1P56A

Duplication-extension of helix a of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Relocation or duplication of the helix A sequence of T4 lysozyme causes only modest changes in structure but can increase or decrease the rate of folding.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords PROTEIN (Lysozyme)
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p56A00
4W59A 1C6AA 2RBOA 3DKEX 187LA 1L28A 2B75A 1CV4A 1JTNA 1D3NA 1JQUA 1C60A 4PJZA 1G0GA 2B74A 1C69A 156LA 1C62A 249LA 1LYGA 1C67A 4I7KA 4I7MA 258LA 126LA 216LA 198LA 3SN6R 3DN1A 4S0WA 1PQDA 219LA 252LA 1L88A 1L70A 2QB0B 2NTHA 114LA 2O7AA 3DN8A 4EXMA 1P2RA 1KW5A 152LA 2LCBA 4I7QA 1QTHA 1C63A 1CUQA 1T6HA 206LA 4EPIA 4YXCA 1L75A 1OVJA 1I6SA 3DMXA 248LA 1QUHA 4EKPA 1QSBA 176LA 1CUPA 1QT4A 1PQOA 169LA 1XJTA 255LA 1PQIA 256LA 1C65A 3HTGA 1P56A 1DYFA 1L81A 3HH4A 1L12A 191LA 235LA 4IAPA 1L73A 1DYEA 1G07A 3SB9A 1G0LA 1G0MA 229LA 3G3WA 1XJUA 2O79A 3GUOA 3OE9A 3DN2A 1L68A 241LA 4I7PA 1L41A 1CX6A 213LA 182LA 159LA 1L48A 3HT7A 1L29A 250LA 1L61A 110LA 2RAZX 3DNAA 1L53A 1QTBA 3OE8A 1L69A 1PQJA 3GULA 200LA 157LA 1L91A 1L33A 4I7JA 1KW7A 2HUMA 1L32A 1QT5A 2B6ZA 4LDLA 188LA 3GUNA 1LI6A 4K5YA 1L67A 1P37A 1QT7A 1PQMA 3GUPA 3UONA 122LA 1G0JA 3D4SA 230LA 1L06A 1L23A 3HU8A 3HWLA 184LA 2B72A 2HULA 183LA 4GBRB 3CDVA 1D2WA 214LA 1L14A 2OE7X 109LA 3ODUA 4ZPUA 1CU3A 1L39A 1P2LA 245LA 1LLHA 2Q9EA 1L24A 3DN4A 1SX7A 3G3VA 2OE9X 231LA 1L09A 1L02A 2HUKA 1L16A 233LA 1CU0A 1G0KA 1L76A 1L35A 1CV6A 1L13A 1L58A 3FI5A 123LA 165LA 1OWZA 1LYEA 3C81A 3HUQA 4I7TA 237LA 228LA 1P46A 3QAKA 1L36A 178LA 172LA 1L80A 174LA 1TLAA 103LA 1D3MA 1JTMA 1L74A 4EKSA 2B6XA 1C6TA 1L90A 4DKLA 1C6EA 1OYUA 2LZMA 1CU6A 224LA 6LZMA 1L01A 1LWGA 1L84A 1L49A 242LA 1KS3A 1L04A 115LA 1L89A 4I7LA 205LA 2O4WA 3C7ZA 1L19A 1C64A 1L64A 4PK0A 125LA 3DN0A 261LA 1C6BA 1QUGA 4I7SA 246LA 247LA 3SBAA 4ARQB 243LA 1P7SA 234LA 3CDOA 1L25A 226LA 1G0PA 1C6KA 1LGWA 3EMLA 1QT3A 1LYIA 4LDEA 1C6LA 1OWYA 2RBQA 4EKQA 104LA 1LWKA 186LA 197LA 168LA 2ANXA 4DAJA 1L31A 1B6IA 3NYAA 1L55A 4W56A 1LI2A 162LA 236LA 1L52A 1ZURA 1P36A 1L94A 2CUUA 1P5CA 2OTYX 3OE0A 