1QS5A

The introduction of strain and its effects on the structure and stability of t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRALLINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The introduction of strain and its effects on the structure and stability of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qs5A00
165LA 1QTZA 1LWGA 1L53A 2RAZX 1OVKA 1L46A 3CDQA 1L16A 1P36A 155LA 3HDFA 1DYBA 1OWZA 1DYDA 1L71A 245LA 3OE6A 1L10A 1G0PA 1EPYA 1QT4A 3GUIA 178LA 3G3XA 1L69A 1LYFA 2B70A 1SSYA 4S0WA 1DYGA 140LA 1DYCA 118LA 1SWZA 3HT8A 1L27A 257LA 1OYUA 1L18A 3FADA 2B7XA 4LDOA 4I7TA 3NYAA 250LA 258LA 1L39A 1L83A 1G0JA 1LWKA 239LA 151LA 6LZMA 3HU8A 3HU9A 219LA 3GUMA 1LGWA 1QUOA 247LA 2O4WA 1CU5A 1KY0A 1KS3A 1C6KA 4OO9A 1P37A 168LA 1L51A 4W57A 1L24A 1LYHA 1D2YA 192LA 4EKSA 1LYGA 213LA 1JTMA 1L08A 1SX2A 181LA 1QT6A 3HUQA 1L60A 1L95A 1L22A 3C7ZA 1L61A 169LA 139LA 3D4SA 221LA 3CDOA 1C6IA 1D3FA 3GUJA 3SB8A 2LZMA 1G0KA 2OE4X 5LZMA 110LA 2Z6BA 256LA 1C69A 4PJZA 3DN0A 2OE9X 1L15A 152LA 157LA 1L41A 128LA 1L30A 1QTCA 1D3NA 215LA 4ARJA 170LA 3HT9A 109LA 1LYIA 236LA 2O79A 1PQKA 1L26A 1L33A 1CV3A 4ZPUA 4ARQA 4E97A 3GUOA 1P2LA 3C80A 1L66A 226LA 1CX6A 4W52A 1P7SA 237LA 107LA 1L04A 1L34A 1L43A 1L45A 1L02A 190LA 3NY9A 1L21A 4I7RA 3DN2A 187LA 1C6TA 1QT8A 122LA 1C68A 248LA 1L49A 4I7NA 1LLHA 123LA 4ARMA 102LA 2B6XA 5I14A 1L35A 1ZWNA 1D2WA 1PQOA 212LA 238LA 1L55A 143LA 3HH4A 1CTWA 2RB1X 1L80A 4I7PA 1T97A 1L88A 3HTBA 246LA 4EKRA 3HUAA 2RB0X 1L65A 217LA 2HULA 2RH1A 4I7QA 1L0JA 1G0LA 4W59A 4W55A 171LA 1L96A 184LA 162LA 3SB7A 1L52A 196LA 1QS5A 1L91A 131LA 1L31A 2F32A 1LI2A 1L92A 1P6YA 1QSQA 148LE 4W58A 2O7AA 147LA 4GRVA 127LA 1XEPA 1L03A 2IGCA 188LA 1L87A 3UONA 141LA 1QTBA 1OV7A 4I7KA 4I7JA 183LA 3L2XA 210LA 1L74A 4GBRB 2HUMA 1PQMA 1L06A 3PBLA 1L01A 1CV5A 230LA 3SB6A 1QT7A 4I7SA 1XJTA 130LA 1CV1A 223LA 2RBRA 3DN8A 1KNIA 3GUPA 1C6DA 4ARPA 3G3WA 2CUUA 1PQJA 3C8QA 2QB0B 198LA 4I7MA 1P64A 2OU9A 1QUGA 1D3MA 1L42A 2B73A 145LA 1L56A 4W53A 1CVKA 2B6YA 249LA 224LA 195LA 1L28A 231LA 146LA 232LA 3GULA 1CV6A 1NHBA 1PQIA 1CUQA 1L17A 1L72A 2RB2X 3C8RA 3SBAA 