1OUBA

Contribution of hydrophobic residues to the stability of human lysozyme: x-ray structure of the v100a mutant
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVARDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contribution of the hydrophobic effect to the stability of human lysozyme: calorimetric studies and X-ray structural analyses of the nine valine to alanine mutants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1oubA00
1CNSA 5HLLA 4DC4A 5L9JA 2C8OA 4Z46A 4GCFA 1QDRA 4GN5C 1LJKA 1V7TA 1N4FA 1GB7A 1WTNA 3CT5A 4B4JA 5A3EA 3M18B 3WMKA 1G7HC 5DL9A 4QDNA 5KXYA 1FBIX 1UIHA 2HECA 4TWSA 1D6PA 1HFYA 4LYZA 1GBOA 3WVYA 1HELA 5C6LA 2VB1A 1GXXA 4N8ZA 1NMMA 2BQMA 2DQFC 1YIKA 4OWBA 4N0JA 1GFRA 5I53A 3WUMA 1UIAA 1NBYC 5FCPA 5KXNA 2HEDA 4CGEA 4PJ2C 1LSFA 1GFHA 4DD3A 2ZYCA 4B1AA 3A95A 4HJZA 1GAZA 1GFUA 3TXGA 2H5ZA 1GDWA 4WM4A 5LIOA 3WU7A 5ILFA 3AB6A 4QEQA 4EMNA 1OUFA 1YKZX 5B05A 1IR9A 3WPLA 1LJGA 1AT5A 2F2NA 3VWOA 2DQEY 1QQYA 3CT0A 5DLAA 1FLUA 1G7JC 1JTPL 2B5ZA 2G4NA 1WQPA 5F9XA 3WYHA 1BQLY 4XADA 1GF4A 2BLXA 5HNLA 4NHQA 4RDSA 1XGTC 3A3QA 2IFFY 4AXTA 3LZ2A 3J6KA 1EQ4A 3MGWA 1AM7A 2BQGA 1REMA 2D91A 5IDDA 4YM8A 4J7VA 4UWVA 1D6QA 4G4CA 1UUZC 2XBRA 3W6EA 1QDTA 3HBDA 1UA6Y 1H87A 1MELL 3AW7A 4RW1A 3RT5X 3G3AB 1RJCB 2PC2A 4H9IA 5IELA 1GB0A 4LYOA 1GF6A 4J1AA 3W6AA 5LVHA 1LJ3A 4QGZA 5APCA 5FELA 1VEDA 4H9BA 4E3UA 4XJIA 1GEVA 1LTMA 2X0AA 3J4GA 4HSFA 1XFPL 2W1LA 1CJ9A 2YBNA 3D9AC 5I4XA 1KIQC 1YAMA 2BQCA 2CDSA 4P2EA 4XN6A 1JTTL 1YROA 4FDYA 1C46A 1JJ3A 1B5UA 1W6ZA 3ATOA 2MEDA 4CFOA 4DYGA 1GF5A 1HNLA 1P2CC 4NGWA 4WOAA 1HEMA 6LYZA 3N9CA 3B0KA 4NWEA 1YQVY 4ZFPA 1GBZA 2BQDA 4DD7A 4WLYA 1WQQA 1B5XA 1B7SA 1FDLY 4NG1A 3G3BB 4HPIA 5A3ZA 5KXOA 2HTXA 1IP4A 2FBDA 4N1EI 1IP6A 4RLNA 5LA8A 2D6BA 2W1YA 5I5QA 1IP3A 4UWNA 4GCBA 1NBZC 1JKBA 5F9UA 3LYMA 3TMUA 1LYSA 1LZCA 1GD6A 