1OV5A

T4 lysozyme cavity mutant l99a/m102q bound with 2-allylphenol
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Testing a Flexible-receptor Docking Algorithm in a Model Binding Site
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ov5A00
2B75A 3K2RA 2O79A 1C6GA 1CV6A 260LA 1L09A 1QT6A 1L51A 2RBQA 1L16A 1P5CA 4YXCA 1G06A 2QB0B 2RBPA 3SB5A 1CUQA 1L67A 253LA 1LYHA 142LA 1L0JA 103LA 3HT8A 177LA 1LGWA 4DAJA 1C6QA 1G0PA 4ARMA 1P3NA 1CVKA 200LA 3HH4A 1JTNA 1T8AA 1QS9A 1L18A 143LA 4EPFA 1C6DA 1CV0A 1DYFA 1L04A 3C7YA 3HTBA 1L42A 163LA 1C69A 3DN6A 4DKLA 3LZMA 1C61A 1KW5A 1L01A 4ARQB 3HU8A 3SB8A 1C63A 125LA 3HT6A 226LA 3CDVA 1L15A 4PK0A 1L96A 248LA 3SB6A 4EXMA 3DNAA 3RUNA 1OWYA 4W57A 1SX2A 2HUKA 1L07A 4I7SA 1CUPA 1L44A 1C65A 4LZMA 1L35A 3CDOA 183LA 175LA 1L24A 2B72A 1C6LA 1C6BA 4I7LA 2B7XA 118LA 146LA 3EMLA 4EJ4A 1L95A 1SX7A 1P6YA 4ARLA 2RAYX 1P46A 4W56A 1D3NA 3DN1A 254LA 1L52A 196LA 1L0KA 223LA 3OE8A 191LA 3DMVA 176LA 1D3MA 1L21A 173LA 1XJUA 231LA 104LA 2A4TA 1I6SA 233LA 1L61A 1OWZA 1LYJA 2L78A 1P37A 3GUMA 1D3JA 249LA 2OU9A 3ODUA 1L89A 1C6CA 4ZPUA 1SSYA 2OU8A 3C8RA 182LA 1QTDA 1L62A 2RBRA 128LA 2Z6BA 150LA 1L10A 3HH3A 1L93A 251LA 197LA 4S0WA 1L14A 1L28A 189LA 1CV5A 1L37A 1QT8A 181LA 147LA 1L19A 158LA 1QTVA 3L64A 195LA 1L57A 241LA 1L68A 1PQKA 2RBOA 4ARPA 160LA 1LYFA 1LPYA 4W59A 159LA 217LA 4EKRA 4W54A 3SBAA 5LZMA 1ZWNA 230LA 1LLHA 1L59A 2B70A 3HTDA 1NHBA 1QT7A 1C6NA 3SBBC 1C62A 1QTBA 1L70A 3HU9A 174LA 1LGXA 1QUHA 1L91A 1L29A 2OTZX 3DN4A 4W55A 1CU6A 235LA 262LA 4W51A 1L92A 1L86A 1C68A 1WTHA 3RZEA 1LYDA 216LA 2ANVA 2RBNA 4GBRB 3SB7A 4I7TA 1L43A 1L74A 1LWGA 1L63A 1QT3A 3PDSA 256LA 1G07A 162LA 2OE9X 1L03A 1L77A 4W58A 139LA 6LZMA 1L08A 2B6YA 1T97A 1L66A 1L54A 2HULA 3NY8A 1QS5A 185LA 1PQIA 1L49A 114LA 1P64A 167LA 2OE7X 172LA 3VW7A 243LA 2ANXA 1L73A 1D2WA 3HT7A 1L26A 2B6XA 3HUAA 148LE 228LA 3C81A 109LA 1L31A 1JTMA 1L71A 1LI6A 1SWYA 2CUUA 259LA 1C6PA 1L98A 1G0JA 3SB9A 3F8VA 3GULA 1L13A 157LA 3GUNA 1L87A 1L80A 164LA 123LA 3OE6A 234LA 108LA 1XJTA 4I7NA 212LA 4LDEA 1OYUA 1P2LA 1L27A 1L65A 2RAZX 1C6IA 1G1VA 1L17A 