1QUGA

E108v mutant of t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGVTGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural analysis of a non-contiguous second-site revertant in T4 lysozyme shows that increasing the rigidity of a protein can enhance its stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qugA00
229LA 3SB5A 1CX7A 1D3MA 1LPYA 4IAPA 2OU9A 1QTHA 230LA 4W51A 1KW5A 1SSYA 123LA 1C67A 1P56A 1L70A 7LZMA 1DYAA 148LE 1T8GA 215LA 1G1WA 187LA 1LI3A 1G06A 4K5YA 1C6QA 3HT8A 2OU0X 138LA 1L26A 3HUQA 3OE9A 2OTYX 129LA 1LYGA 1L13A 1L19A 4ZPUA 1L24A 1LYHA 4I7OA 1L96A 146LA 3CDQA 218LA 118LA 2O7AA 1L65A 3K2RA 4EJ4A 127LA 1ZWNA 1L69A 156LA 1CUQA 157LA 5LZMA 1C66A 3C7YA 4ARMA 3PBLA 1C6AA 2RBNA 205LA 174LA 1L77A 1CU6A 1L20A 234LA 162LA 3HWLA 143LA 192LA 2B70A 102LA 4I7RA 1L0KA 2RB2X 3DN8A 2B6ZA 1P36A 1QSBA 1L86A 1G0MA 226LA 2ANVA 1L37A 1XEPA 1LI6A 1C64A 1KNIA 125LA 2QARC 1L03A 1D3FA 4YXCA 2B6TA 1L25A 257LA 4YXAC 159LA 3F8VA 237LA 3HTFA 3DKEX 1P6YA 151LA 1QT4A 1CVKA 3D4SA 141LA 1P7SA 3NY8A 243LA 142LA 1L64A 1K28A 3SB8A 2L78A 1L49A 1T6HA 3EMLA 1LW9A 3L64A 1L60A 1B6IA 109LA 1LYJA 1P2LA 1C6EA 2LCBA 3HUAA 2Z6BA 3JR6A 1L40A 183LA 139LA 1QSQA 1LLHA 1L45A 177LA 4YX7C 3PDSA 1QT7A 4I7NA 184LA 1L59A 1CV3A 1LGUA 3SB9A 1P3NA 1L07A 2RAZX 1CX6A 1SWYA 3DN4A 1I6SA 1L94A 222LA 107LA 1D2YA 4ARMB 1XJUA 2F2QA 2F47A 150LA 1L81A 1OV7A 3SB7A 1DYCA 1QTZA 1C6GA 3FADA 197LA 1P37A 1C6TA 3HH3A 3CDTA 1C62A 114LA 3HU9A 1EPYA 3C7ZA 1CUPA 1L80A 1L82A 3DMXA 3HH4A 2Q9EA 247LA 1DYBA 152LA 1L0JA 1L85A 1P2RA 1OVKA 1CU0A 1T8FA 3C8SA 4DJHA 3NYAA 1T97A 1PQJA 1L38A 2B6WA 3DMZA 3V2WA 3HTDA 250LA 221LA 1G0QA 1L98A 2RH1A 147LA 1L09A 1ZYTA 2OE7X 163LA 1SSWA 149LA 4I7JA 1CV0A 2CUUA 4I7PA 175LA 186LA 1L97A 1C6IA 3CDVA 4W52A 3C82A 1L32A 2B73A 1L36A 1LGWA 3DN1A 1L72A 255LA 4LDLA 1L22A 2A4TA 2B7XA 1C6CA 1C6KA 181LA 231LA 2IGCA 108LA 1OV5A 3F9LA 173LA 1CV4A 164LA 110LA 1DYEA 1DYDA 1C6NA 3GULA 1P64A 1L31A 1C6HA 1L95A 6LZMA 1QTDA 1L90A 1QTVA 1G0GA 2NTGA 1L62A 1L12A 161LA 1LYFA 240LA 3ODUA 245LA 2RBSA 4W59A 189LA 3DMVA 3G3VA 178LA 1QUDA 1C61A 167LA 130LA 199LA 1L11A 