3C7YA 1QTZA 2RBNA 1EPYA 3HT8A 1C6MA 143LA 1C6HA 1L85A 4YX7C 4ARJA 1CV0A 1P6YA 3NY8A 221LA 4ARQA 3CDRA 1L11A 2B6YA 3HDFA 1C6JA 1L59A 251LA 1L43A 1L0JA 2QARC 1D9WA 4GRVA 1SSYA 2IGCA 1L21A 1QTCA 1L71A 1L98A 218LA 211LA 232LA 260LA 3CDTA 142LA 3FA0A 4LZMA 1C6DA 1CV1A 1L97A 2B6TA 2B7XA 1C6CA 3SB8A 1NHBA 1ZWNA 3VW7A 1WTHA 3SB6A 2Q9DA 215LA 199LA 1D3FA 1OV5A 146LA 1LPYA 3HUAA 1ZYTA 2OEAX 190LA 1L83A 1DYDA 3DN3A 2OTZX 3C82A 3LZMA 3OE6A 1K28A 150LA 2F47A 1L46A 1G06A 1SWZA 3DMVA 3HDEA 1C6NA 1L10A 113LA 3PDSA 1QSQA 118LA 1OV7A 1L18A 3SB5A 108LA 4W51A 1L66A 171LA 1L63A 212LA 147LA 1KY1A 222LA 3HUKA 166LA 4I7RA 3FADA 130LA 160LA 2NTGA 3L2XA 155LA 1LYJA 3L64A 4EJ4A 3HTBA 1QTDA 244LA 2RH1A 3G3XA 4AQNA 210LA 1DYBA 3C83A 1QUOA 4I7NA 3HH6A 1L0KA 158LA 4W58A 1T8AA 2L78A 1L08A 1L50A 1QUDA 1P64A 3HH3A 1CVKA 1T97A 2RB1X 3V2WA 180LA 1L65A 3PBLA 2B73A 4YXAC 3HH5A 3V2YA 1CV3A 4W57A 192LA 140LA 4E97A 1L20A 1L17A 1SSWA 3HT6A 1L03A 4W54A 107LA 254LA 1L79A 217LA 2RBRA 239LA 112LA 120LA 3GUKA 1L82A 3HU9A 181LA 175LA 151LA 185LA 1CU2A 1LGUA 1LYHA 139LA 1L37A 4OO9A 1C6PA 1KY0A 141LA 1L87A 1L00A 161LA 2RAYX 3C8SA 5LZMA 3C7WA 1QS9A 3CDQA 3HTDA 189LA 138LA 1QTVA 3K2RA 1LGXA 1KNIA 2OU9A 262LA 3SBBC 7LZMA 1G1WA 1L07A 1T8GA 195LA 1C61A 227LA 4EPFA 4ARMB 2RB2X 2RB0X 111LA 131LA 2F32A 1L77A 4ARLA 2A4TA 3SB7A 2LC9A 2RBSA 102LA 225LA 1L27A 3DN6A 170LA 1LYFA 3F8VA 3GUMA 1DYGA 1L30A 1DYCA 148LE 1L15A 253LA 167LA 3C80A 1C66A 149LA 4W52A 209LA 4EKRA 1QT8A 2OE4X 4I7OA 1LW9A 2B70A 1L54A 1L93A 1D2YA 1L38A 4W55A 1C6GA 1PQKA 223LA 1LI3A 1SX2A 3GUJA 173LA 196LA 1L47A 1L44A 137LA 1L86A 240LA 259LA 119LA 2ANVA 1SWYA 4ARMA 1L22A 1QS5A 238LA 1G0QA 4DJHA 1L72A 1L45A 3RZEA 129LA 1L96A 1LYDA 128LA 1QT6A 2OU0X 3JR6A 1DYAA 163LA 1P3NA 1L40A 177LA 3HT9A 3C8QA 2F2QA 1OVKA 1C6IA 1C6QA 2B6WA 1L42A 1CX7A 1L95A 2OU8A 1L56A 3C8RA 1T8FA 257LA 2RBPA 1L92A 5I14A 1G1VA 1L57A 1CU5A 220LA 4W53A 3F9LA 1CV5A 1C68A 2Z6BA 1XEPA 1D3JA 1L62A 1C6FA 1CTWA 1L05A 1OVHA 1L26A 144LA 3DMZA 3HTFA 3NY9A 3RUNA 145LA 4ARPA 127LA 1L60A 201LA 1L99A 1L34A 3GUIA 164LA 4LDOA 1L51A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RBOA 