1QSQA

Cavity creating mutation
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQAGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qsqA00
155LA 1L23A 3CDOA 234LA 1CX7A 1L80A 4K5YA 183LA 4EKSA 1L53A 1QSQA 1C6KA 1LI6A 3HTBA 160LA 2RBPA 1QTHA 2F2QA 1C63A 3DNAA 4I7LA 1C66A 4LZMA 4E97A 3FADA 2F32A 1L10A 4I7QA 4DKLA 249LA 3L64A 1LYEA 192LA 1JQUA 1L64A 1L24A 210LA 1OV5A 1D3FA 161LA 2L78A 111LA 1LGWA 1L92A 1QT4A 4IAPA 2LC9A 1L79A 4EJ4A 3G3XA 109LA 1L45A 3DMZA 1L74A 1L75A 1C64A 1DYFA 2QARC 4ARQA 2CUUA 2OTYX 2B73A 240LA 1L09A 178LA 1D2YA 1C6TA 1CV4A 248LA 3OE8A 3C8RA 239LA 1L18A 3C8SA 4ARJA 1C6QA 3HT6A 3CDVA 1L67A 251LA 6LZMA 1SWZA 115LA 219LA 185LA 1C65A 1ZWNA 4ARMA 1G0GA 1QT8A 4I7PA 118LA 3DN2A 1L00A 1SSWA 4LDOA 150LA 226LA 1C69A 1QUGA 3HT9A 1P5CA 143LA 1QTVA 174LA 146LA 1I6SA 3V2YA 2F47A 3SB8A 197LA 1L28A 4I7RA 125LA 2RB0X 156LA 254LA 1L85A 145LA 139LA 3C7WA 1D2WA 223LA 1L71A 4W59A 1L12A 1WTHA 3HH4A 2OEAX 1JTNA 1L83A 3GUNA 157LA 1L43A 2NTHA 1T97A 250LA 122LA 1LPYA 1C6JA 2IGCA 4ZPUA 2LCBA 1T8FA 4W55A 1L07A 3EMLA 3RZEA 2A4TA 2OE4X 163LA 1G0MA 1L27A 3LZMA 1L68A 1C6BA 261LA 3C82A 1L70A 3SB7A 1G0JA 3SN6R 169LA 141LA 1L34A 1T8AA 1L16A 1L48A 4W57A 4I7OA 2O79A 1CV6A 148LE 2O4WA 195LA 4I7NA 3C81A 1P36A 128LA 2OU0X 2RAYX 3GUKA 2OTZX 1L21A 1C61A 1L04A 230LA 1C6CA 110LA 4GRVA 1OWZA 262LA 4ARPA 1LWKA 2RB1X 3OE9A 4I7KA 3CDRA 4W56A 1L72A 2B6YA 256LA 1P3NA 1QS9A 4DJHA 1L88A 1XJUA 1CU5A 3SB9A 1P56A 2B6WA 1CU6A 1L01A 1LGUA 1DYAA 1CU3A 4W54A 2B70A 1LYGA 4EPIA 1OV7A 1L33A 112LA 1DYGA 4AQNA 126LA 3NYAA 1QT5A 2OE7X 2RBOA 2OU8A 1G0PA 242LA 2ANXA 1C60A 3DN8A 1G07A 218LA 166LA 1QTCA 244LA 1C6PA 1G1VA 3DN4A 1C6DA 1P7SA 245LA 2ANVA 181LA 2O7AA 4S0WA 1L22A 4W52A 3SB5A 3VW7A 1OWYA 206LA 1L98A 1LYJA 114LA 4EKPA 1C67A 3C7ZA 3DKEX 260LA 3F8VA 222LA 1L93A 1CV5A 3HH5A 1L62A 137LA 1L39A 2RBNA 1PQJA 2Q9EA 1L42A 2RB2X 3RUNA 4PK0A 3V2WA 1L55A 1EPYA 3PDSA 1NHBA 1DYEA 4YXCA 1L17A 3ODUA 4YX7C 205LA 3DN0A 102LA 1L69A 3DN1A 1L50A 1QT7A 212LA 3C8QA 1C6GA 3HT8A 1L49A 2RBQA 3C80A 3SBBC 167LA 3HUKA 4ARLA 1L97A 