1OYUA

Long-distance conformational changes in a protein engineered by modulated sequence duplication
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
173
structure length
173
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAINAAKSELDKAIGGGGGGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Long-distance conformational changes in a protein engineered by modulated sequence duplication
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 52
structure length 173
sequence length 173
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1oyuA00
166LA 1P3NA 3HDEA 138LA 1P56A 1C6FA 1QTDA 3OE6A 1L64A 4DKLA 4W58A 1ZURA 3CDOA 3HUAA 1G0PA 3V2WA 3ODUA 1C6CA 3GUOA 172LA 183LA 2RBSA 200LA 3JR6A 1L76A 2HUMA 4EXMA 3DMXA 196LA 3PBLA 1CV1A 151LA 4K5YA 188LA 173LA 1C6LA 143LA 1L93A 4W54A 1QSQA 3C8RA 1L42A 1L52A 261LA 3GUPA 7LZMA 159LA 145LA 1L98A 1C6HA 3NY8A 110LA 2RBNA 233LA 1SSWA 1L89A 195LA 3VW7A 2NTGA 160LA 1L79A 1OVJA 1L37A 1KNIA 1L12A 1L31A 171LA 4W53A 1L23A 1EPYA 1C6JA 3K2RA 3HH6A 1L30A 220LA 4W52A 239LA 237LA 1L53A 1CX6A 1LYGA 211LA 2LZMA 1T6HA 3DMVA 3DNAA 1C6BA 1G0GA 1WTHA 1L67A 122LA 1CV0A 2RAZX 177LA 1LYDA 3HWLA 1T8AA 2NTHA 2B75A 1OYUA 1L57A 1L49A 241LA 1G0JA 180LA 1C6PA 210LA 1CUQA 4IAPA 4EKQA 3NY9A 3HH3A 4YXAC 3CDVA 1L00A 141LA 130LA 1L55A 4I7NA 161LA 4LDLA 1OVHA 1P36A 4ARJA 1QT5A 212LA 2B6XA 1JQUA 1L10A 1P7SA 3G3XA 4I7PA 1L61A 3G3WA 3L64A 4EKSA 1L02A 252LA 2RB0X 1C65A 3FA0A 131LA 4W57A 3OE9A 4AQNA 3PDSA 199LA 1L50A 2O79A 1B6IA 3C81A 1L06A 226LA 1L77A 4EJ4A 1L96A 2O7AA 1L16A 230LA 256LA 2OE9X 1LYJA 2ANVA 231LA 223LA 4GRVA 5LZMA 4E97A 253LA 163LA 3HT8A 2B6ZA 3SB8A 1P2LA 1L62A 3GUJA 1T8FA 1L44A 168LA 3SBAA 219LA 1CV4A 2RBPA 162LA 175LA 234LA 1L20A 1LI2A 1QS5A 218LA 139LA 1L11A 1QTZA 1L38A 1C62A 1P2RA 2O4WA 1L99A 2RB1X 1L03A 4LDEA 236LA 3V2YA 109LA 3HTBA 4PJZA 164LA 190LA 103LA 1PQKA 3G3VA 4ARMA 1CV5A 1QTCA 1QUDA 1G0QA 4YXCA 1PQMA 1SX7A 257LA 1L36A 1L47A 201LA 1G06A 3C83A 221LA 149LA 3GUNA 3SB7A 1L83A 251LA 2ANXA 4PK0A 1LGXA 259LA 1QUGA 3NYAA 1L15A 1T97A 2RAYX 1JTNA 1L65A 1KY0A 2RH1A 3C8QA 147LA 1C69A 1L07A 2LCBA 1PQOA 126LA 227LA 186LA 1L73A 1L08A 232LA 197LA 1XJUA 