1OVKA

T4 lysozyme cavity mutant l99a/m102q bound with n-allyl-aniline
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Testing a Flexible-receptor Docking Algorithm in a Model Binding Site
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-03-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ovkA00
1LYFA 3C7ZA 104LA 1PQMA 1QT5A 1QT3A 3FI5A 4W52A 3V2WA 1XJTA 1DYFA 1SX7A 3L64A 1L34A 122LA 192LA 237LA 1C6DA 172LA 195LA 3GUNA 3G3VA 217LA 3DKEX 3PDSA 215LA 108LA 1QSBA 239LA 109LA 1L54A 3DN0A 3SB5A 119LA 2NTHA 2RBQA 1JTMA 1L43A 4AQNA 4EKQA 1C6HA 4S0WA 183LA 1QS9A 224LA 3OE6A 1L69A 1KNIA 3F9LA 1L12A 1C6FA 222LA 160LA 166LA 1G0QA 3SB8A 188LA 1PQJA 2LCBA 1D3JA 3RUNA 3HH4A 1C62A 170LA 1OYUA 1QS5A 2RB1X 4GBRB 1L97A 3C8QA 1P36A 142LA 1L95A 4ARQB 1CU5A 2B74A 140LA 1LPYA 4W56A 2RBPA 1SSYA 1T8AA 152LA 4EKRA 1C66A 1L45A 2NTGA 1LYHA 131LA 171LA 4YXCA 1CV5A 191LA 1OVKA 240LA 2B70A 2B7XA 5I14A 182LA 1L64A 4ARMB 111LA 236LA 1L93A 1L40A 1SX2A 2Q9DA 186LA 1L55A 3HDFA 4ZPUA 130LA 1P46A 3G3WA 4DJHA 1C6IA 1LGWA 1PQOA 228LA 187LA 3PBLA 1L33A 3C83A 3LZMA 1L84A 255LA 1T97A 213LA 235LA 118LA 3HU8A 2Z6BA 1L86A 206LA 2B72A 1L61A 3HWLA 1LYDA 1L25A 190LA 1L17A 3DNAA 1L72A 2B6ZA 1DYBA 158LA 2QARC 1PQDA 3SB6A 3HUAA 175LA 3G3XA 178LA 2RBOA 3ODUA 1QT6A 3V2YA 1L50A 3GUMA 248LA 4EKPA 2F2QA 220LA 120LA 1LYEA 241LA 1CV6A 4LZMA 1QT4A 3D4SA 1L10A 1L39A 3DN2A 2B75A 1L28A 2RAYX 1C6MA 229LA 4DKLA 200LA 1D9WA 3HH6A 1L41A 1L77A 4I7MA 3QAKA 232LA 3CDVA 1KS3A 169LA 3C82A 205LA 3SN6R 112LA 1NHBA 113LA 1L0JA 4W55A 1QT7A 1L51A 1TLAA 238LA 128LA 1L71A 2OEAX 3FA0A 2LZMA 3CDOA 1QSQA 3DN6A 1C60A 1L70A 5LZMA 1L62A 196LA 1XJUA 1L29A 141LA 1C6EA 2CUUA 3SBAA 4EJ4A 3HT7A 151LA 1C6LA 1LWGA 147LA 1L00A 1L15A 1G0PA 3CDRA 161LA 226LA 1LYJA 3C7WA 253LA 3DN8A 1I6SA 2O79A 1L49A 2OU9A 1L23A 1L67A 1L63A 1L89A 1K28A 1L92A 185LA 162LA 211LA 1G07A 1P7SA 3DMVA 2RBNA 4W59A 