3G3WA 1L06A 1SX2A 2B74A 177LA 214LA 1PQIA 1L51A 252LA 1L46A 1P37A 1L19A 258LA 108LA 182LA 196LA 1C6LA 1QTZA 3HUQA 241LA 257LA 1L0KA 1C6EA 1L47A 3FI5A 1QTBA 1QSBA 2B6XA 2RAZX 1PQMA 1LI2A 1TLAA 3DN3A 1XEPA 235LA 152LA 227LA 1JTMA 1P2RA 1SSYA 1CV3A 2HUKA 1L54A 1QUHA 1CV1A 1SWYA 1L08A 3HWLA 1L60A 1OVHA 1G0KA 2OE9X 2Z6BA 1CU0A 1XJTA 1T8GA 1ZYTA 3HTFA 104LA 190LA 2RBRA 209LA 2B75A 159LA 5I14A 3GUPA 3JR6A 5LZMA 1KY0A 3QAKA 1D3NA 1L56A 1KY1A 3HDFA 1T6HA 3GUMA 4I7MA 2Q9DA 3DN6A 140LA 1C62A 237LA 199LA 119LA 129LA 1LWGA 158LA 168LA 1G0LA 233LA 3PBLA 1G06A 1L58A 225LA 1L32A 175LA 164LA 1OVKA 198LA 1C6AA 184LA 1QUOA 180LA 217LA 3HUAA 113LA 1CX6A 1L0JA 1PQDA 3DMVA 1L25A 3DMXA 1D9WA 1L15A 1CTWA 189LA 4I7SA 2B6TA 188LA 1K28A 2QB0B 1P2LA 3HH6A 1PQOA 3C83A 171LA 1L38A 1L81A 1C6HA 1L29A 2B6ZA 1LI3A 253LA 1LYIA 1L84A 1L05A 216LA 2NTGA 3GULA 1L13A 1LLHA 1L66A 1KS3A 4I7JA 224LA 1DYCA 1L26A 1QT6A 1L20A 1KW5A 3SB6A 1C6FA 4GBRB 1OVJA 3CDQA 1DYDA 1L14A 3G3VA 1L87A 173LA 170LA 103LA 1ZURA 2HUMA 3HTDA 3NY9A 3K2RA 3F9LA 4ARQB 1L86A 4I7TA 1P46A 1QTDA 2RBSA 4EXMA 1CU2A 123LA 1P6YA 3GUIA 1L96A 1D3JA 1L35A 142LA 1L31A 3D4SA 228LA 120LA 221LA 238LA 1C68A 1L76A 1L95A 144LA 7LZMA 1L30A 3FA0A 4EKRA 3SBAA 3HTGA 1CUQA 4YXAC 151LA 1L91A 4ARMB 229LA 211LA 255LA 3HU9A 1C6NA 3CDTA 246LA 1KNIA 1SX7A 3HT7A 1G1WA 1QUDA 1L03A 187LA 247LA 3GUJA 1L36A 243LA 107LA 1PQKA 4DAJA 1C6IA 127LA 130LA 1L37A 172LA 1L65A 1LYDA 215LA 236LA 1QT3A 1LGXA 232LA 1L77A 3HU8A 1C6MA 3OE0A 4EPFA 3HH3A 1L41A 1QS5A 2B7XA 2OU9A 1CUPA 3GUOA 1KW7A 3OE6A 4W53A 1L82A 176LA 147LA 1CVKA 1L63A 1B6IA 149LA 3L2XA 1LW9A 3NY8A 1D3MA 1L57A 3C7YA 1L90A 191LA 201LA 231LA 4LDLA 200LA 1LYHA 1DYBA 213LA 3UONA 165LA 259LA 1L61A 4W51A 1OYUA 1CV0A 1L59A 1L99A 2RH1A 4OO9A 4PJZA 1L44A 1P64A 1L02A 138LA 1G0QA 4W58A 220LA 4EKQA 1L40A 1L89A 2B72A 1L52A 1L11A 2LZMA 1L94A 2HULA 162LA 1L73A 1LYFA 3HDEA 4LDEA 131LA 186LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IC5Y 234LA 1QTKA 4K5YA 1HC0A 4H9IA 3WMKA 4HJYA 2HEAA 3DNAA 4I7LA 5F9XA 4DT3A 1IVMA 1WQPA 3FADA 