA 1VFBC 3B0KA 1IP3A 4WL7A 4B4EA 1A4VA 1B7QA 2D4KA 2BQJA 1OUGA 1YKXX 3ATNA 3BKVA 4KL7A 1G7MC 4E3UA 5L9JA 1C43A 4HPEA 4H9CA 4QGZA 3TXBA 2BQEA 1GB5A 2HEAA 3WU8A 3LHMA 5C6IA 4ET8A 5C6JA 1IWYA 4NIJA 1BB6A 2DQCY 2DBTA 1GE1A 4G9SA 194LA 4YEMA 1LJKA 1RCMA 5B05A 2HEEA 1IWTA 3WPJA 1OUAA 2CGIA 3SP3A 2Z38A 6LYTA 1LSEA 4ETEA 3WPKA 1GE0A 2XJWA 1NDGC 4OWCA 1CKDA 4OWBA 2YBNA 4GCEA 4FDYA 1YKYX 1GFUA 4XJDA 5II3A 1B5ZA 3AB6A 2FBDA 4HJVA 5LVJA 1UBZA 1JIYA 1LHJA 1B7PA 2BQCA 3ATOA 3AW6A 3BKHA 3OJPA 3WMKA 2W1YA 4H9HA 2BQNA 5D5CA 4LFPA 4H92A 1XEIA 4GN3A 1BVXA 1YKZX 2HEFA 1IP1A 2BQOA 4HV2A 4NHIA 4NGWA 4WM5A 1P2CC 2LHMA 1GXXA 1DZBX 5I54A 1JISA 4I0CA 3QNGA 2ZNWY 4Z3MA 1V7SA 2W1LA 2ZIJA 4TSCA 4L41A 2Z39A 2BPUA 5KXTA 154LA 1KXYA 1LSGA 4WO9A 3W6BA 4N1EI 5F81A 1HEWA 2F2NA 2RSCA 4ETDA 3TMWA 4B0DA 1GWDA 4R6CA 5LAFA 2B5ZA 4BAFA 1GB0A 3AZ5A 3QY4A 1OUDA 3EXDA 4PRUA 5I5QA 4NSGA 4XN6A 4DD0A 1I1ZA 3W3EA 3LYZA 4DDAA 4NHPA 4QEQA 2DQIY 1GDXA 1JHLA 1GXV2 3T6UA 1REMA 2Z37A 5ILCA 5FHWA 2ZQ3A 3CT1A 1CJ9A 1IIZA 2MECA 4IATA 4WMGA 1GFHA 1A2YC 1XSFA 1YAMA 4MSTA 2BQFA 4NSHA 5LA8A 1CJ7A 4TWSA 4GCDA 3KAMA 1FLUA 3D3DA 1LJHA 1UIHA 1HSXA 2BAAA 1GFTA 1WTNA 3RW8A 2D4JA 5LIOA 3HBHA 4XYYA 3WPLA 1UIAA 4LYBA 1BVKC 2LYMA 5APCA 5C6LA 1BB4A 1BWHA 2EKSC 1GBZA 1LPIA 1QSAA 4HJYA 4PHIA 4R0FA 5K7OA 2EQLA 1MELL 4II8A 1LYOA 4NWEA 1QDRA 4NGLA 1GPQC 2FYDA 2F4AA 2H9KA 1IR7A 1DI4A 3EO5A 8LYZA 3TMVA 3A34A 1NMMA 5KJ9A 3GXKA 1J1PY 1D6PA 1MLCE 4LYOA 4HTKA 1CNSA 1EQ4A 5KY1A 3WU9A 5LXWA 1LSAA 5APEA 4DDBA 1KIRC 4B4IA 1IC4Y 1DI5A 4H90A 3WW6A 1XEJA 4N5RA 1IOTA 1UA6Y 1PS5A 1UCOA 153LA 1ALCA 1LHKA 3CQLA 1GFJA 1JJ0A 4LT1A 4XENA 1YL1X 5KXPA 3WW5A 1LSYA 1PZYA 2A7DA 4XADA 4AGAA 5A3ZA 1GE3A 4DT3A 5B1FA 4DWXA 2YBLA 4B1AA 4CGEA 2BQGA 4CJ2A 3HFMY 3J6KA 3VWOA 5FDJA 2GV0A 4N8ZA 2MEIA 4LT2A 1B2KA 3LYTA 4WLDA 1GB3A 4XJBA 4M6DA 3TXGA 193LA 1LZ4A 3TXEA 