1P37A

T4 lysozyme core repacking back-revertant l102m/core10
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPIYDSLDAVRRAALVNMIFQIGETGAAGFTNSLRYLQQKRWDEAAVNFAKSRWYNQTPNRAKRIITVFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Repacking the Core of T4 lysozyme by automated design
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p37A00
1PQOA 211LA 4GRVA 3NYAA 3HH5A 1L91A 3OE6A 1L49A 3HTGA 228LA 130LA 2O7AA 1L68A 107LA 1G0MA 224LA 176LA 4I7JA 1L61A 258LA 144LA 1G0LA 1KW7A 1QT5A 3DN8A 125LA 1PQIA 131LA 1QUHA 4YX7C 242LA 2NTGA 223LA 1PQMA 1OVKA 3GUKA 1L36A 1NHBA 1L07A 1L22A 2OU9A 3F9LA 1G06A 1QTHA 1DYEA 180LA 3FADA 1G0JA 1CX7A 112LA 248LA 1QT3A 1L0KA 214LA 140LA 262LA 120LA 196LA 254LA 185LA 249LA 183LA 2F32A 1L37A 1L59A 4LDOA 2Q9EA 1LGUA 1CVKA 1K28A 1L46A 2ANXA 1L63A 113LA 3SB5A 4W59A 2F2QA 1L52A 4E97A 3SN6R 156LA 1B6IA 123LA 1L94A 1P2LA 245LA 3GUJA 1QT6A 1KNIA 1LGXA 3G3XA 2B73A 1P2RA 3G3WA 6LZMA 1L27A 2OU0X 199LA 3HT9A 1L89A 2OU8A 3GUIA 1EPYA 1P5CA 1L65A 201LA 3C7ZA 1L33A 1L70A 3FA0A 3CDVA 4ZPUA 1L35A 138LA 252LA 1L04A 1ZWNA 1PQKA 1C6LA 1P6YA 2RAZX 1L76A 1L16A 200LA 1LI3A 1LYEA 191LA 209LA 3C81A 3G3VA 1L98A 143LA 1L15A 2B7XA 4W56A 233LA 198LA 2B70A 1L84A 1L47A 1QS5A 2RH1A 3VW7A 1CV3A 173LA 1L92A 1L97A 3GUMA 119LA 128LA 3GUPA 3OE0A 1L83A 3HT7A 139LA 3L2XA 1D2WA 1C63A 2LC9A 1SWYA 1L62A 197LA 1L58A 161LA 1C64A 3C7YA 1L23A 3D4SA 3SB8A 3HUAA 4PK0A 3C7WA 1LYFA 2B6WA 142LA 3RZEA 4ARPA 1L00A 260LA 1L44A 4ARMA 2NTHA 4I7RA 4I7QA 4EPIA 1D3JA 3CDOA 3HU9A 1L43A 1C6FA 253LA 3DMZA 3HTFA 3SB6A 1L72A 190LA 3CDRA 1L02A 1L73A 145LA 1OWZA 4EKSA 4EJ4A 169LA 3C8QA 5I14A 4ARQB 1L01A 5LZMA 1D2YA 1KY1A 104LA 4I7KA 4I7OA 257LA 2HUMA 1XEPA 1DYBA 1C6PA 4I7TA 2QARC 1P7SA 4LZMA 2OEAX 184LA 1CUQA 1L95A 4ARLA 1SX2A 3JR6A 151LA 147LA 1L99A 103LA 1G0PA 1L08A 4S0WA 3QAKA 1G1VA 2RAYX 2RBSA 1PQJA 4YXCA 234LA 2B6TA 250LA 2LZMA 110LA 1T8GA 1LYGA 3EMLA 1G1WA 1XJTA 1P36A 2OE7X 4EKRA 1G0QA 3HTDA 1C6DA 2OTYX 162LA 3C82A 4LDEA 1QUOA 1OVHA 1L03A 3NY9A 1L57A 1T8FA 1L21A 1D3FA 4YXAC 171LA 2CUUA 3OE8A 3RUNA 1L93A 129LA 3DN3A 3C80A 215LA 1QTDA 2IGCA 2RB2X 1L60A 1OVJA 