1PQJA

T4 lysozyme core repacking mutant a111v/core10/ta
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPIYDSLDAVRRAALVNLIFQIGETGVAGFTNSLRYLQQKRWDEAAVNFAKSRWYNQTPNRAKRIITVFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title REPACKING THE CORE OF T4 LYSOZYME BY AUTOMATED DESIGN
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1pqjA00
1T8GA 4W58A 2NTHA 4ZPUA 3HWLA 4EXMA 157LA 1L88A 1CV5A 4W57A 1C60A 1QTBA 4E97A 125LA 3CDVA 158LA 228LA 235LA 1C6GA 3NYAA 1L73A 1T6HA 2RB2X 257LA 4OO9A 1TLAA 103LA 142LA 4I7OA 1P3NA 1OWZA 220LA 1L44A 3EMLA 2L78A 3OE9A 1DYGA 3F8VA 3GUIA 176LA 226LA 2Q9EA 1L87A 174LA 102LA 112LA 210LA 3CDOA 1CU6A 1L16A 4I7RA 2RAZX 1OVKA 4LDEA 1L48A 180LA 1P6YA 215LA 1L33A 218LA 1QTVA 1L68A 3HTGA 4ARMB 1L10A 2QARC 2B70A 159LA 1T97A 4I7NA 1L38A 262LA 1LYIA 1D2YA 2OU0X 1XJUA 3DN8A 186LA 2F32A 1P7SA 1L53A 161LA 2OTZX 3SB6A 4EJ4A 1WTHA 3PDSA 1L79A 3UONA 1CV0A 4W53A 1CUPA 3L64A 261LA 3ODUA 3DNAA 130LA 109LA 143LA 1LGWA 4W56A 245LA 148LE 196LA 2OU8A 1L58A 1L02A 1CU2A 1CV1A 1C6IA 1EPYA 1L29A 3HT6A 3G3VA 1LGXA 1L57A 4YXAC 1C65A 152LA 2RB0X 4ARQB 162LA 2OE9X 1QT4A 192LA 1CU3A 120LA 114LA 1LI2A 1DYEA 1JQUA 151LA 1L40A 2Q9DA 2RBQA 4LZMA 1L71A 3HH5A 1G0PA 119LA 1SWYA 169LA 2B72A 1L47A 3DN2A 1L67A 166LA 1L22A 160LA 1C63A 240LA 3DKEX 3DMXA 3GUPA 3SBBC 3C81A 1C67A 1L55A 164LA 1OWYA 2B73A 211LA 1L93A 1CX7A 3DN4A 2IGCA 1L30A 3VW7A 1XEPA 213LA 1C6MA 2RBNA 1SX2A 1QTZA 1ZURA 4ARMA 1NHBA 1L59A 3RZEA 2F2QA 123LA 173LA 146LA 3GUJA 1KNIA 1L03A 1QUHA 1L90A 206LA 198LA 163LA 3L2XA 1L52A 1C62A 3C7YA 4PK0A 4EKSA 2ANVA 2O4WA 200LA 126LA 230LA 246LA 1PQMA 1CV6A 260LA 178LA 1QT6A 137LA 3RUNA 248LA 233LA 2B74A 4GBRB 2RBOA 1OYUA 1I6SA 1KW5A 1L97A 1P2LA 3GUKA 1L75A 231LA 1L24A 1L26A 2B6XA 1L95A 1P5CA 1PQOA 155LA 1G1VA 4S0WA 201LA 2O7AA 1CU5A 2O79A 2RBPA 237LA 1CU0A 205LA 4ARQA 1L54A 181LA 168LA 4W59A 1DYBA 1G0LA 239LA 4LDLA 3DMVA 1OV5A 4I7LA 255LA 2NTGA 250LA 5LZMA 2OU9A 156LA 214LA 3DN0A 1CUQA 1DYDA 1L31A 138LA 2HUKA 3CDQA 1L45A 118LA 111LA 1C6HA 1L69A 1SX7A 3SN6R 1L27A 209LA 251LA 1QT7A 104LA 3OE6A 4EKPA 3PBLA 1LYDA 2B6TA 3HTBA 1G07A 