1P7SA

T4 lysozyme core repacking mutant v103i/ta
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMIFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Repacking the Core of T4 Lysozyme by Automated Design
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p7sA00
257LA 1L38A 3PDSA 1KY0A 1L93A 4LDOA 1L58A 1L95A 4K5YA 3DN4A 1L47A 128LA 1LYJA 1G1WA 1L41A 2QARC 3DMZA 3DN3A 239LA 1OVKA 3SB8A 1C6IA 110LA 3F9LA 1P36A 120LA 1PQMA 1QSBA 1OV5A 2RB1X 1G0KA 2IGCA 4ARJA 251LA 2B7XA 3RZEA 236LA 1L88A 246LA 3HT6A 224LA 1L80A 1L24A 1ZURA 1CU2A 4EKRA 180LA 3OE6A 185LA 4W57A 1CV3A 1L70A 1LLHA 192LA 188LA 1L0JA 183LA 1C68A 1L25A 4ARLA 2HULA 1L48A 1C6NA 1PQOA 148LE 1T8FA 168LA 1B6IA 241LA 1K28A 4E97A 1C69A 259LA 1SWZA 4W53A 3HTBA 1SWYA 3DKEX 1LGXA 2B6WA 1L97A 4EPFA 3FA0A 218LA 3SBAA 104LA 1L77A 1XJUA 1L17A 1L29A 1QUDA 1C66A 1L59A 1LPYA 129LA 3C83A 4W54A 1D2WA 1L86A 1JTMA 219LA 3C8QA 6LZMA 1L32A 1CX7A 1L14A 137LA 1LI6A 1L53A 247LA 1C6FA 2LCBA 3FI5A 1CU5A 1CV1A 114LA 1G0PA 222LA 2B6YA 4W58A 177LA 4DAJA 226LA 169LA 2HUKA 2F47A 144LA 227LA 1L09A 1C6JA 126LA 1PQKA 1L81A 175LA 138LA 1D3MA 1OVJA 3DN2A 109LA 1L64A 1L73A 1CUPA 1L72A 1D2YA 1L90A 221LA 2OTZX 1PQJA 3EMLA 199LA 261LA 1QTCA 1C63A 3C82A 216LA 186LA 195LA 2Q9EA 215LA 4DJHA 145LA 1D3NA 1L66A 191LA 3HUAA 3HUKA 1L75A 1L20A 1LWGA 1D3JA 1L06A 242LA 1L28A 3HU9A 122LA 1L39A 181LA 3CDVA 167LA 1JTNA 2CUUA 1C6AA 1EPYA 1P6YA 1KS3A 127LA 190LA 1QTDA 1L71A 2F32A 157LA 3C80A 3CDQA 1CU0A 1L34A 1L57A 1XEPA 4I7NA 3L2XA 3NY9A 1CV0A 2OU9A 3OE8A 4YXAC 1C6KA 3C8RA 4ARMA 3GUOA 3G3XA 1L51A 151LA 1L61A 173LA 130LA 1I6SA 166LA 4LDLA 1SX7A 235LA 184LA 1L21A 1QTZA 172LA 2O79A 112LA 1JQUA 2OE7X 3C7ZA 3FADA 3G3VA 1L22A 206LA 4ARPA 3DN6A 1L92A 238LA 1SSYA 147LA 2LC9A 4ARMB 210LA 211LA 1C6DA 140LA 3DMVA 230LA 3L64A 1C65A 1L18A 1T97A 2B75A 1L07A 3HH3A 3G3WA 1KW5A 1QUGA 4EPIA 1OV7A 237LA 1OYUA 1L56A 2L78A 103LA 252LA 111LA 1L55A 1DYEA 3GUNA 245LA 1L36A 1G0MA 205LA 253LA 2OE4X 1L65A 164LA 1L87A 1DYFA 1L16A 1LI3A 1L30A 1C61A 1P46A 1WTHA 1QT4A 1CU6A 1L0KA 2RBQA 3HT8A 3NY8A 1PQDA 1G0GA 2B70A 