1QSQA

Cavity creating mutation
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQAGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qsqA00
127LA 103LA 3HU9A 3QAKA 259LA 155LA 1ZYTA 237LA 1QT3A 1QTBA 1LYJA 126LA 1CUPA 1ZURA 109LA 1L45A 150LA 3HTBA 2ANXA 1C6QA 3FI5A 1L60A 1P3NA 187LA 2B6XA 1KY0A 131LA 1L28A 2RBPA 120LA 1G0KA 1P5CA 1OWYA 1SWZA 3C8QA 2ANVA 4W51A 3HDFA 1L58A 174LA 235LA 4EXMA 1DYCA 112LA 1L89A 1L42A 1L91A 2B70A 4PK0A 3CDRA 2LCBA 1P46A 1L04A 1LYIA 1L27A 1SSWA 2RB2X 3HTDA 1T8AA 2L78A 5I14A 4YXCA 3FA0A 4ARMA 192LA 128LA 1PQMA 3L64A 130LA 139LA 3NY9A 1DYEA 3ODUA 165LA 195LA 1DYBA 1OWZA 4OO9A 1L02A 4LDLA 4ARPA 251LA 4EPIA 198LA 3LZMA 1KNIA 218LA 196LA 3GUJA 1LI3A 1C64A 236LA 1L43A 1L55A 2B75A 110LA 1C6CA 1L25A 3G3XA 4GBRB 188LA 1T8FA 1L67A 2RAYX 1CX6A 1L97A 3K2RA 2B6YA 2QB0B 3SBBC 4LDOA 144LA 164LA 2HUKA 2LZMA 232LA 2OU0X 3G3WA 142LA 1QS9A 115LA 260LA 256LA 1G1VA 2OU8A 2OE7X 3HU8A 1L0JA 4E97A 1QSQA 253LA 1L03A 3HH5A 3GUOA 1L73A 3OE8A 1L32A 1WTHA 1C6GA 212LA 3HUAA 201LA 1LWGA 1LYDA 1XEPA 3HUKA 1C65A 1LPYA 1CV4A 1PQJA 205LA 215LA 4W57A 2Q9EA 129LA 169LA 4W56A 3C8SA 1C6BA 3DN8A 1L31A 255LA 3NY8A 1L26A 2F47A 1L46A 3C81A 1C6MA 1L38A 1OV7A 248LA 6LZMA 1L47A 257LA 1D2WA 3PDSA 122LA 3DN4A 3GUKA 1C6KA 1L71A 1QS5A 1L74A 1L75A 1L66A 1LGWA 3SBAA 1P7SA 1C63A 1C6LA 224LA 3HWLA 1CV6A 1PQKA 1PQOA 3V2WA 1CTWA 1L11A 167LA 1L17A 225LA 2OTYX 1L70A 1QTDA 3SB7A 1LI2A 2B6ZA 1L05A 249LA 1CU5A 1D3JA 1L80A 2CUUA 1L24A 1LYEA 2HUMA 1PQIA 1L76A 1SX7A 157LA 149LA 1L61A 1QSBA 1C62A 1L40A 4I7JA 2Z6BA 4DJHA 2RAZX 1L59A 1L37A 4I7SA 3F8VA 4W52A 159LA 170LA 4I7LA 4EKQA 197LA 211LA 1L53A 1LYHA 217LA 1QTVA 1G06A 230LA 183LA 2RBRA 3SB9A 162LA 206LA 4ARLA 1CV3A 2B72A 3SN6R 2A4TA 1G0PA 3EMLA 3HH3A 1L68A 1L06A 1QUGA 213LA 1L0KA 245LA 4ARQA 186LA 1L63A 1L85A 3HH4A 252LA 1LWKA 118LA 1CU6A 1D3FA 1L99A 3DMXA 3HT6A 