1QSQA

Cavity creating mutation
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQAGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qsqA00
3SB7A 2OE7X 4E97A 1L18A 1QT6A 1L50A 1L90A 165LA 1DYAA 1KNIA 3DMVA 3SB5A 3DN6A 4W53A 2O4WA 1QT3A 1CUPA 1QTBA 1B6IA 1SSYA 216LA 4S0WA 5I14A 129LA 159LA 1L82A 3EMLA 196LA 1C6CA 1C6GA 1L07A 1P3NA 1L63A 1LW9A 2B6TA 1C6QA 2L78A 1QTCA 247LA 4I7RA 2RBNA 1QUOA 1L70A 4W57A 1L43A 1JTMA 1KW7A 1CU3A 235LA 236LA 228LA 1L28A 4ARMB 1L56A 3DNAA 2O7AA 1G0MA 4YX7C 1L12A 174LA 257LA 2F2QA 260LA 3HT9A 1L66A 1C6HA 1L26A 1LPYA 1CV1A 1QTDA 2QB0B 4EPFA 1TLAA 1L03A 1XEPA 2RBQA 1DYDA 2CUUA 1L31A 1CV3A 1PQOA 1CUQA 198LA 1G1WA 126LA 3UONA 4PJZA 7LZMA 3K2RA 2RH1A 4ARLA 1L54A 4I7OA 4GRVA 209LA 199LA 1L86A 218LA 239LA 3CDOA 1L27A 4K5YA 1L17A 1G0GA 1I6SA 1G1VA 120LA 1L02A 3HH3A 4I7JA 3HUKA 1WTHA 1LYFA 3NY8A 1LYEA 3QAKA 1L10A 150LA 1L83A 3G3XA 1C6LA 2B70A 1LYIA 3HTFA 1L22A 4I7MA 1L79A 1L76A 1QTZA 1QT7A 1L59A 1L74A 3V2WA 210LA 172LA 141LA 140LA 2RBSA 1L32A 2ANVA 2B73A 2OEAX 1LYGA 1XJTA 3SB9A 1L61A 201LA 259LA 3C81A 3DN4A 3SB8A 3C8QA 206LA 3CDRA 1C6PA 119LA 1L38A 258LA 3L64A 143LA 1G0PA 3SBBC 1JQUA 217LA 2Q9EA 188LA 1L00A 1L71A 1L0KA 1LI6A 156LA 1LYHA 2B7XA 3GUNA 3HH5A 1C67A 1DYGA 1G07A 3PBLA 152LA 3HH6A 1L60A 253LA 108LA 1QUGA 1L25A 227LA 4EKPA 145LA 1QSQA 113LA 220LA 1CU2A 1CX6A 4LDEA 1LI3A 4YXAC 2OTZX 2RB1X 1JTNA 128LA 1L14A 4IAPA 1C6FA 1C6DA 149LA 1T8GA 1L99A 191LA 3C82A 6LZMA 3F8VA 1L30A 1L08A 1C6JA 4EKSA 1P36A 1CX7A 2HULA 1OVHA 2OE4X 221LA 1P64A 4W55A 1L55A 1C6AA 3DN0A 1P2LA 3HT8A 1ZYTA 3DKEX 1L44A 1G0QA 1LGUA 3HTDA 146LA 4LZMA 1OYUA 1P5CA 3RUNA 3CDTA 2RB0X 180LA 1L36A 1L65A 157LA 1L37A 1LGWA 1LLHA 4W54A 181LA 187LA 1L0JA 127LA 1C62A 3L2XA 2RBRA 168LA 245LA 3SB6A 1L48A 176LA 1SWZA 1C6KA 2RAYX 4EJ4A 3D4SA 1OV5A 155LA 2HUKA 1L93A 1L62A 4LDOA 3HUAA 161LA 1OWZA 1C61A 1CU6A 1SWYA 1SX7A 131LA 1CVKA 4W52A 170LA 1L68A 169LA 4ZPUA 4I7NA 3V2YA 2LCBA 3HT6A 1L13A 1D3MA 233LA 1D2YA 107LA 243LA 4DKLA 184LA 1L42A 1L95A 1LWGA 178LA 1OWYA 1D3JA 1CU0A 3RZEA 4W58A 102LA 