1P2RA

T4 lysozyme core repacking mutant i78v/ta
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGVLRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Repacking the Core of T4 lysozyme by automated design
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p2rA00
2RBRA 126LA 2RBQA 3DKEX 3GUIA 1L52A 164LA 4ARJA 1ZURA 2OU9A 1PQMA 7LZMA 1L42A 1CU2A 200LA 1CX6A 4DJHA 1SX2A 221LA 1L99A 1L88A 1D2YA 3HT8A 129LA 1L67A 1C68A 4I7QA 240LA 119LA 3OE6A 1L02A 224LA 3GUNA 1C6TA 1KNIA 1L49A 3SN6R 220LA 1L60A 180LA 1XEPA 3C7YA 1KY0A 1B6IA 1L58A 233LA 1L11A 1JTNA 5I14A 147LA 2F2QA 192LA 1L43A 3V2YA 4YX7C 1L54A 1CU0A 1L22A 2RBOA 1KW5A 1DYEA 1WTHA 107LA 1QUGA 128LA 2B74A 1QT3A 3PDSA 2RAYX 142LA 2B73A 103LA 1NHBA 1DYDA 125LA 4W56A 1L50A 230LA 1CUQA 3CDOA 245LA 2HULA 2B6TA 1C65A 257LA 1ZWNA 1OVJA 1L81A 1L82A 3C82A 3HUQA 1L01A 3K2RA 260LA 1TLAA 3HDFA 151LA 4I7KA 1C6PA 1LYGA 172LA 4EJ4A 1C6QA 1D3MA 2NTHA 1L44A 4DAJA 1G1WA 3CDRA 156LA 2Q9EA 4IAPA 155LA 1C66A 1DYGA 1L07A 1L72A 1P36A 228LA 2OEAX 1L53A 3HT9A 3LZMA 6LZMA 4I7RA 3EMLA 3DN0A 169LA 2LCBA 109LA 141LA 4PK0A 209LA 1LI2A 1QTDA 252LA 143LA 139LA 1L66A 2RBPA 157LA 3DN2A 1LYFA 1SWYA 4W52A 2OTYX 1L64A 1QT6A 3HWLA 1L12A 255LA 1L86A 2B72A 1C6AA 1OWYA 1LGUA 1SX7A 1L38A 3HTFA 2OU0X 1L80A 1L13A 1G0QA 1C6IA 1L69A 1L06A 1KY1A 223LA 1PQDA 1JQUA 148LE 2LC9A 237LA 1T8AA 258LA 1L62A 122LA 1L57A 1L37A 201LA 2A4TA 1LLHA 1D2WA 1C69A 250LA 4ARMB 3SB9A 249LA 239LA 178LA 1L91A 1P2LA 1L85A 186LA 3OE8A 1P6YA 3RZEA 4ARQA 1K28A 1LW9A 259LA 2B7XA 1L98A 3QAKA 130LA 1L36A 3GUJA 1ZYTA 161LA 1QT4A 140LA 1CTWA 138LA 3D4SA 241LA 3DMXA 3HDEA 145LA 1KS3A 225LA 2QB0B 1L30A 2RH1A 3SB8A 2QARC 4LZMA 1L26A 1L20A 4LDEA 4OO9A 1PQOA 2O7AA 2RB2X 3CDTA 3CDVA 4I7LA 1L76A 1L09A 234LA 3FADA 1L34A 1CV1A 1DYFA 1LGXA 1L61A 1C63A 1I6SA 191LA 3HTBA 1G0GA 1L33A 1L0KA 2B70A 232LA 1G0JA 213LA 1D3FA 1L25A 4W57A 3C8RA 1P7SA 1C6LA 