1CV0A 1C6EA 1JQUA 1KS3A 1C6TA 3CDQA 1OV5A 1C61A 240LA 1I6SA 1C60A 1D3NA 239LA 3HUKA 189LA 4I7NA 243LA 3DMVA 3DN0A 1L69A 1LPYA 2OE9X 205LA 3V2YA 1D9WA 1T8AA 3SB7A 4DJHA 1LI6A 1C69A 227LA 1C6AA 2RB1X 1L45A 1L12A 4W54A 1QT4A 1ZURA 4W58A 217LA 4AQNA 1DYDA 165LA 1TLAA 2B75A 1WTHA 1L17A 1L30A 3HWLA 1L32A 3SBBC 1C6CA 1C6NA 157LA 1L66A 1L10A 149LA 1L81A 1L20A 1D3MA 1CV4A 3UONA 178LA 167LA 2RBPA 1QSQA 4DKLA 2OE4X 109LA 1C6IA 3GULA 2OTZX 1C6GA 1L82A 3DN4A 2ANVA 241LA 1C66A 1QT7A 222LA 1LLHA 1L26A 1C6HA 3DMXA 150LA 216LA 4W53A 1LYJA 1CU6A 1C62A 1CX6A 118LA 219LA 137LA 3HUQA 181LA 1C6JA 1L13A 148LE 168LA 1KW5A 1LI2A 174LA 1L48A 4EKQA 3OE9A 1L80A 1DYAA 1SX7A 1L40A 3HT6A 229LA 164LA 4OO9A 2L78A 3C8RA 3LZMA 1JTMA 1C6MA 1L31A 261LA 1P3NA 1QSBA 1L39A 2Q9DA 1L53A 4W57A 1SSYA 4I7LA 220LA 2RBRA 1C6KA 244LA 230LA 3HH3A 3SB9A 1CV1A 1L74A 1QTVA 235LA 3DN6A 1L25A 188LA 2RBNA 3NY8A 1L96A 1SWZA 246LA 2LCBA 115LA 3V2WA 3DN2A 3CDTA 4LDLA 1OWYA 3FI5A 1G0GA 1C67A 2RBQA 155LA 1XJUA 1L28A 186LA 1L34A 152LA 1L50A 1PQDA 102LA 1L14A 3HH6A 1P56A 1LWGA 1C68A 175LA 3HT8A 1LYIA 1LYHA 3SBAA 1L24A 1OV7A 237LA 1L18A 1L64A 4ARMB 1P37A 7LZMA 1DYGA 1CTWA 225LA 1L71A 108LA 3HTBA 163LA 4EXMA 3C83A 187LA 1L85A 172LA 3GUNA 1CU0A 2HULA 4W55A 126LA 1QT8A 1CU5A 1L29A 4IAPA 1QTCA 1T97A 4DAJA 238LA 221LA 3HDFA 210LA 1LYDA 213LA 2RBOA 3PDSA 159LA 4I7SA 2QB0B 255LA 1C6QA 2B6XA 182LA 195LA 1L87A 1LW9A 4ARQA 218LA 1DYCA 160LA 1P64A 1L42A 256LA 4K5YA 158LA 1L41A 1G07A 3DN1A 122LA 3HDEA 4PJZA 4EKPA 4W52A 1L54A 1ZYTA 212LA 3HH4A 3L64A 1L06A 3ODUA 4W51A 1LGWA 3F8VA 3HU8A 1G0KA 2A4TA 1KY0A 4I7PA 146LA 166LA 170LA 1QUGA 2B72A 1L11A 1L75A 2F47A 232LA 2HUKA 1CUPA 1QS9A 1L67A 251LA 1L56A 2B6YA 1L55A 114LA 1QUDA 2Z6BA 259LA 1L51A 1L19A 1L0JA 1L88A 3PBLA 1L79A 1OYUA 3C8SA 1JTNA 1T6HA 1CU3A 1L09A 1LWKA 1L86A 2RB0X 2O79A 231LA 177LA 141LA 1L90A 1QTBA 1CU2A 4I7MA 247LA 206LA 1C6BA 2O4WA 4EPFA 1L38A 236LA 1DYFA 3DKEX 192LA 3K2RA 1QTZA 1L05A 111LA 1SSWA 3DNAA 226LA 3GUOA 2B6ZA 4ARJA 4GBRB 1P46A 1L77A 1CV5A 2B74A 1CV6A 127LA 1C65A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1PQOA 2CDSA 3A93A 1L49A 