1L54A 176LA 1D9WA 1QUOA 1CTWA 255LA 1CV4A 248LA 146LA 258LA 1CV5A 162LA 4I7LA 3SN6R 1CVKA 1DYGA 1L05A 1P5CA 1T6HA 1L67A 3C8SA 213LA 4LDEA 1QT5A 1ZWNA 3VW7A 108LA 3C81A 1CUQA 200LA 161LA 217LA 2LZMA 2Q9DA 3LZMA 1LGWA 223LA 1KW7A 1G06A 220LA 2ANVA 4YXCA 2RBOA 1L11A 4PJZA 1L62A 3SB6A 3DMXA 3F8VA 1L79A 1C6QA 1L94A 3CDTA 3OE9A 3CDRA 1P7SA 2RBSA 2RBPA 4OO9A 3GUJA 149LA 3HUQA 178LA 4ARQA 1L44A 102LA 234LA 3C7WA 3HDEA 214LA 1D3FA 2Z6BA 4W52A 3HH4A 4PK0A 2NTGA 5I14A 262LA 2F2QA 1L15A 1P56A 182LA 3DN0A 4EJ4A 1L96A 1C6LA 1QUHA 2OU8A 3HDFA 163LA 1LGUA 160LA 1C6CA 3HWLA 1CX6A 141LA 3HTDA 1SSWA 170LA 123LA 2OTYX 3V2YA 1L60A 1QS9A 4I7PA 3DNAA 254LA 240LA 4EKSA 1C62A 1L49A 1XJTA 1C6PA 1L13A 118LA 165LA 4ARQB 1L63A 3DN8A 1C6TA 4IAPA 4EXMA 4W55A 1L04A 1L43A 3SB5A 228LA 3RUNA 1L42A 1L31A 1L45A 4AQNA 107LA 1G1VA 3DN1A 1QT7A 243LA 2B72A 2O7AA 187LA 3GUMA 2B6XA 1L46A 1C6GA 143LA 3GULA 3NYAA 4I7QA 1LWKA 3HTFA 131LA 1L89A 3HH6A 1L76A 1L33A 197LA 3CDOA 233LA 3HU8A 1PQIA 3C7YA 1L27A 3SBBC 3ODUA 2QB0B 1SX2A 4LZMA 1NHBA 4I7MA 4ZPUA 5LZMA 1TLAA 2B6ZA 3JR6A 3K2RA 256LA 1C67A 156LA 1P2LA 1L02A 174LA 1L52A 2HUMA 2B74A 1L01A 3OE0A 1QSQA 3GUKA 1C6HA 1C64A 1LYIA 1QS5A 1G0JA 2RBNA 1OVHA 1L19A 1L00A 4S0WA 1C6EA 1L50A 1L12A 4I7SA 1QTBA 3HTGA 1LYHA 1QTVA 2RB2X 1DYDA 1L03A 2RH1A 1ZYTA 139LA 7LZMA 2ANXA 2OU0X 1LYGA 1QT8A 3HT9A 4W59A 2RB0X 198LA 3PBLA 4I7JA 1L35A 1C60A 1L83A 1P37A 1KY1A 155LA 1C6MA 1CV6A 2OEAX 1CU3A 1L40A 2RAZX 2RBRA 4EKQA 4DKLA 1LYEA 1T8GA 1L82A 231LA 125LA 1L08A 1LW9A 1OWYA 1KNIA 1L91A 4I7TA 1L68A 201LA 4I7KA 3HH5A 1G07A 1L37A 1DYAA 119LA 150LA 171LA 4W51A 1LYFA 2B6TA 1P3NA 3V2WA 244LA 3SB9A 142LA 1L98A 1LYDA 1T8AA 159LA 3D4SA 113LA 196LA 1L26A 4W56A 3GUPA 1DYBA 225LA 152LA 2O4WA 3HT7A 1L23A 2OE9X 158LA 115LA 1L10A 2RAYX 2NTHA 4YX7C 229LA 1L74A 1OWZA 4I7OA 1QT6A 1G0LA 209LA 1P2RA 4GBRB 2B73A 1G0QA 2A4TA 250LA 1DYCA 1L84A 1L99A 212LA 232LA 3QAKA 1L85A 4GRVA 1QTHA 3SB7A 1L69A 249LA 1QT3A 3GUIA 4I7RA 3UONA 189LA 1LI2A 1P64A 1C6BA 260LA 4EKPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PDSA 5C6JA 4G4BA 2VB1A 3RNXA 4EOFA 