1P2LA

T4 lysozyme core repacking mutant v87i/ta
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPIYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Repacking the Core of T4 lysozyme by automated design
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords LYSOZYME
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p2lA00
3OE9A 1C6NA 169LA 1L47A 4PJZA 4DAJA 168LA 1L35A 1QUOA 1P56A 4LZMA 2B6WA 1C63A 189LA 1L83A 167LA 1L68A 205LA 3C7ZA 1KY0A 4EKRA 1OWZA 229LA 224LA 1LI2A 236LA 2ANVA 4LDEA 1SSYA 1L00A 2OEAX 1L69A 139LA 1KY1A 2NTGA 4I7KA 109LA 4W57A 146LA 2OTZX 2RB0X 1L62A 3HDEA 173LA 1LYJA 3DN6A 1L90A 3PBLA 1L76A 213LA 1L58A 1D3JA 1L82A 1L50A 3NY9A 222LA 4EPFA 2OU9A 148LE 123LA 218LA 3L2XA 3HU9A 3HUAA 3NY8A 258LA 1L98A 102LA 1P7SA 166LA 1L24A 206LA 113LA 1NHBA 1P36A 255LA 164LA 3V2YA 159LA 3NYAA 3GUPA 1L27A 3OE6A 2F32A 2RB1X 1L85A 1L29A 126LA 152LA 1LYDA 174LA 185LA 3HDFA 1CU3A 196LA 1C68A 125LA 1L02A 1L66A 3CDTA 3PDSA 1L26A 3V2WA 145LA 1L87A 2RBQA 1ZWNA 141LA 1CUQA 1L96A 1CV3A 2Q9DA 3DN1A 5I14A 1L86A 4GRVA 1L81A 239LA 1G0MA 1QT8A 4I7JA 130LA 3GUOA 1L05A 158LA 1CV5A 1L89A 1CU6A 118LA 129LA 4W52A 4OO9A 4DJHA 1L99A 171LA 4K5YA 3ODUA 251LA 1C66A 1L73A 1L38A 1L93A 1OV5A 260LA 1CU0A 1OWYA 250LA 1OVHA 140LA 1SSWA 3GUJA 2CUUA 2OE9X 1D2YA 1LYHA 1QTHA 1L77A 4I7TA 1QT6A 1OYUA 262LA 4LDOA 3DN2A 4ARMA 1L95A 4EKQA 2B6YA 3HTFA 103LA 155LA 137LA 245LA 3HU8A 1L63A 1G0JA 2B72A 4EKPA 1C6CA 1C6TA 1LGXA 4EKSA 127LA 3C80A 3GUMA 1KW5A 2F47A 4W59A 4EPIA 144LA 1JTNA 4YX7C 1L32A 3RUNA 1WTHA 2HUKA 1L19A 4EJ4A 1C62A 1LYGA 1L09A 1L14A 226LA 3CDOA 3DMZA 1DYFA 2QB0B 4I7QA 230LA 252LA 1L52A 181LA 1L80A 256LA 1QUHA 3SB6A 1L79A 3GUNA 1L13A 2ANXA 3DNAA 1D2WA 4S0WA 1LI3A 237LA 1DYAA 220LA 180LA 1PQMA 151LA 165LA 4ARPA 1CX7A 1T6HA 2LCBA 235LA 2A4TA 1PQKA 4DKLA 1L16A 1QTDA 1L53A 1QTVA 187LA 1T8FA 175LA 1L21A 3SBAA 170LA 114LA 3LZMA 178LA 4LDLA 4I7PA 1C60A 3C8RA 3FA0A 1L57A 1KNIA 1QTBA 3EMLA 1G06A 4ZPUA 2OE4X 2O79A 1C6KA 219LA 1L44A 4I7MA 3QAKA 1LYFA 210LA 2OU8A 3HTBA 3C81A 1CX6A 1QTZA 1LGWA 1L0JA 3JR6A 1QSQA 3HTGA 6LZMA 1L03A 1LPYA 238LA 1CV6A 2B74A 