250LA 1C68A 3C80A 220LA 3PBLA 1T6HA 2O79A 1JQUA 1QT5A 175LA 1P37A 148LE 181LA 2OE4X 1L94A 185LA 1L88A 3HT9A 1L95A 209LA 4YXAC 3CDTA 166LA 2RBQA 3L2XA 226LA 151LA 1QUHA 2Q9DA 4YX7C 1L29A 1L39A 1P6YA 1C69A 1KW5A 1QTHA 3CDVA 3C7YA 1G07A 146LA 1L00A 2B74A 3OE9A 1L86A 3VW7A 258LA 1L07A 5LZMA 1OV5A 1ZWNA 163LA 4K5YA 1L92A 1L30A 1L48A 4W58A 3RZEA 4I7PA 2RBOA 4LZMA 240LA 176LA 2QARC 1L69A 1XJUA 1G0QA 4IAPA 1C6TA 1QT4A 161LA 3HDEA 2NTGA 1L52A 2F2QA 1L01A 4I7KA 228LA 4EJ4A 1L93A 216LA 1CV1A 102LA 168LA 3SB5A 1D3NA 3C82A 1L10A 1L18A 4ARMB 104LA 1L49A 3C8RA 1OVJA 1L90A 3GUIA 1L64A 242LA 3HH6A 1C6AA 1D9WA 1L72A 3NYAA 2OU9A 4S0WA 1LI6A 1QT6A 1P56A 147LA 160LA 1L35A 1LYFA 1QTCA 238LA 246LA 3D4SA 3DN0A 3DN1A 4ARQB 1CVKA 2B73A 1C67A 1L44A 1OVKA 2F32A 4I7NA 1CU2A 1DYFA 1L82A 4EKPA 1QTZA 4W55A 4W53A 138LA 1L33A 1JTNA 4EKSA 3UONA 1SSYA 1CV5A 1L65A 3C7WA 2LC9A 231LA 3CDQA 3OE0A 1D2YA 1P2LA 3C83A 214LA 3HT7A 184LA 2B6WA 3OE6A 4DAJA 4AQNA 1L84A 1QUOA 1CU0A 4GRVA 125LA 1L36A 2IGCA 1QT7A 3GUMA 1C66A 1G0MA 1TLAA 1T97A 1C6DA 1QT8A 1OVHA 2NTHA 4I7QA 1CU3A 4I7TA 1NHBA 4W54A 140LA 3V2YA 4ARJA 1C60A 1LGUA 229LA 210LA 3DN2A 1LYGA 3GULA 2B7XA 1KW7A 2HULA 1L23A 1KY1A 2RB0X 3C7ZA 2OTZX 1C61A 3SB8A 3G3VA 1OYUA 1C6JA 114LA 1C6PA 1KS3A 1K28A 1D3MA 1L41A 3FADA 3RUNA 4LDEA 1L54A 244LA 152LA 1L98A 2OEAX 3SB6A 1C6EA 3GUPA 1SWYA 1P64A 156LA 1DYGA 3HT8A 1L62A 143LA 158LA 1G1WA 1P36A 4W59A 113LA 1T8GA 1C6FA 1L50A 1L81A 189LA 1DYAA 262LA 1L83A 3HUQA 1L22A 233LA 3HTFA 191LA 1L09A 4I7RA 171LA 4ZPUA 1L51A 2RBSA 241LA 1L79A 2O4WA 177LA 1L12A 4DKLA 1CUQA 111LA 182LA 1C6HA 1L13A 1EPYA 1L20A 123LA 2O7AA 173LA 108LA 1B6IA 1PQDA 227LA 190LA 1L08A 4I7MA 1C6NA 1G0JA 3DMVA 199LA 223LA 2B6TA 1L14A 3F9LA 1LW9A 3DNAA 1L15A 3JR6A 172LA 1LGXA 1XJTA 4EKRA 3DN3A 1I6SA 4I7OA 1L56A 1P2RA 1L16A 243LA 7LZMA 3HTGA 1L77A 219LA 1L34A 2RB1X 141LA 234LA 