1QSQA

Cavity creating mutation
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQAGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qsqA00
2B6ZA 2F47A 261LA 1C6KA 1L92A 3QAKA 1P56A 2B74A 3C8RA 3ODUA 1L95A 4I7KA 143LA 169LA 149LA 1L13A 3EMLA 1D3NA 217LA 3GUJA 2A4TA 3SB5A 1L89A 1L12A 1L49A 255LA 1L32A 3FADA 249LA 125LA 3UONA 250LA 2OE4X 188LA 4W56A 1CUPA 1SX7A 1L98A 1LWGA 1L97A 1L11A 1ZWNA 1T8GA 3HTFA 221LA 223LA 1C6EA 2IGCA 174LA 236LA 1D3FA 1L70A 1CUQA 1G0MA 1T8AA 1QT7A 1L65A 196LA 1L61A 160LA 1G0QA 3F9LA 1C6CA 2Z6BA 253LA 1CV5A 1L72A 3HT9A 1L21A 1L14A 185LA 1D9WA 215LA 2NTGA 1L10A 1L40A 1B6IA 2B6TA 4DKLA 214LA 1CX7A 1G1WA 3SB9A 2NTHA 3DMXA 1K28A 1L42A 1C69A 175LA 1DYEA 2QB0B 1P5CA 1L87A 191LA 1SSYA 1QT4A 1L45A 197LA 1LI2A 2RBSA 4OO9A 4W53A 200LA 3C8QA 2RAZX 4EKSA 1D2WA 126LA 1SSWA 1LGXA 152LA 1I6SA 1QTZA 222LA 137LA 1LYEA 258LA 1G0JA 1CV0A 2O7AA 198LA 1CTWA 4I7SA 1L86A 1L24A 3CDOA 1L28A 3HT6A 209LA 4EXMA 3DN4A 3DNAA 3OE9A 199LA 2L78A 1LPYA 2ANXA 1CU3A 1D3MA 226LA 147LA 1JTMA 130LA 1L77A 1L00A 1DYAA 171LA 1DYBA 127LA 1L94A 1OVKA 1L18A 4E97A 1LYJA 1L17A 1L23A 205LA 1C6HA 246LA 220LA 3CDQA 2B6XA 131LA 157LA 3RZEA 3V2YA 182LA 192LA 2RB1X 3HWLA 2LC9A 1ZURA 112LA 1C6NA 1OWYA 1L39A 1CU0A 228LA 1CX6A 1L16A 3DMVA 1L25A 3HDFA 1L55A 1LYFA 235LA 1L96A 3DN1A 1L15A 3L64A 119LA 2ANVA 2Q9DA 256LA 3PBLA 165LA 213LA 3SN6R 2OU8A 2QARC 1XEPA 245LA 110LA 1L38A 1OV7A 3GUPA 4I7OA 1KS3A 1P64A 1L56A 1QTBA 3OE0A 1C68A 103LA 1G0LA 1C6JA 1QUHA 1C6MA 3V2WA 150LA 262LA 3GUKA 1L81A 1C63A 1KNIA 3C83A 3HH5A 2RBNA 113LA 3GULA 1OV5A 1G0KA 176LA 1QUOA 164LA 1C6TA 4ZPUA 1L67A 1L34A 1L03A 3DN2A 1L51A 3CDRA 3HUKA 3FI5A 1C64A 1OYUA 1WTHA 2RBPA 4W51A 1L06A 5LZMA 1C62A 212LA 1G06A 1EPYA 4PK0A 1JQUA 3SB8A 1C66A 1NHBA 237LA 7LZMA 2OEAX 227LA 3L2XA 1QT8A 4I7RA 1LYDA 1P36A 1L57A 2B73A 195LA 2B6WA 4W57A 232LA 248LA 1XJUA 1L73A 4LDOA 114LA 2OE7X 239LA 1PQJA 2OU9A 3SB7A 186LA 238LA 1P37A 181LA 1PQDA 1L90A 2HULA 3DMZA 1CV1A 145LA 1P7SA 4IAPA 141LA 1P2LA 1C60A 1L99A 1PQKA 1LI3A 2B6YA 4I7JA 1L30A 4DAJA 3HT8A 1L53A 1SWYA 