1OUJA

Contribution of hydrophobic residues to the stability of human lysozyme: x-ray structure of the v99a mutant
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRAVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contribution of the hydrophobic effect to the stability of human lysozyme: calorimetric studies and X-ray structural analyses of the nine valine to alanine mutants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1oujA00
2CWIA 1LPIA 1LMCA 1LYYA 3IWRA 3AYQA 3A94A 1IC7Y 4E3UA 4OWBA 1HFZA 4RLMA 4DD7A 3IJVA 1B7SA 5APDA 4DDCA 1G7HC 4NFVA 4N9RA 5IHGA 5F81A 3TMVA 2BQEA 4HTNA 2FYCA 2W1MA 3TXEA 3A90A 1PZYA 3CB7A 2BQGA 2MEGA 4Z98A 2BAAA 3AW7A 3N9EA 2I6ZA 1LZCA 1NF5A 5D5CA 1LSCA 3AZ7A 5K7OA 3RT5X 1YL1X 2DQFC 2MEHA 3B0IA 1LMNA 3G3BB 3LYOA 4B1AA 1WTMA 1YKZX 2D4JA 4HPEA 1BWIA 1DXJA 2G4QA 1YKXX 4H91A 5L9JA 3WPJA 1LSNA 1JJ0A 2IFFY 2VB1A 1LMOA 1HNLA 1UBZA 5E4PA 1LZYA 4GCCA 5DN4A 1QQYA 1DKKA 1GF9A 1W08A 1GE2A 1GF5A 1OUEA 3A34A 4J1AA 5KXSA 3ULRA 5KKJA 1UIAA 5I4YA 4NGYA 4QEQA 1WQNA 4HV2A 1YAOA 4H1PA 4GLVA 2A7FA 1E8LA 3ATNA 4H8XA 4LT0A 5M1YA 1GB6A 1F6RA 1F6SA 4NSJA 4HJZA 2BQCA 1GFHA 3AGHA 4NSGA 4ETCA 4CFPA 5C6LA 4DD3A 4QDNA 1ZVYB 3HBDA 1C46A 2BLYA 1CJ8A 1B7PA 1C43A 2HU1A 2Z37A 1IWUA 5KXTA 4O34A 1FBIX 1IO5A 2IHLA 5LA8A 2LZTA 9LYZA 1CKGA 1VDPA 1LSAA 1TCYA 3T36A 3T6UA 5F14A 1FDLY 2Z2FA 1IP1A 1GFVA 1QSWA 1N4FA 1B5YA 1D0LA 1IEEA 1LSYA 2HEEA 2LYZA 1QUTA 1LMTA 1CKHA 2BLXA 1BVKC 1VAUA 1LZ8A 1NMMA 2XBSA 3W6EA 1IP7A 4XADA 3ZEKA 1QTEA 5KXMA 1IR9A 1DPXA 1LJGA 1G7JC 4NHTA 3WUMA 1GFKA 1LZRA 2ZIJA 3RNXA 3GXRA 5FELA 1GBOA 1UC0A 1FN5A 2BQHA 4WLTA 1GEZA 2EIZC 1QTKA 1AZFA 2HEDA 2PC2A 3P65A 5KY1A 1KXYA 1V7SA 2D91A 4N1EI 2HEFA 1HSWA 4NGOA 3EMSA 4I8SA 1BGIA 4XYYA 3P68A 4DD1A 3A93A 4H9EA 1IWYA 1LZEA 5D5FA 134LA 1LSFA 5LIOA 1NWGA 2ZYCA 4ETBA 1IC5Y 4H8ZA 4HV1A 3WVYA 1LZSA 1RI8B 4PHIA 1JEFA 4CJ2A 1B7LA 1IOQA 4NGJA 1KIPC 2YVBA 1GF4A 4ZIXA 1C10A 1GAZA 4U3XB 3KAMA 3B0OA 1DZBX 3HFMY 4GCFA 2MEFA 4AGAA 1LCNA 1LSBA 4C3WA 3VWOA 3TMUA 4DWXA 5B59A 3P66A 3IJUA 5DM9A 2MEIA 1HHLA 2HECA 3B0KA 4XJBA 