1QT8A

T26h mutant of t4 lysozyme
Total Genus 59
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYHIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH4 (83-90)AH6 (108-113)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH2 (39-50)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Structural basis of the conversion of T4 lysozyme into a transglycosidase by reengineering the active site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (T4 LYSOZYME)
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-06-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qt8A00
4YX7C 104LA 1L48A 1CTWA 3DN2A 2Q9EA 1L82A 3C82A 1DYAA 1DYBA 1L16A 1L91A 1C65A 3CDQA 3SN6R 1L80A 1L66A 191LA 1L10A 1LGWA 196LA 146LA 3OE8A 3UONA 161LA 1C6TA 1L0JA 2B73A 2HUMA 1G0MA 258LA 2B6ZA 1P3NA 2B74A 4I7NA 1LI2A 1L39A 1C67A 178LA 254LA 1G06A 180LA 1L17A 2RH1A 1L19A 3HH5A 2B6XA 1L31A 1L67A 2RB1X 4GBRB 176LA 1QT3A 4OO9A 1QT5A 3V2YA 3NYAA 145LA 1QSBA 183LA 1ZWNA 215LA 3C8QA 4EPFA 1L0KA 252LA 1C61A 1L93A 1L07A 3HUAA 1SWYA 2NTHA 3OE6A 1T6HA 159LA 1L59A 1C6KA 4ARPA 1C6HA 4LDLA 224LA 3DN8A 1L03A 4EKSA 4S0WA 1L97A 1T97A 163LA 3D4SA 4PJZA 4DKLA 2QARC 3CDRA 3F8VA 1CX7A 4I7MA 228LA 1LGXA 4W53A 1QSQA 3HUQA 1L35A 1G0PA 1OV5A 1L75A 1L71A 1L43A 2RBQA 158LA 1C62A 189LA 3C80A 195LA 162LA 3DN1A 1QS9A 3NY9A 227LA 246LA 3DMVA 3RUNA 108LA 1QTZA 2ANXA 1P56A 1L86A 2OE9X 2RB2X 1L40A 3G3XA 1KW5A 3HH4A 7LZMA 1L90A 1L12A 230LA 261LA 237LA 3HUKA 4W54A 1L74A 1L24A 1CV4A 112LA 2ANVA 1QT4A 3F9LA 1OVHA 1XJUA 142LA 1LWGA 2HULA 3V2WA 3SBAA 123LA 216LA 187LA 1C6PA 1L60A 225LA 1C63A 2OU0X 2Q9DA 4ARLA 2LZMA 4I7PA 1L44A 251LA 137LA 205LA 1K28A 1WTHA 115LA 259LA 4LDEA 2RBSA 3GUKA 1LYGA 1L61A 3RZEA 4DAJA 1T8FA 173LA 211LA 3GUJA 160LA 1QT7A 1L92A 3SB8A 165LA 127LA 1L13A 3LZMA 3HTFA 1QS5A 3K2RA 4EXMA 3SB6A 1L95A 3HU9A 2OTZX 1C6GA 3QAKA 126LA 1SSYA 1LGUA 1L85A 199LA 1P7SA 4LDOA 3HDEA 1D2YA 3DN6A 139LA 3L2XA 1L72A 219LA 186LA 2O4WA 3CDTA 171LA 1LI3A 185LA 1T8GA 1C6JA 140LA 1LW9A 223LA 3SBBC 1L28A 1LYIA 1OWZA 4ARJA 2OU8A 3SB7A 1CV0A 1C6CA 120LA 1B6IA 234LA 155LA 1C6NA 177LA 3CDOA 1L29A 3GUMA 1L96A 3G3VA 239LA 1JQUA 1QTVA 4YXAC 1L94A 1P2LA 1PQDA 231LA 