182LA 205LA 2OU8A 108LA 235LA 1L98A 1QTDA 1P5CA 2L78A 4I7LA 222LA 1JQUA 3HUKA 1DYAA 1G1WA 1T8FA 1L05A 3DMVA 1L23A 1LYJA 3SN6R 3DNAA 2HUKA 159LA 114LA 1C65A 1CV0A 3GUNA 4YXCA 1G0QA 259LA 186LA 1LGUA 1QS9A 150LA 185LA 244LA 2B6ZA 4EKPA 1L86A 4EPFA 206LA 149LA 253LA 3C8SA 4EJ4A 4EXMA 2ANVA 1L63A 1C6GA 1SX7A 1QTHA 1L00A 4LDLA 3SBBC 1G0GA 119LA 2OU0X 1OVJA 1SWYA 3DN1A 2Q9DA 4YXAC 1L94A 242LA 142LA 1DYEA 176LA 2RBPA 1QT3A 1L89A 1K28A 3OE8A 1L90A 3FI5A 1G1VA 2RBQA 1P3NA 3PDSA 197LA 1C62A 1L67A 1C6HA 1L99A 113LA 1CU0A 112LA 254LA 1C67A 3K2RA 1KW7A 1T8AA 3HT6A 3NY8A 1L57A 260LA 3C82A 3HTGA 3HWLA 228LA 3L64A 1C6JA 172LA 4DAJA 3C7WA 1LYDA 199LA 1D9WA 3SB9A 3F8VA 1C6LA 3HH3A 2RBNA 3FA0A 1DYFA 3DMXA 262LA 144LA 1LW9A 2B75A 1L44A 1TLAA 103LA 137LA 4DKLA 1CUPA 138LA 1L11A 3CDRA 1C6PA 2B6WA 3QAKA 1P2RA 3G3VA 1L73A 4EKQA 1PQDA 111LA 216LA 2OE7X 1L85A 3HH6A 1OV5A 2B74A 1G0MA 1XJUA 1I6SA 1LYEA 1SSWA 220LA 1CU3A 4K5YA 3SB5A 214LA 166LA 1C6FA 3DN4A 4LDEA 4LZMA 2QARC 4W51A 1C61A 1L29A 1LPYA 255LA 1D3JA 1P56A 1T6HA 4PK0A 1QT5A 1T8GA 1C6CA 2LCBA 1L81A 2F2QA 1C60A 1C66A 1KW5A 4ARLA 1KY1A 240LA 1L25A 3HTDA 1LI3A 115LA 1WTHA 175LA 1CU6A 120LA 2Q9EA 4IAPA 3F9LA 1L14A 173LA 3HDEA 1L37A 227LA 3C81A 167LA 1QSBA 241LA 1L19A 1L68A 201LA 180LA 3OE0A 156LA 1L20A 1G06A 1L70A 1QUHA 4W54A 161LA 1C6MA 4AQNA 1CV4A 1C6QA 1CU2A 1JTNA 1L13A 1L82A 1L76A 229LA 1L40A 4DJHA 125LA 189LA 1L32A 2OTYX 1ZURA 1L93A 1C64A 3HH5A 1LGXA 1C6NA 160LA 104LA 3GUKA 3C7YA 1L97A 1L50A 1L59A 200LA 1L07A 3HT7A 1B6IA 1L75A 233LA 174LA 1L79A 1L54A 2F47A 1L58A 3RZEA 1L48A 3V2WA 261LA 1C6BA 2B72A 2RBSA 3DN6A 2NTHA 3JR6A 1CX7A 4ARQB 1C6AA 1OWYA 126LA 2OEAX 1G07A 1L09A 1L64A 252LA 3EMLA 3CDTA 1P46A 211LA 158LA 3DKEX 129LA 1C6EA 2OTZX 4YX7C 3RUNA 7LZMA 2NTGA 1OVHA 3HTFA 3V2YA 4ARMB 2B6TA 218LA 2RAYX 3LZMA 3OE9A 3ODUA 4W56A 225LA 1L47A 234LA 2ANXA 4I7OA 251LA 1L62A 4EPIA 1LI6A 163LA 1ZYTA 177LA 3DN3A 191LA 3DMZA 3C83A 1L36A 1L0KA 2LC9A 2RBOA 1C63A 243LA 1L38A 3VW7A 164LA 1L12A 1QUDA 209LA 1QTVA 2A4TA 3CDVA 1L77A 1L84A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
