1P56A

Duplication-extension of helix a of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Relocation or duplication of the helix A sequence of T4 lysozyme causes only modest changes in structure but can increase or decrease the rate of folding.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords PROTEIN (Lysozyme)
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p56A00
1L56A 1LYJA 1P7SA 261LA 1L03A 1QTBA 3DN0A 3DN1A 1C6KA 1L41A 1L0KA 4PJZA 3QAKA 259LA 3C8SA 3DN8A 1P2RA 165LA 1LI3A 1CVKA 2F47A 2HULA 1CV6A 3JR6A 4W52A 4W53A 1L89A 1CV0A 3GUMA 137LA 1L94A 1QUDA 3CDRA 1L43A 1L63A 1XJTA 1CU2A 209LA 1L16A 1C6PA 243LA 1LI2A 1L18A 1CV1A 3PBLA 2OU8A 4PK0A 1TLAA 247LA 1L34A 1L27A 1C65A 1CX7A 2OU9A 109LA 1L66A 1LYEA 3G3WA 4I7SA 2ANXA 1L32A 2QARC 102LA 1G0MA 2OE7X 1L85A 3GUOA 1QTZA 1C6GA 2B6ZA 118LA 1L57A 1C6HA 1L04A 1LGUA 1C69A 1DYAA 1G07A 160LA 240LA 191LA 1QT3A 215LA 1QUGA 1CU3A 2NTGA 1L84A 1QTCA 4YXAC 3HH6A 1L14A 1L05A 186LA 139LA 158LA 2RBPA 3HDEA 3DN3A 1L76A 3CDVA 171LA 248LA 110LA 4W56A 4OO9A 112LA 2B70A 1PQJA 1L21A 3ODUA 1L97A 1EPYA 3SBAA 1L44A 2Z6BA 6LZMA 1C62A 1C64A 4W55A 1L28A 2LCBA 4ARMB 115LA 1C6JA 1T97A 1QTHA 3HUQA 1L68A 169LA 1L46A 2RB0X 3L64A 3G3XA 1LGWA 232LA 253LA 219LA 4EKRA 176LA 127LA 4ARQA 1ZWNA 197LA 1L59A 242LA 4W51A 4IAPA 128LA 3RZEA 1C6IA 220LA 217LA 1L49A 3L2XA 4LDLA 1DYGA 192LA 1QSQA 1XJUA 4E97A 1JQUA 2B6XA 2RH1A 1L91A 229LA 1L47A 1QT7A 1LYFA 1L80A 2OU0X 4LZMA 3C8QA 1P6YA 2RB2X 2B74A 3DKEX 2OTZX 3DMXA 218LA 199LA 210LA 1C6DA 1CUQA 236LA 4EXMA 114LA 1L90A 3G3VA 185LA 2NTHA 1KS3A 1CU5A 4ARJA 1L45A 4S0WA 1DYBA 1L70A 2ANVA 2LZMA 1PQDA 125LA 1LI6A 3HT6A 1C6EA 1C6CA 1CU6A 1L02A 180LA 2RB1X 1L08A 1LWGA 159LA 1C66A 1L42A 1D2YA 1LYIA 196LA 1C6FA 1G06A 3OE9A 4LDEA 1L95A 2OE4X 120LA 175LA 1L23A 3HT8A 205LA 1QTDA 1L52A 155LA 2OTYX 4YX7C 1L93A 3HTGA 1G1WA 3SB9A 168LA 1XEPA 4I7QA 2O79A 1L98A 1L53A 1L50A 4I7NA 1KY1A 1LYDA 1P3NA 2B75A 1CUPA 2Q9DA 183LA 1QSBA 1KW7A 4GBRB 1L12A 250LA 1P2LA 225LA 111LA 2RBNA 3EMLA 3GUIA 1ZYTA 3SBBC 1OVKA 2Q9EA 1JTNA 241LA 3HWLA 1L15A 2IGCA 3DN4A 1SX2A 146LA 1T6HA 1K28A 4EKPA 1G0GA 222LA 1G0LA 