3HDEA 1G1VA 1L76A 1L85A 1L20A 1QS5A 1OVJA 5I14A 260LA 140LA 4W54A 1C65A 3G3WA 4YXAC 2O79A 1G0GA 1L47A 4K5YA 4W55A 3D4SA 138LA 1XJTA 1L69A 1L88A 4PJZA 1CU5A 4EKRA 168LA 1QSBA 2F2QA 1L31A 107LA 3C7ZA 3DN3A 1C6IA 1L80A 1L83A 3K2RA 1L50A 178LA 1P46A 1L54A 3C80A 2RAYX 190LA 1KY0A 1L74A 1L60A 4ARLA 2RBRA 201LA 1CV4A 1QT5A 3CDVA 189LA 1L09A 102LA 1L26A 257LA 1L0JA 4I7LA 1QTHA 3HU8A 4S0WA 3DN8A 4I7MA 2RBQA 4W59A 1PQOA 4EKQA 1DYGA 233LA 1L91A 2CUUA 1L71A 167LA 3JR6A 2HUKA 1L66A 1QSQA 1QS9A 242LA 3CDTA 1L08A 4GRVA 3LZMA 3NY9A 4ARMA 4EKPA 244LA 1P6YA 3GUMA 1L01A 4W52A 4DJHA 4EJ4A 122LA 3HH6A 1OWZA 3SBBC 240LA 2B7XA 1C6DA 3SBAA 1KW7A 6LZMA 2B75A 2O4WA 1QUDA 3HH4A 3HTBA 109LA 1KW5A 1LWKA 166LA 170LA 259LA 128LA 162LA 1L02A 3FA0A 1C6AA 3HT7A 1LYGA 1G0PA 1SWZA 1L41A 241LA 1L58A 254LA 3DN6A 3GUNA 1DYDA 1C6BA 163LA 2Q9EA 3F8VA 1C6QA 3VW7A 120LA 1L43A 177LA 4ARMB 2B72A 1T6HA 251LA 1P2RA 4LZMA 1LI6A 1L68A 4ARQA 1LGWA 1LGUA 1T8FA 118LA 4YXCA 3G3VA 3GUIA 1L62A 1L04A 1C6FA 2RB2X 1QTCA 1JTNA 1QT6A 144LA 2OE9X 4W58A 1L44A 156LA 151LA 2RBOA 1C6GA 3PDSA 3C7YA 111LA 1DYFA 1L36A 1LLHA 1L79A 1L19A 4ARJA 1C67A 225LA 2HUMA 3RUNA 1TLAA 1L52A 1L05A 1L29A 3GUOA 1QTVA 4I7QA 234LA 180LA 206LA 1L27A 1D3JA 3G3XA 4LDLA 1L33A 1L93A 4EPFA 1CU2A 1L63A 2LCBA 3DKEX 1QTDA 2LZMA 158LA 3HUQA 3C7WA 3SB6A 1L75A 4ARQB 155LA 4GBRB 1L35A 211LA 3C8SA 173LA 1C61A 219LA 1D2YA 4I7PA 4I7NA 1CV6A 224LA 3HTDA 1L0KA 1L22A 3HUAA 4AQNA 4ARPA 3OE8A 3DN0A 3HU9A 4EPIA 210LA 1OVHA 2F32A 1L48A 1L07A 183LA 1C6PA 4I7TA 230LA 2B70A 1KY1A 108LA 1L37A 187LA 1L82A 184LA 104LA 1LYHA 3HH3A 3NY8A 1P3NA 115LA 1T97A 243LA 229LA 1L64A 1G07A 3OE6A 1SX2A 1DYCA 1LW9A 142LA 1PQMA 1L84A 146LA 159LA 1QUGA 2RH1A 4YX7C 161LA 1L59A 1L46A 1CU6A 1ZYTA 231LA 252LA 148LE 1CV3A 1QT3A 1PQIA 2OTZX 2RB0X 218LA 3C81A 2OU0X 4LDEA 1CVKA 3NYAA 3C82A 172LA 1C6LA 139LA 247LA 1LYIA 3HTGA 129LA 123LA 2OTYX 216LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WQNA 1D6PA 4NGYA 1L95A 1IWVA 1NDGC 4XADA 5IHGA 4XJGA 1ZVHL 1L13A 217LA 3GUJA 4H8YA 2A4TA 4ZIXA 3SB5A 2D6BA 1L89A 4NGOA 