1SSYA

Crystal structure of phage t4 lysozyme mutant g28a/i29a/g30a/c54t/c97a
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIAAAHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Alanine-scanning mutagenesis of the beta-sheet region of phage T4 lysozyme suggests that tertiary context has a dominant effect on beta-sheet formation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 55
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ssyA00
1SWYA 3DMZA 3C7YA 162LA 1L42A 1PQOA 1C60A 1LYGA 3V2YA 1P7SA 171LA 1CV1A 229LA 201LA 4E97A 1CUPA 1L20A 1QS5A 2F2QA 180LA 2LCBA 197LA 1XJUA 1L0KA 183LA 2B72A 221LA 1D3MA 104LA 120LA 3GUIA 4ARQB 1CV3A 1L70A 212LA 250LA 1L31A 1QUDA 1OWYA 1P2RA 127LA 3HH3A 139LA 2RBNA 1L44A 253LA 1L04A 1SWZA 235LA 199LA 3HUQA 206LA 4ARJA 1L97A 1P64A 1L55A 236LA 1C65A 103LA 1CU5A 3DMVA 1QUGA 4I7JA 3QAKA 2RBRA 228LA 254LA 1KW5A 2RBPA 1C6HA 239LA 1L21A 3UONA 1JQUA 1L59A 187LA 1L86A 3L64A 1I6SA 1KW7A 159LA 1DYAA 189LA 1L51A 1QT3A 2F32A 3DNAA 3GULA 238LA 246LA 2B70A 174LA 1L99A 1QUOA 1L85A 1L61A 240LA 1CX7A 1C63A 1P37A 3HT6A 3HU9A 157LA 1L54A 156LA 1LI3A 3SB6A 3K2RA 150LA 2RB2X 1D2WA 1L98A 3C8RA 1L76A 234LA 258LA 1K28A 152LA 3HUKA 3HU8A 3HWLA 4W51A 2O7AA 3DN2A 1L50A 1L84A 3V2WA 1LGWA 1L23A 3HDEA 2L78A 1L43A 1QT7A 2B6XA 1DYFA 3DN3A 1DYBA 1D9WA 218LA 2RBSA 3SB8A 1C6TA 3ODUA 7LZMA 144LA 2OE4X 1WTHA 1L47A 2B7XA 2B73A 1PQKA 3F8VA 3FI5A 1L22A 118LA 3C7ZA 3GUOA 1T8AA 3SB5A 188LA 3CDVA 3GUMA 1LYIA 1L32A 168LA 3OE0A 2LC9A 1L02A 1C64A 1OVHA 1PQMA 1QTCA 1L01A 161LA 122LA 2O4WA 195LA 1L34A 4ARMA 1L00A 111LA 1L15A 1DYEA 1L46A 2RAYX 1JTMA 1L94A 1OV5A 3HTDA 1L30A 2OEAX 112LA 1LWKA 227LA 1QTVA 2OU0X 1QT8A 178LA 1C6IA 166LA 1PQIA 2HUMA 3L2XA 1G0LA 1QUHA 3HH5A 2RBQA 1CTWA 107LA 4ARLA 1D3JA 2B6WA 1LPYA 170LA 1QTDA 222LA 1L96A 3HTFA 4I7QA 1L13A 1CV5A 2NTGA 2ANVA 261LA 3F9LA 3NY9A 4W59A 1LW9A 1L56A 1LYHA 4W54A 2QB0B 1C6LA 1KS3A 1QTZA 4LDLA 247LA 3G3WA 216LA 1L28A 1L0JA 1L27A 1L90A 155LA 248LA 242LA 4DKLA 1C6EA 141LA 213LA 3LZMA 1L33A 3CDOA 1C6AA 1QS9A 1L38A 2RB1X 3GUPA 3GUJA 182LA 4EXMA 1CU2A 1G1WA 1L74A 1L58A 126LA 1G0GA 108LA 1P56A 1QSBA 1LWGA 2LZMA 1CV6A 1L69A 3DN1A 1PQJA 1L39A 1LYJA 257LA 1C69A 