1SSWA

Crystal structure of phage t4 lysozyme mutant y24a/y25a/t26a/i27a/c54t/c97a
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGAAAAGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Alanine-scanning mutagenesis of the beta-sheet region of phage T4 lysozyme suggests that tertiary context has a dominant effect on beta-sheet formation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1sswA00
166LA 1C6MA 3CDQA 4DKLA 3NY9A 1QS9A 1LYFA 2B72A 3PBLA 1D3FA 212LA 141LA 3GUIA 3DN0A 213LA 3SB8A 4LDOA 4I7OA 1LW9A 1EPYA 157LA 1CUPA 1P56A 3F9LA 1CV0A 2HUMA 3HT7A 160LA 1L24A 3C7WA 1L59A 115LA 1CV6A 1DYGA 3DNAA 1L95A 1KW7A 1QSQA 3DN3A 2OE4X 119LA 1L05A 3ODUA 3HT8A 1QTHA 2LCBA 3C83A 1LYJA 4ARMB 1L84A 3HUQA 1C6KA 148LE 1L92A 3DN1A 111LA 2OE9X 1L06A 1L01A 3HH3A 256LA 1L69A 1L46A 169LA 2Q9EA 3C8QA 4GRVA 4LDLA 1L09A 162LA 113LA 1SSWA 1QTDA 1L10A 3GUMA 1L20A 254LA 3QAKA 7LZMA 1C61A 1P6YA 1G06A 1L70A 1PQJA 3RUNA 1JQUA 1G0GA 1P5CA 231LA 4W54A 144LA 1L52A 188LA 3DN2A 1CVKA 1ZYTA 3DN4A 2B73A 1LLHA 1L30A 1L04A 1C6GA 1SWYA 1QUDA 1T97A 4ARQA 4I7MA 1C6JA 3SN6R 222LA 253LA 3NY8A 1P3NA 4W58A 2RAZX 1QT5A 4I7TA 199LA 1L54A 5I14A 4EPIA 1KNIA 1L39A 128LA 3FADA 1L80A 1KY1A 260LA 2OTZX 3CDOA 3SB6A 234LA 3JR6A 1L0KA 2ANXA 4YXCA 1OVHA 1L64A 257LA 1G0LA 245LA 2OU9A 1L03A 3DN6A 3C7YA 3HTGA 1B6IA 1L18A 3CDRA 238LA 155LA 1L26A 4S0WA 1OYUA 2RBQA 1L41A 3C81A 108LA 1CU0A 1G1VA 3C8RA 1P2RA 1G07A 1L91A 1L79A 244LA 1L97A 1C68A 1D3JA 3K2RA 2OTYX 1XEPA 1DYAA 2O79A 126LA 3DKEX 1C62A 4ARLA 3HU9A 2RBSA 127LA 4PK0A 1L29A 103LA 1DYEA 205LA 1PQIA 261LA 3HT6A 1TLAA 4E97A 242LA 3L2XA 3D4SA 1L53A 1LI3A 250LA 3HH4A 5LZMA 182LA 4W57A 3CDTA 2RBNA 149LA 1P37A 200LA 1QT8A 168LA 221LA 1C6CA 1L19A 3HTDA 109LA 1L76A 2ANVA 3GUNA 167LA 1C6EA 1LYEA 1LGWA 2OEAX 3C82A 2B70A 165LA 2L78A 197LA 1QT3A 240LA 112LA 1C6HA 1L47A 3HUAA 1ZURA 1CU3A 1C65A 1L40A 3GUOA 142LA 235LA 3G3WA 123LA 252LA 1L62A 