192LA 226LA 2LC9A 1QUGA 245LA 1L49A 222LA 1P5CA 1EPYA 2RBRA 3DMXA 1CUQA 3C83A 1L26A 1QT6A 220LA 170LA 122LA 1L34A 1C6EA 4W58A 255LA 3HT8A 1OV7A 1QTCA 1C64A 3HH3A 4I7TA 1L55A 1TLAA 1CV6A 3HDFA 3SB9A 1L83A 1L70A 1OVKA 1L65A 1L22A 1XEPA 2OE7X 4I7LA 1CU0A 2B70A 1L32A 1CU2A 2OEAX 4GRVA 1LLHA 3CDVA 149LA 1CV5A 1DYEA 1L01A 1L88A 243LA 262LA 2B75A 3OE9A 2RAZX 260LA 156LA 2L78A 1C68A 1ZURA 1LYHA 3HTGA 1DYDA 1L76A 1CU3A 1CV3A 1D2WA 4W55A 1L21A 1PQKA 1QTBA 212LA 4YXCA 147LA 1G0JA 229LA 1LYDA 4EKPA 1G0KA 169LA 1CU5A 2OU9A 1P36A 3FI5A 1C6LA 4I7RA 3HT6A 1QTDA 4ARQB 130LA 1L79A 131LA 217LA 2B7XA 4DJHA 1G0LA 256LA 4K5YA 113LA 1L68A 2F32A 1L00A 1L02A 1L37A 2RBPA 1KY0A 3HTBA 213LA 236LA 3C7WA 1L99A 1L23A 1CU6A 4EPIA 244LA 3JR6A 181LA 1P37A 2RAYX 141LA 128LA 1P46A 1KNIA 1SX7A 184LA 1D3MA 1L52A 1ZYTA 3GULA 241LA 190LA 4IAPA 3G3WA 1L51A 1LPYA 114LA 198LA 1L47A 1SSWA 1CUPA 1L56A 1L69A 2A4TA 1L46A 221LA 4EKRA 3HWLA 109LA 1T8AA 1L73A 3DN4A 249LA 1SX2A 1L62A 1L64A 4ZPUA 3C8SA 1L89A 209LA 129LA 1L18A 1L08A 197LA 151LA 1DYFA 257LA 1L04A 1L50A 4W56A 150LA 1C6QA 1CX6A 1L63A 1PQMA 3DNAA 167LA 4W51A 1L06A 4I7SA 1D3FA 2B6YA 3C8RA 3DMZA 1KS3A 1L27A 1CV1A 4LZMA 2RB0X 3HU8A 3PDSA 1PQIA 4I7QA 4ARQA 118LA 3GUPA 174LA 247LA 1L11A 1L38A 248LA 3GUOA 1G07A 102LA 3HTDA 143LA 3PBLA 1I6SA 1KY1A 3VW7A 1C6IA 1L45A 1L25A 200LA 2B72A 2Z6BA 240LA 1QUHA 3HT9A 1LYEA 1D3NA 1PQJA 2RBNA 111LA 1OYUA 1JTNA 214LA 4W57A 1D9WA 1C6DA 1CVKA 1DYCA 1L30A 1L53A 152LA 1LYJA 2O79A 3SB5A 110LA 3C7ZA 3DKEX 4PK0A 4E97A 107LA 1L09A 1SWZA 6LZMA 3DN3A 175LA 164LA 2CUUA 2QB0B 1L41A 3EMLA 172LA 233LA 1C60A 4ARMB 1L81A 235LA 1L57A 242LA 1C6AA 1QT8A 1L05A 1L33A 3DN0A 1G0QA 188LA 2B6TA 3L64A 2LCBA 1L98A 1QUDA 2F2QA 2NTGA 1L36A 4I7KA 1OWYA 1P6YA 1C6FA 201LA 182LA 1PQOA 2B6WA 5I14A 1LI6A 2O7AA 168LA 1L84A 232LA 4EJ4A 3OE0A 1C69A 3HT7A 144LA 1DYGA 3C7YA 3GUNA 1XJTA 4EKQA 1L15A 238LA 1P64A 1LWKA 210LA 1D3JA 119LA 1LYFA 103LA 125LA 1QTHA 253LA 5LZMA 218LA 4W59A 4W52A 4I7OA 2OTYX 1JTMA 1L54A 1QUOA 166LA 3C81A 4I7JA 1L20A 157LA 1G1WA 2OE4X 3NY8A 1C66A 1L14A 1P2RA 3FADA 3HH6A 2RBOA 148LE 3ODUA 1KW7A 3FA0A 1C6MA 138LA 250LA 1G0GA 2IGCA 1L87A 1NHBA 4AQNA 1L58A 1OVJA 206LA 