1QTVA

T26e apo structure of t4 lysozyme
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYEIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis of the conversion of T4 lysozyme into a transglycosidase by reengineering the active site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (T4 LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qtvA00
211LA 126LA 145LA 173LA 1L14A 3DN4A 2OEAX 246LA 2B6YA 1L16A 1L47A 2OE7X 188LA 3HT7A 4I7QA 3RUNA 4DKLA 7LZMA 177LA 1LLHA 1C6GA 1NHBA 159LA 221LA 1KW7A 1L23A 2LZMA 1L37A 149LA 1L85A 1OYUA 217LA 120LA 3DN3A 4OO9A 3HT9A 1D3FA 1SWZA 1QUOA 158LA 1L70A 150LA 1L0KA 4GBRB 1B6IA 3C7WA 1L68A 1L69A 240LA 1JTNA 2OU9A 2RBQA 1K28A 1L01A 3DN2A 4W57A 216LA 1L24A 4ZPUA 1L38A 1C64A 2B74A 3OE8A 1L50A 1L89A 236LA 1C65A 1L29A 1L43A 1SX2A 1PQJA 3SBBC 1L94A 4EKPA 160LA 3L64A 260LA 1OVHA 251LA 1QS5A 1L75A 3C8SA 1QS9A 3CDVA 1L19A 2B6ZA 4I7LA 4PK0A 1DYEA 127LA 219LA 1L56A 1LI3A 3UONA 2RAZX 1CU5A 1L27A 1L96A 3DMXA 1L71A 3C7ZA 2A4TA 239LA 4I7RA 1WTHA 1L95A 2NTGA 1D9WA 2RBSA 1C6JA 4W54A 3DN0A 129LA 1C6PA 232LA 2OU0X 3HH3A 1G0QA 4ARLA 3C7YA 1L90A 1SSWA 3C83A 5I14A 1C6HA 1CU0A 1QTCA 1L65A 1SWYA 1L39A 4ARPA 4I7SA 176LA 3HT8A 1DYAA 2F47A 147LA 1L54A 1C6LA 3SB6A 108LA 1QUDA 4W55A 1C61A 1L35A 2HUKA 1ZYTA 3HUKA 1P64A 1C6TA 1G0PA 1G0MA 3C81A 3HUQA 109LA 1CV6A 1L79A 1KW5A 3DN6A 225LA 4W52A 1QUHA 2CUUA 164LA 2B73A 259LA 1ZURA 1OV7A 3NYAA 4W58A 1L66A 1L05A 1T8FA 4I7KA 199LA 1CU3A 152LA 3NY9A 1C6KA 146LA 115LA 1L0JA 1L97A 1C6QA 2B6XA 3G3WA 4ARQB 1C6FA 1L04A 190LA 2IGCA 167LA 1L02A 1C6AA 1OVJA 2QB0B 112LA 1L45A 220LA 191LA 4YX7C 157LA 1L74A 1L81A 1L42A 3HTFA 4W53A 2LC9A 4I7OA 218LA 256LA 4AQNA 4ARQA 258LA 1QTHA 3OE6A 3SB8A 2ANVA 141LA 2HUMA 4EXMA 4GRVA 2RBPA 5LZMA 2RB2X 1PQMA 1L34A 4I7JA 107LA 1L51A 257LA 229LA 3PBLA 118LA 1C67A 3DMZA 1LGUA 4EPIA 156LA 252LA 2OTYX 1L46A 2RH1A 1L40A 4E97A 3V2YA 4S0WA 1L41A 1CV4A 163LA 1G06A 1C6CA 1KS3A 1L61A 1QT4A 255LA 1KY0A 1D3NA 1QTBA 238LA 1P36A 1CX6A 3HUAA 102LA 1L15A 197LA 1D2YA 4ARMA 1SSYA 2O79A 148LE 1KY1A 1L22A 4YXCA 1OVKA 1L67A 1C6EA 1CU6A 3EMLA 3C80A 183LA 1G1VA 243LA 4EKQA 