1SSWA 249LA 166LA 2L78A 1L17A 254LA 1C6QA 1P64A 1C68A 1L51A 1LWKA 2A4TA 235LA 2F32A 4DJHA 206LA 1L99A 145LA 3NY8A 1L62A 103LA 157LA 1L07A 1L54A 1QT5A 257LA 3V2YA 156LA 3FI5A 3C80A 1DYCA 4EKSA 237LA 2RBRA 4I7KA 1C6LA 1P37A 213LA 3GUJA 4I7RA 3HT9A 108LA 162LA 1D3JA 2LC9A 3K2RA 1LYGA 195LA 233LA 1L09A 3HH3A 1LYHA 1L81A 1C60A 1C6BA 1D3MA 130LA 3GUNA 3VW7A 4I7JA 4I7PA 1D2WA 1L48A 1G0PA 211LA 182LA 1L72A 4LDOA 3DMZA 1OWYA 5I14A 3LZMA 173LA 1ZURA 3HU9A 187LA 4EPFA 190LA 1LW9A 3CDOA 3FADA 2RBOA 1L88A 201LA 2OE9X 4I7OA 1L0JA 3C8RA 1L01A 4GRVA 1P36A 119LA 107LA 1L22A 4I7LA 1SWYA 239LA 1L24A 7LZMA 1PQIA 113LA 4ZPUA 1JTMA 227LA 4YXCA 4W54A 1QS9A 244LA 1P56A 1L33A 1G0KA 3HTBA 3HH4A 4ARQB 4EJ4A 262LA 1B6IA 251LA 2RAZX 238LA 1G1VA 1CV4A 1DYDA 1CV5A 1KNIA 1PQKA 1L58A 3C82A 1L55A 3HTFA 1OVJA 1OYUA 260LA 3C7YA 228LA 1CTWA 1L40A 256LA 123LA 3RUNA 1G0QA 1KW5A 189LA 223LA 2QB0B 3SB8A 4I7MA 3C7ZA 3OE0A 3HTDA 1OV7A 163LA 2RBQA 245LA 4DKLA 131LA 1L77A 3F8VA 3DN2A 1SSYA 3HDFA 1L36A 4W57A 1L65A 200LA 3HT7A 3OE6A 1L29A 142LA 4ARPA 2RBSA 258LA 1L67A 4I7TA 4EPIA 1C6AA 178LA 3SB7A 2OEAX 1L92A 4EKQA 1L19A 1QTVA 224LA 2B6WA 3SB6A 1D9WA 231LA 129LA 1L31A 1L71A 4ARMA 1C6NA 3UONA 4W58A 177LA 1C6MA 122LA 1L79A 3NY9A 1T8FA 2O7AA 1L60A 181LA 1OVHA 2CUUA 167LA 221LA 3PDSA 2HUMA 1I6SA 2B6TA 1DYFA 4AQNA 198LA 2F2QA 1L26A 1C6TA 3DN6A 4K5YA 1CV3A 1L75A 1NHBA 104LA 2B72A 3SB5A 1CX6A 1P46A 1SX7A 1PQMA 3C81A 212LA 1L86A 3DMVA 1L39A 147LA 3F9LA 255LA 3C83A 252LA 1C61A 4W59A 140LA 3D4SA 143LA 1L30A 3HU8A 3SN6R 1L35A 3V2WA 1L64A 1L82A 138LA 1T8AA 1DYEA 226LA 1G0JA 3CDQA 3CDTA 1QUHA 246LA 184LA 150LA 2RAYX 1LGXA 1L37A 1OWZA 1LPYA 126LA 1L74A 1OV5A 1C67A 148LE 230LA 1PQOA 1QUOA 3GUPA 161LA 141LA 1L10A 2B7XA 1L96A 1LLHA 3C7WA 1L61A 1P5CA 149LA 170LA 188LA 1L38A 1QT8A 5LZMA 1QT4A 1L73A 3OE8A 1KY0A 1L13A 1WTHA 3HUKA 1L06A 2B73A 3GULA 4ARLA 174LA 3DNAA 234LA 3NYAA 172LA 1L00A 1QT6A 3FA0A 1CU0A 1L20A 1L69A 1L83A 1T8GA 1D3FA 2O4WA 164LA 1SWZA 1L87A 2B6YA 3GUKA 214LA 1QS5A 1L11A 3HH5A 1D3NA 152LA 216LA 151LA 4DAJA 1L25A 3HUAA 2HUKA 1C63A 144LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3B0OA 