1PQJA 1C60A 4EXMA 1OVJA 3DN8A 3GUIA 250LA 5LZMA 1L67A 2NTGA 1QUDA 3F9LA 4W51A 3OE6A 1C68A 3GULA 1L57A 3VW7A 1L20A 2LZMA 261LA 2B6WA 1C69A 3CDVA 1CV0A 1L46A 1QT5A 2B6XA 1L81A 219LA 1L52A 226LA 1PQKA 1L92A 232LA 1L91A 185LA 2O79A 3HH4A 164LA 249LA 4W59A 4EPIA 4I7KA 1L15A 211LA 1L35A 123LA 189LA 3HT7A 1L85A 2B75A 1C6MA 3C8SA 158LA 244LA 122LA 3C80A 2B72A 3SN6R 1L96A 2A4TA 1L29A 1CTWA 4W56A 1C64A 1LI2A 225LA 2IGCA 2OU0X 3NYAA 2Q9DA 1T6HA 1DYCA 1G06A 3GUMA 4GBRB 1G0LA 234LA 1CU5A 3SBAA 1L23A 1QT4A 1QUHA 3FA0A 1P37A 3GUPA 148LE 1DYFA 4ARQA 1L89A 3DN2A 2RBPA 1L75A 2RBOA 1L19A 1L58A 1G0KA 240LA 1T8AA 3HU9A 1L34A 1C6BA 1NHBA 1L09A 139LA 224LA 2RAZX 192LA 112LA 1QSBA 255LA 229LA 246LA 3C8RA 1QS9A 3PDSA 238LA 1L05A 1P46A 2B74A 2B6YA 173LA 1L49A 1L45A 223LA 104LA 3LZMA 1ZURA 1L88A 3OE0A 109LA 3GUKA 2ANXA 1QTVA 4AQNA 125LA 2OU9A 254LA 1LYDA 1L69A 3HTBA 3FADA 2OU8A 4I7LA 111LA 1PQDA 241LA 1QTHA 4I7TA 3G3VA 1SSWA 4ARPA 3OE9A 1CV4A 3C7ZA 1D3NA 1P56A 3G3WA 2Z6BA 1C66A 1OV7A 142LA 186LA 1L51A 163LA 103LA 3HDEA 3GUJA 1L33A 3C7WA 1KY1A 2B6ZA 1L84A 4DJHA 3DMXA 177LA 231LA 160LA 1L01A 4EKQA 3OE8A 3HDFA 166LA 1DYBA 2F32A 114LA 214LA 4I7PA 3ODUA 1C65A 1L64A 3C83A 1QS5A 2RB2X 3HWLA 4OO9A 1SX2A 1CV5A 3DMZA 1D2WA 1L87A 1LGXA 215LA 1XJUA 1PQMA 137LA 1D3FA 230LA 190LA 1T97A 1L77A 4LDLA 1KW5A 4PK0A 144LA 1KS3A 1L39A 1LWKA 4ARQB 1L06A 2LC9A 237LA 2OE9X 4I7SA 3HU8A 3GUOA 248LA 2NTHA 162LA 1KY0A 3DN3A 195LA 1C63A 3FI5A 171LA 256LA 1L72A 1P2RA 1PQIA 1G0JA 213LA 3DN1A 118LA 138LA 252LA 1C6NA 115LA 1K28A 2QARC 3HUQA 1L41A 4ARMA 197LA 1OVKA 200LA 1CV6A 1L80A 1C6IA 3HTGA 1P7SA 2HUMA 1L94A 1L40A 1EPYA 1L04A 4YXCA 1L98A 147LA 1C6EA 1L21A 1L53A 4I7QA 222LA 3CDQA 151LA 1L73A 4ARJA 205LA 1L47A 3C7YA 2OTYX 183LA 110LA 1D9WA 242LA 1L24A 1C6TA 1L11A 1QT8A 2F47A 3NY9A 3JR6A 167LA 1ZWNA 182LA 1T8FA 1P6YA 212LA 4DAJA 130LA 1DYEA 1L97A 251LA 262LA 4EKRA 175LA 1LYJA 1L16A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IP7A 4YEOA 1FLWA 3SB5A 1GE2A 4W53A 2O4WA 1WQMA 1LMOA 4B1AA 2MEDA 3A94A 1GFAA 4TSBA 1QTBA 1SSYA 