1RCMA

Crystal structure of a ubiquitin-dependent degradation substrate: a three-disulfide form of lysozyme
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a ubiquitin-dependent degradation substrate: a three-disulfide form of lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Gallus gallus
total genus 51
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1rcmA00
1IP5A 193LA 3G3BB 1LZNA 5I53A 1IOTA 4DYGA 1GBSA 1VDTA 3WPKA 5HQ1A 5L3IA 1GB8A 1UIBA 4NGOA 2HU3A 4HP0A 4ETAA 4NHQA 4LYTA 2HEAA 3M3UA 1LHHA 1HSWA 1OUJA 1QSAA 1WTNA 3WL2A 1XGTC 4ETCA 1BWJA 1XGUC 2CGIA 4NGKA 4XJIA 1GFHA 5K7OA 1BB4A 1B7NA 1OUHA 1KXXA 2LZ2A 4DD1A 2Q0MX 3WPJA 1UIFA 5KXRA 2CWIA 4ET8A 1XEIA 1DQJC 2HU1A 1GF7A 1JJ3A 4X3BA 5FDJA 3WUNA 5M1YA 1TAYA 1NHEA 2H9KA 5KXNA 1YQVY 1G7MC 5IELA 3TXIA 4N1CC 1UIGA 2HEDA 3AZ5A 4WLDA 1VDQA 1JJ1A 1B7QA 1LHIA 3CSQA 5B07A 1WQPA 1LZ6A 1AT6A 4RDSA 3LYOA 1AKIA 1VATA 3F6ZA 4HJZA 1DXJA 2ZIJA 1GBXA 1LYZA 2DBTA 1B5UA 4H9AA 4XJFA 5DN4A 5KXLA 1REMA 1IVMA 4G4HA 1GB5A 2BQCA 3LZ2A 3E3DA 4LT0A 4OOTA 1LJNA 1GF8A 1CNSA 2LYZA 5KXYA 6LYTA 1G7LC 3A67Y 1UA6Y 2ZQ3A 3P68A 1LZ5A 2F4AA 1NBYC 3A94A 1LJFA 4G9SA 1IP2A 3W6EA 4HPIA 2BQFA 4O34A 5APFA 5LINA 1XGPC 5A3EA 1YAPA 5F14A 3A90A 1GEZA 3LN2A 4C5FA 1LZBA 5KXKA 5C6JA 4P2EA 1LZ4A 3A6BY 5KJ9A 3D9AC 1HNLA 1JHLA 2Z18A 3A93A 1UCOA 5ILFA 4CGEA 4XJHA 3CSRA 2IHLA 1WQNA 3AZ7A 2YBJA 1LSZA 1GB2A 2BQGA 1DKKA 1OP9B 4GN3A 6LYZA 3WULA 4GCCA 4PRUA 3N9AA 1AM7A 2BQLA 5II3A 1D6PA 1PZYA 1KIPC 4GN4A 1XEKA 1I1ZA 4J1AA 4XN6A 5HMJA 3LYMA 1CKCA 4ETDA 4Z3MA 5LVHA 1LJJA 3IWRA 1MELL 2YBLA 1DKJA 4H8XA 3W6FA 1NBZC 4NGLA 1B5VA 5HNLA 1J1PY 2MEGA 4OWAA 2BQDA 4NSHA 1VDPA 2CDSA 1IC5Y 2WARA 1LSBA 5C6LA 4W94A 1GB3A 4HV2A 4GCFA 5KXZA 1DI4A 1XFPL 4B4EA 2Z38A 5DM9A 4YM8A 4NGYA 1CKDA 1OUCA 1GDXA 1VAUA 4PRQA 134LA 1PS5A 1GBZA 1JUGA 1FLYA 2B5ZA 1B7RA 1GXXA 3WW6A 1LYSA 1B7SA 1UBZA 1F0WA 4C3WA 1D0MA 1DPXA 1REXA 1LZEA 2HTXA 3EMSA 2DQDY 1LMCA 3T6UA 3AGIA 2A7FA 3WVYA 4XADA 3ZVQB 1GEVA 1LHKA 1UC0A 1YROA 1HSXA 1YL1X 4I8SA 1C46A 1LSNA 4NHIA 3BKHA 3QE8A 5KKIA 4N1EI 1B9OA 