1PQMA

T4 lysozyme core repacking mutant v149i/t152v/ta
Total Genus 60
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRIITVFRTGTWDAYKNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)S1 (14-19)TIV1 (27-30)EMPTYTI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)S3 (31-32)AH3 (60-80)AH2 (39-50)TIV3 (54-58)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH4 (83-90)AH6 (108-113)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Repacking the Core of T4 Lysozyme by Automated Design
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 60
structure length 163
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1pqmA00
1L54A 4DAJA 4DKLA 1QT6A 1LYHA 3C81A 3GUOA 1LYJA 3OE6A 2B75A 140LA 3NY8A 2L78A 1KNIA 253LA 112LA 151LA 155LA 2OE7X 1L80A 1C61A 1C6PA 201LA 2B6ZA 238LA 1QUOA 3GUKA 2A4TA 3C7YA 3PBLA 241LA 2RB0X 111LA 237LA 3CDVA 2O7AA 162LA 1L76A 1L69A 1C6NA 246LA 1K28A 224LA 252LA 1KS3A 2F32A 1C6EA 221LA 1JQUA 1WTHA 4PJZA 3SB9A 4I7MA 2RBSA 1QSQA 1L74A 1L94A 1L0JA 3L64A 2ANVA 1L75A 3EMLA 3C8QA 4EKRA 103LA 2OEAX 220LA 3HT7A 198LA 1C6MA 1L82A 3OE0A 1L77A 2IGCA 4I7NA 4ARJA 1QTDA 233LA 118LA 2OTYX 3HH3A 1CU2A 239LA 3V2WA 141LA 4DJHA 1LYGA 1LYIA 4EKSA 3SB8A 1L33A 4W59A 244LA 139LA 2OU0X 1L09A 4ARQA 1L83A 1SX7A 178LA 2RB2X 3UONA 223LA 4LDLA 1C62A 1JTNA 1L34A 3G3WA 1QT4A 115LA 232LA 1P64A 2RH1A 1QTZA 3HU8A 1C68A 3DN4A 3HUKA 190LA 1L57A 3DN8A 4I7QA 1L00A 1L44A 2B6TA 1PQOA 1KW5A 1L30A 1L35A 1L47A 255LA 130LA 7LZMA 2B74A 3DKEX 1PQMA 3DMXA 1SWYA 2RBQA 4W51A 3V2YA 1P6YA 1DYGA 1L32A 2QB0B 1L51A 1L02A 1QT7A 1G1WA 1L26A 3GUPA 3GULA 4W54A 1G0JA 1T97A 1L96A 1C6JA 1L19A 212LA 174LA 1L40A 2OE4X 4I7TA 4EKPA 251LA 3GUJA 126LA 2HUKA 4ARMB 189LA 1L43A 4ARPA 1DYEA 1CTWA 1CV1A 1L17A 4LDEA 1L12A 145LA 4I7RA 3HTDA 1G06A 1OVHA 1L42A 1L95A 1C6QA 1L25A 1L68A 1QSBA 1L31A 216LA 1QUDA 1L55A 3FADA 3SB7A 150LA 182LA 2LZMA 114LA 1DYFA 2B73A 3HUAA 2F47A 1L84A 158LA 3DN3A 2B6YA 3HU9A 3SB6A 4K5YA 1C66A 