1OV5A

T4 lysozyme cavity mutant l99a/m102q bound with 2-allylphenol
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Testing a Flexible-receptor Docking Algorithm in a Model Binding Site
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ov5A00
1OVHA 4E97A 1CU0A 3CDTA 3C82A 171LA 1CX7A 113LA 225LA 1G0MA 1D2WA 1L15A 4I7LA 1QS5A 4DKLA 1OVJA 2B73A 6LZMA 1L23A 1L30A 3HWLA 188LA 1L22A 3F8VA 1KY0A 1P36A 3HTDA 112LA 3DMXA 1C65A 2RBPA 252LA 247LA 230LA 5I14A 258LA 4K5YA 4ARQB 4W57A 3DMVA 4EPIA 2A4TA 4YXAC 4W54A 4ARJA 1L14A 186LA 1SWZA 246LA 221LA 219LA 1L05A 1L12A 3DN1A 145LA 1C64A 1L73A 4I7SA 1L94A 1L93A 3GUOA 144LA 1T8AA 2OU0X 2NTHA 2QARC 1KS3A 162LA 176LA 1C6LA 3OE0A 1L17A 1C6QA 254LA 3C7YA 3DN4A 233LA 142LA 239LA 102LA 210LA 1C60A 1G07A 2HULA 4W59A 3HTFA 1SSYA 4EKQA 2RB2X 1L25A 1L33A 237LA 4I7QA 1P56A 1KW7A 1L00A 3GUMA 1KW5A 4I7OA 178LA 1ZYTA 1L31A 3FADA 2RAYX 4W53A 4EKPA 2RB1X 1L64A 2F2QA 152LA 5LZMA 2ANVA 3SN6R 1L20A 2RBQA 1DYCA 199LA 1L79A 1C6DA 1K28A 2HUMA 3HH4A 1L75A 231LA 3GULA 227LA 1CV4A 1C6KA 129LA 3SBAA 1L74A 224LA 1L09A 1CV5A 1C6AA 1CUQA 1QTHA 2ANXA 1DYEA 141LA 1QS9A 1L51A 1L91A 3DKEX 234LA 2OU9A 3D4SA 139LA 1L10A 1T97A 166LA 251LA 243LA 168LA 1C6EA 2B6XA 191LA 253LA 2QB0B 1LLHA 1CU3A 1L39A 1PQIA 120LA 1L97A 3C81A 2OE4X 2RH1A 1L42A 2HUKA 1L11A 256LA 119LA 1SX2A 226LA 3HH3A 4ARPA 1L07A 1G1WA 1CVKA 1PQMA 182LA 1CTWA 3FI5A 1CU6A 3C7ZA 3G3VA 1L02A 1KNIA 2B6ZA 261LA 1C63A 156LA 158LA 3L64A 1PQDA 3SBBC 177LA 1L95A 4W52A 1L98A 4ARMA 161LA 1L54A 1QSQA 1L83A 2OEAX 3HU9A 4PK0A 1ZWNA 1G0KA 240LA 1XEPA 1L03A 2B70A 140LA 1NHBA 1QT3A 1QTVA 4GBRB 1QT4A 1CV0A 1LYIA 138LA 1P6YA 1L72A 2F47A 1D3MA 1DYAA 197LA 1L66A 205LA 2O4WA 1C6MA 4ZPUA 1I6SA 2RBRA 1L19A 3PBLA 3DN2A 3JR6A 1L46A 3GUPA 1L36A 172LA 1L29A 1L38A 1D2YA 1C6FA 126LA 1LYGA 3SB7A 181LA 1CU5A 3EMLA 232LA 4DAJA 211LA 215LA 1L62A 3CDRA 1QT6A 3CDQA 195LA 1P64A 1QTBA 2B6TA 1LGXA 4I7NA 1L37A 157LA 151LA 1G0PA 4EKSA 110LA 3HH6A 2NTGA 2OE9X 3FA0A 3C8SA 3SB6A 3LZMA 1L68A 175LA 1KY1A 149LA 1QUGA 4ARLA 1XJTA 4LDEA 180LA 1L70A 1DYDA 1L67A 185LA 3F9LA 