3D9AC 1B0DA 1D3NA 1IY3A 4I7KA 1LYGA 3SN6R 3DN1A 5LYMA 4O34A 1L70A 2O7AA 2H9KA 1GB3A 1ZVHL 1NDMC 1P2RA 4EXMA 1KW5A 5KXTA 1C63A 1QSAA 2DQCY 3DMXA 4H1PA 1QUHA 4EKPA 1CUPA 1PQOA 1GAYA 1IOTA 1PQIA 3B72A 1JJ1A 1P56A 1L81A 3W6CA 1G07A 4HV2A 229LA 2O79A 3GUOA 3OE9A 3W6BA 2HU3A 3DN2A 3G3AB 4UWUA 1G7JC 4NFVA 1QTKA 2HEFA 1CX6A 213LA 1LJNA 3CT5A 4I7JA 207LA 2F4AA 3ATOA 4WLYA 3GUPA 3G3BB 230LA 5KXWA 3AB6A 2G4NA 3HWLA 2YBHA 2DBTA 1XGUC 1L14A 1IVMA 109LA 1B7MA 4NEBA 1IY4A 1LSPA 4ZPUA 4TSBA 1LHHA 4NGYA 1SX7A 3G3VA 1LZ1A 231LA 2N5ZA 3AW6A 3A96A 4GN3A 2G4PA 3AZ5A 233LA 4YEOA 1L35A 3HBEX 2HECA 5B07A 237LA 1L36A 3IJUA 1TLAA 103LA 2BQMA 1LSBA 1XFPL 1FN5A 4DKLA 1INUA 3T6UA 1CU6A 1LZ4A 1KS3A 5I4XA 1YAPA 3W6AA 1IEEA 2ZILA 2O4WA 1DKJA 2Z2EA 1QUGA 4I7SA 4IASA 246LA 4BAFA 4ARQB 3CDOA 1L25A 1BWIA 4UWNA 1C6KA 3W6FA 1QT3A 1C6LA 1XEJA 4EKQA 104LA 1NHEA 1B7LA 1G7HC 1OUEA 1GB9A 4KL7A 4B1AA 1L55A 162LA 1DPWA 1ZURA 2CUUA 1HFYA 4NHPA 2RBNA 1XGPC 1W6ZA 1EPYA 4OWAA 3HT8A 1C6MA 143LA 1L85A 4ETAA 4NHTA 3TMXA 3HBDA 1NDGC 4ARQA 4WM4A 1HEPA 1L43A 1IWXA 4GRVA 4DDCA 1IWUA 1L71A 2MEFA 1GAZA 2Z2FA 232LA 5C6JA 4U3XB 260LA 3FE0A 2ZIJA 3P66A 4LZMA 1L97A 2B6TA 1C43A 1C6CA 1CJ8A 4H9FA 4PRUA 1OUJA 1LZBA 1NHBA 1ZWNA 4EMNA 4KXIA 3AGGG 146LA 1LPYA 1IOSA 4NHSA 4NGOA 1GF0A 5F9XA 1L83A 1GWDA 2F30A 2HEEA 3OE6A 1K28A 1WQRA 1L46A 1SWZA 3DMVA 1MELL 2CJLA 3CT1A 3GXRA 3PDSA 4D9ZA 1B2KA 1YAOA 1OV7A 4GLAA 3SB5A 1L63A 1OUCA 222LA 2YBNA 2XTHA 1LYJA 4TSCA 3A6BY 2CGIA 1HERA 5ILCA 1DYBA 4WG1A 3ZVQB 3HH6A 3WW6A 4LYCA 1CKGA 4W58A 4BAPA 4NGJA 3HH3A 3W3EA 3CB7A 5DL9A 5I54A 1CVKA 2RB1X 3HH5A 1UIHA 1B7OA 2BQIA 1GF6A 4DQ5A 1YAQA 5FDJA 4E97A 1L20A 2B5ZA 3HT6A 3IJVA 1L03A 4W54A 4M4OA 1QSWA 4LYBA 1L79A 3ZEKA 3BKHA 112LA 2FBBA 1GFHA 5LYZA 3ZVQA 1LYHA 4B4IA 4OO9A 8LYZA 3M18B 2CWIA 4XJGA 5KXNA 1MLCE 4NHQA 1WQNA 5EBHA 1LGXA 1LZEA 1JWRA 1KNIA 4N5RA 3SBBC 3RZ4A 1T8GA 4EOFA 4MR1A 1LHKA 1ZV5L 4ARMB 2RB2X 1L77A 4NSJA 5KXYA 4ARLA 4DYGA 2MEEA 2RBSA 225LA 2YSSC 4ZFPA 5ILFA 3F8VA 5F14A 3GUMA 1DYGA 1L30A 3LYZA 1OUHA 3C80A 149LA 1OUFA 3A34A 1LHJA 209LA 4IJ4A 4EKRA 4DDBA 2W1YA 4I7OA 2BQGA 4OWCA 4H90A 4W55A 1GXV2 3AJNA 1NQIA 223LA 