1P37A 217LA 5LZMA 3SB9A 1D3FA 1PQOA 4IAPA 1L41A 3F9LA 1LLHA 1T8GA 2IGCA 3HTDA 1LWKA 3HUQA 3HT6A 3SB7A 3HH5A 1L88A 1L42A 3SB8A 2RB2X 1L12A 197LA 2F2QA 1CUPA 1CV0A 2B6ZA 1L36A 1L97A 2OE7X 3HT8A 3CDRA 2B70A 191LA 161LA 1T8AA 1CV1A 261LA 4W55A 3C8QA 1G0PA 1C65A 1L92A 215LA 3C82A 2Q9EA 225LA 2Z6BA 223LA 1D3MA 1G07A 1T97A 131LA 2HULA 184LA 1L25A 3D4SA 3FI5A 2HUMA 3HT9A 241LA 1G0GA 147LA 199LA 1L04A 1KW7A 1L72A 4AQNA 1C69A 221LA 1JQUA 2RAZX 3DMXA 3G3XA 3RZEA 1L75A 1CTWA 227LA 2O4WA 149LA 1QS5A 249LA 192LA 214LA 1L23A 2LC9A 1P6YA 1L56A 3F8VA 4GBRB 1JTMA 1XEPA 1G1WA 4W53A 3L64A 1C6AA 119LA 188LA 157LA 1EPYA 1G1VA 1LWGA 3CDQA 1SWZA 1I6SA 2QARC 1L71A 1C6LA 1C67A 1L31A 1L07A 4W56A 3HH6A 3G3WA 183LA 172LA 228LA 104LA 4ARMB 1L30A 212LA 1XJUA 1L0KA 1P3NA 201LA 1LW9A 1L60A 1OVJA 1K28A 1C6GA 2B6TA 1QT7A 1SWYA 160LA 2RBPA 186LA 4I7LA 3DMVA 1DYGA 1QT5A 3UONA 1OV7A 209LA 1L34A 143LA 4I7OA 1L18A 2RAYX 108LA 1L84A 231LA 138LA 111LA 246LA 3SN6R 1L74A 1D9WA 1C6BA 1L28A 234LA 1C64A 1C6QA 216LA 7LZMA 1G0KA 1L67A 2O7AA 3GUKA 150LA 1LGUA 112LA 1C6PA 253LA 1ZYTA 3DKEX 1CVKA 1L64A 156LA 1B6IA 1L11A 1L08A 2L78A 1L46A 4I7SA 1L06A 4W51A 1L33A 1L91A 2RH1A 3GULA 232LA 1L37A 1L49A 259LA 3VW7A 1QTCA 2OTYX 1C6JA 1DYBA 182LA 1LI6A 4YXCA 1G0LA 1L54A 3C7YA 1LYIA 2RBOA 3C8SA 1PQJA 3DN3A 2RBNA 1SX7A 3FADA 115LA 1L43A 3HWLA 211LA 3DN8A 3HT7A 3SBBC 243LA 1L55A 1P64A 2B75A 1QS9A 1TLAA 110LA 162LA 3OE0A 1P46A 1LYEA 2LZMA 4E97A 248LA 3CDVA 2OU0X 1SX2A 1P2LA 1XJTA 4W58A 4YXAC 2RBSA 198LA 1L20A 1P2RA 1QUDA 1L39A 4I7RA 3HH4A 3K2RA 4ARQA 1DYCA 1L17A 4I7NA 4ARLA 3C83A 244LA 3C7WA 242LA 233LA 2B73A 4PK0A 1C6DA 3HUKA 1L10A 1KS3A 1L40A 128LA 1PQIA 1DYEA 1P5CA 1C6FA 1L45A 1L48A 142LA 163LA 1C6MA 177LA 3SB5A 1CU5A 1L22A 4ARQB 195LA 122LA 1L51A 257LA 4EXMA 120LA 1ZURA 247LA 176LA 1L15A 1QSBA 1C6IA 2NTHA 2B7XA 1OVKA 1L70A 1QUGA 1L65A 3DN0A 240LA 3GUIA 1DYDA 3G3VA 1QT3A 1L59A 4W54A 1L01A 2B6XA 254LA 190LA 1CV4A 1L61A 1PQDA 1C6EA 1QT4A 1C61A 4ARJA 3HH3A 3DN4A 200LA 1G0QA 3OE8A 1C6HA 1D3NA 1L94A 107LA 2RBRA 1CU2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XJIA 168LA 1FKQA 1OUBA 1P56A 1UIGA 5HMJA 3D3DA 1AZFA 5LAGA 1JJ0A 189LA 3HBDA 167LA 1LZDA 1YKYX 4XYYA 1QTKA 2LYZA 1F10A 1HEWA 236LA 2ANVA 3P66A 4NSIA 1L00A 1GB3A 1IC7Y 1XEIA 3B0OA 9LYZA 2FBBA 1QDRA 1KY1A 1TEWA 1IP3A 4O34A 4I7KA 1CKCA 1JKAA 173LA 4OWHA 1GBOA 1L58A 222LA 4EPFA 7LYZA 148LE 123LA 258LA 1B0DA 5DM9A 166LA 3OJPA 5LVJA 1JEFA 113LA 1KIPC 1DZBX 4H9IA 1GF0A 4OOTA 1AM7A 2RB1X 1O23A 126LA 3P4ZA 3HDFA 1YIKA 1L66A 3CDTA 3QNGA 1L26A 3V2WA 145LA 2PC2A 4TX7A 1L87A 1CV3A 4HV2A 4GRVA 1G0MA 1QT8A 2G4PA 3GUOA 4GCBA 4YENA 4DC4A 3ODUA 3CT0A 1C66A 1L93A 4ETAA 260LA 4YF2A 1KXYA 1CKGA 1YAOA 5E4PA 1IY3A 2XQOA 2I25L 1QT6A 4DD1A 5KXSA 4WLTA 3A3RX 3DN2A 3T36A 5HNLA 4DQJA 5M1YA 4XJDA 2F2NA 103LA 1VDTA 137LA 3A6BY 5APDA 1L63A 1DQJC 1JISA 1KW5A 1NMMA 144LA 1IR9A 2MEDA 3RUNA 2HTXA 4DQ5A 4PPOA 1GB2A 4II8A 5LVIA 4EJ4A 1JUGA 2FYDA 2A7DA 1L14A 226LA 3J4GA 230LA 4DDAA 5JENB 181LA 3SB6A 1OUIA 1L13A 1WTMA 1KXWA 180LA 1WQOA 1YKZX 1DPXA 1GHLA 2LCBA 1VDPA 2WARA 5FELA 4DDCA 1DI5A 1T8FA 1L21A 1SLYA 3SBAA 1NWGA 3LZMA 178LA 1OUEA 4LDLA 4I7PA 4NSJA 5L9JA 1QTBA 3EMLA 1G06A 1GDXA 1JSFA 2OE4X 4H92A 1IORA 2D4JA 4BADA 219LA 1RJCB 210LA 1IC5Y 1AKIA 3WH1A 3OK0A 4CJ2A 1LHJA 1LGWA 1LJEA 4G4BA 1QSQA 1L03A 1BWHA 3BKHA 1LPYA 238LA 3W3EA 2B74A 3RNXA 5LZMA 1D3FA 3BKVA 2FYCA 1LLHA 4AXTA 1LWKA 3HH5A 1DXJA 197LA 4Z41A 1CV0A 2B6ZA 3EXDA 3EO5A 3RZ4A 3CDRA 4DT3A 1LMAA 1TAYA 1LZTA 1XGTC 1F6RA 4OWCA 1C65A 2D91A 3N9CA 1OUHA 1YROA 3HBEX 2LZTA 2Z38A 1YL0X 1C08C 184LA 3D4SA 1LCNA 1EQ4A 2HEFA 1G0GA 147LA 1L72A 4AQNA 4EOFA 1C69A 4H9FA 5I4WA 3DMXA 3RZEA 3LYZA 1QS5A 249LA 1IEEA 4ET8A 3RT5X 2CWIA 3F8VA 1LZRA 2BQIA 3TXIA 2BQNA 1JTMA 1IR8A 6LYZA 4W53A 2YBMA 3GXKA 1G1VA 1SWZA 1OUAA 2QARC 1L71A 1HEPA 1L31A 1L07A 3HH6A 2BQFA 3TXJA 2DQJY 3WVYA 228LA 1IWVA 4U3XB 4ARMB 3AZ6A 1XJUA 4KXIA 201LA 1L60A 1OVJA 1K28A 2MEHA 186LA 3UONA 1OV7A 3HBHA 1LSFA 138LA 1G7JC 1GFKA 1IWWA 1GFEA 1GF4A 4LGKA 1GB6A 234LA 4GN3A 5FEKA 216LA 1L67A 1XGQC 4GLAA 1LGUA 112LA 4WM3A 253LA 2YBLA 5LAFA 4L41A 3A91A 1L11A 3ATOA 4I7SA 3TXBA 1JJ3A 1CJ8A 1L33A 3GULA 2XTHA 2F30A 1JTOL 259LA 3VW7A 1LJJA 2YDGA 4QDNA 1DYBA 1YILA 4YXCA 4R6CA 3C7YA 5KXRA 1PQJA 4DD9A 