1QTZA

D20c mutant of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKCTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis of the conversion of T4 lysozyme into a transglycosidase by reengineering the active site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (T4 LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qtzA00
3SB6A 3C80A 3DMXA 1LYHA 2O7AA 141LA 3HDFA 125LA 146LA 4DKLA 4ARQB 148LE 1L56A 155LA 4EPFA 192LA 1P64A 198LA 1KY1A 2OE9X 1T8FA 2B7XA 140LA 1PQIA 1CX6A 4I7TA 1CVKA 1D3NA 2RAYX 1L26A 3C82A 1ZYTA 2HUKA 1D3FA 2B6TA 3DMVA 1C68A 1L54A 1C6BA 3RUNA 1L51A 1P3NA 1KNIA 1DYGA 1L29A 157LA 1DYEA 257LA 1KW5A 191LA 1LGUA 152LA 1OV7A 4I7LA 1C67A 3UONA 3GUPA 1T8GA 3GUNA 4EKRA 209LA 1C6QA 3FA0A 3PDSA 1L44A 200LA 3G3WA 3FI5A 1L33A 217LA 233LA 129LA 1SX2A 1QUGA 4S0WA 3OE8A 2RBPA 1L15A 3CDVA 1L57A 185LA 4I7RA 1ZWNA 1LLHA 4DJHA 7LZMA 4YXCA 1T6HA 190LA 162LA 2B70A 3DN6A 167LA 1P7SA 3SB9A 3C83A 4LDEA 147LA 1LGWA 1L74A 1LYIA 4ARMA 4LDOA 1LWGA 2OTYX 3NY8A 138LA 1C6JA 3HH5A 1G0MA 1D2WA 1L65A 1P37A 2Q9DA 2CUUA 253LA 1C6FA 1SWYA 3HTGA 3HU8A 210LA 171LA 1C6NA 258LA 1L79A 255LA 3VW7A 1L73A 4W53A 4W56A 4IAPA 182LA 1L94A 2B75A 1CU3A 142LA 1CV1A 4EPIA 251LA 3SB7A 1QTHA 1C69A 1CTWA 161LA 3C81A 247LA 1OWYA 1LYEA 123LA 188LA 1L55A 1QTBA 224LA 3HUAA 5I14A 139LA 1L40A 1QTCA 2IGCA 1CV4A 1P46A 2HULA 1L34A 1QT3A 1L81A 4W51A 1G0GA 1LPYA 231LA 3V2YA 1LYDA 1CV6A 2RBNA 1OVHA 2F47A 4AQNA 1QTVA 1L92A 3C8QA 119LA 1L66A 1CU6A 3D4SA 107LA 3HT7A 4I7KA 1L52A 223LA 2F32A 1QT6A 206LA 195LA 3SB8A 115LA 1LWKA 2RBOA 1C6GA 2QARC 1CUQA 1PQKA 113LA 1L61A 1JTNA 3L64A 4ZPUA 1LYJA 131LA 2OU9A 3F8VA 3CDRA 4PK0A 158LA 1SSYA 2A4TA 112LA 1L98A 1C62A 1L05A 1SSWA 235LA 1SWZA 1DYCA 1P2LA 2B74A 1L17A 221LA 1P36A 4YXAC 1L68A 2ANVA 1T97A 1L21A 1G07A 1CU2A 239LA 3HTFA 1L80A 3F9LA 3PBLA 4ARLA 1C65A 2B6WA 1L35A 1L83A 197LA 1D9WA 1LI2A 4I7PA 1L28A 3GUIA 205LA 1JQUA 4I7SA 173LA 3V2WA 3RZEA 165LA 1G0QA 1G1VA 1LYFA 1QS9A 1L31A 2RH1A 5LZMA 1C66A 236LA 201LA 1L50A 4ARJA 1L25A 1L00A 1L18A 1L62A 227LA 1L45A 222LA 1DYBA 1L95A 187LA 2OE7X 1LI3A 2OE4X 214LA 3CDOA 212LA 