130LA 1L00A 110LA 3G3XA 1LYDA 3HDEA 222LA 166LA 1T8AA 169LA 1P46A 242LA 231LA 1L55A 2RBRA 178LA 2RB0X 1LYGA 1TLAA 196LA 165LA 1QTZA 1PQIA 3C82A 200LA 4LDOA 3RZEA 1L98A 212LA 223LA 1L12A 3GULA 2B7XA 2RBNA 4ARJA 4I7MA 1C68A 3GUJA 213LA 3PDSA 1L25A 2OTZX 3QAKA 2Q9DA 2Z6BA 1XEPA 1G0LA 3C8RA 185LA 1QTVA 1G1WA 189LA 2RB1X 4W59A 250LA 1P2LA 1L03A 3ODUA 4EKRA 3GUKA 1L36A 2B75A 3DNAA 1QSBA 170LA 4LDLA 1I6SA 3HTGA 4I7NA 1JTMA 1QSQA 226LA 1L13A 3NY8A 2O4WA 1DYDA 1T97A 175LA 4K5YA 3OE9A 3HH6A 2OE4X 1L09A 1L21A 123LA 2OU8A 244LA 6LZMA 3HH5A 1QUGA 1D2WA 1L62A 2QARC 1G0KA 1LPYA 174LA 1C6DA 1C62A 181LA 1L44A 1CUPA 3GUPA 198LA 1L82A 3FI5A 3SBAA 1L93A 2RAYX 224LA 245LA 1L20A 1L26A 1L49A 3V2WA 3DMVA 1C6BA 1LYJA 4EJ4A 1L32A 1LI2A 2ANXA 1L91A 182LA 1JQUA 2NTHA 3CDRA 3HDFA 1G0GA 1L28A 233LA 1L07A 230LA 131LA 1QT7A 234LA 1CX7A 4DAJA 1PQDA 3SB9A 4PJZA 4I7TA 4ARMB 1L52A 241LA 1PQKA 1P2RA 3GUMA 3G3VA 1L59A 2L78A 1D3JA 168LA 180LA 1LW9A 1T6HA 1C6MA 3OE0A 1L83A 1LYIA 1QTDA 254LA 140LA 1OV5A 1L87A 161LA 2B70A 3HWLA 1SX7A 1LYHA 215LA 2O7AA 1DYBA 1G07A 3GUOA 1CU2A 2B6WA 3FA0A 142LA 209LA 3HU8A 3CDOA 1OWYA 253LA 113LA 228LA 2RBOA 104LA 2HULA 3L2XA 3VW7A 1L77A 4LZMA 4EKSA 1D3MA 151LA 1OWZA 1P3NA 1L76A 192LA 1QT3A 4EPFA 1C6IA 1CV3A 3C8QA 3K2RA 1C69A 205LA 1L63A 3CDQA 3SN6R 122LA 143LA 1DYGA 1PQOA 1CV5A 3DKEX 187LA 3DN8A 4DJHA 1CVKA 210LA 3HT6A 214LA 3CDTA 1QT5A 1L73A 1L48A 2F2QA 1P37A 3LZMA 1C60A 1LYEA 1L17A 235LA 3DN1A 1L31A 186LA 1DYFA 2B6TA 4YXAC 128LA 3SB5A 119LA 3SB7A 144LA 1P6YA 261LA 227LA 1CV1A 249LA 1C66A 1C6NA 3HTDA 1G0JA 3HH4A 137LA 2OE9X 3JR6A 1QT6A 4W56A 1L60A 247LA 3F9LA 195LA 184LA 1L10A 1T8GA 262LA 1L72A 1LGWA 2B72A 155LA 1L88A 1QT8A 1P7SA 171LA 1L33A 3HU9A 1DYCA 4I7PA 1L08A 1P56A 162LA 111LA 3HTBA 138LA 1L53A 1LGXA 1LWKA 2LCBA 1CV0A 2Q9EA 3GUIA 1XJUA 1L57A 172LA 248LA 1L18A 1L99A 1L30A 1ZWNA 237LA 139LA 3GUNA 1EPYA 1C63A 1P5CA 1L58A 1L86A 1XJTA 1L11A 1L06A 1L92A 2F32A 4IAPA 103LA 206LA 201LA 1LWGA 1L64A 4W51A 1L84A 1CUQA 1LI6A 4LDEA 1L80A 1LYFA 1CTWA 3FADA 125LA 114LA 1KNIA 3F8VA 3D4SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LZNA 2OEAX 