2YBJA 1UBZA 1GB2A 1E8LA 2MEFA 2EIZC 1YANA 4H9EA 2ZIJA 2Y8PA 2EPEA 2LHMA 1AT6A 1IEEA 5I4WA 1LZSA 1XEIA 1B5ZA 1KXWA 1NHEA 1LSGA 2ZIKA 3BKHA 132LA 1LMNA 1UACY 3WW6A 4B49A 5DN4A 4HTKA 154LA 1LZYA 1ALCA 5F81A 5KXWA 5LYTA 1LSEA 4I0CA 4MR1A 5C6JA 3EMSA 1B7MA 3EO5A 4H91A 1SLYA 1JPOA 1TBYA 1XGPC 1HEWA 4NSJA 4WG7A 1GFGA 1GBWA 1GE3A 4G4HA 3TXKA 2D4JA 4ETCA 1JISA 1XEJA 4WMGA 5LINA 1UC0A 1VFBC 3TXFA 5ILCA 2ZNWY 4XYYA 4LT3A 1JITA 5KXRA 3W3EA 3TXEA 5II3A 1IY4A 1F6RA 1YKXX 1JKDA 4GCDA 1CKCA 2IHLA 4DD2A 1B5WA 3P66A 2CJLA 1LSZA 1RI8B 3E3DA 4R6CA 4IJ4A 4TTDA 1C43A 1GF3A 1J1XY 5KY1A 1XEKA 2YBHA 1LZGA 4QY9A 1GBXA 3IWRA 4LFPA 1IOSA 1JWRA 1C10A 1LSNA 2LYMA 2XJWA 5L3HA 2MEIA 2DQJY 1WQOA 5JENB 4H8ZA 1QTEA 4WM6A 5KXTA 1IOCA 1SQ2L 193LA 5K7OA 4TX7A 5LAGA 1JJ1A 1UIDA 1BB3A 5L3IA 1GWDA 4KPMA 4GN4A 1EQ5A 5HMJA 4LYMA 4NGLA 5APEA 4HP0A 3A96A 2BAAA 4HPEA 4PRUA 1F10A 3LZTA 3LN2A 3ZEKA 1GFJA 1ZMYL 4O34A 1NF5A 5E4PA 2A7FA 3ATNA 2DKVA 3D3DA 4G9SA 5HMVA 1I20A 2F4GA 3LYTA 1VDPA 2DQIY 2YBIA 2BQHA 4NGIA 1GE0A 4TSCA 3W6FA 8LYZA 4GCCA 1KXXA 2FBBA 4W96A 1ZV5L 2Z2FA 1GF0A 1NDGC 5B59A 5B1GA 1INUA 1HF4A 1HMLA 1CJ6A 1GPQC 4TUNA 3TXBA 1LHMA 1A4VA 2DQDY 1V7SA 4ANRA 1XGRC 2HUBA 1LHJA 4LGKA 1H6MA 1WTMA 5C6IA 2HU3A 1LSBA 1GE1A 1O23A 3CT1A 2XBSA 1REYA 4RW2A 4LYCA 1XGUC 2Z39A 1IY3A 5J7CA 5F14A 9LYZA 4PGJB 1QSWA 5FSTA 1LMOA 2EKSC 3AGIA 1GB6A 4KT3A 1RFPA 1LHLA 1LZ6A 2ZNXY 4OWEA 2F30A 3ZVQA 4CHXA 4M4OA 4Z41A 1IR8A 1BHZA 1LJJA 1JIYA 3RW8A 4ZIXA 4NGYA 4NSIA 4OWAA 3W6BA 3EXDA 1LZ4A 1NWGA 4X3BA 1OUGA 1QTKA 1IP5A 5B07A 1F6SA 1LZDA 1B7QA 1GEZA 1WQRA 2HEEA 1YKYX 2G4PA 1B7RA 2EQLA 2D4IA 3BKVA 5KJ9A 3M3UA 4NGVA 1LJNA 1HENA 2W1MA 1MLCE 1TCYA 3B6LA 1IVMA 4R0FA 1XGQC 3ZVQB 4LYBA 2Z18A 1B0DA 1J1PY 1LSCA 5LYMA 1TEWA 2GV0A 1YILA 3HBEX 4KXIA 1LMAA 1OUIA 1LJFA 1HEPA 3A94A 4B4IA 3TMXA 1AKIA 1VAUA 4BAFA 2H9KA 1LZ9A 1I1ZA 1CKFA 2CGIA 