1L82A 217LA 2B6YA 1CV3A 216LA 4AQNA 3HDEA 3HUKA 243LA 4I7LA 196LA 195LA 1L71A 1JTMA 225LA 1C6TA 1L75A 1L50A 248LA 1SX7A 122LA 1L57A 1QUGA 1CX7A 1D3MA 1L17A 1QT4A 1L13A 1L49A 1OWZA 262LA 2B7XA 3SB7A 1L21A 137LA 1C6QA 227LA 2OE7X 1L99A 1WTHA 236LA 1QS5A 4W52A 1OVKA 1L88A 246LA 2IGCA 251LA 1L38A 3CDVA 189LA 1L28A 1L83A 110LA 1L67A 6LZMA 1L23A 1L51A 185LA 3HWLA 3HH6A 2F32A 4PJZA 1LI2A 4I7PA 3V2YA 102LA 184LA 3C8SA 1P2LA 3SB5A 129LA 3HU8A 4W56A 1L89A 120LA 4W59A 3OE8A 146LA 192LA 1C64A 3LZMA 4I7SA 170LA 1LPYA 1D3NA 2HULA 3GULA 237LA 1QTZA 1I6SA 3DN8A 1L11A 2OU8A 2B74A 1QSBA 4I7RA 1L02A 130LA 1L94A 249LA 1C6LA 1C6DA 201LA 3V2WA 2RBPA 1D2WA 1SWZA 3UONA 3FI5A 1L87A 1C6BA 1PQMA 4LZMA 4GBRB 114LA 1L96A 147LA 1D2YA 1SX2A 1L32A 1DYBA 1L35A 104LA 1L55A 2RAYX 1C69A 258LA 1G0MA 4EKRA 1G0KA 1C67A 1L68A 1C66A 180LA 1OWYA 4ARMA 1L90A 2RBRA 2O7AA 1L61A 1P36A 3OE6A 2Z6BA 1K28A 4DAJA 198LA 1L16A 1L22A 3DMZA 4EKQA 4ARJA 1L72A 2F2QA 4K5YA 1C60A 2RB1X 223LA 3F8VA 1LWKA 1L44A 1T8FA 1L65A 3EMLA 158LA 1CU2A 3C7ZA 181LA 1KY0A 1L07A 1L81A 2RB0X 210LA 2RB2X 1OVJA 1L98A 1CUQA 1L85A 1JTNA 214LA 1QT6A 131LA 1L12A 4ARQB 138LA 3DMVA 1LWGA 1KS3A 3HT9A 143LA 1L00A 1T6HA 1D9WA 163LA 1P46A 1L31A 2B75A 3C80A 1L43A 4EXMA 1L48A 1LGUA 218LA 1G0PA 4EKSA 140LA 178LA 1LYIA 183LA 2Q9DA 1P7SA 2OU0X 1XJUA 2LC9A 156LA 125LA 172LA 229LA 241LA 233LA 2B6TA 1L15A 2QB0B 1DYCA 255LA 3NYAA 1P64A 2CUUA 215LA 1CTWA 1CV5A 1L60A 3SB9A 1L56A 1QUHA 4EJ4A 3DMXA 1L86A 191LA 1KW5A 1DYFA 1SSYA 1L27A 1QT7A 259LA 1L66A 4YXAC 4I7KA 1LYDA 1C6PA 1G0QA 3HH5A 1QTBA 4W55A 118LA 1C6AA 1L74A 1L33A 1DYDA 211LA 1QUOA 1OV5A 187LA 1LGXA 3SBBC 2LZMA 173LA 3GUPA 4I7JA 3PDSA 2A4TA 1L37A 232LA 3L64A 1XJTA 1OV7A 1LYGA 1T8GA 1L34A 164LA 1C6NA 1CX6A 150LA 177LA 1L14A 1QTVA 1LYHA 4I7NA 4EKPA 4IAPA 1T8AA 1QTCA 186LA 2RBOA 219LA 107LA 1PQOA 209LA 1L25A 175LA 4YX7C 176LA 1ZWNA 224LA 3FA0A 2O4WA 1L58A 3GUJA 3HTFA 151LA 