1P3NA

Core redesign back-revertant i103v/core10
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPIYDSLDAVRRAALVNLVFQIGETGAAGFTNSLRYLQQKRWDEAAVNFAKSRWYNQTPNRAKRIITVFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Repacking the Core of T4 lysozyme by automated design
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p3nA00
160LA 4EPFA 3PBLA 1L56A 2RAZX 3F9LA 3NY8A 1LPYA 4AQNA 2HUKA 4EXMA 4ARQA 125LA 1L25A 3SB5A 3RUNA 3DN2A 144LA 107LA 2RBOA 4ARPA 1L26A 1L41A 4EJ4A 236LA 170LA 1D3JA 1C67A 4OO9A 3C8SA 1SX7A 1CVKA 2NTHA 3GULA 111LA 1L10A 159LA 128LA 3CDOA 1L63A 4W51A 1KY0A 1L48A 1JQUA 1L38A 2LCBA 1LWGA 205LA 4EKQA 2O79A 1L32A 1DYAA 1L62A 1D2YA 1L05A 1QSQA 1G0QA 113LA 1CUQA 2B6XA 3CDRA 2OU0X 1P37A 1CV3A 3OE6A 4DKLA 2B6TA 123LA 1LYEA 151LA 1KW7A 141LA 1L23A 1L04A 4YXAC 2B73A 3HT9A 240LA 173LA 1DYCA 1L80A 211LA 1L11A 1G0KA 4PJZA 198LA 1CUPA 156LA 2OU8A 1L02A 1G0PA 4S0WA 3HH4A 4I7JA 1DYDA 1QT8A 1LLHA 2RBQA 164LA 235LA 189LA 260LA 1L66A 1C6TA 4DJHA 183LA 1QUHA 261LA 188LA 1P2RA 1LGXA 3HH3A 1C64A 223LA 3C81A 195LA 1LGWA 1QS5A 4LZMA 3HTBA 4W54A 2L78A 2B74A 182LA 206LA 2LZMA 1L68A 2RAYX 3DMVA 250LA 3PDSA 1EPYA 3C8QA 1L69A 3C7YA 1SWYA 1L95A 221LA 4ARQB 4EKRA 233LA 1CV1A 3HT8A 3CDQA 1L19A 1SX2A 219LA 185LA 3V2WA 1L85A 213LA 244LA 1QSBA 1L64A 166LA 255LA 103LA 3HT7A 1L14A 7LZMA 1CU5A 3HU8A 224LA 4I7RA 1QT5A 1L70A 1XEPA 1QS9A 4I7LA 256LA 3GUNA 119LA 2F2QA 2HUMA 1OWZA 2ANXA 4I7PA 2OE4X 178LA 3OE8A 1C68A 252LA 1QTZA 1CV0A 4PK0A 2NTGA 1CX7A 1LW9A 4I7SA 174LA 1L30A 209LA 1C6NA 5LZMA 1L22A 4W56A 1C61A 4I7KA 1L75A 1C6QA 1C6BA 1P6YA 1PQOA 248LA 1L81A 216LA 225LA 129LA 2RBNA 1L73A 4GBRB 1C6EA 231LA 1C62A 218LA 4LDEA 1L07A 187LA 1L98A 3SB8A 1L16A 1L77A 1OVKA 230LA 1C6JA 4ARJA 1CU0A 177LA 1PQIA 2OU9A 3C82A 1G0GA 161LA 1L44A 191LA 1JTMA 3DN4A 118LA 215LA 1L33A 3HH6A 3GUPA 199LA 1CU6A 1C6LA 1KS3A 1OV5A 1L96A 1L57A 2OEAX 1L12A 3C83A 102LA 1D2WA 241LA 176LA 1QT3A 234LA 3LZMA 4YXCA 147LA 1T97A 3DMXA 4EKSA 1SWZA 184LA 1C65A 3UONA 259LA 1C6AA 239LA 4EPIA 2A4TA 1DYGA 1QTBA 2RBPA 2F47A 1JTNA 3DN0A 200LA 1L03A 247LA 1KNIA 1L47A 1L61A 1QTVA 249LA 