1GB5A 4D9ZA 1NDMC 1D0KA 4LT2A 1B9OA 2YBLA 1BVKC 1UCOA 1TDYA 2ZILA 3GXRA 1LYYA 3P64A 4LZTA 3RZ4A 1AZFA 1D9UA 1DI3A 1UIFA 1C45A 2ZQ4A 4WLDA 5LVKA 2MECA 2Z38A 3ULRA 4H9AA 5LA5A 1LCNA 6LYTA 4XJHA 2DQAA 2HEBA 2Z19A 1GDXA 4G4BA 3TXHA 3TXDA 3RU5A 4HTNA 1RE2A 1UIGA 1DPWA 2YVBA 4MSTA 1IWZA 4NSGA 2BQFA 3N9EA 1T6VL 4OOTA 3WPJA 3A90A 5KXLA 2A7DA 1JUGA 3RNXA 1G7LC 4NHIA 4FJRA 3WXTA 3OK0A 4H90A 4ETEA 2DQHY 4NGKA 4DD0A 1B5YA 2LZTA 5KKIA 2NWDX 1C08C 1FLYA 1OP9B 1YAOA 2LYOA 5T3FA 1JHLA 208LA 4LFXA 3T6UA 2BQKA 4XJDA 1JEFA 4H92A 5B06A 1VDTA 1IOTA 4OWHA 4H9CA 1HMKA 1B5VA 1GB3A 4WM1A 3TXIA 1A2YC 1BWIA 4XJGA 3A6BY 1LMPA 4ETDA 4GN3A 1FLWA 1RCMA 3WVXA 1LKSA 2I6ZA 5LVGA 3AZ6A 4PRQA 4UWUA 4RLMA 1LSMA 2MEGA 1LJEA 4J0LA 2YSSC 207LA 4NWHA 2LZ2A 2HEFA 1LJ4A 5KXPA 3W6CA 1UIEA 4B0DA 3LYZA 4DD1A 4DD9A 1DKJA 1XSFA 1IX0A 4A7DA 4CJ2A 1IO5A 1OUBA 1GB9A 3LYOA 1IP2A 1LSAA 1OQMA 1QIOA 2AUBA 2HU1A 1IWXA 2WARA 4HV1A 4CFPA 194LA 4H8XA 3AGHA 4LYTA 2MEAA 5EBHA 4DDAA 1FLQA 1LSDA 1FN5A 2LYZA 1J1OY 1LZNA 4NHTA 1OUDA 4PPOA 1JJ0A 1GF7A 4DT3A 3B0IA 3P68A 1B7PA 1B7OA 5FEKA 3HBHA 1GFTA 1QSAA 2I25L 4DWXA 1BWHA 3A93A 7LYZA 2ZQ3A 1UIBA 4H9FA 4IASA 1YAPA 3AW6A 3WPKA 4NHPA 1OUHA 5KXXA 1GFAA 4LT1A 1GHLA 4YENA 2MEBA 5AMYA 1LJHA 5KXKA 1LSYA 1QUSA 1WVUA 3HFMY 4J1BA 1GE2A 4NGZA 3WW5A 1KXYA 1LHHA 5LVJA 5HNCA 1CKDA 1VDQA 1IWTA 1GFKA 1B7NA 1OUAA 1KIRC 1YAQA 2ZYPA 3B72A 4HJYA 1LYOA 1VDSA 4WLTA 5B1FA 5IHGA 1CKHA 1NQIA 1IP7A 1DKKA 1EQEA 3W6DA 2BQOA 1EL1A 1LZTA 1BB4A 2Z12A 3P4ZA 4NGOA 2BLYA 2I26L 4WLXA 1GB8A 1IC7Y 1PZYA 3WU8A 1JSEA 4Z98A 1LOZA 1LYZA 1T3PA 1LJIA 1IP1A 5M1YA 4BS7A 1OUEA 1JSFA 1DXJA 1D0LA 1TAYA 1OUJA 1WQMA 2BQLA 2ZWBA 3CSQA 1LZ1A 4YOPA 1B7LA 2BQJA 1LKRA 4WL7A 3CSRA 1BVXA 1GFEA 1JKCA 4H94A 1GBSA 4MCKA 1W08A 4GLVA 1LZAA 2HEAA 4W94A 1JTOL 1HEOA 4N1CC 1HFXA 3A67Y 4NIJA 5LYZA 4TSBA 5D5CA 1G7IC 4BAPA 4YEMA 1IIZA 