5L3HA 3TXKA 3TMUA 1GF4A 2HEFA 3GXRA 1B7PA 107LA 1B7SA 2DQJY 5F81A 3WYHA 1L61A 4H9EA 4HSFA 2I6ZA 3DN8A 1HMKA 5LINA 242LA 1VDPA 1OVKA 3GUKA 1DQJC 4GN3A 1BHZA 4H9IA 1QTHA 1DYEA 248LA 1WQOA 140LA 3A3QA 3AZ5A 262LA 3T36A 185LA 4HPEA 2N5ZA 249LA 2HECA 4LDOA 1BB4A 1LGUA 1L63A 1XEJA 1GFRA 1XEKA 4OWHA 3EO5A 1YQVY 3D9AC 1B6IA 3SN6R 123LA 1LZCA 245LA 1C10A 2B73A 4ZFPA 4B0DA 1G7IC 1L27A 3HFMY 3HT9A 3GUIA 3RT5X 4NHSA 2Z39A 3B0KA 1P5CA 1L65A 4OWCA 1L33A 1SLYA 1REMA 4NG8A 1J1OY 3FA0A 4NGKA 4TSCA 1YAOA 4ZPUA 1B7QA 3FE0A 1LAAA 4NGZA 1QUSA 1LHJA 4EMNA 1L16A 5C6LA 1LI3A 1EQEA 3C81A 4C5FA 3G3VA 4N0JA 143LA 193LA 198LA 2Q0MX 3P4ZA 1L92A 1OUFA 2W1LA 128LA 1JTTL 1L83A 3HT7A 3L2XA 1D2WA 2DQHY 3SB8A 4DQ5A 2Y8PA 5FSTA 2MEFA 153LA 142LA 5APDA 2B5ZA 4DDAA 3RZEA 2NTHA 1RFPA 1JHLA 4EPIA 1D3JA 1GF0A 1GXV2 1YROA 4NGIA 3DMZA 253LA 2DBTA 1VATA 3B72A 3SB6A 4ETAA 5FELA 1L73A 4A7DA 4Z41A 4BAFA 4I7KA 3LYOA 4I7OA 1XEPA 1DYBA 1C6PA 1ZVHL 1NDGC 1A2YC 2OEAX 2ZYCA 3TXEA 1QQYA 1L95A 4WL6A 208LA 1LMNA 2XTHA 1CKGA 4NHIA 103LA 1G0PA 2H9KA 5F9UA 2RAYX 3LZ2A 2XQOA 4YXCA 234LA 250LA 1NF5A 4XJIA 1XJTA 1OUIA 4EKRA 3A95A 1G0QA 1IOSA 3HTDA 1C6DA 2EIZC 2OTYX 4QDNA 3C82A 1LZ8A 1IO5A 1YAPA 3A6BY 1L21A 2CUUA 3CB7A 1L93A 3HBDA 1QTDA 2IGCA 4DD1A 1L60A 1C6EA 1KS3A 1C6TA 1OV5A 4WG1A 1B7LA 1C61A 4O34A 1C60A 1HC0A 3HUKA 5LVGA 189LA 4I7NA 243LA 2A7DA 1TBYA 2MEIA 3AGGG 1BVKC 1GE3A 4YEOA 1C69A 1XGQC 227LA 4HTNA 2DQCY 1GF5A 4UWVA 1TLAA 3W6CA 1IWWA 3J6KA 1E8LA 2H9JA 4H8YA 3HWLA 1L32A 2DQEY 1C6CA 1C6NA 149LA 1L20A 5APCA 1CV4A 167LA 4DKLA 2OE4X 109LA 1HEPA 3AB6A 135LA 3DN4A 2ANVA 222LA 3DMXA 5FEKA 4BAPA 1DPXA 1JWRA 1GB7A 1C62A 118LA 137LA 3AYQA 168LA 1GFGA 4G4CA 1LJ3A 174LA 4NY5A 1DYAA 1IP6A 229LA 2L78A 4HJZA 3LZMA 1JTMA 3KAMA 4QEQA 1P3NA 1CKDA 1F6SA 2F4AA 2Z18A 1LCNA 2Q9DA 1L53A 5L9JA 2WARA 3ZEKA 1BVXA 5HNCA 4NSJA 1CV1A 3AZ6A 2RBNA 2YBIA 246LA 3WW6A 4RLNA 3V2WA 3DN2A 3CDTA 4LYZA 4LDLA 1G0GA 1C67A 4II8A 155LA 1UICA 1L34A 1UIDA 102LA 1DPWA 2MEGA 1AT6A 4Z3MA 4WM5A 5KY1A 1OQMA 175LA 1IWTA 3MGWA 3CT0A 1HELA 2LYZA 1P37A 2HEBA 1DYGA 2ZNWY 1L71A 3HTBA 1LJFA 4NGVA 1L85A 1UA6Y 1A4VA 5LXWA 3GUNA 3TXGA 2D4KA 