1C6NA 1P6YA 1ZWNA 1G0MA 3HTBA 1L72A 1OVJA 1L10A 1L29A 1G0PA 167LA 2O79A 4LZMA 4AQNA 4DJHA 2Q9DA 1C6JA 1L68A 1P5CA 214LA 1L66A 1L73A 4I7OA 1L53A 1C6FA 259LA 4YXCA 4PJZA 3C8SA 1C6QA 3HTGA 1JTNA 1T8GA 1LI6A 244LA 128LA 262LA 3OE9A 1QT4A 1LI2A 3OE6A 3HT9A 1CU3A 3OE8A 1C61A 4DAJA 1C62A 2Q9EA 1L36A 191LA 143LA 2B6ZA 1G0QA 1L45A 226LA 1QSQA 172LA 130LA 192LA 1L05A 4EPFA 6LZMA 1SSYA 232LA 1L11A 1C6DA 4S0WA 1L14A 110LA 198LA 1CU0A 2ANXA 3DN0A 3EMLA 2OTZX 1QT6A 3GUNA 2B74A 2B6YA 3SBAA 1T8FA 1C68A 1OWZA 4GRVA 138LA 1CUQA 173LA 3DN6A 3CDTA 1KY1A 4ZPUA 1P46A 225LA 1L88A 1D3FA 1LYDA 1L80A 169LA 137LA 3C8QA 1L79A 184LA 4PK0A 1C6KA 1L37A 224LA 146LA 1L52A 4I7SA 2B75A 119LA 2F47A 205LA 215LA 4I7LA 1L16A 4YX7C 1L40A 185LA 125LA 4W56A 3SB7A 3SBBC 4W57A 1C6GA 1EPYA 1L41A 3DKEX 1KNIA 1L12A 3HT8A 249LA 1CX6A 115LA 210LA 233LA 1CVKA 1L83A 2OU9A 4EKQA 211LA 1OVKA 3DMXA 1QT5A 2B6TA 1L81A 2RBOA 3JR6A 4K5YA 1L35A 3SN6R 164LA 3C81A 149LA 158LA 1L89A 145LA 147LA 1DYDA 1L07A 4I7KA 1D2YA 1L63A 1G0KA 123LA 219LA 3RZEA 3PDSA 2CUUA 1ZYTA 217LA 196LA 4OO9A 1LGXA 1L62A 237LA 2A4TA 3VW7A 1SX7A 255LA 1XJTA 3CDQA 1KY0A 1T97A 3PBLA 148LE 1G07A 1C6PA 1OYUA 1L06A 1B6IA 1LGUA 4EKPA 1L24A 1L09A 1NHBA 1XEPA 3G3XA 3HDFA 140LA 160LA 165LA 1OV7A 4YXAC 2OTYX 260LA 1L71A 4W58A 4W53A 1CV0A 1P3NA 1L25A 5I14A 1L17A 1QTHA 3FA0A 1L03A 3FADA 200LA 2HULA 4I7TA 4I7NA 4ARMB 3C80A 102LA 1L48A 1P2LA 2Z6BA 1L91A 1L75A 142LA 1TLAA 4ARQA 4EJ4A 4EPIA 181LA 1C6MA 2HUKA 176LA 1L77A 4EKSA 2IGCA 3HH4A 163LA 1C6BA 1C6CA 1L95A 2OE9X 1L18A 1SX2A 4W55A 1LYFA 252LA 4LDOA 4W52A 251LA 2OE7X 2NTHA 1C66A 151LA 223LA 1L49A 3CDRA 1QTBA 2RB0X 1L60A 1L65A 1DYGA 209LA 256LA 1PQDA 175LA 5LZMA 3DN4A 1LLHA 1LYEA 1L19A 3C82A 1L08A 3NY8A 1L64A 3C83A 3D4SA 3DN8A 1C67A 1CU6A 113LA 109LA 114LA 190LA 3G3VA 2RH1A 4I7RA 2OU8A 1L93A 3RUNA 1L82A 186LA 3SB9A 4EKRA 131LA 1CV4A 1T6HA 1G0JA 1P36A 230LA 2QARC 4I7MA 177LA 3HT7A 4GBRB 231LA 241LA 4I7PA 3C7WA 1D3NA 1L26A 3NYAA 3HH6A 129LA 4ARPA 3HUAA 1L92A 1L87A 1ZURA 2RAZX 1G06A 4LDEA 1L67A 1G1VA 1SSWA 220LA 245LA 243LA 1L57A 1DYCA 3GUKA 4IAPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SWYA 1ZVHL 5F9UA 4I0CA 2F2NA 162LA 229LA 5APEA 3WL2A 2XBSA 