4CGEA 4GN5C 4HTKA 3RT5X 1LYSA 159LA 4N1EI 3LN2A 1HSXA 1PS5A 3CT5A 2CWIA 120LA 3DN3A 4OO9A 4DD9A 1ZMYL 4LYCA 3TXJA 1LZSA 150LA 240LA 1JTNA 5KY1A 4HTQA 4FDYA 1LHLA 2OU9A 1I20A 1K28A 3GXKA 1TEWA 4ZPUA 1HEQA 4LYOA 3OE8A 4BAPA 3TXEA 1H87A 1L43A 4XJDA 1PQJA 160LA 3A8ZA 251LA 5LIOA 4DD0A 1L75A 4EOFA 4GLVA 3AZ5A 3N9CA 1LZBA 2HEBA 5D5CA 3A92A 4Z98A 5DN5A 2BQCA 1B5YA 3UONA 2XBRA 1D9UA 2YBJA 1B9OA 3DMXA 1GFKA 4GCBA 1L95A 2NTGA 1IWZA 1LZ5A 1LSNA 2D6BA 129LA 3LHMA 3W6EA 4WM6A 1L90A 1UIHA 5I14A 1IWXA 1C6HA 1CU0A 1LSEA 3TXHA 1L39A 1VFBC 1V7TA 5LA8A 4NHTA 4XJIA 3HT8A 1DYAA 3CT1A 1WQNA 1E8LA 4W55A 2F4GA 1I1ZA 1BHZA 1G0PA 3C81A 2DQDY 3HUQA 1L79A 3M3UA 4G9SA 4NIJA 1IR8A 5M1YA 1NMMA 5KXXA 4TTDA 1ZURA 5IDDA 4W58A 1L66A 1LZ8A 1C6KA 115LA 3G3WA 1ZV5L 4N5RA 1KXYA 1C6AA 5B1FA 2QB0B 220LA 2RSCA 4YX7C 157LA 4AXTA 1LCNA 3KAMA 4LT3A 4MCKA 2H5ZA 2LC9A 2D4JA 5LVGA 2AUBA 4AQNA 2XQOA 1VATA 1A4VA 2W1YA 1QTHA 3OE6A 3SB8A 4AGAA 4NSIA 1LHIA 2LHMA 4LGKA 4WM1A 4KXIA 1GF8A 207LA 4E97A 4S0WA 1XGTC 1CV4A 1OUAA 3AW7A 4NGIA 1IY3A 3A94A 3WPLA 1UCOA 1QTBA 238LA 1P36A 1VDSA 3HUAA 1F6SA 2HEFA 1GFUA 4TSBA 4WM5A 2O79A 4YXCA 1L67A 3EMLA 1IOSA 3C80A 4Z41A 1B5XA 1YKZX 3G3XA 4GCFA 1GPQC 4XN6A 4NHSA 4KT3A 1XGUC 169LA 1LZYA 2ZWBA 5LAFA 1HERA 1GB0A 1IC4Y 1PQIA 4YM8A 1L98A 1B7QA 1VDPA 1GF4A 1L12A 3GULA 2BQDA 1IC5Y 2D91A 4H9CA 5LA5A 1XFPL 1O23A 3TXBA 1G0LA 2YBIA 1QTVA 2RB1X 1P2LA 5T3FA 1YL0X 4DDBA 4DD1A 1FKQA 4WM2A 5APDA 4I7NA 1QSQA 1L13A 1DYDA 2LYMA 175LA 4K5YA 1GBOA 1YILA 4UWNA 4TX7A 6LZMA 244LA 1FBIX 3HH5A 1D2WA 1G0KA 1C62A 2YVBA 1B7PA 3GUPA 3FI7A 198LA 3FI5A 4ETAA 1DQJC 2BQNA 1GBWA 3TXDA 1C6BA 3LYMA 182LA 1NDGC 2BQIA 3HDFA 1G0GA 1L07A 1IP5A 2Z2EA 1QT7A 234LA 2BQMA 1LJGA 1JITA 5A3EA 1TDYA 1XGRC 3G3VA 1L59A 4LYTA 1T6HA 1C6MA 3HFMY 4NGZA 4RW2A 140LA 1OV5A 215LA 5I54A 1JSEA 4KL7A 1JSFA 253LA 3D3DA 2RBOA 1FDLY 1FLYA 4XYYA 2LZTA 4WLYA 3L2XA 1P3NA 1CV3A 4CFPA 3K2RA 5APFA 3CDQA 122LA 143LA 1DYGA 1PQOA 4DJHA 1FLQA 1CVKA 2PC2A 2YSSC 1L48A 4GCEA 3SP3A 2DQFC 1LYEA 235LA 2B6TA 3WW6A 119LA 3SB7A 144LA 1C66A 2MEBA 1QSAA 4OWAA 1G0JA 2W1LA 1JKDA 3JR6A 137LA 1HEPA 7LYZA 1B5VA 1LMNA 3F9LA 2DQIY 2ZYPA 1DKKA 