1OV5A

T4 lysozyme cavity mutant l99a/m102q bound with 2-allylphenol
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Testing a Flexible-receptor Docking Algorithm in a Model Binding Site
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ov5A00
1L97A 3HU9A 1C65A 3DN4A 151LA 1P2LA 2QB0B 2RBRA 1QSQA 1L53A 186LA 2F32A 1L71A 3SB8A 104LA 1P2RA 1L22A 1QT6A 3V2WA 3ODUA 2B72A 1L76A 1L79A 1C60A 1D3FA 1L54A 189LA 252LA 107LA 3C7ZA 1L95A 2NTGA 1G0PA 2Q9DA 161LA 1KW5A 2RBNA 1C6FA 3GULA 2RB1X 162LA 3CDVA 3RZEA 1C6IA 4EKSA 1L44A 191LA 4ARPA 1C6PA 4EKQA 1CUQA 2HUKA 244LA 235LA 1LYEA 2OU0X 3C8RA 219LA 243LA 2RH1A 1CU5A 1L33A 251LA 1C6GA 2B6WA 1L21A 233LA 3D4SA 2LZMA 5LZMA 3GUPA 3C7WA 2OTZX 4I7OA 240LA 224LA 205LA 169LA 126LA 1P5CA 140LA 2B75A 144LA 4AQNA 3FADA 2RB2X 2RAZX 1JTMA 1ZYTA 255LA 3PBLA 1L80A 210LA 1QUDA 3K2RA 215LA 3FI5A 114LA 1QSBA 1L38A 249LA 2B74A 3C8QA 1L48A 1LYJA 1L49A 1L05A 1L74A 150LA 1L82A 3HT9A 213LA 2RBPA 119LA 1L34A 257LA 4E97A 1CTWA 3HTDA 3HH5A 1L84A 2OE9X 187LA 2OU9A 1CV4A 234LA 4OO9A 4W53A 3C83A 1CV5A 1C68A 2LC9A 4EPFA 1LGUA 2ANXA 3CDOA 1C6EA 4LDLA 3HU8A 143LA 3PDSA 1L09A 1L90A 152LA 1PQIA 4I7JA 1C63A 1L94A 120LA 4YX7C 1KY1A 3OE0A 4DKLA 1QTBA 201LA 1G07A 1QUHA 1L67A 2OU8A 1L64A 174LA 139LA 232LA 3JR6A 1LYDA 1DYCA 1L32A 1G1VA 2HULA 4LZMA 1DYEA 1DYGA 250LA 3HWLA 1C6QA 1OYUA 262LA 3DMZA 2RBSA 181LA 242LA 2NTHA 1NHBA 3OE6A 1L77A 1KS3A 3DMVA 1D3MA 1P36A 1JTNA 1L59A 259LA 2OE4X 3DN0A 1L83A 1P3NA 1G0GA 1L56A 1OWYA 1DYAA 1C61A 125LA 241LA 1L88A 1C6KA 248LA 103LA 1WTHA 1L03A 260LA 218LA 4I7KA 1K28A 1OVKA 2F47A 1L30A 4LDOA 1KW7A 1L16A 3HT7A 1D9WA 3F9LA 1PQOA 109LA 4I7TA 3DN3A 3DN8A 1L17A 4ARMB 1L52A 3HTFA 2B6TA 176LA 3HH4A 4W52A 4PK0A 168LA 221LA 238LA 3QAKA 4K5YA 1QT8A 1D2YA 2B6YA 3OE9A 3HTBA 1OV5A 1C62A 1CX6A 1L06A 4W51A 1C66A 2O7AA 3GUOA 1L12A 1L99A 1QT4A 236LA 173LA 1C6HA 1QTZA 1L85A 1C6LA 1L07A 4EXMA 