1PQDA

T4 lysozyme core repacking mutant core10/ta
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPIYDSLDAVRRAALVNLIFQIGETGAAGFTNSLRYLQQKRWDEAAVNFAKSRWYNQTPNRAKRIITVFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Repacking the Core of T4 Lysozyme by Automated Design
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1pqdA00
1L05A 1JTNA 129LA 2OE7X 1L12A 1L51A 1DYGA 1L69A 2B7XA 1L22A 2RAZX 240LA 4LDLA 251LA 3ODUA 1CV5A 1G0PA 2F2QA 4K5YA 2F32A 1OVHA 1C6PA 4IAPA 4OO9A 1LYIA 3NY9A 1L44A 1QUGA 1C6NA 3C81A 3G3WA 3HTBA 2LZMA 235LA 1G0JA 2OTYX 2RB1X 3L64A 167LA 130LA 259LA 1T8FA 1L56A 1QS5A 146LA 1JTMA 1P37A 1L53A 2QARC 3SB8A 1WTHA 237LA 1OYUA 3DN6A 1L09A 1QT7A 223LA 1L14A 3RUNA 156LA 1L36A 1P46A 4GRVA 1L72A 4LZMA 257LA 1LYGA 1OV5A 1PQIA 1XEPA 3V2YA 4I7SA 3HT8A 1C61A 197LA 1KW7A 107LA 1LPYA 1C6AA 1D3JA 6LZMA 3DMZA 1L65A 1C6JA 220LA 1LYEA 1CV4A 1L75A 3HH6A 161LA 222LA 4EKQA 4W53A 3G3VA 1L15A 1QUDA 4I7RA 212LA 1PQDA 1L33A 1C6CA 227LA 3GUIA 1L67A 247LA 185LA 131LA 1L85A 1QUHA 4AQNA 3CDRA 3RZEA 1QSBA 1P6YA 3DN0A 1LW9A 3GUNA 166LA 3DN3A 152LA 4ARQA 104LA 169LA 3HUKA 1SX2A 1L48A 1L31A 3LZMA 1LYDA 1L76A 140LA 3EMLA 1CU3A 3L2XA 244LA 3SB7A 4EPIA 1L00A 1L66A 262LA 182LA 4I7KA 214LA 2A4TA 1QTBA 1OWZA 4I7JA 1P7SA 1D2WA 1C6KA 1T97A 2B73A 4LDEA 1L10A 226LA 3OE6A 4I7LA 1L79A 1LI3A 1QT6A 3DN2A 239LA 1C66A 1L17A 3PBLA 114LA 1CUQA 4EKPA 233LA 2B6WA 1L01A 1EPYA 1L47A 3HU9A 1LI2A 4W54A 1L70A 1L38A 1TLAA 1OV7A 2RBPA 1DYDA 1QTHA 1L55A 1C60A 142LA 1LGWA 4ARMB 3HUAA 261LA 148LE 2B6XA 1C6QA 2RBRA 2ANXA 158LA 1DYCA 137LA 184LA 1L16A 2Q9DA 1SSWA 115LA 1P2RA 1L45A 1L49A 175LA 1L61A 205LA 258LA 1CTWA 3HTGA 2F47A 2RH1A 221LA 141LA 2OE9X 1ZYTA 180LA 1CU2A 2LCBA 3C8RA 1DYBA 206LA 1QTCA 228LA 4DAJA 1CVKA 1LYHA 1L57A 1QT3A 1LYFA 1L28A 2RBQA 3HH5A 3HDEA 1QSQA 1L62A 1CU5A 2B74A 139LA 1L04A 1C63A 4ZPUA 255LA 122LA 3HU8A 1L30A 1L82A 4W56A 3OE8A 128LA 1L20A 1L98A 1C64A 1D2YA 160LA 3FA0A 4ARQB 4ARPA 1L97A 1QUOA 213LA 1LWGA 2B6YA 2B6ZA 2RBNA 217LA 1CV0A 4W58A 178LA 1L40A 1C69A 1PQKA 1CX7A 1C6BA 1D3NA 215LA 173LA 2NTGA 4W55A 1P5CA 120LA 151LA 1ZURA 209LA 1C6FA 