1P46A 1C6KA 1G0QA 1L49A 1L43A 3K2RA 1K28A 1L82A 1L99A 1C6PA 1L80A 1L34A 1ZYTA 229LA 1C6FA 1L89A 1L77A 1L64A 4W55A 1L46A 3C7WA 234LA 1QSQA 4ARJA 195LA 1LWKA 1L83A 254LA 5I14A 3NY9A 1SWZA 1L25A 225LA 1C6AA 1G0JA 1L92A 2Z6BA 3NY8A 1L04A 6LZMA 1L08A 1L18A 1KY1A 1SSWA 1L86A 3FI5A 1L06A 3C82A 4DKLA 4I7TA 1D9WA 1L28A 1L41A 1LYGA 1LYJA 1OVHA 1L21A 1LYHA 4W54A 2ANXA 1L0JA 4PJZA 1L98A 1XJTA 4I7SA 1C66A 1C6QA 2CUUA 175LA 139LA 129LA 3HTFA 3SB5A 1PQJA 1L84A 177LA 1T8AA 3GUOA 170LA 4YXCA 3C83A 1L09A 1L20A 2B75A 1C68A 256LA 1L13A 1L72A 4GRVA 3SBAA 2LZMA 131LA 3SB8A 197LA 107LA 1C6TA 2RBSA 1P2RA 1L32A 1DYAA 1L61A 128LA 1L17A 1P56A 3F9LA 4YX7C 110LA 1L37A 188LA 3GULA 1G06A 1L94A 1L07A 3V2YA 147LA 253LA 3JR6A 247LA 2QB0B 3C7ZA 3HT7A 4K5YA 1L39A 238LA 4W52A 1LPYA 236LA 1G1WA 1L63A 1QTHA 3HU9A 3QAKA 1P64A 1L14A 1C6NA 2OTYX 3G3XA 244LA 1D3MA 171LA 1C64A 2F47A 1DYCA 150LA 1QUDA 1CV3A 1L74A 3C8QA 3D4SA 4EPFA 1D2WA 1L05A 1QS5A 1L36A 141LA 1L00A 3FA0A 4W51A 212LA 1LLHA 1L56A 1C6LA 1C6JA 4EPIA 1P36A 3HT9A 190LA 167LA 2RH1A 1QUOA 1QT8A 3DN1A 3CDTA 3HDFA 1QT5A 1JTMA 1G0MA 7LZMA 3HDEA 217LA 4I7PA 1L60A 1LYEA 1L66A 4EKQA 1L96A 3HUKA 249LA 1L91A 189LA 187LA 199LA 1G0GA 182LA 3HH6A 3SB9A 1L70A 4ARPA 1L15A 3CDRA 1L11A 1L12A 3C8RA 1G0KA 184LA 1JTNA 1LI3A 1D3JA 145LA 216LA 1C6EA 219LA 2OE7X 1KW7A 221LA 1L81A 2LCBA 2OE4X 3DMZA 1T8FA 1QUGA 1L76A 3SB7A 1CV4A 4I7QA 2LC9A 2B7XA 1DYFA 3OE0A 2HULA 1L62A 241LA 3V2WA 3C80A 223LA 243LA 140LA 3OE8A 1L35A 1QSBA 3HUQA 1QT3A 1LW9A 4LDOA 1L19A 2RBRA 1C61A 2RB1X 1C69A 1L23A 2A4TA 172LA 1L51A 3C8SA 1SSYA 3DN6A 1LWGA 144LA 1P37A 232LA 1PQKA 1C6CA 3FADA 4AQNA 3HT8A 1OVJA 1L01A 3HH3A 227LA 1KY0A 4EKRA 1L85A 3G3WA 4DJHA 108LA 1ZWNA 4I7MA 1C6BA 224LA 3HU8A 1CVKA 1OV7A 1D3NA 1L0KA 1L65A 127LA 252LA 3GUNA 222LA 4I7JA 242LA 2B6ZA 4IAPA 3LZMA 183LA 1LI6A 3HTDA 1PQDA 1CX6A 3DN3A 259LA 2B6YA 4DAJA 1QTCA 4I7KA 165LA 1D3FA 122LA 115LA 191LA 3GUMA 113LA 2OEAX 3HUAA 1PQIA 1QS9A 1QTDA 1L42A 258LA 3HH4A 1KS3A 1LYFA 1CTWA 4ARLA 1LGUA 185LA 2B6WA 2RAYX 1C6DA 2HUMA 1L50A 149LA 1B6IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NSGA 1L88A 1CV5A 