3C8SA 1JTMA 1L99A 170LA 4IAPA 131LA 1D3NA 1PQIA 199LA 160LA 1C6IA 1L85A 149LA 196LA 234LA 4EPFA 165LA 217LA 1XEPA 1XJTA 1CVKA 1QTBA 1T8AA 214LA 1L64A 1C65A 1CU3A 1I6SA 2HUMA 1L15A 138LA 1L01A 1L20A 1L89A 1KY0A 1SWZA 1L05A 2RAYX 211LA 3OE9A 1G1VA 1L0KA 200LA 1P7SA 181LA 1L49A 226LA 3DN0A 2F2QA 129LA 1L11A 1L58A 1TLAA 1L86A 191LA 4ARLA 108LA 1L61A 1L29A 171LA 1QT8A 2OU8A 1L81A 4OO9A 1CU6A 1C6DA 222LA 1C63A 1L67A 157LA 1ZYTA 4EJ4A 1G0QA 2QARC 1DYAA 1L59A 3CDTA 1OV7A 1C6LA 230LA 1L46A 4EXMA 1LYEA 3HWLA 3HTFA 1DYBA 2B72A 4AQNA 167LA 4LDOA 1L37A 168LA 1CV4A 2RBPA 156LA 2LC9A 110LA 1L04A 2O79A 1L98A 209LA 3QAKA 113LA 243LA 186LA 2RB1X 1L93A 1L18A 1P2LA 1PQKA 1LYDA 128LA 4ARQB 258LA 1L06A 2NTGA 175LA 176LA 1LGUA 225LA 1L48A 3PDSA 4I7SA 1QTVA 2B6XA 1L13A 188LA 180LA 1L91A 1LW9A 259LA 1C6KA 3OE8A 1P56A 4I7PA 219LA 183LA 1OVJA 4I7KA 1G0PA 184LA 1P2RA 104LA 254LA 1OYUA 236LA 102LA 122LA 1C60A 1D9WA 3K2RA 1LGXA 257LA 1L24A 1L79A 166LA 3HT6A 2NTHA 3L2XA 262LA 137LA 4YXAC 206LA 3DMZA 3FI5A 4EKQA 1LI3A 1CU0A 3C8RA 256LA 205LA 1QS5A 1L27A 3G3XA 2OTZX 1G0KA 2OU9A 107LA 1L21A 125LA 3HH5A 3C83A 3F9LA 3VW7A 1CV0A 1QT3A 1L38A 1L88A 3D4SA 3HDEA 1T8FA 1KW7A 1C6GA 1G0LA 1L60A 1CUPA 1OVKA 3RZEA 1CX6A 2LCBA 3GUIA 2Q9EA 1QS9A 213LA 3JR6A 164LA 1LWKA 1L10A 1XJUA 2RBRA 210LA 4E97A 1L71A 1P46A 3RUNA 3HDFA 250LA 147LA 1LYFA 4W52A 5I14A 1G0GA 2CUUA 3ODUA 143LA 1LGWA 1CV6A 240LA 1C6HA 1P5CA 3NY9A 1SX2A 1L53A 3HTBA 1C6AA 1L56A 4I7LA 148LE 3DN1A 3DMVA 218LA 1L45A 3DNAA 3C7WA 3SBAA 192LA 1C67A 2Z6BA 1L16A 1LLHA 4I7OA 1KY1A 1G0MA 1QT5A 1L28A 1CU5A 228LA 127LA 1C6TA 1L97A 3C7ZA 235LA 3NYAA 1L90A 1L87A 159LA 1LI2A 3DN6A 1L50A 1L14A 1CV5A 2B70A 1L92A 2RBNA 2ANXA 1L63A 231LA 1OV5A 187LA 1T6HA 3FA0A 1C6CA 3HT9A 1PQJA 3SB5A 229LA 3GUMA 1P37A 3LZMA 5LZMA 215LA 3SBBC 1CUQA 1P3NA 3CDOA 1L41A 1NHBA 1PQDA 1L72A 161LA 4W57A 1DYCA 1EPYA 248LA 4I7JA 1SSYA 1L22A 1L66A 3HTGA 109LA 4W56A 1C6FA 195LA 1L65A 1LPYA 1L36A 2RAZX 4YXCA 