3DMZA 2RBNA 2RH1A 107LA 254LA 3GUNA 1CX7A 222LA 137LA 178LA 1G0LA 3DN6A 1C6IA 1CV0A 247LA 3CDOA 239LA 1LLHA 221LA 119LA 1L87A 1L96A 4EPFA 145LA 1G0GA 1JTMA 1L21A 200LA 1SX2A 1QUDA 1DYDA 3DKEX 4PJZA 2OE9X 180LA 1L19A 261LA 1L57A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
127LA 4R6CA 3HU9A 5I4YA 3A93A 155LA 1ALCA 1HFYA 1LJHA 5KXMA 1GF4A 1LMNA 1LYJA 1CUPA 1ZURA 7LYZA 150LA 3HTBA 1C10A 1L60A 1P3NA 187LA 2EPEA 1XGPC 2D4KA 5LAGA 1P5CA 1OWYA 3B0KA 2DQEY 4PRQA 3HDFA 4XJFA 1EL1A 3WUAA 112LA 1L89A 1HEPA 1P46A 135LA 1B2KA 3LYOA 4YXCA 128LA 2BQOA 1PQMA 4ET8A 2H5ZA 5LXWA 2BAAA 4OO9A 3N9EA 1NQIA 1LMCA 5C6LA 4B4IA 4EPIA 3T36A 1ZVHL 4H8ZA 4DQ5A 4NGLA 5LVHA 1OUIA 2B75A 1L25A 188LA 2IHLA 1T8FA 1XGUC 2B6YA 2QB0B 3SBBC 144LA 115LA 1B7LA 256LA 1IWXA 5B05A 2OU8A 4PJ2C 2B5ZA 1LHMA 3HU8A 1HF4A 5HMVA 1IWVA 5APDA 2BQAA 1A4VA 3HH5A 2EKSC 1KIPC 1OUEA 1L73A 1AT5A 1LZCA 1LWGA 4RW1A 1LYDA 1CV4A 4YM8A 5M1YA 215LA 1CKDA 3C8SA 1QTEA 4DD9A 255LA 1LSBA 4B49A 1OP9B 4H1PA 1OV7A 4LZTA 3B0OA 1FDLY 4NWHA 4ZEEA 1D2WA 3PDSA 1NDMC 5KJ9A 3DN4A 1C6KA 3IJVA 1QS5A 5KXKA 1CJ6A 4TSBA 3SBAA 4RLNA 1LCNA 1CV6A 4N8ZA 2ZWBA 4N1EI 1L11A 1L17A 225LA 3SB7A 1L05A 249LA 1CU5A 4H94A 1W6ZA 4GCCA 1I20A 4DDCA 1CNSA 3B6LA 1L76A 3P68A 149LA 4I7JA 1RCMA 1GFUA 5LYTA 1L59A 1IY4A 1IP2A 1ZMYL 3P66A 4GCEA 1LYHA 3CSRA 4WLXA 1QTVA 1G06A 230LA 1DI3A 1LHKA 3SN6R 2A4TA 1G0PA 2Z19A 3LYZA 1LMOA 1L06A 213LA 1LZBA 3T6UA 5LYZA 1YAPA 4TUNA 1CU6A 1D3FA 3TMWA 3D3DA 4NG8A 2A7FA 5HMJA 4WM1A 2O79A 1JQUA 1QT5A 1JISA 3A67Y 4O34A 1HELA 185LA 1BB4A 3HT9A 3M3UA 4W96A 209LA 4RW2A 4YXAC 1HC0A 5KY1A 3RZ4A 5FCPA 4LYMA 1NKHA 4DYGA 1LSEA 1H6MA 2Q9DA 1BQLY 1P6YA 1KW5A 4DD2A 1ZVYB 3J4GA 1INUA 3OE9A 1BWIA 163LA 1VDPA 2MEAA 2Y8PA 4W58A 1JSFA 2RBOA 3KAMA 4LYBA 3FI7A 4LZMA 1LZ8A 2QARC 1YAQA 1XJUA 3AJNA 1G0QA 1C6TA 5B59A 4GCDA 1L52A 1L01A 5LVIA 1WQQA 1XFPL 216LA 168LA 1L10A 