4WM3A 153LA 4DQ7A 1G1WA 1L41A 3DMZA 1GB9A 3IJVA 1HERA 1OVKA 4LT3A 110LA 1P36A 4H90A 2RB1X 1FBIX 2IGCA 4UWNA 3HT6A 3HBDA 4R0FA 1CU2A 3OK0A 5D5FA 1REXA 4ET9A 2HU3A 3TXIA 1HMLA 183LA 1L25A 4ARLA 1L48A 148LE 1CJ9A 1T8FA 1B6IA 1WQRA 1JJ1A 1DXJA 3HTBA 3WYHA 1HFYA 2Z2EA 1OUHA 4IJ4A 4B4IA 1GBYA 4EPFA 5HNCA 3AZ4A 3FA0A 3W6CA 1CJ8A 2FYDA 1RFPA 3TXKA 104LA 1L77A 2CGIA 4NG8A 3MGWA 129LA 1JTPL 3C8QA 1LMAA 2H9JA 4H9HA 5LYMA 1CU5A 1UIEA 5APCA 3WU7A 4J1AA 1B7OA 2D4KA 3W3EA 1C6JA 2EPEA 1WTMA 2W1MA 1GEVA 4N8ZA 4OWBA 1XGUC 1D3MA 1L64A 1L73A 1L90A 1OUEA 2OTZX 3EMLA 5LA5A 4UWVA 5F9UA 1LKSA 3B0IA 3CT0A 4KL7A 4WLDA 1D3NA 1UIDA 191LA 3HUKA 1HC0A 1LHJA 1L20A 1G7MC 1D3JA 242LA 4IASA 4NWHA 1RCMA 122LA 181LA 3CDVA 1P6YA 3VWOA 190LA 1IP3A 1QTDA 4N0JA 2F32A 3TMWA 5KKJA 3CQLA 4NWEA 3WPKA 3OE8A 2LHMA 1MELL 3C8RA 2HEDA 1F6SA 1IWXA 5B05A 5KXOA 1GPQC 1XGRC 4NGJA 166LA 4YOPA 235LA 4E3UA 4DWXA 1C45A 4DDAA 3FADA 3ZEKA 1HF4A 1HFZA 206LA 2F4AA 1L92A 1XGPC 4PJ2C 1B5YA 5I4XA 2HU1A 5LYTA 1ALCA 4NIJA 194LA 4NFVA 3A94A 4NSHA 5ILFA 1YKYX 3A8ZA 1QUGA 4YM8A 1OYUA 1H6MA 103LA 5KXNA 252LA 3GUNA 1IOTA 4WLTA 1WTHA 1L0KA 5KXMA 176LA 1MLCE 1D9WA 1LJJA 248LA 146LA 5DM9A 1DQJC 1QUSA 2I26L 1IWVA 1HMKA 4I7LA 2Z38A 1L05A 2YBLA 4W94A 1L67A 3TMVA 4EMNA 4LT2A 1AKIA 4HJVA 5HMVA 1LZNA 4OWAA 161LA 2MEGA 1LGWA 2LYMA 1P2CC 4XN6A 1L11A 3W6BA 4B0DA 3WXTA 1L79A 1YL0X 1L94A 1XGQC 4XJDA 1WQMA 3AZ7A 3HUQA 178LA 4ARQA 1DPXA 1LAAA 4CFPA 262LA 1YAPA 1UA6Y 3WW6A 4H9AA 141LA 5FSTA 2OTYX 1AZFA 1L60A 1QS9A 254LA 4ET8A 3WULA 1OUBA 4YENA 1C6PA 4H93A 4ARQB 2XTHA 4W55A 1L42A 1L31A 2FYCA 2YVBA 1NBZC 243LA 2B72A 187LA 2BQDA 1LWKA 207LA 131LA 1L89A 1GE0A 1L76A 4NHTA 1L33A 5LXWA 1KIQC 2HTXA 3HU8A 4NGKA 3A34A 4H8XA 5HQ1A 3CT1A 2B6ZA 3K2RA 156LA 1L02A 1QSQA 3G3AB 1LYIA 2BQLA 1QS5A 1G0JA 2RBNA 3IJUA 4M6DA 3QY4A 5I4WA 1GB8A 4S0WA 1C6EA 1AT5A 1QTBA 1LYHA 2YDGA 4ZFPA 1L03A 2MEEA 3TMXA 4PRQA 2ZQ4A 5E4PA 1KXXA 4W59A 4Z41A 1GB7A 4I7JA 1ZMYL 4H9CA 1CV6A 4EKQA 1FLWA 4J1BA 1WVVA 4DKLA 1LYEA 1T8GA 2ZQ3A 4WG1A 1KNIA 1L91A 5F14A 3AZ6A 1B5VA 4QGZA 2DQEY 6LYTA 1VATA 3WL2A 4YEOA 4FDYA 119LA 1LYFA 