1L89A 1LGWA 1LWKA 2B6XA 4I7NA 1OVJA 217LA 3SB7A 110LA 2CUUA 212LA 1ZURA 1XJUA 4S0WA 4W59A 2O4WA 180LA 209LA 184LA 128LA 3GUKA 226LA 1C6DA 254LA 3DKEX 130LA 1LPYA 3FA0A 1B6IA 166LA 228LA 122LA 3SBBC 1L68A 1T8FA 1EPYA 1C64A 1C6AA 4W55A 1CU0A 1C6NA 164LA 4I7RA 147LA 239LA 1L25A 199LA 1DYBA 1OV7A 1C6CA 2IGCA 1L04A 2RB0X 4ZPUA 1C6JA 1SWZA 4W54A 3SB5A 3NYAA 1CV0A 4I7MA 2B7XA 1C6MA 1D3NA 1SX2A 1L42A 4PJZA 4I7SA 198LA 1PQMA 163LA 3C81A 1L40A 1QTHA 1QTDA 129LA 1P56A 1C6BA 1L13A 1SX7A 3NY8A 2RBQA 155LA 1QT7A 2RBOA 192LA 222LA 1LLHA 1L87A 1L08A 145LA 188LA 1DYDA 1I6SA 4ARMA 1L27A 3C8SA 4W56A 1C67A 3NY9A 1PQKA 1XJTA 1L39A 3CDTA 1L14A 4ARLA 2B6ZA 1L36A 1L51A 3HUKA 1T8GA 4I7PA 1L45A 123LA 1LI2A 2Z6BA 3DMXA 3DNAA 1L98A 1L60A 1G0QA 1JQUA 1CVKA 3HH3A 2RAYX 1L47A 3G3WA 1L18A 3GUMA 6LZMA 3HT6A 1LGXA 2O79A 1L37A 1LWGA 142LA 118LA 211LA 246LA 1CU3A 1L11A 4EJ4A 1L28A 216LA 1D3JA 1L0JA 1L81A 108LA 1G0LA 225LA 2OTYX 1OVHA 1T6HA 1L75A 220LA 115LA 1G0KA 1CV6A 1L23A 1CV1A 1G0JA 4I7LA 4ARJA 1G06A 1L93A 1LYIA 170LA 1L01A 158LA 1L35A 3GUIA 171LA 4DJHA 1L69A 3DN2A 1L55A 1L26A 1L29A 5I14A 3HT8A 137LA 2B73A 149LA 1QTVA 2A4TA 1L92A 4YXAC 214LA 3HUQA 1TLAA 182LA 2Q9EA 4W57A 1L50A 3G3VA 196LA 230LA 1XEPA 157LA 2HUMA 1QS5A 1P37A 3OE8A 165LA 1L15A 4YXCA 195LA 1CUPA 3HTGA 2LCBA 4EKPA 1CX7A 1T97A 256LA 185LA 160LA 4W58A 3VW7A 146LA 1ZWNA 1L24A 2L78A 3F8VA 167LA 1PQJA 229LA 3V2YA 4ARQA 156LA 4GBRB 4GRVA 258LA 1P7SA 127LA 3SBAA 1QUGA 2QARC 1QT3A 102LA 3L2XA 261LA 3C82A 4EPIA 1L70A 2B70A 1QUOA 1L10A 1LI3A 1P6YA 111LA 178LA 1L46A 1L73A 3CDQA 2OE7X 4DAJA 172LA 1L72A 1LYFA 3LZMA 1OWZA 3GUJA 1LW9A 1L57A 3C7YA 1L00A 1CU6A 1LI6A 3CDRA 245LA 231LA 4I7QA 177LA 1L65A 183LA 247LA 1KNIA 2ANVA 1L43A 1L0KA 3EMLA 197LA 7LZMA 159LA 2OEAX 112LA 1LYHA 1L66A 113LA 1PQDA 1L19A 1L86A 3SN6R 1SWYA 1L62A 1CU2A 131LA 1L31A 3G3XA 4LDEA 4ARQB 200LA 253LA 1D2WA 1QS9A 227LA 141LA 