1L03A 4I7KA 1L60A 1L53A 1G1VA 212LA 3HUKA 2F32A 1ZWNA 2RH1A 1OWZA 1L75A 3UONA 1C64A 1KW5A 1C67A 1L07A 102LA 155LA 1D3MA 4OO9A 1QTHA 3HTFA 1L87A 1C6BA 260LA 4W51A 137LA 223LA 233LA 1L85A 1LYGA 1L32A 1L98A 3HT6A 4W54A 4W57A 4ARJA 1P37A 156LA 1C69A 1C6CA 1P2LA 1OWYA 3FADA 157LA 1L06A 4W53A 1KY1A 1QTCA 180LA 2RAZX 1LLHA 4I7PA 3C81A 110LA 1L13A 1LYIA 4K5YA 1P2RA 107LA 243LA 3HTBA 4DAJA 1L19A 1L90A 234LA 201LA 165LA 1L94A 2IGCA 103LA 251LA 1L21A 1ZYTA 1G0JA 2O4WA 123LA 258LA 6LZMA 2RB2X 1L88A 3C80A 1L11A 1C6PA 143LA 1D3NA 3EMLA 177LA 198LA 1L18A 1C65A 1L96A 1L26A 1C6JA 254LA 1CVKA 256LA 249LA 1L79A 246LA 1L46A 245LA 227LA 1QUDA 174LA 176LA 3DN3A 1L57A 1L59A 3GUKA 2OTYX 1T8FA 1PQIA 3HUQA 4EXMA 1P6YA 1G0GA 3F8VA 1T6HA 3HDEA 2LC9A 1D2WA 1L52A 2QB0B 1L81A 231LA 1P3NA 2RB0X 4I7SA 1L65A 1L80A 1G06A 214LA 1C6KA 167LA 242LA 3GUPA 1XEPA 1KW7A 219LA 262LA 1L47A 209LA 3NY8A 3JR6A 2L78A 197LA 1L76A 1CX7A 1L66A 4PK0A 4W58A 1L73A 3SB9A 1LI6A 252LA 3HTGA 1L24A 7LZMA 1SSWA 1CU6A 163LA 1WTHA 4I7NA 4LDOA 3GUJA 2HULA 1LGXA 184LA 1L35A 1L0KA 1L14A 1G0LA 218LA 4YX7C 257LA 150LA 1C6GA 1QT8A 230LA 1CV4A 225LA 1CU0A 1JQUA 3DN1A 3GULA 1QTDA 1LI3A 1SWYA 1L16A 3DN4A 1DYAA 1CV3A 3CDQA 4GRVA 1C61A 3VW7A 2B6XA 3C8SA 4EPIA 3SBBC 4E97A 259LA 1L22A 2OE7X 1G1WA 1KY0A 1C6NA 4I7LA 145LA 3NYAA 199LA 3HH5A 1L56A 1CUQA 1L31A 1L38A 1L48A 2B73A 1L58A 250LA 3HTDA 1L74A 261LA 244LA 1SWZA 146LA 210LA 2ANXA 4IAPA 1CV0A 1T8GA 1CX6A 1DYCA 2OU0X 164LA 2HUKA 3C7YA 149LA 2A4TA 2OU8A 1G0KA 2RBRA 4YXAC 1LW9A 1C6TA 4ARQA 1QUOA 3HT8A 1L44A 2F47A 1DYGA 1L04A 1JTNA 4I7JA 4I7QA 1DYDA 4EPFA 1C63A 216LA 4I7OA 3DMZA 4EKSA 1L01A 181LA 3HH3A 247LA 4I7TA 4ARMA 2B6WA 1L37A 1OVHA 1OV7A 1P56A 1D3FA 168LA 3NY9A 173LA 144LA 189LA 3OE0A 221LA 3L2XA 1L05A 1L82A 1P64A 4LDEA 138LA 1L08A 4LDLA 1ZURA 1L09A 1C6QA 1G0MA 1QUGA 114LA 1B6IA 1L20A 2HUMA 1DYEA 115LA 127LA 1QTZA 3RZEA 1CU2A 1L36A 1P5CA 