3HTGA 1L70A 1L54A 1C6IA 1L24A 4GBRB 2CUUA 1LW9A 215LA 2HUKA 3C80A 1KW7A 1SSYA 2OEAX 1QUOA 1QT7A 156LA 4EPIA 3SBBC 1LPYA 4DAJA 4LDOA 1I6SA 1P64A 3HH4A 2Q9DA 4I7SA 2OTYX 3DN8A 1DYBA 1L14A 1L92A 1D3JA 1L56A 115LA 1XEPA 1L13A 1QT4A 1L39A 205LA 247LA 1OV5A 1OWYA 3SB6A 192LA 1L41A 229LA 1L86A 3DN0A 1L75A 4ARQA 1LGWA 1QS9A 4EKRA 3EMLA 165LA 4S0WA 1D3NA 1PQDA 118LA 1CV3A 104LA 113LA 240LA 3UONA 1C66A 198LA 1L32A 3GULA 1ZYTA 1P37A 158LA 2QARC 1C6EA 254LA 1KY1A 119LA 157LA 1DYAA 2OE4X 3CDQA 1JTMA 1L0KA 2L78A 2B73A 1L95A 214LA 1D9WA 1G1VA 1ZWNA 1L45A 262LA 2OU8A 4I7KA 1C6KA 3HT9A 144LA 1L01A 6LZMA 1D3MA 1L09A 1C6MA 1L28A 2IGCA 1PQIA 1LWKA 4I7MA 1L90A 4YX7C 1L80A 2Z6BA 3C7ZA 2F2QA 2B74A 1KS3A 1C6NA 213LA 1SWZA 3SN6R 2OU9A 1L69A 3HTDA 1L60A 184LA 1DYGA 1L21A 1OV7A 3C7WA 3DN6A 108LA 178LA 142LA 1L91A 127LA 114LA 1G0KA 2F32A 4I7JA 1P6YA 1CU2A 1QSBA 3F8VA 228LA 2B72A 146LA 1L40A 4ARMB 169LA 1TLAA 246LA 3HU8A 185LA 3HUQA 1L84A 2F47A 1C6DA 2OE7X 2RBRA 1XJTA 4I7QA 1L26A 1QUHA 3RZEA 1L34A 102LA 1QTBA 1T8GA 1L04A 1SWYA 3HDFA 3RUNA 1QT3A 2LC9A 4I7TA 176LA 1D2WA 1SX2A 1G0LA 1K28A 1OVKA 3SB9A 2B6TA 2RBQA 1L17A 1L18A 137LA 1L74A 1L85A 216LA 1CV6A 3GUIA 3L2XA 4W56A 224LA 1QT8A 3GUKA 2RB2X 1L59A 1DYDA 1NHBA 128LA 3C82A 1L35A 4EPFA 1CU5A 2RBOA 4I7RA 182LA 120LA 1LYFA 4DJHA 2B6YA 1L71A 4EKPA 1DYFA 2QB0B 152LA 2B70A 209LA 3C7YA 174LA 1L88A 3CDRA 3OE0A 217LA 4ARLA 4ARQB 250LA 3DN2A 3HH5A 1CTWA 1LGUA 1DYEA 3HT7A 3FI5A 4OO9A 1LI3A 1L29A 112LA 1L87A 1L33A 245LA 1L63A 140LA 2A4TA 1CU3A 244LA 3HUKA 3F9LA 1LLHA 1OWZA 3GUMA 191LA 1L58A 3D4SA 1P46A 1CU0A 242LA 170LA 225LA 167LA 1QTHA 1L81A 248LA 3FADA 3DN4A 1C68A 3CDTA 1G1WA 1C6GA 1L48A 1LYHA 1P5CA 235LA 2B6WA 4ARPA 3SB5A 1L72A 1C64A 1LWGA 1L82A 1L43A 155LA 3DN3A 4ZPUA 1L97A 1DYCA 1KW5A 1L51A 258LA 4W55A 1L66A 181LA 1QT6A 2HULA 3HU9A 222LA 1CU6A 255LA 1C60A 1L27A 3C8SA 3HT6A 150LA 4I7LA 1L68A 243LA 2Q9EA 1D2YA 5I14A 187LA 1LYEA 129LA 1C67A 148LE 125LA 1C6QA 1PQJA 2B7XA 1CVKA 1L22A 1C6AA 1L05A 1L19A 1QTVA 206LA 1C63A 1L46A 1LI6A 249LA 3DMZA 1G07A 3QAKA 1LYIA 2OU0X 1L94A 260LA 238LA 1L0JA 1G0MA 3HTFA 1C61A 189LA 2OTZX 4LZMA 1D3FA 4W51A 4W59A 123LA 4I7OA 1CX7A 3LZMA 3OE8A 111LA 1L25A 107LA 1C6TA 1CUPA 3DN1A 3DKEX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