3FI7A 2F32A 1EQ5A 3A6CY 5LVKA 1LYEA 4N8ZA 192LA 4WM5A 1L64A 1IO5A 3WU8A 161LA 2L78A 3WXTA 1GXV2 1C43A 1GB9A 4IAPA 1LJJA 3ATNA 3TXHA 4CJ2A 3A92A 1IOSA 2BQNA 1L75A 1B5WA 2YDGA 1D2YA 1C45A 1GB6A 1DI3A 4J1BA 3HT6A 1YL0X 3CDVA 6LZMA 1GE3A 5L3IA 185LA 1EQEA 1LZCA 4M6DA 1GF6A 1ZWNA 1FLUA 1IP1A 1QT8A 4HP0A 5FELA 3W6EA 4NHIA 226LA 1C08C 1WVVA 1XGTC 4W96A 1QTVA 1I6SA 5I5QA 8LYZA 2RB0X 1OUBA 1HMLA 1L85A 223LA 4AXTA 1L71A 5C6JA 1WTHA 1QTEA 2OEAX 1LMNA 1C10A 2D4IA 4ANRA 1VDQA 2Y8PA 1T8FA 4W55A 2A4TA 2DBTA 1G0MA 1G0JA 1LTMA 1BB4A 4L41A 2O79A 1Z55A 4GCFA 1IP3A 1YQVY 1JKBA 3BKVA 2BLXA 128LA 3GUKA 2OTZX 1GF9A 5HMJA 4QEQA 3G3AB 1OUFA 5A3EA 4ARPA 1OUGA 1LWKA 1B2KA 3E3DA 3CDRA 2H9KA 256LA 1P3NA 4DJHA 1L88A 1XEJA 1UIDA 1XGRC 4DDCA 4ETBA 1L01A 1LGUA 1BQLY 1B7OA 1IP4A 4W54A 1LYGA 4EPIA 1IWYA 5APCA 1L33A 2LZTA 1QT5A 2I6ZA 4HJVA 1IR7A 4FJRA 5DN5A 1C6PA 2D91A 2O7AA 4W52A 1C7PA 1CKCA 1LZ6A 1OWYA 206LA 2MEEA 1LJHA 114LA 5FHWA 1GF5A 3DKEX 260LA 1CKDA 1B0DA 1HF4A 4A7DA 3TXDA 2Q9EA 1XGPC 1CJ8A 4PK0A 1EPYA 2D4JA 1YAMA 4GLVA 4NHQA 1KXYA 1NHBA 3WL2A 1DYEA 2BQDA 3CSRA 4YENA 3DN1A 4YM8A 1DZBX 1QT7A 1GB2A 212LA 3C8QA 1SQ2L 2RBQA 167LA 3HUKA 2C8PA 5HNLA 5APDA 3AYQA 1UA6Y 1HNLA 135LA 2Z38A 1L19A 2W1YA 4GCEA 1LSEA 241LA 2MEFA 5LAGA 5E9RA 1LZSA 3B0KA 3WPJA 3TMWA 1LAAA 1LI2A 1LZ8A 1XEPA 235LA 4UWVA 3EBAB 152LA 2LHMA 3AZ4A 5ILFA 1GWDA 4H9EA 4OOTA 4PGJB 5B1FA 4ZEEA 1L60A 2OE9X 2LZ2A 3HTFA 104LA 6LYTA 190LA 2BQEA 1IY4A 2B75A 1BWIA 3FE0A 3GUPA 3JR6A 3HFMY 1KY0A 4EOFA 1D3NA 1NHEA 1GBOA 2DQGY 2BQCA 1AZFA 1LSBA 3GUMA 4BAPA 3RNXA 2YBNA 5I4YA 1HFZA 3B72A 5HQ1A 1JJ1A 1C62A 4NGWA 119LA 1LWGA 3AGIA 4KL7A 233LA 1IEEA 3PBLA 154LA 3LYMA 225LA 1GE0A 4CHXA 1GB5A 2XBRA 3EXDA 164LA 1OVKA 3AGHA 4WO9A 1CKGA 1GF8A 3CSZA 113LA 1CX6A 1L0JA 2XTHA 3DMVA 3DMXA 1JTTL 4GN5C 2Z12A 1LHKA 2H5ZA 1L38A 1GD6A 1HEQA 1C6HA 3GXRA 2X0AA 2B6ZA 1YIKA 2WARA 1FDLY 1OUIA 2D4KA 4XYYA 4GN3A 1L05A 5L3HA 2NTGA 1L13A 1LLHA 3WPKA 4XJHA 3WU7A 3LYTA 1QT6A 2Z37A 1HSWA 1L20A 4GBRB 1DYDA 2BQFA 1BWHA 1ZURA 3NY9A 1JWRA 3K2RA 1L86A 2BQIA 1P46A 4DYGA 4PRQA 5KXXA 