3FADA 1L34A 247LA 1C60A 1DYAA 1LYEA 4ARQA 1T8FA 2F32A 1OV7A 1L45A 4EPIA 1P7SA 1G0LA 1C6MA 137LA 1LI3A 122LA 1LGUA 242LA 1L99A 1CU0A 1G0GA 1CU3A 221LA 4I7QA 1L53A 1L05A 1L76A 1B6IA 257LA 1D2YA 1TLAA 149LA 3CDQA 3DN2A 4PJZA 120LA 171LA 168LA 255LA 2LC9A 3G3XA 2B6TA 4EKPA 1C6AA 3C80A 2OEAX 1D3FA 4OO9A 190LA 1C6HA 1EPYA 1L40A 1QT4A 4E97A 2HUMA 258LA 2B6WA 1L25A 1L82A 1L97A 4IAPA 3D4SA 107LA 140LA 3DN8A 4YXAC 155LA 1L50A 1L11A 2F2QA 3OE0A 4EKSA 188LA 1OV5A 1L72A 1G0KA 3L2XA 213LA 2RB1X 4W52A 2B73A 4ARMB 1L55A 166LA 3C82A 1L46A 1LI2A 4LDOA 2RBSA 3HT9A 2RB0X 4K5YA 131LA 1SWZA 3OE9A 178LA 3FI5A 4I7KA 2OU0X 1ZURA 1C64A 1T6HA 1KW7A 3GUOA 1L90A 1C6TA 3HH6A 1L64A 3C7WA 3SN6R 1ZYTA 244LA 4GRVA 4YX7C 130LA 4I7JA 1PQJA 3V2YA 1LYGA 1QSBA 156LA 3G3VA 1G0MA 7LZMA 250LA 3C8SA 238LA 144LA 1T8GA 3HTFA 224LA 1C6EA 1L38A 1QTZA 3F9LA 2O4WA 1L88A 1L60A 1L47A 1QUDA 1QSQA 3V2WA 2B74A 3DMZA 112LA 1L20A 186LA 1KY1A 2Q9EA 115LA 2OTYX 198LA 3HTGA 211LA 1L48A 1KNIA 3DN3A 110LA 227LA 3C83A 5I14A 239LA 165LA 1KS3A 1L39A 4W53A 1L22A 3GUPA 1QT5A 2QARC 1DYGA 1L83A 1L12A 3HDFA 184LA 1JQUA 1LYIA 1P36A 1QTCA 1QUOA 4I7PA 219LA 102LA 1QUGA 192LA 214LA 3HDEA 1L84A 1P56A 218LA 1L85A 1L75A 3DN0A 1PQDA 1L00A 1L32A 2Q9DA 1L23A 3JR6A 205LA 1L02A 152LA 180LA 3G3WA 4LDLA 261LA 252LA 129LA 1G0QA 4DJHA 1DYDA 1CU2A 2OE4X 1PQMA 1CV3A 206LA 1SSWA 170LA 215LA 1DYBA 1L81A 2RH1A 119LA 1CTWA 1OVHA 1C6KA 1CV4A 151LA 113LA 199LA 2B6ZA 1L36A 1LWKA 3GUIA 138LA 2RB2X 1L06A 1L33A 2LCBA 2NTGA 1KY0A 187LA 3CDTA 141LA 161LA 236LA 3HH5A 1OVKA 3NYAA 169LA 1C6FA 4I7OA 240LA 2O7AA 220LA 3DKEX 4I7MA 3DMXA 3PBLA 1L56A 1C6JA 225LA 1L94A 3HUQA 2F47A 246LA 1CU5A 3C8QA 3FA0A 1D9WA 3QAKA 1K28A 2IGCA 3GUKA 209LA 111LA 4EKQA 1G1WA 3HWLA 1L79A 127LA 2LZMA 3UONA 145LA 3CDRA 1PQOA 1LW9A 1DYCA 3NY9A 126LA 1OVJA 4ARJA 245LA 3GUJA 1DYEA 1QTHA 222LA 210LA 1L58A 1C67A 201LA 232LA 1CX7A 1CX6A 1L69A 229LA 3HUKA 3C7ZA 4AQNA 1L41A 1C66A 1L30A 1CV1A 2NTHA 1XEPA 237LA 4I7RA 1P2RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HEDA 1GF9A 3AW7A 3ATOA 260LA 1CV6A 1L09A 4QGZA 3W6CA 1OUCA 1G06A 4N8ZA 