1P64A

T4 lysozyme core repacking mutant l133f/ta
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNFAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Repacking the Core of T4 lysozyme by automated design
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p64A00
217LA 1T8GA 2CUUA 258LA 3SB6A 1L0KA 158LA 1L76A 4I7KA 3OE0A 4I7MA 108LA 247LA 2RBQA 3GUOA 1JQUA 1XJTA 148LE 211LA 123LA 3GUIA 260LA 2RBSA 1C69A 1P5CA 1B6IA 2RAZX 1KW5A 175LA 2LCBA 1DYCA 213LA 1P37A 243LA 3HUQA 1QT4A 4I7RA 2RB0X 201LA 1LGUA 2B74A 1P3NA 3RUNA 4I7LA 151LA 137LA 3HDFA 221LA 1QT6A 3CDVA 1L17A 3DNAA 3OE8A 3C8RA 4ARLA 255LA 1PQJA 1L06A 1OYUA 1QS5A 4I7QA 4ARQA 228LA 4W59A 1L11A 1L55A 1L39A 142LA 170LA 210LA 4ARPA 1T97A 4E97A 4YXCA 1OVKA 1L26A 3QAKA 3HTFA 1L89A 195LA 1DYAA 3CDOA 1L91A 2HUMA 1C6DA 1CV3A 1DYBA 1L35A 1C61A 1ZWNA 2B73A 3C7WA 220LA 149LA 257LA 3HH4A 3HT6A 1QTCA 147LA 1CU0A 1P46A 1XJUA 1L51A 1L57A 2Q9DA 248LA 4W53A 118LA 3SBBC 252LA 1SSWA 1C62A 1G0JA 4EKSA 1C6QA 4EXMA 1P2RA 1D3JA 172LA 1CV6A 1L45A 182LA 1OV5A 1ZURA 1L0JA 249LA 2IGCA 1C6CA 3DN6A 3DN3A 1T6HA 2RBPA 3DN4A 1LYGA 109LA 1QT8A 4W52A 1L00A 250LA 4IAPA 1LGWA 1L68A 1L10A 1P6YA 1G07A 2RBNA 4EPIA 1KY0A 1CV5A 1L54A 1C67A 1ZYTA 251LA 1L15A 1C6PA 218LA 219LA 244LA 4I7TA 146LA 1C6KA 223LA 183LA 1L90A 1L38A 3SB7A 131LA 1L72A 3JR6A 1LYHA 1C6GA 1QTZA 1L48A 1PQDA 1G0PA 4PJZA 1G0MA 164LA 2RBOA 3HH5A 1L19A 103LA 187LA 143LA 1D9WA 2O79A 3SB8A 119LA 1L07A 1L02A 3C82A 1K28A 3FA0A 2RH1A 3HTBA 110LA 1QUDA 3D4SA 1CX7A 3HU8A 227LA 112LA 3SBAA 2B6TA 3C7ZA 1L08A 144LA 1L47A 2OEAX 4ARMA 3C8QA 3C81A 1L41A 3DKEX 163LA 3K2RA 1QT3A 3C8SA 3HTGA 2OE7X 173LA 1L58A 186LA 3HH3A 3NY9A 2L78A 168LA 1CV0A 4ARMB 1QSQA 4W54A 1P7SA 178LA 3HU9A 115LA 4LDLA 1L22A 1L94A 1C6BA 1G0KA 2B6WA 1C64A 1KNIA 3DN1A 3ODUA 1L36A 3V2YA 4W57A 111LA 1LW9A 4K5YA 1SSYA 3DMXA 1L67A 1L21A 4EPFA 4I7SA 1KS3A 3CDTA 3C7YA 129LA 214LA 2RB1X 1C65A 1SWZA 1LYIA 1DYEA 1L14A 156LA 1C6AA 2Q9EA 1L33A 3C80A 4ARQB 1OV7A 2HULA 4W56A 1OWYA 2HUKA 246LA 4GRVA 1D3FA 157LA 2OU9A 1L83A 1CU5A 1CV1A 259LA 198LA 1P36A 1C6IA 1L04A 1L23A 1SX7A 2F32A 