1PQKA

Repacking of the core of t4 lysozyme by automated design
Total Genus 57
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRAVLRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSIRYLQQKRWDEAAVNFAKSRWYNQTPNRAKRIITVFRTGTWDAYKNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)TI2 (158-161)EMPTYS1 (14-19)TIV1 (27-30)TI1 (20-23)S2 (25-28)S3 (31-32)AH3 (60-80)AH2 (39-50)TI'1 (54-57)AH9 (137-141)AH6 (108-113)O1 (113-115)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH4 (83-90)TI3 (159-162)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Repacking the Core of T4 Lysozyme by Automated Design
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1pqkA00
123LA 1C66A 2B75A 1L16A 4E97A 2LCBA 125LA 1L73A 252LA 181LA 2RBPA 3OE8A 1T8AA 3RUNA 2B6WA 229LA 220LA 3C8QA 3HUKA 1L14A 110LA 2L78A 1KW5A 1XJTA 246LA 4OO9A 3CDVA 4W51A 1L50A 3UONA 3V2YA 237LA 129LA 1QUDA 3DMZA 1LYIA 1D3JA 1C6CA 198LA 4AQNA 1L17A 1L64A 3FA0A 1L41A 4K5YA 1P36A 245LA 1L40A 3OE9A 187LA 1OV7A 1P56A 234LA 7LZMA 1L96A 4W59A 248LA 3HUAA 1P6YA 209LA 1L91A 3HTFA 1G0PA 1P5CA 2O79A 1L54A 3C7YA 192LA 238LA 1G0KA 1CV3A 2B6YA 260LA 1G0QA 3CDTA 1L61A 1QTVA 1JQUA 1L0JA 162LA 1C6LA 102LA 3NY9A 156LA 109LA 4PK0A 1L39A 3HTGA 188LA 3DN2A 4ARQA 1CV5A 1L02A 1P2LA 3GUIA 1C64A 1OVKA 1G0JA 1KY1A 171LA 2O4WA 1OVHA 1L52A 1L94A 1L77A 1CTWA 1TLAA 3DMXA 4W55A 3C7WA 4I7KA 1DYCA 1L03A 1CUQA 243LA 3SBBC 4W53A 217LA 1D3MA 1L82A 3C8SA 1L33A 1KS3A 1D3FA 262LA 1L81A 1QTDA 213LA 190LA 1L13A 118LA 2OU8A 1QSBA 126LA 1C6NA 3GUJA 138LA 1QSQA 3K2RA 221LA 1PQKA 1L23A 4ZPUA 1L26A 1G07A 180LA 1L29A 1D9WA 206LA 165LA 253LA 1PQIA 1L55A 201LA 1L38A 2HUKA 1L53A 4I7LA 146LA 3SN6R 223LA 1C6BA 1L89A 140LA 1CV6A 232LA 108LA 1LGWA 3G3XA 1P37A 1QT5A 1L68A 1L88A 1OVJA 3GUOA 4LDOA 1QS9A 141LA 1CU3A 1LGXA 1L95A 5I14A 1P7SA 4IAPA 212LA 3DN0A 1L85A 2A4TA 1CU5A 159LA 3HT7A 244LA 1LYFA 255LA 1C61A 3QAKA 4I7PA 1L27A 2F47A 1QTCA 3HH5A 178LA 1QUGA 3PDSA 161LA 1C67A 1LYHA 2OE9X 185LA 219LA 195LA 1C6AA 1L00A 103LA 1L65A 1CVKA 1LWGA 241LA 4I7RA 1PQDA 2RH1A 143LA 128LA 4I7JA 2B6XA 227LA 1L45A 131LA 4ARMB 1L18A 4EPFA 137LA 167LA 1ZYTA 186LA 1L98A 257LA 2NTHA 1SX7A 2OE7X 1LI2A 6LZMA 1L34A 3DN6A 130LA 