1LHHA 5IELA 249LA 2OE4X 4UWNA 1I1ZA 4RDSA 4HV1A 1L97A 1L11A 4NHSA 4RW1A 4WL6A 2HTXA 1T8GA 1YL0X 1B5VA 1C6EA 2IGCA 4I0CA 4P2EA 1CUQA 5E4PA 1LZBA 5F9UA 1QT7A 1LYSA 160LA 4OW1A 3F9LA 1C6CA 5HMVA 253LA 1L72A 1DI4A 1L21A 215LA 4NGJA 2ZQ3A 1L40A 4DD2A 1G1WA 2VB1A 3DMXA 1L42A 3HBEX 2DBTA 1P5CA 1L87A 1SSYA 1LAAA 1OQMA 4NGKA 1BB3A 1D2WA 126LA 1LYOA 3A96A 1REMA 1RE2A 1LYEA 1GFKA 198LA 199LA 4B1AA 4E97A 1LYJA 1XFPL 3TXDA 1C6HA 1IWXA 4WLDA 3CDQA 1CJ8A 3RZEA 4DQJA 1LTMA 3A90A 192LA 1OWYA 1E8LA 4MR1A 1LZEA 1HEPA 1L16A 1BHZA 1GBYA 4WO6A 1A4VA 1IOCA 1BB5A 2Q9DA 256LA 3PBLA 165LA 5D5FA 2OU8A 1L38A 4I7OA 4NEBA 1FDLY 5FDJA 4DDAA 1L56A 5KXKA 103LA 4MCKA 1UIDA 1GFVA 3TMVA 133LA 150LA 1GDWA 3GUKA 154LA 1KNIA 1IWZA 2BQBA 2RBNA 3RNXA 1QUOA 164LA 5AMYA 1LCNA 6LYZA 1QTEA 1C64A 1KXXA 1C62A 3TXBA 4U3XB 1IP2A 4WO9A 3SB8A 4HJZA 237LA 2OEAX 1IVMA 4W57A 232LA 5B1GA 2EQLA 1XJUA 5ILCA 1IO5A 114LA 2OE7X 1UBZA 239LA 1IP6A 3SB7A 2DQIY 4D9ZA 1HEWA 3F6ZA 1L90A 1QUTA 4DWXA 1WVVA 4IAPA 1AKIA 1C7PA 1YKZX 1B7SA 1JKBA 1IC7Y 2A7DA 3TXIA 1PQKA 1LZ4A 2B6YA 3TMXA 4I7JA 1GBOA 4YENA 1L76A 3WPJA 1NWGA 3RZ4A 1LOZA 5I14A 4OWHA 1C45A 1C65A 4DT3A 3G3WA 3K3TA 3AZ7A 3HFMY 2BQHA 1UIBA 3CB7A 4WM2A 4PJZA 1C6IA 4QEQA 3A92A 1GXV2 5E9RA 3LHMA 4DQ5A 3C80A 5LYMA 190LA 1QT5A 1W6ZA 102LA 1L0JA 4XJIA 1QTHA 3WUAA 3LYMA 2XQOA 3DN8A 4H9CA 5HNCA 2RBQA 4W59A 3A3QA 2RSCA 1L91A 1L71A 3EO5A 2YDGA 242LA 2N5ZA 5APEA 1P6YA 1L01A 2XTHA 1FLUA 122LA 1JJ1A 3HH6A 3SBBC 1IP5A 1LMTA 5FSTA 4HPEA 4OWCA 2B75A 3WW5A 1DKKA 2ZNXY 1HEOA 166LA 2Z2EA 2CDSA 1C6AA 1WTMA 2XBRA 2MECA 4HPIA 5KKJA 4NGIA 163LA 1CJ6A 2ZYPA 1L43A 2LYMA 177LA 1LJ4A 3SP3A 4HJYA 1T6HA 2ZQ4A 2FBDA 4NIJA 1P2RA 5LYZA 1L68A 1LMAA 2IHLA 118LA 1LZAA 1L62A 4XJBA 1L04A 1C6FA 3A34A 4WM1A 1QTCA 3LZ2A 5J7CA 2CWIA 144LA 2OE9X 4W58A 1LJKA 151LA 1RCMA 2RBOA 1DYFA 1L36A 1LLHA 1L19A 4ARJA 1B7RA 4M4OA 1L29A 3GUOA 1LYZA 4CJ2A 1LJIA 1D3JA 2PC2A 4LDLA 2Z19A 2H5ZA 3GXRA 4LGKA 5B1FA 1L93A 1L63A 1KIQC 2YBIA 4W94A 3HUQA 1HEQA 2H9KA 1B5XA 1LZNA 1L35A 1UCOA 1GB5A 211LA 132LA 4LYMA 4I7PA 1CV6A 2HEFA 153LA 3HTDA 1L0KA 1IP1A 3VWOA 