3HT8A 6LZMA 1D3FA 242LA 1LWGA 3HH6A 2RBOA 120LA 1G07A 260LA 1OWYA 1C64A 1L73A 3HH4A 1D3MA 1ZURA 1ZWNA 1B6IA 1C6BA 172LA 1T8GA 2OE9X 3F8VA 4W58A 163LA 4EPIA 1QUHA 4ARMA 4LZMA 3DN2A 1DYDA 1L08A 146LA 173LA 1L62A 1L07A 1QUGA 2B6WA 3GUNA 4W53A 1D2YA 1CX7A 3SN6R 152LA 4ZPUA 1L23A 1P36A 1L39A 119LA 4PK0A 142LA 144LA 1CV3A 3CDRA 245LA 123LA 185LA 227LA 169LA 1SSWA 261LA 3C80A 249LA 2HULA 4W55A 177LA 247LA 1L52A 1QTCA 1D2WA 1OWZA 2B7XA 4YX7C 1LI6A 3C82A 3HUQA 2Q9DA 197LA 1D3JA 3G3VA 4S0WA 3CDQA 1L03A 4GRVA 1L70A 2O4WA 1QTHA 1C69A 4GBRB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L54A 4NGJA 4DAJA 3W3EA 4GLAA 1WQRA 140LA 1TCYA 1LZ1A 2LZTA 2HU1A 1GFRA 2BQBA 1LKSA 155LA 1LJHA 1QUTA 1ALCA 201LA 4AGAA 1QUOA 1ZMYL 5KXTA 2A4TA 4YF2A 2D4JA 3C7YA 2EQLA 237LA 3CDVA 1L76A 2HEEA 224LA 252LA 1XGUC 3FE0A 4N5RA 1JQUA 1LZ8A 4PGJB 1GFJA 5APFA 1AT5A 1LZRA 1L94A 2DQAA 3WU8A 1L0JA 1YAQA 1L75A 3C8QA 4EKRA 3A92A 198LA 1QTKA 3A96A 4M6DA 1LZGA 3OE0A 1DI5A 1LZYA 4GCCA 1CU2A 141LA 4OWCA 4EOFA 4DJHA 1C08C 1LYIA 3RU5A 4EKSA 1PS5A 4HTKA 4ARQA 2RB2X 3QY4A 4J0LA 1G7JC 1IO5A 1C62A 115LA 1IOCA 2MEEA 1QTZA 4HV1A 1C68A 1GF6A 190LA 1L57A 2CGIA 3DN8A 4I7QA 1L00A 1KW5A 2H5ZA 3AJNA 1OUBA 1YL0X 3A95A 1B7NA 2RBQA 3RNXA 2WARA 4NSIA 5KXSA 5FELA 2EIZC 1AM7A 5HLLA 4DD1A 1L32A 3T36A 1L51A 1L02A 4W54A 1L26A 3GUPA 3ATOA 1GD6A 1UC0A 1LMNA 1L19A 2LYMA 4EKPA 2HEAA 4ARMB 3GUJA 126LA 4H8ZA 1L43A 2ZQ4A 4ARPA 1IP4A 4WM5A 1GFKA 1L42A 1L95A 1BVXA 3LN2A 1QSBA 4H8YA 1DKJA 1D6QA 182LA 2W1YA 158LA 1IOSA 4QGZA 3SB6A 5F9UA 3C8SA 1JTMA 1OUHA 3MGWA 2BQHA 4EPFA 1UACY 2DQFC 1T8AA 1L64A 2HEBA 1CU3A 1I6SA 5AMYA 2DQJY 4BS7A 1L89A 2ZYCA 1SWZA 1YILA 4CFOA 211LA 3OE9A 2DKVA 200LA 5C6JA 1L49A 2F2QA 1L86A 191LA 108LA 3IJVA 2LYZA 2ZNXY 1C63A 3EMSA 1L67A 1OUDA 1ZYTA 3OK0A 5KXRA 4EJ4A 2MEGA 1VATA 4GCBA 230LA 1LSDA 2Z2FA 5LVHA 1JPOA 1QIOA 1IP5A 1HERA 168LA 2DQDY 3TXHA 156LA 2Y8PA 3P64A 1G7LC 1GF8A 113LA 3AGGG 243LA 3J4GA 186LA 5LVIA 1L93A 4CGEA 2DQIY 1QDTA 