3G3VA 1G0JA 4W53A 2NTGA 1NHBA 2RH1A 1CV1A 139LA 4LDEA 1L73A 3OE9A 2F47A 3OE0A 1L36A 1L42A 1G1WA 152LA 1L77A 2B6WA 190LA 1L93A 4W51A 1C6IA 206LA 228LA 2HUKA 230LA 1PQKA 3HTBA 2QARC 161LA 3GUKA 4ZPUA 4DJHA 4OO9A 239LA 3RZEA 1L08A 159LA 1CU6A 3G3XA 4I7QA 1C63A 247LA 1L0JA 4EPFA 1L45A 226LA 1LI6A 4ARPA 1L63A 145LA 2B6XA 2NTHA 3SBAA 174LA 3HDFA 171LA 1C6FA 3VW7A 1CV4A 1PQDA 1CU5A 220LA 2B6ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DKLA 1CKHA 2B72A 1G7IC 212LA 5KXLA 4LYMA 1GBYA 4I0CA 3AGGG 2Z2EA 1XFPL 4YOPA 3TMWA 1LSFA 1GPQC 2HUBA 160LA 4LT3A 1GF6A 1L24A 3C7WA 3RT5X 1LZNA 5F16A 1QSQA 3J4GA 1BWIA 119LA 1L05A 1XGUC 1LSGA 4NSHA 1RE2A 1IR7A 2LCBA 1BB3A 1W08A 3C83A 1LMTA 4WOAA 4OOTA 5F9XA 4GCCA 1C6KA 1BB4A 1L92A 1QUTA 5B1FA 2Y8PA 1JKBA 1JJ1A 1L46A 162LA 3WW5A 1SSWA 5KJ9A 1L10A 5FEKA 3GUMA 5T3FA 1C61A 1P6YA 1G06A 5LYZA 1JQUA 2F2NA 1G0GA 1P5CA 231LA 4W54A 188LA 1ZYTA 1T6VL 2B73A 4CFOA 1JHLA 3WU8A 1GBOA 1LZAA 4H9EA 3SN6R 222LA 2ZWBA 3NY8A 3TMUA 132LA 4W58A 1L54A 5I14A 1B0DA 5HMJA 1LSYA 3RNXA 3FADA 1QTEA 1L0KA 4LYOA 1XEKA 1UICA 1L64A 2XBSA 1LZ5A 1BB6A 1L03A 3M18B 238LA 5KXSA 1IORA 1L41A 3C81A 108LA 1CU0A 3C8RA 1L91A 1YKZX 2LYMA 1TEWA 4XENA 4C3WA 1XGRC 1DYAA 5IHGA 2BQIA 1BGIA 1AZFA 5B1GA 1EL1A 5LVGA 1C62A 5LIOA 2BPUA 4NG8A 5KXMA 1GB8A 1TLAA 2HEBA 4E97A 3L2XA 1L53A 250LA 2B5ZA 4Z3MA 2H5ZA 1GFGA 1IWWA 168LA 3WXTA 5FELA 1L76A 2ANVA 4DD2A 1LGWA 2B70A 165LA 2L78A 2FBDA 1FLYA 2HEFA 1B7SA 2HTXA 3HUAA 4KL7A 1CU3A 4NSGA 235LA 123LA 252LA 217LA 4TUNA 2GV0A 4RLMA 1CKDA 3HDEA 2MEBA 3HUKA 4XJIA 243LA 3HBDA 1L71A 2X0AA 4WLTA 2Z18A 1QDRA 2HU1A 1L75A 3LHMA 4I8SA 2BQEA 4HTQA 1L13A 1JKAA 4E3UA 1AM7A 1QS5A 1UCOA 1OVKA 246LA 4WL6A 2A7FA 3BKVA 6LZMA 2F32A 1LI2A 4YEOA 2BQMA 1DZBX 3AZ5A 102LA 3C8SA 1L89A 120LA 5HNLA 1NBYC 3J6KA 192LA 170LA 1LPYA 2MECA 1HNLA 2OU8A 4G4BA 5DLAA 3V2WA 3M3UA 4H9CA 4LZMA 1ZVYB 1L32A 1EQ4A 1DYBA 1L35A 2RAYX 4H8YA 1RCMA 1IY4A 4IATA 1OUDA 