1P36A

T4 lyoszyme core repacking mutant i100v/ta
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALVNMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Repacking the Core of T4 lysozyme by automated design
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p36A00
3OE8A 1L67A 1L55A 1T6HA 172LA 1L39A 1QTCA 4ARQB 1L61A 3HUQA 1QTHA 103LA 109LA 1G06A 1T8FA 3HTBA 1OWYA 1L41A 1OVJA 1QT8A 1L73A 253LA 1C6QA 192LA 161LA 1L01A 4I7RA 255LA 3G3VA 258LA 164LA 1KS3A 1C60A 1L17A 1D3JA 225LA 1L20A 240LA 189LA 1L94A 1P64A 2B72A 180LA 3DN4A 3JR6A 1L46A 1CV3A 3HUAA 1L03A 152LA 1C6AA 1P2RA 3SB8A 3HH4A 214LA 246LA 1L08A 1P6YA 1LPYA 1I6SA 4I7TA 4AQNA 3HT8A 1DYFA 3G3XA 3V2YA 2LCBA 2RBOA 1L0JA 1C62A 1L45A 1L86A 1C6PA 3GUJA 5LZMA 1LGWA 1LYEA 1G0QA 3SB9A 1L53A 4ARPA 1C6GA 198LA 1C67A 4W57A 2OTYX 3CDOA 1JTMA 156LA 1L15A 1C6IA 4IAPA 2OE9X 2F32A 1CU0A 1CUPA 195LA 2B7XA 242LA 141LA 197LA 1KY0A 1C6HA 3F8VA 2B73A 1L92A 113LA 1L68A 1LYHA 3C8RA 3NY8A 128LA 2F47A 219LA 3EMLA 1T8GA 122LA 4PK0A 3HU9A 1L19A 1OYUA 1WTHA 223LA 2HUMA 4EPIA 1LYJA 232LA 3PDSA 1KW7A 231LA 3HUKA 3G3WA 1L84A 1LYFA 1L33A 245LA 1L83A 4E97A 138LA 4S0WA 1L93A 160LA 3C7WA 158LA 165LA 1CV6A 4K5YA 6LZMA 1L75A 4EKPA 2OU8A 139LA 1K28A 3F9LA 1G1VA 4EPFA 4W51A 1G07A 2CUUA 1P2LA 1P56A 119LA 3C80A 2OE7X 1PQMA 1L57A 3FA0A 1L22A 174LA 162LA 2RBRA 2QARC 3D4SA 186LA 1P36A 4EKSA 1T8AA 1KNIA 210LA 1L21A 3GUPA 2OEAX 2RBQA 3GULA 1SWZA 159LA 131LA 184LA 1TLAA 166LA 2F2QA 2LZMA 169LA 2O7AA 1SX7A 2NTHA 3UONA 112LA 1CV5A 1L36A 187LA 143LA 118LA 211LA 1L74A 1L37A 1QT3A 1L04A 1L34A 1CU6A 3CDVA 2Q9DA 130LA 218LA 3SBBC 1KW5A 4I7SA 2ANXA 2O4WA 3HDEA 1L30A 1CX6A 3SBAA 146LA 1L35A 1LI3A 1CX7A 3HT6A 1PQDA 1L89A 1C6JA 1QTZA 157LA 2OU0X 3GUMA 4DJHA 3DMVA 236LA 3OE6A 3DMXA 4W54A 234LA 3HTDA 1CV1A 1L26A 3HT9A 3C7YA 229LA 3SB6A 190LA 3V2WA 2B70A 3C82A 3HH6A 1DYCA 4ZPUA 199LA 1DYDA 1SWYA 1L69A 1QUHA 1L11A 1QTVA 2A4TA 2B75A 1L05A 3K2RA 3FI5A 1PQOA 2L78A 3C7ZA 125LA 1C6LA 147LA 1D2WA 215LA 1L25A 1QS9A 110LA 2LC9A 239LA 1QS5A 3L2XA 1LGXA 1OWZA 2RAZX 1D3FA 1G0PA 1L09A 233LA 1G1WA 1CU3A 183LA 123LA 102LA 