4NG8A 3A92A 1SX2A 2D4IA 4ARMA 1GBYA 2DQAA 5K7OA 1L22A 5L9JA 3ATNA 4CJ2A 2BQLA 1G0QA 2ZWBA 4DJHA 1JTTL 1NBZC 3A94A 1GEZA 2Z38A 4WOAA 3WVYA 128LA 2NWDX 3QY4A 4WLDA 5E4PA 4ETCA 3C8QA 2F2QA 3KAMA 5APFA 4G9SA 3QE8A 1ZMYL 1OUAA 4H92A 1T8FA 3WPJA 5KY1A 1BVXA 1LJJA 4N0JA 3A6CY 4ETDA 1GF4A 1OVHA 1IWWA 1VDSA 4ARPA 3TXDA 1L34A 1IR9A 2G4QA 3DKEX 2B75A 1JQUA 1TDYA 4PJZA 1LTMA 4RDSA 1C69A 156LA 4MSTA 2BQDA 4I7MA 4FDYA 1VDQA 216LA 5KXSA 252LA 1GXXA 1LCNA 2QB0B 2NTHA 3DN8A 4TX7A 152LA 2LCBA 4KT3A 1CUQA 1T6HA 1L75A 4H8ZA 4R0FA 2XBSA 4H91A 1I56A 1I20A 1NF5A 1T3PA 4HTQA 3HTGA 1AM7A 1DYFA 1REZA 5I53A 1L12A 5FHWA 4XN6A 4IAPA 1L73A 5KKJA 1G0LA 1G0MA 1ZVYB 3WUAA 1L41A 133LA 1IP5A 1UUZC 3HT7A 4CHXA 1L29A 2ZNXY 3DNAA 1L53A 1QTBA 4NSIA 3AGHA 157LA 1L91A 1KIQC 1L33A 5F81A 2HUMA 1J1PY 4J7VA 5LXWA 4LYOA 1YKZX 3GUNA 3WMKA 1B7SA 4PJ2C 1P37A 1IC7Y 1PQMA 2W1MA 3UONA 1L06A 1L23A 1LOZA 4DDAA 184LA 2B72A 2HULA 3CDVA 1YILA 4QEQA 1JHLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2RBO A;  3D9A C;  1B0D A;  1D3N A;  1IY3 A;  4I7K A;  1LYG A;  3SN6 R;  3DN1 A;  5LYM A;  4O34 A;  1L70 A;  2O7A A;  2H9K A;  1GB3 A;  1ZVH L;  1NDM C;  1P2R A;  4EXM A;  1KW5 A;  5KXT A;  1C63 A;  1QSA A;  2DQC Y;  3DMX A;  4H1P A;  1QUH A;  4EKP A;  1CUP A;  1PQO A;  1GAY A;  1IOT A;  1PQI A;  3B72 A;  1JJ1 A;  1P56 A;  1L81 A;  3W6C A;  1G07 A;  4HV2 A;  229L A;  2O79 A;  3GUO A;  3OE9 A;  3W6B A;  2HU3 A;  3DN2 A;  3G3A B;  4UWU A;  1G7J C;  4NFV A;  1QTK A;  2HEF A;  1CX6 A;  213L A;  1LJN A;  3CT5 A;  4I7J A;  207L A;  2F4A A;  3ATO A;  4WLY A;  3GUP A;  3G3B B;  230L A;  5KXW A;  3AB6 A;  2G4N A;  3HWL A;  2YBH A;  2DBT A;  1XGU C;  1L14 A;  1IVM A;  109L A;  1B7M A;  4NEB A;  1IY4 A;  1LSP A;  4ZPU A;  4TSB A;  1LHH A;  4NGY A;  1SX7 A;  3G3V A;  1LZ1 A;  231L A;  2N5Z A;  3AW6 A;  3A96 A;  4GN3 A;  2G4P A;  3AZ5 A;  233L A;  4YEO A;  1L35 A;  3HBE X;  2HEC A;  5B07 A;  237L A;  1L36 A;  3IJU A;  1TLA A;  103L A;  2BQM A;  1LSB A;  1XFP L;  1FN5 A;  4DKL A;  1INU A;  3T6U A;  1CU6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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