1QQYA

X-ray crystal structure analysis of canine milk lysozyme (apo-type)
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
MKIFSKCELARKLKSMGMDGFHGYSLANWVCMAEYESNFNTQAFNGRNSNGSSDYGIFQLNSKWWCKSNSHSSANACNIMCSKFLDDNIDDDIACAKRVVKDPNGMSAWVAWVKHCKGKDLSKYLASCNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and thermodynamics of the extraordinarily stable molten globule state of canine milk lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
molecule tags Hydrolase
source organism Canis lupus familiaris
total genus 46
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qqyA00
1ZMYL 5LVJA 2ZNXY 4AXTA 1IWXA 1AT6A 4H90A 4J0LA 4WM3A 4DD1A 4OW1A 2XBRA 1B7PA 1BWJA 3LZTA 1GHLA 1JITA 1GF3A 1LZSA 3WU8A 3A93A 5APEA 1UUZC 2ZNWY 5KKIA 1LZRA 3TXIA 4KPMA 3WPLA 4NGVA 1W08A 4M6DA 5D5CA 4NGWA 2DQIY 4WL7A 1PS5A 4H9EA 4HP0A 5KXXA 1I20A 1B7RA 1HELA 4LZTA 4H9BA 1LZ6A 1SQ2L 5B1GA 4PRQA 4IJ4A 1IWUA 1RI8B 3WVYA 3LYOA 5F9XA 2I26L 4GN4A 1D0KA 4NGYA 3WULA 1EQEA 2W1MA 1LZGA 4GCBA 1OUFA 5KXYA 2W1YA 1FLYA 2H9JA 2Z37A 1VFBC 208LA 4CGEA 1QQYA 3A90A 4WG1A 4G4BA 4Z46A 1YAPA 5APDA 1YKZX 4YM8A 3A3RX 4KXIA 5M1YA 4ANRA 3A3QA 1OP9B 2HEFA 1CNSA 1GBSA 2YBMA 1LMOA 4A7DA 1V7TA 1IP4A 2HU3A 4XJDA 1LZ9A 3CB7A 1IEEA 5C6IA 1NWGA 4LFXA 1LSBA 4XJBA 1JSEA 1IP5A 1GE1A 1B0DA 1LMAA 4HJZA 5FEKA 4LYZA 4BAPA 2BQIA 1NKHA 1IO5A 1GFHA 4CHXA 1FN5A 1C7PA 1GFJA 1LMCA 1RE2A 2WARA 2YBNA 1VDTA 4UWUA 3ULRA 2D6BA 1J1PY 1HFXA 1LZBA 1QUSA 1YAOA 1FLUA 1YROA 3B72A 4NSJA 3AZ5A 4NHSA 4TTDA 4RLNA 1YKXX 5B05A 1KXYA 1C45A 2BQGA 2RSCA 2IFFY 2VB1A 2YBLA 1YKYX 3N9CA 1FDLY 1LSAA 4QY9A 3CT0A 4R6CA 5C6JA 5AMYA 5I4XA 1LSMA 4XJHA 3WVXA 2MEAA 2ZIJA 3TXFA 4B4EA 3GXKA 1GE4A 4PRUA 4WM1A 1NF5A 2B5ZA 5LAGA 4OWHA 5B1FA 5LA8A 1GFTA 1UIBA 5F14A 5B06A 1SLYA 2BQNA 1AM7A 1GDWA 4H1PA 1G7LC 2BQAA 2N5ZA 4Z98A 4ZIXA 1JKCA 1OUIA 1QTKA 5I4YA 1IX0A 1NBYC 5LYTA 4J7VA 3W6BA 2X0AA 5KY1A 2BLXA 4OWAA 1JWRA 5LXWA 2ZWBA 3T36A 5KXWA 2BQDA 2CGIA 4B49A 5LYMA 1UIDA 3RU5A 2C8PA 4LYOA 4N9RA 3QY4A 1VATA 5KXKA 1XGRC 2F4GA 3WW5A 1IR7A 1GFRA 1WQQA 1IY3A 3AJNA 1H87A 2MEHA 1LZDA 1LZTA 3LYZA 1XGQC 4XJFA 