4Z3MA 1VAUA 2RBNA 5B07A 1SX7A 3F6ZA 4XJBA 1L43A 3WVXA 3AYQA 243LA 1GB0A 1L55A 4LFPA 6LYTA 1GE4A 1HENA 1P46A 2LZMA 248LA 3CDVA 1B7MA 208LA 3QE8A 135LA 4YXAC 1REZA 4N8ZA 1QUDA 3K2RA 1L17A 4I8SA 3AW6A 3WW5A 4DWXA 2BQHA 3ZEKA 1B5VA 1DI4A 4W96A 2D4IA 4PK0A 1LMTA 1L10A 128LA 1DYEA 1P5CA 1L45A 5E9RA 4YEOA 5LA5A 5LIOA 177LA 5FHWA 2HU1A 1CU5A 4BAPA 1HFXA 1L22A 3ZVQA 1I1ZA 3B72A 1L51A 1J1XY 120LA 3CSRA 4NHTA 2DQCY 176LA 1YAPA 4KL7A 1QSBA 2NTHA 4XENA 2B7XA 4A7DA 5FCPA 1UIAA 1D6QA 1DYDA 3G3VA 1QT3A 4W54A 4B4IA 254LA 1GBYA 1LZ1A 1PQDA 4ARJA 1N4FA 3DN4A 3ZVQB 1G0QA 1C6HA 1L94A 4H9AA 107LA 2RBRA 4XJGA 1CU2A 4PRUA 1OQMA 1L47A 4PJZA 1L35A 4OWAA 2ZYCA 2B6WA 1GD6A 1HEMA 1L83A 3VWOA 3C7ZA 1KY0A 1EQ5A 2D4KA 1OWZA 4H94A 1LSYA 224LA 1GE0A 4WLDA 3TXKA 1KIQC 1LYSA 1RI8B 3W6DA 1XFPL 4BS7A 1LKRA 146LA 1GB8A 1GBZA 2OTZX 4ML7A 213LA 1GEVA 1FLQA 1PZYA 3NY9A 3HUAA 1CJ9A 4H8YA 102LA 1P7SA 4MSTA 1P36A 1LJFA 1BB4A 164LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4XJI A;  168L A;  1FKQ A;  1OUB A;  1P56 A;  1UIG A;  5HMJ A;  3D3D A;  1AZF A;  5LAG A;  1JJ0 A;  189L A;  3HBD A;  167L A;  1LZD A;  1YKY X;  4XYY A;  1QTK A;  2LYZ A;  1F10 A;  1HEW A;  236L A;  2ANV A;  3P66 A;  4NSI A;  1L00 A;  1GB3 A;  1IC7 Y;  1XEI A;  3B0O A;  9LYZ A;  2FBB A;  1QDR A;  1KY1 A;  1TEW A;  1IP3 A;  4O34 A;  4I7K A;  1CKC A;  1JKA A;  173L A;  4OWH A;  1GBO A;  1L58 A;  222L A;  4EPF A;  7LYZ A;  148L E;  123L A;  258L A;  1B0D A;  5DM9 A;  166L A;  3OJP A;  5LVJ A;  1JEF A;  113L A;  1KIP C;  1DZB X;  4H9I A;  1GF0 A;  4OOT A;  1AM7 A;  2RB1 X;  1O23 A;  126L A;  3P4Z A;  3HDF A;  1YIK A;  1L66 A;  3CDT A;  3QNG A;  1L26 A;  3V2W A;  145L A;  2PC2 A;  4TX7 A;  1L87 A;  1CV3 A;  4HV2 A;  4GRV A;  1G0M A;  1QT8 A;  2G4P A;  3GUO A;  4GCB A;  4YEN A;  4DC4 A;  3ODU A;  3CT0 A;  1C66 A;  1L93 A;  4ETA A;  260L A;  4YF2 A;  1KXY A;  1CKG A;  1YAO A;  5E4P A;  1IY3 A;  2XQO A;  2I25 L;  1QT6 A;  4DD1 A;  5KXS A;  4WLT A;  3A3R X;  3DN2 A;  3T36 A;  5HNL A;  4DQJ A;  5M1Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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