2Z2EA 1LYDA 2FYDA 176LA 4H9FA 225LA 4I7SA 1QTVA 188LA 1KXXA 1LW9A 259LA 1LZEA 5HQ1A 2D91A 1NKHA 2MEFA 4YEMA 3ULRA 4N9RA 5A3EA 4LYCA 1JKAA 1C7PA 3RZ4A 4LFXA 236LA 4J1AA 1D9WA 154LA 3HBDA 1RCMA 4WG1A 4LGKA 3AW6A 2NTHA 206LA 3DMZA 2HUBA 4LT0A 4NHPA 1CU0A 4E3UA 1LTMA 3WVXA 2N5ZA 1QS5A 1L27A 1G0KA 3TXDA 1B0DA 1A4VA 4NGVA 3F9LA 1GHLA 3WPLA 1L38A 2IHLA 3T6UA 1NDGC 3GUIA 4J1BA 2Q9EA 5LVGA 4H90A 3JR6A 1UIHA 4W94A 1QDRA 1P46A 1LYZA 1F6RA 1HSXA 250LA 2FBDA 1G0GA 5D5CA 4RDSA 1LGWA 5A3ZA 1A2YC 1P5CA 4I7LA 3DN1A 4ML7A 1LZBA 1L45A 1T6VL 2XTHA 2Z6BA 5B06A 4ET9A 1KY1A 2ZIKA 1D0KA 1L97A 1EQEA 235LA 1FKVA 4DD3A 1IEEA 4NWHA 1JIYA 3DN6A 1HF4A 3WW6A 3A34A 1L92A 3N9CA 5APCA 1GFAA 3RT5X 1B7LA 3GXKA 1TBYA 3HT9A 3W6CA 5L3HA 3SB5A 1IP1A 229LA 1NBYC 1LZDA 2ZILA 1CUQA 5D5FA 1DKKA 1L41A 5LVJA 161LA 1DQJC 3TXIA 2A7FA 3AZ4A 4W56A 1C6FA 195LA 2I25L 1B7MA 1L36A 1CJ6A 2RBOA 1IWUA 4WM6A 260LA 1OWYA 1GB0A 1REYA 1D3MA 1JHLA 1LHJA 1LZTA 1LCNA 3F8VA 1UIFA 1QUHA 2D4IA 2F2NA 4OWEA 3DN2A 1YAPA 1DYDA 1GPQC 1QUGA 173LA 1D2YA 2ZWBA 3LYMA 4G4CA 152LA 4ZPUA 1XEKA 1P36A 1AKIA 2F4GA 1CJ7A 1HFYA 1LJIA 1LJFA 4GCDA 227LA 185LA 1SSWA 261LA 2HULA 1GXV2 177LA 1L52A 1QTCA 1OWZA 4YX7C 3HUQA 2Q9DA 4QY9A 197LA 4S0WA 5EBHA 2IFFY 3CDQA 1UICA 1QTHA 4GBRB 3P68A 1KIRC 3WU9A 1QT6A 4NG1A 2PC2A 1C10A 3GUOA 5ILFA 1GBZA 3LYOA 2L78A 1KNIA 4GCFA 2OE7X 1LSMA 3TMVA 4G49A 4EMNA 1LKRA 1VEDA 3D3DA 1XEJA 4I0CA 1GAZA 4U3XB 111LA 3G3AB 1L69A 1O23A 1CNSA 4NGLA 221LA 1UIBA 132LA 3CB7A 2RBSA 1QSQA 4WM2A 1GFTA 3L64A 2I26L 4G4BA 2BQNA 2HEDA 1DI3A 1L77A 2IGCA 4ARJA 4FJRA 1VDTA 4CFPA 4NSHA 1BHZA 118LA 3HH3A 4NFVA 239LA 3V2WA 1LYGA 3SB8A 1L33A 3QE8A 4W59A 5I4WA 2OU0X 3A3QA 4R0FA 3UONA 5KXMA 1L34A 3G3WA 5DN4A 5IELA 1LJGA 1P64A 3HU8A 3WULA 5JENB 5LIOA 208LA 6LYZA 3ZEKA 1QUSA 1GFHA 1L30A 2BLXA 4ETEA 1L35A 255LA 7LZMA 1KXYA 2B74A 1GEVA 1WTMA 3V2YA 5I4XA 1J1PY 1SLYA 1P6YA 1UIAA 1WQPA 5HMJA 2QB0B 1QT7A 3RW8A 4Z3MA 3GULA 1L96A 3WUNA 4H8XA 1LZNA 1LJJA 4DQ7A 2HUKA 4NGOA 