2BQKA 1IC7Y 1QUTA 4TWSA 1GB5A 1ZVHL 3QE8A 1RJCB 1C10A 3LN2A 135LA 4D9ZA 1TDYA 2HEAA 3B0OA 1QSWA 3T6UA 4NSGA 2HEEA 5F81A 2ZQ4A 4ET8A 1HERA 2D4JA 3D3DA 4OOOA 1IP6A 1UCOA 1AKIA 3AGIA 1QTEA 1B7SA 1HF4A 1CKHA 1WQRA 2ZYCA 4NG1A 4NHTA 3LYTA 1LZ5A 1AT5A 2YBIA 4LT3A 1JSFA 1HEOA 2F30A 1DKJA 1G7JC 1HC0A 2FYDA 3TMUA 1OUHA 3TMWA 1GB2A 4GCCA 5HNLA 2MEEA 1F10A 2HUBA 5I54A 1LJHA 1OUBA 4H8XA 4H8ZA 3W3EA 3A34A 1CKDA 4LYMA 2MEBA 2Z2FA 3TXJA 4WM5A 2BQJA 1BVKC 5KJ9A 4DDAA 1RCMA 1LJKA 1HEWA 2HTXA 4H8YA 4C5FA 1DQJC 2FBDA 4HTKA 4BAFA 5B59A 3TXHA 3ATNA 3A67Y 4DC4A 1W6ZA 4ETDA 1GFUA 1BB6A 2EIZC 4II8A 1IWWA 1GD6A 4R0FA 1BQLY 4NSIA 1D6PA 4WG7A 3W6CA 1B7OA 1PZYA 5KXRA 2FBBA 1B5VA 3HBDA 1OUAA 1GF4A 3BKVA 2XTHA 5DLAA 3VWOA 1F6SA 1LSYA 1DZBX 2I6ZA 2Z12A 194LA 4H94A 5HQ1A 2ZYPA 1MLCE 1LKRA 1B5YA 1IP3A 1JPOA 4GN5C 1CKCA 1GB3A 4IATA 1GF0A 1KIQC 6LYZA 1IR8A 5KXTA 2LYZA 1GF7A 1IWZA 3G3BB 2W1XA 1FKVA 4H93A 1DXJA 2BQCA 2XBSA 5JENB 1RFPA 1B5XA 1IOSA 2EPEA 3ZEKA 1LZAA 1KIPC 5L3IA 1HNLA 4WM6A 1B7QA 1TBYA 2XJWA 1HFYA 5I4WA 1LAAA 1F6RA 3FI7A 4LYTA 4XJIA 3N9AA 4H9FA 1LSFA 1LCNA 4KT3A 1ZV5L 1IP7A 132LA 1IOQA 4GLAA 1YILA 1J1XY 2ZQ3A 3WXTA 3AW7A 3TXKA 3ZVQB 3QNGA 3J6KA 1GAZA 2BPUA 3J4GA 4GCFA 1GE0A 1GB0A 2CJLA 2LZTA 1IOCA 1QSAA 2MECA 5KXOA 1LSNA 1IORA 3CT1A 3W6AA 4E3UA 5L9JA 1BB5A 1LHLA 4OWBA 1HSWA 3SP3A 2MEIA 134LA 1LHMA 1F0WA 4ETEA 2H5ZA 3TXBA 3A94A 2DQDY 4DD3A 1LZ4A 3F6ZA 2C8OA 1XGUC 4YEOA 4XADA 2DQFC 4NSHA 3A95A 4WLYA 1GEZA 2HECA 4YEMA 1JEFA 1FLWA 3WPJA 3WMKA 3TXGA 4HPEA 2MEDA 2DQGY 4J1AA 1V7SA 4OOTA 1NQIA 1P2CC 2D4IA 2ZIKA 1G7IC 1DPXA 1BVXA 3CSRA 3LYMA 2Z19A 3WUMA 3M18B 2D4KA 1NBZC 4YOPA 1GF8A 2DQCY 3AGHA 1N4FA 4NHIA 1CKGA 2A7DA 3M3UA 1IWTA 3RT5X 3RZ4A 2PC2A 1WTNA 1LJ4A 1VEDA 5FELA 5ILCA 3IWRA 1LJFA 5E9RA 1GB7A 3HFMY 3ZVQA 1LHHA 2LZ2A 1YAQA 5FDJA 4MR1A 4WOAA 1GDXA 1GB9A 3TXDA 2F4AA 1I56A 5FSTA 3HBHA 3RW8A 4HJVA 4G4CA 1XFPL 1GF5A 1C08C 2BQHA 3D9AC 1WTMA 4MSTA 5D5FA 5F9UA 3WYHA 1UA6Y 3CT5A 1DI4A 4DYGA 2CDSA 3G3AB 5LVKA 3EO5A 1GAYA 1DPWA 4RDSA 1CJ9A 4QGZA 1REXA 1IIZA 1CJ6A 1LTMA 4NY5A 4LGKA 5DM9A 3LHMA 1GFGA 5HLLA 1LSPA 1LYSA 3W6FA 1LZCA 