1QTDA

The introduction of strain and its effects on the structure and stability of t4 lysozyme
Total Genus 58
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEWAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH4 (83-90)AH6 (108-112)AH7 (115-123)TIV3 (125-128)AH10 (143-155)TI2 (112-115)AH8 (128-134)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title The introduction of strain and its effects on the structure and stability of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qtdA00
1QT3A 1L55A 4I7QA 212LA 1DYBA 1L13A 4W53A 1L19A 1CV5A 1CVKA 5LZMA 3SN6R 1PQJA 232LA 1L69A 1P6YA 4GBRB 1L82A 4W58A 182LA 3JR6A 1CV0A 1C6NA 1NHBA 2LC9A 113LA 1L08A 1L26A 3CDRA 195LA 190LA 1KY1A 3UONA 3L2XA 152LA 1L84A 170LA 1L20A 1L54A 1L68A 2L78A 2QB0B 2ANVA 3GUKA 125LA 1LYHA 1C66A 1C67A 1G1WA 3SBAA 211LA 1L36A 149LA 1L34A 1CV6A 2B6TA 3D4SA 4EPIA 1L48A 258LA 1OWZA 1CU3A 236LA 1CV1A 1C6PA 2B70A 4ARQB 241LA 1QUGA 1CX6A 122LA 1L80A 231LA 1L22A 3OE9A 4S0WA 1LWKA 3PDSA 142LA 251LA 1L41A 4K5YA 1L04A 3FI5A 1L12A 4ARMB 1L74A 1P64A 1G06A 2O7AA 3OE0A 1B6IA 3DN8A 4YX7C 2RBRA 115LA 1C62A 1L21A 1T8AA 237LA 4I7JA 1QTBA 1L72A 2B75A 177LA 229LA 250LA 261LA 148LE 7LZMA 3F8VA 1L29A 1OV5A 2Q9DA 1L60A 239LA 3SB9A 1C6LA 1L27A 137LA 4ARLA 4LDOA 2B74A 3GUMA 118LA 1C6KA 4EXMA 255LA 1C6BA 2RBQA 6LZMA 1L16A 3HH5A 1QTHA 1G0QA 3V2WA 206LA 2IGCA 3DN4A 3GUJA 184LA 1QUHA 2O4WA 4OO9A 1L81A 1L39A 240LA 1L46A 213LA 4EKPA 1QTCA 1L70A 3HUAA 197LA 2RAZX 1L37A 1QS9A 196LA 1DYDA 1L95A 243LA 1QT7A 1L66A 1DYCA 1P56A 1SX2A 2OE7X 1LYEA 3L64A 3DN1A 1L67A 1L85A 1OVJA 1P2RA 1G0PA 139LA 2OTYX 3HT9A 3G3XA 1L03A 1P5CA 3FA0A 3NYAA 3V2YA 256LA 188LA 2RB1X 3VW7A 180LA 1L40A 4W55A 162LA 1LGWA 175LA 1K28A 4W51A 1CU0A 233LA 1L64A 1L43A 3G3VA 2QARC 3C82A 4I7MA 2F32A 247LA 3DN0A 1P36A 143LA 176LA 3DN3A 3SB7A 1L30A 3HDEA 3C80A 1QT4A 1L38A 3HTBA 166LA 249LA 1KY0A 1L49A 2RBPA 1C6FA 174LA 1L75A 129LA 3C7ZA 3C8SA 3GUIA 3CDOA 147LA 1QT8A 3HH4A 252LA 4ARQA 225LA 210LA 3HUQA 3SB6A 1OYUA 1T8GA 242LA 1SWZA 2Z6BA 123LA 178LA 1C65A 4ARMA 226LA 1LYJA 165LA 1PQKA 1T8FA 1C6TA 2B6XA 3GUNA 1OV7A 260LA 1G1VA 1L0JA 4EKQA 1JTMA 155LA 