1QUGA

E108v mutant of t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGVTGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural analysis of a non-contiguous second-site revertant in T4 lysozyme shows that increasing the rigidity of a protein can enhance its stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qugA00
1L16A 1C63A 115LA 2A4TA 1XEPA 1G0PA 1L70A 3HWLA 1CTWA 2RAZX 1C6GA 1C6NA 3HT9A 1L87A 4DJHA 123LA 4W53A 145LA 103LA 1C6PA 1KW7A 1L61A 1P56A 3QAKA 4ARQA 1SX7A 1P64A 4LDEA 3NYAA 1OV5A 3HH6A 1CU6A 2RH1A 1L60A 2B72A 4EKQA 2B7XA 1P46A 3L2XA 3HTFA 1L06A 1L63A 4ARMA 2RBNA 3HTBA 3NY8A 131LA 1L72A 3F9LA 4EKPA 3DN8A 1L38A 4I7MA 2OU9A 1T8AA 239LA 126LA 1C64A 4GBRB 223LA 245LA 3FA0A 1DYEA 6LZMA 3FI5A 1G0JA 4I7NA 2O7AA 257LA 1L17A 1L86A 1CV6A 1CUQA 1KNIA 1L44A 1L01A 2O79A 3GUIA 3C7ZA 1P6YA 1DYAA 169LA 3GUPA 1C65A 176LA 2F32A 1L39A 4ARJA 217LA 230LA 156LA 199LA 3C8SA 2OTYX 142LA 1L59A 1L94A 3D4SA 1L71A 3DN2A 1QTDA 1LPYA 4I7RA 3UONA 1EPYA 4YXAC 1L28A 219LA 1L34A 1SWYA 261LA 1QS5A 3DN6A 4W52A 3SN6R 1L36A 2CUUA 139LA 2HUMA 4ARMB 4PK0A 4W51A 1QUDA 1G1WA 2Q9EA 3C8QA 258LA 253LA 1DYDA 1L54A 144LA 125LA 1L65A 128LA 4I7SA 209LA 233LA 1LYHA 215LA 1C6EA 1SWZA 3C81A 177LA 1L81A 1PQMA 2F2QA 243LA 1C60A 155LA 216LA 185LA 1CV0A 1G0MA 3HUAA 1QTVA 1L07A 140LA 2OEAX 130LA 1L21A 3HT8A 1L02A 189LA 2O4WA 4AQNA 1L80A 4DAJA 4EKRA 211LA 1PQJA 1G0KA 1KW5A 165LA 221LA 1L82A 1C68A 2B6WA 3GUNA 1L04A 225LA 3FADA 1P36A 1OVHA 1L03A 3DMVA 3C8RA 1L53A 1WTHA 226LA 4W57A 1JTMA 166LA 1L93A 1L99A 3GUKA 1L05A 152LA 1L67A 1P2RA 137LA 1ZURA 3HT6A 1L90A 2IGCA 229LA 1D2YA 1OVKA 1XJTA 1T6HA 3PBLA 1C6TA 1TLAA 2F47A 191LA 159LA 138LA 1PQDA 2OU0X 1L56A 1L92A 1CU2A 1JTNA 1P5CA 1L46A 3SB8A 3F8VA 108LA 1L40A 172LA 1KY0A 1G0QA 4ARLA 1LW9A 1QT4A 3HTGA 1OVJA 1B6IA 2B70A 235LA 1L58A 1L43A 250LA 214LA 3CDQA 4LDLA 3GUJA 119LA 1L62A 1C61A 240LA 3RUNA 149LA 1I6SA 3DN3A 4E97A 192LA 212LA 4PJZA 3VW7A 1SX2A 248LA 2QB0B 111LA 1L12A 186LA 1L14A 1CX6A 232LA 3HDFA 110LA 1C6KA 2RB1X 173LA 1SSYA 1T8GA 1P3NA 196LA 2LZMA 3C82A 3G3WA 3GUOA 1L45A 1DYFA 1KY1A 252LA 1LWGA 