1TCYA 4Z41A 1GHLA 1IORA 1L0JA 1J1PY 1GBSA 4HV1A 3QE8A 4EPFA 1JJ3A 1D0MA 2HEFA 3LZMA 1C61A 4HJYA 4WLTA 5KXYA 5LYTA 3HU8A 1G7JC 1BWHA 3SB8A 2H5ZA 4ML7A 1HHLA 2MEEA 1UBZA 4PK0A 1GB3A 2ZQ3A 3DNAA 3LYMA 1L07A 1CUPA 1IY3A 3LYZA 1YKYX 2BLYA 3CDOA 4Z98A 183LA 2ZYPA 5II3A 1C6LA 1BB3A 1GF5A 4DQ5A 1L95A 4N0JA 1WQOA 1P6YA 4ARLA 6LYZA 4DD1A 4J1AA 4W56A 254LA 1D6PA 1L52A 3TXKA 2X0AA 5L9JA 3K3TA 4IASA 4HP0A 1QSWA 4XADA 1B5YA 1GAYA 5FEKA 1LYJA 1XGRC 1D3JA 1C6CA 2W1MA 4R6CA 3C8RA 182LA 1CJ8A 1JITA 4ET9A 5J7CA 1LSCA 4S0WA 3CT0A 2RSCA 1B7MA 1QTVA 3LZ2A 1LCNA 1MLCE 3TXHA 1JKBA 195LA 5I4WA 1LJ3A 1L68A 5APDA 4NSIA 1LYFA 1YIKA 1LPYA 4W59A 159LA 2YBNA 1LZCA 3P65A 5DN4A 4EMNA 1NHBA 1OUEA 174LA 2OTZX 1L91A 3DN4A 2LYZA 2FYCA 4G9SA 1CU6A 4W51A 2BQBA 4RW2A 4ZEEA 1C68A 1HFXA 3D3DA 2MEAA 2H9KA 2D4KA 2F30A 5B1GA 2ANVA 4DD9A 2I26L 3SB7A 4I7TA 1L43A 1L74A 1L63A 3T36A 256LA 1VDTA 3W6FA 4DYGA 1NWGA 1QSAA 1GFUA 1XGPC 1GBWA 139LA 1L08A 2XQOA 1AT5A 1L66A 1B7NA 1G7HC 1L49A 2BQIA 172LA 1L73A 2F4GA 1L26A 148LE 1JTMA 1L71A 1LI6A 1P2CC 1C45A 4WO6A 4DT3A 1CNSA 1G0JA 2DQHY 2D4JA 4NFVA 4DC4A 3GULA 1GE3A 1LYSA 3GUNA 1FKVA 2G4PA 4AGAA 164LA 4YOPA 1I20A 1XJTA 4MR1A 1OYUA 1HEOA 1XEJA 4ET8A 2RAZX 3CB7A 1VATA 1C6IA 3TXIA 1C60A 1GF7A 1LYEA 3A3QA 1YL0X 1B7LA 3A93A 1LZTA 1G0LA 1C6MA 137LA 1LJIA 1CJ9A 4A7DA 1L99A 1UACY 1AM7A 1L76A 5LVGA 1D2YA 1TLAA 3W6EA 3CDQA 4PJZA 4LYBA 1UIHA 5KXZA 3WXUA 3M18B 4DD3A 3G3XA 3EO5A 2B6TA 1EQEA 4AXTA 1EPYA 1L40A 2BQEA 1IP5A 1XGQC 4IAPA 1MELL 3WW5A 140LA 4YXAC 4EKSA 188LA 1PS5A 4LYOA 213LA 1IWWA 1L46A 154LA 4LDOA 1REMA 1J1XY 3HT9A 1B7SA 4YEMA 1GAZA 1C6TA 3HH6A 4YX7C 1XSFA 4I7JA 3HFMY 1F10A 3V2YA 2Z2EA 1KXYA 7LZMA 3C8SA 4II8A 3HTFA 4L41A 3TMVA 5LYZA 1C6EA 4LT2A 1L38A 4N9RA 2O4WA 2CDSA 1L88A 1HMLA 1D9UA 2B74A 4DDAA 3TXDA 1GF8A 1WQMA 1GFAA 2BQKA 1NDMC 4H92A 4GCEA 4H9AA 3HTGA 2A7FA 5F9XA 5LYMA 2LHMA 211LA 4RLMA 3C83A 1OUJA 1QT5A 1DYGA 1L83A 1JQUA 1LYIA 1P36A 1QTCA 2Y8PA 4XN6A 5DM9A 2YBHA 1GE0A 4OWCA 192LA 3HDEA 1GB7A 1CKDA 1P56A 1L85A 1OUDA 5I54A 3FI7A 1L32A 1UICA 5F16A 8LYZA 4LYTA 180LA 2EQLA 3G3WA 4WL7A 4PRQA 129LA 1G0QA 1CU2A 1LSZA 