216LA 1L10A 3HT7A 1PQMA 1QUHA 3C8QA 4AQNA 140LA 1L08A 3HDEA 2HULA 3C80A 1L79A 3RUNA 2NTHA 1QT6A 4I7LA 1L88A 235LA 2O4WA 3OE6A 120LA 3NY9A 1CV6A 1CU3A 1QS5A 1SX7A 3GUKA 1QUOA 1C65A 4EXMA 1L75A 1L71A 1L76A 1L92A 3OE8A 4LDOA 3UONA 1QTBA 128LA 1L30A 1L43A 1L54A 225LA 4OO9A 2B72A 2OU8A 1NHBA 4ARQA 2RB0X 190LA 3GUMA 1C6LA 122LA 3V2YA 210LA 1G1VA 1LI2A 3GUPA 3HTGA 213LA 260LA 214LA 219LA 1C6DA 1KW7A 1PQDA 112LA 1ZURA 3SBBC 4ARPA 1L02A 1C60A 1CTWA 1L68A 3DN0A 144LA 1D3JA 111LA 3GUOA 4EKPA 4LZMA 1P5CA 4I7SA 1L46A 169LA 1L66A 259LA 1CV5A 2B74A 1L29A 242LA 3GUIA 195LA 188LA 3C7WA 1D3NA 1L83A 1C6FA 180LA 2Q9DA 2F32A 103LA 1L34A 3HUKA 1QT8A 137LA 3RZEA 248LA 4S0WA 2OE4X 1L73A 1L23A 1LWKA 2OEAX 252LA 2O79A 131LA 1L18A 1G0KA 1L55A 2LC9A 1LYEA 3CDRA 1L61A 198LA 4W54A 1QT3A 1PQKA 1WTHA 1JTNA 1L27A 3DN2A 2HUKA 232LA 1PQIA 1L17A 1SX2A 3HH6A 3LZMA 4GBRB 201LA 4W58A 3VW7A 1L74A 2LZMA 2OE9X 3DN3A 4EKQA 239LA 104LA 3HT6A 1QUGA 3SBAA 2ANXA 158LA 1L28A 4EKRA 1OVJA 3DN6A 166LA 3HDFA 4ARQB 3G3XA 1C6JA 2RAYX 1QT5A 4W57A 3GUJA 1C68A 3QAKA 4I7MA 1L52A 224LA 3DNAA 1L93A 1OVHA 2B6YA 1SWZA 3HTBA 4PK0A 4DKLA 241LA 2OTZX 1L87A 1L05A 1L15A 212LA 1L89A 3HU8A 251LA 258LA 1L00A 1C69A 1DYGA 1L33A 3HT9A 1JQUA 3G3WA 4I7KA 1XJTA 4GRVA 4I7TA 1DYFA 1L04A 185LA 1L48A 1C6MA 4EPIA 1OWZA 165LA 1KS3A 1G07A 3C81A 244LA 254LA 1T8AA 115LA 182LA 1C6BA 2RBPA 4LDEA 223LA 155LA 3FI5A 3SB6A 1LYDA 200LA 1KY1A 209LA 249LA 3SN6R 1CV1A 4PJZA 1LYIA 2RBRA 1L14A 3C83A 2RBQA 238LA 228LA 1CU5A 1L56A 1D2WA 1L42A 1L35A 196LA 1QS9A 1L63A 1L53A 176LA 1G0JA 3HH5A 1C63A 1JTMA 1OWYA 4EPFA 2RB1X 1LGXA 4DAJA 1L51A 1L50A 1C6PA 1L57A 1L01A 253LA 1L99A 1TLAA 2QB0B 160LA 170LA 1L41A 5I14A 1OYUA 1L67A 1L06A 220LA 262LA 1L47A 4W55A 3OE0A 3C8RA 1D9WA 3CDOA 1L58A 261LA 4E97A 145LA 1G0PA 1L39A 3L2XA 1L16A 227LA 172LA 236LA 1LWGA 1L44A 246LA 4ARJA 1QTCA 191LA 1G0LA 1P46A 217LA 2B75A 119LA 1PQOA 113LA 1L91A 211LA 2B6XA 2RBOA 4EKSA 126LA 3GUNA 1L21A 206LA 256LA 233LA 3FA0A 168LA 1L84A 1KY0A 4W56A 1CU2A 4ARLA 4I7QA 4W53A 171LA 2HUMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SB5A 230LA 1C67A 1HHLA 1REYA 