3HTDA 1DYBA 165LA 3FA0A 1G06A 2Q9DA 3L64A 109LA 2B6ZA 1L59A 1LI3A 1D3NA 201LA 1LYGA 210LA 1P2LA 1I6SA 1L27A 2B6WA 169LA 1LYJA 4ARMA 126LA 238LA 167LA 1L21A 1P7SA 2QB0B 1L0KA 2O4WA 1LGUA 2HULA 3NY9A 1L65A 2B72A 1QTDA 1OVJA 1L35A 258LA 3HH5A 1L67A 1L94A 2RB0X 1L29A 1WTHA 1D9WA 222LA 168LA 1L39A 1PQKA 226LA 3CDVA 138LA 1G1WA 1L08A 227LA 3NYAA 1L53A 142LA 251LA 4E97A 1DYEA 3FADA 1L93A 1XJUA 1LI2A 3GUMA 2LC9A 1LWKA 1L37A 146LA 3DKEX 1QTHA 237LA 1QUGA 152LA 1PQJA 140LA 243LA 2Z6BA 1CV5A 1SSYA 1PQDA 1ZURA 1OV7A 1T8GA 114LA 196LA 172LA 1KY1A 245LA 1P56A 217LA 149LA 3C7WA 186LA 145LA 4W59A 1L79A 214LA 1ZYTA 3GUIA 190LA 3HDEA 1CX6A 4W52A 1G0JA 2B70A 3JR6A 1K28A 1B6IA 1L52A 1P64A 2RB1X 1G07A 1SSWA 139LA 3ODUA 4W57A 1L58A 1OWYA 4ZPUA 1OVHA 1L34A 137LA 1T8AA 3DMZA 3SB6A 1P3NA 1L71A 1L91A 1LI6A 1T8FA 1CU2A 1C6FA 3SB7A 4LDOA 3HUKA 3HTGA 1L84A 1C60A 1P36A 3HUAA 228LA 3HUQA 2Q9EA 262LA 3D4SA 1D3MA 1QUOA 1L42A 1L99A 1P46A 4ARMB 1L82A 4DAJA 3HWLA 3HTFA 1C6IA 180LA 3VW7A 1D3FA 148LE 1L18A 197LA 1L28A 1G0MA 3EMLA 3SB9A 4ARLA 162LA 110LA 3SN6R 4I7NA 1L60A 1DYFA 130LA 1L51A 4YX7C 1L15A 3OE0A 4GRVA 1C6CA 3C8RA 1C6PA 1C63A 2O7AA 3G3XA 4K5YA 2ANVA 4LDLA 115LA 1L90A 1L01A 1L88A 212LA 1C6GA 1QT7A 2RH1A 4EKPA 120LA 3DN3A 1QTCA 2B7XA 163LA 1C6MA 1L87A 2CUUA 171LA 1T6HA 1L46A 4I7OA 1L76A 143LA 1C6HA 1L20A 1L17A 1XJTA 1QT6A 254LA 3L2XA 1P5CA 4W58A 1G1VA 1LYHA 3V2YA 1C69A 122LA 3GUJA 127LA 1L00A 1CTWA 2RBRA 246LA 181LA 1L86A 1L74A 2OE9X 1PQMA 4IAPA 1OYUA 3SBAA 3GUOA 150LA 253LA 155LA 175LA 1L72A 104LA 1L49A 1L36A 158LA 1L13A 1CV6A 1L0JA 2OTZX 2OE7X 3CDTA 2RB2X 1L43A 229LA 192LA 1C6KA 1L24A 4I7MA 1LYFA 1G0LA 3HDFA 2QARC 3DN1A 3SBBC 1TLAA 2B6YA 5I14A 3RZEA 3G3VA 1KW5A 3DN6A 1L31A 1L83A 1L45A 257LA 3FI5A 108LA 3GUKA 2F32A 1L50A 3G3WA 1C66A 1L54A 1C6DA 2B75A 4I7QA 1L40A 2IGCA 1LYIA 131LA 1ZWNA 3DN8A 3C7ZA 232LA 1NHBA 1L92A 1LYDA 1CU3A 220LA 1L06A 4W55A 1CV4A 3OE9A 3F8VA 112LA 1QT4A 1L09A 157LA 3C80A 3K2RA 3HT6A 3DNAA 6LZMA 2OTYX 1L97A 3QAKA 4I7TA 1L55A 1L89A 4W53A 242LA 1QUDA 2RBSA 3HU9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
