1QTDA

The introduction of strain and its effects on the structure and stability of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEWAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The introduction of strain and its effects on the structure and stability of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qtdA00
2B6YA 1L19A 2O4WA 1L53A 1CV6A 3RZEA 4ARQA 168LA 198LA 123LA 1C6IA 205LA 211LA 178LA 1L03A 1P56A 4EKQA 3EMLA 4YXAC 1SX2A 1L36A 1L57A 200LA 1LYJA 1L65A 1L52A 1L94A 3DN1A 255LA 248LA 3C82A 4W54A 3DKEX 3SB8A 259LA 4EJ4A 221LA 3C8QA 1C60A 2A4TA 102LA 1L63A 1SSYA 1LI2A 4IAPA 1KS3A 4I7NA 108LA 3HH3A 2QARC 174LA 109LA 2RAYX 195LA 4W55A 197LA 4W59A 3GUNA 173LA 1L08A 228LA 4ARJA 3SN6R 251LA 1P36A 128LA 1SWZA 138LA 1CX6A 1P5CA 256LA 1L27A 1L38A 3HU8A 3DN3A 2OE7X 169LA 1QT8A 1C61A 206LA 3DN8A 1G0GA 1LYHA 1OV7A 1L0KA 1L17A 1L33A 258LA 1LYIA 1L31A 4ARQB 149LA 2L78A 1PQKA 1KNIA 1L24A 189LA 2B70A 2RBQA 1KW5A 2OEAX 234LA 182LA 172LA 3RUNA 1JTMA 2B74A 167LA 1CU6A 1L25A 1C6GA 4LZMA 4DAJA 1C69A 3DN0A 2B7XA 1L10A 1CU2A 1T8GA 1DYEA 1P2LA 3HTFA 4EKRA 4ZPUA 4E97A 4EXMA 1L21A 2OTYX 2OTZX 1CU3A 3SB5A 1G0PA 1PQDA 4ARPA 1C6PA 1L64A 5I14A 1OWZA 3SBAA 1QT4A 3CDOA 1L32A 1QS9A 252LA 3DMZA 1L45A 2OU9A 229LA 4EKSA 1CTWA 2O7AA 2RBRA 1L79A 1L47A 4I7OA 1L69A 1L00A 3GUKA 110LA 151LA 3JR6A 247LA 4DKLA 1QT6A 177LA 1OWYA 3C80A 4YXCA 1L46A 3HTDA 150LA 4LDLA 2Z6BA 1L40A 1LPYA 4PK0A 1L49A 192LA 3PBLA 129LA 3OE8A 3C8SA 181LA 1CV1A 1L70A 183LA 130LA 1L83A 163LA 118LA 1L28A 2OE4X 1TLAA 119LA 4I7QA 1C6MA 1C6BA 3SB7A 1G0KA 1XJTA 4I7SA 1L59A 209LA 1SX7A 3GUMA 3DMXA 199LA 1CV5A 4I7LA 1L62A 1QSBA 1C6QA 1L77A 125LA 1L51A 1L96A 1L86A 1L81A 1CUQA 3HDFA 260LA 1LWGA 1C6KA 243LA 1D9WA 7LZMA 114LA 1G0QA 1LYGA 1L09A 1L39A 152LA 242LA 3L64A 1QSQA 2OE9X 1ZWNA 1OVJA 4ARMA 1QTBA 1DYFA 2LCBA 1L58A 1L05A 1DYDA 1L89A 2RBPA 261LA 1L87A 253LA 6LZMA 3HTGA 5LZMA 230LA 1ZYTA 1D3MA 1DYGA 3HUKA 2F32A 3HT7A 1CUPA 3D4SA 1C6LA 1P6YA 1C64A 1L66A 1LI6A 1P2RA 2B6TA 1NHBA 185LA 1L29A 3UONA 254LA 1L95A 218LA 3GUOA 1C68A 3HUAA 3SBBC 4GBRB 2RBOA 1CX7A 3C8RA 1C6TA 1D2YA 1G0LA 1L90A 