1OUHA

Contribution of hydrophobic residues to the stability of human lysozyme: x-ray structure of the v74a mutant
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAANACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contribution of the hydrophobic effect to the stability of human lysozyme: calorimetric studies and X-ray structural analyses of the nine valine to alanine mutants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Homo sapiens
total genus 53
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ouhA00
1RI8B 1UIGA 5C6LA 1XGTC 1AKIA 2CDSA 3A94A 1WQRA 1B7NA 2ZILA 2LZ2A 5LAGA 1LSAA 2HU1A 2MEEA 1DPWA 1EQEA 3ZVQA 5KY1A 1LHMA 1LSFA 1GF7A 4LYZA 1IY4A 4WM5A 4NGOA 4KL7A 4CFPA 4NWHA 1IOCA 2HECA 1VAUA 3KAMA 4XJDA 5I53A 5I4YA 4NSGA 4FJRA 4R6CA 4NHSA 1YANA 1QSAA 5LA8A 1J1PY 4NHPA 1GE4A 1HHLA 2DQCY 2MEFA 3AW7A 4N9RA 4XYYA 4U3XB 1LJNA 1MELL 1FKQA 1PS5A 4GN3A 5E4PA 3QNGA 4NGIA 1A2YC 1LMPA 1T6VL 2BQDA 2BQNA 3A8ZA 4G4BA 1BB5A 1GEVA 1JTPL 4XJBA 2LZTA 1B7LA 5L3HA 4H9CA 4HP0A 3TXIA 1GFVA 2BQHA 1NBYC 3CB7A 1BQLY 3P68A 4H9HA 1IVMA 1LZGA 2YBIA 4WM6A 1C7PA 1G7IC 1JWRA 1UA6Y 2D4JA 3WVYA 5DM9A 4NIJA 1JTOL 1FLUA 3MGWA 3ZEKA 2C8PA 2BAAA 4XJIA 1GF5A 2DQAA 3OK0A 1LZTA 3GXKA 1LAAA 4YEMA 1VDSA 1QQYA 5L3IA 3A90A 2D91A 4DD1A 1G7JC 2FYDA 4P2EA 4N1CC 3W6DA 1FLWA 1LSEA 1VDQA 1BB6A 1GFKA 154LA 1JSEA 2MECA 1OUCA 1IP2A 3EBAB 1LCNA 3N9EA 4WM2A 1B9OA 1AM7A 1LHKA 1LHJA 1LSGA 1YKZX 1GBWA 4QGZA 1LHIA 3IJUA 5B59A 1LZCA 3ULRA 1B5WA 4B4JA 1GFTA 4PRUA 4TTDA 4BAFA 1GBSA 4WG7A 2LYOA 4NGKA 4WLXA 2CWIA 4N0JA 1LSCA 1SQ2L 5KXSA 2D4KA 2HEDA 3HBHA 1B5XA 5FELA 2FBBA 1VDPA 1ZVYB 1LHLA 5KXMA 5FEKA 1LJ4A 1FBIX 1JITA 1LJKA 3FI7A 1UIBA 4TSBA 4YM8A 1NKHA 1AT6A 2IFFY 4WM1A 4HTQA 4ETCA 1LPIA 4G4CA 4H92A 1LYOA 3D9AC 1UUZC 132LA 4H90A 4OWEA 4RDSA 1RCMA 1LSMA 1OP9B 1WTMA 1LZ4A 1YL1X 2HUBA 4XJFA 5HNLA 153LA 1JJ3A 1PZYA 1GF3A 4J0LA 1BVXA 3QE8A 4M4OA 1LMQA 4NHQA 1D6QA 1J1XY 1QTEA 3M3UA 4GCFA 3WULA 1HMLA 2F4GA 3HFMY 1LJGA 1XGRC 4OWAA 5C6JA 2HU3A 1XEIA 4NSHA 5I4WA 2Y8PA 1LZ8A 1BGIA 3HBDA 5KXOA 3RT5X 5I5QA 3TXFA 3LYZA 3TXHA 4C3WA 