1B7MA 1L61A 1D9UA 5A3ZA 2HU3A 4OWBA 4WM3A 1LZEA 1HMKA 1K28A 4TSBA 4DAJA 198LA 2IFFY 2Z2FA 1VATA 4WLYA 3F8VA 4N1EI 1LZTA 1FLQA 3AZ7A 3EMLA 1HMLA 181LA 3W6FA 1KY0A 1L85A 3LYZA 4ML7A 1JTNA 214LA 1QT6A 2D91A 1BVKC 1L12A 3B0IA 1KS3A 2DQJY 1D9WA 1L31A 1AT6A 3C80A 3BKHA 218LA 1G0PA 1OUBA 178LA 3CB7A 1XGTC 1P7SA 2Z37A 4H94A 1C08C 1XJUA 4DDCA 4XYYA 241LA 1LSCA 4H9BA 1GWDA 255LA 4G49A 3AGHA 4ETEA 1UIGA 1CV5A 3N9CA 1XEJA 1F0WA 3TXDA 3B72A 4EJ4A 1L86A 4R6CA 2Z12A 1IC5Y 3W6EA 3VWOA 5DN5A 1G0QA 2LYZA 1JTTL 4W55A 3F6ZA 1OQMA 1DYDA 1FDLY 2BLXA 1REXA 3WULA 3ATNA 5C6IA 1KIPC 2VB1A 4H9IA 4WM2A 1LPIA 3GUPA 4I7JA 1KXYA 4IJ4A 1IOCA 3TMXA 4NGYA 1DPWA 1NWGA 1GF7A 3IJUA 1L34A 2D4IA 5APDA 150LA 3KAMA 1DPXA 4ETAA 2LZ2A 4B1AA 4EKPA 4IAPA 3N9AA 107LA 1OUHA 2ZYPA 3P68A 1LSZA 1L25A 4WLDA 1ZWNA 3P65A 2O4WA 1VDQA 1IP5A 1IWXA 1LSDA 2F4GA 1G0JA 4W53A 1ZV5L 4CJ2A 207LA 2BQCA 4LDEA 3OE9A 2F47A 153LA 1L42A 1YAMA 4NGIA 1L77A 2DQIY 2B6WA 1XSFA 3A8ZA 4A7DA 1VAUA 5LYMA 3GUKA 239LA 1H87A 5LVJA 4H1PA 1CU6A 4I7QA 1QQYA 1LI6A 3WPJA 174LA 3HDFA 4DQ7A 2DQDY 4H93A 3VW7A 1CV4A 1IIZA 166LA 4RDSA 5L9JA 1GB7A 1GF0A 1MELL 1ZMYL 1LJFA 5FDJA 1LYFA 1EQ5A 1PS5A 1BVXA 4LDOA 4I7OA 4H8ZA 4PHIA 2W1XA 1EPYA 1P56A 1GHLA 4GCBA 5FHWA 3CT0A 1L59A 4FDYA 3DNAA 1LJ4A 1C10A 1UIFA 3ODUA 2W1MA 4RW2A 5DM9A 2YVBA 1QTHA 1I20A 5I4XA 3D9AC 1LKRA 4CFPA 1GBWA 3DN1A 111LA 1LZYA 1DKKA 1L06A 5HMVA 256LA 4XJHA 4LDLA 5FSTA 3A95A 1B5WA 254LA 1L70A 1LJIA 1LMCA 144LA 1L52A 2BQKA 1CVKA 1HEQA 2ZYCA 1C6GA 1SWYA 4DWXA 4LYCA 1C6JA 253LA 3P64A 1SQ2L 1QT5A 199LA 3IJVA 4EPIA 1KNIA 1L39A 1JWRA 1KY1A 1BQLY 2BQAA 2CGIA 3A90A 3JR6A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DKL A;  1CKH A;  2B72 A;  1G7I C;  212L A;  5KXL A;  4LYM A;  1GBY A;  4I0C A;  3AGG G;  2Z2E A;  1XFP L;  4YOP A;  3TMW A;  1LSF A;  1GPQ C;  2HUB A;  160L A;  4LT3 A;  1GF6 A;  1L24 A;  3C7W A;  3RT5 X;  1LZN A;  5F16 A;  1QSQ A;  3J4G A;  1BWI A;  