1QT4A 1L85A 1C6PA 1L0JA 243LA 3QAKA 1I6SA 4W57A 196LA 1PQDA 102LA 1L99A 1L32A 2B6YA 2LCBA 118LA 172LA 4OO9A 248LA 246LA 228LA 1L84A 1C6KA 249LA 3K2RA 2B73A 3HU9A 4EKQA 234LA 103LA 3NY9A 3DNAA 3HT6A 3HT9A 3HTBA 4ARMB 211LA 1L19A 1L86A 225LA 150LA 159LA 3CDTA 2O79A 1L37A 114LA 262LA 3G3VA 1L43A 1G0LA 1L97A 1L53A 144LA 1L67A 3HUKA 1OWZA 163LA 2O4WA 1L14A 1L38A 1L93A 186LA 1EPYA 3HDEA 1DYAA 175LA 3DKEX 4ARPA 3DN1A 3HUQA 2RBQA 3CDQA 199LA 260LA 3C7YA 1L76A 178LA 1C6IA 1C6DA 240LA 4K5YA 1L70A 1KW7A 2OU0X 1L49A 3GUOA 3FADA 1K28A 1L90A 218LA 1QTZA 169LA 250LA 1QS5A 1CV5A 241LA 2F2QA 3DN4A 1T8AA 1L08A 1L63A 1KY0A 1ZURA 1C60A 3DN0A 1L41A 164LA 1L12A 1CU0A 1OV5A 137LA 1L22A 1L36A 1C6HA 1L88A 156LA 1P2RA 122LA 254LA 6LZMA 2ANXA 1JTMA 108LA 2HUMA 127LA 2RBRA 160LA 1L23A 3SN6R 176LA 1L58A 1P6YA 3DN8A 3EMLA 3DN2A 1L13A 3HH6A 1SX7A 244LA 3GUJA 1L01A 1L0KA 3GUMA 1G06A 1L24A 1LI6A 215LA 3C8SA 1OVJA 1C6MA 3OE6A 1C6EA 1L06A 2QB0B 1G1WA 4ARQA 2RBSA 4EJ4A 149LA 2OEAX 177LA 4GRVA 180LA 259LA 2B6ZA 1L46A 1DYFA 2RAZX 143LA 1CU5A 1L42A 261LA 1L89A 1QT7A 3JR6A 1QSBA 1C6CA 3HTDA 111LA 2RB1X 2LZMA 1TLAA 1QSQA 1QUDA 1LW9A 1C64A 151LA 237LA 4YX7C 145LA 1C6TA 166LA 1C6LA 252LA 1L27A 3DN3A 256LA 4I7MA 1D3JA 1L03A 2RB0X 4W52A 2RB2X 220LA 2LC9A 2OU8A 1CV3A 1L16A 1PQJA 3C7ZA 1WTHA 1B6IA 245LA 1QT5A 1L04A 4I7JA 3G3XA 213LA 242LA 183LA 3GULA 1L91A 1L96A 219LA 3C8RA 1XJUA 1L75A 1QUOA 4LDLA 1D2YA 4W55A 4EKSA 1L59A 1L69A 2OTZX 4LZMA 3SBAA 226LA 1CUPA 4PJZA 238LA 174LA 1KS3A 1G0JA 3GUKA 1L64A 1P5CA 3L2XA 3SB5A 128LA 1OVKA 109LA 1L47A 1OYUA 1L07A 4EKPA 1L09A 3NYAA 120LA 1L10A 3HH3A 3ODUA 4I7QA 1L39A 168LA 4W58A 3HT8A 2L78A 1DYDA 1PQOA 229LA 232LA 1P56A 1XEPA 1C63A 2Q9EA 4DAJA 1L71A 3OE9A 2Z6BA 1L20A 1PQMA 1L30A 1NHBA 2NTHA 1L48A 1LGXA 1QUHA 4E97A 130LA 1C61A 2B72A 1QT8A 4I7NA 1G0PA 4W59A 104LA 1C6AA 4I7OA 1QTDA 1CV0A 4GBRB 126LA 1L87A 3C7WA 2B6XA 1L02A 1L82A 170LA 189LA 1L60A 4EXMA 1D3MA 110LA 1L72A 1G0KA 3SBBC 184LA 3HH4A 1L11A 3DMZA 181LA 3HWLA 4W54A 216LA 230LA 2NTGA 3LZMA 1CX7A 1XJTA 1LYGA 1L77A 3OE0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EBAB 