1OVKA

T4 lysozyme cavity mutant l99a/m102q bound with n-allyl-aniline
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Testing a Flexible-receptor Docking Algorithm in a Model Binding Site
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-03-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ovkA00
176LA 4IAPA 1L28A 4OO9A 259LA 3HWLA 3HU8A 125LA 1CU5A 1NHBA 2Z6BA 3HUAA 1L05A 142LA 1P2RA 178LA 1LYDA 1L26A 4I7RA 213LA 2B73A 1L93A 152LA 4W51A 211LA 256LA 248LA 122LA 2B6WA 223LA 2RBQA 4I7QA 1KS3A 115LA 1C68A 1L77A 2OE7X 1L90A 103LA 1L60A 1LWKA 1L50A 4EXMA 1L37A 251LA 1LYFA 1L49A 1L66A 161LA 165LA 214LA 1L11A 1L21A 2Q9EA 4LZMA 3G3VA 241LA 3DN1A 3NY8A 3OE9A 3DKEX 1QUGA 1KY0A 146LA 4ARJA 1C6DA 227LA 1PQDA 158LA 1T8AA 255LA 1C61A 1L85A 119LA 1L42A 1G0MA 3GUPA 1B6IA 1QTVA 1G0QA 1CTWA 2B70A 3GULA 3C7YA 2O4WA 1G0GA 2RBPA 3C8QA 4EKPA 1QT7A 1CUQA 1C6NA 1D3FA 2O79A 141LA 2F2QA 3HTBA 1QTZA 4PK0A 1KNIA 1P6YA 187LA 219LA 3DN6A 2OU0X 1L18A 3HUQA 1LYIA 2F47A 3HUKA 2ANVA 3UONA 1WTHA 110LA 1SWYA 1QUHA 195LA 4ARLA 1L86A 1OV5A 1P37A 1D2WA 1G0LA 3JR6A 3DN8A 1T8FA 233LA 1QT4A 3ODUA 205LA 1LLHA 3C80A 245LA 4W58A 1C67A 1QSQA 2LZMA 1L29A 3F9LA 164LA 1QT5A 1PQJA 1L61A 2LCBA 1L31A 197LA 3HT9A 1D3NA 3D4SA 2B7XA 131LA 1L71A 1I6SA 3EMLA 1LI6A 1L80A 3SBBC 3C83A 2RBSA 3CDTA 1CVKA 3HTGA 1EPYA 3VW7A 2QB0B 2HUKA 175LA 1C6KA 217LA 2OEAX 171LA 1XJTA 2OTZX 222LA 1L63A 1L03A 1CUPA 1DYAA 4E97A 2RAZX 1G0PA 1L82A 1C6AA 182LA 234LA 1G1WA 1L97A 246LA 183LA 5I14A 2LC9A 2RH1A 6LZMA 151LA 1DYFA 210LA 1L13A 143LA 162LA 1JQUA 196LA 1L04A 130LA 231LA 2Q9DA 1L46A 1SX2A 3C82A 4K5YA 257LA 1L27A 3DN0A 1L54A 2CUUA 4I7MA 1L65A 3GUKA 1OYUA 1QT6A 220LA 1L01A 1L95A 4EKRA 216LA 229LA 1C6TA 1L16A 1KW7A 138LA 3NYAA 180LA 1KW5A 1KY1A 1LI2A 242LA 1QTCA 114LA 252LA 3F8VA 1DYBA 1L70A 3L64A 1C60A 1D3MA 3RUNA 4EPFA 261LA 1L69A 1P46A 184LA 4GRVA 4I7LA 126LA 1G06A 238LA 3LZMA 