232LA 3V2WA 1L42A 4AQNA 2F2QA 3FADA 1D2WA 2B75A 1LYDA 4I7KA 1OYUA 210LA 1QS5A 1QTDA 2B6WA 1L11A 2HUKA 1C6HA 1CU5A 4ARMB 3C7YA 1B6IA 1SSWA 3V2YA 1QT3A 1L61A 3PDSA 1L80A 1I6SA 3NY8A 3OE6A 1P64A 1L44A 3FA0A 1L60A 1LYFA 1PQOA 222LA 1C65A 233LA 1CV0A 244LA 239LA 146LA 2B6ZA 4GRVA 1PQMA 1P7SA 155LA 3GUJA 122LA 2ANXA 4I7MA 3CDQA 1LW9A 4K5YA 1G06A 1LGWA 1T8AA 1QUHA 1L54A 4W57A 170LA 3GUPA 231LA 1L75A 1L16A 3G3VA 1C6EA 1QUGA 1XJUA 1T6HA 3NYAA 4LDOA 1L99A 142LA 1L02A 1C6JA 257LA 1DYBA 2Q9EA 113LA 2QB0B 1L72A 166LA 1G07A 1L82A 3OE0A 235LA 1JQUA 237LA 2HULA 245LA 238LA 107LA 111LA 3QAKA 157LA 1DYCA 3CDRA 1P37A 3HT9A 1QTHA 1C6DA 1JTNA 1L18A 3DN2A 3ODUA 160LA 1DYAA 1L37A 246LA 1QT5A 3C7WA 4LDEA 1LI3A 1L20A 3VW7A 3DMVA 1C67A 1XEPA 1SWYA 3C81A 4OO9A 1P46A 4W56A 1L04A 4W58A 3DN4A 1EPYA 3HWLA 161LA 1G1VA 176LA 1OVHA 165LA 1L23A 184LA 3DNAA 1QUDA 1C6CA 1L56A 143LA 2RB2X 3F8VA 241LA 1L93A 249LA 3GULA 3HUQA 2O79A 148LE 1L30A 3F9LA 159LA 3K2RA 3C83A 2Q9DA 216LA 1L68A 2RH1A 1LWKA 1OV5A 127LA 4W53A 1K28A 215LA 201LA 1LYEA 1C63A 1LGUA 1G1WA 144LA 1L0JA 2LC9A 1KY0A 3DN6A 1L15A 225LA 1KY1A 226LA 1G0MA 1C6FA 115LA 1L35A 1C6AA 1ZURA 196LA 1L71A 2RB1X 2RBSA 1L67A 145LA 3SB9A 141LA 137LA 1L48A 214LA 190LA 1L74A 4PJZA 1D3NA 3OE9A 3CDVA 1L43A 4S0WA 4W52A 180LA 126LA 2NTHA 3HTBA 236LA 250LA 3G3XA 1L85A 4EPIA 3FI5A 2LZMA 1L14A 1L84A 262LA 1WTHA 2RBNA 1QUOA 3HDEA 223LA 158LA 1L41A 112LA 1PQJA 4ARLA 171LA 3HH6A 2IGCA 2ANVA 4I7RA 1CVKA 4I7TA 3HH5A 4EPFA 1L06A 3HT8A 1L98A 4I7JA 1T97A 1L91A 3HT6A 1C6NA 2RAZX 240LA 140LA 1CV4A 2OU0X 139LA 1OVKA 1L07A 4DJHA 1L13A 1L76A 2B6XA 4I7PA 191LA 162LA 2OU8A 120LA 3HH4A 1KW7A 4W51A 186LA 217LA 2RB0X 227LA 1LGXA 1PQIA 220LA 1L55A 1L50A 2F47A 1G0JA 1L88A 2HUMA 2CUUA 3HU9A 3CDTA 103LA 1D3JA 1L12A 3NY9A 212LA 1QTZA 1LLHA 219LA 1L26A 147LA 224LA 3SB6A 1L01A 164LA 1L22A 1T8FA 2NTGA 3L2XA 1QTVA 1C66A 2B73A 4YX7C 1CU0A 175LA 104LA 3LZMA 3C7ZA 213LA 1CV3A 131LA 1L97A 187LA 1QT7A 188LA 4EKPA 2B72A 1QTCA 1L92A 1C62A 3GUIA 1D3FA 1P3NA 156LA 1L73A 1L34A 3G3WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CSZA 1CV6A 1GWDA 4ARQA 168LA 198LA 211LA 1P56A 5L3HA 2HEDA 4DT3A 4A7DA 200LA 1G7IC 1B5UA 2LZTA 3OK0A 3C82A 1OUDA 1XGRC 5C6LA 1JWRA 259LA 3C8QA 1C60A 1KXYA 4NGOA 1C43A 1SSYA 4OWHA 1KS3A 1GBYA 4CFOA 5KXRA 1LMQA 4NGYA 2ZQ3A 4OW1A 4W55A 1BVKC 4NSJA 4TSBA 4DD1A 1ZVHL 1WQRA 5A3ZA 2Z19A 1L38A 3DN3A 1YQVY 1LSZA 4WG7A 5KXKA 3WYHA 1B5ZA 1LHMA 1LJEA 4WMGA 4LYTA 5FELA 1LMCA 4AGAA 2L78A 1PQKA 2Z18A 1NKHA 1DI4A 1UIBA 3IJVA 1T6VL 1B7OA 1CU2A 1P2LA 2BQEA 4ZPUA 4DQ5A 5KXTA 1L21A 1RFPA 4NSGA 4J0LA 1CU3A 5AMYA 1G0PA 4XN6A 4UWVA 3WU8A 3SBAA 1QT4A 1GF5A 3ATNA 1JHLA 1LZYA 229LA 1LYSA 2RBRA 4I7OA 1GB2A 1LSNA 4G4CA 4BAPA 4NGLA 1XEKA 2EQLA 3JR6A 1GFRA 1HFXA 1JJ3A 4LDLA 1LSEA 4NY5A 1JPOA 4LZTA 4PK0A 4WM6A 1W08A 5LAFA 1XEIA 183LA 2BQFA 4H1PA 1LZAA 2XBSA 2DQEY 5KXPA 119LA 2W1YA 4I7QA 1C6BA 3SB7A 1G0KA 4NHSA 4HV1A 3WW5A 3CT0A 1GFJA 3WU7A 125LA 2MECA 3HDFA 1GPQC 1B5VA 4DDBA 2DQJY 1Z55A 1L39A 1VDPA 1QSQA 1VDSA 4ARMA 3EMSA 2LCBA 1JJ1A 2W1MA 1L89A 2RBPA 3ZVQA 5LYZA 3CSQA 3TXHA 1BWJA 3HTGA 2I26L 1ZYTA 2LYMA 4U3XB 1D3MA 1QDRA 1LZTA 4G4HA 5HLLA 1IOQA 5B05A 1JSFA 1N4FA 1C64A 4XADA 3WXUA 1A4VA 4PRUA 1LMPA 207LA 1KIRC 218LA 3GUOA 4XJBA 1CNSA 4I0CA 1GFGA 3LZ2A 2BLYA 1G0LA 1NDGC 5LVIA 1GDXA 2AUBA 1GBOA 1L42A 4AQNA 4H8XA 2YDGA 2F2QA 3QNGA 3CT5A 5FCPA 5HNLA 1OYUA 1DXJA 1XFPL 4YOPA 3WUNA 1L11A 1GF9A 5C6JA 3VWOA 1SSWA 4GCBA 1LSGA 2BQBA 1LJ4A 1OUGA 4NWEA 1I6SA 1P64A 1L44A 4B1AA 1PQOA 1LYFA 3WPKA 4YM8A 1CKGA 4OWBA 239LA 4HPEA 146LA 4GRVA 4XJFA 3TMUA 3AZ5A 1JEFA 5B07A 3QY4A 122LA 3A96A 5KKJA 3CDQA 208LA 1LSAA 2HTXA 1F6RA 3GUPA 1L75A 3G3VA 4LDOA 1LJHA 1L99A 1C6JA 2QB0B 166LA 1G07A 3OE0A 237LA 245LA 1HNLA 2MEIA 1OUCA 111LA 4KT3A 1OUFA 3AGGG 4J1BA 1L18A 1JTPL 160LA 1DYAA 1W6ZA 1GFAA 1LI3A 1UC0A 2Q0MX 1NF5A 2B5ZA 4H9HA 4PGJB 1GXV2 2DQCY 1OVHA 3F6ZA 4N1EI 3TXGA 4WLTA 5APEA 1H87A 2HEAA 2MEEA 4BAFA 5KXOA 1JTTL 3HUQA 5KXZA 1LZ5A 4LFXA 3A6BY 1REZA 4J7VA 127LA 4W53A 2I25L 201LA 1C63A 5DLAA 1LGUA 4KPMA 144LA 1LPIA 1YAPA 2FYDA 3DN6A 1CKDA 4H92A 3WPJA 115LA 1L71A 2BQDA 2RB1X 1L67A 2RBSA 5EBHA 1YROA 4ETBA 190LA 2DQFC 1L74A 4RW2A 1C45A 1L43A 4B4IA 126LA 3G3XA 4Z98A 1L85A 3A90A 3HDEA 4NHQA 223LA 1B7RA 4MR1A 2W1XA 