190LA 1L28A 3OE8A 4I7KA 1L85A 3GUJA 1L53A 228LA 249LA 3K2RA 2Z6BA 2Q9DA 2RBSA 2OE7X 4GRVA 1L61A 128LA 1L08A 107LA 3GUKA 216LA 1L57A 4AQNA 1L0KA 1C6HA 160LA 103LA 3RUNA 115LA 3HT8A 3CDVA 262LA 4DJHA 1QTCA 163LA 1C6CA 2LZMA 223LA 4IAPA 1JTNA 201LA 192LA 257LA 4W51A 1L24A 4OO9A 2LC9A 1L59A 1OYUA 2RBOA 3HT9A 2B6WA 4I7RA 242LA 183LA 108LA 2B72A 2B75A 1CV1A 1L35A 1QUHA 1C6BA 1CV6A 3HDFA 248LA 1DYBA 1JTMA 1L44A 1L80A 1OV7A 4I7JA 4W58A 2OU8A 4LZMA 4W56A 3DN3A 1P37A 173LA 1L47A 164LA 1QT7A 200LA 3DN6A 218LA 1LYHA 1OWYA 3HH5A 1QSBA 2RAZX 1LYFA 148LE 213LA 1TLAA 4EPFA 147LA 189LA 1C62A 2O7AA 3SB5A 2OTYX 1P3NA 1WTHA 2B7XA 1OVKA 184LA 1P2LA 4LDOA 198LA 3HTGA 3CDOA 1L69A 1EPYA 3C8RA 1L99A 4I7PA 1SWYA 1OWZA 3L2XA 1LI2A 1P2RA 3V2WA 1LYDA 1D3JA 1L04A 222LA 1L45A 3HUQA 3HUAA 1L76A 212LA 1QTDA 3DNAA 1JQUA 1T8GA 1CU2A 3QAKA 1L43A 1QT5A 1G0GA 220LA 1L55A 2Q9EA 1L58A 174LA 4S0WA 1L82A 7LZMA 1T8FA 1T6HA 3OE6A 155LA 127LA 1LYEA 1L32A 4EXMA 206LA 236LA 3HU8A 1L86A 1L06A 1L60A 1L65A 146LA 3DMZA 3SB9A 1LWGA 4ARQA 137LA 1C6TA 1LI3A 1D3NA 1LWKA 1C66A 170LA 1B6IA 1P5CA 1CUPA 3DN0A 1L18A 1C6IA 255LA 4EKRA 104LA 217LA 131LA 2RBNA 1XJUA 143LA 229LA 3RZEA 1PQOA 3HT7A 3C8QA 4LDLA 1L40A 3DN8A 4YX7C 238LA 1P7SA 1L63A 3GUNA 3PDSA 1G06A 2OTZX 3V2YA 1L34A 214LA 1LGWA 1L87A 2LCBA 1L89A 3UONA 1QT8A 241LA 3ODUA 3G3WA 4PJZA 1L27A 1LI6A 1G0QA 2L78A 109LA 3HDEA 2F32A 3C80A 2O79A 1C6GA 1C6JA 111LA 209LA 1G0JA 1D3FA 1L92A 235LA 1ZURA 3HT6A 1L88A 114LA 1QTZA 1C67A 1CX6A 1LW9A 1DYGA 123LA 169LA 1DYFA 1LPYA 165LA 1C6NA 3G3XA 159LA 1SSWA 1L13A 130LA 1C68A 1L81A 1L84A 1L71A 244LA 1QUDA 4I7MA 1L90A 4YXCA 250LA 1OV5A 1L16A 3HTBA 1D9WA 1L0JA 167LA 3NY8A 1LGUA 1PQKA 3OE9A 245LA 3NY9A 3SB8A 4I7TA 1QUOA 2B74A 2CUUA 1L77A 196LA 4ARMB 1C6PA 2IGCA 1L49A 3C7WA 3GUIA 150LA 1C61A 3NYAA 122LA 187LA 259LA 1G1VA 260LA 1L50A 2RB0X 125LA 1CV3A 1L96A 1P46A 1L56A 1G0LA 4W55A 1C69A 1L01A 118LA 1L48A 2B6YA 1SX7A 1LYJA 1L52A 1PQJA 1L41A 3VW7A 4EJ4A 1L26A 3HUKA 3C83A 1L21A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E97A 1CU0A 3C82A 1TBYA 4GN4A 1YQVY 1UC0A 