1P5CA 175LA 3DN8A 118LA 183LA 159LA 1QTZA 3FA0A 1L03A 162LA 1G0PA 1L73A 3C80A 4ARMA 5LZMA 1L48A 184LA 1L83A 3HH3A 1CV4A 1C6GA 1QT7A 1L15A 1C67A 1L23A 1G0KA 3PBLA 1L16A 4PJZA 1L70A 1L96A 1D3JA 210LA 3FI5A 244LA 253LA 3NY9A 1OV7A 1C6NA 246LA 205LA 3NYAA 2O79A 3C83A 1L08A 1L17A 1DYAA 215LA 1C6BA 3GUKA 4I7MA 2RB1X 2B75A 1T97A 251LA 2IGCA 114LA 181LA 1CU6A 1DYBA 173LA 1L90A 1L92A 123LA 144LA 3HTDA 3HUAA 3HH4A 1P64A 137LA 216LA 196LA 1G0LA 1L75A 4EKRA 1P2RA 1QT5A 4K5YA 227LA 1XJUA 3F9LA 3DMVA 120LA 2B6WA 1XJTA 174LA 158LA 4EKPA 2Q9DA 1D3NA 1LWGA 4I7NA 3C8QA 3GUOA 4YXCA 3CDQA 1L45A 1CUPA 4W59A 1QS9A 1QTVA 1L71A 2OE4X 3DN6A 3C8SA 4EKQA 1L31A 1L97A 149LA 1L51A 1C6FA 1L79A 1T6HA 1T8GA 1G07A 1L00A 3RUNA 4EPFA 4I7SA 112LA 1QTCA 1L68A 1L04A 1L29A 1SSWA 1L84A 4E97A 4EXMA 1L55A 1LYEA 195LA 1C62A 1C6DA 3VW7A 214LA 219LA 3HTGA 3G3WA 4ZPUA 1L39A 226LA 231LA 1OVHA 3HUKA 1L56A 3G3VA 3OE0A 235LA 1CV0A 3DN3A 2B6ZA 2RAZX 102LA 4W53A 1L35A 4S0WA 1LPYA 4I7PA 1C6JA 1L46A 1QTBA 3SB7A 197LA 1PQIA 1QUHA 1LYHA 4LDOA 1L77A 1L0JA 1OYUA 1L94A 3SBAA 1P46A 1L41A 165LA 189LA 190LA 261LA 1QT8A 4W55A 1G06A 1DYCA 3DN4A 113LA 254LA 1G1VA 182LA 1L95A 1CX7A 2F32A 3ODUA 1L05A 2OTZX 1OVKA 1L10A 4I7JA 1OV5A 3HT6A 1CV5A 1T8FA 1SWZA 115LA 1C6MA 1L87A 243LA 1JTMA 1C6KA 1L18A 4ARPA 1L93A 2L78A 3SB6A 1LWKA 218LA 1CV3A 4EKSA 222LA 262LA 1L47A 3C7ZA 1C6EA 1PQJA 131LA 3C81A 4I7TA 1LYJA 1LI6A 3F8VA 2O4WA 2HUMA 1KW7A 4YXAC 1L40A 1QS5A 150LA 3DMZA 2RB0X 177LA 1CU5A 1CV6A 2RBSA 163LA 3UONA 3HH5A 111LA 167LA 166LA 1C64A 3SBBC 3HH6A 1L28A 2LZMA 4DKLA 1P37A 2OU8A 171LA 3DNAA 3OE9A 1C6HA 1C60A 3C7WA 2OE9X 168LA 1L89A 3HU8A 4GRVA 4W51A 4EPIA 127LA 185LA 1QUDA 4ARQB 247LA 2NTGA 170LA 1LYDA 152LA 212LA 3L2XA 1L14A 1L63A 2F47A 198LA 2ANVA 4W54A 1QSBA 3G3XA 3DN1A 1L65A 1P3NA 1QSQA 1P56A 248LA 3NY8A 229LA 3GUMA 1QUOA 1L24A 160LA 1L32A 1QTHA 146LA 2HUKA 3SB5A 4GBRB 1L19A 1PQKA 108LA 