4ARLA 1IR7A 3HH6A 1CVKA 3QE8A 1XGPC 5LVKA 4OWAA 1CV4A 4N8ZA 3CQLA 1L07A 1L13A 191LA 5LAGA 1GB3A 3A93A 4NWHA 2OU8A 4I8SA 4GCDA 3ZEKA 1KW7A 186LA 2RB0X 4N9RA 220LA 1RI8B 3EO5A 4WG1A 1L88A 2HUMA 3HU9A 1KIQC 4XJHA 1QSAA 4WO9A 4DC4A 3NY9A 4H9BA 3ATOA 1LZ9A 1L26A 3IWRA 1IC7Y 164LA 2IHLA 3L2XA 1QTVA 2B73A 4YX7C 2FYCA 1B9OA 3AJNA 3B6LA 5J7CA 3OJPA 3LZMA 4QGZA 131LA 1LZDA 2BQAA 187LA 1QT7A 2B72A 1C62A 1GB5A 4XJDA 1P3NA 2A7DA 205LA 1I20A 4LYOA 3WH1A 1XGTC 1L19A 4H93A 1L53A 3RZEA 3TXEA 1YKYX 1L03A 1WTMA 1GHLA 4BADA 4YXAC 1SX2A 4BS7A 1WVUA 1L65A 4WL6A 4GN4A 3LZTA 3HFMY 4W54A 3DKEX 3SB8A 153LA 1QSWA 1UIDA 2BQOA 4N5RA 5KXSA 108LA 1GFUA 3GUNA 228LA 1L08A 4ARJA 128LA 1SWZA 1B0DA 1ZV5L 1CX6A 1HENA 3WPLA 1L27A 1LCNA 1YANA 1LOZA 1JIYA 1LZBA 169LA 1OUJA 3DN8A 5HNCA 1L17A 258LA 1LYIA 1L31A 1FDLY 1KNIA 189LA 2B70A 2Z37A 1KW5A 2OEAX 3RUNA 1JTMA 4TUNA 1HF4A 1WQMA 1CU6A 1NHEA 1C6GA 1LZNA 4LZMA 3DN0A 2B7XA 4TWSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CSZ A;  1CV6 A;  1GWD A;  4ARQ A;  168L A;  198L A;  211L A;  1P56 A;  5L3H A;  2HED A;  4DT3 A;  4A7D A;  200L A;  1G7I C;  1B5U A;  2LZT A;  3OK0 A;  3C82 A;  1OUD A;  1XGR C;  5C6L A;  1JWR A;  259L A;  3C8Q A;  1C60 A;  1KXY A;  4NGO A;  1C43 A;  1SSY A;  4OWH A;  1KS3 A;  1GBY A;  4CFO A;  5KXR A;  1LMQ A;  4NGY A;  2ZQ3 A;  4OW1 A;  4W55 A;  1BVK C;  4NSJ A;  4TSB A;  4DD1 A;  1ZVH L;  1WQR A;  5A3Z A;  2Z19 A;  1L38 A;  3DN3 A;  1YQV Y;  1LSZ A;  4WG7 A;  5KXK A;  3WYH A;  1B5Z A;  1LHM A;  1LJE A;  4WMG A;  4LYT A;  5FEL A;  1LMC A;  4AGA A;  2L78 A;  1PQK A;  2Z18 A;  1NKH A;  1DI4 A;  1UIB A;  3IJV A;  1T6V L;  1B7O A;  1CU2 A;  1P2L A;  2BQE A;  4ZPU A;  4DQ5 A;  5KXT A;  1L21 A;  1RFP A;  4NSG A;  4J0L A;  1CU3 A;  5AMY A;  1G0P A;  4XN6 A;  4UWV A;  3WU8 A;  3SBA A;  1QT4 A;  1GF5 A;  3ATN A;  1JHL A;  1LZY A;  229L A;  1LYS A;  2RBR A;  4I7O A;  1GB2 A;  1LSN A;  4G4C A;  4BAP A;  4NGL A;  1XEK A;  2EQL A;  3JR6 A;  1GFR A;  1HFX A;  1JJ3 A;  4LDL A;  1LSE A;  4NY5 A;  1JPO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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