2L78A 2B6TA 1K28A 1B6IA 2B70A 1L39A 3C8SA 1QTVA 1L96A 252LA 1L80A 1L07A 3JR6A 3CDQA 1C6LA 1CU0A 4I7MA 1L34A 1L77A 1SX7A 4DJHA 1P3NA 3C83A 4W59A 1L52A 109LA 2OU8A 7LZMA 199LA 1T6HA 2B75A 3SB5A 3HT7A 183LA 1L35A 2B72A 111LA 176LA 192LA 3OE9A 1L0KA 245LA 187LA 1L63A 2OE4X 1CUPA 1D3FA 4GBRB 150LA 1L23A 1QT8A 1L42A 1KS3A 1T8GA 3PDSA 250LA 1C6EA 4EKRA 1L73A 1G0MA 112LA 3GULA 2RB0X 1KY0A 1L24A 1L86A 3UONA 1L93A 211LA 3DNAA 3GUOA 172LA 241LA 236LA 1QS9A 1CV1A 2O4WA 1L90A 1PQJA 1CV3A 1L50A 3GUMA 123LA 163LA 3HTFA 3HUQA 243LA 1LI6A 1L87A 4YXAC 2NTHA 3HH4A 177LA 1CU6A 1G07A 4I7PA 238LA 1CV6A 3C7ZA 1L25A 171LA 1G06A 225LA 1L83A 2OU9A 2RB2X 1P36A 3SN6R 143LA 1C68A 1L91A 4I7TA 3SB6A 4EJ4A 4YX7C 4I7QA 234LA 1L88A 3HT9A 2OTZX 3HH3A 242LA 1C6TA 2LC9A 1L06A 1G0QA 210LA 3C82A 2RAYX 168LA 1T8AA 4EPFA 1L74A 1L02A 1L92A 1OVJA 254LA 127LA 1L68A 4ARJA 157LA 4ARLA 4I7OA 188LA 1C6DA 3G3XA 2HUKA 1L29A 3F8VA 1P56A 189LA 1DYFA 200LA 1L19A 3C7YA 4LDOA 1KY1A 145LA 4YXCA 162LA 3SBBC 1DYAA 3D4SA 3HWLA 165LA 2IGCA 1L71A 1L95A 1QTZA 1L43A 4ARMA 159LA 1LGUA 190LA 1C6HA 1G1WA 1LGXA 1QT5A 3VW7A 3SBAA 1DYEA 1KNIA 4PJZA 103LA 3FI5A 2ANVA 260LA 2Z6BA 1L59A 198LA 1L0JA 3DMVA 1D9WA 1PQOA 1L58A 3GUKA 4E97A 1L32A 195LA 3K2RA 4W57A 1G0GA 2O79A 2O7AA 1XJUA 232LA 1NHBA 3CDOA 3NY8A 164LA 1L64A 4EXMA 256LA 3DN8A 1SSYA 1L99A 3CDVA 3HT6A 1L89A 2HULA 181LA 1C6IA 1OVKA 1G1VA 5I14A 196LA 1L94A 1L41A 246LA 4W51A 1SWYA 219LA 3FADA 1LYJA 191LA 253LA 2OU0X 1C67A 1C6GA 3DN4A 3V2WA 1D3MA 3SB9A 201LA 4EKSA 4W52A 3GUJA 2RBOA 170LA 4S0WA 229LA 149LA 4DKLA 1I6SA 1L03A 1L08A 1L18A 3QAKA 3C8QA 110LA 1KW5A 231LA 1G0KA 138LA 1L26A 1LLHA 2OEAX 2RBSA 3HDFA 119LA 4I7NA 1PQMA 1L84A 125LA 1L21A 1SWZA 186LA 3OE0A 224LA 1C62A 1JQUA 248LA 1QTDA 147LA 113LA 102LA 1L37A 1P64A 1CX6A 144LA 1C6MA 3CDTA 2Q9EA 2QB0B 1L81A 126LA 3C80A 1G0LA 3HTDA 1QT4A 1ZWNA 1L54A 3DN1A 3GUPA 1L27A 1L46A 1P2LA 1C65A 3C7WA 155LA 108LA 230LA 174LA 1L13A 3NYAA 2HUMA 218LA 1LWKA 1OWYA 1L60A 4PK0A 249LA 3DMXA 1XJTA 216LA 3DKEX 3F9LA 2CUUA 118LA 1L11A 5LZMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JTNA 1L51A 5I4YA 1RCMA 