3DN4A 2B6TA 1L64A 107LA 164LA 1CU3A 1L15A 262LA 2Q9DA 222LA 1C6DA 1KS3A 2OE7X 1L0JA 1L18A 181LA 3SB5A 1OV7A 224LA 1L50A 184LA 1L49A 104LA 1LYIA 198LA 1OYUA 1D3MA 1L22A 227LA 4OO9A 1PQOA 1L0KA 1L98A 1L96A 3SBAA 228LA 163LA 3HU8A 1G1VA 1L73A 1C6LA 1L37A 1L42A 3SB9A 1L74A 190LA 1L97A 1D9WA 2B6YA 3HTDA 1L24A 2L78A 157LA 247LA 3HH3A 1QT5A 3SBBC 4W58A 1QUOA 1NHBA 234LA 255LA 1QT7A 213LA 4IAPA 197LA 1LYDA 1T8FA 3DMZA 4W56A 4I7QA 3V2WA 1DYBA 206LA 178LA 3G3VA 3RZEA 3HU9A 1DYGA 2RAYX 1L13A 109LA 260LA 1CV5A 241LA 4ARPA 175LA 4I7JA 4DKLA 1L10A 1L66A 3SB6A 1T97A 3HUQA 1C6AA 3ODUA 1P7SA 4EPFA 158LA 187LA 3C80A 4YXCA 183LA 3NY9A 256LA 7LZMA 242LA 3GUMA 2RBOA 1L41A 4ZPUA 1C6BA 1LGUA 3CDOA 1LYJA 2ANXA 259LA 1L23A 1L19A 3DMXA 3CDRA 200LA 3HUKA 1C6CA 1PQKA 146LA 170LA 1LYGA 1L26A 2OE9X 1L25A 2RB0X 2Z6BA 1QT6A 1XJUA 1SSWA 1C6JA 1L48A 205LA 1L88A 2OU8A 102LA 1D3JA 180LA 2B73A 4I7LA 1L95A 237LA 1L83A 236LA 171LA 1QTZA 4LDOA 4EKSA 1QTBA 1L69A 4W55A 3OE9A 4I7PA 1D3FA 3C83A 1CVKA 1L68A 3V2YA 2RB2X 5I14A 246LA 249LA 1C6HA 2OTZX 1L30A 3CDTA 168LA 127LA 1L20A 122LA 1LYFA 1G0LA 1QUHA 1C62A 113LA 141LA 1C6FA 1LI6A 4W54A 167LA 244LA 251LA 3SB7A 4EXMA 120LA 2NTHA 112LA 3L64A 3HT7A 1QTCA 4S0WA 1C6MA 143LA 1LYEA 1PQIA 218LA 1D3NA 1OWZA 1L32A 1DYCA 3HH4A 174LA 1L11A 1LWKA 2OE4X 1OWYA 3OE0A 118LA 1QSBA 1CUPA 1L27A 1QS9A 1L91A 3G3XA 162LA 1QTHA 1C6QA 3K2RA 231LA 3EMLA 4EPIA 4YX7C 1C6IA 1CU0A 2RBPA 2HUKA 1QSQA 4LZMA 1G07A 3HDEA 4ARQB 2HULA 2RBRA 4K5YA 182LA 1QT3A 2RBSA 1L55A 2LCBA 150LA 220LA 1L33A 2B6XA 1L52A 238LA 160LA 1L57A 1L85A 1CU5A 1G0GA 4GRVA 3JR6A 254LA 1L84A 1CV1A 3C7WA 4I7KA 1G06A 1L29A 3GULA 1JQUA 201LA 1LI3A 210LA 3HH5A 3DN0A 1ZWNA 1P37A 1L00A 2RBQA 3OE8A 1L79A 1L75A 147LA 161LA 188LA 1CV4A 2B6ZA 4W59A 148LE 4I7OA 1P2LA 1C66A 1LI2A 4EJ4A 1C67A 2LC9A 195LA 114LA 1L77A 151LA 4I7TA 129LA 2ANVA 1L47A 1L51A 1C69A 1L31A 1L89A 1D2WA 2QARC 1L08A 1K28A 1CV3A 3DNAA 1LGWA 3CDVA 3DKEX 1ZYTA 2B74A 1QT8A 2NTGA 1L35A 3DN1A 1LLHA 1QUGA 1CX7A 3LZMA 1L09A 1L76A 3PDSA 3OE6A 3C7YA 2B75A 5LZMA 1LGXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HNCA 