166LA 3OE6A 4AGAA 1ZURA 2MEGA 3V2WA 3CSZA 172LA 3A6CY 200LA 3JR6A 4G4BA 3TXKA 3OJPA 4LYZA 3PBLA 4NHQA 1QQYA 1AT6A 1BQLY 1JUGA 4NGYA 188LA 1LMNA 173LA 1EL1A 2BLYA 2DQJY 3A34A 4C3WA 1L52A 1LMAA 3B0KA 1GF4A 145LA 3NY8A 2RBNA 4DQ5A 4HTQA 3ATNA 195LA 1LTMA 4D9ZA 3VW7A 3OK0A 1YKXX 3KAMA 1L12A 3LHMA 1L23A 5FDJA 3TXFA 4PJ2C 4RLMA 5LYZA 1L30A 4MSTA 4WL7A 4H91A 4LYOA 4O34A 1B5YA 5KXNA 3A94A 1EQ4A 1C6BA 1NDGC 4GN4A 3RT5X 1GFRA 1IWYA 1T8AA 2YBJA 4WLTA 1L57A 1T3PA 1C6PA 1NWGA 3HH3A 130LA 1CJ8A 161LA 1WTNA 5LYMA 1OVHA 3FE0A 1BB5A 212LA 2B6XA 1L10A 1B5XA 252LA 1C65A 5HMVA 1JJ1A 4W57A 4WM6A 4G9SA 1L50A 1LZ9A 2YBNA 4ZEEA 4H9FA 1GHLA 1L06A 4BS7A 2BQDA 2DBTA 1C10A 1L16A 1LSBA 1KXWA 4R0FA 2W1MA 5LZMA 4E97A 1HHLA 3IJUA 168LA 3SBAA 1Z55A 2EQLA 175LA 234LA 1LI2A 1LOZA 139LA 1OQMA 2O4WA 2RB1X 4LDEA 4PJZA 1G0QA 3LZ2A 1GXV2 2HEDA 1LZDA 4LT3A 3C83A 1B7MA 2HEAA 251LA 5I4XA 4LZTA 2HEEA 4RLNA 1KY0A 2MEBA 3WXTA 5KXOA 1L07A 3P64A 126LA 186LA 4NHIA 1PS5A 2YSSC 1ZV5L 5KXLA 1NKHA 3W6DA 1L24A 2BQGA 4E3UA 215LA 1GF8A 2HUKA 3C80A 2OEAX 132LA 156LA 1LPYA 3HH4A 4NHPA 2XBSA 4UWUA 1L14A 1L92A 1VATA 1ZVHL 1REXA 1L56A 6LYZA 4B4IA 1L39A 4M4OA 247LA 1UIAA 1KXYA 1L41A 4ARQA 1LGWA 4EKRA 1BB3A 1HELA 3B0IA 2N5ZA 2FYCA 2MECA 118LA 113LA 3UONA 4IATA 4Z98A 1YAQA 2EPEA 1UIFA 4YM8A 1LZAA 3W6BA 119LA 1DYAA 3CDQA 1L0KA 1UIBA 1L95A 3W6CA 1LZBA 214LA 3WW5A 3T6UA 4I7KA 1XFPL 3HT9A 2MEHA 6LZMA 1L09A 1IVMA 5KXTA 1LMCA 1IP7A 3ULRA 3A3QA 3K3TA 1IP6A 1C7PA 2G4QA 1CJ6A 2PC2A 1NBYC 1IWTA 1CU2A 1J1OY 146LA 1YL1X 1JKDA 2YBLA 3HUQA 1HFZA 1XGRC 3HBEX 1UCOA 1GFGA 2OE7X 1XJTA 4OWEA 1BB4A 4DD9A 1QUHA 3RZEA 3W6AA 1QTBA 102LA 1T8GA 1L04A 1LZGA 1NF5A 1QT3A 3RUNA 1J1XY 4CJ2A 5LA5A 4WLXA 1L59A 5HQ1A 1BHZA 2D91A 3C82A 1L35A 4AXTA 4EPFA 1RFPA 4I7RA 3T36A 3SP3A 1D6PA 2B6YA 1JKAA 4WLDA 4EKPA 1BVKC 4B49A 209LA 1NHEA 5C6JA 1LSDA 1KXXA 4H1PA 1DYEA 2LYZA 3FI5A 2YVBA 4N8ZA 4ZIXA 2FYDA 1LI3A 2D4IA 1F10A 3QY4A 4LYBA 5F9UA 5I4YA 112LA 245LA 2DQGY 4H94A 4H9IA 244LA 1B7PA 1LJJA 4HTNA 3CT5A 2B5ZA 3D9AC 3AGHA 167LA 1AKIA 4OWAA 1IR8A 4NGLA 1E8LA 1P5CA 