1P6YA

T4 lysozyme core repacking mutant m120y/ta
Total Genus 60
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRYLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)S3 (31-32)AH3 (60-80)AH6 (108-113)AH4 (83-90)AH7 (115-123)O1 (113-115)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH2 (39-50)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Repacking the Core of T4 Lysozyme by Automated Design
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p6yA00
4YX7C 234LA 2OU9A 4GRVA 4W53A 1L25A 244LA 126LA 3C82A 4ZPUA 237LA 120LA 1L82A 1D3MA 3C8QA 3FI5A 4PJZA 3V2WA 1G07A 1P2RA 1L65A 228LA 3HH5A 4ARPA 216LA 1G06A 1QTDA 238LA 1JQUA 1XJUA 261LA 3GUIA 4LZMA 1C6PA 1OV5A 2B70A 1L39A 191LA 3DMVA 231LA 4W52A 2OE4X 1L13A 1L44A 1CU6A 4YXCA 1SX2A 1C6IA 4ARMA 3GUOA 4ARJA 1TLAA 122LA 1G0KA 1L38A 115LA 1OVJA 2Q9EA 3OE6A 1QT6A 258LA 1P46A 3HTBA 1L07A 131LA 1CVKA 209LA 2RBQA 3UONA 4ARLA 260LA 3OE8A 1CV6A 2OU0X 190LA 1LYJA 3D4SA 1L29A 3SB6A 1L17A 5I14A 2F32A 200LA 141LA 232LA 247LA 108LA 4W58A 1LI6A 1PQDA 4EKPA 1LYGA 1OVKA 2RB2X 2RAYX 3HH6A 1C6FA 1L99A 4ARMB 1L67A 3JR6A 147LA 3HT7A 109LA 1CUQA 1QUDA 201LA 2B73A 4OO9A 145LA 3C8RA 185LA 1CU5A 250LA 213LA 102LA 2HUKA 1L06A 215LA 1C66A 1L55A 4I7QA 168LA 1CV3A 4W55A 1CU2A 1L14A 151LA 5LZMA 1L59A 1L10A 4I7LA 1L57A 1B6IA 1QTCA 2LCBA 2RBPA 2IGCA 3RUNA 251LA 1L30A 1P3NA 1QT8A 1L91A 1C6QA 1L04A 3SN6R 2LC9A 1LWGA 1L28A 3L64A 2CUUA 1L64A 206LA 212LA 158LA 125LA 3HU8A 1G0GA 2RH1A 3SBBC 1L85A 1L60A 1OYUA 1OVHA 1DYGA 170LA 3HT8A 1L75A 3HWLA 3DMXA 1DYFA 1C63A 2B6WA 4LDOA 4K5YA 1L76A 159LA 1LGXA 3GUPA 3L2XA 187LA 221LA 1L74A 3SBAA 1P7SA 1QUHA 1L21A 229LA 2RBRA 4I7RA 1L08A 1L09A 3VW7A 4EKSA 1L32A 1C6TA 3QAKA 2NTGA 3DN4A 1P2LA 1L42A 1NHBA 1JTNA 1L02A 1L16A 128LA 1L53A 6LZMA 142LA 4S0WA 3SB9A 161LA 1L05A 210LA 103LA 174LA 152LA 4I7SA 1G0MA 1C64A 188LA 2OU8A 113LA 4GBRB 3F8VA 1OV7A 1L71A 1L37A 4LDEA 235LA 1L96A 2B6TA 171LA 2B75A 167LA 1T8GA 4EJ4A 1C6HA 157LA 3DKEX 1LW9A 1L62A 3GUNA 3G3VA 1P64A 1LPYA 2RAZX 1L45A 1L90A 3SB5A 1SWZA 1QTZA 1P36A 2B7XA 196LA 3C7YA 3LZMA 1L54A 4LDLA 4DKLA 1L58A 2OTYX 2RBNA 4PK0A 2L78A 3C83A 255LA 