1HELA 1XFPL 1HFYA 2F2QA 1IY3A 6LYZA 1LKRA 1OVHA 1B0DA 4OWHA 4HP0A 2MEEA 1BHZA 3NY9A 1GAZA 3WUMA 3ATOA 1XGUC 3HTBA 2I25L 2OTYX 3L64A 1QS5A 1LJGA 1JTMA 1CKDA 2QARC 1TEWA 4DD9A 1V7SA 1CKGA 5II3A 237LA 1OYUA 3DN6A 3RNXA 1KXWA 1WQRA 1QQYA 5APCA 1NBZC 1L72A 3N9EA 257LA 1LZAA 4RLMA 2XBRA 4OW1A 2DQHY 2YSSC 1KW7A 2EQLA 1L65A 3D9AC 4NGIA 5KXWA 4TSBA 1LSYA 4WO9A 4W53A 3A3QA 1BB3A 5C6LA 4HTQA 2WARA 1DPWA 1L67A 5C6IA 4AQNA 1W6ZA 5F81A 1IR9A 1REMA 3W6BA 1QSWA 2Z37A 4ARQA 1TAYA 5HMJA 3A6BY 1RFPA 1L31A 3IJVA 3L2XA 4WM5A 4EPIA 3WUAA 4I7KA 182LA 1D0LA 5I4WA 1O23A 1OWZA 1P7SA 1VAUA 1D2WA 1T97A 2B73A 5IHGA 3OE6A 3LYOA 1LPIA 1QT6A 3DN2A 3IJUA 3TXIA 5KKJA 1AZFA 3P66A 4B49A 4YM8A 1IP2A 1L47A 3HU9A 1YQVY 2BPUA 1L38A 1IP3A 1IOTA 1LJ4A 1L55A 4NSHA 1LGWA 1JTTL 2RBRA 1GFTA 5HNCA 4ET9A 4D9ZA 3LHMA 1L45A 2F47A 2BQNA 3A96A 2BQBA 2LCBA 4DAJA 1LHLA 5D5CA 1CVKA 2DKVA 1BWJA 1QT3A 1GBXA 3IWRA 4H9FA 1NHEA 3J6KA 4BADA 1DKKA 1TDYA 2BLYA 4MR1A 3WUNA 1L30A 4W56A 3OE8A 4XJIA 5LXWA 1L20A 1QDRA 1C64A 4B1AA 3EXDA 4XJFA 1CV0A 4W58A 1PQKA 1UIEA 215LA 173LA 1A4VA 1CJ6A 1P5CA 3WXTA 1C6FA 2D91A 2B6TA 4B4JA 1B6IA 2B70A 5KXKA 1L96A 1L80A 4GLAA 1GFUA 4NGWA 1LSMA 1P3NA 3C83A 3BKVA 1L52A 1LMCA 3WPLA 4YENA 4BAFA 1IP4A 1GE1A 111LA 176LA 4XYYA 4DYGA 2YVBA 2I26L 1L23A 1L42A 3WVYA 4P2EA 3WW6A 1OUBA 3PDSA 250LA 1C6EA 2BQFA 2RB0X 3A8ZA 1XEJA 3DNAA 3GUOA 1QUTA 1VATA 5FSTA 1LZYA 4TWSA 1CV3A 2YBJA 4G4BA 5DN4A 1LJJA 2HEEA 1LJHA 2HU1A 3A67Y 3WPKA 1RE2A 4WM1A 1LTMA 1CV6A 4HJYA 1G06A 2D4JA 1L83A 5KXMA 1IOQA 1UIHA 2OU9A 4I7TA 4NSGA 4HV1A 4YX7C 1QIOA 4G49A 2YBHA 5FHWA 4R0FA 4LGKA 3QY4A 1JKDA 2D4IA 1L06A 3C82A 1GF7A 168LA 1L74A 3TMXA 127LA 157LA 4HPEA 4I7OA 1CKFA 4H8XA 3G3XA 5LINA 1L29A 1LZCA 1L19A 3C7YA 1KY1A 2BAAA 1OUJA 1DYAA 2CDSA 4TUNA 165LA 1QDTA 1FKVA 1OUAA 1QTZA 1L43A 3AB6A 1C6HA 4GCDA 3ULRA 4GCCA 4IASA 1B7PA 1IC4Y 198LA 1GFGA 4HJZA 1D0KA 1L58A 3GUKA 195LA 1NHBA 164LA 4EXMA 256LA 2BQGA 2MEIA 5B1FA 1LJEA 1IR7A 4E3UA 1L89A 1OVKA 1IIZA 219LA 3FADA 191LA 2CJLA 1C6GA 3V2WA 3LN2A 3SB9A 3WULA 3GUJA 5APDA 8LYZA 3OK0A 1DI5A 4H92A 149LA 4DKLA 4H9HA 3QAKA 3A90A 1V7TA 4GN5C 3TMVA 1LLHA 4N8ZA 2RBSA 4I7NA 