165LA 1QTZA 4GN3A 3WVYA 3WXUA 4ETCA 7LYZA 1P36A 1A4VA 1TBYA 245LA 1L10A 1G0PA 1EPYA 4WOAA 1QT4A 1L69A 2B70A 1DKJA 1DYCA 1JTTL 257LA 2YBLA 3A92A 1SQ2L 4LDOA 3NYAA 1LYYA 5IELA 219LA 1LGWA 2O4WA 1JUGA 4OWBA 4DD9A 3GXKA 4EKSA 1HSWA 1WQRA 2XJWA 5B06A 3P4ZA 4HJVA 2I6ZA 4H91A 1GF3A 1L60A 3C7ZA 169LA 1GFUA 3A96A 4J7VA 5B07A 1QDTA 1W6ZA 5FELA 1XEJA 4MCKA 5B05A 3WU8A 3WUNA 1YQVY 1VATA 1B5VA 5LYZA 157LA 1L41A 1LMPA 128LA 3M18B 1L30A 4RW2A 2ZNWY 5KKIA 170LA 2ZILA 5KXWA 3HBDA 3WYHA 1INUA 4C3WA 4GCEA 5E4PA 4ZPUA 4ARQA 4OWCA 1LMAA 4TX7A 1LZ8A 2YDGA 1GF7A 2I26L 107LA 1IO5A 1IC5Y 3GXRA 4I7RA 4WM1A 4LGKA 4OOOA 1XGTC 3RT5X 2F30A 4ARMA 2B6XA 4ZFPA 1L35A 1LZGA 4N9RA 2HEDA 4GN5C 3A6CY 3AGIA 1CTWA 1L80A 3F6ZA 5LVKA 4GN4A 4LT0A 1IP1A 2BQNA 2Z19A 4EKRA 3AJNA 3HUAA 153LA 3AZ4A 4BAFA 3K3TA 5KXXA 1L96A 4XJFA 1IP2A 1LMNA 1L91A 3QY4A 4LYTA 1NQIA 1P6YA 148LE 4TSBA 2O7AA 1NBYC 2IGCA 1GB3A 4ETEA 2HUMA 4WG1A 4HPEA 2WARA 3PBLA 1CV5A 1LSCA 230LA 1HSXA 1QT7A 5F9UA 3LHMA 1AT6A 2Z39A 3DN8A 1GFVA 1KNIA 1GFAA 2B5ZA 1LAAA 3ZVQA 3C8QA 4QDNA 3LZTA 4PJ2C 1LJ3A 1L42A 2B73A 4B4IA 1L56A 1G7HC 195LA 1B2KA 3AZ6A 2C8PA 3GULA 1NHBA 2RB2X 1CUQA 1L17A 3C8RA 205LA 3W6CA 2OU8A 4BS7A 4YM8A 4II8A 5J7CA 208LA 4FJRA 5A3ZA 1IP3A 1CJ7A 1DYAA 4GCDA 1L05A 3DMVA 5DL9A 5KJ9A 4YOPA 1B5ZA 1LJHA 1CV0A 186LA 5C6IA 4EKPA 1GE1A 5DN5A 4WG7A 2RSCA 4NHQA 154LA 4H90A 206LA 2BLYA 3C8SA 4EJ4A 2D4KA 1QTHA 3WL2A 119LA 1OUEA 4I0CA 1SWYA 3A3RX 1RCMA 1IWWA 1L94A 3AYQA 1B5UA 4NY5A 1QSWA 1BVXA 1L89A 1D0MA 1UIGA 3AGGG 1K28A 3FI5A 1G1VA 1G7IC 112LA 4NGZA 4NSGA 4UWUA 2CWIA 1LJGA 1VDQA 260LA 2LZTA 3EXDA 1C6JA 5LAGA 4HJYA 1LYDA 1D9WA 3F8VA 3HH3A 3FA0A 1DYFA 4BADA 1ALCA 262LA 4TSCA 1B5XA 5APFA 1DI3A 4BAPA 5B59A 2BLXA 2B6WA 1RJCB 3G3VA 3P64A 4NSHA 1L85A 3HH6A 2B74A 3TMXA 4PPOA 3LYMA 1SSWA 220LA 1IOCA 5LAFA 3ATNA 214LA 5DLAA 3SB5A 2XTHA 3W6DA 1BWJA 1LJIA 4LDEA 3W6EA 1C61A 4WM4A 1D3JA 1T6HA 1Z55A 2W1YA 1LYSA 5HLLA 1L81A 4ARLA 4AXTA 3HTDA 1L25A 115LA 3CSZA 1EQ4A 2MEHA 4UWVA 5LVHA 4OOTA 1C43A 2DQEY 4H9HA 3F9LA 173LA 3HDEA 3C81A 3ZEKA 1I1ZA 5FCPA 201LA 1T3PA 1D0LA 2H9KA 1CV4A 2G4QA 1L93A 1JIYA 1LGXA 1KXYA 160LA 4LYMA 3GUKA 3KAMA 3TMWA 1L50A 2YBMA 1CKDA 