1WQMA 5F9XA 1F10A 4ET9A 4RW1A 5D5FA 2BAAA 1XGQC 5HNCA 3SP3A 1FKVA 1GE2A 1B5WA 1KIQC 1YILA 1LZAA 1ZVYB 4I0CA 4WLTA 1BVKC 1LYOA 3VWOA 1LZCA 1EQ4A 1GAYA 5L3HA 2RSCA 1GE3A 4TX7A 1EL1A 1YKXX 1ZVHL 4UWVA 1IWXA 1HELA 4LFXA 4LT1A 5FCPA 1OQMA 4WM2A 3B0KA 5APDA 2Z2FA 1LHLA 4WLXA 1E8LA 1HFZA 3HBEX 1IOCA 2BQKA 4XJDA 1W08A 2ZYPA 5LA5A 2LYMA 3HFMY 1QQYA 4WM6A 1LYYA 2H5ZA 4PHIA 5D5CA 2HEFA 4N0JA 4NWEA 3IJVA 5B06A 4OWBA 1LSYA 4B4IA 1QTEA 4CFPA 5F81A 1IWZA 4LZTA 4M6DA 2BQHA 1JWRA 4CFOA 1YAMA 2D4IA 2PC2A 3ATOA 4DDAA 4H9IA 1RJCB 4GCEA 4H9HA 2I26L 4WG1A 135LA 1JSEA 1V7SA 1B5ZA 4H94A 3CB7A 3WW5A 2ZNWY 1GE4A 2HUBA 4EMNA 5KXXA 4HTKA 4QDNA 3WYHA 1IY3A 3TXFA 2I6ZA 1JEFA 2ZIKA 4NGWA 3RU5A 4LYCA 3WVXA 1GB0A 1IP7A 1IX0A 4J7VA 1FLUA 1QSWA 3EBAB 4OW1A 5KXOA 4MR1A 2XTHA 4WL7A 1LZTA 2EKSC 4NSIA 1OUFA 1G7HC 3T36A 3WUAA 4LT3A 1GFTA 3A3RX 1BWHA 1JKDA 1B7PA 1XEJA 3A34A 4KPMA 5T3FA 4ZEEA 154LA 2ZNXY 1UUZC 2G4NA 5KKJA 2X0AA 1GB7A 1LSDA 1OUEA 3LHMA 1GE1A 4WLYA 3GXKA 2HEEA 2BLXA 1HMLA 2BQNA 4G49A 4PPOA 153LA 5C6IA 3WU8A 4DD2A 5ILCA 1TDYA 1DI3A 1J1OY 3B0OA 1CKHA 1HEMA 4U3XB 1NWGA 2BQEA 4OWHA 4AGAA 1B0DA 5LYTA 1C45A 1TCYA 4H9EA 5FELA 1JITA 3W6BA 1EQ5A 5APCA 1LZGA 3G3AB 5LA8A 4ZIXA 1GB6A 2GV0A 2Z39A 4NG8A 3ULRA 1JKBA 5DL9A 1LHMA 3TMWA 3TMUA 4B1AA 1JISA 1LSGA 2Z12A 1G7JC 1JTOL 3CT5A 3P66A 1IIZA 2HEBA 4H90A 2DQHY 4J0LA 4XYYA 5FSTA 1KXWA 3WU7A 1SLYA 1REZA 3WUMA 1GF0A 4Z98A 5LAGA 1Z55A 4NEBA 1ZV5L 3CT0A 1B5XA 4GCBA 4WO6A 4UWUA 1UIEA 1CKGA 2LYOA 1QTKA 1WQQA 2C8PA 1KIRC 4ETBA 1JPOA 4OWCA 1GFUA 1BQLY 4KXIA 3TXDA 2MECA 1OUBA 1GFKA 1G7IC 1GFJA 1AZFA 1VDSA 1YIKA 4LYOA 4WL6A 3FE0A 2DQGY 3OK0A 5AMYA 4RW2A 5IHGA 4GN5C 1LJIA 1LKSA 4H9CA 3P64A 1ZMYL 3RT5X 4BAFA 3QY4A 4HJVA 2D6BA 4PGJB 5IDDA 4ETEA 2D4KA 5LVGA 1YKZX 1H87A 207LA 1HFYA 1IWUA 3A8ZA 4LYMA 2YSSC 3TXHA 1XSFA 2W1MA 4CHXA 2NWDX 1CJ8A 3A96A 1LZRA 1LSFA 1LMAA 2VB1A 3WH1A 2XJWA 1V7TA 4WOAA 2Z2EA 1UIDA 1CJ7A 5A3ZA 1IP6A 2DQJY 1GHLA 2YBMA 4Z46A 1A4VA 3W6CA 4GLAA 4YEOA 4GCDA 1HFXA 1LMNA 4XJGA 4LYZA 1LOZA 1IP1A 1IC4Y 1BGIA 1LPIA 1TBYA 1N4FA 1B2KA 2DQAA 