1JJ1A 1IR9A 2C8OA 1GB0A 2RAZX 5DM9A 3P66A 1B9OA 123LA 3TMVA 4Z46A 4CFOA 103LA 2G4QA 1KW7A 1P56A 1AM7A 1SX7A 2GV0A 3CT0A 1GE2A 1NMMA 1B7RA 1JEFA 3HH6A 5FDJA 2RH1A 2B72A 4EKQA 1P46A 4TWSA 3HTFA 1LJHA 4B1AA 1L72A 1L38A 2XBSA 1LCNA 4I7MA 2YBIA 239LA 1B7MA 1FN5A 134LA 1LZ4A 4O34A 1DYEA 1DKJA 3FI5A 1WQQA 1G0JA 4I7NA 3CQLA 1L17A 4WLXA 1L01A 1UIHA 3C7ZA 169LA 2F32A 1L39A 1CJ8A 1L59A 3TXGA 3D4SA 5C6JA 1QTDA 1T6VL 4I7RA 1LPIA 4H91A 1IWZA 219LA 193LA 3A3QA 1GF4A 1LMOA 3WMKA 1L36A 4BAFA 4RW2A 2ZNXY 1VDQA 2HUMA 3B6LA 1G1WA 1OUIA 1IP6A 3AW6A 7LYZA 4NEBA 4B0DA 4I7SA 209LA 1LHHA 1C6EA 5D5FA 1LMCA 5KXXA 4QEQA 243LA 4H8ZA 1FDLY 1GB5A 4I8SA 1IP5A 3HT8A 189LA 1LZ1A 4NWHA 1GBYA 1G0KA 4H90A 2B6WA 225LA 1HNLA 4U3XB 3AB6A 1L53A 226LA 4NGIA 1LZAA 1B7NA 152LA 1L67A 1GFUA 3T6UA 1YIKA 1C6TA 4H9EA 1TLAA 3ZVQB 2D4KA 1PQDA 1FBIX 1P5CA 1OUEA 3HBDA 1L40A 172LA 1BVXA 1G0QA 4ARLA 235LA 1L43A 1VATA 3GUJA 3WU7A 1C61A 2DQHY 1P2CC 4J0LA 4E97A 1JISA 2CGIA 212LA 4PJZA 248LA 1B7LA 5DLAA 1LZCA 4RW1A 1L14A 2RB1X 4Z98A 1SSYA 2FYDA 1T8GA 2XQOA 4G4HA 1O23A 1L45A 1KY1A 3HFMY 1LWGA 3LYTA 1L64A 4AXTA 164LA 1GF9A 1CU3A 1L15A 1TDYA 154LA 3B0KA 4GCFA 1IWWA 2OE7X 4WM5A 1L18A 5KXNA 5KXLA 181LA 1LZ9A 3SB5A 4DDAA 1OV7A 1L49A 184LA 1LHIA 1L22A 1HEPA 4OO9A 2H5ZA 4B4JA 4PGJB 1L96A 1OUCA 2LZ2A 3SB9A 1LYSA 1PZYA 1G7MC 1D9WA 2B6YA 2L78A 4DQJA 4HPEA 247LA 4W58A 1LMPA 255LA 1QT7A 4J1BA 1LYDA 3DMZA 5FHWA 3V2WA 4DD9A 1BWHA 3G3VA 3RZEA 1IY3A 241LA 4XYYA 4I7JA 1DQJC 1L10A 4NGKA 5IDDA 1T97A 3HUQA 1C6AA 1GBOA 1IC7Y 3GXRA 1JKBA 256LA 2AUBA 7LZMA 3GUMA 2RBOA 1JKAA 1C6BA 3WH1A 3B0IA 3CDRA 200LA 1IR8A 1LMNA 4NIJA 1GEZA 3HUKA 4GN4A 146LA 3A91A 2HEBA 3TXFA 4H9CA 4WO6A 1L25A 1IP3A 3P64A 1J1PY 4ML7A 3A96A 1VDTA 1LOZA 1D3JA 4LT3A 4R0FA 2MEIA 237LA 1VDSA 1L83A 2MEFA 1J1XY 236LA 1QTZA 1CKFA 4H94A 3LHMA 4W55A 1HF4A 5APDA 2ZIKA 1L68A 4D9ZA 1IP7A 1LJEA 1QUTA 2RB2X 4BS7A 3CDTA 168LA 127LA 1LMAA 1REZA 1QUHA 5KXRA 4NGYA 1GD6A 1MLCE 4EXMA 2BQDA 1GF3A 112LA 4E3UA 2BQCA 4S0WA 1C6MA 143LA 1LYEA 2EIZC 1LZRA 1OWZA 1C45A 4AGAA 3WXTA 4HTQA 4LT0A 174LA 1GAZA 9LYZA 1L27A 1QS9A 1YKZX 3G3XA 1BWIA 162LA 4H1PA 