1L68A 126LA 1PQKA 2Q9EA 2O7AA 1OVJA 3K2RA 1CV1A 2RBSA 2OE4X 1OV5A 2ANVA 3C8RA 159LA 1C6AA 3HU9A 3OE9A 129LA 4ARPA 1LWKA 139LA 3CDTA 1L02A 2B6YA 3SB7A 1C68A 3DMXA 1D2YA 4PJZA 1L91A 2B6TA 1L27A 3GUIA 1L30A 1CUPA 1CU3A 4ARLA 1LGUA 148LE 1CTWA 3GUOA 1EPYA 1QTBA 4I7RA 2OE9X 1QTVA 2OTZX 3OE8A 1L99A 1L83A 125LA 1L42A 1QUHA 3HT9A 1LI2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1PS5A 1PQMA 1QT3A 1LKSA 1YKYX 2YBNA 3V2WA 122LA 2DQFC 2FYDA 4N5RA 172LA 1IWTA 3GUNA 4GCBA 1IWZA 1KIQC 217LA 3D3DA 2C8OA 1DKKA 239LA 3D9AC 1LJGA 1L54A 2NTHA 1JTMA 1L43A 1LJIA 4S0WA 1REMA 3CB7A 224LA 1KNIA 6LYTA 5LXWA 3F9LA 4G4CA 1KXYA 3SB8A 4GN4A 3RUNA 4WOAA 1C62A 1QS5A 4GBRB 1L97A 1LJ3A 4DDAA 3A90A 1P36A 142LA 1GEZA 4H9HA 2DQEY 4HTNA 1YIKA 3A67Y 1GF7A 1LPYA 2RBPA 1SSYA 1T8AA 2YDGA 1LOZA 5APFA 1QDTA 5KXLA 4NHQA 1CV5A 4WL7A 208LA 2B70A 1CKHA 182LA 1O23A 1L93A 1SX2A 1BWHA 4ZPUA 1GB7A 1E8LA 4IJ4A 1ZVYB 1P46A 3G3WA 1HNLA 2Z2EA 4Z98A 1L33A 255LA 2G4QA 1LYYA 3HU8A 206LA 1LZBA 2HEBA 1L61A 1L25A 190LA 4NSGA 4GLAA 1L50A 3OJPA 5DM9A 1B5VA 248LA 4HTKA 4EKPA 241LA 4J0LA 3RZ4A 3WMKA 1NMMA 1YAMA 1L28A 1B0DA 4DKLA 1D9WA 4I7MA 1L41A 1VFBC 3QAKA 232LA 1OUJA 3CDVA 169LA 4H8XA 2XTHA 3IJVA 2B5ZA 1HSWA 1QT7A 238LA 1CJ6A 1T3PA 1BQLY 3W6BA 4NG8A 1GB8A 1HF4A 5FSTA 3FA0A 4NGYA 5C6IA 5LYZA 1C60A 1L70A 1GEVA 1JTTL 1IP7A 3TXFA 1LZ9A 2ZQ4A 4BAFA 1L29A 5KXPA 2MEGA 4H9AA 5II3A 1IX0A 151LA 3T36A 207LA 4ETEA 4HPEA 1L00A 3CDRA 161LA 1FBIX 226LA 5HMVA 4ZEEA 3DN8A 3WW6A 3SP3A 5LIOA 162LA 4YOPA 4NHTA 2CJLA 1G07A 4B4JA 4UWNA 3DMVA 1IC7Y 4W59A 1L03A 4I7KA 5KKJA 212LA 3WL2A 4ZIXA 4GN5C 5KXRA 1W6ZA 1C64A 1KW5A 102LA 5HNCA 4OO9A 2DQIY 3HTFA 5K7OA 1GXV2 4W51A 2YBHA 223LA 233LA 1LYGA 1L32A 2A7DA 5FHWA 4ARJA 4AXTA 4NSIA 1P37A 2ZNXY 1GBZA 4MR1A 1HC0A 1LZ6A 4I0CA 1KY1A 1QTCA 1BB5A 3C81A 1L13A 1F6SA 1J1PY 3WVXA 1AT5A 4DAJA 1B5WA 1L90A 234LA 2DQJY 2IGCA 3P65A 1JUGA 2Z18A 5EBHA 3N9EA 