1C6TA 1L20A 3HUAA 1T8AA 3DN1A 1QT5A 3RUNA 3HDEA 3HDFA 175LA 3DN6A 3SB9A 1L91A 223LA 206LA 237LA 1L02A 3HH6A 1C69A 1KY0A 2F2QA 3UONA 190LA 1P46A 3C80A 3GUNA 1QTCA 148LE 1LYGA 1L41A 1P64A 3L64A 4EKRA 138LA 1L96A 1SSYA 1G1WA 1G0MA 4IAPA 1L63A 3SB6A 1CV3A 1SSWA 1L58A 1L61A 1DYFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WLXA 3HU9A 3DN4A 4HJVA 1LHHA 1P2LA 5HNCA 1GB2A 5L3HA 3OJPA 4KXIA 1GE0A 1L71A 104LA 1GF7A 1L79A 189LA 1B5WA 1J1PY 1HFZA 4C5FA 2EKSC 2HEEA 1HNLA 3CQLA 1GAYA 1GF3A 1KW5A 1RCMA 4EKSA 1L44A 191LA 1C6PA 3TMXA 2MEAA 244LA 1LSCA 4NGZA 3C8RA 5B1GA 219LA 1CKGA 1C6GA 2B6WA 5APEA 5LZMA 1LJEA 1CKDA 1YAPA 3FI7A 1IR9A 205LA 4H9HA 2H9KA 140LA 1JITA 1NKHA 1LJGA 1GD6A 1ZYTA 2I25L 4Z46A 3W6EA 215LA 3FI5A 4IASA 1B7QA 4TTDA 5ILCA 5IDDA 2YBLA 1L74A 1L82A 3WXTA 3HT9A 213LA 4J7VA 257LA 4E97A 1C7PA 5KXPA 2Z18A 1CV4A 234LA 3W6CA 1UBZA 3CDOA 4WM2A 1C6EA 3HU8A 1L94A 1G07A 1GFEA 1L64A 232LA 1LYDA 1UIBA 1UIAA 5C6LA 1NMMA 3SP3A 4NGOA 4NIJA 262LA 1IC7Y 3DMZA 3CSZA 4OWBA 3OE6A 2NTHA 1IC4Y 3W6FA 1KS3A 3W3EA 1P36A 4XJHA 1YKYX 2OE4X 1P3NA 1VDTA 1G0GA 1GF4A 1GFRA 1WQOA 1GFVA 4PRQA 5HNLA 2B5ZA 103LA 1WTHA 1G7HC 3QE8A 4I7KA 1K28A 1OVKA 5HMJA 1L16A 1ZV5L 1GE3A 2BLXA 1YKXX 5B06A 5KXZA 3DN8A 1L17A 4B4EA 1L52A 1CJ8A 1ALCA 3T6UA 1DPXA 2DQFC 1LMAA 4W52A 1WQNA 168LA 1T6VL 5LVIA 4LYBA 2B6YA 1WTMA 3CSQA 1VATA 1L12A 2G4QA 173LA 1L85A 1JKDA 1GBWA 2B6XA 1JSFA 110LA 2CUUA 1JJ3A 4S0WA 1IVMA 2O4WA 3ZVQB 4G4CA 2G4PA 4WM3A 1F6SA 5J7CA 130LA 1B6IA 122LA 4LYCA 1L68A 1T8FA 4DD2A 2DBTA 4W55A 1CU0A 1LHJA 164LA 1OUEA 1OV7A 1C6CA 2IGCA 1LZ9A 207LA 3FE0A 1HMKA 3AZ5A 1NBZC 2DQEY 4W54A 4LFXA 1W08A 5LA8A 1SX2A 1L42A 4PJZA 198LA 4J1BA 1IWTA 129LA 3HFMY 153LA 4DQ5A 3AJNA 1QT7A 222LA 3AW6A 4FDYA 1OUHA 5T3FA 4MCKA 4ARMA 4PRUA 1L27A 3EBAB 2BQDA 3RNXA 1DI4A 4I0CA 1PQKA 2EPEA 1GFKA 1L39A 4ARLA 4H91A 1LHLA 3CT5A 4NSGA 1MLCE 4I7PA 2FBBA 3B0KA 5D5CA 5KXOA 2HTXA 2Z6BA 