160LA 4EPFA 3A96A 1G7MC 1LPYA 4EXMA 3BKHA 1L25A 1UIFA 4LT1A 3WH1A 1YAQA 4RDSA 3DN2A 1L41A 2Z12A 1B7PA 5KY1A 2CGIA 1SX7A 1FLYA 3GULA 4NSGA 1LSEA 2ZIKA 1KY0A 4ML7A 1GXV2 4EKQA 2W1YA 4YM8A 1GHLA 1L62A 1CKCA 1D2YA 1QSQA 4Z46A 3ZVQA 1G0QA 1CUQA 2MEDA 4TX7A 5HMJA 4DKLA 4LT2A 1KW7A 4UWUA 3A6CY 2DQIY 1I20A 1L11A 1DI3A 4PJZA 1B5WA 5APFA 3WW5A 1L02A 1G0PA 4HPIA 1ZVHL 4I7JA 1GFGA 4EOFA 235LA 189LA 260LA 183LA 4NGVA 193LA 1UIEA 2YBLA 195LA 4MSTA 1A4VA 1W6ZA 4W54A 3B72A 1B7OA 3DMVA 2RAYX 4EMNA 2X0AA 1EPYA 5D5FA 1UBZA 3GXRA 1SWYA 1FLUA 1CV1A 1SX2A 1NDGC 4WG1A 1QSBA 1L64A 255LA 1GB3A 1LAAA 1C43A 1QS9A 4I7LA 2MEBA 1QTKA 2ANXA 1RCMA 5B1GA 2XQOA 178LA 4LT0A 4XENA 1LSCA 1UA6Y 3A95A 4DD9A 1YL0X 1GFKA 3ZEKA 209LA 3F6ZA 1C6NA 5LZMA 2YBNA 1L22A 1OUCA 4W56A 1C61A 3EO5A 1L75A 1C6BA 1IO5A 5FDJA 2LYOA 5IELA 4WL7A 3WUNA 3WULA 4DT3A 1L81A 1XEJA 216LA 2RBNA 1OUAA 1C6EA 4LDEA 5LVKA 1UIBA 5LIOA 1FLWA 3LYZA 1L77A 153LA 5C6IA 1CU0A 2GV0A 1G0GA 161LA 1LMNA 4NHPA 1XSFA 1D9UA 1OQMA 1JSEA 1HELA 5IDDA 2C8OA 3C83A 2ZILA 1QT3A 1REYA 2BQJA 3LZMA 3DMXA 2YDGA 1LJNA 1B7LA 1XGQC 1D0MA 2BQFA 5KXRA 1C6AA 239LA 1JTPL 4NGWA 2HU3A 2RBPA 1GB6A 3DN0A 4YEMA 3TMUA 1T3PA 3P65A 3P66A 200LA 1L03A 5FSTA 3W6AA 1L47A 1QTVA 249LA 2HEDA 4H9HA 1AT6A 4DYGA 3FA0A 1NDMC 4HSFA 1OUFA 1IOQA 2LYZA 3L64A 2B6ZA 1L59A 1LI3A 1LYGA 4NHIA 1LMPA 126LA 2W1MA 2QB0B 3EXDA 4TUNA 2HEBA 1IWUA 1L65A 2D6BA 3W3EA 1IP7A 258LA 1L94A 4DWXA 1WTHA 3P64A 1PQKA 1TEWA 1DPWA 4H9FA 3W6CA 1LI2A 1L37A 146LA 2FBBA 1QTHA 237LA 4WM1A 4KT3A 2Z6BA 2ZQ3A 1TAYA 3OK0A 1PQDA 1JWRA 1QSWA 172LA 1KY1A 245LA 5I5QA 1VAUA 2BQKA 186LA 145LA 1L79A 1ZYTA 5I53A 5ILCA 1KIRC 2B70A 1K28A 1P64A 1C46A 2RB1X 4IATA 139LA 4J0LA 1L34A 1L71A 1L91A 3CT0A 133LA 5B06A 3WPLA 3FI7A 5APCA 1C60A 3HUAA 3K3TA 3HUQA 2CWIA 1LSFA 4HV2A 1GB2A 1LJKA 2D91A 2Z2EA 1QUOA 4ETBA 1L42A 3MGWA 1D6PA 1HF4A 2HEFA 4DAJA 3A93A 3HTFA 3HWLA 1C6IA 180LA 1DXJA 1OUBA 3A94A 197LA 2BQAA 1L28A 1G0MA 2BQOA 1QSAA 3EMLA 3TXBA 3LYTA 5FHWA 3SB9A 4I7NA 1L60A 130LA 1IWVA 4NGOA 1LHHA 1C7PA 3C8RA 1QUTA 1C6PA 2O7AA 3KAMA 2ANVA 4LDLA 115LA 4HP0A 5KXOA 2Z39A 1LHMA 120LA 3DN3A 1QTCA 2ZIJA 2B7XA 1GBYA 1YANA 1LYYA 163LA 1C6MA 