1GE1A 4H93A 1LYHA 2DQCY 1LJEA 141LA 3HDFA 4DKLA 4WG1A 4GN3A 3WUAA 1PQIA 2AUBA 194LA 3C82A 2ZYCA 1LYSA 1L54A 4RDSA 1DI5A 4GCBA 3RUNA 1L51A 4QEQA 1B5UA 4EOFA 1DYEA 1FLUA 1KW5A 1LGUA 1C67A 3TMUA 1T8GA 3GUNA 6LYZA 1LHKA 1WQNA 4RLNA 5KXYA 3FI5A 5KKJA 217LA 129LA 2MEIA 2F30A 2W1MA 2RBPA 1YL1X 1GFHA 1GF9A 1L15A 2DQEY 1G7MC 4DJHA 4H8ZA 4YXCA 3F6ZA 2B70A 2OTYX 3HH5A 1D2WA 210LA 4II8A 4IAPA 1DI3A 1UIAA 1LMQA 1YAPA 2ZQ3A 1DPXA 1JSEA 4CFPA 1XGPC 3AZ5A 4N5RA 1L40A 1B7NA 1CV4A 1P46A 2HULA 1L34A 4W51A 3CSQA 4NGLA 3CT1A 4LFPA 1LYDA 2RBNA 4DDBA 1AT6A 1HEWA 2DQDY 1L66A 3A3RX 3KAMA 107LA 4PRQA 3B0KA 115LA 2RBOA 1FKQA 2HU3A 1LPIA 1PQKA 113LA 3P64A 3CDRA 4PK0A 3EO5A 1GB2A 112LA 1C62A 1SSWA 1LSBA 4LYTA 1C10A 1LJ3A 3WW5A 5LYTA 1LYZA 5ILCA 1L68A 1T97A 3A6BY 3HTFA 4DYGA 1B5ZA 4LZTA 3WUMA 3T36A 1INUA 5KXXA 1C65A 1BWIA 5APDA 2W1YA 1A4VA 4HTQA 1D9WA 3A93A 5LA8A 3B0OA 5I4WA 173LA 4LT0A 2EPEA 3WPJA 1G0QA 1YANA 1LYFA 1GB8A 1V7SA 4YEOA 5LZMA 2MEBA 1C66A 236LA 1KXXA 4ARJA 1GF6A 4J1BA 4N0JA 4DDAA 4KXIA 1OP9B 4O34A 2OE7X 2OE4X 214LA 1IY4A 1YAOA 1C6PA 2XJWA 4W57A 2B6YA 4OO9A 5FCPA 246LA 4H92A 4OWCA 249LA 3K2RA 5T3FA 1W6ZA 1EQ4A 234LA 2EKSC 3DNAA 1LKSA 1LJ4A 2YSSC 2H9KA 1HEQA 1V7TA 3WW6A 114LA 1JISA 3AJNA 2Z2FA 4PGJB 1WVVA 3AGGG 2W1XA 3LYTA 4WM5A 1L67A 5LA5A 3GXKA 5KXTA 1OWZA 1L38A 175LA 4C5FA 1AT5A 5I5QA 2RBQA 4YEMA 2BQGA 4WOAA 260LA 3C7YA 1D6PA 1GFJA 5LYZA 4G4BA 1DXJA 1K28A 1L90A 218LA 3D3DA 2XBRA 2YDGA 1C60A 3W6BA 4A7DA 1L12A 3WU8A 1L22A 1C6HA 5DLAA 156LA 2G4PA 1IR7A 3J6KA 1ZVYB 2RBRA 1DQJC 3CT5A 2YBMA 176LA 1VDSA 4WM4A 1CJ6A 3D9AC 5EBHA 5HNLA 2BQAA 3DN2A 1BHZA 244LA 3TMWA 1HSWA 2DKVA 3A91A 3W6CA 2MECA 1L24A 1IORA 1NDGC 4LT1A 1WTMA 4BADA 1L06A 1LJNA 1BB3A 3B72A 3ULRA 1IP3A 1FN5A 149LA 1IC7Y 5HMJA 2B6ZA 4NGYA 3LYOA 5APFA 1UCOA 1CU5A 1L42A 4NY5A 2D4IA 2A7DA 3HTDA 2RB1X 2DQHY 2H9JA 4XJIA 1QUDA 1LW9A 1C64A 4YX7C 1IP4A 1HMKA 2Z39A 145LA 4RW1A 5I4XA 1IIZA 1C6TA 166LA 1GFUA 252LA 2BQHA 1L27A 4I7MA 1D3JA 4W52A 2OU8A 1QUSA 2BQCA 1BWJA 5HQ1A 1WTHA 1CKHA 1L04A 4D9ZA 1B7LA 242LA 1DZBX 1L91A 1L96A 219LA 1G7HC 1L75A 5JENB 2DQGY 4LDLA 4EKSA 4XYYA 5KXOA 1UIBA 