1L56A 140LA 175LA 214LA 1T8FA 3RZEA 1JTMA 1QT5A 1DYAA 1L95A 3CDRA 1LGWA 1G0LA 1DYEA 1L66A 226LA 1L73A 1L15A 1QTVA 1L33A 1QUOA 1C62A 3HUKA 1C6GA 1LI3A 1CTWA 2B6XA 4W57A 1L23A 3DN6A 1L20A 1G1VA 230LA 148LE 1L22A 3PBLA 1PQMA 173LA 1PQIA 2QARC 111LA 163LA 183LA 169LA 1KY0A 1L19A 1DYCA 189LA 3DN3A 3HUAA 1C6EA 156LA 104LA 2OEAX 256LA 2F2QA 1LYFA 3OE0A 1P6YA 3DN0A 4EKRA 2B72A 4W54A 1XEPA 3GULA 1XJTA 4EXMA 4IAPA 1CX7A 4EKQA 1L98A 1L0JA 2Z6BA 236LA 211LA 224LA 2O7AA 3CDOA 1L41A 160LA 1ZWNA 2Q9DA 1QTBA 1L11A 197LA 1QT7A 3ODUA 180LA 1C65A 1G0PA 1C6CA 1LYEA 1LYDA 246LA 257LA 181LA 1P56A 3GUJA 1D3NA 1T8AA 164LA 1L00A 1L34A 199LA 205LA 1LYIA 2B74A 177LA 1P37A 1L77A 3HTFA 2QB0B 1LI2A 1L68A 2B6ZA 3DN8A 1DYBA 186LA 1L49A 1D9WA 1L43A 245LA 1T6HA 4I7TA 241LA 1SWYA 3NY9A 1P5CA 1L72A 1L47A 130LA 1G0QA 178LA 1G0JA 4E97A 2LZMA 3HH3A 166LA 1L80A 1L81A 1C60A 1L97A 225LA 1KW5A 3GUMA 165LA 4ARQA 4EPIA 1C6BA 3C7ZA 3DN2A 172LA 1L03A 2O79A 1LLHA 1KW7A 1C69A 1L84A 2HUMA 4W51A 150LA 2RBSA 3EMLA 1C61A 1L01A 3V2YA 1PQKA 4EPFA 155LA 4W59A 4DAJA 1QSBA 2OE9X 3SB7A 1QS5A 143LA 1L89A 184LA 1QT4A 139LA 1D2WA 227LA 1CX6A 4I7NA 4I7JA 162LA 2OTZX 3HDFA 110LA 4ARQB 249LA 4AQNA 1KY1A 1K28A 1C67A 2RB1X 1L12A 1T97A 138LA 4W56A 1L18A 3K2RA 3PDSA 242LA 2A4TA 2RB0X 176LA 1L24A 1D3FA 119LA 3CDVA 7LZMA 3C7WA 118LA 240LA 3G3WA 1QT3A 219LA 1L48A 253LA 1G1WA 1ZYTA 1C6DA 218LA 2ANVA 1C6AA 1L88A 1QS9A 1L27A 1L69A 3DN1A 192LA 1C68A 2HULA 239LA 1C6JA 1L50A 1KS3A 2O4WA 1L63A 3NYAA 149LA 4DJHA 1L36A 3NY8A 3GUKA 1QUGA 4I7KA 3HTGA 1I6SA 1L40A 223LA 1C6LA 3C8SA 1CV4A 1OWYA 3CDTA 127LA 3FA0A 1D3JA 112LA 1CV1A 1L51A 262LA 3HU9A 4I7OA 233LA 3CDQA 1L31A 254LA 3HTDA 1SSYA 1ZURA 2B6YA 1OWZA 1L70A 1L52A 144LA 1C6KA 1L93A 3FADA 3SB8A 1SSWA 1C6NA 1DYDA 1L46A 252LA 1L35A 3F9LA 2NTHA 1CV5A 1LGUA 2F47A 3HUQA 2ANXA 3HDEA 1L87A 1LWKA 1CU0A 259LA 182LA 107LA 3C81A 1D2YA 4I7PA 198LA 1CUPA 114LA 1EPYA 4YXAC 1L61A 1SX7A 1L92A 3DMZA 3G3XA 1PQOA 3DNAA 1CV0A 1L26A 195LA 1L83A 146LA 2RBOA 137LA 1CU3A 3HH4A 1LYHA 3HT6A 1KNIA 3OE9A 1L86A 1L0KA 220LA 1WTHA 2OE7X 248LA 1PQJA 123LA 3HT9A 217LA 1QTHA 4I7MA 1L94A 1QSQA 1C6MA 222LA 3C80A 