1JEFA 1H6MA 2W1MA 4KXIA 1LZ6A 1LZCA 2HUBA 3CB7A 5F14A 5KXKA 1J1XY 3FE0A 1BB5A 1LSCA 1IOSA 1BB3A 1GHLA 4PRQA 1BHZA 4UWNA 2C8PA 1JWRA 1TEWA 2BQKA 1B7SA 1D6QA 2D4IA 1IP5A 1HENA 2HU3A 1VDPA 2G4NA 5KXSA 1VDTA 1RI8B 1OUEA 1UIBA 4CFOA 5KKIA 4KT3A 1LJ4A 1HNLA 4U3XB 3IJVA 2ZIKA 1LJJA 1G7IC 1C08C 4IASA 4H9EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BWJA 3LZTA 1JJ1A 1L02A 5LVGA 1C6CA 2ZYPA 1KS3A 1HEPA 5LAGA 144LA 1DYDA 1CTWA 3QAKA 1LSNA 5DM9A 200LA 2CJLA 1CU5A 4OWAA 4DQ7A 1AT5A 5LVIA 3A3QA 1FKVA 1L13A 1LZNA 4RW1A 3TXIA 1CJ6A 1LKRA 2H5ZA 4HSFA 1F10A 1LJEA 1UC0A 1LMCA 219LA 4NGOA 236LA 4ETBA 1LMOA 3V2WA 4ARLA 1L72A 1GBXA 4WLXA 3OE6A 3AW7A 1KW5A 5KXNA 1XEKA 4I7SA 152LA 4LGKA 1CVKA 2YBIA 1QUHA 1YL0X 2RBSA 3AZ4A 3NYAA 1QT8A 1L71A 2DQFC 3WVXA 3WU7A 4LYZA 4D9ZA 3CDRA 196LA 2MEHA 2ZNXY 1G0LA 1L64A 4I7QA 1WQPA 1GB9A 1IC7Y 1LMTA 3SB7A 1L07A 3A91A 2Z6BA 3N9AA 1L90A 5I14A 4W51A 1QTDA 1FDLY 3A94A 3TMUA 1FLQA 1WTMA 1EL1A 3EBAB 1B7LA 4WM2A 198LA 1LWKA 1XGQC 4LDLA 1GEVA 1SLYA 1C67A 4LZMA 1HERA 2HEBA 2RAZX 1C65A 1LYYA 3F6ZA 4ARQB 4RW2A 1REYA 4NWHA 1D0KA 4WLTA 1HSWA 2C8OA 1GF6A 1CV5A 3HT6A 1LYGA 4DDCA 5IHGA 2YBMA 4MR1A 2ZYCA 2F2QA 2LC9A 1ZVHL 1DXJA 149LA 1LI3A 2HU1A 5J7CA 5B1GA 1RE2A 3C83A 1LZTA 1LSBA 3LYMA 1QT5A 5I53A 4EMNA 1KXXA 4FJRA 1G07A 2B6TA 4HTNA 4CHXA 4DYGA 1L48A 1C62A 1LI2A 3K2RA 5LVKA 3GUKA 1L62A 3W6CA 223LA 1JKCA 2HTXA 2EIZC 2O79A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GF9 A;  134L A;  1BWJ A;  3LZT A;  4YM8 A;  1IY4 A;  1JTT L;  1JJ1 A;  4H93 A;  1IWZ A;  1B5Y A;  4KPM A;  2MED A;  1LZ8 A;  4LZT A;  3HBE X;  3B72 A;  5LVG A;  1D9U A;  3W6A A;  4WLY A;  2ZYP A;  1HEP A;  1REX A;  4GN5 C;  4N0J A;  4C3W A;  5ILF A;  5LAG A;  3WUM A;  1UID A;  1TDY A;  4AXT A;  4NHQ A;  1LSN A;  4XJF A;  5DM9 A;  4WO6 A;  3B6L A;  1HC0 A;  3CSZ A;  2CJL A;  2Z18 A;  