2NTHA 4ARMB 1C6LA 1L56A 4YXAC 1L68A 4I7KA 4ZPUA 3HDFA 192LA 1L83A 1LGWA 1DYCA 1L14A 1G07A 1C6IA 3L2XA 3V2YA 140LA 1L19A 4EJ4A 2RBOA 120LA 4LDLA 2B75A 2B6TA 3HT6A 232LA 1L62A 198LA 3GUOA 173LA 1L36A 3QAKA 3GUNA 226LA 1L81A 1L79A 228LA 1OV7A 163LA 1L52A 5LZMA 2NTGA 1L89A 2RB2X 166LA 3HH3A 1L20A 2HULA 4PJZA 215LA 1DYDA 1L44A 1L39A 3DN3A 172LA 150LA 1P7SA 1C62A 2OU9A 3SB8A 3HT7A 1CV5A 1SWZA 1SX7A 185LA 200LA 1L76A 1CU3A 1LYEA 1L08A 1L99A 3SN6R 3DNAA 1C6BA 1L25A 2B6ZA 139LA 1CV1A 1L58A 4ARMA 1XJUA 4W52A 1JTNA 1L43A 1ZYTA 239LA 3G3XA 1CX7A 3OE0A 1CV3A 1L0KA 3V2WA 1C6PA 1LGXA 3HDEA 4S0WA 112LA 1T97A 1L12A 4LDOA 1K28A 4W56A 4W55A 1L87A 3SBAA 1LYHA 3OE8A 1C6JA 4EPIA 1QT8A 2IGCA 1L00A 1CV0A 1XEPA 244LA 1L45A 4W54A 1C65A 3GUMA 186LA 225LA 2RBRA 3C8SA 1QTHA 1L32A 145LA 1CV6A 201LA 118LA 2B72A 1QT3A 3DMXA 1C6FA 243LA 3HTDA 1L67A 1L75A 3CDQA 191LA 3G3WA 209LA 155LA 4EKSA 4I7JA 1C69A 1L88A 3FADA 2HUMA 2RBNA 2F32A 1D2YA 2RAYX 3DN2A 1L30A 1QTBA 1C6QA 224LA 3SB5A 4YXCA 1LGUA 1L55A 3HU9A 1P2LA 1L94A 262LA 1LWGA 1ZURA 3GUJA 4I7SA 1C66A 3PDSA 1LYGA 4DAJA 3PBLA 1C6HA 1QS9A 1L40A 2RB0X 7LZMA 1L96A 1QSBA 1PQMA 4I7OA 1TLAA 4ARQB 199LA 147LA 2B74A 2OE4X 107LA 2OE9X 2QARC 3SB6A 123LA 4GBRB 1CV4A 2L78A 3CDOA 1D3JA 1L35A 174LA 4DKLA 1C64A 1L57A 2B6XA 190LA 3HH4A 1C6GA 3DMVA 3HTFA 1L38A 4YX7C 3FI5A 2A4TA 1ZWNA 3DMZA 1L72A 3CDVA 258LA 1P56A 1L74A 1SSYA 1P5CA 240LA 1DYGA 3CDRA 189LA 1PQOA 4AQNA 4ARPA 128LA 1LW9A 4LDEA 159LA 160LA 4EKQA 1L0JA 1QUDA 168LA 250LA 3HT8A 1L47A 221LA 3C81A 254LA 3SB9A 4DJHA 236LA 148LE 1OWYA 1L02A 1OWZA 129LA 4W57A 1LI3A 177LA 1CU6A 1OVKA 4ARQA 1L17A 218LA 235LA 181LA 2OU8A 108LA 1L33A 1L64A 113LA 1L91A 1G0JA 1L73A 1L06A 247LA 249LA 1PQIA 1QTDA 1L34A 4W59A 1JTMA 1CX6A 1L51A 1L10A 1SSWA 111LA 1L48A 167LA 253LA 4I7TA 1D9WA 1CU2A 1PQKA 260LA 3C8RA 1L41A 2OTYX 212LA 1LYJA 137LA 1L07A 1L15A 1L24A 2B6YA 3K2RA 1P36A 102LA 