1GB0A 4L41A 2NWDX 4E97A 5HMVA 4WL6A 3T6UA 1C6GA 4H91A 3A8ZA 4DQ7A 3F6ZA 1GE2A 257LA 4OO9A 1GFUA 2H9JA 4H1PA 103LA 3ATOA 4UWVA 1P3NA 1LHLA 2GV0A 2L78A 1LMOA 5II3A 174LA 1L16A 1AKIA 1B5YA 1L48A 1P6YA 5JENB 2QARC 2B70A 1GBXA 1FLQA 3AZ4A 3HBHA 2BQHA 1LZ4A 4DD0A 4R6CA 4DDCA 4GCDA 161LA 2OTZX 4O34A 1JEFA 1GF6A 4H9BA 2MEGA 3WULA 1UUZC 1CUPA 2DQFC 3DNAA 5KXRA 130LA 1JKDA 5F81A 2Z38A 3AZ7A 1LKRA 1WVVA 1LGWA 1L58A 1LMCA 1L02A 3BKVA 1EPYA 1UIDA 1DXJA 4NHSA 4LT1A 1LZDA 3AYQA 2OE9X 1QT4A 4DQJA 120LA 114LA 1DYEA 1CKDA 4H90A 1DZBX 119LA 1EQEA 1QTKA 1YKXX 4HJYA 1IP5A 1PS5A 4NFVA 4WM3A 2HECA 1TCYA 1YROA 3A92A 160LA 1BB4A 3DKEX 3GUPA 3WXTA 3SBBC 1C67A 1L55A 164LA 1OWYA 4ZIXA 211LA 4G4BA 1XEJA 3AW7A 1B7QA 1SX2A 1QTZA 1GBWA 1UICA 4ARMA 1NHBA 4DWXA 3RZEA 2F2QA 123LA 1DPXA 4WMGA 133LA 5B07A 1KNIA 1L03A 4IATA 5KXWA 2MEHA 178LA 3RUNA 1OUAA 248LA 2B74A 1CKFA 1I6SA 1BVKC 5B59A 4NGYA 3N9CA 2MEEA 3WU8A 1HC0A 1P5CA 1G1VA 3W6EA 237LA 4G4CA 4ARQA 4XENA 4XJHA 1LSDA 4PGJB 5DN4A 1LYZA 1FDLY 1YAMA 4I7LA 2BLXA 2OU9A 214LA 1LZ1A 138LA 2HUKA 2MEFA 111LA 3SN6R 1IP7A 1QT7A 1LJFA 4LYZA 1LYDA 1FLUA 2B6TA 1OUDA 2ZWBA 4LT0A 5C6LA 4HSFA 4ET8A 1XGPC 1K28A 1GF8A 1NMMA 2D6BA 2F4AA 3WYHA 1XGTC 1C6FA 1L89A 4N9RA 1L77A 3CSQA 4W55A 5ILCA 1LZTA 1MELL 4YOPA 2ZQ3A 4PJ2C 1LZ8A 5ILFA 1HFXA 1L83A 254LA 2X0AA 4WO6A 1A2YC 2Z6BA 3NY8A 5KXYA 1KY1A 4WG1A 3FI5A 2DBTA 3CT5A 4DKLA 1D9WA 1LZSA 2DKVA 4W54A 1OVHA 1L21A 1B7RA 1XJTA 1C66A 129LA 4QY9A 3HTFA 1LJKA 2A7DA 1A4VA 170LA 4YXCA 1C68A 1LZCA 1L72A 3SBAA 131LA 1BB5A 4B4JA 4H8YA 1B7SA 1O23A 1NBYC 2H9KA 1UA6Y 5HNCA 5FELA 1LZRA 1LJ3A 1IOCA 253LA 5APCA 1DQJC 3HT7A 4G4HA 238LA 4HTKA 4W52A 1LPIA 1G1WA 1KXYA 4HJZA 3HU9A 1L14A 1YQVY 2OTYX 3G3XA 1GF3A 4IASA 1HMLA 2BQNA 1CV3A 1L74A 1D2WA 1QS5A 4W51A 1ZV5L 1C6JA 1TAYA 1P36A 2HEAA 2RH1A 4KXIA 3DN1A 217LA 4I7PA 1L60A 2G4QA 4DD2A 207LA 3SP3A 1EQ4A 199LA 4LYBA 1IC4Y 3FE0A 3WUAA 4TSBA 4ETDA 1L11A 2XBRA 2Z37A 5KXNA 1G0KA 2F4GA 4MR1A 4YENA 1D3JA 2LYZA 4Z98A 4ETAA 1HEOA 2BQAA 2HEEA 221LA 1IR7A 3DMZA 1VAUA 1L76A 3SB7A 1CV4A 3RW8A 3W6AA 4GCEA 4HTNA 2FYDA 1YL0X 1D0KA 1IWVA 2WARA 4YEOA 4DD9A 3A93A 5KKIA 1BWHA 1LKSA 