2MEDA 2YBLA 4W96A 5APEA 1D6QA 1WVVA 5DN5A 1QUSA 1D0KA 4AXTA 2MEAA 4KT3A 4CGEA 3WPKA 1LSDA 2HU3A 1LZTA 1BHZA 1LZAA 4XJHA 1UIBA 2BQMA 4A7DA 1LZNA 1IP6A 4G4CA 3SP3A 4ANRA 4L41A 5KXWA 1J1OY 4BAFA 5I4WA 5KXYA 4YENA 4WMGA 1HF4A 1IORA 2YBMA 4QGZA 1FKVA 1JTTL 2W1LA 4DYGA 1H6MA 3TXBA 4M4OA 1LSZA 2ZYPA 1OUCA 2BQKA 1UCOA 3A8ZA 1BWHA 3TXDA 1JTPL 4OWCA 1LTMA 4NSIA 4ZEEA 1GB5A 1I1ZA 3AGGG 4N1CC 3WXUA 1QDTA 1QSAA 1GF3A 1GFAA 1T6VL 1VFBC 1ZV5L 1NKHA 4HSFA 1B7MA 1F10A 1KIQC 5B1FA 4NHQA 4YEMA 2EKSC 4DD2A 1B5VA 4Z3MA 4WM1A 5I54A 1YANA 6LYZA 4WO6A 4PRQA 1V7TA 1HFXA 3K3TA 1Z55A 1HMLA 4QY9A 2I25L 3N9CA 3BKHA 1BB7A 1OUBA 1GE3A 2A7DA 2YSSC 1AT5A 4G49A 1LZDA 1LJJA 4NHSA 3A91A 1HEMA 2D4KA 2ZIKA 5FDJA 5ILFA 1C45A 4G9SA 3TXKA 2YBHA 4G4HA 1UIHA 4WLDA 1LJFA 1BVXA 1JKDA 2DQEY 1UUZC 2Y8PA 2F4AA 1B5XA 1B5ZA 8LYZA 1JIYA 4B4EA 1W6ZA 2F2NA 2Z18A 1EL1A 4ETAA 1B7QA 1CKCA 2ZILA 3WYHA 1LHJA 5T3FA 1CJ6A 7LYZA 1GB9A 4LT3A 1AM7A 4KXIA 4TTDA 1FLQA 4XJDA 3WL2A 4N8ZA 1AT6A 1FLUA 5HQ1A 5J7CA 5I4XA 5I53A 1AKIA 1HELA 1IWWA 3WXTA 2RSCA 1IP5A 1XGUC 4IASA 1LYOA 4R0FA 194LA 1LJHA 1LMAA 2XBRA 1GF7A 4NHPA 4PPOA 3W6BA 1XGRC 1OUDA 2LZ2A 2DQDY 1IY4A 3WMKA 2D6BA 3P64A 2FYDA 5FSTA 5KXXA 2CGIA 4H9IA 5DLAA 1IWVA 1G7MC 3RU5A 1OUAA 4GN3A 4WM5A 1J1XY 5LYZA 1JITA 1GB0A 1YAPA 5FHWA 1IWZA 3B6LA 1HEQA 2C8PA 1CKFA 1I20A 3RW8A 4LYMA 1EQ4A 1NBYC 4X3BA 3A92A 2DKVA 2YDGA 4GN5C 2CDSA 4NG1A 3LN2A 3ZVQA 1JKAA 2FBBA 4LYCA 3QNGA 5LINA 4J0LA 2BQDA 2Z38A 2X0AA 1P2CC 1YAQA 1NBZC 207LA 4RW1A 4H9FA 4DT3A 3AZ6A 1EQ5A 1DPWA 3WPLA 1YL0X 1IP4A 4LFXA 4MR1A 5C6JA 3FI7A 5HNLA 1LOZA 1LYSA 2BQIA 1JSFA 4BADA 2Z39A 4WL6A 3CSZA 1GBZA 4ET8A 4WM3A 4WOAA 4NWEA 5C6IA 5L3HA 1OUGA 4G4BA 2HTXA 5LAGA 1GBXA 4MCKA 1LZBA 4FDYA 1GEVA 1GAYA 1VDTA 2DQIY 1WQMA 4OOTA 3OJPA 1IR8A 1CJ7A 4NSHA 4WG7A 5LVJA 1WTNA 1KXWA 1GFUA 2NWDX 1REXA 3B72A 3M18B 4FJRA 4H94A 4NWHA 1LAAA 1LHMA 2W1XA 2BQJA 3AGIA 1WQOA 4NGKA 3MGWA 4J1BA 154LA 4OWHA 5B06A 1MELL 3TXHA 153LA 5APCA 1GFEA 1LJKA 2HEAA 3P4ZA 1TAYA 5IELA 5F16A 1HMKA 3A95A 4ETDA 1OUFA 1UACY 1IR7A 1B9OA 2LHMA 1LJEA 1RCMA 1HENA 5DL9A 1GXXA 