188LA 1LWGA 1L34A 2OTYX 3OE9A 1L84A 1L43A 1LI3A 191LA 1NHBA 3HDEA 181LA 3HT8A 7LZMA 1L37A 1LYFA 1I6SA 120LA 1QTVA 1L71A 1L70A 4I7PA 1L75A 1CUPA 2OU0X 245LA 3CDQA 1JTMA 2B70A 141LA 1L66A 229LA 1G1VA 4W58A 1C6JA 2O4WA 1L18A 2QARC 177LA 1L86A 1OVJA 139LA 185LA 1L16A 3V2WA 253LA 171LA 1LYEA 1C6NA 1D3MA 1L09A 1L12A 4W55A 240LA 3DMVA 6LZMA 180LA 205LA 1JTNA 1L69A 2QB0B 1T8AA 2NTGA 1L42A 4EJ4A 1L87A 1C6MA 1L81A 1P2LA 1PQIA 1G0LA 2ANVA 3GULA 1C6TA 3SB9A 2OU8A 4PK0A 1LLHA 155LA 1XEPA 1LYJA 237LA 4YX7C 222LA 4OO9A 1C66A 3UONA 1L52A 1LI2A 1C68A 1L30A 212LA 1LWKA 224LA 199LA 1L29A 215LA 206LA 140LA 1D2WA 1L93A 235LA 1L88A 1P64A 3GUJA 261LA 1OVHA 1L63A 242LA 3F9LA 1L01A 3HUAA 4DAJA 3SN6R 3HT9A 160LA 4LDOA 4S0WA 2RAYX 1L61A 3HWLA 167LA 1CTWA 1CU6A 1L27A 1SWYA 1G06A 1L49A 1L95A 1CV4A 1KW7A 3HUKA 1L77A 1L32A 3NY8A 1L99A 1T8FA 3VW7A 1CVKA 2OE4X 2B72A 1L74A 3HH6A 1CU3A 107LA 2LZMA 165LA 241LA 1L80A 1WTHA 236LA 1KY1A 1QSBA 232LA 1L13A 104LA 1CU2A 3FI5A 1G0GA 1C6EA 3PDSA 159LA 1L98A 3GUPA 162LA 1L65A 1LGXA 254LA 234LA 3GUMA 1QTHA 138LA 262LA 2B6ZA 122LA 3G3XA 4GBRB 2ANXA 1SX2A 4DJHA 3G3VA 1L73A 2LC9A 3NYAA 3GUKA 1L64A 166LA 4YXAC 169LA 1QT5A 3FADA 2RB2X 3SB5A 1L59A 209LA 1L20A 1OWZA 3DMZA 152LA 1LI6A 1L97A 5I14A 1L82A 1L85A 125LA 1L62A 1D2YA 1L92A 5LZMA 3GUNA 2OE9X 1LPYA 4I7OA 161LA 1L53A 1L60A 226LA 2RBRA 2F47A 2OTZX 1PQMA 2NTHA 4I7NA 1L40A 126LA 1CUQA 2B6YA 225LA 3LZMA 1PQOA 102LA 1C6HA 3CDRA 1C6FA 2B75A 1C6LA 2B6XA 1L31A 231LA 196LA 1L44A 1QT7A 3DN2A 176LA 1D3NA 4EKRA 127LA 114LA 192LA 1PQKA 3HT7A 1L25A 1C63A 174LA 1L79A 113LA 1QUOA 2O7AA 1G0QA 3RZEA 145LA 1L03A 3HTDA 3L64A 128LA 150LA 197LA 1L96A 256LA 2F2QA 184LA 4LZMA 1L28A 130LA 239LA 4ZPUA 4ARJA 3DN8A 2Z6BA 233LA 1CX6A 3C83A 2A4TA 1QUHA 1DYFA 4EKPA 3L2XA 4LDEA 1L50A 3EMLA 3OE6A 1EPYA 1L05A 1L46A 1QTBA 1C60A 3PBLA 4W51A 1G1WA 4DKLA 1QUGA 1QS9A 3DN0A 1TLAA 4I7JA 238LA 1L24A 1LYDA 216LA 1DYDA 3G3WA 1QTDA 1L56A 1P56A 190LA 1DYGA 2B7XA 4EKQA 230LA 3F8VA 4AQNA 189LA 200LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IEEA 4MR1A 1FN5A 1WVUA 1OUJA 1DI3A 4I7KA 4I7MA 247LA 2RBQA 