1LPYA 1L89A 3HT6A 1G0LA 221LA 1L98A 130LA 1XJTA 1TLAA 1KW7A 171LA 2F47A 215LA 1C6QA 3SB8A 1G0KA 1L00A 3HT8A 1L63A 108LA 1LYFA 1XJUA 3DMVA 4YXCA 3PBLA 157LA 1L42A 1L91A 238LA 1L59A 219LA 4I7RA 259LA 1L87A 1L17A 4I7PA 1L61A 3DKEX 1L65A 1QUDA 4W59A 4I7NA 1L90A 1L24A 4IAPA 3C8QA 1C6DA 1QTVA 128LA 4EJ4A 168LA 1G07A 1L62A 1LI2A 4I7OA 199LA 1L94A 216LA 3GUOA 1L71A 1P2LA 1OVKA 222LA 3ODUA 1QT5A 201LA 1L73A 1WTHA 3OE8A 1C6IA 253LA 3C7WA 1C6JA 4I7KA 248LA 1L92A 3FADA 3HTFA 1SWYA 146LA 150LA 141LA 1D2YA 2HULA 1D9WA 1LLHA 119LA 2NTHA 1CU5A 1D3MA 3GULA 4W57A 1LYDA 1G0GA 1L96A 1I6SA 1LWGA 159LA 1L11A 1DYFA 1L56A 2B6YA 1LGXA 3CDVA 2RBSA 4LZMA 1P46A 1C61A 1CV4A 1OWYA 126LA 1C64A 1SSYA 3HU8A 1D3JA 1L52A 2OU9A 2OE4X 3HH3A 2O79A 104LA 2B72A 3F9LA 151LA 163LA 1L88A 3DMZA 3RUNA 2RB0X 2HUKA 3C83A 1DYAA 1C6CA 1T97A 2LZMA 191LA 1L33A 1LW9A 1PQIA 3DMXA 1JQUA 220LA 1C60A 1CU6A 164LA 1L83A 2RBNA 2CUUA 1L99A 2OU8A 2RBOA 1C63A 103LA 262LA 4ARPA 3C8RA 246LA 1LI3A 1CUQA 120LA 131LA 3SBBC 234LA 254LA 2OU0X 172LA 2A4TA 3NY8A 3DNAA 1QSQA 1L23A 1CUPA 114LA 3C7YA 1ZURA 1L51A 1P7SA 1C6EA 3HTGA 140LA 127LA 1L50A 4DKLA 4LDEA 1QT6A 4LDLA 3RZEA 4ZPUA 145LA 1C6GA 1D3NA 112LA 4W56A 1G0MA 189LA 2RH1A 1L05A 1L35A 228LA 1L18A 1C6AA 227LA 1P3NA 1QTDA 1L57A 1SX7A 1DYEA 245LA 1LYIA 200LA 2F2QA 2RAYX 4DAJA 3HU9A 2B73A 4EKSA 1QTZA 187LA 1L25A 1D3FA 2B6WA 1PQOA 161LA 181LA 1L76A 1JTNA 107LA 2NTGA 1L01A 192LA 1CX7A 2B6ZA 205LA 1CU2A 1L15A 2LCBA 1C6MA 4ARJA 4PJZA 1L86A 3HTDA 1QUOA 111LA 169LA 4E97A 2HUMA 167LA 102LA 3EMLA 1L32A 1EPYA 3CDTA 3NY9A 1OVHA 5I14A 160LA 1G0JA 257LA 3HT7A 2ANXA 235LA 1P37A 1L47A 3C81A 1L53A 2OEAX 3K2RA 3CDQA 3SB5A 1L06A 183LA 1L45A 1XEPA 209LA 186LA 1PQMA 1LI6A 3HUKA 2OTZX 3DN6A 1KW5A 1DYGA 144LA 1ZYTA 109LA 4AQNA 1T6HA 4I7SA 1L77A 1SSWA 1D2WA 218LA 3HH6A 1L44A 3HDFA 1CV3A 1QSBA 1C69A 1KNIA 224LA 1L10A 244LA 198LA 2RB2X 156LA 4EPFA 3HWLA 4I7LA 1C6HA 2OE9X 4DJHA 4W52A 2B7XA 185LA 1PQDA 3QAKA 4W54A 1CTWA 3OE6A 1C68A 1L28A 223LA 1L02A 3G3WA 4YXAC 1KS3A 1L14A 1L09A 217LA 4PK0A 1L07A 1L0KA 3LZMA 4EKRA 1L58A 1L79A 158LA 1L97A 1LGUA 1L93A 214LA 3DN2A 138LA 4I7TA 4GRVA 2Q9EA 1ZWNA 173LA 1QS5A 