119L A;  1L05 A;  1XGU C;  1LSG A;  4NSH A;  1RE2 A;  1IR7 A;  2LCB A;  1BB3 A;  1W08 A;  3C83 A;  1LMT A;  4WOA A;  4OOT A;  5F9X A;  4GCC A;  1C6K A;  1BB4 A;  1L92 A;  1QUT A;  5B1F A;  2Y8P A;  1JKB A;  1JJ1 A;  1L46 A;  162L A;  3WW5 A;  1SSW A;  5KJ9 A;  1L10 A;  5FEK A;  3GUM A;  5T3F A;  1C61 A;  1P6Y A;  1G06 A;  5LYZ A;  1JQU A;  2F2N A;  1G0G A;  1P5C A;  231L A;  4W54 A;  188L A;  1ZYT A;  1T6V L;  2B73 A;  4CFO A;  1JHL A;  3WU8 A;  1GBO A;  1LZA A;  4H9E A;  3SN6 R;  222L A;  2ZWB A;  3NY8 A;  3TMU A;  132L A;  4W58 A;  1L54 A;  5I14 A;  1B0D A;  5HMJ A;  1LSY A;  3RNX A;  3FAD A;  1QTE A;  1L0K A;  4LYO A;  1XEK A;  1UIC A;  1L64 A;  2XBS A;  1LZ5 A;  1BB6 A;  1L03 A;  3M18 B;  238L A;  5KXS A;  1IOR A;  1L41 A;  3C81 A;  108L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4DKL A;  1CKH A;  2B72 A;  1G7I C;  212L A;  5KXL A;  4LYM A;  1GBY A;  4I0C A;  3AGG G;  2Z2E A;  1XFP L;  4YOP A;  3TMW A;  1LSF A;  1GPQ C;  2HUB A;  160L A;  4LT3 A;  1GF6 A;  1L24 A;  3C7W A;  3RT5 X;  1LZN A;  5F16 A;  1QSQ A;  3J4G A;  1BWI A;  119L A;  1L05 A;  1XGU C;  1LSG A;  4NSH A;  1RE2 A;  1IR7 A;  2LCB A;  1BB3 A;  1W08 A;  3C83 A;  1LMT A;  4WOA A;  4OOT A;  5F9X A;  4GCC A;  1C6K A;  1BB4 A;  1L92 A;  1QUT A;  5B1F A;  2Y8P A;  1JKB A;  1JJ1 A;  1L46 A;  162L A;  3WW5 A;  1SSW A;  5KJ9 A;  1L10 A;  5FEK A;  3GUM A;  5T3F A;  1C61 A;  1P6Y A;  1G06 A;  5LYZ A;  1JQU A;  2F2N A;  1G0G A;  1P5C A;  231L A;  4W54 A;  188L A;  1ZYT A;  1T6V L;  2B73 A;  4CFO A;  1JHL A;  3WU8 A;  1GBO A;  1LZA A;  4H9E A;  3SN6 R;  222L A;  2ZWB A;  3NY8 A;  3TMU A;  132L A;  4W58 A;  1L54 A;  5I14 A;  1B0D A;  5HMJ A;  1LSY A;  3RNX A;  3FAD A;  1QTE A;  1L0K A;  4LYO A;  1XEK A;  1UIC A;  1L64 A;  2XBS A;  1LZ5 A;  1BB6 A;  1L03 A;  3M18 B;  238L A;  5KXS A;  1IOR A;  1L41 A;  3C81 A;  108L A; 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