2DQGY 1L26A 3LZTA 1GFUA 1C6JA 246LA 1UACY 1EL1A 4RDSA 1INUA 4NFVA 2XBSA 2HU3A 1ZMYL 4TSBA 4WLYA 1HEMA 1L80A 3AGIA 1OP9B 1KW7A 2L78A 2CWIA 1L76A 1L66A 4W58A 1JJ0A 4J7VA 1CU6A 163LA 4FJRA 1C46A 2BQIA 1QIOA 218LA 1B5YA 1CJ9A 1QT8A 4XN6A 1LZ5A 3DN1A 1FLQA 4OOTA 1LSYA 1RI8B 4B1AA 1ZVHL 2I25L 1DI3A 2OE7X 1G1WA 3A96A 199LA 4LYBA 1IORA 1D0LA 2B73A 3TXKA 1C10A 1L58A 244LA 1SWZA 4B4EA 4C5FA 1BVXA 1CX6A 4IATA 2Z2FA 1DYCA 2MEEA 2OU0X 1LSEA 3LYOA 4TWSA 2A4TA 2OU8A 3A3RX 1G0KA 3HT8A 1NBYC 1IIZA 1BB3A 4ANRA 4I7JA 1JHLA 4EPFA 1GF6A 216LA 3LN2A 247LA 4ARMA 2C8PA 1OVHA 4H92A 5ILFA 1D3FA 1B5UA 173LA 2MEIA 1YL1X 4YEMA 1LZGA 1L05A 1OUGA 1P64A 1ZURA 3B72A 1GFKA 114LA 1B6IA 1DYEA 1QTZA 127LA 5FDJA 3AZ7A 1P5CA 4XJBA 3P4ZA 126LA 1YROA 1GFEA 4M4OA 1OVJA 1Z55A 1QQYA 3ULRA 159LA 4QY9A 3OE9A 5HMJA 1D0MA 1LWKA 4WM1A 1L02A 4HSFA 1D2YA 2B6TA 1WQOA 3GUIA 2BQGA 1CUPA 4LT2A 4TTDA 5L9JA 4XYYA 2OE9X 1L83A 2G4NA 3TXIA 1JITA 1LYFA 1NDGC 3C7ZA 1JWRA 3N9CA 4WM6A 2AUBA 2HEEA 1G7IC 1SQ2L 1L34A 1GB6A 192LA 4ML7A 3TXBA 1B2KA 1YKXX 215LA 4N0JA 1QS9A 1WQPA 1IP4A 3ATOA 5D5CA 4PRQA 1C6FA 222LA 1G0QA 1IY3A 1LMQA 2LCBA 2RB1X 4DDCA 3C8QA 4M6DA 5LYTA 3GXRA 4EKRA 5KXTA 1C66A 2NTGA 131LA 171LA 1OVKA 2RSCA 5I14A 1L64A 4ARMB 111LA 236LA 5LVIA 1SLYA 1B7OA 1UIFA 1L55A 5E9RA 3HDFA 2MEHA 1GFTA 4DJHA 1LGWA 1PQOA 4NGIA 3LZMA 1H6MA 3B0OA 118LA 2I26L 4X3BA 2B72A 3HWLA 1GAZA 1L17A 4H93A 1DYBA 2F4GA 2QARC 1TAYA 3SB6A 3HUAA 4D9ZA 2BQMA 2BQFA 3BKHA 2D6BA 4H1PA 5B59A 1IP5A 2F2QA 4NSHA 1UIBA 220LA 1CV6A 4YENA 4LZMA 1QSAA 1CKGA 3D4SA 1L10A 4HV2A 3DN2A 3HH6A 4H8ZA 1JJ1A 5KXMA 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1V7TA 1G06A 214LA 1C6KA 242LA 4NWEA 1XEPA 262LA 4LZTA 3WUMA 3TXEA 209LA 2HEDA 3ATNA 3MGWA 1I1ZA 197LA 2BLXA 4LFPA 4XJIA 5T3FA 1L73A 5B05A 5DL9A 1L24A 2MECA 1QUTA 4GCDA 3W3EA 4I7NA 1LJ4A 3WPLA 5B07A 1N4FA 2HULA 2DQHY 1L0KA 2FBDA 1G0LA 4H91A 4H8YA 3HBHA 1GDWA 225LA 