1BVXA 4TTDA 5KXPA 4H9FA 4BAPA 2BQOA 1FLWA 1JTTL 1IP3A 2CJLA 5JENB 3TXJA 4H9BA 3WU9A 3TXEA 1B7MA 2FBDA 4UWNA 1GFEA 1T6VL 3BKVA 1NDGC 2XBSA 4NGZA 1LMPA 1FN5A 4YOPA 1HHLA 1WQRA 4J1BA 4DD0A 3AW7A 3TXKA 1GE0A 4H1PA 3N9CA 4CJ2A 2MEIA 1IWVA 5F9UA 2HECA 4FJRA 5L9JA 4G4BA 1LJKA 4R0FA 3AZ6A 2MEAA 1OUIA 1UIAA 1VEDA 2EPEA 3B0IA 5DLAA 1OUDA 4DWXA 4G4CA 1IWTA 1I56A 3W6DA 2EQLA 3ZVQA 2ZWBA 4NGJA 4XJBA 2G4QA 4LT2A 3J6KA 3D3DA 4R6CA 1C43A 5DN5A 4EOFA 1NKHA 4QGZA 2MEDA 3LYTA 4NFVA 1HC0A 4DD3A 1LCNA 1LSCA 1QUTA 1D9UA 3TXBA 1NQIA 4RLMA 9LYZA 5KY1A 4ZFPA 4LYBA 4N8ZA 1BB3A 1QDTA 4NG1A 1BB5A 2FBBA 5I4XA 1GFVA 1FDLY 3ZEKA 1GXV2 4WM4A 1ALCA 2AUBA 3W3EA 4WG7A 4HPEA 5LYZA 1LSPA 4WO9A 4D9ZA 2FYCA 1OUGA 3B6LA 1H6MA 1GF9A 3AGHA 3EXDA 3J4GA 4B4JA 2W1LA 2BQMA 1RFPA 3AW6A 3K3TA 4H8ZA 5E9RA 1REYA 3AB6A 1C10A 1TEWA 4GLVA 1JJ0A 1B5YA 1F6SA 4OWEA 1QDRA 4HSFA 3A91A 2MEHA 1JSFA 1HEWA 3A6CY 3TXGA 3CSZA 3ATNA 1BB6A 1RCMA 1LMQA 4QEQA 1GF3A 2G4PA 5KXWA 2MEBA 1A2YC 1IOQA 2ZILA 3MGWA 4TUNA 3WXUA 4WM3A 4HJYA 3RNXA 4BS7A 194LA 2BQJA 4AXTA 1LZSA 5EBHA 1HEQA 1HEOA 1JTPL 5LYMA 2BQAA 3WMKA 5HMVA 2C8OA 4NY5A 5FHWA 1GDWA 5E4PA 1HF4A 4B0DA 3CT1A 1YAQA 2YBNA 5LVKA 5LXWA 4B49A 3AJNA 3OJPA 1IORA 4NGVA 4OOOA 5I54A 2EIZC 3HBHA 1XGRC 4NGIA 4DDBA 4H8YA 5KXMA 3W6AA 1GBWA 2BLYA 1DPWA 4IATA 1GFRA 2MEFA 1LJ3A 3WXTA 3P65A 1VFBC 1JIYA 1W6ZA 5LVJA 1GBOA 2D4JA 4HV1A 4RLNA 1B7LA 1C08C 1FKQA 2I25L 3A92A 1GPQC 4FDYA 4L41A 5LVIA 1C7PA 3A3QA 2YDGA 4KT3A 1F6RA 5B05A 1BHZA 2LZTA 4LFPA 1RE2A 3M18B 4DD7A 2LHMA 5FEKA 2H9JA 1LZ9A 4PJ2C 3FI7A 3P4ZA 4N5RA 2Z19A 5KXSA 1LJGA 4NSGA 1IY4A 2DKVA 2BPUA 3RW8A 1GBYA 4HTQA 1IR7A 1GF6A 1LHJA 4ML7A 4NHTA 4E3UA 4WMGA 4IJ4A 1HERA 1KXYA 1JKAA 1YAOA 1DI5A 2D91A 1LKRA 8LYZA 5I4YA 3QNGA 2F4GA 1INUA 1CJ6A 1FBIX 1JKCA 1LSEA 3EO5A 1HEPA 1IO5A 3CQLA 1YL0X 2F2NA 133LA 2ZYCA 3AGGG 1D0KA 1LSAA 1WVUA 4BADA 5I5QA 1CKFA 1CJ9A 1IOSA 1LJEA 1I20A 1GWDA 1IR9A 3B72A 5J7CA 2BQBA 1GF5A 4YENA 4WM5A 1EQEA 1NDMC 1LTMA 1LSMA 1UACY 4XENA 132LA 1LZYA 208LA 4DC4A 4Z41A 1YKYX 3AZ4A 4NIJA 2N5ZA 1D0LA 4DDCA 1DZBX 1J1XY 