4I8SA 215LA 4N0JA 2CJLA 1MELL 2F4AA 4MR1A 1WQQA 4H91A 1L26A 4H94A 3OE9A 1IP6A 1L19A 4EMNA 1B7MA 1LYHA 4HV1A 146LA 218LA 5J7CA 1L65A 3K2RA 127LA 1L69A 156LA 1LSCA 4DWXA 157LA 2D4IA 2W1XA 3PBLA 3TXEA 174LA 1L77A 1CU6A 1F6SA 234LA 5LAGA 143LA 192LA 102LA 1L0KA 2RB2X 1C08C 1JKBA 1NBZC 1VFBC 1JJ1A 1NQIA 2GV0A 3BKVA 4G4HA 2ANVA 2XQOA 1LYYA 5D5CA 4NHSA 1L03A 1XSFA 4YXCA 2BLXA 4YXAC 159LA 2MEFA 3F8VA 3HTFA 1CKFA 3DKEX 1D0LA 1GF7A 1GAZA 3D4SA 1P7SA 4RDSA 1LJKA 2F2NA 142LA 1L64A 1K28A 1XGRC 2L78A 2A7DA 1L49A 3VWOA 4OWCA 3L64A 1L60A 5ILFA 1V7TA 1I1ZA 3HUAA 3JR6A 1DPXA 5LVKA 8LYZA 1GFUA 1LZSA 177LA 5D5FA 4YX7C 1UIEA 3PDSA 1L59A 1INUA 2Z38A 1LSNA 2DQCY 1P3NA 2RAZX 1XEIA 3DN4A 1GE2A 2G4NA 4DYGA 4NY5A 5L3IA 1I6SA 4DT3A 1XJUA 3SP3A 1OV7A 2BQEA 3TXJA 1DYCA 2ZILA 197LA 5B06A 114LA 1EPYA 1KIQC 3HH4A 4NFVA 1XGPC 1DYBA 1P2CC 5IELA 1L0JA 1CU0A 3C8SA 4WL7A 1T97A 1PQJA 1TCYA 1JSFA 3T36A 2FYDA 1FBIX 1TAYA 4H8ZA 4WLYA 1L09A 1GB2A 3AZ7A 5F81A 2MECA 2OE7X 3HBEX 3P66A 4BS7A 4I7JA 1CV0A 2CUUA 1XEKA 186LA 3CDVA 3N9AA 4W52A 2DQJY 1B7PA 1OUFA 3W6AA 2B73A 4WM5A 1L36A 1IWUA 1GFEA 3WUMA 1C6KA 1YL0X 108LA 2YSSC 1IWTA 3F9LA 1D6QA 4HJYA 5LIOA 4WM1A 1DYEA 1QSWA 2Z19A 1L31A 1C6HA 6LZMA 1QTDA 1QTVA 1G0GA 2VB1A 1CKDA 2HEBA 1L62A 4NHTA 2RBSA 4W59A 2F4GA 4H90A 3DMVA 2IHLA 5I5QA 1PQMA 1LSYA 1JKAA 1YANA 2DQDY 1IC7Y 3RUNA 4Z3MA 120LA 1VEDA 1HENA 1QS5A 3W6BA 1GF3A 1GF8A 5LVJA 4NIJA 4EXMA 2YBHA 1L71A 1UIAA 3OE8A 1IP2A 4H8XA 2FBDA 5B1GA 1QTBA 3UONA 1L43A 3J4GA 1GE3A 2OU8A 1LJ4A 1LTMA 1NHBA 1BB3A 1C6LA 4IJ4A 2LHMA 1LI2A 2ZIKA 214LA 1KW7A 3SBBC 1LKRA 1GBWA 1CNSA 5KXLA 144LA 1JJ0A 4FJRA 3K3TA 3P68A 2LYMA 5DN4A 1GFTA 4YOPA 259LA 3AGGG 1FLWA 2I6ZA 4C3WA 4BADA 1G7JC 2Q9DA 1LMOA 2X0AA 3RZEA 2OE4X 1N4FA 1BB4A 3LYTA 2MEEA 2O79A 3OK0A 1L55A 1BGIA 4RW2A 2H5ZA 198LA 2DKVA 1PQKA 3DN2A 1PQIA 1IWVA 1L17A 4HSFA 1LPIA 4WG1A 1L74A 2LZMA 2OE9X 133LA 2BQMA 4QDNA 239LA 104LA 2BQNA 3ZVQA 1DKKA 3HT6A 3SBAA 4LYOA 1LZ9A 158LA 1IC5Y 4EKRA 3DN6A 1C6JA 4OOTA 5LYMA 3GUJA 3CSZA 1YKXX 1LMQA 1OVHA 2B6YA 4XN6A 5APFA 4WM2A 4OWAA 2EKSC 3GXRA 3T6UA 3HU8A 5I4YA 3B0KA 1C10A 4FDYA 1LZBA 5I4XA 1GFHA 1JJ3A 3F6ZA 