1L75A 1B6IA 216LA 249LA 1L42A 3DMVA 1L08A 168LA 3OE6A 2RAYX 1L67A 1DYBA 3ODUA 1G0LA 3JR6A 1CUPA 4EKQA 215LA 176LA 2QARC 182LA 2OTZX 3DN1A 1C6EA 218LA 3OE0A 1LYJA 1L86A 196LA 2F2QA 1C6JA 1L90A 1L63A 254LA 1C6TA 2OU0X 4W52A 1T8GA 5LZMA 1LPYA 1L37A 174LA 4W56A 144LA 1L72A 1CU2A 1G0MA 1SX2A 222LA 2Q9DA 4I7TA 230LA 4LZMA 1C65A 1C6HA 115LA 172LA 1LW9A 1LI6A 1QT6A 120LA 189LA 3LZMA 3HH6A 1DYDA 1C62A 3FI5A 1QTHA 147LA 231LA 1L09A 199LA 1PQOA 2ANXA 1QTZA 259LA 150LA 1L47A 111LA 4EJ4A 1L44A 1L84A 3HWLA 1CV0A 1L32A 152LA 1L80A 114LA 256LA 1L01A 205LA 163LA 1PQMA 1QT8A 3CDQA 2IGCA 2RBRA 3CDRA 3L64A 1L21A 1C6IA 210LA 1T6HA 1L28A 2RBOA 3SB9A 1LGUA 1LLHA 1G1WA 4DKLA 3HDFA 4YX7C 1L48A 1C6GA 1ZWNA 3F8VA 1L60A 1QT7A 4GRVA 3SB6A 3HTDA 2LC9A 4I7MA 3HU8A 2RB2X 258LA 1K28A 4S0WA 4EKRA 2B6ZA 1L25A 2B6TA 1L36A 3PBLA 4I7NA 1L35A 4I7QA 3DN4A 1LYGA 235LA 1LYEA 1CX7A 104LA 1L57A 4LDLA 151LA 1L49A 2B70A 1DYEA 1L59A 1QUOA 3HU9A 148LE 173LA 175LA 4EXMA 1SWYA 4EKSA 1L30A 1LWKA 2F32A 164LA 4YXAC 4EKPA 149LA 2HULA 1L99A 2Z6BA 3L2XA 1L24A 3RZEA 2RB0X 4PJZA 191LA 3GUNA 3GUPA 1L87A 3GULA 3C80A 3SB5A 4YXCA 1DYFA 4I7SA 225LA 1L20A 1L70A 1SSWA 2ANVA 1L22A 2RBQA 1L76A 2CUUA 1CU0A 1L58A 4ARQB 1L74A 3C7ZA 1DYAA 1OYUA 251LA 1L69A 3SB7A 3D4SA 4W58A 1D2WA 211LA 2OU9A 127LA 157LA 170LA 261LA 1L05A 1L56A 228LA 3C82A 3G3VA 160LA 1P64A 2RBNA 3HT9A 226LA 1QT4A 1C6PA 4ARMA 1DYGA 2B7XA 1WTHA 224LA 1C6KA 4ARPA 4W54A 2OEAX 1L15A 3DKEX 2B73A 3V2WA 145LA 3DNAA 1L46A 1LI3A 1OWZA 3HUQA 1CX6A 122LA 214LA 1QUHA 1D2YA 1L51A 107LA 3VW7A 4DJHA 1LYDA 1OV5A 119LA 1QTBA 1P3NA 1QS5A 1CV4A 1G0GA 1L62A 3CDOA 3FADA 3HH4A 4ARJA 1L79A 250LA 1C6QA 2O7AA 1L10A 197LA 1CV1A 2RBSA 2LZMA 2OE4X 3HH3A 3HTBA 1T97A 1L66A 1I6SA 1L31A 4W57A 1G1VA 2QB0B 2RB1X 184LA 3HT8A 4EPIA 1KNIA 4LDEA 3GUMA 1KW7A 4DAJA 1C6MA 239LA 1PQJA 1XEPA 1L11A 3GUKA 2OTYX 2NTGA 1CU6A 177LA 1JTMA 1L93A 1C6FA 3G3WA 158LA 3C81A 113LA 1JTNA 1C63A 1C60A 200LA 1T8FA 169LA 3DN8A 1ZURA 1L43A 3NYAA 3F9LA 1L04A 1L0KA 2HUMA 142LA 3C8RA 1L07A 1L92A 1SWZA 4GBRB 2Q9EA 1L12A 236LA 3HDEA 3HT6A 4I7OA 1SSYA 3NY8A 1L71A 2RAZX 4ARLA 1D3NA 3DN3A 1XJUA 1L97A 166LA 3SB8A 139LA 2B74A 1L19A 1OWYA 1NHBA 1C6DA 155LA 112LA 3SBAA 233LA 1C68A 3C83A 242LA 1P2RA 1KY0A 1QT3A 240LA 3EMLA 247LA 2B72A 1L06A 1G06A 1EPYA 1C69A 183LA 1L83A 1P46A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