4II8A 4LFXA 1GBYA 4NHPA 4DQ5A 1XEKA 1AT6A 1IWZA 3JR6A 1CVKA 2F47A 4W52A 4W53A 1L89A 1RE2A 3HFMY 4PPOA 4NGLA 3CDRA 1GF4A 1LSZA 209LA 193LA 1WQOA 1L18A 2OU8A 4NY5A 1AKIA 4H8YA 2OU9A 109LA 3G3WA 1WTNA 4H8XA 1G0MA 1GAYA 1L85A 3GUOA 4H9FA 4M6DA 1L04A 1HF4A 1LGUA 1IWVA 7LYZA 1DYAA 160LA 5HNCA 1HEWA 1QT3A 215LA 1QUGA 2LYOA 4YXAC 2RBPA 139LA 1JKCA 3RT5X 3HDEA 1L76A 1DI4A 1W08A 171LA 1INUA 248LA 4W56A 112LA 4UWVA 4G4HA 1L21A 1XEJA 1I56A 1L97A 3SBAA 4W55A 1H6MA 5B59A 5LXWA 1GF0A 169LA 4D9ZA 4ZFPA 1L46A 2BQHA 2RB0X 3G3XA 1B5VA 1LGWA 3W6FA 5KY1A 219LA 3TXDA 2LZ2A 4WM2A 1ZWNA 197LA 1VDPA 3CT1A 1LSMA 4IAPA 1NBZC 4W96A 1HHLA 3ULRA 1QDTA 1TAYA 4GCFA 3AZ6A 1LZGA 1VATA 3L2XA 1DYGA 4ETDA 1GF8A 1HFYA 1QSQA 1YQVY 1JQUA 1LKSA 1LHMA 1L47A 2OU0X 1IC7Y 3C8QA 4NG8A 1P6YA 2LYZA 1IWXA 3DKEX 3TMUA 4B0DA 2OTZX 5B1FA 4AXTA 218LA 199LA 210LA 1CUQA 3TXEA 4DQJA 1NDMC 114LA 1AZFA 1CU5A 4ANRA 1C10A 4XADA 3AGIA 1IWUA 1BB5A 3IJVA 1GFTA 3AGHA 5LVHA 1L02A 1CKDA 1L42A 4NFVA 4NIJA 4J7VA 5ILFA 1L95A 2OE4X 120LA 175LA 3ZVQB 205LA 155LA 2OTYX 3G3AB 4EOFA 1L93A 1G1WA 1WTMA 1LSDA 5KXXA 2BQIA 2Q9DA 1KW7A 1L12A 1SLYA 1ZYTA 1OVKA 1BWIA 1L15A 1G0LA 3M18B 2L78A 254LA 2XTHA 5APFA 5FCPA 4DYGA 1L99A 1WQQA 3BKHA 2BQDA 1QQYA 1QT5A 5HLLA 3C80A 1DYCA 4EKSA 4NGWA 2RBRA 4LYOA 2YBIA 1V7SA 213LA 1LTMA 1GB6A 1B7LA 1GF3A 2W1XA 4H94A 2LC9A 1LYGA 4NGOA 1AT5A 3GUNA 4I7PA 1GFJA 1LMOA 1C46A 1G0PA 1L72A 173LA 1DXJA 3QY4A 3HU9A 187LA 5FEKA 4EPFA 4X3BA 1FDLY 5D5CA 3FADA 3A67Y 1DKJA 3D3DA 1F6SA 4Z98A 3C8RA 119LA 1LZTA 1GFAA 2DQGY 4H91A 4I7LA 1SWYA 1WVVA 1C43A 4WL6A 4W54A 1QS9A 1P56A 1L33A 1JJ3A 1NDGC 1HMKA 1OUIA 1G1VA 1DYDA 1CV5A 1L58A 1LSEA 1XGUC 1IP5A 4NWHA 1HNLA 1HENA 260LA 5C6IA 1VEDA 1CTWA 1DI3A 256LA 123LA 189LA 4I7MA 4OWAA 4C3WA 2BLXA 163LA 4DKLA 131LA 1CNSA 4LGKA 1SSYA 4MCKA 1LHIA 1B5WA 1L65A 142LA 5LA5A 224LA 2DBTA 3SB6A 1L31A 4G4CA 4NGJA 5JENB 1RCMA 1IP3A 1F0WA 122LA 1GWDA 2HEFA 2HU1A 2O7AA 1EQ5A 3F6ZA 5FSTA 1D9UA 4RLNA 181LA 221LA 1I6SA 2MEDA 132LA 1LKRA 4AQNA 1BB7A 208LA 1C6TA 4YEOA 1CV3A 1DZBX 4C5FA 4GN4A 104LA 1KIPC 3LHMA 3TMWA 3SB5A 3C81A 3DMVA 4OWBA 3WUMA 2BQAA 252LA 5KXPA 140LA 1AM7A 2F4AA 