129LA 1L79A 243LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AZ4A 4ML7A 234LA 2OU9A 4GRVA 3A34A 2ZILA 1OUGA 2DQHY 4H9BA 4RW2A 3C82A 3AGGG 1XGTC 3V2WA 1P2RA 1GF8A 1B7LA 2BQGA 5T3FA 3LYMA 4ARPA 216LA 1QTDA 1JQUA 1J1XY 3GUIA 1C6PA 1OV5A 4NGOA 2W1LA 1LMQA 1L44A 1CU6A 4H8ZA 5C6LA 4W94A 2BQNA 1LZDA 3M18B 193LA 122LA 1LJHA 2Q9EA 258LA 3HTBA 1L07A 2W1XA 3UONA 1LHLA 1GEZA 190LA 1GXXA 2I25L 1L29A 1IWTA 1L17A 2F32A 232LA 247LA 1WQMA 1LI6A 4EKPA 4NGWA 3QNGA 1C6FA 1L99A 1JITA 3HT7A 1ZVHL 4XJGA 1XEKA 5II3A 1FLQA 1QUDA 2B73A 1FLYA 2DQAA 213LA 2HUKA 1RI8B 3EBAB 2D4JA 4W55A 4WG7A 1GF5A 3AB6A 2H9JA 1LJJA 1WQOA 1B5WA 2CUUA 1L64A 1OUCA 206LA 1I56A 2MEEA 4HTKA 5L3HA 1O23A 2RH1A 1UIEA 1OYUA 5APFA 1LMOA 1OUFA 1UCOA 3P66A 1LOZA 4H1PA 1IOCA 1DYFA 1JKBA 4K5YA 4WLYA 5DM9A 1GBWA 4DD3A 1JPOA 1GB5A 1L21A 4I7RA 3VW7A 4EKSA 1L32A 1BWJA 5FEKA 4C3WA 1JTNA 1WQPA 6LZMA 1L53A 103LA 4H9IA 3F6ZA 3AYQA 4HPEA 2BQAA 5KXZA 4DYGA 3N9EA 188LA 4GBRB 4WM2A 1L71A 2CJLA 4N1EI 2B6TA 2HTXA 5LA5A 167LA 4ZEEA 157LA 3AZ5A 3DKEX 3G3VA 4GLVA 1P64A 1C10A 5F9UA 1L90A 4B49A 2H9KA 3WU9A 1YKZX 1AM7A 196LA 4GLAA 4LDLA 2RBNA 1QQYA 2L78A 3C83A 2EQLA 1L56A 1LZCA 3RZEA 4HTQA 1L73A 1QTVA 4OOOA 4N9RA 2Z18A 4YF2A 1XFPL 3DN6A 2H5ZA 4W57A 1L20A 3WW6A 1G1VA 148LE 1HEOA 3SP3A 1F6RA 1QTKA 2GV0A 5LVIA 1PQMA 1IVMA 183LA 2FYDA 1HEMA 189LA 4NFVA 3DN3A 1REXA 4G4BA 1C6EA 2OEAX 4BAPA 1TCYA 256LA 1P6YA 3DN0A 4EKRA 4C5FA 2DQGY 4DWXA 1FLUA 4EKQA 1CKGA 1L98A 1L0JA 4W96A 236LA 4LFPA 4OOTA 5B07A 1D0MA 5KXKA 3A67Y 1UBZA 3VWOA 1YAQA 2Q9DA 1QTBA 1L11A 4Z3MA 1IWWA 3ODUA 180LA 3K3TA 1IO5A 1C6CA 181LA 3GUJA 4ETBA 3WW5A 4H9EA 164LA 1L00A 1L34A 1F10A 4FJRA 4WL6A 205LA 1GE0A 4YENA 177LA 3RNXA 1YKXX 3IJVA 2QB0B 4EOFA 5LXWA 2F30A 1L68A 1TBYA 1LSBA 3NY9A 178LA 1IWUA 1G0JA 1FKVA 4E97A 3HH3A 1RFPA 1C60A 225LA 1KW5A 165LA 1C6BA 1IR8A 4WLXA 1BVXA 3IWRA 1L03A 1JTOL 1VDQA 1IY3A 2YDGA 5I4WA 1FBIX 150LA 4NSGA 155LA 1HFXA 4WM6A 4KT3A 3EXDA 1B7SA 3SB7A 4DDAA 1IOTA 2MEDA 1FKQA 1KXXA 3ZEKA 2BLYA 4LYCA 1MELL 4YEOA 4H9FA 4I7NA 110LA 1OUIA 1LZ9A 1C67A 2RB1X 4H93A 1WTMA 5LYTA 4W56A 3HFMY 5KKIA 4GN5C 3LHMA 176LA 1L24A 4NSIA 3C7WA 1PZYA 118LA 240LA 2LYMA 