2ZIJA 3TXGA 4ZFPA 5KXLA 4FDYA 1HEMA 1LMAA 1LMTA 5IDDA 4UWNA 1YQVY 2B5ZA 2ZWBA 3CQLA 4WG1A 5JENB 1LMNA 4MCKA 194LA 3P4ZA 1KIQC 2MEIA 4ET8A 2HEEA 3TXJA 1YAMA 1IWXA 1WTNA 1GF6A 4WL6A 7LYZA 3WPJA 4OWBA 3TXBA 2DQGY 5D5FA 1LMCA 1LTMA 1GB6A 2BQKA 3M18B 2BQJA 1IX0A 1QIOA 3LYMA 1CKCA 1REYA 2DKVA 1GE3A 4LFXA 5DN4A 5KKIA 1NDGC 4CHXA 3E3DA 3A96A 2EQLA 4LYOA 5LYZA 8LYZA 1OUAA 3CT0A 2FYCA 2AUBA 5HQ1A 4TSCA 4ETAA 1OUFA 4BAPA 2CJLA 4DD2A 2Z39A 1CKHA 1JKCA 2A7FA 2D4IA 6LYTA 1BWIA 2ZYPA 5LYMA 2MEGA 1BB4A 2BQIA 4NY5A 3CT5A 2DQDY 1TDYA 1BB7A 1LSDA 5EBHA 1NMMA 1YIKA 1IP4A 3B0IA 4NHTA 4QEQA 5E9RA 4NHIA 4NEBA 3A34A 5I4XA 2WARA 4I0CA 5B06A 4DDCA 1GFGA 1TAYA 4OW1A 3WPKA 1GBZA 4LYBA 1D9UA 1RJCB 3N9AA 1LZDA 1NQIA 2BQAA 4ML7A 1QDRA 1IWVA 4GCBA 4HSFA 5B07A 4B4EA 4ANRA 4HPIA 1GHLA 1A4VA 4OOTA 4B0DA 2X0AA 3IJVA 4CGEA 5HNCA 1IP1A 1JKDA 2BLYA 3AB6A 1GBOA 4HTNA 1LZRA 1HFYA 2MEBA 3AGHA 3GXRA 1WQQA 4HV1A 1OQMA 4LZTA 4NGYA 5D5CA 5APEA 1C10A 1W6ZA 4DDAA 3CSZA 5HLLA 1GB2A 4II8A 1ZV5L 1QUTA 5IHGA 1LSZA 4H9BA 1C45A 1IO5A 2F4AA 3AZ7A 3B0OA 1GF9A 3B0KA 1B2KA 1GBXA 3A6CY 2YBHA 4LT3A 4WM3A 2DQEY 1JISA 1GDXA 4DD0A 4IASA 1IORA 4HJZA 1UIHA 3WYHA 3WU7A 4H8XA 1VDTA 4KPMA 1DXJA 2BQEA 5LVGA 1HEPA 4H9EA 4HTKA 1TCYA 4HJVA 1LJFA 1OUEA 1UBZA 1IWUA 1YL0X 1XEJA 1LSPA 1GFHA 1CNSA 1KIPC 2Z2EA 4M6DA 4UWUA 4QY9A 1UIEA 2D6BA 4NGLA 3W6AA 3AZ4A 1D0KA 1QDTA 3WVXA 1HERA 5DN5A 4NGJA 1GF4A 5LVIA 208LA 5C6IA 1LKRA 1LZSA 3T36A 4NGVA 1BHZA 4NG8A 4H1PA 5B1FA 2W1YA 4GLAA 3LHMA 2CGIA 4I8SA 2MEDA 1RFPA 1EQ4A 1WQOA 3W3EA 9LYZA 1XEKA 5KXWA 2XTHA 1DI4A 4HV2A 5KKJA 4NSJA 1XGPC 1G7LC 1MLCE 1LJJA 4X3BA 1GB5A 1IWZA 1LZ5A 2Z19A 1NF5A 1YAOA 1NBZC 4RLNA 4BS7A 1GFEA 1HF4A 1LYZA 1GBYA 1B7RA 3W6FA 3WXUA 4GCCA 4AGAA 1LZEA 1YROA 2GV0A 2MEHA 2Q0MX 1LZYA 1WVVA 1LSBA 1YKYX 3A3RX 1OUHA 1B7OA 1IEEA 1UIFA 5KXZA 3CSQA 3A3QA 2HTXA 1IP3A 1HSXA 2BQBA 4LYMA 1LZ9A 5KXYA 2F30A 2YBMA 1F0WA 2HEBA 2DBTA 2VB1A 4H9AA 3VWOA 1D0MA 4Z46A 1GWDA 4H8YA 2C8OA 3CSRA 2W1LA 3EMSA 1E8LA 1G7HC 3TMXA 4Z98A 3QY4A 1WQPA 1DKJA 5KXRA 4J1AA 1IWTA 1GB7A 4XENA 5KXPA 4XJHA 5F16A 1UICA 4H93A 1DI5A 1GFRA 