3JR6A 3HT7A 206LA 176LA 3HU9A 199LA 1L27A 1LYIA 1C61A 2OE7X 3L64A 1L59A 238LA 2ANXA 236LA 2B6YA 3GULA 1G0MA 104LA 4ARLA 2B6XA 256LA 187LA 2Z6BA 4W58A 3GUPA 217LA 4LDLA 211LA 1LI3A 3V2WA 2RBNA 4I7OA 1D9WA 110LA 1C6CA 1CU3A 1LGWA 1SSYA 4AQNA 1L74A 242LA 1EPYA 1OWZA 1L21A 1CVKA 188LA 2CUUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IOQA 3DKEX 3GUIA 4GN3A 4NSJA 4ARJA 2OU9A 1PQMA 2XQOA 1CU2A 3HFMY 4LT0A 1GFJA 1ZV5L 2Z2FA 3QNGA 3P68A 3HT8A 2NWDX 1L67A 5L9JA 3W6FA 1LJJA 3GUNA 1C6TA 1A2YC 220LA 1L60A 1XEPA 4AXTA 2D91A 3C7YA 5EBHA 2XBSA 5KXWA 1B6IA 1WQRA 233LA 1L11A 1JTNA 3AZ5A 1OUJA 9LYZA 5IELA 3M3UA 107LA 1LZCA 2RAYX 1LJIA 1H87A 3CDOA 2HULA 2B6TA 4WG1A 3ZVQB 4CFPA 2YBHA 3GXKA 1L01A 1WTNA 5DN4A 1TLAA 4J1BA 1FDLY 151LA 1I56A 3A67Y 1FBIX 1D3MA 1B7QA 1L44A 1BB6A 1RCMA 4DAJA 1GB8A 2ZQ4A 1GFEA 1L72A 1P36A 1UA6Y 3W3EA 3P65A 4I0CA 4NGZA 1UIDA 2LCBA 1QTDA 2HTXA 1LZ1A 1LZAA 3B0IA 2RBPA 1LZBA 157LA 3K3TA 4WM2A 4W52A 1V7TA 1L64A 4QGZA 1C6AA 1LGUA 2AUBA 3CSRA 4WM3A 4HTQA 3P4ZA 148LE 1LJGA 3ZVQA 1T8AA 1I20A 5F16A 1BWIA 5ILCA 2FYCA 239LA 1IR9A 2BAAA 186LA 1GBOA 4WLYA 1NF5A 3GXRA 4NIJA 4DDCA 1P2CC 3QAKA 2B7XA 1G7LC 1LHIA 1QT4A 1F6SA 2Z18A 1F0WA 145LA 1XEJA 1LSEA 2RH1A 1XGQC 4LDEA 2ZQ3A 3TXGA 1KXXA 5IDDA 4IATA 1LHKA 4I7LA 1WTMA 3FADA 3A94A 1LGXA 2MECA 3M18B 3W6DA 2B70A 1L25A 1BB3A 4W57A 3C8RA 4XN6A 4AGAA 1C6LA 2BQEA 1MELL 2H5ZA 7LYZA 1G0PA 1HF4A 4LYBA 5E9RA 1L48A 3AZ4A 1GF5A 3WU7A 4HJZA 4PPOA 1L23A 1BVKC 1WQQA 5HNLA 4B1AA 3CSZA 3A93A 1LSMA 1C6NA 5C6IA 1OUGA 4PJ2C 4Z98A 1B5WA 4WLTA 4DT3A 1UCOA 1GB2A 1J1PY 1C45A 1C6BA 3GUKA 4TX7A 4WG7A 1B7SA 1IY3A 2RB1X 5IHGA 2IGCA 114LA 181LA 1V7SA 4KPMA 1B5XA 1GB5A 3HH4A 1B5ZA 1VATA 1IWTA 216LA 196LA 4X3BA 1SQ2L 2Z37A 1IOCA 4OWAA 4UWNA 3F9LA 5AMYA 1KIRC 5II3A 4EOFA 1LZGA 2OE4X 1QIOA 1JTPL 1C6FA 1T8GA 4BAPA 5LXWA 3ATNA 4I7SA 112LA 1QTCA 1GF9A 1L29A 4EXMA 1L55A 1LYEA 4Z46A 1C6DA 1LHMA 1QUSA 2BQLA 2BQHA 