1QS9A

The introduction of strain and its effects on the structure and stability of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAVLINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The introduction of strain and its effects on the structure and stability of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qs9A00
1C6PA 197LA 4EKSA 3C82A 164LA 2B70A 2Q9DA 1L97A 1P37A 3NY9A 1G0LA 1L0JA 1L08A 3G3XA 2F47A 123LA 1L45A 3HTDA 3HH6A 4EPFA 162LA 166LA 1C6NA 199LA 1L05A 2OTZX 1G0PA 1KNIA 4LDLA 1SX7A 3GULA 1L31A 215LA 1L99A 1CV0A 1C62A 242LA 1C6EA 1L70A 1L39A 3HTBA 152LA 237LA 2B6WA 1L11A 1T97A 1P5CA 3C8QA 1I6SA 1B6IA 234LA 1L68A 1KS3A 1L65A 2RBOA 1C61A 3HUKA 229LA 107LA 113LA 1L86A 1OVJA 1QT8A 253LA 3HH3A 3GUPA 4LDOA 173LA 1L30A 3DN0A 189LA 217LA 231LA 1L81A 3GUIA 2NTGA 3DN4A 3DKEX 3D4SA 3DN3A 1OWZA 1L25A 1WTHA 1QTHA 140LA 103LA 1L63A 3EMLA 209LA 1C63A 1SWZA 2HUKA 4GRVA 1ZYTA 4I7NA 2OTYX 186LA 128LA 102LA 191LA 1LW9A 3HT9A 1CV6A 190LA 126LA 1C6QA 2B74A 1CUQA 1JTMA 1C66A 225LA 1CV4A 1QUOA 1L47A 1G0JA 1L91A 2RH1A 1L09A 1L34A 3HWLA 115LA 236LA 1C65A 1L58A 170LA 1L29A 4DAJA 147LA 112LA 1CV5A 1D9WA 1LYHA 3HUQA 1L38A 2OU8A 2OU9A 3DMVA 3HDFA 1L92A 181LA 1LYEA 1QT3A 1P56A 1L48A 1L56A 3SN6R 3HUAA 2RBNA 1QTBA 180LA 3GUNA 4OO9A 151LA 239LA 1EPYA 4W59A 156LA 2QB0B 4YXCA 1G1VA 257LA 4AQNA 3DN1A 223LA 3CDOA 1L77A 1L61A 2O7AA 248LA 1C6JA 1SSWA 3CDQA 1L94A 3C8RA 4W51A 1C6FA 3HTGA 1QTZA 3L2XA 1OVKA 1P7SA 2RB1X 3GUJA 219LA 2RBQA 1C6GA 4EKPA 1L67A 1OV7A 1D2YA 2OE7X 3C81A 227LA 1LWKA 138LA 1LWGA 1P46A 1L72A 2ANVA 1QS9A 1L84A 1LGWA 1QUDA 205LA 192LA 3SB9A 1QUGA 2Q9EA 4ARQB 4I7KA 130LA 1QT6A 1KY1A 3DMZA 1L21A 2OU0X 1L22A 1G0GA 1L26A 238LA 210LA 3NY8A 3DN8A 2O79A 1DYCA 2OE4X 3F8VA 3GUKA 1XJUA 200LA 1KY0A 1LI2A 198LA 169LA 1G0QA 4EPIA 4ZPUA 3FADA 3NYAA 1L28A 1L53A 3DNAA 4S0WA 4EKRA 2NTHA 109LA 1TLAA 213LA 2OEAX 1PQJA 1SWYA 251LA 177LA 1C6AA 1CVKA 1G07A 1L82A 1L14A 4W55A 254LA 1QT5A 4IAPA 3UONA 1CV3A 1L04A 172LA 2RBPA 1QTVA 245LA 2RAZX 4I7TA 2IGCA 211LA 247LA 2LCBA 119LA 1QTDA 3GUMA 1L57A 3G3WA 150LA 216LA 1QTCA 224LA 161LA 178LA 