3J4GA 1LHKA 1G0JA 3CDTA 1B0DA 3A95A 1IWTA 4KXIA 2RAYX 4DD1A 5L3IA 1HERA 3WMKA 1LPYA 2LYMA 2MEBA 1GFUA 5LYZA 141LA 1KXYA 3T6UA 1LSBA 2G4NA 2BQEA 2C8PA 1L61A 1A2YC 4H9BA 5LZMA 1QT4A 2G4QA 3LZTA 5LYMA 1JSFA 1JISA 1L06A 2B73A 1QUSA 2RSCA 174LA 4ARLA 1L83A 3HBDA 1JHLA 3ZVQA 4H9CA 1SWZA 1L87A 1OUCA 3GUKA 4XJBA 1QUTA 1B7SA 1L11A 3IJUA 216LA 1L25A 3W6AA 4WMGA 4M4OA 144LA 8LYZA 1YILA 3QE8A 1P7SA 3DN0A 1NF5A 2YBNA 3DN1A 1C6KA 1L41A 3K3TA 1LZNA 1GDWA 4I0CA 3QAKA 259LA 5F14A 3DN8A 4ET9A 165LA 137LA 1QUDA 1CU2A 1L16A 243LA 2MEFA 4PK0A 4WM3A 2ZNWY 5HNLA 4YF2A 1TLAA 1B5UA 1C65A 1CX7A 3W6EA 1P2CC 2HU3A 1L32A 4YOPA 1C6GA 2Y8PA 191LA 1BQLY 5I4XA 1CU3A 2NTGA 3N9AA 4CGEA 158LA 1KIRC 3CDVA 4TWSA 5LVKA 4WLTA 2H5ZA 1C62A 3MGWA 1L28A 2LCBA 1ZV5L 115LA 1C6JA 4N1EI 4ARMB 1GE4A 1QTHA 1OUDA 2FBDA 3HUQA 1G7MC 5HMVA 2CGIA 3L64A 4WLYA 2BQMA 3IWRA 4NSIA 127LA 1B7PA 1IVMA 2BLYA 1QSAA 1LZCA 4HJZA 1LJ4A 4W51A 1BWHA 2D91A 3WU9A 1ALCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3B0O A;  4II8 A;  4LFX A;  1GBY A;  4NHP A;  4DQ5 A;  1XEK A;  1AT6 A;  1IWZ A;  3JR6 A;  1CVK A;  2F47 A;  4W52 A;  4W53 A;  1L89 A;  1RE2 A;  3HFM Y;  4PPO A;  4NGL A;  3CDR A;  1GF4 A;  1LSZ A;  209L A;  193L A;  1WQO A;  1L18 A;  2OU8 A;  4NY5 A;  1AKI A;  4H8Y A;  2OU9 A;  109L A;  3G3W A;  1WTN A;  4H8X A;  1G0M A;  1GAY A;  1L85 A;  3GUO A;  4H9F A;  4M6D A;  1L04 A;  1HF4 A;  1LGU A;  1IWV A;  7LYZ A;  1DYA A;  160L A;  5HNC A;  1HEW A;  1QT3 A;  215L A;  1QUG A;  2LYO A;  4YXA C;  2RBP A;  139L A;  1JKC A;  3RT5 X;  3HDE A;  1L76 A;  1DI4 A;  1W08 A;  171L A;  1INU A;  248L A;  4W56 A;  112L A;  4UWV A;  4G4H A;  1L21 A;  1XEJ A;  1I56 A;  1L97 A;  3SBA A;  4W55 A;  1H6M A;  5B59 A;  5LXW A;  1GF0 A;  169L A;  4D9Z A;  4ZFP A;  1L46 A;  2BQH A;  2RB0 X;  3G3X A;  1B5V A;  1LGW A;  3W6F A;  5KY1 A;  219L A;  3TXD A;  2LZ2 A;  4WM2 A;  1ZWN A;  197L A;  1VDP A;  3CT1 A;  1LSM A;  4IAP A;  1NBZ C;  4W96 A;  1HHL A;  3ULR A;  1QDT A;  1TAY A;  4GCF A;  3AZ6 A;  1LZG A;  1VAT A;  3L2X A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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