3K3TA 1D2WA 1OUGA 1B5UA 188LA 1KY0A 3W6BA 5I14A 2LHMA 4KL7A 2A7FA 1VDTA 4K5YA 4YXAC 1GBZA 4ARJA 4NGKA 4DYGA 186LA 246LA 5FSTA 4G4HA 1LJHA 2H9JA 1L12A 3DN1A 145LA 4CGEA 1BVKC 2XTHA 2I26L 2QARC 1KS3A 4BAPA 1H87A 176LA 1C6LA 3OE0A 5LYMA 1C6QA 3C7YA 233LA 1HF4A 2BQOA 4GN5C 1YROA 3J6KA 1JKDA 1JKBA 2Z39A 4I7QA 1KW7A 1KW5A 4I7OA 178LA 3WUMA 1ZYTA 4XJHA 1D9UA 1IWVA 1KIPC 1JIYA 1UA6Y 5LZMA 3SN6R 1GE0A 1DYCA 4Z98A 1L75A 4NGYA 2EKSC 1WQOA 5IHGA 2GV0A 2DQCY 4X3BA 1Z55A 4DD1A 1C7PA 4NSGA 5KJ9A 3ZEKA 4DD2A 1C6AA 4H9BA 141LA 5K7OA 4H8YA 4YOPA 1GFKA 3DKEX 1ZV5L 2OU9A 1P2CC 1L10A 1UICA 166LA 1C6EA 208LA 5LAFA 191LA 253LA 1AT6A 1PQIA 2DQJY 3C81A 3SP3A 4YF2A 119LA 1SX2A 4WM1A 1L07A 4ML7A 1G1WA 1IR7A 1BGIA 3C7ZA 1L02A 1YL1X 3IJUA 5IDDA 3TMXA 2BQHA 3AZ6A 5KXNA 1L98A 1WTNA 1IP1A 4YEMA 1ZWNA 2BQGA 1XEPA 3AZ5A 1QT4A 1LYIA 2Z12A 3LYMA 2F47A 4NGLA 1LMQA 3BKVA 1L66A 2BQLA 1C6MA 1I6SA 3ZVQB 1D0MA 3PBLA 4WO6A 3JR6A 133LA 1L29A 3M18B 4G4BA 1IOCA 1B7LA 1L62A 2IFFY 3CDRA 1IWWA 1P64A 4QDNA 1ZVYB 1IVMA 1BB4A 1L37A 157LA 1CNSA 1G0PA 4EKSA 3TXDA 5LA5A 1JEFA 4QGZA 3P66A 1HMKA 4HTNA 4M4OA 2YBLA 2B5ZA 1KY1A 1VAUA 4FDYA 1GF7A 4LFPA 2Z38A 5B07A 1L53A 228LA 2YVBA 134LA 4NEBA 4BADA 1VDSA 2RBSA 4L41A 1CJ9A 3AYQA 2LYOA 216LA 4W96A 1VEDA 5LYZA 3RUNA 1LYYA 2MEGA 3HT8A 3FI7A 262LA 4DJHA 2BQCA 1C6CA 2LZMA 223LA 2BQBA 1OYUA 3AGIA 4TX7A 4Z41A 5KXMA 4N0JA 4DDBA 1SLYA 2W1LA 108LA 2B72A 3WPLA 1HHLA 3B0KA 1JUGA 3QY4A 1L44A 2BLYA 4I7JA 4MSTA 5B05A 1GFRA 4LYCA 3HBEX 3DN6A 164LA 1QT7A 1OWYA 1TLAA 4EPFA 147LA 1YL0X 2D4JA 1O23A 194LA 1XGQC 3SB5A 4B4IA 1P3NA 1WTHA 4WL7A 1JTTL 1LJEA 1AM7A 2I25L 2LZ2A 3CDOA 3IWRA 1L99A 4I7PA 2FBDA 1OWZA 3L2XA 2HEBA 1IWXA 1LI2A 1OUEA 4YEOA 4ANRA 3AGHA 3B72A 3HUAA 3DNAA 1WVVA 4WM6A 5LA8A 4CFPA 1IP2A 5LVIA 1QT5A 3WU8A 4NIJA 3B0IA 4S0WA 1IR8A 1G7MC 1IWZA 1L82A 5B1FA 1T8FA 127LA 2HUBA 4M6DA 1JSEA 3CSQA 206LA 4OWEA 5KXXA 5EBHA 4GLAA 1L06A 1L65A 1B7SA 3SB9A 1LWGA 137LA 1D3NA 1B6IA 1P5CA 1CUPA 1UIDA 4IJ4A 104LA 1XGUC 2RBNA 229LA 3TXFA 3AZ7A 3C8QA 1KXXA 1XEJA 4YX7C 3CQLA 4DD0A 1P7SA 1JJ1A 1LZ4A 1HENA 3D3DA 1LZ8A 4XJDA 3UONA 1FLQA 