3DNAA 1EQ4A 1OUFA 1FLQA 1LZ4A 4H92A 1JQUA 1CVKA 4NGYA 5B59A 1XGQC 4NHSA 1REZA 4RLNA 3GUMA 1JWRA 4N1CC 1OUAA 4IATA 3WW5A 1LGXA 3HBDA 1UIFA 142LA 3GXKA 3AGHA 1QTKA 1L75A 115LA 1XGUC 4XYYA 2HECA 1GBOA 2D4JA 3IJUA 5F16A 158LA 1HFXA 4H1PA 1L69A 2C8OA 1L29A 137LA 2B73A 193LA 2F4GA 2YBJA 2HUBA 5KJ9A 1L92A 214LA 182LA 1D9UA 1J1XY 3G3VA 1BVXA 1W6ZA 1IP6A 1J1OY 3W6AA 3OE8A 3HBHA 1BB3A 1CUPA 3HTGA 1T97A 1GEVA 4CFPA 1OUIA 3VW7A 3RZ4A 229LA 1OUCA 4ARQA 156LA 2XTHA 2A7FA 5M1YA 1LYOA 4QEQA 261LA 1L70A 1QUOA 1L10A 4ETAA 1L73A 1KXWA 3EXDA 4PGJB 1REXA 3EMSA 1JIYA 3AYQA 3C7YA 1GFJA 1CU6A 3CDRA 177LA 1KIPC 1GB7A 2H9JA 1LYSA 3CB7A 112LA 1JSEA 4YM8A 4NHIA 1L86A 1QUTA 1SWYA 4QY9A 4YF2A 4NWHA 5II3A 1G7IC 1QS9A 4H9AA 2A7DA 4NHQA 3HUAA 1BB4A 1QT5A 3AGGG 3HDFA 175LA 2BQEA 1XEKA 1L91A 237LA 3HH6A 3A93A 5L3IA 3UONA 3A94A 3GUNA 5APDA 5A3ZA 1P64A 2BQIA 3L64A 5KXMA 3WW6A 3RT5X 1L96A 1WVUA 1GB6A 1DXJA 1NBYC 1G0MA 1DYFA 1IO5A 4BADA 1DQJC 3G3AB 1BWIA 1IR8A 1DI3A 3TXKA 1QSQA 186LA 4AXTA 1LSPA 2F32A 3SB8A 1QT6A 2ZNXY 3E3DA 4G9SA 4N0JA 4NY5A 1A2YC 3ODUA 4PJ2C 1E8LA 1D6PA 1L76A 3KAMA 5LVHA 252LA 2BQJA 3WU9A 2NTGA 4Z3MA 1G0PA 2HU3A 1CNSA 4GN5C 1LPIA 2RBNA 1C6FA 3GULA 3CDVA 4ARPA 2CJLA 4EKQA 4YOPA 1XEJA 235LA 4W94A 1LYEA 3ULRA 2OU0X 3TXFA 243LA 3TXIA 2D4IA 2RH1A 251LA 1VAUA 2DQIY 2MECA 3D4SA 2LZMA 1GE1A 1AT5A 224LA 1BB6A 126LA 1P5CA 4AQNA 9LYZA 1CJ7A 2BQOA 4YEMA 3K2RA 114LA 1QDTA 4TSCA 1L48A 1LYJA 5I4YA 4NHPA 4RW2A 1XSFA 2RBPA 3A3QA 119LA 1L34A 1LHMA 1GPQC 2YSSC 1VEDA 5LA5A 4WLDA 1G7MC 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1L14A 4LYOA 2B6ZA 1NHEA 1LSGA 1L45A 4NGKA 1HERA 2DQHY 4W96A 3DMXA 4J0LA 1L98A 1JHLA 1LJ3A 3WH1A 1BVKC 3HH3A 2RAYX 5D5FA 1L47A 1B5YA 134LA 2H5ZA 2O79A 4DD1A 118LA 1LCNA 1CU3A 1L11A 4BS7A 4EJ4A 1D3JA 5LYZA 1L81A 108LA 225LA 4NHTA 1IX0A 1LZSA 1G0JA 2CDSA 3G3BB 4ARJA 1HC0A 4YEOA 4ETDA 1L01A 1L35A 3GUIA 3P4ZA 3DN2A 1L55A 