3TXKA 3GUIA 1LZEA 3IJVA 4TUNA 1QDRA 1L76A 1PZYA 144LA 1LZ9A 3SBAA 3HTGA 4YXAC 1LJEA 1WTMA 229LA 1IR9A 211LA 3HU9A 3CDTA 4XJFA 246LA 2I25L 1KNIA 1SX7A 1XEIA 4P2EA 3B0IA 1B7SA 4NSGA 172LA 1L37A 2G4PA 1LYDA 5KJ9A 1GFKA 2EIZC 1LGXA 1BVKC 1C6MA 2B7XA 3WULA 2OU9A 3OE6A 1KW7A 3A67Y 1L82A 147LA 3L2XA 1LW9A 1NWGA 1D3MA 3C7YA 1IC7Y 1NDGC 1IOTA 231LA 1AT5A 4LDLA 2AUBA 2YSSC 4DD2A 1DYBA 3AGGG 4XJGA 3HBDA 1IWTA 1OYUA 1L59A 2CGIA 1G0QA 220LA 1XGUC 1L89A 1L52A 1RE2A 1JUGA 2HULA 2XQOA 4HPIA 2HEFA 1LJGA 5KY1A 1WVUA 3HDEA 4N1EI 4B1AA 131LA 4AGAA 186LA 2CDSA 3A95A 5KXZA 3WU9A 1L53A 3A34A 1C6KA 3HTBA 1GEVA 1LSZA 3BKHA 1C63A 1HFXA 4XJBA 1FLWA 2W1XA 2DQIY 1OUCA 4I7QA 133LA 4J7VA 1JQUA 5LINA 1NKHA 1L24A 210LA 2H9JA 1V7SA 1D3FA 2MEDA 2BQAA 1L92A 1QT4A 4HV2A 1KIPC 1L79A 3DMZA 1XSFA 2CUUA 1DQJC 2B73A 1IWUA 5LIOA 4N9RA 5D5FA 240LA 178LA 248LA 2HU3A 2HEEA 1LKSA 239LA 1HSXA 3ATOA 1L18A 4ARJA 193LA 251LA 1TBYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IC5 Y;  234L A;  1QTK A;  4K5Y A;  1HC0 A;  4H9I A;  3WMK A;  4HJY A;  2HEA A;  3DNA A;  4I7L A;  5F9X A;  4DT3 A;  1IVM A;  1WQP A;  3FAD A;  3FI7 A;  2F32 A;  1EQ5 A;  3A6C Y;  5LVK A;  1LYE A;  4N8Z A;  192L A;  4WM5 A;  1L64 A;  1IO5 A;  3WU8 A;  161L A;  2L78 A;  3WXT A;  1GXV 2;  1C43 A;  1GB9 A;  4IAP A;  1LJJ A;  3ATN A;  3TXH A;  4CJ2 A;  3A92 A;  1IOS A;  2BQN A;  1L75 A;  1B5W A;  2YDG A;  1D2Y A;  1C45 A;  1GB6 A;  1DI3 A;  4J1B A;  3HT6 A;  1YL0 X;  3CDV A;  6LZM A;  1GE3 A;  5L3I A;  185L A;  1EQE A;  1LZC A;  4M6D A;  1GF6 A;  1ZWN A;  1FLU A;  1IP1 A;  1QT8 A;  4HP0 A;  5FEL A;  3W6E A;  4NHI A;  226L A;  1C08 C;  1WVV A;  1XGT C;  4W96 A;  1QTV A;  1I6S A;  5I5Q A;  8LYZ A;  2RB0 X;  1OUB A;  1HML A;  1L85 A;  223L A;  4AXT A;  1L71 A;  5C6J A;  1WTH A;  1QTE A;  2OEA X;  1LMN A;  1C10 A;  2D4I A;  4ANR A;  1VDQ A;  2Y8P A;  1T8F A;  4W55 A;  2A4T A;  2DBT A;  1G0M A;  1G0J A;  1LTM A;  1BB4 A;  4L41 A;  2O79 A;  1Z55 A;  4GCF A;  1IP3 A;  1YQV Y;  1JKB A;  3BKV A;  2BLX A; 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