1L18A 4H8XA 4WM4A 3QE8A 3GUIA 3LYTA 3OK0A 4WM5A 1L72A 3NYAA 1GB8A 1QT6A 147LA 1QTCA 246LA 4ARPA 1CVKA 1OUAA 1JJ0A 138LA 1BB5A 1SSYA 1L65A 3CDQA 4HV1A 4J1BA 1P2LA 1DI4A 2LZ2A 4U3XB 3HT7A 4DAJA 1EQ4A 1L84A 2I26L 4GRVA 125LA 3GUMA 2BQGA 1A2YC 1GF9A 3P64A 1LSYA 1IOCA 2HECA 1LPIA 5KXSA 2ZQ3A 1GF7A 194LA 2H9KA 1HNLA 4I7TA 5T3FA 4HPEA 4NSHA 4NGOA 1RI8B 2MEDA 2B7XA 1OUFA 4NG1A 2HULA 2OTZX 1C61A 4C5FA 1OYUA 1IP7A 1L41A 4WLYA 3WH1A 4LDEA 1L54A 1L98A 1G7LC 3GUPA 1DYGA 3HT8A 1L62A 143LA 1QUTA 4DD3A 2BQMA 1T8GA 1LHIA 189LA 3A8ZA 3HUQA 1VDQA 4M6DA 1L22A 2ZQ4A 2FYDA 1VFBC 3HTFA 2MEEA 2HEEA 4H9FA 3A90A 241LA 2O4WA 4Z46A 3A6CY 1LYYA 2MECA 5IHGA 2BLXA 1CUQA 1EPYA 2BQBA 3WU9A 4B1AA 1L20A 4ETEA 1HEQA 1LKSA 4DD1A 1B6IA 4OWAA 1L08A 1LYZA 3RNXA 3DNAA 1LZAA 3JR6A 5DL9A 1LYSA 4A7DA 1I6SA 1L56A 1MLCE 1D6PA 4BAPA 3TXEA 1NF5A 2Z2FA 2RB1X 1FLWA 1QTKA 3GUNA 1CX7A 3DN6A 4AXTA 4PRUA 221LA 4XJIA 2YBHA 1JKAA 5FSTA 3RW8A 1SX2A 1QUDA 4BS7A 1DYDA 1LAAA 1GFTA 1L57A 1YIKA 1UC0A 1JJ3A 1ZYTA 4DDAA 5KKIA 2HUBA 1B7SA 4NGZA 5KXXA 2Z2EA 1YKZX 4NGJA 1IWZA 1CJ7A 3CB7A 3AW7A 4H93A 2B6XA 1KY0A 1L28A 2DQGY 2PC2A 2X0AA 1GB7A 4CFOA 4YEOA 174LA 3WW6A 235LA 4EXMA 1LMTA 1DYCA 1B5ZA 2B70A 4PK0A 1XGQC 2LCBA 4FJRA 5DN5A 1L27A 1SSWA 3HTDA 2MEIA 3P65A 1T8AA 1B5YA 1LMPA 1YL0X 1GEVA 4B4EA 1WVUA 4WG7A 130LA 139LA 3ODUA 2YSSC 1C43A 3TXGA 1BWJA 251LA 4NHTA 198LA 4QDNA 4KXIA 9LYZA 1LI3A 1C64A 1J1XY 5C6IA 1VDSA 1L43A 1L55A 110LA 4FDYA 4OOTA 1JJ1A 4IJ4A 4G4CA 1L67A 3M18B 1LJ4A 5I54A 4LDOA 1LZ6A 1HMLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 127L A;  4R6C A;  3HU9 A;  5I4Y A;  3A93 A;  155L A;  1ALC A;  1HFY A;  1LJH A;  5KXM A;  1GF4 A;  1LMN A;  1LYJ A;  1CUP A;  1ZUR A;  7LYZ A;  150L A;  3HTB A;  1C10 A;  1L60 A;  1P3N A;  187L A;  2EPE A;  1XGP C;  2D4K A;  5LAG A;  1P5C A;  1OWY A;  3B0K A;  2DQE Y;  4PRQ A;  3HDF A;  4XJF A;  1EL1 A;  