1L54A 3AGHA 3RZEA 4OWEA 5EBHA 2ZNXY 4ARQB 5KXOA 1LZRA 1KXWA 4ETBA 2OEAX 1G07A 1JEFA 252LA 1P46A 4WLDA 211LA 3A3QA 158LA 1NHEA 1LHJA 4HV2A 1CNSA 132LA 3TMVA 1FN5A 5LA5A 1UICA 2LYMA 4ARMB 2AUBA 1HF4A 218LA 3LZMA 234LA 2ANXA 1D0KA 1KIRC 3WPKA 4UWNA 3TXDA 2EQLA 5T3FA 3DN3A 1AZFA 191LA 1L36A 243LA 4M6DA 4WLTA 1L12A 1QTVA 1GF9A 1L77A 1YROA 1L53A 4RLMA 4NGOA 1L16A 1HEWA 1KIQC 4Z46A 1NKHA 3OE6A 3P65A 5HMJA 4J1AA 1YKXX 1WVUA 1GEVA 3GUIA 1NF5A 1B7RA 3HT8A 1SWZA 3RZ4A 1GBYA 1YIKA 3FADA 3TMUA 4I7TA 250LA 2HU1A 258LA 1L83A 3B0IA 1LWKA 1RFPA 1G7JC 3HU9A 1QUOA 247LA 4GLAA 1CU5A 1NWGA 168LA 1P37A 1WQMA 1L24A 5FDJA 1LYHA 1D2YA 4ETAA 1AT5A 3ZVQB 1VAUA 4NHIA 1LOZA 1GFGA 1LYGA 1L08A 2DQCY 5KXTA 1OQMA 1QT6A 3HUQA 4WM3A 3GUJA 3A94A 1LMQA 2F4AA 5L3IA 1G0KA 4DD1A 2OE4X 3CT0A 1TEWA 3T6UA 3EO5A 1C69A 3AB6A 3DN0A 4H9CA 1LZ4A 1GFKA 4B49A 4LT1A 3WPJA 3HT9A 109LA 2O79A 1PQKA 1BWIA 1F0WA 1CV3A 1JKDA 4HJZA 1NDGC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 165L A;  1QTZ A;  4GN3 A;  3WVY A;  3WXU A;  4ETC A;  7LYZ A;  1P36 A;  1A4V A;  1TBY A;  245L A;  1L10 A;  1G0P A;  1EPY A;  4WOA A;  1QT4 A;  1L69 A;  2B70 A;  1DKJ A;  1DYC A;  1JTT L;  257L A;  2YBL A;  3A92 A;  1SQ2 L;  4LDO A;  3NYA A;  1LYY A;  5IEL A;  219L A;  1LGW A;  2O4W A;  1JUG A;  4OWB A;  4DD9 A;  3GXK A;  4EKS A;  1HSW A;  1WQR A;  2XJW A;  5B06 A;  3P4Z A;  4HJV A;  2I6Z A;  4H91 A;  1GF3 A;  1L60 A;  3C7Z A;  169L A;  1GFU A;  3A96 A;  4J7V A;  5B07 A;  1QDT A;  1W6Z A;  5FEL A;  1XEJ A;  4MCK A;  5B05 A;  3WU8 A;  3WUN A;  1YQV Y;  1VAT A;  1B5V A;  5LYZ A;  157L A;  1L41 A;  1LMP A;  128L A;  3M18 B;  1L30 A;  4RW2 A;  2ZNW Y;  5KKI A;  170L A;  2ZIL A;  5KXW A;  3HBD A;  3WYH A;  1INU A;  4C3W A;  4GCE A;  5E4P A;  4ZPU A;  4ARQ A;  4OWC A;  1LMA A;  4TX7 A;  1LZ8 A;  2YDG A;  1GF7 A;  2I26 L;  107L A;  1IO5 A;  1IC5 Y;  3GXR A;  4I7R A;  4WM1 A;  4LGK A;  4OOO A;  1XGT C;  3RT5 X;  2F30 A;  4ARM A;  2B6X A;  4ZFP A;  1L35 A;  1LZG A;  4N9R A;  2HED A;  4GN5 C;  3A6C Y; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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