3C7ZA 230LA 1LPYA 3SB7A 1L59A 1OVHA 1T6HA 237LA 3GUIA 3NY9A 3DN4A 3FA0A 109LA 1L92A 4I7PA 2O7AA 1C63A 1C6EA 2ANXA 1CU0A 1OVJA 1L22A 1G1VA 1T8GA 149LA 1L98A 170LA 127LA 144LA 1QS5A 1DYEA 4I7NA 1C6MA 188LA 2RB1X 1QUOA 1P3NA 156LA 3RZEA 1L53A 206LA 3HH6A 3C7WA 1L23A 1G0KA 169LA 3OE6A 1P64A 3HH5A 4W53A 1L09A 104LA 157LA 1L84A 1C6CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2EPEA 259LA 1NBZC 1UIDA 1LMNA 1NHBA 2HEBA 2BQIA 4O34A 211LA 1JKBA 5KXZA 1B7SA 4A7DA 4I7QA 3N9AA 3SP3A 1KS3A 1L77A 1C68A 3BKHA 4H8XA 3EO5A 1IWWA 2EKSC 4NGJA 4NGLA 1L37A 4NSIA 2BQGA 4XENA 161LA 214LA 1YL1X 1LHKA 4LZMA 1CKFA 2I6ZA 3NY8A 3DKEX 1GXV2 1G7HC 4U3XB 4PGJB 2RSCA 1T8AA 255LA 3ATOA 3ULRA 1MLCE 4H93A 1G0MA 2HEDA 1QTVA 3T36A 2FBBA 5IELA 2B70A 3GULA 1F6SA 1GBZA 1J1XY 1IP2A 2O4WA 3C8QA 1CUQA 1C6NA 141LA 1C43A 1GE0A 4KPMA 3ZVQA 3TXEA 1P6YA 1LKSA 2Z38A 2OU0X 1IWVA 2F47A 4NY5A 1SWYA 1DKJA 1QUHA 1UIHA 3AJNA 1NQIA 1CJ6A 1L86A 1D2WA 1DPXA 1G0LA 3DN8A 2BQAA 4RW2A 1IOTA 4H9FA 3C80A 4ANRA 1HMLA 1IWTA 1ZVHL 1IOSA 1PQJA 1L61A 5KXMA 1QSAA 1L31A 4BS7A 197LA 1D3NA 1EQ4A 3TXHA 1I6SA 3A90A 3C83A 4XJGA 3HTGA 1LJEA 1B7MA 217LA 1XJTA 3G3BB 1LZRA 4NG8A 1A4VA 4W94A 4GCFA 2RAZX 1G0PA 1IX0A 234LA 1G1WA 1OUHA 1YKZX 4PJ2C 2LC9A 4YOPA 196LA 1LJIA 1LZNA 1GB7A 4H1PA 231LA 2Q9DA 1HNLA 3LYMA 1W08A 1IOCA 4H9IA 1QSWA 1L54A 2FYDA 2W1YA 3AZ6A 4PPOA 3P4ZA 1L65A 1XEIA 1XGUC 1BWHA 5APCA 3LYZA 4EKRA 216LA 3CT5A 1FBIX 4LT2A 1QUSA 1HERA 3RW8A 1CKCA 1LI2A 4NGOA 6LYZA 252LA 3L64A 4C5FA 1CKDA 1D3MA 1CNSA 5KXSA 2DQCY 3LZTA 3M18B 1NWGA 2MEAA 3EMSA 3LZMA 1C6LA 1VEDA 4B0DA 4YXAC 1L68A 4I7KA 3HDFA 1DYCA 2BQJA 4XADA 1G07A 3V2YA 1L19A 2RBOA 1IO5A 2FYCA 2B6TA 1B7LA 198LA 4G9SA 4LFXA 1MELL 226LA 1L81A 4HTQA 1CKHA 1L89A 3RNXA 3HH3A 4DWXA 4C3WA 1L44A 3DN3A 1LJFA 1LJJA 3SB8A 4OWAA 1CV5A 185LA 1L76A 5T3FA 4TUNA 3DNAA 5KXNA 3CSRA 4ARMA 1XJUA 2BPUA 4UWUA 4YENA 1HELA 2Q0MX 4QDNA 3WU9A 3OE0A 1L0KA 