3GUPA 1L31A 230LA 1LYGA 110LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XGPC 4II8A 1H6MA 1L55A 4I7QA 4EOFA 5LAGA 1L19A 4DD3A 2IHLA 1CV5A 5LZMA 5IHGA 4HTKA 4DT3A 4ETAA 3TXEA 4H9AA 3JR6A 1BGIA 4FJRA 2ZYCA 1L26A 195LA 190LA 1LZDA 152LA 1L84A 1D0LA 170LA 1GEZA 1GBSA 1GE2A 3WH1A 4MSTA 1JJ1A 1NBYC 1LHHA 258LA 236LA 1LHMA 4G49A 4ARQB 122LA 4NGJA 1L80A 5LVKA 1LKSA 1LWKA 1LHJA 4K5YA 1FLYA 4OOTA 2O7AA 1C46A 3OE0A 1NDMC 1B6IA 4OWCA 1DXJA 5II3A 3EO5A 115LA 1C62A 4I7JA 5JENB 4H9HA 1NF5A 2B75A 177LA 1BVXA 229LA 1JTOL 1OUIA 3TXIA 1HF4A 1NWGA 1WTMA 4R6CA 3M18B 1UC0A 3WUNA 1L27A 4LDOA 3HFMY 1HEWA 5K7OA 2B74A 118LA 1IVMA 4EXMA 2RBQA 5I5QA 3LN2A 5L3HA 4CFOA 4A7DA 3TXKA 1HHLA 1FLWA 3WUAA 1MELL 4OO9A 1LMOA 193LA 1HFXA 1B7PA 1QQYA 2G4QA 1DYDA 1QT7A 1UIEA 4LT1A 5E4PA 1SX2A 2LYZA 3TXGA 1L67A 2OTYX 4J7VA 4B1AA 1UIDA 1J1PY 3V2YA 256LA 2RB1X 3VW7A 4FDYA 180LA 1L40A 1LGWA 1PZYA 1GD6A 1L64A 4OWHA 4TSBA 3C82A 4I7MA 247LA 1LPIA 4H8YA 5IDDA 1LMAA 4DQ5A 3HDEA 3C80A 4NGYA 1L38A 1GBOA 1LZ9A 166LA 4H94A 2EIZC 4YEOA 1LMTA 3WULA 1UIHA 2F2NA 4NSJA 1L75A 129LA 1JKBA 4WLXA 1IX0A 1F0WA 3P68A 5KXLA 3ULRA 3G3AB 1YKYX 3GXKA 4N0JA 4ARMA 165LA 4NWHA 1LHKA 260LA 1N4FA 1C10A 1VAUA 1WQMA 4WM5A 1AT5A 3W6BA 1UIBA 1L89A 1QSAA 1JITA 1FBIX 1YANA 1FLQA 2CGIA 2MECA 4HSFA 3SB8A 5I4WA 1YILA 1LSPA 4YXCA 3PBLA 5EBHA 2GV0A 2ZWBA 1LMPA 2HEEA 4W59A 4I7NA 2ZQ3A 4WOAA 2BQMA 4EJ4A 1C6DA 153LA 1BHZA 4WLDA 1L62A 1GE0A 216LA 3TXBA 3GUOA 1P2LA 4HTQA 5KKIA 4M4OA 5F81A 1L73A 1LCNA 3OE8A 4NGLA 1CKFA 146LA 2HTXA 1JISA 5HNLA 2HULA 194LA 4DD7A 4W94A 4J1AA 1GF9A 1ALCA 1B9OA 1LHIA 2X0AA 1LYDA 1UUZC 5HNCA 1L96A 1REYA 1I6SA 1L11A 5KXWA 2B6YA 2H9JA 3EBAB 4DWXA 1C61A 1CV4A 4NG8A 1SSYA 1D6QA 1GXV2 3HU8A 4PPOA 2ZYPA 2BQCA 2FBBA 2O79A 5FSTA 104LA 1L88A 3RUNA 4H9FA 2BQNA 2LZMA 1LW9A 2Z12A 164LA 1RI8B 2CUUA 2MEDA 2RBOA 3W6AA 2WARA 262LA 2ZNXY 4ARPA 246LA 1LI3A 1CUQA 1XGTC 1YQVY 234LA 2OU0X 3NY8A 172LA 4C5FA 114LA 3C7YA 1VEDA 4IATA 3WXTA 2YBJA 1GAZA 140LA 2Z38A 5C6JA 1JHLA 4LDEA 1HELA 1O23A 3WVYA 2BQFA 4LDLA 4ZPUA 145LA 1KIRC 4W56A 2RH1A 1L35A 1RFPA 227LA 1JPOA 5F14A 2AUBA 1F10A 1GF6A 3AGHA 1DYEA 1CJ6A 4DAJA 5KKJA 4Z41A 4TSCA 1OQMA 