4UWUA 1RFPA 1XEJA 1JISA 4P2EA 2HEBA 2Z19A 5LVGA 4YEOA 1LKSA 1A4VA 1B0DA 1FLYA 1GDWA 3QE8A 2MECA 4DC4A 1JPOA 4LGKA 4WM2A 2DBTA 4OWAA 2BQNA 2WARA 4TUNA 1GB2A 1VEDA 3CT1A 4NGIA 1HEWA 4H9HA 5APFA 4MSTA 1YKYX 4XJFA 1BB5A 1GFJA 4B4JA 4TSBA 1GHLA 1GF0A 4NGVA 1JKCA 1G7LC 1VDSA 2AUBA 3FE0A 3W6AA 1O23A 3E3DA 4LYBA 1GE4A 1CNSA 1D6PA 2CJLA 3W6DA 1WQQA 2Z12A 1UA6Y 3W6CA 3WU9A 1HC0A 1GF8A 4GN4A 4ML7A 1B7OA 2HUBA 1ZMYL 1DI3A 2MEBA 1WQPA 4OWEA 5ILCA 3N9AA 4NGLA 1GE0A 5KXPA 2ZNWY 1LJ4A 1GDXA 4M6DA 4KPMA 5LVIA 1BB3A 4LYOA 5B07A 2BQOA 5LAFA 3W3EA 1JKBA 1A2YC 1RE2A 3OK0A 6LYTA 133LA 2G4PA 4EMNA 4N0JA 1TBYA 1BQLY 4OW1A 5HMVA 5A3EA 4HJYA 5KJ9A 2BQAA 1GB3A 4HJVA 4NGWA 5HNCA 1LHIA 1UIFA 4IJ4A 1HFYA 2BQFA 4BAPA 3LZTA 4ETEA 1KIRC 1BB6A 4LT1A 5LA5A 3WUNA 5FEKA 3HBHA 2XTHA 4YM8A 5B05A 1WQRA 4RDSA 3EBAB 4H9AA 1FKQA 3CQLA 3QY4A 1CJ9A 4PRUA 3WU7A 1OQMA 3WVXA 3F6ZA 1GBWA 2YBJA 2FBDA 1FLWA 1LZ9A 4H8YA 4PJ2C 5F9XA 5II3A 2H5ZA 1B2KA 4H90A 4LYTA 1TDYA 2XJWA 1D9UA 1SQ2L 4LYZA 3WULA 2EQLA 1JSEA 4H92A 1IOTA 4H93A 5KXNA 1JWRA 4C5FA 1LYZA 5KXOA 1XEIA 2Q0MX 5HMJA 2LYOA 1XFPL 1VATA 5AMYA 5JENB 1B5WA 1LHLA 1HEPA 3ATOA 3M3UA 1YAMA 4UWNA 4WLXA 3TXJA 2DQJY 4TX7A 3CSQA 3TMXA 1LJIA 2YBNA 1IC4Y 1XGQC 3AZ4A 1RJCB 1GWDA 4HTKA 3WW5A 1JJ1A 4NHIA 1GXV2 4BS7A 1CKDA 5FCPA 3EXDA 4NG8A 5I5QA 1BWJA 4HP0A 1OUIA 1LSGA 2F30A 4XJIA 4Z41A 1OUHA 4LFPA 1LZ6A 1EQEA 1REZA 1GB7A 1LSEA 1LZ1A 2YBIA 1DKJA 4GCEA 1YILA 2ZWBA 1YIKA 1IOSA 1OP9B 3TMWA 1H87A 1WVUA 5B1GA 4II8A 2DQAA 5L3IA 4WLYA 1J1PY 2H9JA 1D0MA 5LXWA 4YF2A 1GBYA 3WUAA 1NHEA 1OUJA 4H9CA 1LZGA 2ZNXY 1NDMC 4DD0A 4D9ZA 5KXZA 2H9KA 5KXLA 4R6CA 1GFGA 2LYMA 3LYMA 5F9UA 1GB8A 1IOCA 4DDAA 1NQIA 1REMA 1LMQA 1YROA 5LVHA 3RZ4A 3WW6A 1LHKA 2B5ZA 3A3QA 1C7PA 4HPIA 4WG1A 4XN6A 1GF6A 3TXIA 2W1YA 1GFTA 1IP3A 5EBHA 4KL7A 2Z2EA 3AW6A 1B7RA 3J4GA 4EOFA 1ALCA 1JTOL 1XGPC 4B49A 135LA 1LSMA 5IDDA 4WL7A 1IWXA 1SLYA 1JJ3A 1DI4A 2G4NA 4RW2A 5LYMA 1LSPA 1B7NA 2MEEA 1XGTC 3A96A 4NY5A 4LT2A 4LZTA 3TXGA 1DI5A 1GD6A 2DQGY 5LYTA 3AZ5A 3EO5A 4YOPA 1ZVHL 2I26L 1PS5A 3WU8A 4ET9A 4ZFPA 2D4IA 1LJ3A 2BQLA 