123LA 4E97A 125LA 1DKJA 1YILA 3RUNA 1HEWA 220LA 4LT1A 1QDTA 4LYZA 1LJHA 4WM4A 1JSEA 4QY9A 1L50A 1KIRC 1GB9A 198LA 1C6CA 4AQNA 1IC5Y 1L17A 1L64A 3A90A 1IR8A 3CT0A 2ZIJA 4NSGA 1I20A 1GBSA 1P56A 1LZYA 2LYMA 1NBZC 1AT5A 1LYYA 3B6LA 4NHPA 1L54A 4X3BA 2B6YA 1QTVA 1LCNA 1L0JA 162LA 1C6LA 2BAAA 102LA 3NY9A 156LA 1QSWA 4PK0A 2D4KA 1GDXA 3HTGA 2DQCY 1E8LA 4HPEA 1C64A 1KY1A 3A96A 4G4CA 1GB6A 1L52A 4NY5A 1GE0A 1JTOL 3C7WA 1L03A 243LA 4NGJA 4MR1A 1HEOA 1D3MA 1L33A 262LA 4WM5A 190LA 4QDNA 1PZYA 2OU8A 126LA 3GUJA 4J7VA 4CHXA 4ZPUA 1BB3A 1YIKA 1LZBA 1YKZX 1GFAA 3B0OA 201LA 4NGKA 1L53A 1LJ4A 1VDSA 1QQYA 153LA 5B07A 1RE2A 1L89A 4LT0A 1GE3A 2FBDA 1IOQA 1LSZA 4LDOA 1QS9A 1CU3A 1YROA 4H9FA 4H8YA 1HSWA 194LA 5I4XA 1HMLA 4WM2A 1W6ZA 3HT7A 1OUAA 1LYFA 1C61A 4TUNA 3HH5A 1LSYA 3WXTA 1A4VA 1C67A 3M18B 2BLXA 3WPKA 2BQAA 1CVKA 2ZYCA 2Z2FA 4PPOA 1GFGA 1HEQA 2RH1A 4TTDA 133LA 1NF5A 4I7JA 2B6XA 1GB8A 4GLAA 5LVGA 1J1PY 1JJ1A 4R0FA 186LA 4NGYA 4W96A 4WG7A 2LZTA 5KXWA 1UIEA 4YENA 4UWNA 1LI2A 6LZMA 1C43A 3DN6A 1L75A 2CWIA 5EBHA 1UACY 1GWDA 1LZTA 1CUPA 4O34A 1CKFA 4ETDA 3B0IA 182LA 1G7HC 4OW1A 3OE0A 3TXDA 196LA 1OUFA 1FLWA 2D4JA 4DC4A 2XBSA 1T8GA 4LFXA 1WTMA 4PGJB 4OWEA 4QGZA 4W56A 1B7SA 3QNGA 1G0MA 1C6HA 172LA 3WW5A 5FELA 1WVVA 1KXYA 1QT6A 5JENB 4ETCA 2YBHA 1LJJA 2CDSA 3HH6A 4FDYA 4KL7A 1GF0A 1O23A 3ATOA 4C3WA 1SQ2L 1NWGA 2DQHY 4CGEA 2YBIA 4YEMA 259LA 111LA 1L44A 3TXFA 1CV0A 1L32A 4IASA 1L80A 1LKSA 4DD7A 2CJLA 163LA 1PQMA 3CDRA 5HLLA 1L21A 3WH1A 1T6HA 2EKSC 1C08C 2RBOA 3SB9A 5LVJA 5L3IA 2DQIY 4LT2A 1C6GA 1GE4A 1IWTA 1ZWNA 1F6RA 4GRVA 1QT7A 5LYZA 3TXKA 3SB6A 3LYOA 1VFBC 258LA 2Z39A 1FLYA 4EKRA 5E9RA 1GF8A 4NSIA 1D9UA 1GE2A 4MCKA 1LYGA 2LYZA 1L57A 151LA 2B70A 1DYEA 1L59A 1BB5A 1GBXA 3WPJA 173LA 175LA 1SWYA 2F32A 3P65A 1GAZA 3AZ7A 1LJFA 1XFPL 1QSAA 3RZEA 4G4BA 4WO6A 3J6KA 1GFEA 3GUPA 1CKCA 1L87A 2BQEA 3GULA 1GF6A 2Q0MX 1LMQA 1DYFA 1B7QA 1L22A 2RBQA 1CU0A 2MEFA 1GBYA 1QIOA 3MGWA 1DYAA 3D4SA 2OU9A 127LA 157LA 3EBAB 1L56A 4DQ5A 5APFA 224LA 1C6KA 4ARPA 3V2WA 5C6LA 145LA 1LI3A 1GB2A 4GCEA 1G7IC 3W6AA 4AXTA 2YSSC 