1HEQA 3GULA 1OUHA 4H9FA 1LI3A 1SWYA 1L16A 3DN4A 1CV3A 2D4IA 1GB5A 4EPIA 3A3QA 2LHMA 2BQJA 1YAPA 1L22A 1C6NA 1LHMA 5DLAA 3NYAA 5HNLA 4L41A 1B9OA 1LZRA 4WG1A 4A7DA 1LJHA 1L48A 250LA 2HUBA 1LSBA 5A3ZA 4ETAA 1IWVA 3B0KA 146LA 210LA 4BADA 1T8GA 4ET9A 4PHIA 2YBMA 2RBRA 1C6TA 4ARQA 1CKFA 5DN4A 4OWEA 1L04A 1LHLA 3F6ZA 4N1EI 3ZEKA 4I7OA 3DMZA 4DDBA 1LZYA 1L37A 1VEDA 3TMWA 3TMVA 189LA 1ALCA 221LA 3ZVQA 3L2XA 4LDLA 4H9CA 1C6QA 2DQAA 1FLWA 3FE0A 2HUMA 115LA 1NKHA 2BQHA 1GFRA 1CU2A 1DPWA 4QEQA 1LJKA 3P64A 1YAOA 2HU1A 1PQKA 1NWGA 3EO5A 3EXDA 2RBSA 2ANVA 5KXOA 3WU8A 3C8RA 3HU9A 2G4PA 129LA 4HJYA 2DKVA 1FLYA 3WYHA 3DMXA 2EIZC 1LMOA 1D9UA 1L30A 1CU3A 1DPXA 1GFHA 148LE 2MEBA 2PC2A 1QTVA 4DD0A 1RCMA 1FDLY 1BB7A 125LA 1L42A 1LI2A 4NGKA 7LZMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1PS5 A;  1PQM A;  1QT3 A;  1LKS A;  1YKY X;  2YBN A;  3V2W A;  122L A;  2DQF C;  2FYD A;  4N5R A;  172L A;  1IWT A;  3GUN A;  4GCB A;  1IWZ A;  1KIQ C;  217L A;  3D3D A;  2C8O A;  1DKK A;  239L A;  3D9A C;  1LJG A;  1L54 A;  2NTH A;  1JTM A;  1L43 A;  1LJI A;  4S0W A;  1REM A;  3CB7 A;  224L A;  1KNI A;  6LYT A;  5LXW A;  3F9L A;  4G4C A;  1KXY A;  3SB8 A;  4GN4 A;  3RUN A;  4WOA A;  1C62 A;  1QS5 A;  4GBR B;  1L97 A;  1LJ3 A;  4DDA A;  3A90 A;  1P36 A;  142L A;  1GEZ A;  4H9H A;  2DQE Y;  4HTN A;  1YIK A;  3A67 Y;  1GF7 A;  1LPY A;  2RBP A;  1SSY A;  1T8A A;  2YDG A;  1LOZ A;  5APF A;  1QDT A;  5KXL A;  4NHQ A;  1CV5 A;  4WL7 A;  208L A;  2B70 A;  1CKH A;  182L A;  1O23 A;  1L93 A;  1SX2 A;  1BWH A;  4ZPU A;  1GB7 A;  1E8L A;  4IJ4 A;  1ZVY B;  1P46 A;  3G3W A;  1HNL A;  2Z2E A;  4Z98 A;  1L33 A;  255L A;  2G4Q A;  1LYY A;  3HU8 A;  206L A;  1LZB A;  2HEB A;  1L61 A;  1L25 A;  190L A;  4NSG A;  4GLA A;  1L50 A;  3OJP A;  5DM9 A;  1B5V A;  248L A;  4HTK A;  4EKP A;  241L A;  4J0L A;  3RZ4 A; 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