4UWNA 1L43A 3WVYA 5D5CA 1DYCA 1GFKA 2Q0MX 1L66A 1LMPA 1QT6A 222LA 1C60A 1HMKA 1L68A 1D2YA 1JSEA 4QGZA 3TXJA 1C6QA 1PQJA 4DD3A 3CT0A 5L9JA 5LIOA 1GFTA 1C6AA 4NHTA 4BAFA 249LA 3DMZA 3QAKA 1LYIA 2OU0X 2F30A 1L94A 260LA 3CT1A 1C43A 1WTMA 1C61A 1GD6A 4I7OA 4BADA 4G4CA 1L25A 4WO9A 3FI7A 9LYZA 3DN1A 3DKEX 4TSCA 5I4WA 1P3NA 3EO5A 3HDEA 1C6FA 1B7RA 4NWEA 1GE4A 3E3DA 3AZ4A 183LA 2A7FA 1XGTC 4EXMA 1LHLA 1CV1A 2BLXA 3RNXA 4HJZA 1JSFA 1GB0A 3A91A 1BB6A 1C6LA 1YILA 143LA 4HPEA 1L93A 1HC0A 4QDNA 1QSQA 1LJIA 5LINA 1OUAA 1G7LC 1JKBA 1C6HA 5B06A 1LZEA 1LZNA 1LAAA 1WVVA 3ZEKA 1HEMA 4PGJB 2NTGA 1LSGA 3B0OA 2Y8PA 171LA 2Z18A 1EPYA 5C6IA 1CKCA 4HV2A 2BQOA 1UUZC 2XBRA 1CX6A 2LZMA 1T6HA 3DMVA 1B5VA 4ZFPA 1WTHA 1L67A 2RAZX 177LA 1JEFA 1LYDA 3HWLA 4NSHA 5HLLA 2B75A 1B5UA 2XQOA 1CUQA 1EQ5A 3NY9A 1RE2A 1C46A 4YXAC 4I7NA 1IY3A 4GCBA 1IY4A 1P36A 5D5FA 2BQEA 133LA 1P7SA 5APFA 3G3WA 2Z2FA 1L02A 1JTPL 1JPOA 1GF0A 3FA0A 131LA 1GEZA 5LYTA 3OE9A 1B0DA 199LA 3LYZA 1BB7A 2Z12A 1B6IA 3C81A 2O7AA 4GLVA 1TCYA 230LA 2BQBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 166L A;  3OE6 A;  4AGA A;  1ZUR A;  2MEG A;  3V2W A;  3CSZ A;  172L A;  3A6C Y;  200L A;  3JR6 A;  4G4B A;  3TXK A;  3OJP A;  4LYZ A;  3PBL A;  4NHQ A;  1QQY A;  1AT6 A;  1BQL Y;  1JUG A;  4NGY A;  188L A;  1LMN A;  173L A;  1EL1 A;  2BLY A;  2DQJ Y;  3A34 A;  4C3W A;  1L52 A;  1LMA A;  3B0K A;  1GF4 A;  145L A;  3NY8 A;  2RBN A;  4DQ5 A;  4HTQ A;  3ATN A;  195L A;  1LTM A;  4D9Z A;  3VW7 A;  3OK0 A;  1YKX X;  3KAM A;  1L12 A;  3LHM A;  1L23 A;  5FDJ A;  3TXF A;  4PJ2 C;  4RLM A;  5LYZ A;  1L30 A;  4MST A;  4WL7 A;  4H91 A;  4LYO A;  4O34 A;  1B5Y A;  5KXN A;  3A94 A;  1EQ4 A;  1C6B A;  1NDG C;  4GN4 A;  3RT5 X;  1GFR A;  1IWY A;  1T8A A;  2YBJ A;  4WLT A;  1L57 A;  1T3P A;  1C6P A;  1NWG A;  3HH3 A;  130L A;  1CJ8 A;  161L A;  1WTN A;  5LYM A;  1OVH A;  3FE0 A;  1BB5 A;  212L A;  2B6X A;  1L10 A;  1B5X A;  252L A;  1C65 A;  5HMV A;  1JJ1 A;  4W57 A;  4WM6 A;  4G9S A;  1L50 A;  1LZ9 A;  2YBN A;  4ZEE A;  4H9F A;  1GHL A;  1L06 A;  4BS7 A;  2BQD A;  2DBT A;  1C10 A;  1L16 A;  1LSB A;  1KXW A; 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