2B6ZA 4GRVA 3GUOA 1L18A 111LA 200LA 224LA 238LA 140LA 4ARMA 260LA 216LA 3HTFA 4I7NA 205LA 244LA 1L07A 3SN6R 3DN3A 3C83A 1C6NA 1G0LA 1CTWA 3ODUA 4ARLA 3OE0A 1SSYA 3DN0A 1D9WA 2O79A 2Z6BA 3HDFA 5I14A 241LA 1L40A 1KY1A 1LWKA 1QT4A 1XJTA 177LA 1L81A 1L02A 176LA 3DN8A 1C6TA 248LA 2HUKA 129LA 181LA 7LZMA 1L62A 3DN1A 1L66A 3DN2A 3FADA 213LA 4LDLA 108LA 1QUGA 2HULA 1L99A 1C63A 1L98A 2OU9A 1L79A 4W59A 3RZEA 3NY9A 1L95A 2NTGA 4I7JA 3DNAA 2B6XA 1L23A 3OE9A 2B74A 1QT6A 1L85A 1DYGA 1L44A 107LA 1CU2A 1L47A 3GUIA 4I7LA 4YXAC 3HU8A 209LA 4OO9A 1L28A 1QT7A 227LA 1XJUA 1L71A 1L58A 1L91A 1L60A 148LE 222LA 201LA 2RBSA 3GUNA 1NHBA 1L00A 3HH5A 1L13A 1P5CA 1L65A 2QB0B 163LA 1C68A 1L97A 4EXMA 1LLHA 1OV7A 1QTDA 1PQIA 3SB7A 3DKEX 1LYGA 1C6DA 1G0GA 191LA 3CDTA 2RH1A 1CV0A 2RBNA 4I7QA 1L59A 1C6CA 256LA 4ARQA 235LA 1L72A 1XEPA 3PBLA 1L24A 2RB0X 4ARJA 3L64A 1EPYA 2RB1X 149LA 220LA 1C66A 3HTGA 1L63A 1C65A 1L43A 1PQKA 1C6MA 1CUQA 261LA 155LA 142LA 171LA 1L70A 4W58A 1OVHA 1T97A 3NYAA 1JQUA 250LA 3HH3A 4EJ4A 4I7PA 1LI2A 206LA 3HWLA 1C64A 145LA 4I7OA 1L14A 1D2YA 1L10A 4GBRB 3C8SA 1L38A 2RAYX 1DYBA 237LA 4W55A 243LA 257LA 2RBPA 217LA 4I7KA 1L54A 115LA 1LYDA 2OE4X 4DAJA 4W56A 3C8QA 4ARMB 1L48A 1SSWA 1L50A 1L16A 1P7SA 230LA 221LA 4LZMA 1L77A 1L32A 251LA 173LA 3GUKA 226LA 1LW9A 168LA 1QUOA 228LA 4YX7C 3CDQA 2B6TA 3RUNA 1JTNA 1C6FA 4EKRA 1CVKA 1QT5A 254LA 1L51A 1QSBA 3C81A 170LA 3DMZA 4LDEA 3LZMA 1LGUA 151LA 3DN6A 1L52A 1OVKA 1P37A 2IGCA 1L87A 1C6EA 1L80A 1CU5A 3QAKA 1CV4A 4YXCA 1L29A 262LA 144LA 1QSQA 1G0JA 1ZURA 3VW7A 3HT7A 247LA 120LA 1G0MA 212LA 4I7MA 4PJZA 1C61A 1LWGA 1DYAA 1L12A 1C6BA 1QTBA 1QUDA 185LA 1D3NA 1L96A 1L88A 4EKQA 1L64A 114LA 1L06A 1SX2A 1P46A 188LA 4W53A 1L27A 2B6YA 196LA 4W52A 1C69A 1LYIA 2Q9EA 2RB2X 137LA 127LA 1L82A 4DKLA 3CDRA 252LA 126LA 182LA 1OV5A 2ANVA 259LA 1ZWNA 1LI6A 1G0KA 2OTZX 3SB5A 178LA 1L31A 1L42A 175LA 1L56A 1ZYTA 104LA 1P3NA 249LA 2B6WA 1L76A 150LA 1DYEA 1L49A 1B6IA 1D3MA 1C6KA 4LDOA 1PQJA 1L0KA 167LA 1L90A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L55A 1JKDA 3CSQA 1L39A 1QTCA 109LA 133LA 2A7FA 253LA 