5F9XA 5LA5A 3ATNA 3BKVA 3RZ4A 5FCPA 3J4GA 5KXKA 3WPLA 1UCOA 2IHLA 4WM4A 4EOFA 3WMKA 1TBYA 1B7SA 1Z55A 2F2NA 2XJWA 4N5RA 1JTTL 3TMWA 4WO9A 5LYTA 3SP3A 1HFZA 4XJGA 1GAZA 1TEWA 2G4PA 4NWEA 1GE0A 4L41A 4PPOA 4DT3A 4DWXA 1F10A 193LA 4LGKA 3P65A 1GE2A 4O34A 5LAFA 2Z18A 4OWHA 2BQLA 1B5VA 1QTKA 1H87A 3RNXA 1GDWA 1LJIA 1OUGA 2Z38A 3D3DA 3WH1A 1LZNA 2ZIKA 4Z3MA 2XBRA 3IWRA 5K7OA 1LZAA 3WUMA 1LHHA 4YF2A 5LVJA 1GFJA 1VFBC 1DPXA 2Z2FA 4LT0A 2I6ZA 4ETEA 2DQHY 3CT1A 1ZVHL 207LA 4H9IA 4AXTA 4LT2A 4H94A 3TXKA 4C5FA 5M1YA 1BVKC 4WL7A 1LMOA 5L9JA 1ZMYL 4G4HA 5AMYA 4HJYA 3EO5A 4LFPA 1WQMA 2H9JA 5DLAA 2BPUA 4R0FA 1NHEA 133LA 3A95A 4H8ZA 1UIDA 4DC4A 1CJ7A 1LYYA 1IP5A 2BQOA 2G4QA 2H5ZA 3AW6A 3FE0A 4G9SA 1O23A 1GE1A 3LN2A 4NGWA 5FHWA 1KXYA 1CJ9A 3AZ5A 4A7DA 2ZNWY 1H6MA 2LHMA 4DD7A 1GD6A 1W08A 3B6LA 1B0DA 1B7QA 2MEAA 1GXV2 1KXWA 1JEFA 3WXTA 1BWHA 1VEDA 1KXXA 1FLQA 1GB3A 1HEQA 1YAQA 1OUBA 3A92A 2LYZA 5B1GA 5ILCA 1FKVA 1LZ6A 1OUJA 1IR7A 4GN5C 1XSFA 3AGGG 1B7MA 1GFUA 3OJPA 1HSWA 1LZBA 3TXEA 4TUNA 3AGIA 3A67Y 3BKHA 4BADA 1AT5A 4RW1A 4WLTA 1QUSA 5APDA 2H9KA 1C46A 1YAPA 1GF8A 3WW6A 3AZ6A 4ET9A 1B5ZA 1GB9A 4J1BA 3WUNA 5APCA 5J7CA 5KXTA 5F9UA 1B7PA 1D0LA 3A93A 5ILFA 3ATOA 1JHLA 4WLYA 1C43A 1GFAA 1JKBA 2YDGA 3A6BY 3TMVA 1JPOA 3RU5A 1XGQC 1P2CC 2EPEA 4E3UA 5II3A 2A7DA 1RE2A 5DL9A 3K3TA 5B05A 1OUDA 2NWDX 1DKKA 3WU8A 1LKSA 1FN5A 4TX7A 4ZIXA 4N8ZA 4D9ZA 1LZ1A 4PGJB 4PRQA 1FDLY 4GN4A 3TMUA 5KJ9A 1UIAA 4EMNA 5FDJA 4OWCA 1CKGA 1SLYA 3W6CA 3P64A 4NSIA 2YBLA 5T3FA 2ZYCA 1IC5Y 5APFA 1INUA 1B5UA 1GB8A 1IWWA 1JIYA 4Z41A 5F14A 1BB3A 2N5ZA 2RSCA 3P66A 1REMA 3AJNA 4GLVA 3N9CA 1JUGA 1HEWA 3T6UA 5A3EA 4UWVA 1IWYA 1REXA 1HMKA 4GCDA 1HC0A 5LVHA 4DD9A 5FSTA 1JKAA 4W96A 1IC4Y 1LJ3A 4PJ2C 1LJEA 1XGUC 1UC0A 1GF0A 2YBNA 4HPEA 4PHIA 4YEOA 1IOTA 1LSYA 1CJ8A 3J6KA 4DDBA 4H9FA 1JJ0A 4NG1A 5LVKA 5KXXA 1N4FA 1CJ6A 1F6SA 4XADA 2YSSC 4G49A 4CJ2A 1EL1A 1OUIA 4KT3A 1WQNA 2DQFC 3TXDA 1ALCA 135LA 1IP7A 3B72A 2G4NA 2PC2A 4IATA 4ETDA 1LOZA 3WL2A 4YOPA 3WU9A 2Z12A 2Z37A 3WUAA 4ZEEA 1I20A 1GEZA 1KIRC 1I1ZA 1T3PA 2BLXA 1JSFA 2W1XA 3LZTA 4LYTA 5KXNA 3ZVQB 