1OUDA 1L82A 4QDNA 4CJ2A 3BKVA 2HEFA 1L63A 3A67Y 4W96A 1LMAA 1QTCA 1GBWA 1GBSA 1L70A 1QUOA 4H9AA 1L43A 1KW7A 236LA 1IVMA 4G4HA 1ZVYB 1LZ4A 2F2QA 4XN6A 1FLYA 1YAMA 3N9EA 2CWIA 2QB0B 4CGEA 1IEEA 4UWUA 1B5WA 2DQFC 2RBQA 4NIJA 1L31A 1CV3A 5KKJA 1QSAA 2XBRA 2BQGA 1LMCA 4PJZA 1GHLA 5KXZA 1DPWA 1JJ0A 199LA 1CJ6A 1YIKA 3F6ZA 194LA 120LA 3HH3A 3HUKA 3QNGA 4LT2A 2G4PA 4WM5A 5DL9A 2B70A 3HTFA 3LYTA 1L79A 1TAYA 2W1LA 5I4WA 1QT7A 1L59A 3V2WA 1DQJC 5F81A 2DQAA 4NGYA 1GXV2 1CKDA 2ANVA 1IOCA 1LMPA 1HNLA 2Z2EA 3TXFA 3CDRA 1IWYA 1J1OY 3D9AC 1D0KA 1JQUA 1QDRA 1YKXX 2Q9EA 1L71A 4HJYA 5LA8A 1GFJA 3GUNA 1HERA 1C67A 2MEBA 3PBLA 2ZILA 2Z2FA 2BQOA 1QUGA 1QSQA 1UIBA 2GV0A 1CX6A 4ZIXA 1LI3A 1B9OA 1IR9A 1LJEA 1L14A 1BWIA 1C6FA 1BHZA 5APEA 3HBDA 3C82A 1T3PA 1L30A 1RFPA 4KPMA 4EKSA 1P36A 1CX7A 5B05A 1CJ7A 4M4OA 1P64A 1GAZA 4NGLA 1LSCA 4YENA 1WQQA 3DKEX 1G0QA 4KT3A 146LA 1QUTA 3RUNA 2RB0X 3W6CA 1REMA 1C45A 1L65A 1LGWA 1EQ4A 1OUAA 3QE8A 4DQ5A 1HEQA 1GBOA 1L48A 4UWNA 4EJ4A 4HJZA 1LAAA 2HUKA 1L93A 4LDOA 1JTTL 5C6JA 3HFMY 1GFUA 5E4PA 2ZIKA 170LA 3AW7A 4ZPUA 2Z19A 4I7NA 2LCBA 1BB3A 233LA 1D2YA 4DKLA 1LHMA 1L95A 1B7PA 178LA 1OWYA 1CU0A 3ATOA 1PQJA 1LHLA 4EXMA 1JHLA 3TXGA 1C43A 4NHSA 2LYZA 1LMNA 4QY9A 2I6ZA 261LA 3GXKA 1JUGA 3CDVA 4WG1A 1L52A 1XGTC 226LA 232LA 3A3RX 1D0LA 5I4YA 2A7DA 4EPIA 2NWDX 5I4XA 2I26L 1L35A 1JITA 2ZYPA 189LA 3G3AB 1IC7Y 134LA 1C6MA 3C8SA 1HSWA 4WM4A 1KIPC 244LA 2A7FA 3C80A 1BB6A 3SN6R 1L96A 2A4TA 4RW1A 4W56A 1LZTA 3GXRA 1LSDA 2DQDY 4DD2A 1DYCA 1QSWA 3B0KA 3N9CA 4H9BA 4XJDA 4ETBA 5DM9A 3GUMA 234LA 3SBAA 1L23A 4EMNA 1P37A 3GUPA 1LJ4A 1DYFA 1GDWA 1JSEA 9LYZA 5DLAA 1L75A 1G0KA 1HENA 240LA 4BAPA 1C6BA 1CKHA 5KXSA 4YEMA 229LA 1QS9A 1LHJA 4XJGA 2B6YA 1A4VA 5APDA 135LA 5E9RA 5LINA 5FDJA 2CDSA 2W1MA 1VDQA 4DD1A 4TSCA 4ET9A 3HTBA 5KXOA 4WLYA 2D91A 1PQDA 1TBYA 1P56A 3G3WA 1UUZC 3P66A 142LA 1L51A 1H87A 5FSTA 5C6LA 3HBEX 8LYZA 3TXKA 2MEGA 1KY1A 1VDPA 2B6ZA 2F4GA 3DMXA 3W6BA 166LA 1LOZA 114LA 4GN3A 3ODUA 1C7PA 1L64A 1QS5A 3HWLA 1SX2A 1CV5A 1D2WA 5A3EA 1L87A 2D4KA 1LGXA 215LA 1XJUA 3WH1A 6LYZA 1D3FA 