3WUA A;  112L A;  1L89 A;  1HEP A;  1P46 A;  135L A;  1B2K A;  3LYO A;  4YXC A;  128L A;  2BQO A;  1PQM A;  4ET8 A;  2H5Z A;  5LXW A;  2BAA A;  4OO9 A;  3N9E A;  1NQI A;  1LMC A;  5C6L A;  4B4I A;  4EPI A;  3T36 A;  1ZVH L;  4H8Z A;  4DQ5 A;  4NGL A;  5LVH A;  1OUI A;  2B75 A;  1L25 A;  188L A;  2IHL A;  1T8F A;  1XGU C;  2B6Y A;  2QB0 B;  3SBB C;  144L A;  115L A;  1B7L A;  256L A;  1IWX A;  5B05 A;  2OU8 A;  4PJ2 C;  2B5Z A;  1LHM A;  3HU8 A;  1HF4 A;  5HMV A;  1IWV A;  5APD A;  2BQA A;  1A4V A;  3HH5 A;  2EKS C;  1KIP C;  1OUE A;  1L73 A;  1AT5 A;  1LZC A;  1LWG A;  4RW1 A;  1LYD A;  1CV4 A;  4YM8 A;  5M1Y A;  215L A;  1CKD A;  3C8S A;  1QTE A;  4DD9 A;  255L A;  1LSB A;  4B49 A;  1OP9 B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 127L A;  4R6C A;  3HU9 A;  5I4Y A;  3A93 A;  155L A;  1ALC A;  1HFY A;  1LJH A;  5KXM A;  1GF4 A;  1LMN A;  1LYJ A;  1CUP A;  1ZUR A;  7LYZ A;  150L A;  3HTB A;  1C10 A;  1L60 A;  1P3N A;  187L A;  2EPE A;  1XGP C;  2D4K A;  5LAG A;  1P5C A;  1OWY A;  3B0K A;  2DQE Y;  4PRQ A;  3HDF A;  4XJF A;  1EL1 A;  3WUA A;  112L A;  1L89 A;  1HEP A;  1P46 A;  135L A;  1B2K A;  3LYO A;  4YXC A;  128L A;  2BQO A;  1PQM A;  4ET8 A;  2H5Z A;  5LXW A;  2BAA A;  4OO9 A;  3N9E A;  1NQI A;  1LMC A;  5C6L A;  4B4I A;  4EPI A;  3T36 A;  1ZVH L;  4H8Z A;  4DQ5 A;  4NGL A;  5LVH A;  1OUI A;  2B75 A;  1L25 A;  188L A;  2IHL A;  1T8F A;  1XGU C;  2B6Y A;  2QB0 B;  3SBB C;  144L A;  115L A;  1B7L A;  256L A;  1IWX A;  5B05 A;  2OU8 A;  4PJ2 C;  2B5Z A;  1LHM A;  3HU8 A;  1HF4 A;  5HMV A;  1IWV A;  5APD A;  2BQA A;  1A4V A;  3HH5 A;  2EKS C;  1KIP C;  1OUE A;  1L73 A;  1AT5 A;  1LZC A;  1LWG A;  4RW1 A;  1LYD A;  1CV4 A;  4YM8 A;  5M1Y A;  215L A;  1CKD A;  3C8S A;  1QTE A;  4DD9 A;  255L A;  1LSB A;  4B49 A;  1OP9 B; 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