1WQPA 4PGJB 1LHIA 5KXPA 1B2KA 2YDGA 193LA 2Y8PA 5KXZA 1GBOA 2HEDA 5FCPA 1TCYA 1LMTA 5I5QA 4Z3MA 1IWVA 5KKJA 4IASA 1LZ8A 1ALCA 1GPQC 4EOFA 4NIJA 1XSFA 3P64A 2HEBA 4CFOA 1IVMA 3AGGG 1B9OA 1A2YC 1GFAA 4PHIA 1LJGA 3A96A 4NFVA 1GB6A 3LZ2A 1I1ZA 1T6VL 1JKDA 207LA 3IJUA 4DD2A 5IELA 1QDTA 1T3PA 4BADA 2BQFA 2YVBA 2W1LA 5LIOA 4AGAA 1BGIA 1LMNA 3BKHA 5FHWA 1GFKA 4TX7A 4QDNA 4DD9A 4CJ2A 154LA 1LZEA 2BAAA 4L41A 4XENA 3TXEA 2AUBA 4G9SA 1VDSA 1UIEA 3KAMA 3CQLA 1B5ZA 1JHLA 5IDDA 1B5UA 1B7MA 2MEFA 3B0KA 4RW2A 3B0IA 5E4PA 3WUNA 2HU1A 5HMVA 1B7NA 4GCDA 5L3HA 1LOZA 4OWEA 3WPKA 3GXRA 1WQMA 1HEMA 1D6QA 1HEPA 4C3WA 3FE0A 4NWHA 1OUCA 1NHEA 4PJ2C 4MCKA 5T3FA 4H9CA 2Z2EA 1O23A 1GWDA 5KXMA 2DQHY 1D0LA 1IOTA 1JJ0A 5DN4A 3TMXA 1LJEA 2YBHA 1DKKA 3WH1A 2F2NA 2LYMA 5KXNA 1WQOA 4N8ZA 5DL9A 1VDQA 5C6LA 4I0CA 1KXWA 133LA 2Z18A 4LT0A 4Z41A 5II3A 1WVVA 4ETCA 4LFPA 3AZ7A 4DT3A 4LT2A 1HMLA 1HFZA 2DQJY 1GBXA 1KXXA 5LVIA 3AW6A 5APCA 1LSEA 5LVGA 1GE2A 1REYA 1UC0A 1BHZA 2IHLA 3P66A 1BB3A 4HJYA 1IC4Y 1QDRA 3P4ZA 1JKBA 1OUEA 2G4NA 4NGKA 3WXUA 1C46A 1IC5Y 2DQAA 4KL7A 1GEVA 3EMSA 1CJ7A 5I53A 4DDCA 4DWXA 4J1BA 1G7HC 1WVUA 3AB6A 1JJ3A 4HPIA 3ATOA 4NHQA 3TMVA 4W96A 5LINA 1LMQA 1GXV2 1NDMC 4TSCA 1GE3A 1HEQA 1LJNA 3AYQA 1GFEA 2H9KA 1LSZA 1C43A 3A92A 1UBZA 4H9HA 5APFA 4G4HA 1Z55A 4N1EI 3P65A 2Z39A 4QEQA 1HENA 3A6CY 4WM2A 3WU9A 2I25L 1GBYA 3WUAA 1JTOL 5IHGA 4NG8A 3WW6A 5ILFA 4H9AA 1E8LA 1OQMA 1YANA 2YBJA 1VAUA 2FYCA 1UICA 4UWVA 4HTNA 4WL6A 5K7OA 1QIOA 1LSGA 1JKAA 1EL1A 8LYZA 4O34A 2CWIA 1YAMA 1CKFA 4YENA 3HBEX 1EQ5A 1HHLA 4GCEA 1OUGA 5HMJA 1LMPA 1REZA 1LJJA 1AZFA 2LYOA 1KIRC 1LZNA 1JJ1A 1YL1X 4FDYA 1UIGA 4H91A 1CJ8A 4NGZA 3W6EA 4ZFPA 2G4PA 1LHKA 2BQOA 1LJIA 4XJGA 1BWIA 1DI5A 4WMGA 1GXXA 1LZYA 4XN6A 1JUGA 5A3ZA 1XGTC 1JTPL 1UACY 1B7LA 2D91A 4WO6A 3K3TA 4ET9A 5LVHA 4ETAA 1VDPA 1GB8A 1HSXA 2G4QA 4HTQA 2BQMA 5LA5A 4B1AA 4LYBA 1HMKA 4GN3A 4NWEA 4WLTA 1LHJA 1A4VA 1XEKA 1D0MA 2A7FA 2EQLA 3CSQA 4H92A 2DKVA 2ZILA 4HV2A 1XGPC 4N0JA 4NGJA 5KXLA 3AZ4A 1DI3A 1IP2A 4H9IA 1GFVA 1IR9A 2YSSC 5B07A 4CFPA 1UIFA 1FLQA 4NGLA 1B5WA 1FBIX 3A6BY 5A3EA 1OUJA 3OJPA 