4DD3A 4NHTA 5HNLA 3ATNA 3A3QA 4XADA 4PK0A 4I0CA 144LA 5LVJA 1JKDA 1BVKC 2LC9A 1WQOA 237LA 4I7SA 1RCMA 4FJRA 5KXYA 195LA 3FI5A 2IHLA 1ZV5L 171LA 1GF6A 4G4CA 1L72A 1P2RA 213LA 1NBYC 1GE4A 1HSXA 1RE2A 1GF8A 115LA 193LA 4NGVA 4P2EA 1C6IA 1P7SA 2HUMA 1IORA 3TMVA 3WU9A 1EPYA 4YXCA 4I7QA 1C6EA 3TXJA 1L73A 1D9UA 4OW1A 1NWGA 1L24A 3J4GA 1A2YC 1L11A 4PGJB 2BLYA 4DDBA 3JR6A 167LA 1ZWNA 2YSSC 4QEQA 2B5ZA 3CT5A 4DAJA 251LA 1TDYA 4TTDA 1AM7A 2YBMA 4B4JA 3OJPA 1GFEA 3SB7A 1JEFA 1QT6A 4D9ZA 4PRUA 1DYAA 2G4QA 1LZNA 1INUA 5DN5A 4BADA 216LA 2EIZC 4X3BA 1XEKA 129LA 159LA 1B7RA 3CSZA 1KXXA 4ETEA 5F16A 196LA 1C6GA 3P68A 4RLMA 2B6TA 2L78A 4M6DA 4I7RA 4ARMB 1L56A 1HF4A 2O7AA 1FN5A 1G0MA 1IR8A 3M3UA 4YX7C 1L12A 2XJWA 1IWVA 174LA 5A3ZA 1YKYX 3HT9A 1L66A 4OWAA 1B7OA 3P4ZA 3AZ5A 4OWBA 1GFRA 1TLAA 1UICA 1XEPA 1B7LA 1LKRA 3A92A 1DYDA 4NG8A 5F9XA 1D6PA 4H9CA 1CUQA 4H1PA 4WOAA 207LA 5L3IA 4WM3A 209LA 1L86A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IP7 A;  4YEO A;  1FLW A;  3SB5 A;  1GE2 A;  4W53 A;  2O4W A;  1WQM A;  1LMO A;  4B1A A;  2MED A;  3A94 A;  1GFA A;  4TSB A;  1QTB A;  1SSY A;  1OUD A;  1L82 A;  4QDN A;  4CJ2 A;  3BKV A;  2HEF A;  1L63 A;  3A67 Y;  4W96 A;  1LMA A;  1QTC A;  1GBW A;  1GBS A;  1L70 A;  1QUO A;  4H9A A;  1L43 A;  1KW7 A;  236L A;  1IVM A;  4G4H A;  1ZVY B;  1LZ4 A;  2F2Q A;  4XN6 A;  1FLY A;  1YAM A;  3N9E A;  2CWI A;  2QB0 B;  4CGE A;  1IEE A;  4UWU A;  1B5W A;  2DQF C;  2RBQ A;  4NIJ A;  1L31 A;  1CV3 A;  5KKJ A;  1QSA A;  2XBR A;  2BQG A;  1LMC A;  4PJZ A;  1GHL A;  5KXZ A;  1DPW A;  1JJ0 A;  199L A;  1CJ6 A;  1YIK A;  3F6Z A;  194L A;  120L A;  3HH3 A;  3HUK A;  3QNG A;  4LT2 A;  2G4P A;  4WM5 A;  5DL9 A;  2B70 A;  3HTF A;  3LYT A;  1L79 A;  1TAY A;  2W1L A;  5I4W A;  1QT7 A;  1L59 A;  3V2W A;  1DQJ C;  5F81 A;  2DQA A;  4NGY A;  1GXV 2;  1CKD A;  2ANV A;  1IOC A;  1LMP A;  1HNL A;  2Z2E A;  3TXF A;  3CDR A;  1IWY A;  1J1O Y;  3D9A C;  1D0K A;  1JQU A;  1QDR A;  1YKX X;  2Q9E A;  1L71 A;  4HJY A;  5LA8 A; 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