1LGXA 1L12A 4W55A 4W56A 3SBAA 2MEIA 1LYHA 1JJ3A 1OUCA 1L00A 3LN2A 1IY3A 3CT1A 4WM1A 1GAYA 118LA 4IASA 2B72A 4LGKA 1UUZC 2DBTA 3A92A 191LA 155LA 1GD6A 2Z37A 5LVIA 1L88A 4CHXA 1TBYA 3D3DA 3CQLA 1CKGA 5LA8A 4YXCA 1HC0A 5B06A 262LA 1DZBX 1B7OA 1C66A 3PDSA 4DAJA 1C6HA 4N1CC 1L40A 1HF4A 1TLAA 147LA 1YILA 3CDOA 3WH1A 4OWHA 4XJDA 2CJLA 2XBSA 1PZYA 1XGPC 1IP7A 1L38A 1L72A 5KKJA 1WQQA 4B4JA 1B5XA 4ETEA 1P56A 1DYGA 3CDRA 5FELA 4M6DA 1PQOA 4AQNA 3IWRA 5APFA 1LW9A 1LZDA 4LDEA 159LA 5KJ9A 5DN4A 4DD1A 4LYBA 4H9AA 1L47A 5KXLA 254LA 3SB9A 1B5ZA 4LFPA 1OWYA 1L02A 1OWZA 4LT3A 1LI3A 4HPIA 5LA5A 3A91A 4D9ZA 218LA 3T6UA 3W3EA 1E8LA 1T3PA 154LA 3WMKA 2Z2EA 1L33A 4WM3A 1L64A 1L91A 1L06A 5B59A 1LZBA 1QTDA 2D4KA 3MGWA 4W59A 4GLVA 3WXTA 4WLXA 1REZA 4H9EA 1SSWA 4AXTA 111LA 167LA 253LA 2ZIKA 3HBEX 260LA 4HSFA 1L41A 2HTXA 212LA 2OTYX 1JWRA 4KT3A 1LYJA 4DD9A 5HQ1A 2W1XA 230LA 4P2EA 3TMUA 3DN4A 3WPJA 3TMXA 3WUNA 1T8GA 1L98A 1JJ1A 144LA 1QS5A 1OUFA 1IR8A 1NHEA 5L3HA 3QY4A 1IR7A 2RB1X 2X0AA 1GEZA 1P3NA 1SLYA 2VB1A 4XN6A 1UIFA 5KXKA 3HH6A 1IY4A 3C7WA 1G0KA 1QDRA 4W53A 2B5ZA 1B5UA 4IAPA 2YSSC 3HU8A 4OW1A 1TEWA 142LA 1B9OA 4YEMA 1GB8A 213LA 4W51A 152LA 248LA 122LA 2B6WA 4HTKA 3ZVQB 4TWSA 1GFVA 1LPIA 223LA 3AYQA 2LYOA 4EXMA 1L49A 3RT5X 1GDXA 2ZQ4A 4XJIA 2CWIA 1UA6Y 2Q9EA 2YVBA 3G3VA 5J7CA 1GE1A 3W6CA 4WM2A 4ARJA 1C6DA 227LA 1PQDA 1LSBA 1D6PA 4YF2A 4EOFA 1WVUA 1G0QA 5K7OA 4GCEA 4OWBA 1GB2A 1LMPA 3D9AC 2RBPA 1BB5A 1F6RA 4DQ7A 4EKPA 3AZ4A 3HTBA 1AT5A 1QTZA 4BAFA 2BQDA 4PK0A 1XSFA 4II8A 1JPOA 219LA 1L18A 3HUQA 1LYIA 1XGRC 2ANVA 1WTHA 5DN5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2EPE A;  259L A;  1NBZ C;  1UID A;  1LMN A;  1NHB A;  2HEB A;  2BQI A;  4O34 A;  211L A;  1JKB A;  5KXZ A;  1B7S A;  4A7D A;  4I7Q A;  3N9A A;  3SP3 A;  1KS3 A;  1L77 A;  1C68 A;  3BKH A;  4H8X A;  3EO5 A;  1IWW A;  2EKS C;  4NGJ A;  4NGL A;  1L37 A;  4NSI A;  2BQG A;  