4PHIA 3A96A 1LZ5A 2EQLA 1KS3A 1C60A 1D3JA 1HHLA 1L20A 189LA 1L94A 1AZFA 1P64A 2B72A 1G7MC 1V7TA 4H9FA 2VB1A 3WW5A 1C7PA 2RSCA 152LA 3RT5X 246LA 2DQHY 1L08A 1BVXA 4I7TA 4AQNA 2DKVA 3HT8A 3AZ4A 1L0JA 4CJ2A 1C62A 3K3TA 3RNXA 5KXRA 198LA 4OOOA 4WM3A 2OE9X 1CUPA 195LA 4H9EA 197LA 1KY0A 5LYZA 3C8RA 1L68A 1LYHA 2HEEA 1LMQA 3NY8A 4HJZA 219LA 1D0LA 122LA 3HBHA 2HUBA 1L19A 1WTHA 223LA 3BKHA 3E3DA 3D3DA 4CFOA 5HNCA 3PDSA 1KW7A 1D0MA 3G3WA 1L84A 1LZTA 1YANA 1LMOA 1RI8B 3W6AA 4S0WA 6LZMA 158LA 4K5YA 1IORA 2OU8A 3WUMA 4W51A 1XGPC 135LA 4LYZA 4UWUA 1L22A 4Z98A 3D4SA 4EKSA 1GDXA 1T8AA 4PRQA 1NDMC 3GUPA 3AGHA 1RFPA 2RBQA 2LZ2A 1SWZA 159LA 1GE3A 5F9UA 184LA 4BADA 2LZMA 1LZ1A 4OW1A 1LSCA 2NTHA 3UONA 1W6ZA 2ZQ3A 1GF0A 4H93A 1REMA 3TXIA 1DQJC 5LVHA 1L37A 4AXTA 3A3QA 2DQIY 1GAYA 2BQHA 3SBBC 4N5RA 1B5WA 2XJWA 1L30A 1A4VA 1CX6A 4B49A 1L35A 4N8ZA 3B6LA 1UIBA 3AW6A 1C6JA 3A93A 2BQNA 1CV1A 1UC0A 3C82A 3HH6A 4ETAA 1JTPL 1QTVA 1IP2A 1L05A 3AZ7A 2I6ZA 4H92A 2BLXA 1IWTA 2BQAA 1C6LA 215LA 1BWJA 2BAAA 2LC9A 4R0FA 4DDAA 2YDGA 4M6DA 233LA 1WVVA 183LA 2XQOA 4GRVA 3GUOA 1L18A 1YAQA 2ZYCA 4NSHA 4ARMA 193LA 4I7NA 3B0OA 1IR9A 1OP9B 1ZVHL 4B4EA 4RDSA 5T3FA 3C83A 4ARLA 3M3UA 3HDFA 241LA 3GXRA 1L40A 1GFTA 177LA 1TCYA 1C6TA 8LYZA 1GXXA 7LZMA 1G7HC 1LJGA 1VDPA 4LDLA 2HULA 2HTXA 4QDNA 1BB4A 3RZEA 4NWEA 2C8PA 5I4YA 1B5VA 3DNAA 2Z37A 1VATA 3IWRA 2B74A 3WULA 2FYDA 3P68A 4NWHA 3TXEA 1CU2A 4I7LA 5KXPA 227LA 5HMJA 4WOAA 4LGKA 2NWDX 1CNSA 1L58A 1L91A 3B72A 201LA 2RBSA 3GUNA 1NHBA 1GF3A 2QB0B 3A91A 4YM8A 2DQJY 3G3AB 1LSZA 4EXMA 1RE2A 2DQFC 1GBWA 3SB7A 2FBBA 1XEKA 4WLYA 1C6DA 1GBSA 4G9SA 207LA 2LYZA 1D6PA 4RW2A 4ZIXA 4I7QA 2CDSA 1L59A 1XEJA 256LA 4CGEA 1XEPA 1OUDA 1GF5A 2DBTA 4N1EI 3WUAA 1C66A 2HEAA 4LFXA 2I25L 4Z46A 3WXUA 1IWUA 1LJHA 4II8A 1LKSA 3P65A 3NYAA 1KIPC 4NFVA 206LA 1C64A 2HU3A 2W1LA 1D2YA 2ZNXY 5KY1A 1QIOA 1L38A 4LYTA 3TXHA 1DYBA 237LA 2GV0A 3OK0A 257LA 2RBPA 4ETCA 4J1AA 1LYDA 3ZVQB 4W56A 1DXJA 1L16A 1WQOA 1FDLY 1GB9A 3D9AC 1HFXA 168LA 4W94A 5APFA 4YX7C 2FYCA 3RUNA 1REXA 1FLWA 1IX0A 1YKZX 1XEIA 3TMXA 3DN6A 1B5YA 1KXXA 3J6KA 1YAMA 4AGAA 1L52A 1OVKA 2IGCA 