2HUKA 1C6BA 4ARMA 3GUIA 2F47A 1L42A 1L77A 1G1VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L48A 3W6CA 1YROA 1L82A 2CWIA 3ATOA 1GDXA 4H9CA 2BQFA 1L66A 191LA 196LA 3A94A 3UONA 1ZVYB 4NEBA 4TX7A 1LJHA 1G0MA 2B6ZA 2XBSA 1OP9B 3LZTA 1GF5A 1IP1A 207LA 4ZEEA 3CT5A 2RH1A 1T6VL 2B6XA 1L31A 1L67A 2DQIY 1XGPC 4OO9A 4YEMA 3V2YA 3NYAA 2DQAA 4NFVA 1HC0A 1WQRA 4XJGA 1T6HA 3TMUA 5FDJA 224LA 1YL0X 193LA 1T97A 1BB3A 4DKLA 2QARC 4N0JA 4HPEA 3HUQA 3TXGA 1GPQC 1WTNA 4NG8A 1L35A 3W6BA 3N9CA 3TXDA 3W6EA 1LSGA 2RBQA 1C62A 1JIYA 3DN1A 2W1XA 246LA 1C10A 1QTZA 2ANXA 1OQMA 1KW5A 2ZNWY 261LA 4LT0A 3AZ6A 1IEEA 3WUNA 112LA 4WLDA 4GCCA 4NHIA 1YQVY 5LAGA 1VDQA 4KPMA 1XGTC 4WL7A 216LA 1L60A 225LA 5JENB 4WL6A 4GCEA 5DL9A 1LYOA 1DPWA 1LZSA 1GE1A 3RZEA 3VWOA 1IO5A 211LA 3SB8A 165LA 3HTFA 3D9AC 3SB6A 5HNCA 3HU9A 1C6GA 1QQYA 1VAUA 3QAKA 1LZCA 1H6MA 1BGIA 4OOOA 199LA 1KXXA 4PRQA 186LA 1JEFA 3CDTA 1LI3A 3AYQA 1C6JA 3WL2A 4BADA 4NWEA 4ARJA 2OU8A 3SB7A 2ZQ3A 2DQFC 1AZFA 4LYZA 2D6BA 1L96A 3G3VA 1KIQC 2FBBA 239LA 1IY3A 1L94A 5LA5A 1P5CA 4AXTA 1EPYA 5KXNA 1UBZA 2RBRA 1CKHA 3DMXA 1WVVA 1CUQA 1LZ9A 1D0LA 4QY9A 3M18B 3G3BB 3A6BY 1L34A 1C6EA 2HU3A 2ZNXY 1V7SA 1JSEA 3HH3A 3WVYA 1JPOA 1TLAA 3HDFA 1L65A 2DQEY 5DN4A 1GFAA 1LLHA 4FDYA 1DYEA 1IX0A 1QTEA 1C68A 1OUCA 1LYHA 1CV3A 3RT5X 212LA 1LJFA 4YXCA 1GF0A 1LJGA 1YL1X 1AT6A 3A3QA 229LA 1P36A 1LZ5A 2H9KA 1C7PA 1L79A 3QNGA 1QTKA 4DJHA 4NSJA 256LA 4ETDA 2HUBA 113LA 4PRUA 4XJBA 1YKXX 4KXIA 1L02A 3T6UA 1L37A 2RBPA 3HTBA 4H9IA 1JUGA 213LA 3C7WA 1CJ8A 1EQEA 4H90A 4LYBA 1JJ0A 3W6DA 1B0DA 1LYSA 1QDTA 4QGZA 3GULA 4RLMA 4IAPA 3M3UA 1LPYA 2X0AA 1QIOA 198LA 2A4TA 1L46A 4D9ZA 3HWLA 5LVGA 135LA 1SX2A 4I0CA 1JKCA 2IHLA 4NWHA 4XJFA 129LA 3WU9A 3LYMA 1L08A 3TXBA 4XJDA 1XGRC 1FLQA 1PQMA 1QUTA 5APCA 3C8RA 3DMZA 1CV1A 3AGGG 3OJPA 3HU8A 4DD0A 3PDSA 4A7DA 5F81A 5B1GA 4MCKA 2Z18A 3PBLA 3WXTA 1DKJA 1L25A 4YENA 1QUHA 4J1BA 1LYEA 1D3NA 1LSBA 3AW7A 111LA 4CJ2A 5APEA 4RW1A 1JTNA 2HEAA 214LA 2NWDX 4W57A 1INUA 1HENA 1L30A 1CVKA 1JWRA 152LA 1LYJA 2O79A 1HEQA 4NSGA 3W6AA 4ETAA 175LA 2QB0B 3TXKA 3F6ZA 4WM1A 1GFHA 4ZFPA 1C60A 1T3PA 1F0WA 235LA 2XBRA 3A90A 1QT8A 1L05A 1OUAA 5F9UA 1L33A 3DN0A 3LYTA 1G0QA 188LA 2BQDA 