3A6CY 4NEBA 4Z46A 2ZQ4A 4I0CA 4XJGA 1T3PA 3D9AC 5LVKA 4PGJB 132LA 1JUGA 5A3ZA 1UIEA 5KXKA 1KXXA 3J6KA 4B0DA 1INUA 3LYZA 1TEWA 2BPUA 3CSRA 3LYTA 1HEOA 1LZ4A 4NGZA 3CT0A 4RLNA 4TWSA 1IY3A 1VDQA 1DQJC 4DDBA 5KXRA 1GFRA 1YQVY 4CHXA 2C8OA 4GCBA 3WH1A 1C08C 1I56A 1XEKA 3A3RX 1F0WA 5E9RA 4B4IA 1IVMA 1LKRA 208LA 2ZQ3A 4DD9A 1JHLA 2DQCY 5HLLA 3G3AB 4GCDA 1UICA 3A67Y 3CT5A 4HTQA 4H9BA 2N5ZA 1UIDA 3GXKA 3LHMA 193LA 4OOOA 1HERA 1LJNA 4WM4A 4WM6A 1G7IC 4UWVA 1IIZA 1HSXA 2F4GA 1IP2A 4TSCA 4N5RA 4GLAA 4W94A 5KKIA 4XENA 1REYA 3HBEX 4J7VA 3ZVQB 3A6BY 1B5UA 1IWTA 2DQHY 2BQBA 2GV0A 4CFOA 1IX0A 1GBSA 1XSFA 1UIGA 3AB6A 3D3DA 4WO9A 3AJNA 2EPEA 1LZ5A 1NDGC 1LHHA 1MLCE 1GPQC 3LZ2A 1QIOA 1BB4A 4IATA 4NIJA 3W6FA 3BKVA 1GE1A 3TXFA 1LMPA 1QDRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L92A 3A94A 4E3UA 2OE4X 1G0LA 1HFZA 4OWBA 4RLMA 4DD7A 3IJVA 4PK0A 4N9RA 5F81A 1PQKA 2BQEA 3A90A 3CB7A 3AW7A 1LZCA 2Q9DA 3RT5X 1YL1X 4B1AA 3LYOA 2D4JA 1LYGA 1BWIA 180LA 1LSNA 1GF9A 1GE2A 1GF5A 1UIAA 5I4YA 1E8LA 4OO9A 184LA 1F6RA 3DN3A 178LA 4DD3A 1ZVYB 3HBDA 1B7PA 1IWUA 4O34A 2IHLA 1CU0A 1CU6A 1VDPA 1P5CA 1C6DA 1IP1A 1L30A 1GFVA 1B5YA 1D0LA 1LSYA 1LMTA 2BLXA 3HTGA 108LA 160LA 1LZ8A 3W6EA 1IP7A 4YX7C 4XADA 3ZEKA 2LC9A 1IR9A 1DPXA 1LJGA 1LYJA 1LZRA 1LGXA 2ZIJA 1OVHA 1L35A 2HUKA 4N1EI 1G1WA 1HSWA 1OV7A 118LA 4DD1A 1IWYA 1DYFA 1P46A 221LA 5LIOA 1RI8B 4NGJA 2YVBA 1C10A 1QUDA 4I7JA 3KAMA 3B0OA 1JTMA 3HFMY 4GCFA 4AGAA 155LA 2IGCA 4C3WA 3VWOA 5B59A 3IJUA 1LI3A 2MEIA 198LA 2YBLA 1L41A 1D6QA 1CVKA 4AXTA 1XEPA 1LSDA 251LA 1LZTA 3DN1A 1UIBA 4ANRA 4I7MA 1CU2A 1HF4A 2W1LA 1H6MA 1LTMA 4DKLA 4ZEEA 192LA 1QDTA 1QSAA 1C6IA 1L39A 3CDOA 1NKHA 1XJTA 1QTCA 1F10A 129LA 2OU8A 3C8RA 2B6TA 5I54A 3K3TA 1HMLA 4QY9A 2I25L 1GE3A 1D2YA 1L14A 1JTNA 1L27A 3A91A 2D4KA 1C45A 249LA 2YBHA 1P64A 4G4HA 4WLDA 1LJFA 3DMXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2CWI A;  1LPI A;  1LMC A;  1LYY A;  3IWR A;  3AYQ A;  3A94 A;  1IC7 Y;  4E3U A;  4OWB A;  1HFZ A;  4RLM A;  4DD7 A;  3IJV A;  1B7S A;  5APD A;  4DDC A;  1G7H C;  4NFV A;  4N9R