1HERA 4ETBA 2H9JA 1FKVA 2DBTA 4WM5A 1ZVYB 4NFVA 4GLAA 5DM9A 4B4EA 4DDBA 3WH1A 4Z3MA 1I56A 2BQBA 1JKAA 4U3XB 4WO6A 3SP3A 3WUNA 1CJ8A 3CQLA 4ZEEA 135LA 3AZ5A 4XJBA 153LA 4II8A 1Z55A 1B2KA 4LT0A 4H93A 3FE0A 1REZA 3B0OA 2DQCY 1LMCA 4M6DA 5FDJA 3A91A 1GE4A 3QNGA 4HV2A 5I54A 1C7PA 1F0WA 3GXKA 4OWCA 4C3WA 1UICA 2MEHA 4EOFA 2BQEA 5APDA 2N5ZA 4H1PA 4OOOA 2BPUA 1BWJA 4L41A 2BQAA 1LZRA 3OJPA 4NG8A 5DN5A 1LSPA 1NKHA 1GF9A 2MEEA 3TXJA 1LZEA 5F16A 4WO9A 4ETAA 4NEBA 2Z2EA 4ML7A 4WG1A 1DPXA 1OUCA 5LXWA 3A3RX 1YL1X 1REXA 3AZ7A 1DZBX 5D5FA 1LZ8A 1IWYA 1HSWA 2RSCA 4H9HA 3IJVA 3A92A 1GF8A 2FYDA 1LHKA 3AGGG 3WULA 5KKJA 2D4KA 3T36A 1GFVA 3F6ZA 4NHSA 3IJUA 4ET8A 1HHLA 1IOQA 4I8SA 3TMWA 1GAYA 2YDGA 3WXUA 2FYCA 3TMVA 1ZVHL 1LZ5A 5FHWA 4AGAA 1LHIA 4HJVA 3A8ZA 4OW1A 1HEQA 1DI5A 1IORA 1BB7A 3FI7A 3K3TA 2DQGY 4HTQA 5KXZA 2C8PA 3A34A 1WVVA 1CKGA 3N9AA 1VATA 1BB6A 3WUAA 4NSHA 1IWVA 5E9RA 134LA 1IWWA 1DI4A 4GCEA 5I4YA 1D0MA 1IC4Y 1KIPC 2G4QA 3QY4A 4IATA 5APFA 4BADA 4NGJA 133LA 1FKQA 1LAAA 4WM3A 4WM2A 3A6CY 1QUTA 4XENA 1BB5A 1LMQA 2CWIA 4H8YA 4YEOA 1GXV2 4KL7A 5KXSA 1IWUA 3AZ4A 1HFZA 2W1XA 3CSZA 1WQNA 3WL2A 2Q0MX 4YF2A 1BGIA 2F4AA 1HSXA 1PS5A 1YL0X 3AYQA 4N9RA 4NY5A 4PHIA 4C5FA 4G49A 1CJ7A 3AJNA 4XJFA 2Z37A 3EBAB 1GBYA 5HQ1A 1IR7A 1LPIA 2BQNA 5KXMA 3LHMA 5LAFA 4DDCA 3QE8A 2YBMA 3CB7A 1IC5Y 4N5RA 4WL6A 2BQIA 3WU9A 4ET9A 2XTHA 1DQJC 5LVIA 1HC0A 3KAMA 1LZBA 3P65A 1G7MC 1LMTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5L9JA 4Z46A 157LA 3M18B 171LA 3SN6R 1CU3A 1I6SA 4QDNA 5KXYA 239LA 4LYZA 1GBOA 1L28A 2VB1A 4N8ZA 2B75A 1UIAA 1NBYC 107LA 1L29A 5KXNA 163LA 4HJZA 186LA 1QTDA 2OE4X 1CV4A 5LIOA 4DQ5A 1LJGA 2F2NA 2DQEY 2B5ZA 4XADA 4AXTA 1D3MA 4RDSA 1AM7A 1REMA 2D91A 2QARC 1D6QA 3SBBC 2F2QA 3HBDA 5IELA 2PC2A 4H9IA 1G0JA 1OWZA 2OE7X 215LA 3W6AA 4J1AA 2X0AA 4HSFA 4GBRB 1KIQC 1L68A 4XN6A 249LA 