1QT3A 4NHTA 2DBTA 1NDMC 1GDXA 1G1WA 3W6BA 1Z55A 3AJNA 3M3UA 218LA 2ANVA 1C6AA 1L88A 1L27A 1L69A 1LPIA 192LA 1GHLA 3WU7A 239LA 1C6JA 3QY4A 3W6EA 3ULRA 1L36A 2LYZA 3CT0A 3GUKA 3NY8A 3ZVQA 3HTGA 1L40A 1E8LA 223LA 1C6LA 1JISA 3A6BY 4CHXA 127LA 3FA0A 1IP5A 1D3JA 1LMNA 2Z2FA 5M1YA 1QTEA 3LYOA 1D6QA 1ZURA 2Y8PA 4I8SA 1RCMA 1REZA 1QSWA 3ZVQB 1L52A 1C6NA 1LZ6A 1HMKA 5KXWA 3EMSA 1CV5A 3HDEA 2B5ZA 4HTNA 182LA 1IEEA 5F9XA 4H8YA 1D2YA 1DI3A 1CUPA 5I5QA 4XJBA 1EPYA 1IORA 2YSSC 5I53A 137LA 3HT6A 4FDYA 1XSFA 1WTHA 1EQEA 1G7HC 1QTHA 3LZTA 4M6DA 2EKSC 1LSDA 1IOQA 4KL7A 1YQVY 4ZPUA 1IX0A 5KXSA 3RW8A 2DQJY 4TX7A 4PJZA 2Z2EA 3P4ZA 4OWEA 1L65A 228LA 4WOAA 5LYZA 3HH5A 1G06A 238LA 4NG8A 1XJUA 261LA 3B0OA 5LINA 2OE4X 1SX2A 3B72A 1C6IA 4ARJA 1JKCA 3TMWA 4DQ7A 1XEIA 3OE6A 1QT6A 131LA 2RBQA 4NGJA 4ARLA 3OE8A 1CV6A 2OU0X 3SB6A 4B0DA 200LA 2CGIA 4NGLA 1PQDA 4PPOA 2RB2X 4EMNA 1LZ8A 1NBYC 4TWSA 8LYZA 4KPMA 5APCA 3LN2A 185LA 102LA 2LHMA 1L06A 1C66A 4I7QA 168LA 1JKDA 1CU2A 4HV2A 1L57A 4ZIXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3AZ4 A;  4ML7 A;  234L A;  2OU9 A;  4GRV A;  3A34 A;  2ZIL A;  1OUG A;  2DQH Y;  4H9B A;  4RW2 A;  3C82 A;  3AGG G;  1XGT C;  3V2W A;  1P2R A;  1GF8 A;  1B7L A;  2BQG A;  5T3F A;  3LYM A;  4ARP A;  216L A;  1QTD A;  1JQU A;  1J1X Y;  3GUI A;  1C6P A;  1OV5 A;  4NGO A;  2W1L A;  1LMQ A;  1L44 A;  1CU6 A;  4H8Z A;  5C6L A;  4W94 A;  2BQN A;  1LZD A;  3M18 B;  193L A;  122L A;  1LJH A;  2Q9E A;  258L A;  3HTB A;  1L07 A;  2W1X A;  3UON A;  1LHL A;  1GEZ A;  190L A;  1GXX A;  2I25 L;  1L29 A;  1IWT A;  1L17 A;  2F32 A;  232L A;  247L A;  1WQM A;  1LI6 A;  4EKP A;  4NGW A;  3QNG A;  1C6F A;  1L99 A;  1JIT A;  3HT7 A;  1ZVH L;  4XJG A;  1XEK A;  5II3 A;  1FLQ A;  1QUD A;  2B73 A;  1FLY A;  2DQA A;  213L A;  2HUK A;  1RI8 B;  3EBA B;  2D4J A;  4W55 A;  4WG7 A;  1GF5 A;  3AB6 A;  2H9J A;  1LJJ A;  1WQO A;  1B5W A;  2CUU A;  1L64 A;  1OUC A;  206L A;  1I56 A;  2MEE A;  4HTK A;  5L3H A;  1O23 A;  2RH1 A;  1UIE A;  1OYU A;  5APF A;  1LMO A;  1OUF A;  1UCO A;  3P66 A;  1LOZ A;  4H1P A;  1IOC A;  1DYF A; 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