2XBSA 1JQUA 1XJTA 1HMKA 1UUZC 148LE 123LA 1C69A 5HLLA 1HFYA 2RAZX 1KW5A 1G7IC 4FJRA 1GB9A 3HUQA 2RB0X 1B7MA 3EBAB 1LZCA 1XEKA 3RUNA 151LA 3AW6A 1WQOA 3AZ6A 221LA 1QT6A 3CDVA 1L17A 1YAPA 1IWXA 4ARLA 255LA 4A7DA 1IX0A 1LMTA 1L39A 142LA 4ARPA 1F6SA 1JTTL 3QAKA 1LHHA 2MEAA 3HTFA 3N9CA 5APFA 3A3RX 1DYAA 1LSNA 4HJVA 1ZWNA 2B73A 220LA 5DL9A 4N5RA 4J7VA 4IASA 4W94A 1XJUA 2EKSC 5L3IA 1VATA 3IJUA 3SBBC 4C5FA 1SSWA 1FLYA 5I54A 3WL2A 1D3JA 172LA 1CV6A 5F16A 182LA 2MEIA 4GN3A 3CSQA 1HF4A 1ZURA 3DN6A 1GF5A 3DN4A 1CKDA 1GFGA 193LA 3B72A 1L00A 1LZDA 1QSWA 1LGWA 1L68A 2HECA 2F4GA 1G07A 4WLYA 1LJJA 1L54A 251LA 5K7OA 218LA 1DI5A 1C6KA 1HEMA 223LA 5D5CA 131LA 1C6GA 1LMAA 1PQDA 2ZNWY 1B7NA 1HNLA 164LA 2RBOA 2BQKA 4NGYA 4UWVA 1OUCA 1DKKA 103LA 1IR8A 1V7SA 4HTQA 3C82A 2LZTA 5EBHA 1QUDA 4LYCA 1B5WA 227LA 4LT1A 1LSCA 2B6TA 1GBWA 4NGWA 1LYYA 3LZ2A 1CKFA 144LA 1NF5A 2OEAX 4ARMA 3C8QA 4R6CA 2LHMA 3C81A 5B05A 1L41A 1KIRC 3K2RA 1QT3A 1JSFA 1A4VA 3BKHA 4WM4A 186LA 3NY9A 3CT5A 1OUBA 3T36A 168LA 1CV0A 4W54A 2FYCA 4B4IA 115LA 2WARA 1L22A 1L94A 1C6BA 1REZA 3CB7A 1KNIA 1GFKA 1OUFA 1HELA 111LA 3A6CY 2I25L 4K5YA 3DMXA 4WLTA 4WO9A 2MECA 2EQLA 3KAMA 2H9KA 3C7YA 214LA 1C65A 1D0LA 3WUAA 1SWZA 1JEFA 1DYEA 156LA 2G4NA 4H8XA 4N1CC 3W6CA 1C6AA 1OV7A 2HULA 1LOZA 157LA 2HTXA 1UIGA 1CU5A 1CV1A 198LA 1OUIA 4HTKA 1C6IA 1L23A 2F32A 3ZVQB 3QY4A 1L34A 4OOTA 1JSEA 4RW1A 1DZBX 4GLAA 191LA 5I4XA 1WQQA 3HT8A 2W1XA 2D4KA 5ILFA 1LTMA 1L75A 1CUPA 4ETBA 2OU0X 245LA 4GN4A 4H9AA 1GFEA 3HBEX 4N1EI 1C6JA 2BQHA 4B4JA 253LA 4G4BA 4Z98A 1YILA 1GFHA 3W3EA 1L09A 3DMVA 1JTNA 1L69A 4UWUA 1T8AA 1B7SA 4EJ4A 4NHQA 4EMNA 1L87A 2ZIJA 2Q0MX 1P2LA 1YKZX 5FCPA 1C6TA 1JJ0A 1ZV5L 1GD6A 1YAMA 1G7MC 5B07A 4GCFA 1BB6A 1LWKA 3F6ZA 1L29A 1D2WA 1L93A 4J1AA 1LKSA 1BVKC 1VEDA 1I1ZA 3A95A 4NGVA 1OVHA 4OWBA 1LMNA 4S0WA 160LA 4LDOA 2ZYCA 5A3ZA 3CSZA 4Z46A 1TCYA 1LHKA 3J4GA 1CTWA 5FSTA 1L49A 1LZNA 1IC5Y 4DD1A 3NY8A 4YF2A 3VW7A 1IO5A 1W08A 4B49A 1CU3A 4NHIA 2LZMA 1Z55A 241LA 1L80A 5LVHA 1B7RA 1HEOA 3TMWA 1IP1A 1UCOA 1C6EA 2MEHA 1L98A 3GUPA 1L65A 1LGXA 5ILCA 3GUMA 4ZEEA 122LA 1LPIA 2ANXA 1SX2A 4DJHA 