1LZ1A 1IWYA 1GF4A 4W96A 3N9EA 1LJHA 1NMMA 1GFGA 1GAZA 2W1YA 2XBRA 3KAMA 4WM1A 1WQOA 1IP4A 3WPLA 1O23A 5F16A 1LZDA 1GB9A 1UIHA 4TSCA 4H92A 2YBHA 4MCKA 4TWSA 2FYDA 4H93A 2YBIA 5APEA 1RI8B 2BQIA 1GFAA 1LJ4A 1SQ2L 4ANRA 3LZTA 1BB7A 4NWHA 3TMXA 1NF5A 4NHPA 1D6QA 1AT5A 4H91A 2Z37A 4M4OA 5B59A 3RZ4A 4DD9A 2YVBA 1IWWA 1LMTA 2Y8PA 4IASA 4NHSA 5B1GA 2DQCY 1QIOA 1IEEA 1UICA 2DQEY 4LGKA 4YEMA 1GD6A 7LYZA 1P2CC 4N9RA 4YF2A 2MEEA 4II8A 1OUAA 5LIOA 4A7DA 1T3PA 1LMOA 1WVVA 2A7DA 1HMKA 1BWIA 4QY9A 4NSJA 5B1FA 3TMVA 4HTNA 1HENA 3A95A 1IR8A 1WTMA 4KL7A 3GXRA 5HLLA 2F30A 5KXTA 2IFFY 2W1XA 1LZ8A 3IJUA 5I4WA 1IC7Y 1LAAA 2DQFC 3LYZA 4DT3A 1B7OA 2ZQ4A 3AYQA 4MSTA 2DQIY 4TSBA 3HBDA 1QUSA 5LAFA 1MLCE 1FLQA 1YANA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I53A 3UONA 240LA 5L3IA 249LA 5HQ1A 1UIBA 4NGOA 4ETAA 2HEAA 3M3UA 1LHHA 1L45A 1BWJA 1BB4A 1B7NA 1OUHA 1QTZA 2RB1X 3WUNA 5FDJA 1NHEA 2H9KA 1G7MC 4OO9A 5IELA 3AZ5A 1VDQA 1AT6A 181LA 170LA 4RDSA 3LYOA 1AKIA 4HJZA 2ZIJA 5KXLA 1B5UA 4H9AA 4XJFA 1L29A 3DNAA 1QTCA 4OOTA 3E3DA 1LJNA 5KXYA 4I7LA 4LDLA 1SX7A 6LYTA 147LA 1L63A 229LA 1UA6Y 3P68A 2F4AA 1NBYC 4G9SA 3HWLA 164LA 2B6XA 1C6AA 3LN2A 4C5FA 1LZBA 102LA 108LA 4P2EA 1LZ4A 1HNLA 3A93A 167LA 4CGEA 2YBJA 1DKKA 4GN3A 142LA 3WULA 1D6PA 4GN4A 4J1AA 1C6KA 7LZMA 5LVHA 1LJJA 1MELL 4NGLA 1B5VA 1L81A 2MEGA 4W54A 1L86A 2WARA 3V2YA 1P64A 201LA 1XJUA 1DI4A 1XFPL 2Z38A 4YX7C 1PQOA 171LA 1L89A 216LA 2B6TA 1VAUA 172LA 3C7WA 2B5ZA 3WW6A 1UBZA 4ARPA 156LA 1REXA 3EMSA 1P5CA 1CUPA 2DQDY 3ZVQB 1LHKA 1YROA 4EKSA 1HSXA 168LA 4LDEA 1C46A 3HTGA 1L67A 1C60A 3PBLA 140LA 5F9XA 127LA 1L39A 3ODUA 1FKVA 214LA 1LZAA 4WLTA 1BVKC 1LYOA 115LA 1EQ4A 1L34A 1ZVHL 2Z6BA 1L77A 2OE7X 4LT1A 1OQMA 1QT7A 3B0KA 2Z2FA 3FADA 1T6HA 5LA5A 1QUGA 4WM6A 1QQYA 1LYYA 213LA 5D5CA 4NWEA 4OWBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IP5 A;  193L A;  3G3B B;  1LZN A;  5I53 A;  1IOT A;  4DYG A;  1GBS A;  1VDT A;  3WPK A;  5HQ1 A;  5L3I A;  1GB8 A;  1UIB A;  4NGO A;  2HU3 A;  4HP0 A;  4ETA A;  4NHQ A;  4LYT A;  2HEA A;  