3ODUA 4J7VA 1L27A 1LI6A 3LYZA 1LSGA 109LA 4DC4A 1LZTA 4G4CA 3C80A 4C3WA 1C6GA 1C6JA 1UIEA 1D3FA 114LA 1HEOA 1QTZA 1CX6A 1LW9A 123LA 1LPYA 4HPIA 2Y8PA 1B9OA 2BAAA 1C6NA 5B06A 4GLVA 2DQEY 5F14A 1GF4A 8LYZA 1SSWA 130LA 4NHTA 2MEAA 1D6PA 1OV5A 4HJYA 2BQNA 4Z46A 3NY8A 4H92A 1GFHA 3AJNA 3SB8A 3CSRA 1CKHA 2IGCA 3C7WA 3GUIA 3M3UA 132LA 1DKJA 2RB0X 3EO5A 1NHEA 1P46A 5HNCA 1L56A 1J1OY 4N1CC 4J0LA 4W55A 3A6CY 118LA 1T6VL 3OJPA 2B6YA 4E3UA 3VW7A 1PQJA 1QDRA 4WLXA 3HUKA 2YBIA 1IIZA 171LA 5L3IA 1L15A 4MCKA 2YSSC 1QTKA 4DKLA 6LYZA 1L30A 4LYOA 4XYYA 4PHIA 3HTDA 2ZNWY 112LA 5T3FA 247LA 230LA 4H93A 1NDMC 258LA 4DQ5A 3W6FA 4OOOA 1HMLA 2I6ZA 4OWHA 1GBSA 3A8ZA 1L05A 1FDLY 1L73A 4I7SA 1L93A 144LA 4Z3MA 1T8AA 2NTHA 5DLAA 1F6RA 1IP6A 1BB3A 254LA 5KXYA 1LMTA 4NSIA 1B7OA 1LMOA 4HTKA 2FYCA 239LA 4ETBA 4HJVA 1LSYA 1C60A 4W59A 1W08A 1PS5A 1LOZA 4EKQA 2RB2X 4W53A 1L20A 1L79A 3G3BB 2DKVA 3MGWA 3HH4A 1YANA 2H9KA 3LZTA 2Z2FA 1BB6A 1CV4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4E97 A;  1CU0 A;  3C82 A;  1TBY A;  4GN4 A;  1YQV Y;  1UC0 A;  3K3T A;  1D2W A;  1OUG A;  1B5U A;  188L A;  1KY0 A;  3W6B A;  5I14 A;  2LHM A;  4KL7 A;  2A7F A;  1VDT A;  4K5Y A;  4YXA C;  1GBZ A;  4ARJ A;  4NGK A;  4DYG A;  186L A;  246L A;  5FST A;  4G4H A;  1LJH A;  2H9J A;  1L12 A;  3DN1 A;  145L A;  4CGE A;  1BVK C;  2XTH A;  2I26 L;  2QAR C;  1KS3 A;  4BAP A;  1H87 A;  176L A;  1C6L A;  3OE0 A;  5LYM A;  1C6Q A;  3C7Y A;  233L A;  1HF4 A;  2BQO A;  4GN5 C;  1YRO A;  3J6K A;  1JKD A;  1JKB A;  2Z39 A;  4I7Q A;  1KW7 A;  1KW5 A;  4I7O A;  178L A;  3WUM A;  1ZYT A;  4XJH A;  1D9U A;  1IWV A;  1KIP C;  1JIY A;  1UA6 Y;  5LZM A;  3SN6 R;  1GE0 A;  1DYC A;  4Z98 A;  1L75 A;  4NGY A;  2EKS C;  1WQO A;  5IHG A;  2GV0 A;  2DQC Y;  4X3B A;  1Z55 A;  4DD1 A;  1C7P A;  4NSG A;  5KJ9 A;  3ZEK A;  4DD2 A;  1C6A A;  4H9B A;  141L A;  5K7O A;  4H8Y A;  4YOP A;  1GFK A;  3DKE X;  1ZV5 L;  2OU9 A;  1P2C C;  1L10 A;  1UIC A;  166L A;  1C6E A;  208L A;  5LAF A;  191L A;  253L A;  1AT6 A;  1PQI A;  2DQJ Y; 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