4WG1A 1L10A 3CSRA 1L72A 1LGWA 4DYGA 1QT8A 3HU9A 1L08A 3RU5A 1WQPA 1P56A 162LA 4NSGA 1D6PA 1EQEA 1LYZA 2LCBA 1GDWA 1L57A 248LA 2ZNXY 4Z3MA 1YANA 1L99A 1GDXA 1L30A 3WU8A 4WOAA 1JTPL 1ZWNA 3J4GA 1GEVA 3QY4A 1HEWA 4HPEA 1L58A 1GF7A 2MEIA 1FLWA 4H9BA 4WM3A 4GCDA 4IAPA 4RLNA 1AT6A 1GBSA 1OUHA 4HTNA 4W51A 2BQAA 5FCPA 4HPIA 1LHMA 1LI6A 1NBZC 3BKHA 1CTWA 3FADA 1GFHA 125LA 1GXV2 114LA 2BQHA 1IR7A 1IEEA 5F9XA 3DN4A 1D0KA 3HT7A 1LSZA 4H93A 1LLHA 1C6GA 1BB3A 221LA 1LZ6A 2LZMA 5I4WA 1L37A 4XJBA 217LA 4ZEEA 1F10A 1UICA 1SWZA 1QUOA 4DT3A 1NWGA 4ANRA 1HELA 4LYMA 1GF3A 1UBZA 5F81A 3AZ4A 1C64A 2B74A 1HF4A 3ULRA 1C65A 1L29A 4YF2A 1SX2A 2ZQ4A 1ZVHL 1REXA 1OVHA 1C08C 2MEAA 1IR9A 4NGKA 2F2NA 1L56A 4HJZA 1LI3A 2RAZX 1IP2A 1CU5A 2F30A 1L71A 3A93A 1LJFA 4HV1A 1WVUA 2A4TA 1B7RA 1VEDA 4I7RA 1WTHA 2Z38A 4R0FA 1SLYA 3WVXA 2OU0X 3HH3A 6LYTA 2I26L 3C7YA 4I8SA 4NGLA 2IHLA 1WQQA 3C83A 1OUIA 3W6AA 1SWYA 4ARPA 1BB5A 3WULA 4DDCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LZN A;  2OEA X;  4CGE A;  4GN5 C;  4HTK A;  3RT5 X;  1LYS A;  159L A;  4N1E I;  3LN2 A;  1HSX A;  1PS5 A;  3CT5 A;  2CWI A;  120L A;  3DN3 A;  4OO9 A;  4DD9 A;  1ZMY L;  4LYC A;  3TXJ A;  1LZS A;  150L A;  240L A;  1JTN A;  5KY1 A;  4HTQ A;  4FDY A;  1LHL A;  2OU9 A;  1I20 A;  1K28 A;  3GXK A;  1TEW A;  4ZPU A;  1HEQ A;  4LYO A;  3OE8 A;  4BAP A;  3TXE A;  1H87 A;  1L43 A;  4XJD A;  1PQJ A;  160L A;  3A8Z A;  251L A;  5LIO A;  4DD0 A;  1L75 A;  4EOF A;  4GLV A;  3AZ5 A;  3N9C A;  1LZB A;  2HEB A;  5D5C A;  3A92 A;  4Z98 A;  5DN5 A;  2BQC A;  1B5Y A;  3UON A;  2XBR A;  1D9U A;  2YBJ A;  1B9O A;  3DMX A;  1GFK A;  4GCB A;  1L95 A;  2NTG A;  1IWZ A;  1LZ5 A;  1LSN A;  2D6B A;  129L A;  3LHM A;  3W6E A;  4WM6 A;  1L90 A;  1UIH A;  5I14 A;  1IWX A;  1C6H A;  1CU0 A;  1LSE A;  3TXH A;  1L39 A;  1VFB C;  1V7T A;  5LA8 A;  4NHT A;  4XJI A;  3HT8 A;  1DYA A;  3CT1 A;  1WQN A;  1E8L A;  4W55 A;  2F4G A;  1I1Z A;  1BHZ A;  1G0P A;  3C81 A;  2DQD Y;  3HUQ A;  1L79 A;  3M3U A;  4G9S A;  4NIJ A;  1IR8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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