1SWZA 186LA 224LA 1C62A 5APEA 3CQLA 4XN6A 147LA 113LA 2HEDA 1P64A 4NHIA 2Q9EA 1XGPC 1MELL 1NWGA 3GXRA 1L54A 2YBMA 3W6CA 1L27A 1YL1X 4ETCA 155LA 1IVMA 1JWRA 5J7CA 174LA 3RU5A 3NYAA 2HUMA 1YILA 249LA 1OP9B 216LA 1IP7A 5LZMA 1UBZA 1UC0A 1DYGA 1L22A 1LMTA 4ZIXA 3ODUA 4EOFA 1G0PA 1GFKA 2F32A 4XJDA 1C6PA 4IAPA 1WQOA 4OO9A 1I56A 1C6NA 1OUDA 2LZMA 1KIQC 167LA 4WM6A 130LA 1T3PA 146LA 1VDTA 4DDBA 1P37A 1JJ1A 1FLUA 4H8YA 3RUNA 1L14A 1L36A 1HEWA 1IP6A 4GRVA 1LSCA 5IELA 4DDCA 3A34A 3V2YA 3HT8A 1E8LA 1C61A 3LYTA 2YDGA 1C6AA 1D3JA 4LFPA 220LA 1LZ4A 2ZILA 5LYMA 4EKQA 1XSFA 4I7RA 3W6FA 1LZ5A 1L33A 3ZEKA 1C46A 3RZEA 2G4NA 3DN0A 1GBWA 152LA 4RLNA 169LA 3HUKA 1SX2A 3EMLA 244LA 1B5XA 4CFPA 4WOAA 154LA 4J7VA 1GDWA 1QTBA 2Z2EA 4I7JA 4NG8A 4NEBA 2D6BA 1YL0X 2FBBA 3W6EA 4LYOA 4WLXA 1IC5Y 5LYTA 1L79A 1LI3A 207LA 2BQMA 1JJ0A 5HMVA 5KXXA 4LYCA 2DQEY 1CUQA 1L70A 3TXHA 1KIPC 1JIYA 1OV7A 2RBPA 4UWNA 3ZVQB 4Z41A 1DYDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1JTN A;  1L51 A;  5I4Y A;  1RCM A;  1HEL A;  1XFP L;  1HFY A;  2F2Q A;  1IY3 A;  6LYZ A;  1LKR A;  1OVH A;  1B0D A;  4OWH A;  4HP0 A;  2MEE A;  1BHZ A;  3NY9 A;  1GAZ A;  3WUM A;  3ATO A;  1XGU C;  3HTB A;  2I25 L;  2OTY X;  3L64 A;  1QS5 A;  1LJG A;  1JTM A;  1CKD A;  2QAR C;  1TEW A;  4DD9 A;  1V7S A;  1CKG A;  5II3 A;  237L A;  1OYU A;  3DN6 A;  3RNX A;  1KXW A;  1WQR A;  1QQY A;  5APC A;  1NBZ C;  1L72 A;  3N9E A;  257L A;  1LZA A;  4RLM A;  2XBR A;  4OW1 A;  2DQH Y;  2YSS C;  1KW7 A;  2EQL A;  1L65 A;  3D9A C;  4NGI A;  5KXW A;  4TSB A;  1LSY A;  4WO9 A;  4W53 A;  3A3Q A;  1BB3 A;  5C6L A;  4HTQ A;  2WAR A;  1DPW A;  1L67 A;  5C6I A;  4AQN A;  1W6Z A;  5F81 A;  1IR9 A;  1REM A;  3W6B A;  1QSW A;  2Z37 A;  4ARQ A;  1TAY A;  5HMJ A;  3A6B Y;  1RFP A;  1L31 A;  3IJV A;  3L2X A;  4WM5 A;  4EPI A;  3WUA A;  4I7K A;  182L A;  1D0L A;  5I4W A;  1O23 A;  1OWZ A;  1P7S A;  1VAU A;  1D2W A;  1T97 A;  2B73 A;  5IHG A;  3OE6 A;  3LYO A;  1LPI A;  1QT6 A;  3DN2 A;  3IJU A;  3TXI A;  5KKJ A;  1AZF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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