1L98A 1QUDA 2H9JA 2NTGA 3CSZA 4OW1A 1LSPA 201LA 1B5YA 2MECA 1LI6A 4WLTA 1HFZA 3OE0A 4WM5A 1IP7A 1GB3A 238LA 2ZQ4A 134LA 1D3JA 119LA 103LA 125LA 1J1OY 4I7OA 1FLYA 3LZ2A 1IOSA 1QDRA 1EL1A 4J1AA 3RU5A 4Z41A 1GFRA 2YBHA 4H94A 4DYGA 1HFXA 4ETCA 1G1WA 1AKIA 1CKDA 3AGIA 4BAPA 1GXXA 1FN5A 2RBOA 1KW7A 4J0LA 2XJWA 1IIZA 2MEBA 3FA0A 250LA 1G0GA 1L87A 1NHBA 1L58A 4NHQA 206LA 2HUKA 7LYZA 3GUIA 2F47A 1BWHA 154LA 4YX7C 1JTTL 2HEFA 3C82A 3SN6R 3WUAA 1UC0A 1NBYC 1LGWA 1C6TA 1L0JA 2HUMA 1LMCA 258LA 4N8ZA 1LMAA 5B06A 4DD9A 1JSFA 1HNLA 1UIAA 2B74A 4WM3A 5LVJA 5IHGA 1REXA 1L19A 1GF4A 1PS5A 2RB1X 176LA 1QT3A 1QT5A 4IASA 1DZBX 4LYMA 2BQAA 1LMPA 215LA 4EPFA 2W1MA 4CHXA 1B5UA 5HMVA 1L07A 3HUAA 4R6CA 1GAYA 2NTHA 4B4IA 1C6KA 1IORA 1C6HA 1ZVHL 4HJVA 4S0WA 1GB7A 163LA 1YAOA 5KXPA 1LHMA 4I7MA 1LGXA 6LYZA 1YAQA 5EBHA 5HMJA 1L71A 1L43A 5FCPA 4IJ4A 3AJNA 4AGAA 1GE2A 2RB2X 4M6DA 1JKAA 1VDSA 4RLNA 4H9FA 7LZMA 230LA 1L24A 1GE0A 1LTMA 1OVHA 1UIDA 4ZIXA 1IC7Y 3V2WA 187LA 1C6PA 1NHEA 4BAFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L48 A;  3W6C A;  1YRO A;  1L82 A;  2CWI A;  3ATO A;  1GDX A;  4H9C A;  2BQF A;  1L66 A;  191L A;  196L A;  3A94 A;  3UON A;  1ZVY B;  4NEB A;  4TX7 A;  1LJH A;  1G0M A;  2B6Z A;  2XBS A;  1OP9 B;  3LZT A;  1GF5 A;  1IP1 A;  207L A;  4ZEE A;  3CT5 A;  2RH1 A;  1T6V L;  2B6X A;  1L31 A;  1L67 A;  2DQI Y;  1XGP C;  4OO9 A;  4YEM A;  3V2Y A;  3NYA A;  2DQA A;  4NFV A;  1HC0 A;  1WQR A;  4XJG A;  1T6H A;  3TMU A;  5FDJ A;  224L A;  1YL0 X;  193L A;  1T97 A;  1BB3 A;  4DKL A;  2QAR C;  4N0J A;  4HPE A;  3HUQ A;  3TXG A;  1GPQ C;  1WTN A;  4NG8 A;  1L35 A;  3W6B A;  3N9C A;  3TXD A;  3W6E A;  1LSG A;  2RBQ A;  1C62 A;  1JIY A;  3DN1 A;  2W1X A;  246L A;  1C10 A;  1QTZ A;  2ANX A;  1OQM A;  1KW5 A;  2ZNW Y;  261L A;  4LT0 A;  3AZ6 A;  1IEE A;  3WUN A;  112L A;  4WLD A;  4GCC A;  4NHI A;  1YQV Y;  5LAG A;  1VDQ A;  4KPM A;  1XGT C;  4WL7 A;  216L A;  1L60 A;  225L A;  5JEN B;  4WL6 A;  4GCE A;  5DL9 A;  1LYO A;  1DPW A;  1LZS A;  1GE1 A;  3RZE A;  3VWO A;  1IO5 A;  211L A;  3SB8 A;  165L A;  3HTF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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