5B59A 1HFYA 1GBWA 1KS3A 3GUKA 1B7MA 3FI7A 4G4CA 7LYZA 4TSBA 3WULA 109LA 4DD9A 4LT3A 1L47A 2C8OA 3NYAA 120LA 1L39A 1GEVA 2LYOA 2HUBA 5LIOA 232LA 4DAJA 4G9SA 2X0AA 3OE9A 3RU5A 4J1AA 1NHBA 1OUHA 2F2NA 3QY4A 2BAAA 5L3HA 1JJ3A 1QT8A 4B4JA 2WARA 1IOCA 5KXSA 1QTKA 1O23A 5J7CA 4I7OA 4GBRB 2B6XA 1L02A 1L82A 134LA 170LA 4DQJA 4EXMA 1D3MA 3RNXA 1LYOA 5B1GA 8LYZA 3GXRA 181LA 1LZTA 4DC4A 4NHTA 5DN5A 2G4QA 4LFXA 230LA 1WQPA 1GFKA 3SB6A 2XQOA 2ZIJA 1JTPL 1IY3A 1GPQC 1L56A 4MSTA 1P64A 1HNLA 1GB6A 6LYTA 1KY1A 2OE9X 1LMCA 2B7XA 1E8LA 140LA 5L3IA 2C8PA 4I7TA 2RAYX 1L26A 1ZYTA 1REYA 2HEBA 1D3FA 4KL7A 4PPOA 4NFVA 1P3NA 1KNIA 1CKDA 1TCYA 191LA 1JKCA 1LSPA 1XEIA 4EKRA 1GF8A 209LA 1C6QA 3FA0A 3FE0A 1L44A 200LA 3G3WA 1B2KA 4KT3A 4Z46A 193LA 1H6MA 4S0WA 4X3BA 1L57A 185LA 5KXKA 5B1FA 1ZWNA 1UIGA 5F14A 7LZMA 1T6HA 5E9RA 3NY8A 1T3PA 1G0MA 1P37A 4Z98A 1LMPA 4ETBA 1UBZA 253LA 1B7SA 1F6SA 1C6NA 135LA 1XGTC 1JWRA 1L73A 4W56A 2YBNA 2BQDA 3CQLA 1L94A 2B75A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3EBA B;  1GE1 A;  4H93 A;  1LYH A;  2DQC Y;  1LJE A;  141L A;  3HDF A;  4DKL A;  4WG1 A;  4GN3 A;  3WUA A;  1PQI A;  2AUB A;  194L A;  3C82 A;  2ZYC A;  1LYS A;  1L54 A;  4RDS A;  1DI5 A;  4GCB A;  3RUN A;  1L51 A;  4QEQ A;  1B5U A;  4EOF A;  1DYE A;  1FLU A;  1KW5 A;  1LGU A;  1C67 A;  3TMU A;  1T8G A;  3GUN A;  6LYZ A;  1LHK A;  1WQN A;  4RLN A;  5KXY A;  3FI5 A;  5KKJ A;  217L A;  129L A;  2MEI A;  2F30 A;  2W1M A;  2RBP A;  1YL1 X;  1GFH A;  1GF9 A;  1L15 A;  2DQE Y;  1G7M C;  4DJH A;  4H8Z A;  4YXC A;  3F6Z A;  2B70 A;  2OTY X;  3HH5 A;  1D2W A;  210L A;  4II8 A;  4IAP A;  1DI3 A;  1UIA A;  1LMQ A;  1YAP A;  2ZQ3 A;  1DPX A;  1JSE A;  4CFP A;  1XGP C;  3AZ5 A;  4N5R A;  1L40 A;  1B7N A;  1CV4 A;  1P46 A;  2HUL A;  1L34 A;  4W51 A;  3CSQ A;  4NGL A;  3CT1 A;  4LFP A;  1LYD A;  2RBN A;  4DDB A;  1AT6 A;  1HEW A;  2DQD Y;  1L66 A;  3A3R X;  3KAM A;  107L A;  4PRQ A;  3B0K A;  115L A;  2RBO A;  1FKQ A;  2HU3 A;  1LPI A;  1PQK A;  113L A;  3P64 A;  3CDR A;  4PK0 A;  3EO5 A;  1GB2 A;  112L A; 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