4LYMA 5IHGA 2RSCA 231LA 5L3HA 4XJDA 3W6EA 1XGQC 4ETDA 2YBNA 1WQNA 4YX7C 2HTXA 1IOSA 1JHLA 1GF6A 4W94A 1IORA 2HUKA 5F81A 1ALCA 3WUMA 2ZNWY 2RBSA 1LTMA 1L55A 4XN6A 1OQMA 132LA 150LA 220LA 4WG1A 1LSNA 5HNLA 1L85A 4WLTA 1RI8B 5E9RA 4GRVA 5A3EA 1YILA 5LVJA 1W08A 4I7KA 1B5VA 1G06A 1L29A 1WVUA 1JQUA 3N9CA 3WXUA 3LZ2A 1LI3A 1NWGA 3DN0A 1LYZA 2MEDA 1UIEA 4UWVA 4BADA 3OE8A 1G7LC 1XSFA 147LA 1REYA 1IR7A 1CV4A 5LYTA 1RE2A 4I7OA 4XJBA 1P2LA 4GCEA 1LZ6A 4EJ4A 2DQJY 3T36A 151LA 1GE0A 129LA 1IC5Y 4WLYA 1WVVA 3A67Y 1C69A 3EO5A 2QARC 2FYCA 5LYMA 1CJ9A 1HEQA 2DQEY 4CHXA 1PS5A 3LYZA 4N9RA 1B5WA 1JSEA 4DC4A 2BQBA 2I6ZA 4YENA 3LZMA 5ILCA 4HJVA 2B75A 5LZMA 1V7SA 1EL1A 1L16A 4MCKA 4WL7A 1L70A 2Y8PA 1LYYA 3HWLA 1C6NA 1OUHA 3HT9A 2VB1A 1F0WA 4DJHA 145LA 4DQ5A 3QAKA 1L61A 1AT6A 4LDEA 1IP2A 5LVIA 2CDSA 3L2XA 2XJWA 4ARMA 3CSZA 1CKCA 2RBNA 3HTBA 5J7CA 1LHLA 3DN8A 4WLDA 1G7IC 2W1MA 3P68A 4NSIA 4DD1A 1C64A 245LA 5KXKA 2O79A 4RLNA 1P6YA 1YAOA 156LA 2OTYX 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5HNC A;  1JJ1 A;  1IR9 A;  2C8O A;  1GB0 A;  2RAZ X;  5DM9 A;  3P66 A;  1B9O A;  123L A;  3TMV A;  4Z46 A;  4CFO A;  103L A;  2G4Q A;  1KW7 A;  1P56 A;  1AM7 A;  1SX7 A;  2GV0 A;  3CT0 A;  1GE2 A;  1NMM A;  1B7R A;  1JEF A;  3HH6 A;  5FDJ A;  2RH1 A;  2B72 A;  4EKQ A;  1P46 A;  4TWS A;  3HTF A;  1LJH A;  4B1A A;  1L72 A;  1L38 A;  2XBS A;  1LCN A;  4I7M A;  2YBI A;  239L A;  1B7M A;  1FN5 A;  134L A;  1LZ4 A;  4O34 A;  1DYE A;  1DKJ A;  3FI5 A;  1WQQ A;  1G0J A;  4I7N A;  3CQL A;  1L17 A;  4WLX A;  1L01 A;  1UIH A;  3C7Z A;  169L A;  2F32 A;  1L39 A;  1CJ8 A;  1L59 A;  3TXG A;  3D4S A;  5C6J A;  1QTD A;  1T6V L;  4I7R A;  1LPI A;  4H91 A;  1IWZ A;  219L A;  193L A;  3A3Q A;  1GF4 A;  1LMO A;  3WMK A;  1L36 A;  4BAF A;  4RW2 A;  2ZNX Y;  1VDQ A;  2HUM A;  3B6L A;  1G1W A;  1OUI A;  1IP6 A;  3AW6 A;  7LYZ A;  4NEB A;  4B0D A;  4I7S A;  209L A;  1LHH A;  1C6E A;  5D5F A;  1LMC A;  5KXX A;  4QEQ A;  243L A;  4H8Z A;  1FDL Y;  1GB5 A;  4I8S A;  1IP5 A;  3HT8 A;  189L A;  1LZ1 A;  4NWH A;  1GBY A; 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