3HU9A 1XEJA 187LA 4RLNA 1LOZA 1PQOA 1JTNA 3BKHA 1OUEA 2YBIA 4WO6A 205LA 3AJNA 4OW1A 2LCBA 4ARJA 1LZAA 4DYGA 2HUMA 2HEDA 167LA 3EMLA 1L32A 1EPYA 5KXNA 3GXRA 257LA 2XTHA 133LA 2ANXA 1P37A 3OK0A 1WQPA 5LAFA 2OEAX 1I56A 3WXUA 1WQRA 2BQAA 1TCYA 186LA 3G3BB 1PQMA 4G4HA 1KW5A 5B06A 144LA 6LYTA 1GAYA 5A3ZA 1HC0A 1SSWA 4QEQA 3M3UA 1UICA 218LA 4NFVA 3HDFA 1CV3A 1C69A 1L10A 244LA 198LA 2RB2X 2W1XA 3TXHA 4CHXA 1PQDA 3OE6A 3ZVQA 4LZTA 5LYMA 1L14A 217LA 3AYQA 4WL6A 1QDTA 1CKDA 5F9UA 1L07A 1L0KA 1QTKA 1L97A 2BAAA 1LGUA 2DQFC 3DN2A 4I7TA 2Q9EA 1ZWNA 1D6PA 4J0LA 1L31A 1LYGA 1JJ0A 1DYBA 1L13A 1EQ4A 3A6CY 3SN6R 232LA 1B5WA 1L69A 1GBWA 2EQLA 2BQKA 1P6YA 3AGIA 4GBRB 4WM6A 4W58A 4QY9A 4YM8A 2C8OA 1GFGA 182LA 1REMA 3EMSA 113LA 3CDRA 2YDGA 1KY1A 1L68A 2L78A 2ANVA 3ZEKA 3WW5A 4G9SA 1BB7A 1C67A 5ILCA 4Z3MA 1LZRA 211LA 1L36A 6LYZA 3D4SA 4EPIA 1CU3A 1CV1A 2B70A 241LA 1QUGA 154LA 4WL7A 4S0WA 1HSXA 4XJDA 1RJCB 142LA 1L41A 5B1GA 1B7MA 1L74A 1G06A 4WLYA 3DN8A 4TWSA 3N9EA 4E3UA 2BLXA 1LZTA 2CJLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1XGP C;  4II8 A;  1H6M A;  1L55 A;  4I7Q A;  4EOF A;  5LAG A;  1L19 A;  4DD3 A;  2IHL A;  1CV5 A;  5LZM A;  5IHG A;  4HTK A;  4DT3 A;  4ETA A;  3TXE A;  4H9A A;  3JR6 A;  1BGI A;  4FJR A;  2ZYC A;  1L26 A;  195L A;  190L A;  1LZD A;  152L A;  1L84 A;  1D0L A;  170L A;  1GEZ A;  1GBS A;  1GE2 A;  3WH1 A;  4MST A;  1JJ1 A;  1NBY C;  1LHH A;  258L A;  236L A;  1LHM A;  4G49 A;  4ARQ B;  122L A;  4NGJ A;  1L80 A;  5LVK A;  1LKS A;  1LWK A;  1LHJ A;  4K5Y A;  1FLY A;  4OOT A;  2O7A A;  1C46 A;  3OE0 A;  1NDM C;  1B6I A;  4OWC A;  1DXJ A;  5II3 A;  3EO5 A;  115L A;  1C62 A;  4I7J A;  5JEN B;  4H9H A;  1NF5 A;  2B75 A;  177L A;  1BVX A;  229L A;  1JTO L;  1OUI A;  3TXI A;  1HF4 A;  1NWG A;  1WTM A;  4R6C A;  3M18 B;  1UC0 A;  3WUN A;  1L27 A;  4LDO A;  3HFM Y;  1HEW A;  5K7O A;  2B74 A;  118L A;  1IVM A;  4EXM A;  2RBQ A;  5I5Q A;  3LN2 A;  5L3H A;  4CFO A;  4A7D A;  3TXK A;  1HHL A;  1FLW A;  3WUA A;  1MEL L;  4OO9 A;  1LMO A;  193L A;  1HFX A;  1B7P A;  1QQY A;  2G4Q A;  1DYD A;  1QT7 A;  1UIE A; 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