1XJTA 4NHPA 4MCKA 1LMCA 3TXIA 4B49A 165LA 1GB9A 1XGUC 1G7IC 4UWUA 4G9SA 115LA 2RBPA 1ZVYB 5APCA 1VDPA 1YKZX 2A7FA 1HEPA 223LA 4HPEA 1W08A 3FI5A 4Z41A 4H1PA 4KXIA 3HBHA 1UIHA 209LA 1WQOA 1J1PY 2RBQA 238LA 5KXKA 4CFOA 228LA 1LSBA 2BQAA 4BAPA 1UIFA 4GCBA 1DKJA 1GHLA 4WO6A 4QY9A 1OUHA 176LA 3HH5A 1REMA 1AZFA 3AW7A 4DAJA 1C6PA 1L01A 1TLAA 3LYMA 1RCMA 160LA 4LZTA 1OYUA 5II3A 1L06A 3C8RA 1D9WA 261LA 145LA 1I20A 3ATOA 3N9CA 2DBTA 134LA 246LA 5HNCA 4ARJA 1QTCA 1GB3A 217LA 4H9EA 1PQOA 113LA 1IWWA 1L91A 2RBOA 3IWRA 5HMJA 1QTKA 1GWDA 3GUNA 7LYZA 4O34A 3AYQA 4W56A 1LZNA 3CSQA 1HERA 4ARLA 4W53A 4TWSA 2ZYCA 2HUMA 229LA 1GE4A 5LYZA 2OU9A 123LA 1LSDA 1P56A 3RNXA 1DYAA 3RU5A 148LE 1OUEA 1B7RA 1XEJA 3KAMA 4LFXA 3WPKA 4J1AA 1LI3A 1G06A 1C6QA 5KXPA 138LA 4HJZA 4A7DA 3HUQA 2I26L 1HNLA 1NDGC 1L96A 3CDQA 118LA 2O7AA 1TBYA 1ZWNA 4ARMA 4CJ2A 1GE1A 1UA6Y 1H6MA 1GPQC 2MEHA 162LA 3WUAA 2BQOA 1BWIA 2B6ZA 1L86A 1LZTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3SB5 A;  230L A;  1C67 A;  1HHL A;  1REY A;  4I8S A;  215L A;  4N0J A;  2CJL A;  1MEL L;  2F4A A;  4MR1 A;  1WQQ A;  4H91 A;  1L26 A;  4H94 A;  3OE9 A;  1IP6 A;  1L19 A;  4EMN A;  1B7M A;  1LYH A;  4HV1 A;  146L A;  218L A;  5J7C A;  1L65 A;  3K2R A;  127L A;  1L69 A;  156L A;  1LSC A;  4DWX A;  157L A;  2D4I A;  2W1X A;  3PBL A;  3TXE A;  174L A;  1L77 A;  1CU6 A;  1F6S A;  234L A;  5LAG A;  143L A;  192L A;  102L A;  1L0K A;  2RB2 X;  1C08 C;  1JKB A;  1NBZ C;  1VFB C;  1JJ1 A;  1NQI A;  2GV0 A;  3BKV A;  4G4H A;  2ANV A;  2XQO A;  1LYY A;  5D5C A;  4NHS A;  1L03 A;  1XSF A;  4YXC A;  2BLX A;  4YXA C;  159L A;  2MEF A;  3F8V A;  3HTF A;  1CKF A;  3DKE X;  1D0L A;  1GF7 A;  1GAZ A;  3D4S A;  1P7S A;  4RDS A;  1LJK A;  2F2N A;  142L A;  1L64 A;  1K28 A;  1XGR C;  2L78 A;  2A7D A;  1L49 A;  3VWO A;  4OWC A;  3L64 A;  1L60 A;  5ILF A;  1V7T A;  1I1Z A;  3HUA A;  3JR6 A;  1DPX A;  5LVK A;  8LYZ A;  1GFU A;  1LZS A;  177L A;  5D5F A;  4YX7 C;  1UIE A;  3PDS A;  1L59 A;  1INU A;  2Z38 A;  1LSN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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