3M3U A;  1LHH A;  1HSW A;  1OUJ A;  1QSA A;  1WTN A;  3WL2 A;  1XGT C;  4ETC A;  1BWJ A;  1XGU C;  2CGI A;  4NGK A;  4XJI A;  1GFH A;  5K7O A;  1BB4 A;  1B7N A;  1OUH A;  1KXX A;  2LZ2 A;  4DD1 A;  2Q0M X;  3WPJ A;  1UIF A;  5KXR A;  2CWI A;  4ET8 A;  1XEI A;  1DQJ C;  2HU1 A;  1GF7 A;  1JJ3 A;  4X3B A;  5FDJ A;  3WUN A;  5M1Y A;  1TAY A;  1NHE A;  2H9K A;  5KXN A;  1YQV Y;  1G7M C;  5IEL A;  3TXI A;  4N1C C;  1UIG A;  2HED A;  3AZ5 A;  4WLD A;  1VDQ A;  1JJ1 A;  1B7Q A;  1LHI A;  3CSQ A;  5B07 A;  1WQP A;  1LZ6 A;  1AT6 A;  4RDS A;  3LYO A;  1AKI A;  1VAT A;  3F6Z A;  4HJZ A;  1DXJ A;  2ZIJ A;  1GBX A;  1LYZ A;  2DBT A;  1B5U A;  4H9A A;  4XJF A;  5DN4 A;  5KXL A;  1REM A;  1IVM A;  4G4H A;  1GB5 A;  2BQC A;  3LZ2 A;  3E3D A;  4LT0 A;  4OOT A;  1LJN A;  1GF8 A;  1CNS A;  2LYZ A;  5KXY A;  6LYT A;  1G7L C; 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 1CKF A;  1CJ9 A;  1IOS A;  1LJE A;  1I20 A;  1GWD A;  1IR9 A;  3B72 A;  5J7C A;  2BQB A;  1GF5 A;  4YEN A;  4WM5 A;  1EQE A;  1NDM C;  1LTM A;  1LSM A;  1UAC Y;  4XEN A;  132L A;  1LZY A;  208L A;  4DC4 A;  4Z41 A;  1YKY X;  3AZ4 A;  4NIJ A;  2N5Z A;  1D0L A;  4DDC A;  1DZB X;  1J1X Y;  1LZ1 A;  1IWY A;  1GF4 A;  4W96 A;  3N9E A;  1LJH A;  1NMM A;  1GFG A;  1GAZ A;  2W1Y A;  2XBR A;  3KAM A;  4WM1 A;  1WQO A;  1IP4 A;  3WPL A;  1O23 A;  5F16 A;  1LZD A;  1GB9 A;  1UIH A;  4TSC A;  4H92 A;  2YBH A;  4MCK A;  4TWS A;  2FYD A;  4H93 A;  2YBI A;  5APE A;  1RI8 B;  2BQI A;  1GFA A;  1LJ4 A;  1SQ2 L;  4ANR A;  3LZT A;  1BB7 A;  4NWH A;  3TMX A;  1NF5 A;  4NHP A;  1D6Q A;  1AT5 A;  4H91 A;  2Z37 A;  4M4O A;  5B59 A;  3RZ4 A;  4DD9 A;  2YVB A;  1IWW A;  1LMT A;  2Y8P A;  4IAS A;  4NHS A;  5B1G A;  2DQC Y;  1QIO A;  1IEE A;  1UIC A;  2DQE Y;  4LGK A;  4YEM A;  1GD6 A;  7LYZ A;  1P2C C;  4N9R A;  4YF2 A;  2MEE A;  4II8 A;  1OUA A;  5LIO A;  4A7D A;  1T3P A;  1LMO A;  1WVV A;  2A7D A;  1HMK A;  1BWI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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