1QUHA 1HNLA 1D2YA 4PHIA 1OV5A 1EQ5A 1P3NA 4LYBA 1QS5A 3LHMA 4DYGA 4DD0A 1L62A 2XBRA 4KT3A 1C6QA 1T3PA 3BKHA 2LZMA 2MEAA 2F2NA 1NBYC 1VDTA 3HTBA 5A3ZA 1KIPC 1L31A 4XJBA 4W57A 4W94A 5F81A 3HT8A 3W6DA 1REYA 1HFXA 1DI3A 4NSHA 1L93A 1C6FA 3AW6A 4N9RA 3DN8A 1FKVA 3AZ4A 4NHSA 4OWBA 3WL2A 1L04A 3AGIA 5I4WA 4ET9A 1VDQA 3C8RA 4H92A 3G3BB 3HDEA 4I7OA 3TMWA 1IVMA 2H5ZA 3DN3A 1IOTA 166LA 1SLYA 2A7DA 1LZ6A 2B74A 1NHBA 3SBAA 112LA 233LA 242LA 1P2RA 2W1XA 1KY0A 4NHTA 4OOTA 5A3EA 1G06A 1GE1A 183LA 1IIZA 3ZVQB 2B75A 1L16A 2LCBA 2HEFA 181LA 1T8AA 1EQEA 1B9OA 229LA 1B5UA 1L14A 5LAFA 4OO9A 1DPWA 1XJTA 246LA 4W51A 3W6BA 2YBNA 129LA 1QUDA 4RW1A 3DMZA 2GV0A 4UWVA 1D3JA 2HU1A 4H93A 1AKIA 5LVKA 1L41A 4ZFPA 1LMCA 1LMAA 3TXJA 154LA 1L40A 1BB4A 5LYMA 1WVUA 4W59A 3GXRA 3CSQA 4PRQA 3HTFA 5KXZA 2O79A 2Z19A 238LA 260LA 1G0QA 1IP2A 109LA 1YANA 2MECA 1LHMA 1B7OA 2O4WA 4WM3A 1OVHA 1L94A 1TLAA 1JTTL 3A34A 1FKQA 1NQIA 2MEHA 1PS5A 1LMOA 3C8SA 1D3FA 1DQJC 5ILFA 1QTDA 3WPLA 2Z12A 1EL1A 1L13A 1GFUA 1QSQA 3K2RA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 123L A;  4E97 A;  125L A;  1DKJ A;  1YIL A;  3RUN A;  1HEW A;  220L A;  4LT1 A;  1QDT A;  4LYZ A;  1LJH A;  4WM4 A;  1JSE A;  4QY9 A;  1L50 A;  1KIR C;  1GB9 A;  198L A;  1C6C A;  4AQN A;  1IC5 Y;  1L17 A;  1L64 A;  3A90 A;  1IR8 A;  3CT0 A;  2ZIJ A;  4NSG A;  1I20 A;  1GBS A;  1P56 A;  1LZY A;  2LYM A;  1NBZ C;  1AT5 A;  1LYY A;  3B6L A;  4NHP A;  1L54 A;  4X3B A;  2B6Y A;  1QTV A;  1LCN A;  1L0J A;  162L A;  1C6L A;  2BAA A;  102L A;  3NY9 A;  156L A;  1QSW A;  4PK0 A;  2D4K A;  1GDX A;  3HTG A;  2DQC Y;  1E8L A;  4HPE A;  1C64 A;  1KY1 A;  3A96 A;  4G4C A;  1GB6 A;  1L52 A;  4NY5 A;  1GE0 A;  1JTO L;  3C7W A;  1L03 A;  243L A;  4NGJ A;  4MR1 A;  1HEO A;  1D3M A;  1L33 A;  262L A;  4WM5 A;  190L A;  4QDN A;  1PZY A;  2OU8 A;  126L A;  3GUJ A;  4J7V A;  4CHX A;  4ZPU A;  1BB3 A;  1YIK A;  1LZB A;  1YKZ X;  1GFA A;  3B0O A;  201L A;  4NGK A;  1L53 A;  1LJ4 A;  1VDS A;  1QQY A;  153L A;  5B07 A;  1RE2 A;  1L89 A;  4LT0 A;  1GE3 A;  2FBD A;  1IOQ A;  1LSZ A;  4LDO A;  1QS9 A;  1CU3 A;  1YRO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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