1PQMA 206LA 215LA 5IDDA 2FBBA 4W94A 1DZBX 4WM3A 4H9FA 2CJLA 4B1AA 199LA 4Z3MA 1L36A 3GUIA 1LZ6A 2RB2X 2D91A 1BGIA 1BB5A 141LA 1LSAA 1HEPA 1LZ9A 1YQVY 1GFGA 5KKJA 3WVYA 4H8XA 3P68A 1L94A 1FDLY 1CU5A 5HMJA 4BS7A 1LHKA 4NHIA 1LZ1A 3IWRA 4YEOA 1FKQA 2IGCA 5FCPA 4W96A 2DQFC 3WYHA 1H87A 4NG1A 1G1WA 1L79A 4D9ZA 2LZMA 145LA 2XBSA 1DYCA 1OVJA 3VWOA 1NQIA 210LA 3TXJA 201LA 5B59A 2HEBA 7LYZA 1CV1A 1GFJA 1CKCA 3N9AA 1LMNA 2B75A 1DPWA 5APEA 3K2RA 2O79A 2YBLA 1LZBA 4C3WA 1EQ4A 2EKSC 5E9RA 2RBQA 1L16A 1P5CA 4CFOA 4YXCA 5D5FA 1INUA 2RBPA 3SB5A 1CUQA 1L67A 3HT8A 1LJFA 3WL2A 3AYQA 4ARMA 1P3NA 200LA 4NHQA 1YAQA 1T8AA 1QS9A 4DD0A 1L18A 1XEIA 3TXBA 1C6DA 1CV0A 4Z46A 3CQLA 1JEFA 4NGIA 3C7YA 1O23A 4DKLA 1YKXX 4CFPA 1KW5A 1LOZA 1YILA 1C10A 1IEEA 1TEWA 1G7IC 1C63A 2NWDX 4H9BA 1LPIA 125LA 132LA 1GPQC 1YANA 1L15A 4GCFA 3A3RX 248LA 4EXMA 3RUNA 4W57A 3AJNA 1OUHA 4I7SA 1L44A 1C65A 4LZMA 4XENA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2HED A;  1GF9 A;  3AW7 A;  3ATO A;  260L A;  1CV6 A;  1L09 A;  4QGZ A;  3W6C A;  1OUC A;  1G06 A;  4N8Z A;  1TCY A;  4Z41 A;  1GHL A;  1IOR A;  1L0J A;  1J1P Y;  1GBS A;  4HV1 A;  3QE8 A;  4EPF A;  1JJ3 A;  1D0M A;  2HEF A;  3LZM A;  1C61 A;  4HJY A;  4WLT A;  5KXY A;  5LYT A;  3HU8 A;  1G7J C;  1BWH A;  3SB8 A;  2H5Z A;  4ML7 A;  1HHL A;  2MEE A;  1UBZ A;  4PK0 A;  1GB3 A;  2ZQ3 A;  3DNA A;  3LYM A;  1L07 A;  1CUP A;  1IY3 A;  3LYZ A;  1YKY X;  2BLY A;  3CDO A;  4Z98 A;  183L A;  2ZYP A;  5II3 A;  1C6L A;  1BB3 A;  1GF5 A;  4DQ5 A;  1L95 A;  4N0J A;  1WQO A;  1P6Y A;  4ARL A;  6LYZ A;  4DD1 A;  4J1A A;  4W56 A;  254L A;  1D6P A;  1L52 A;  3TXK A;  2X0A A;  5L9J A;  3K3T A;  4IAS A;  4HP0 A;  1QSW A;  4XAD A;  1B5Y A;  1GAY A;  5FEK A;  1LYJ A;  1XGR C;  1D3J A;  1C6C A;  2W1M A;  4R6C A;  3C8R A;  182L A;  1CJ8 A;  1JIT A;  4ET9 A;  5J7C A;  1LSC A;  4S0W A;  3CT0 A;  2RSC A;  1B7M A;  1QTV A;  3LZ2 A;  1LCN A;  1MLC E;  3TXH A;  1JKB A;  195L A;  5I4W A;  1LJ3 A;  1L68 A;  5APD A;  4NSI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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