1P3NA 1YIKA 244LA 1QIOA 1D0KA 1LHLA 1LYDA 1GBOA 1GB5A 5KXZA 2G4NA 1J1PY 4G4HA 4HPIA 1BB7A 2BQEA 4NGLA 152LA 3AW7A 1L23A 115LA 5L9JA 4H9IA 4II8A 1VAUA 1FKQA 1OWZA 1G0LA 1HSWA 5B07A 1LJ4A 232LA 1QDTA 5LINA 5KXLA 3GUIA 1LI2A 1C6BA 3A3RX 3EBAB 257LA 1L38A 3RU5A 3A96A 1UIHA 3DN4A 1FKVA 1L47A 128LA 2ZYPA 1LYJA 1IEEA 3DN3A 3W6DA 1B5UA 5D5CA 1GF9A 2D6BA 1LZYA 1PQMA 1QSBA 1OV5A 2B7XA 1IOQA 1L88A 1L24A 4YF2A 180LA 185LA 1D6PA 1LLHA 4H9EA 4WM6A 1BVKC 1C46A 4HPEA 1C68A 1FLQA 1LZEA 5APDA 1C6NA 1PQOA 168LA 3B6LA 4E97A 1SWZA 4W53A 1GBSA 4NSIA 1JPOA 2HEAA 1WTNA 2Z18A 1IR9A 4G4CA 1LGXA 2B6WA 4DD1A 2LYOA 3SBAA 1UBZA 1HHLA 4KPMA 1GXXA 4CFOA 1IWTA 1GBZA 1HSXA 1C66A 4WL6A 1L59A 1QDRA 2G4QA 4BAPA 219LA 6LZMA 2YBNA 4ZIXA 1CX7A 1L14A 137LA 1C6FA 3FI5A 4P2EA 1G0PA 4W58A 3TXFA 177LA 3CB7A 144LA 1LZSA 4HTQA 1QSAA 4H91A 1OVJA 2MEHA 109LA 1CUPA 2DQGY 4WMGA 221LA 1QTCA 4NHPA 3C82A 1UC0A 216LA 186LA 215LA 1YROA 5LAFA 1L66A 1F6RA 1L75A 2BAAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3PDS A;  5C6J A;  4G4B A;  2VB1 A;  3RNX A;  4EOF A;  4WM3 A;  153L A;  4DQ7 A;  1G1W A;  1L41 A;  3DMZ A;  1GB9 A;  3IJV A;  1HER A;  1OVK A;  4LT3 A;  110L A;  1P36 A;  4H90 A;  2RB1 X;  1FBI X;  2IGC A;  4UWN A;  3HT6 A;  3HBD A;  4R0F A;  1CU2 A;  3OK0 A;  5D5F A;  1REX A;  4ET9 A;  2HU3 A;  3TXI A;  1HML A;  183L A;  1L25 A;  4ARL A;  1L48 A;  148L E;  1CJ9 A;  1T8F A;  1B6I A;  1WQR A;  1JJ1 A;  1DXJ A;  3HTB A;  3WYH A;  1HFY A;  2Z2E A;  1OUH A;  4IJ4 A;  4B4I A;  1GBY A;  4EPF A;  5HNC A;  3AZ4 A;  3FA0 A;  3W6C A;  1CJ8 A;  2FYD A;  1RFP A;  3TXK A;  104L A;  1L77 A;  2CGI A;  4NG8 A;  3MGW A;  129L A;  1JTP L;  3C8Q A;  1LMA A;  2H9J A;  4H9H A;  5LYM A;  1CU5 A;  1UIE A;  5APC A;  3WU7 A;  4J1A A;  1B7O A;  2D4K A;  3W3E A;  1C6J A;  2EPE A;  1WTM A;  2W1M A;  1GEV A;  4N8Z A;  4OWB A;  1XGU C;  1D3M A;  1L64 A;  1L73 A;  1L90 A;  1OUE A;  2OTZ X;  3EML A;  5LA5 A;  4UWV A;  5F9U A;  1LKS A;  3B0I A;  3CT0 A;  4KL7 A;  4WLD A;  1D3N A;  1UID A;  191L A;  3HUK A;  1HC0 A;  1LHJ A; 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