A;  5IHG A;  5F81 A;  3TMV A;  2BQE A;  4HTN A;  2FYC A;  2W1M A;  3TXE A;  3A90 A;  1PZY A;  3CB7 A;  2BQG A;  2MEG A;  4Z98 A;  2BAA A;  3AW7 A;  3N9E A;  2I6Z A;  1LZC A;  1NF5 A;  5D5C A;  1LSC A;  3AZ7 A;  5K7O A;  3RT5 X;  1YL1 X;  2DQF C;  2MEH A;  3B0I A;  1LMN A;  3G3B B;  3LYO A;  4B1A A;  1WTM A;  1YKZ X;  2D4J A;  4HPE A;  1BWI A;  1DXJ A;  2G4Q A;  1YKX X;  4H91 A;  5L9J A;  3WPJ A;  1LSN A;  1JJ0 A;  2IFF Y;  2VB1 A;  1LMO A;  1HNL A;  1UBZ A;  5E4P A;  1LZY A;  4GCC A;  5DN4 A;  1QQY A;  1DKK A;  1GF9 A;  1W08 A;  1GE2 A;  1GF5 A;  1OUE A;  3A34 A;  4J1A A;  5KXS A;  3ULR A;  5KKJ A;  1UIA A;  5I4Y A;  4NGY A;  4QEQ A;  1WQN A;  4HV2 A;  1YAO A;  4H1P A;  4GLV A;  2A7F A;  1E8L A;  3ATN A;  4H8X A;  4LT0 A;  5M1Y A;  1GB6 A;  1F6R A;  1F6S A;  4NSJ A;  4HJZ A;  2BQC A;  1GFH A;  3AGH A;  4NSG A;  4ETC A; 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 4RW2 A;  5LYM A;  1LSP A;  1B7N A;  2MEE A;  1XGT C;  3A96 A;  4NY5 A;  4LT2 A;  4LZT A;  3TXG A;  1DI5 A;  1GD6 A;  2DQG Y;  5LYT A;  3AZ5 A;  3EO5 A;  4YOP A;  1ZVH L;  2I26 L;  1PS5 A;  3WU8 A;  4ET9 A;  4ZFP A;  2D4I A;  1LJ3 A;  2BQL A;  3A6C Y;  4NEB A;  4Z46 A;  2ZQ4 A;  4I0C A;  4XJG A;  1T3P A;  3D9A C;  5LVK A;  4PGJ B;  132L A;  1JUG A;  5A3Z A;  1UIE A;  5KXK A;  1KXX A;  3J6K A;  4B0D A;  1INU A;  3LYZ A;  1TEW A;  2BPU A;  3CSR A;  3LYT A;  1HEO A;  1LZ4 A;  4NGZ A;  3CT0 A;  4RLN A;  4TWS A;  1IY3 A;  1VDQ A;  1DQJ C;  4DDB A;  5KXR A;  1GFR A;  1YQV Y;  4CHX A;  2C8O A;  4GCB A;  3WH1 A;  1C08 C;  1I56 A;  1XEK A;  3A3R X;  1F0W A;  5E9R A;  4B4I A;  1IVM A;  1LKR A;  208L A;  2ZQ3 A;  4DD9 A;  1JHL A;  2DQC Y;  5HLL A;  3G3A B;  4GCD A;  1UIC A;  3A67 Y;  3CT5 A;  4HTQ A;  4H9B A;  2N5Z A;  1UID A;  3GXK A;  3LHM A;  193L A;  4OOO A;  1HER A;  1LJN A;  4WM4 A;  4WM6 A;  1G7I C;  4UWV A;  1IIZ A;  1HSX A;  2F4G A;  1IP2 A;  4TSC A;  4N5R A;  4GLA A;  4W94 A;  5KKI A;  4XEN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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