4R6CA 1HENA 2HU1A 5A3EA 1L46A 4LYBA 3RNXA 143LA 4DQJA 1N4FA 1C6HA 4OOOA 1IWZA 4RW2A 1G1VA 3J6KA 122LA 4DD1A 1GF3A 1QIOA 8LYZA 3GUJA 1L00A 2RBRA 1L86A 1CJ8A 1KXWA 1JHLA 1REXA 1OYUA 3GUOA 1L36A 4NY5A 3CSQA 1GEVA 3N9EA 1LYFA 4NSJA 3HDFA 1VDPA 3SBBC 1C08C 2B6YA 1QDRA 4GN4A 3DN6A 1TCYA 108LA 3GUKA 1UIGA 3G3WA 1LJEA 1C66A 4WM6A 1L54A 1C6DA 2B75A 2F2NA 1LSYA 1L40A 1IP5A 1JISA 3DN8A 1NHBA 4P2EA 3LZTA 1CU3A 220LA 2ZYCA 4W55A 4B4IA 2YBIA 2Z38A 4OWHA 157LA 2D4JA 4OWEA 4I7TA 1BHZA 3LYMA 4DD0A 1LZ1A 3W6BA 3HU9A 2RAZX 2YBJA 3J4GA 1I1ZA 4CJ2A 2BQLA 4ARQA 3TXGA 3RUNA 144LA 1C10A 236LA 1D3JA 1C67A 4TSBA 111LA 1L10A 159LA 1HFZA 1L63A 2DQAA 3AW6A 3WU8A 1L38A 4HTQA 4NHTA 2LCBA 4PPOA 1IP1A 1LHJA 2B5ZA 1HFYA 1GFRA 1L05A 4WLYA 1GF6A 1LZYA 2OU0X 1CKFA 1JKCA 3OE6A 1IOCA 1L04A 4ZFPA 3TXKA 4LYMA 1L80A 198LA 207LA 4CGEA 1OP9B 2BQMA 1LLHA 1RFPA 164LA 4R0FA 188LA 1C64A 3C81A 1LGWA 2I25L 3TMVA 1AKIA 1WTMA 3AB6A 3HTBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 160L A;  4EPF A;  3A96 A;  1G7M C;  1LPY A;  4EXM A;  3BKH A;  1L25 A;  1UIF A;  4LT1 A;  3WH1 A;  1YAQ A;  4RDS A;  3DN2 A;  1L41 A;  2Z12 A;  1B7P A;  5KY1 A;  2CGI A;  1SX7 A;  1FLY A;  3GUL A;  4NSG A;  1LSE A;  2ZIK A;  1KY0 A;  4ML7 A;  1GXV 2;  4EKQ A;  2W1Y A;  4YM8 A;  1GHL A;  1L62 A;  1CKC A;  1D2Y A;  1QSQ A;  4Z46 A;  3ZVQ A;  1G0Q A;  1CUQ A;  2MED A;  4TX7 A;  5HMJ A;  4DKL A;  4LT2 A;  1KW7 A;  4UWU A;  3A6C Y;  2DQI Y;  1I20 A;  1L11 A;  1DI3 A;  4PJZ A;  1B5W A;  5APF A;  3WW5 A;  1L02 A;  1G0P A;  4HPI A;  1ZVH L;  4I7J A;  1GFG A;  4EOF A;  235L A;  189L A;  260L A;  183L A;  4NGV A;  193L A;  1UIE A;  2YBL A;  195L A;  4MST A;  1A4V A;  1W6Z A;  4W54 A;  3B72 A;  1B7O A;  3DMV A;  2RAY X;  4EMN A;  2X0A A;  1EPY A;  5D5F A;  1UBZ A;  3GXR A;  1SWY A;  1FLU A;  1CV1 A;  1SX2 A;  1NDG C;  4WG1 A;  1QSB A;  1L64 A;  255L A;  1GB3 A;  1LAA A;  1C43 A;  1QS9 A;  4I7L A;  2MEB A;  1QTK A;  2ANX A;  1RCM A;  5B1G A;  2XQO A;  178L A;  4LT0 A;  4XEN A;  1LSC A;  1UA6 Y;  3A95 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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