4I7MA 1C6BA 1DYDA 3FI5A 1L64A 3V2YA 1L0KA 163LA 1L07A 2RAYX 157LA 149LA 1L36A 4K5YA 249LA 3SBAA 1G06A 1CTWA 1LGXA 4I7QA 2B6XA 1L75A 3VW7A 167LA 221LA 4EJ4A 1L88A 4LDEA 1L27A 1KW5A 1CUPA 1L01A 1P2RA 3DN2A 3OE0A 3QAKA 1L44A 118LA 2B72A 144LA 3F9LA 1C6KA 1CU2A 1L00A 3SB8A 3SB5A 218LA 1CV1A 1L12A 206LA 1G1WA 131LA 7LZMA 110LA 4ARPA 1JTNA 1L83A 3RZEA 165LA 1L73A 1LYIA 2O4WA 222LA 1DYAA 240LA 1L95A 2B73A 137LA 244LA 1T8GA 1C6CA 1L03A 2Z6BA 1L02A 1D2WA 114LA 1LI6A 2LZMA 1XJTA 3SBBC 6LZMA 184LA 3JR6A 1LYFA 3RUNA 1L46A 4DJHA 1ZWNA 3DMXA 256LA 1LGUA 1PQIA 4ARMA 1L54A 141LA 1L15A 1L50A 1QSQA 1L42A 122LA 1L41A 228LA 3C8SA 1L06A 185LA 1PQDA 3GUOA 1L85A 4I7RA 2B6ZA 1QSBA 1D3FA 148LE 1L17A 1L40A 3FA0A 1C67A 1D3JA 1CX6A 1PQKA 5LZMA 1L62A 1C6LA 3G3VA 4W58A 3PDSA 145LA 1LPYA 3C7YA 2B6YA 3C7WA 1P3NA 3HT7A 3HU9A 214LA 168LA 187LA 1C6IA 3HT6A 1KW7A 4W53A 261LA 260LA 1XEPA 1QT7A 212LA 2CUUA 1L23A 201LA 4ARLA 233LA 1DYFA 1C6MA 4E97A 252LA 4DKLA 1L90A 1JQUA 2QARC 174LA 2OE9X 1DYGA 2RBRA 1L20A 1LYDA 2RB0X 3ODUA 230LA 1DYBA 1D3NA 183LA 1CU6A 3LZMA 1C6HA 1G0MA 4PK0A 226LA 3L64A 4W52A 1L71A 1L80A 3SB6A 1OVHA 2RBSA 4I7PA 1C60A 1OWYA 111LA 129LA 1L32A 220LA 1D3MA 188LA 1L49A 4GBRB 3CDVA 1LYJA 1C6DA 1L55A 3HTFA 3HDEA 1L51A 146LA 1LYGA 158LA 1L13A 1L66A 1L35A 3OE6A 1CU0A 235LA 3C80A 3OE8A 196LA 1L19A 1LLHA 1ZURA 2B75A 1L24A 4YX7C 1L16A 1P6YA 2LC9A 1C69A 1QUHA 1L89A 4I7OA 3HU8A 2A4TA 4W57A 1L93A 1P2LA 3C83A 1L87A 4I7LA 3HH4A 1L98A 232LA 4LZMA 1OYUA 160LA 4W54A 1L43A 142LA 1PQMA 3CDTA 2F32A 5I14A 139LA 243LA 2B6TA 255LA 1L10A 155LA 4EKQA 1OV5A 1CU3A 195LA 4I7JA 182LA 3SB7A 159LA 1C6TA 1P64A 3HT8A 4YXAC 241LA 3CDRA 4ARJA 120LA 176LA 259LA 125LA 4EXMA 3PBLA 1P36A 1LI3A 1QT4A 2F2QA 1L60A 1T8AA 1T8FA 3K2RA 1SSYA 3V2WA 1C64A 1L79A 1L74A 258LA 4I7SA 1L96A 1K28A 2B7XA 1L33A 3C7ZA 1G0KA 2L78A 3OE9A 1QS5A 1DYEA 4ARQA 1CU5A 4ARMB 1L18A 2RB2X 175LA 2HULA 1L52A 1L76A 104LA 250LA 1T6HA 1C68A 4PJZA 1SX2A 143LA 2HUMA 2ANXA 1L37A 1CX7A 262LA 3DN6A 108LA 4W56A 127LA 3HH5A 1L59A 171LA 1PQOA 1L69A 246LA 1NHBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C82A 