1YL0X 2NWDX 153LA 3A91A 4ETBA 4WLDA 2GV0A 4FJRA 1J1OY 3EXDA 4WM4A 4DDBA 3W6DA 3IJVA 1YQVY 4PPOA 4WLXA 4B4JA 5HNCA 1IY4A 1BWHA 1H6MA 1UIAA 4RLMA 4LYCA 5J7CA 2DQEY 4XYYA 1TAYA 1D9UA 4NGIA 5LAFA 4DD7A 2DBTA 4DD0A 4YF2A 4BS7A 1ZVYB 4W94A 1FKQA 1REMA 1G7MC 1GBZA 4B0DA 1UIHA 2LHMA 1LSDA 1GF6A 2Z38A 6LYTA 1JTTL 4G49A 4NHPA 1BB7A 1LYOA 1MELL 4TSBA 4B4IA 5LYZA 1LSCA 4X3BA 4UWNA 1JISA 2BQEA 4RW1A 1LYYA 2BLYA 4HV1A 3CSZA 4WO9A 4ZEEA 1OUDA 4NGOA 1XEJA 9LYZA 1WQNA 4EMNA 1GF9A 4N1CC 4I8SA 4U3XB 4LT1A 4NEBA 1LJ3A 2BQBA 3RNXA 5KXSA 1JIYA 1GBWA 5DN5A 3AZ6A 3B6LA 3N9EA 4N5RA 1INUA 4OWCA 4TUNA 1LPIA 3E3DA 1NDGC 1XEIA 3A8ZA 4ML7A 1TEWA 1LKSA 1LZ1A 2EKSC 7LYZA 3EBAB 2Q0MX 4GLVA 4M4OA 1LYZA 5EBHA 1BB4A 2BQLA 1IP1A 1YIKA 3P68A 4HSFA 4P2EA 1NMMA 2MEGA 3WU7A 3WL2A 3MGWA 5F16A 1EQ4A 3OK0A 1IWYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZMYL 4AXTA 1IWXA 2RBRA 1C6AA 1L75A 4OW1A 1B7PA 3OE0A 3LZTA 1GHLA 3HTDA 5KKIA 1LZRA 4KPMA 4M6DA 2DQIY 4WL7A 1PS5A 1LYDA 1SQ2L 236LA 4PRQA 3WULA 1EQEA 4GCBA 5KXYA 2H9JA 3NY8A 2B72A 4CGEA 170LA 1T8AA 191LA 5M1YA 1I6SA 4DAJA 185LA 143LA 2HEFA 3DN8A 1LZ9A 4LFXA 4HJZA 1L01A 4LYZA 1QS9A 1CTWA 4DJHA 1GFJA 1CVKA 4UWUA 3ULRA 1J1PY 1HFXA 4TTDA 3AZ5A 4NHSA 223LA 1KXYA 2BQGA 2RSCA 168LA 1YKYX 1FDLY 5I4XA 4R6CA 5C6JA 4B4EA 166LA 3GXKA 4WM1A 1KY1A 5B1FA 5LA8A 1JTNA 1UIBA 1AM7A 2N5ZA 188LA 5I4YA 1CU3A 1L65A 5KY1A 4OWAA 1C6EA 2BQDA 1C6DA 1PQKA 1GFRA 221LA 1L25A 2MEHA 4XJFA 1QUTA 4TWSA 1G0GA 1L37A 3QE8A 2B70A 3B0OA 2HEAA 1C6HA 3QAKA 4NSGA 2D4JA 4OOOA 1QTEA 1WQRA 152LA 224LA 3LYTA 1AT5A 1L0KA 199LA 3TMUA 2HULA 3SB9A 3DN2A 1F10A 186LA 4H8XA 142LA 3A34A 4WM5A 1RCMA 1HEWA 1DQJC 174LA 3ATNA 3A67Y 197LA 4II8A 1IWWA 3PBLA 1G0PA 2FBBA 2O79A 1P46A 1GF4A 4W51A 3LZMA 183LA 3F8VA 1L33A 1SSWA 5I14A 1CX6A 2RBQA 1GB3A 125LA 4IATA 110LA 2LYZA 1GF7A 3G3BB 4ARMA 1FKVA 2BQCA 1B5XA 1LZAA 1KIPC 1TBYA 1LYIA 3HUAA 2XJWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZMY L;  5LVJ A;  2ZNX Y;  4AXT A;  1IWX A;  1AT6 A;  4H90 A;  4J0L A;  4WM3 A;  4DD1 A;  4OW1 A;  2XBR A;  1B7P A;  1BWJ A;  3LZT A;  1GHL A;  1JIT