2WARA 4QDNA 4ZPUA 1N4FA 231LA 3TXIA 4G4HA 1RI8B 1L56A 5KXPA 3G3VA 3RNXA 4H91A 3A34A 1WQOA 5KXKA 4S0WA 1LPYA 5HMVA 197LA 1LZSA 1LYHA 2HUBA 1GB3A 1L0JA 1OYUA 4ET8A 1P46A 133LA 1FLUA 1GE4A 1G06A 4LYMA 5LVIA 5HNCA 4NHIA 1GBSA 1GDXA 3RT5X 2F32A 2DQDY 1L05A 1GF7A 1OVKA 1LAAA 4I7JA 3B72A 3HT6A 4NGOA 1G7MC 1NDGC 1GD6A 4WLXA 4LYTA 5KXYA 4H9EA 243LA 4OOTA 1JTMA 2L78A 3WVYA 1JTOL 2LZ2A 4LT2A 4B49A 1LI6A 1XEKA 1QS5A 3DMZA 177LA 4HSFA 2BQCA 1CV6A 2RBSA 3UONA 3CT0A 5LINA 4N0JA 111LA 167LA 166LA 2C8OA 1B7NA 3SBBC 3HH6A 1L28A 1Z55A 3RW8A 1QDRA 1LJHA 2DQGY 1VAUA 3C7WA 2OE9X 4H8YA 1XGUC 5DN5A 1QQYA 1IC5Y 185LA 3TXJA 3P64A 4HV1A 170LA 5LIOA 2F47A 198LA 1QSBA 3G3XA 3AJNA 3DN1A 5I5QA 4XJGA 4C5FA 3RZ4A 1NQIA 3WXTA 1BB7A 4NG8A 1L24A 160LA 153LA 2MEDA 4GBRB 1KIPC 1E8LA 3JR6A 1HENA 2YBIA 4MCKA 1LYIA 2OE7X 3L64A 1B2KA 1CKCA 3AGIA 4WO9A 3GULA 5I4XA 1CKHA 2EQLA 2DQHY 3WPLA 5B06A 1ZMYL 4HTNA 4G9SA 1J1XY 1OUBA 3A95A 4XENA 110LA 4YENA 1C6CA 1W08A 4NGVA 5JENB 1LGWA 3WXUA 3EXDA 242LA 2ZYCA 1JHLA 1L21A 2I25L 235LA 2RBRA 1D0MA 164LA 7LZMA 1L42A 1LSNA 2BQGA 4II8A 5M1YA 200LA 1LHJA 1L99A 2DQJY 3QY4A 1XFPL 1HEQA 4ETCA 4RDSA 2LZTA 1C43A 1OUFA 1UIAA 1UACY 4I7QA 240LA 1HELA 119LA 4CFOA 1LYOA 1LSDA 5I54A 135LA 3WPKA 1KXYA 2BQKA 1L49A 4LFPA 3SN6R 1VDSA 180LA 5KXOA 1YIKA 1L58A 5I14A 1GFRA 1BQLY 4H9IA 2F2QA 4E3UA 3V2YA 1HFXA 1KW5A 1HHLA 1DYEA 1XEIA 1GEVA 1WTHA 5I53A 4J1AA 1GFTA 3AW6A 1NHBA 3EBAB 4NHPA 4NEBA 230LA 257LA 4LT1A 1ZWNA 1OVJA 1L81A 1L82A 4W94A 3HUQA 1FN5A 4QY9A 2N5ZA 4NSHA 1EQEA 3WU9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 182L A;  1L95 A;  1CX7 A;  2F32 A;  3ODU A;  1L05 A;  2OTZ X;  1OVK A;  1L10 A;  4I7J A;  1OV5 A;  3HT6 A;  1CV5 A;  1T8F A;  1SWZ A;  115L A;  1C6M A;  1L87 A;  243L A;  1JTM A;  1C6K A;  1L18 A;  4ARP A;  1L93 A;  2L78 A;  3SB6 A;  1LWK A;  218L A;  1CV3 A;  4EKS A;  222L A;  262L A;  1L47 A;  3C7Z A;  1C6E A;  1PQJ A;  131L A;  3C81 A;  4I7T A;  1LYJ A;  1LI6 A;  3F8V A;  2O4W A;  2HUM A;  1KW7 A;  4YXA C;  1L40 A;  1QS5 A;  150L A;  3DMZ A;  2RB0 X;  177L A;  1CU5 A;  1CV6 A;  2RBS A;  163L A;  3UON A;  3HH5 A;  111L A;  167L A;  166L A;  1C64 A;  3SBB C;  3HH6 A;  1L28 A;  2LZM A;  4DKL A;  1P37 A;  2OU8 A;  171L A;  3DNA A;  3OE9 A;  1C6H A;  1C60 A;  3C7W A;  2OE9 X;  168L A;  1L89 A;  3HU8 A;  4GRV A;  4W51 A;  4EPI A;  127L A;  185L A;  1QUD A;  4ARQ B;  247L A;  2NTG A;  170L A;  1LYD A;  152L A;  212L A;  3L2X A;  1L14 A;  1L63 A;  2F47 A;  198L A;  2ANV A;  4W54 A;  1QSB A;  3G3X A;  3DN1 A;  1L65 A;  1P3N A;  1QSQ A;  1P56 A;  248L A;  3NY8 A;  229L A;  3GUM A;  1QUO A;  1L24 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IOQ A;  3DKE X;  3GUI A;  4GN3 A;  4NSJ A;  4ARJ A;  2OU9 A;  1PQM A;  2XQO A;  1CU2 A;  3HFM Y;  4LT0 A;  1GFJ A;  1ZV5 L;  2Z2F A;  3QNG A;  3P68 A;  3HT8 A;  2NWD X;  1L67 A;  5L9J A;  3W6F A;  1LJJ A;  3GUN A;  1C6T A;  1A2Y C;  220L A;  1L60 A;  1XEP A;  4AXT A;  2D91 A;  3C7Y A;  5EBH A;  2XBS A;  5KXW A;  1B6I A;  1WQR A;  233L A;  1L11 A;  1JTN A;  3AZ5 A;  1OUJ A;  9LYZ A;  5IEL A;  3M3U A;  107L A;  1LZC A;  2RAY X;  1LJI A;  1H87 A;  3CDO A;  2HUL A;  2B6T A;  4WG1 A;  3ZVQ B;  4CFP A;  2YBH A;  3GXK A;  1L01 A;  1WTN A;  5DN4 A;  1TLA A;  4J1B A;  1FDL Y;  151L A;  1I56 A;  3A67 Y;  1FBI X;  1D3M A;  1B7Q A;  1L44 A;  1BB6 A;  1RCM A;  4DAJ A;  1GB8 A;  2ZQ4 A;  1GFE A;  1L72 A;  1P36 A;  1UA6 Y;  3W3E A;  3P65 A;  4I0C A;  4NGZ A;  1UID A;  2LCB A;  1QTD A;  2HTX A;  1LZ1 A;  1LZA A;  3B0I A;  2RBP A;  1LZB A;  157L A;  3K3T A;  4WM2 A;  4W52 A;  1V7T A;  1L64 A;  4QGZ A;  1C6A A;  1LGU A;  2AUB A;  3CSR A;  4WM3 A;  4HTQ A;  3P4Z A;  148L E;  1LJG A;  3ZVQ A;  1T8A A;  1I20 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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