4OWA A;  4NEB A;  3LN2 A;  3TXF A;  4WG7 A;  1AT5 A;  5LVI A;  3A3Q A;  1FKV A;  3N9C A;  1YAQ A;  1GFG A;  1AM7 A;  5LA5 A;  1B5W A;  1BB7 A;  1LSD A;  1LZN A;  4RW1 A;  3TXI A;  1CJ6 A;  1LKR A;  2DQD Y;  2H5Z A;  3AGH A;  1QDT A;  2MEG A;  135L A;  2A7F A;  4HSF A;  1F10 A;  2Z2F A;  3A93 A;  1LJE A;  3E3D A;  4NFV A;  1UC0 A;  1ZVY B;  1LJF A;  1IP2 A;  1LMC A;  4LFX A;  1LSZ A;  4GLV A;  4NGO A;  1WQR A;  4ETB A;  4NG8 A;  4ZEE A;  1HEO A;  4H9B A;  1LMO A;  4TX7 A;  1LZA A;  2YVB A;  1GBX A;  1IOC A;  4H8X A;  4GN4 A;  3A95 A;  4LYC A;  4WLX A;  3RNX A;  1LHL A;  3CT0 A;  5HNL A;  3AW7 A;  4WOA A;  2MEA A; 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 1BWH A;  2EKS C;  1GBZ A;  1LPI A;  1QSA A;  4HJY A;  4PHI A;  4R0F A;  5K7O A;  2EQL A;  1MEL L;  4II8 A;  1LYO A;  4NWE A;  1QDR A;  4NGL A;  1GPQ C;  2FYD A;  2F4A A;  2H9K A;  1IR7 A;  1DI4 A;  3EO5 A;  8LYZ A;  3TMV A;  3A34 A;  1NMM A;  5KJ9 A;  3GXK A;  1J1P Y;  1D6P A;  1MLC E;  4LYO A;  4HTK A;  1CNS A;  1EQ4 A;  5KY1 A;  3WU9 A;  5LXW A;  1LSA A;  5APE A;  4DDB A;  1KIR C;  4B4I A;  1IC4 Y;  1DI5 A;  4H90 A;  3WW6 A;  1XEJ A;  4N5R A;  1IOT A;  1UA6 Y;  1PS5 A;  1UCO A;  153L A;  1ALC A;  1LHK A;  3CQL A;  1GFJ A;  1JJ0 A;  4LT1 A;  4XEN A;  1YL1 X;  5KXP A;  3WW5 A;  1LSY A;  1PZY A;  2A7D A;  4XAD A;  4AGA A;  5A3Z A;  1GE3 A;  4DT3 A;  5B1F A;  4DWX A;  2YBL A;  4B1A A;  4CGE A;  2BQG A;  4CJ2 A;  3HFM Y;  3J6K A;  3VWO A;  5FDJ A;  2GV0 A;  4N8Z A;  2MEI A;  4LT2 A;  1B2K A;  3LYT A;  4WLD A;  1GB3 A;  4XJB A;  4M6D A;  3TXG A;  193L A;  1LZ4 A;  3TXE A;  1JEF A;  1H6M A;  2W1M A;  4KXI A;  1LZ6 A;  1LZC A;  2HUB A;  3CB7 A;  5F14 A;  5KXK A;  1J1X Y;  3FE0 A;  1BB5 A;  1LSC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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