4ETBA 4CFOA 4MSTA 1V7SA 3HBEX 4NGZA 4W94A 4WLDA 4RW2A 1IY3A 3AYQA 4LYCA 134LA 1V7TA 1QSWA 2ZNXY 4QDNA 2LYMA 4YENA 2W1MA 4B4IA 2XBSA 3G3AB 1FLYA 2FBDA 1C08C 3F6ZA 2BQGA 1UACY 3RW8A 1HEOA 3LYOA 1VATA 1HENA 3LZ2A 1F6RA 5HMVA 4LT1A 1CKDA 1XFPL 2BQFA 4J7VA 6LYZA 4B49A 3LYTA 2I25L 4NFVA 2YBJA 2BQCA 1NWGA 1G7MC 1DI3A 1NDMC 2I26L 1I56A 2ZQ4A 4IJ4A 3W6EA 5LINA 5LXWA 4OOOA 4DD3A 4WMGA 4RLMA 4WO6A 5I54A 1DQJC 1IC7Y 3W6BA 1IIZA 1B5YA 1YILA 4B1AA 2EIZC 1HNLA 1JJ1A 3G3BB 3EXDA 4MR1A 1GB0A 1YKXX 4WOAA 4DYGA 2HEAA 1EQ5A 5IELA 1GPQC 1IOQA 1GXXA 4GCEA 3A91A 1REZA 2HEFA 1AZFA 1HELA 1WVUA 2DQJY 1IR9A 1IP6A 1J1OY 4KXIA 1IOSA 1GAYA 5F81A 4XN6A 1D6PA 1BWJA 5LIOA 5HMJA 1IR8A 1HFXA 2ZQ3A 5A3ZA 3WW5A 1LYSA 4TWSA 1CKFA 2BQMA 1DZBX 1LSNA 2DQIY 2YVBA 2EKSC 1LJHA 4N1EI 4H91A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LZ2A 2HU1A 3ZVQA 4NGOA 4CFPA 220LA 113LA 1QUDA 4NHSA 1YANA 2DQCY 1P46A 4GN3A 1PS5A 5E4PA 1LMPA 4W53A 1DYBA 4H9CA 1NBYC 1BQLY 1IVMA 3HTGA 4I7QA 4WM6A 1JWRA 3WVYA 110LA 1LLHA 4NIJA 4XJIA 1KW5A 3FI5A 2DQAA 1LZTA 3GXKA 1G7JC 4P2EA 3SB7A 1BB6A 1QTDA 1JSEA 3HUAA 1IP2A 3PBLA 4WM2A 1LHKA 1LHJA 1YKZX 3DN2A 3ULRA 1QUOA 4PRUA 1QT8A 2CWIA 4N0JA 1SQ2L 2D4KA 1B5XA 2FBBA 5KXMA 5FEKA 1LJKA 1FBIX 1AT6A 3DMVA 2O4WA 1LYOA 4H90A 4OWEA 4S0WA 200LA 1WTMA 1C6GA 2ANXA 1BVXA 4W54A 4NHQA 1D6QA 114LA 1QTEA 1C6LA 1XEIA 5I4WA 1LZ8A 3TXFA 3LYZA 1KW7A 3TXHA 1HEMA 5IDDA 7LYZA 1GF6A 4OWBA 3TXBA 3L2XA 236LA 1GB6A 1L68A 1CKCA 1GE3A 1L47A 4LFXA 5KKIA 3SN6R 1D2WA 8LYZA 2L78A 1L65A 4BAPA 1JKCA 2D4IA 6LYTA 1BWIA 1BB7A 1LSDA 123LA 3B0IA 4I7SA 1DYCA 4NHIA 5I4XA 5B06A 1GFGA 3WPKA 1GBZA 1LZDA 1NQIA 5B07A 4ARPA 1L72A 3AB6A 1QSQA 2MEBA 4HV1A 4LZTA 4DDAA 5APEA 1W6ZA 1QUTA 118LA 1C45A 1QT6A 3B0KA 1GBXA 3A6CY 4LT3A 4DD0A 4EKQA 1UIHA 222LA 3WYHA 1P64A 4KPMA 4HJVA 1IWUA 2OE4X 2QARC 4UWUA 3G3WA 1D0KA 191LA 5DN5A 1L56A 4NGJA 5C6IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1RI8 B;  1UIG A;  5C6L A;  1XGT C;  1AKI A;  2CDS A;  3A94 A;  1WQR A;  1B7N A;  2ZIL A;  2LZ2 A;  5LAG A;  1LSA A;  2HU1 A;  2MEE A;  1DPW A;  1EQE A;  3ZVQ A;  5KY1 A;  1LHM A;  1LSF A;  1GF7 A;  4LYZ A;  1IY4 A;  4WM5 A;  4NGO A;  4KL7 A;  4CFP A;  4NWH A;  1IOC A;  2HEC A;  1VAU A;  3KAM A;  4XJD A;  5I53 A;  5I4Y A;  4NSG A;  4FJR A;  4R6C A;  4NHS A;  1YAN A;  1QSA A;  5LA8 A;  1J1P Y;  4NHP A;  1GE4 A;  1HHL A;  2DQC Y;  2MEF A;  3AW7 A;  4N9R A;  4XYY A;  4U3X B;  1LJN A;  1MEL L;  1FKQ A;  1PS5 A;  4GN3 A;  5E4P A;  3QNG A;  4NGI A;  1A2Y C;  1LMP A;  1T6V L;  2BQD A;  2BQN A;  3A8Z A;  4G4B A;  1BB5 A;  1GEV A;  1JTP L;  4XJB A;  2LZT A;  1B7L A;  5L3H A;  4H9C A;  4HP0 A;  3TXI A;  1GFV A;  2BQH A;  1NBY C;  3CB7 A;  1BQL Y;  3P68 A;  4H9H A;  1IVM A;  1LZG A;  2YBI A;  4WM6 A;  1C7P A;  1G7I C;  1JWR A;  1UA6 Y;  2D4J A;  3WVY A;  5DM9 A;  4NIJ A;  1JTO L;  1FLU A;  3MGW A;  3ZEK A;  2C8P A;  2BAA A;  4XJI A;  1GF5 A;  2DQA A;  3OK0 A;  1LZT A;  3GXK A;  1LAA A;  4YEM A;  1VDS A; 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 4IAT A;  4ETD A;  1LOZ A;  3WL2 A;  4YOP A;  3WU9 A;  2Z12 A;  2Z37 A;  3WUA A;  4ZEE A;  1I20 A;  1GEZ A;  1KIR C;  1I1Z A;  1T3P A;  2BLX A;  1JSF A;  2W1X A;  3LZT A;  4LYT A;  5KXN A;  3ZVQ B;  4ETB A;  4CFO A;  4MST A;  1V7S A;  3HBE X;  4NGZ A;  4W94 A;  4WLD A;  4RW2 A;  1IY3 A;  3AYQ A;  4LYC A;  134L A;  1V7T A;  1QSW A;  2ZNX Y;  4QDN A;  2LYM A;  4YEN A;  2W1M A;  4B4I A;  2XBS A;  3G3A B;  1FLY A;  2FBD A;  1C08 C;  3F6Z A;  2BQG A;  1UAC Y;  3RW8 A;  1HEO A;  3LYO A;  1VAT A;  1HEN A;  3LZ2 A;  1F6R A;  5HMV A;  4LT1 A;  1CKD A;  1XFP L;  2BQF A;  4J7V A;  6LYZ A;  4B49 A;  3LYT A;  2I25 L;  4NFV A;  2YBJ A;  2BQC A;  1NWG A;  1G7M C;  1DI3 A;  1NDM C;  2I26 L;  1I56 A;  2ZQ4 A;  4IJ4 A;  3W6E A;  5LIN A;  5LXW A;  4OOO A;  4DD3 A;  4WMG A;  4RLM A;  4WO6 A;  5I54 A;  1DQJ C;  1IC7 Y;  3W6B A;  1IIZ A;  1B5Y A;  1YIL A;  4B1A A;  2EIZ C;  1HNL A;  1JJ1 A;  3G3B B;  3EXD A;  4MR1 A;  1GB0 A;  1YKX X;  4WOA A;  4DYG A;  2HEA A;  1EQ5 A;  5IEL A;  1GPQ C;  1IOQ A;  1GXX A;  4GCE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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