1YROA 1SX7A 1P2CC 3B0KA 1YQVY 1CV6A 244LA 1L79A 1C66A 1FDLY 4NG1A 1IP4A 2FBDA 1IP6A 1L08A 4RLNA 2Z6BA 4W52A 5F9UA 205LA 1LZCA 1GD6A 1UBZA 3D4SA 2MEFA 4H9EA 1P2RA 3C83A 4EKRA 2EPEA 1IEEA 1L73A 1B5ZA 1UACY 5F81A 4I0CA 5C6JA 1PQJA 1B7MA 1GFGA 1GE3A 1JISA 3GUNA 5LINA 1NHBA 1VFBC 189LA 4XYYA 1JITA 5II3A 1IY4A 1JKDA 1C69A 4DD2A 3SB5A 3P66A 1L04A 1C43A 1GF3A 1J1XY 1LYIA 3IWRA 2L78A 1IOSA 1LSNA 5L3HA 2LYMA 4H8ZA 1QTEA 5KXTA 1IOCA 1OV7A 5LAGA 144LA 4KPMA 2F47A 1QT4A 4NGLA 1L26A 174LA 1F10A 1ZMYL 1L85A 2F4GA 1C6LA 1L03A 3DN2A 125LA 1VDPA 2DQIY 2YBIA 4TSCA 1SX2A 200LA 3W6FA 1INUA 1CJ6A 4TUNA 1XGRC 222LA 237LA 1LSBA 1GE1A 1O23A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CNS A;  5HLL A;  4DC4 A;  5L9J A;  2C8O A;  4Z46 A;  4GCF A;  1QDR A;  4GN5 C;  1LJK A;  1V7T A;  1N4F A;  1GB7 A;  1WTN A;  3CT5 A;  4B4J A;  5A3E A;  3M18 B;  3WMK A;  1G7H C;  5DL9 A;  4QDN A;  5KXY A;  1FBI X;  1UIH A;  2HEC A;  4TWS A;  1D6P A;  1HFY A;  4LYZ A;  1GBO A;  3WVY A;  1HEL A;  5C6L A;  2VB1 A;  1GXX A;  4N8Z A;  1NMM A;  2BQM A;  2DQF C;  1YIK A;  4OWB A;  4N0J A;  1GFR A;  5I53 A;  3WUM A;  1UIA A;  1NBY C;  5FCP A;  5KXN A;  2HED A;  4CGE A;  4PJ2 C;  1LSF A;  1GFH A;  4DD3 A;  2ZYC A;  4B1A A;  3A95 A;  4HJZ A;  1GAZ A;  1GFU A;  3TXG A;  2H5Z A;  1GDW A;  4WM4 A;  5LIO A;  3WU7 A;  5ILF A;  3AB6 A;  4QEQ A;  4EMN A;  1OUF A;  1YKZ X;  5B05 A;  1IR9 A;  3WPL A;  1LJG A;  1AT5 A;  2F2N A;  3VWO A;  2DQE Y;  1QQY A;  3CT0 A;  5DLA A;  1FLU A;  1G7J C;  1JTP L;  2B5Z A;  2G4N A;  1WQP A;  5F9X A;  3WYH A;  1BQL Y;  4XAD A;  1GF4 A;  2BLX A;  5HNL A;  4NHQ A;  4RDS A;  1XGT C;  3A3Q A;  2IFF Y;  4AXT A;  3LZ2 A;  3J6K A;  1EQ4 A;  3MGW A;  1AM7 A;  2BQG A;  1REM A;  2D91 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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