4XEN A;  161L A;  214L A;  1YL1 X;  1LHK A;  4LZM A;  1CKF A;  2I6Z A;  3NY8 A;  3DKE X;  1GXV 2;  1G7H C;  4U3X B;  4PGJ B;  2RSC A;  1T8A A;  255L A;  3ATO A;  3ULR A;  1MLC E;  4H93 A;  1G0M A;  2HED A;  1QTV A;  3T36 A;  2FBB A;  5IEL A;  2B70 A;  3GUL A;  1F6S A;  1GBZ A;  1J1X Y;  1IP2 A;  2O4W A;  3C8Q A;  1CUQ A;  1C6N A;  141L A;  1C43 A;  1GE0 A;  4KPM A;  3ZVQ A;  3TXE A;  1P6Y A;  1LKS A;  2Z38 A;  2OU0 X;  1IWV A;  2F47 A;  4NY5 A;  1SWY A;  1DKJ A;  1QUH A;  1UIH A;  3AJN A;  1NQI A;  1CJ6 A;  1L86 A;  1D2W A;  1DPX A;  1G0L A;  3DN8 A;  2BQA A;  4RW2 A;  1IOT A;  4H9F A;  3C80 A;  4ANR A;  1HML A;  1IWT A;  1ZVH L;  1IOS A;  1PQJ A;  1L61 A;  5KXM A;  1QSA A;  1L31 A;  4BS7 A;  197L A;  1D3N A;  1EQ4 A;  3TXH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2EPE A;  259L A;  1NBZ C;  1UID A;  1LMN A;  1NHB A;  2HEB A;  2BQI A;  4O34 A;  211L A;  1JKB A;  5KXZ A;  1B7S A;  4A7D A;  4I7Q A;  3N9A A;  3SP3 A;  1KS3 A;  1L77 A;  1C68 A;  3BKH A;  4H8X A;  3EO5 A;  1IWW A;  2EKS C;  4NGJ A;  4NGL A;  1L37 A;  4NSI A;  2BQG A;  4XEN A;  161L A;  214L A;  1YL1 X;  1LHK A;  4LZM A;  1CKF A;  2I6Z A;  3NY8 A;  3DKE X;  1GXV 2;  1G7H C;  4U3X B;  4PGJ B;  2RSC A;  1T8A A;  255L A;  3ATO A;  3ULR A;  1MLC E;  4H93 A;  1G0M A;  2HED A;  1QTV A;  3T36 A;  2FBB A;  5IEL A;  2B70 A;  3GUL A;  1F6S A;  1GBZ A;  1J1X Y;  1IP2 A;  2O4W A;  3C8Q A;  1CUQ A;  1C6N A;  141L A;  1C43 A;  1GE0 A;  4KPM A;  3ZVQ A;  3TXE A;  1P6Y A;  1LKS A;  2Z38 A;  2OU0 X;  1IWV A;  2F47 A;  4NY5 A;  1SWY A;  1DKJ A;  1QUH A;  1UIH A;  3AJN A;  1NQI A;  1CJ6 A;  1L86 A;  1D2W A;  1DPX A;  1G0L A;  3DN8 A;  2BQA A;  4RW2 A;  1IOT A;  4H9F A;  3C80 A;  4ANR A;  1HML A;  1IWT A;  1ZVH L;  1IOS A;  1PQJ A;  1L61 A;  5KXM A;  1QSA A;  1L31 A;  4BS7 A;  197L A;  1D3N A;  1EQ4 A;  3TXH A; 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