4C5FA 4OWAA 1FKVA 1IIZA 3IJVA 1REMA 1G0LA 1L0JA 4NGZA 2F47A 2YBJA 3LHMA 1G0PA 1F0WA 1L31A 215LA 2YBIA 242LA 2HECA 1B5YA 4H9AA 3HTBA 1A2YC 4IJ4A 2AUBA 3A3QA 1LSPA 1B6IA 3ULRA 1L65A 3HFMY 107LA 4ET8A 6LYTA 2ZIJA 4NSGA 4GN5C 173LA 1RFPA 4QEQA 4BAFA 3DN0A 4GCDA 3DN4A 1QSAA 3DN3A 3AGGG 1L25A 1QTHA 103LA 1LZ8A 1XGPC 209LA 1C63A 1DXJA 2OTYX 4NHSA 1F6RA 1JEFA 1GB5A 1G7LC 3HT9A 1C6QA 1IVMA 1C66A 4WO9A 2DQDY 225LA 1JKBA 2CGIA 1G0JA 2RH1A 3ZVQA 3OJPA 1L58A 2HTXA 1GBWA 1IOTA 1L29A 4DAJA 1D9WA 4G4HA 1L92A 3IWRA 181LA 1LYEA 1QT3A 3SN6R 1RI8B 180LA 2D6BA 2W1LA 2G4PA 4LYBA 1UIAA 4YXCA 4AQNA 1LYOA 3DN1A 1YAMA 1L77A 4TTDA 248LA 4RW2A 1L94A 1LSYA 3C8RA 1C6FA 3HTGA 1QTZA 3L2XA 1UC0A 4EKPA 1VDQA 4NGIA 4I8SA 3WUNA 2CDSA 1LSAA 2HEDA 3C81A 2OE7X 4WLDA 1HEMA 1LWKA 1P46A 2ANVA 1W08A 1QUDA 5D5FA 1HF4A 1DKKA 205LA 192LA 4GCBA 4I7KA 1UBZA 1QT6A 3LYOA 1KY1A 1LSGA 2OU0X 5LIOA 1L22A 2LZTA 1DZBX 3NY8A 1DYCA 2OE4X 1EQ5A 1REXA 1LAAA 1IWWA 4GN4A 3GUKA 1XJUA 1HC0A 200LA 2A7FA 198LA 3E3DA 1LJGA 1KXWA 5LAFA 1LMCA 4EKRA 213LA 5LVIA 1SWYA 3LYTA 4ETBA 1GF6A 1CVKA 1B7LA 3A6BY 1LHJA 4IAPA 4DQJA 1QTVA 2RAZX 1LZYA 4H9EA 119LA 3GUMA 3G3WA 3A67Y 216LA 1CKFA 2BQAA 2Z38A 4XJFA 1B7MA 4B49A 1UIEA 2RAYX 4OWEA 1AT5A 249LA 1IO5A 4WL6A 1LZRA 1LGXA 4I7QA 2B6XA 3VW7A 3N9CA 1UIGA 1UICA 4TX7A 1SQ2L 3AW6A 1CUPA 1YIKA 1LHMA 1SLYA 2D4JA 3DN2A 5I4XA 1VEDA 1L44A 2B72A 2XJWA 144LA 1C6KA 4NGOA 1L12A 1G1WA 4WMGA 7LZMA 4H9BA 1JTNA 1FDLY 2C8PA 1LSBA 1L73A 3LYMA 1NWGA 3J4GA 1L95A 1LZTA 3RZ4A 5F14A 3A8ZA 1GFGA 1LOZA 4II8A 114LA 1IP4A 3SBBC 153LA 1LYFA 1L46A 4DJHA 3DMXA 4CGEA 2HU3A 5IELA 1QSQA 1L42A 228LA 3WYHA 3RNXA 1PQDA 1L85A 1I1ZA 1CX6A 3G3VA 3TXKA 2Z2FA 2MEEA 3PDSA 1IEEA 2B6YA 3C7WA 5T3FA 4G49A 3WUMA 2Q0MX 4W53A 5HLLA 260LA 5LVGA 1JSFA 4QGZA 135LA 3FI7A 4E97A 2XQOA 1H87A 252LA 1L90A 4DKLA 1HMKA 5D5CA 1GF5A 1LYDA 230LA 4CFPA 3P68A 3CSZA 1AKIA 2Z2EA 5I4YA 4BAPA 1LZ6A 3N9AA 2ZQ3A 1LMOA 1XGRC 1OQMA 4PK0A 3B0IA 4GN3A 5B1GA 1HFYA 2ZIKA 2DQCY 5B59A 2RBSA 1JITA 1C60A 2BQJA 1IORA 4WM3A 1TBYA 1L32A 6LYZA 3M18B 1L49A 5E9RA 3RW8A 1KXXA 4WL7A 1LYJA 4N9RA 1LYGA 1L13A 5KXKA 1L35A 2YDGA 3WW6A 