A;  1GF3 A;  1LZS A;  3WU8 A;  3A93 A;  5APE A;  1UUZ C;  2ZNW Y;  5KKI A;  1LZR A;  3TXI A;  4KPM A;  3WPL A;  4NGV A;  1W08 A;  4M6D A;  5D5C A;  4NGW A;  2DQI Y;  4WL7 A;  1PS5 A;  4H9E A;  4HP0 A;  5KXX A;  1I20 A;  1B7R A;  1HEL A;  4LZT A;  4H9B A;  1LZ6 A;  1SQ2 L;  5B1G A;  4PRQ A;  4IJ4 A;  1IWU A;  1RI8 B;  3WVY A;  3LYO A;  5F9X A;  2I26 L;  4GN4 A;  1D0K A;  4NGY A;  3WUL A;  1EQE A;  2W1M A;  1LZG A;  4GCB A;  1OUF A;  5KXY A;  2W1Y A;  1FLY A;  2H9J A;  2Z37 A;  1VFB C;  208L A;  4CGE A;  1QQY A;  3A90 A;  4WG1 A;  4G4B A;  4Z46 A;  1YAP A;  5APD A;  1YKZ X;  4YM8 A;  3A3R X;  4KXI A;  5M1Y A;  4ANR A;  3A3Q A;  1OP9 B;  2HEF A;  1CNS A;  1GBS A;  2YBM A;  1LMO A;  4A7D A;  1V7T A;  1IP4 A;  2HU3 A;  4XJD A;  1LZ9 A;  3CB7 A;  1IEE A;  5C6I A;  1NWG A;  4LFX A;  1LSB A;  4XJB A;  1JSE A;  1IP5 A;  1GE1 A;  1B0D A;  1LMA A;  4HJZ A; 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 3AZ4 A;  1DI3 A;  1IP2 A;  4H9I A;  1GFV A;  1IR9 A;  2YSS C;  5B07 A;  4CFP A;  1UIF A;  1FLQ A;  4NGL A;  1B5W A;  1FBI X;  3A6B Y;  5A3E A;  1OUJ A;  3OJP A;  1YL0 X;  2NWD X;  153L A;  3A91 A;  4ETB A;  4WLD A;  2GV0 A;  4FJR A;  1J1O Y;  3EXD A;  4WM4 A;  4DDB A;  3W6D A;  3IJV A;  1YQV Y;  4PPO A;  4WLX A;  4B4J A;  5HNC A;  1IY4 A;  1BWH A;  1H6M A;  1UIA A;  4RLM A;  4LYC A;  5J7C A;  2DQE Y;  4XYY A;  1TAY A;  1D9U A;  4NGI A;  5LAF A;  4DD7 A;  2DBT A;  4DD0 A;  4YF2 A;  4BS7 A;  1ZVY B;  4W94 A;  1FKQ A;  1REM A;  1G7M C;  1GBZ A;  4B0D A;  1UIH A;  2LHM A;  1LSD A;  1GF6 A;  2Z38 A;  6LYT A;  1JTT L;  4G49 A;  4NHP A;  1BB7 A;  1LYO A;  1MEL L;  4TSB A;  4B4I A;  5LYZ A;  1LSC A;  4X3B A;  4UWN A;  1JIS A;  2BQE A;  4RW1 A;  1LYY A;  2BLY A;  4HV1 A;  3CSZ A;  4WO9 A;  4ZEE A;  1OUD A;  4NGO A;  1XEJ A;  9LYZ A;  1WQN A;  4EMN A;  1GF9 A;  4N1C C;  4I8S A;  4U3X B;  4LT1 A;  4NEB A;  1LJ3 A;  2BQB A;  3RNX A;  5KXS A;  1JIY A;  1GBW A;  5DN5 A;  3AZ6 A;  3B6L A;  3N9E A;  4N5R A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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