4H92A 5DN5A 1REYA 1BB6A 1IY4A 1Z55A 1ZMYL 1CNSA 4OOOA 1T97A 4DYGA 4I0CA 3HDFA 4DQ7A 210LA 1GFKA 2QB0B 255LA 1C6QA 1LHHA 3W6AA 1LTMA 2HEEA 5APFA 2B6XA 1LW9A 4XJDA 4OW1A 5LA5A 1AM7A 4K5YA 1PS5A 1L41A 1YILA 1LPIA 2BPUA 2BQKA 3ZVQA 4W51A 6LYTA 2D4JA 1LGWA 4KXIA 3F8VA 1AT5A 5A3ZA 1GF7A 1KY0A 170LA 1QUGA 2B72A 5I4XA 4WG7A 1LSPA 251LA 1HFXA 114LA 1L19A 4DT3A 4WO6A 1D0MA 1T6HA 1CU3A 3W6FA 1GEVA 4NGYA 1CU2A 2O4WA 3DKEX 1LZTA 1V7TA 5JENB 1UIBA 1SSWA 4HJVA 226LA 1JISA 3FI7A 4LFXA 1L77A 4XYYA 1CV5A 1UIHA 2VB1A 127LA 211LA 4GRVA 3IJVA 3HH5A 1GBWA 228LA 130LA 4NFVA 1GHLA 2EPEA 1JSFA 4I7JA 1LJKA 5T3FA 4NSGA 144LA 1G0LA 5LIOA 4NWEA 4ETCA 1PQMA 4N1EI 1NHBA 2W1XA 1L07A 3CT1A 1IOQA 5I4WA 2HTXA 4U3XB 3F9LA 3EBAB 4DD3A 5KXKA 180LA 1G0JA 2XBRA 1IVMA 4I8SA 5KXXA 2DQDY 4ETBA 214LA 2FBBA 196LA 254LA 4DD0A 4XN6A 1GF6A 1LSBA 1GB8A 3N9CA 1L46A 5B07A 4W59A 3G3AB 2F2QA 1HSWA 1L52A 4E97A 4YEMA 3WVYA 156LA 4KT3A 2DQGY 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1PQO A;  2CDS A;  3A93 A;  1L49 A;  5L3H A;  3TXK A;  3TMU A;  1GF4 A;  2HEF A;  3GXR A;  1B7P A;  107L A;  1B7S A;  2DQJ Y;  5F81 A;  3WYH A;  1L61 A;  4H9E A;  4HSF A;  2I6Z A;  3DN8 A;  1HMK A;  5LIN A;  242L A;  1VDP A;  1OVK A;  3GUK A;  1DQJ C;  4GN3 A;  1BHZ A;  4H9I A;  1QTH A;  1DYE A;  248L A;  1WQO A;  140L A;  3A3Q A;  3AZ5 A;  262L A;  3T36 A;  185L A;  4HPE A;  2N5Z A;  249L A;  2HEC A;  4LDO A;  1BB4 A;  1LGU A;  1L63 A;  1XEJ A;  1GFR A;  1XEK A;  4OWH A;  3EO5 A;  1YQV Y;  3D9A C;  1B6I A;  3SN6 R;  123L A;  1LZC A;  245L A;  1C10 A;  2B73 A;  4ZFP A;  4B0D A;  1G7I C;  1L27 A;  3HFM Y;  3HT9 A;  3GUI A;  3RT5 X;  4NHS A;  2Z39 A;  3B0K A;  1P5C A;  1L65 A;  4OWC A;  1L33 A;  1SLY A;  1REM A;  4NG8 A;  1J1O Y;  3FA0 A;  4NGK A;  4TSC A;  1YAO A;  4ZPU A;  1B7Q A;  3FE0 A;  1LAA A;  4NGZ A;  1QUS A;  1LHJ A;  4EMN A;  1L16 A;  5C6L A;  1LI3 A;  1EQE A;  3C81 A;  4C5F A;  3G3V A;  4N0J A;  143L A;  193L A;  198L A;  2Q0M X;  3P4Z A;  1L92 A;  1OUF A;  2W1L A;  128L A;  1JTT L; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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