2BQGA 1NHEA 1HF4A 1HMKA 4QGZA 4OWAA 4RW2A 5C6IA 1BGIA 2B70A 1KY1A 1YKXX 2B5ZA 2DQGY 104LA 3HH3A 1P3NA 5KKIA 229LA 1L64A 3OE6A 142LA 1B7MA 146LA 1L84A 3J6KA 4KXIA 159LA 1IOQA 2RH1A 4HV2A 1LHMA 161LA 1L59A 1CU6A 252LA 1QT3A 4XJHA 218LA 1AM7A 5F9XA 3WXTA 4A7DA 2OU0X 2IFFY 4WG1A 5KXWA 5LVJA 4LDEA 1IIZA 3OK0A 1LYIA 5LVIA 1HNLA 3N9EA 5B59A 1OUBA 2OTYX 1NMMA 2B6ZA 1OUGA 3QE8A 1GBXA 1C6KA 1L92A 3QAKA 1HELA 1QSWA 1JISA 1GWDA 1RI8B 4NSGA 3EMLA 1IOTA 3WL2A 4NHPA 1LZ1A 1L32A 2BQAA 8LYZA 125LA 250LA 1CKCA 4W56A 1LSNA 1CUPA 1NF5A 1BB7A 2X0AA 134LA 1LSDA 1YROA 3HTFA 221LA 2YBJA 4Z98A 135LA 1D3FA 5ILFA 4XN6A 1L61A 2W1LA 1FLYA 1VDTA 3HT9A 1GF9A 185LA 1J1OY 4NFVA 1JSEA 5B07A 2EIZC 1B6IA 2B6TA 2NTHA 1YIKA 4N1EI 1LYYA 3B0OA 2W1XA 4PGJB 4UWUA 4TX7A 2HU3A 1LI2A 2RBSA 1OUAA 5LAGA 222LA 137LA 2C8OA 2W1YA 4G4CA 3A6BY 1L86A 4FDYA 1LSYA 2A7FA 3HT6A 4EXMA 5L3IA 3DNAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1WQN A;  1D6P A;  4NGY A;  1L95 A;  1IWV A;  1NDG C;  4XAD A;  5IHG A;  4XJG A;  1ZVH L;  1L13 A;  217L A;  3GUJ A;  4H8Y A;  2A4T A;  4ZIX A;  3SB5 A;  2D6B A;  1L89 A;  4NGO A;  1LHH A;  5IEL A;  249L A;  2OE4 X;  4UWN A;  1I1Z A;  4RDS A;  4HV1 A;  1L97 A;  1L11 A;  4NHS A;  4RW1 A;  4WL6 A;  2HTX A;  1T8G A;  1YL0 X;  1B5V A;  1C6E A;  2IGC A;  4I0C A;  4P2E A;  1CUQ A;  5E4P A;  1LZB A;  5F9U A;  1QT7 A;  1LYS A;  160L A;  4OW1 A;  3F9L A;  1C6C A;  5HMV A;  253L A;  1L72 A;  1DI4 A;  1L21 A;  215L A;  4NGJ A;  2ZQ3 A;  1L40 A;  4DD2 A;  1G1W A;  2VB1 A;  3DMX A;  1L42 A;  3HBE X;  2DBT A;  1P5C A;  1L87 A;  1SSY A;  1LAA A;  1OQM A;  4NGK A;  1BB3 A;  1D2W A;  126L A;  1LYO A;  3A96 A;  1REM A;  1RE2 A;  1LYE A;  1GFK A;  198L A;  199L A;  4B1A A;  4E97 A;  1LYJ A;  1XFP L;  3TXD A;  1C6H A;  1IWX A;  4WLD A;  3CDQ A;  1CJ8 A;  3RZE A;  4DQJ A;  1LTM A;  3A90 A;  192L A;  1OWY A;  1E8L A;  4MR1 A;  1LZE A;  1HEP A;  1L16 A;  1BHZ A;  1GBY A;  4WO6 A;  1A4V A;  1IOC A;  1BB5 A;  2Q9D A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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