1L26A 5I14A 2Z2FA 149LA 3LZTA 4YXAC 4W57A 2Q9EA 4GCFA 5KXTA 1L50A 196LA 7LYZA 1XEPA 5C6IA 1HEPA 2HUMA 1P37A 4EKPA 1CX7A 2Y8PA 256LA 4OWEA 185LA 160LA 208LA 4HSFA 3T36A 1IOCA 1KIRC 1LOZA 1ZWNA 1LKRA 1IY4A 1MELL 4CHXA 2VB1A 102LA 4WG7A 1NWGA 1LSNA 5KXKA 1C10A 4EPIA 1P6YA 111LA 1L46A 4N5RA 3IJVA 5APFA 4DAJA 4QGZA 3ATOA 172LA 1F0WA 1L72A 1LYFA 1OWZA 1UICA 2HEAA 1NF5A 5FSTA 3TXDA 1LW9A 4P2EA 5K7OA 2W1LA 4I7QA 2MEBA 5LVKA 1L65A 1GF0A 1DKKA 183LA 3EMLA 1KNIA 197LA 1IP4A 4DD0A 5KXLA 4H9BA 1LYHA 1L66A 113LA 3LYTA 1GXV2 1CU2A 4LDEA 1SQ2L 200LA 1D2WA 5FHWA 1G7LC 4KL7A 227LA 1L20A 1LZCA 3DN1A 3HDEA 3W6BA 223LA 5E9RA 1GE4A 3RU5A 3TMUA 135LA 148LE 1L41A 1G1WA 1CV3A 1SSWA 1L58A 151LA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4WLX A;  3HU9 A;  3DN4 A;  4HJV A;  1LHH A;  1P2L A;  5HNC A;  1GB2 A;  5L3H A;  3OJP A;  4KXI A;  1GE0 A;  1L71 A;  104L A;  1GF7 A;  1L79 A;  189L A;  1B5W A;  1J1P Y;  1HFZ A;  4C5F A;  2EKS C;  2HEE A;  1HNL A;  3CQL A;  1GAY A;  1GF3 A;  1KW5 A;  1RCM A;  4EKS A;  1L44 A;  191L A;  1C6P A;  3TMX A;  2MEA A;  244L A;  1LSC A;  4NGZ A;  3C8R A;  5B1G A;  219L A;  1CKG A;  1C6G A;  2B6W A;  5APE A;  5LZM A;  1LJE A;  1CKD A;  1YAP A;  3FI7 A;  1IR9 A;  205L A;  4H9H A;  2H9K A;  140L A;  1JIT A;  1NKH A;  1LJG A;  1GD6 A;  1ZYT A;  2I25 L;  4Z46 A;  3W6E A;  215L A;  3FI5 A;  4IAS A;  1B7Q A;  4TTD A;  5ILC A;  5IDD A;  2YBL A;  1L74 A;  1L82 A;  3WXT A;  3HT9 A;  213L A;  4J7V A;  257L A;  4E97 A;  1C7P A;  5KXP A;  2Z18 A;  1CV4 A;  234L A;  3W6C A;  1UBZ A;  3CDO A;  4WM2 A;  1C6E A;  3HU8 A;  1L94 A;  1G07 A;  1GFE A;  1L64 A;  232L A;  1LYD A;  1UIB A;  1UIA A;  5C6L A;  1NMM A;  3SP3 A;  4NGO A;  4NIJ A;  262L A;  1IC7 Y;  3DMZ A;  3CSZ A;  4OWB A;  3OE6 A;  2NTH A;  1IC4 Y;  3W6F A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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