1ALCA 1BB7A 1ZURA 1L24A 1L16A 2CJLA 4H8XA 2LC9A 3BKHA 1C69A 1QUHA 9LYZA 5ILCA 1IWTA 1N4FA 3LN2A 3C83A 3HH4A 1L98A 5KXMA 1J1PY 4W54A 4B4EA 3WU8A 3CDTA 1HSXA 1GFHA 1OV5A 3A94A 195LA 1G7MC 1LZEA 2BQMA 159LA 3HT8A 4YXAC 241LA 3CDRA 1GE1A 176LA 259LA 125LA 1NF5A 4EXMA 1B5WA 1QT4A 2F2QA 1LZ4A 1T8AA 1FLQA 1SSYA 1JTTL 3ATNA 3AJNA 1L79A 258LA 4ETDA 1LJFA 5LA5A 5I54A 3EXDA 4N1CC 1BB5A 1L96A 1EL1A 1QTEA 1WQOA 3CSRA 3C7ZA 4LT0A 4ARMB 1B7RA 4Z98A 1L76A 104LA 250LA 2IFFY 1C68A 1JJ1A 4LYCA 108LA 1B7OA 1P2CC 4W56A 3TXIA 1L59A 246LA 1L82A 4H9HA 3B0OA 5KJ9A 164LA 2B70A 2Z12A 2MEIA 1L97A 1D0LA 3NY9A 4J1AA 123LA 4W94A 3B72A 3HH6A 4J7VA 4M6DA 4EPFA 162LA 1C6NA 1IR7A 199LA 1L05A 2FYCA 5KXSA 4N0JA 1WQQA 1NBYC 1KNIA 4B4JA 1CV0A 1CJ8A 1C6EA 1L39A 152LA 2B6WA 1HFXA 1UIBA 3GXRA 5C6JA 3MGWA 1HSWA 2RBOA 229LA 3HBDA 1L86A 4MCKA 1OVJA 253LA 1C45A 4LDOA 2F4GA 1L30A 4GCEA 3F6ZA 189LA 5KXXA 1DKJA 217LA 1VDTA 3FE0A 3GUIA 1IOSA 3A6CY 4NGWA 3TMWA 1OUGA 4DD7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3C82 A;  4C5F A;  4OWA A;  1FKV A;  1IIZ A;  3IJV A;  1REM A;  1G0L A;  1L0J A;  4NGZ A;  2F47 A;  2YBJ A;  3LHM A;  1G0P A;  1F0W A;  1L31 A;  215L A;  2YBI A;  242L A;  2HEC A;  1B5Y A;  4H9A A;  3HTB A;  1A2Y C;  4IJ4 A;  2AUB A;  3A3Q A;  1LSP A;  1B6I A;  3ULR A;  1L65 A;  3HFM Y;  107L A;  4ET8 A;  6LYT A;  2ZIJ A;  4NSG A;  4GN5 C;  173L A;  1RFP A;  4QEQ A;  4BAF A;  3DN0 A;  4GCD A;  3DN4 A;  1QSA A;  3DN3 A;  3AGG G;  1L25 A;  1QTH A;  103L A;  1LZ8 A;  1XGP C;  209L A;  1C63 A;  1DXJ A;  2OTY X;  4NHS A;  1F6R A;  1JEF A;  1GB5 A;  1G7L C;  3HT9 A;  1C6Q A;  1IVM A;  1C66 A;  4WO9 A;  2DQD Y;  225L A;  1JKB A;  2CGI A;  1G0J A;  2RH1 A;  3ZVQ A;  3OJP A;  1L58 A;  2HTX A;  1GBW A;  1IOT A;  1L29 A;  4DAJ A;  1D9W A;  4G4H A;  1L92 A;  3IWR A;  181L A;  1LYE A;  1QT3 A;  3SN6 R;  1RI8 B;  180L A;  2D6B A;  2W1L A;  2G4P A;  4LYB A;  1UIA A;  4YXC A;  4AQN A;  1LYO A;  3DN1 A;  1YAM A;  1L77 A;  4TTD A;  248L A;  4RW2 A;  1L94 A;  1LSY A;  3C8R A;  1C6F A;  3HTG A;  1QTZ A;  3L2X A; 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