1L80A 1O23A 4YXCA 4DD7A 1ZURA 4UWVA 1LMCA 194LA 5KXMA 2YBMA 120LA 4I7MA 5HMVA 1DYAA 4HTQA 1EL1A 1QTBA 4DC4A 4ETDA 1L64A 1L06A 3LHMA 5KXWA 4H9CA 4CFPA 1P46A 4TUNA 3IJUA 2YBNA 5KJ9A 1C69A 1LYIA 137LA 252LA 126LA 2OTZX 178LA 175LA 1L56A 1WQNA 2F30A 1L76A 150LA 4QEQA 1D3MA 1PQJA 1HSXA 2MEBA 2MEFA 1OUFA 4WG7A 1QTHA 4OWEA 1GE2A 1FN5A 1OVJA 2YVBA 4NG8A 161LA 1T6VL 1KIQC 4DD9A 4GN5C 3G3VA 4NHTA 1XSFA 164LA 1QTEA 1B0DA 3DN4A 3JR6A 4LYBA 1L03A 1HEPA 1C6AA 5KXSA 1B7RA 1IWWA 1JKCA 1NQIA 1P6YA 3AYQA 1DYFA 3V2YA 2BQKA 1H6MA 1L45A 5LZMA 1C6PA 1WQPA 4NGYA 3QY4A 1L53A 4ARPA 1WTMA 5C6LA 1YKXX 1C67A 2MEDA 2XTHA 3ZVQA 4WO9A 3WPLA 1RCMA 1C08C 2HEDA 1L15A 1C6IA 4TSBA 3A3RX 2B7XA 242LA 4HPEA 1YILA 2IFFY 2B73A 113LA 128LA 1LSNA 3EMLA 3F6ZA 1DI5A 4WM6A 1IY3A 4PK0A 1OYUA 1D0KA 5KKJA 1LZ4A 1B9OA 2AUBA 1LSPA 5A3ZA 4NG1A 1LYFA 1L33A 245LA 160LA 3P64A 1CV6A 1QUTA 1L75A 139LA 1G1VA 1SQ2L 4WLXA 3W6DA 1LHMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L55 A;  1JKD A;  3CSQ A;  1L39 A;  1QTC A;  109L A;  133L A;  2A7F A;  253L A;  4PHI A;  3A96 A;  1LZ5 A;  2EQL A;  1KS3 A;  1C60 A;  1D3J A;  1HHL A;  1L20 A;  189L A;  1L94 A;  1AZF A;  1P64 A;  2B72 A;  1G7M C;  1V7T A;  4H9F A;  2VB1 A;  3WW5 A;  1C7P A;  2RSC A;  152L A;  3RT5 X;  246L A;  2DQH Y;  1L08 A;  1BVX A;  4I7T A;  4AQN A;  2DKV A;  3HT8 A;  3AZ4 A;  1L0J A;  4CJ2 A;  1C62 A;  3K3T A;  3RNX A;  5KXR A;  198L A;  4OOO A;  4WM3 A;  2OE9 X;  1CUP A;  195L A;  4H9E A;  197L A;  1KY0 A;  5LYZ A;  3C8R A;  1L68 A;  1LYH A;  2HEE A;  1LMQ A;  3NY8 A;  4HJZ A;  219L A;  1D0L A;  122L A;  3HBH A;  2HUB A;  1L19 A;  1WTH A;  223L A;  3BKH A;  3E3D A;  3D3D A;  4CFO A;  5HNC A;  3PDS A;  1KW7 A;  1D0M A;  3G3W A;  1L84 A;  1LZT A;  1YAN A;  1LMO A;  1RI8 B;  3W6A A;  4S0W A;  6LZM A;  158L A;  4K5Y A;  1IOR A;  2OU8 A;  3WUM A;  4W51 A;  1XGP C;  135L A;  4LYZ A;  4UWU A;  1L22 A;  4Z98 A;  3D4S A;  4EKS A;  1GDX A;  1T8A A;  4PRQ A;  1NDM C;  3GUP A;  3AGH A;  1RFP A;  2RBQ A;  2LZ2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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