3G3VA 1L64A 3FADA 1GEVA 1LI6A 1L97A 4DT3A 4Z41A 1GBXA 1L62A 1L92A 3VWOA 4I7OA 2RBRA 3W6EA 1PQMA 4I7NA 4KPMA 126LA 1BWHA 1GE3A 225LA 3LZMA 1PQOA 5LXWA 3CDRA 2I26L 1C6FA 2VB1A 2B6XA 1XGUC 1D3NA 192LA 3HT7A 113LA 1QUOA 2O7AA 1G0QA 1UIHA 1L03A 1XEIA 150LA 4OWEA 197LA 2F2QA 4ZFPA 1BWIA 4DD2A 4LZMA 130LA 239LA 4ARJA 3C83A 4G9SA 3D9AC 3L2XA 4LDEA 1GDWA 2HEBA 1QTBA 1YIKA 4LZTA 1NBZC 1QUGA 5LVKA 4ET8A 1DYDA 3M18B 2BQBA 4EKQA 1IIZA 1UIBA 230LA 3AGGG 189LA 1VDSA 3WU8A 1F10A 1B7QA 2XQOA 2CUUA 258LA 3SB6A 1L0KA 4OWAA 4YENA 2BQLA 1NDGC 3GUOA 1UIAA 132LA 4LFPA 1B6IA 3EO5A 2ZYPA 1QT4A 1P3NA 4I7LA 134LA 1LHIA 2Z2FA 1REMA 4H8YA 1IP2A 3A3QA 4I8SA 1YAQA 3WH1A 4YM8A 4FDYA 228LA 4W59A 3ZEKA 1L55A 2CJLA 1OUEA 1OVKA 1LKRA 1L26A 4N8ZA 1KXWA 4NY5A 3AB6A 3CDOA 4QY9A 1L91A 4HP0A 2NWDX 1AT5A 5IHGA 1C61A 5KXRA 1GFUA 1IP7A 4XJBA 5LIOA 3A67Y 3WVYA 147LA 1P46A 1CJ7A 194LA 1L57A 5KXZA 248LA 252LA 1G0JA 4EKSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IEE A;  4MR1 A;  1FN5 A;  1WVU A;  1OUJ A;  1DI3 A;  4I7K A;  4I7M A;  247L A;  2RBQ A;  2XBS A;  1JQU A;  1XJT A;  1HMK A;  1UUZ C;  148L E;  123L A;  1C69 A;  5HLL A;  1HFY A;  2RAZ X;  1KW5 A;  1G7I C;  4FJR A;  1GB9 A;  3HUQ A;  2RB0 X;  1B7M A;  3EBA B;  1LZC A;  1XEK A;  3RUN A;  151L A;  3AW6 A;  1WQO A;  3AZ6 A;  221L A;  1QT6 A;  3CDV A;  1L17 A;  1YAP A;  1IWX A;  4ARL A;  255L A;  4A7D A;  1IX0 A;  1LMT A;  1L39 A;  142L A;  4ARP A;  1F6S A;  1JTT L;  3QAK A;  1LHH A;  2MEA A;  3HTF A;  3N9C A;  5APF A;  3A3R X;  1DYA A;  1LSN A;  4HJV A;  1ZWN A;  2B73 A;  220L A;  5DL9 A;  4N5R A;  4J7V A;  4IAS A;  4W94 A;  1XJU A;  2EKS C;  5L3I A;  1VAT A;  3IJU A;  3SBB C;  4C5F A;  1SSW A;  1FLY A;  5I54 A;  3WL2 A;  1D3J A;  172L A;  1CV6 A;  5F16 A;  182L A;  2MEI A;  4GN3 A;  3CSQ A;  1HF4 A;  1ZUR A;  3DN6 A;  1GF5 A;  3DN4 A;  1CKD A;  1GFG A;  193L A;  3B72 A;  1L00 A;  1LZD A;  1QSW A;  1LGW A;  1L68 A;  2HEC A;  2F4G A;  1G07 A;  4WLY A;  1LJJ A;  1L54 A;  251L A;  5K7O A;  218L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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