2BQOA 4KPMA 1WQMA 1DYEA 1HEOA 1CTWA 4IASA 1GFUA 1L17A 1LMAA 3HTDA 1DPXA 4TWSA 3A94A 4XJBA 216LA 4Z46A 1QUDA 4KL7A 3SB7A 3CT1A 3N9EA 2F47A 1REZA 2BQIA 2F4AA 4WL7A 5KY1A 5HMVA 2YBMA 1F10A 4DWXA 3LYZA 5T3FA 4TSCA 4IAPA 2MEBA 4FDYA 1D3NA 2MEIA 1L85A 149LA 4H9IA 1GB2A 234LA 217LA 1XEPA 1XJTA 1FLWA 1L15A 138LA 1QSWA 1P2CC 5C6IA 1L05A 5J7CA 2RAYX 5KXZA 1YL1X 5KXOA 4WMGA 129LA 1L11A 1L58A 3W6AA 6LYTA 4NHQA 1L61A 1L29A 171LA 2OU8A 1OP9B 222LA 1YROA 3D9AC 4GCEA 4UWUA 5B1FA 5DLAA 4OWAA 2Z37A 1DYAA 5K7OA 1L46A 4EXMA 4CHXA 1LYEA 1HEQA 2B72A 167LA 4PHIA 2DQEY 4DD9A 3B0OA 4HPIA 1LSCA 2O79A 3EBAB 1LSPA 4H9CA 1DPWA 2RB1X 1PZYA 1TDYA 4ETBA 1I56A 4LYZA 1PQKA 4NGZA 175LA 1L48A 1GE4A 3PDSA 4DD7A 180LA 1C6KA 2BQKA 1P56A 3TXBA 4NHTA 219LA 183LA 2ZIJA 4KT3A 1Z55A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1L54 A;  4NGJ A;  4DAJ A;  3W3E A;  4GLA A;  1WQR A;  140L A;  1TCY A;  1LZ1 A;  2LZT A;  2HU1 A;  1GFR A;  2BQB A;  1LKS A;  155L A;  1LJH A;  1QUT A;  1ALC A;  201L A;  4AGA A;  1QUO A;  1ZMY L;  5KXT A;  2A4T A;  4YF2 A;  2D4J A;  3C7Y A;  2EQL A;  237L A;  3CDV A;  1L76 A;  2HEE A;  224L A;  252L A;  1XGU C;  3FE0 A;  4N5R A;  1JQU A;  1LZ8 A;  4PGJ B;  1GFJ A;  5APF A;  1AT5 A;  1LZR A;  1L94 A;  2DQA A;  3WU8 A;  1L0J A;  1YAQ A;  1L75 A;  3C8Q A;  4EKR A;  3A92 A;  198L A;  1QTK A;  3A96 A;  4M6D A;  1LZG A;  3OE0 A;  1DI5 A;  1LZY A;  4GCC A;  1CU2 A;  141L A;  4OWC A;  4EOF A;  4DJH A;  1C08 C;  1LYI A;  3RU5 A;  4EKS A;  1PS5 A;  4HTK A;  4ARQ A;  2RB2 X;  3QY4 A;  4J0L A;  1G7J C;  1IO5 A;  1C62 A;  115L A;  1IOC A;  2MEE A;  1QTZ A;  4HV1 A;  1C68 A;  1GF6 A;  190L A;  1L57 A;  2CGI A;  3DN8 A;  4I7Q A;  1L00 A;  1KW5 A;  2H5Z A;  3AJN A;  1OUB A;  1YL0 X;  3A95 A;  1B7N A;  2RBQ A;  3RNX A;  2WAR A;  4NSI A;  5KXS A;  5FEL A;  2EIZ C;  1AM7 A;  5HLL A;  4DD1 A;  1L32 A;  3T36 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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