2HEBA 1IP4A 1XGRC 3TXIA 4LDOA 2CDSA 2RBRA 2RB1X 1C69A 1HSWA 2YVBA 1VDQA 1LWGA 1REXA 4BADA 4N8ZA 1GBYA 1D3NA 5HNLA 2B6ZA 1BWJA 2MEAA 1EL1A 3G3BB 259LA 3TXDA 154LA 4N0JA 2W1YA 2Z18A 191LA 1IR9A 3GUMA 113LA 1LZGA 1ZVYB 4TX7A 1QTDA 1L42A 1IR8A 4CHXA 3HH4A 4ARLA 1CTWA 2BQBA 3TXBA 4RLNA 1L50A 149LA 3RT5X 4ZPUA 5I4XA 157LA 1LTMA 4DYGA 4W57A 1C60A 1QTBA 4XADA 5KY1A 9LYZA 4H9FA 5LYZA 1LOZA 1XFPL 4NSJA 1YAPA 2RB2X 3QE8A 4WM1A 1TLAA 4HJVA 1LHIA 1HENA 4I0CA 3F8VA 3GUIA 2BPUA 3CDOA 2RAZX 1EQ5A 1OUCA 5LAGA 1V7TA 3AJNA 1L68A 4LT3A 4ARMB 1L10A 159LA 4WM5A 2I26L 4I7NA 4DDAA 1QUSA 262LA 1LYIA 1D2YA 2OU0X 1P7SA 1L53A 1LHKA 1F6RA 1CV0A 4H94A 4W53A 1GEVA 261LA 5I4YA 3A34A 4W56A 4XJFA 2OU8A 196LA 1FN5A 2W1MA 5LXWA 4FJRA 1C6IA 1LMNA 1C65A 4ARQB 4Z41A 3WVXA 1L40A 1LJHA 3FI7A 1LZ6A 1CJ7A 1HF4A 1G0PA 2YBLA 1BGIA 169LA 2B72A 2YBIA 1IOQA 3DN2A 1L67A 1LMPA 1IP1A 2B73A 3J6KA 1LSAA 1LZYA 1V7SA 1HELA 4ANRA 2IGCA 5LA5A 1ZURA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4NSG A;  1L88 A;  1CV5 A;  1GB0 A;  4L41 A;  2NWD X;  4E97 A;  5HMV A;  4WL6 A;  3T6U A;  1C6G A;  4H91 A;  3A8Z A;  4DQ7 A;  3F6Z A;  1GE2 A;  257L A;  4OO9 A;  1GFU A;  2H9J A;  4H1P A;  103L A;  3ATO A;  4UWV A;  1P3N A;  1LHL A;  2GV0 A;  2L78 A;  1LMO A;  5II3 A;  174L A;  1L16 A;  1AKI A;  1B5Y A;  1L48 A;  1P6Y A;  5JEN B;  2QAR C;  2B70 A;  1GBX A;  1FLQ A;  3AZ4 A;  3HBH A;  2BQH A;  1LZ4 A;  4DD0 A;  4R6C A;  4DDC A;  4GCD A;  161L A;  2OTZ X;  4O34 A;  1JEF A;  1GF6 A;  4H9B A;  2MEG A;  3WUL A;  1UUZ C;  1CUP A;  2DQF C;  3DNA A;  5KXR A;  130L A;  1JKD A;  5F81 A;  2Z38 A;  3AZ7 A;  1LKR A;  1WVV A;  1LGW A;  1L58 A;  1LMC A;  1L02 A;  3BKV A;  1EPY A;  1UID A;  1DXJ A;  4NHS A;  4LT1 A;  1LZD A;  3AYQ A;  2OE9 X;  1QT4 A;  4DQJ A;  120L A;  114L A;  1DYE A;  1CKD A;  4H90 A;  1DZB X;  119L A;  1EQE A;  1QTK A;  1YKX X;  4HJY A;  1IP5 A;  1PS5 A;  4NFV A;  4WM3 A;  2HEC A;  1TCY A;  1YRO A;  3A92 A;  160L A;  1BB4 A;  3DKE X;  3GUP A;  3WXT A;  3SBB C;  1C67 A;  1L55 A;  164L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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