5KXLA 1HF4A 1JPOA 2LCBA 2B72A 2HU3A 221LA 4B4IA 1LMOA 1RI8B 1YKYX 4IASA 127LA 2MEHA 2RBNA 1L44A 5I4YA 1OUCA 1LJJA 1L97A 4H8ZA 3K3TA 103LA 3DMVA 1QUGA 3QAKA 4AGAA 4NEBA 254LA 2BPUA 1B0DA 1C6HA 4HV1A 4GCFA 1IX0A 1L21A 1HEQA 1LHIA 3L64A 2F32A 189LA 2LZ2A 3DNAA 1B5UA 4NFVA 2H5ZA 1L99A 1L85A 2DQIY 3T6UA 5LIOA 3HT6A 1IWTA 157LA 5KXYA 2MEFA 2CGIA 3AGHA 3EO5A 1GHLA 2RB2X 5II3A 1L98A 1L76A 3HU8A 1LSCA 1LZDA 4LYTA 1LGWA 3HDEA 1QT7A 2B6XA 1D9WA 218LA 2BQFA 1B7SA 3WYHA 2B73A 3F8VA 3FI5A 4WOAA 1GF0A 5DLAA 4HJZA 1XGQC 2ZYPA 4IJ4A 1HC0A 5KXNA 1NF5A 3CDVA 4LYCA 4ET8A 1L32A 5KKIA 168LA 2N5ZA 4WLXA 2LC9A 1L02A 5LA8A 1B9OA 2HEEA 3WU7A 1JITA 1C64A 5LAFA 1QTCA 4KPMA 1B7PA 1L34A 1B7MA 5F81A 1YKZX 4ARMA 4ETCA 4FDYA 1L15A 4DD3A 1ZV5L 2RAYX 1REZA 5L3HA 1XEJA 3D3DA 1LZ8A 2AUBA 1D9UA 2HUMA 2FYCA 107LA 1OUDA 1LPYA 5LYZA 1QTDA 1OUHA 3CSQA 1L13A 1GB8A 2ANVA 5LYTA 3F9LA 3NY9A 1LYHA 3CSZA 247LA 1LHMA 3G3WA 216LA 1LSMA 1L28A 1L0JA 2YBMA 1L90A 155LA 248LA 1OUGA 5AMYA 2FBDA 133LA 1JIYA 2RB1X 4O34A 3GUJA 4LGKA 2ZNXY 1B5WA 126LA 4G49A 1P56A 5HLLA 3HBEX 3DN1A 1PQJA 1NDGC 1XGRC 4OW1A 2LYOA 3TMWA 1L72A 1GE3A 2Q9DA 5F9XA 4G9SA 1AT5A 1GB3A 1IOCA 4LT2A 3WU8A 4I7OA 2G4PA 5FSTA 2B5ZA 3HTGA 1JTNA 244LA 4DQJA 128LA 262LA 1DZBX 1LI2A 1C43A 1XGUC 3OE8A 4TSCA 4OWCA 1QSQA 1DXJA 4G4HA 1L05A 3F6ZA 4NHQA 4NWHA 1L11A 5LA5A 1L14A 1LYSA 198LA 1LZ6A 3GUNA 2B6YA 1C68A 4GRVA 138LA 5APFA 1KXYA 1OP9B 1P46A 5FHWA 1EQEA 1LZ4A 1D3FA 4RDSA 1IP6A 4NIJA 1LYDA 1YIKA 3TXEA 3OJPA 1OUIA 3AZ4A 4CJ2A 4I7SA 4ETEA 2DQCY 1FKQA 4DD9A 5LAGA 1JKAA 4ETDA 2W1XA 132LA 1L12A 4ETBA 3RT5X 210LA 1J1OY 5L9JA 2ZILA 1CVKA 1XSFA 4LYBA 2IFFY 1OVKA 1C46A 1JKCA 4TUNA 4WO9A 1JKDA 1L35A 3MGWA 3C81A 1GF3A 5LVJA 1L89A 3CQLA 5LINA 1B5XA 1UBZA 4RLNA 3WUNA 4DD0A 1DKKA 3WPJA 1LCNA 4OO9A 1LGXA 237LA 1QIOA 2ZQ4A 4NGLA 1TBYA 2BQJA 1REXA 1E8LA 1D6PA 3CDQA 4H9AA 3PBLA 148LE 1LKRA 1GEZA 1C6PA 1XGPC 3BKVA 1LZSA 1NHBA 2F30A 5ILFA 140LA 6LYTA 3RU5A 1L71A 4W53A 1P3NA 1KIRC 4HTQA 1BQLY 4XJBA 1L17A 2BQEA 4UWNA 2HULA 3C80A 1BB7A 5FELA 1IY4A 5DN4A 1HEPA 1L48A 1GPQC 142LA 2MECA 1P2CC 3CT1A 2ZIKA 2BQOA 5EBHA 2IGCA 163LA 1C6BA 2ZNWY 1GFTA 1OUBA 1GFAA 4W52A 2OE7X 2NTHA 5I4WA 3CDRA 1TCYA 1LSBA 2RB0X 4NSHA 1DYGA 209LA 256LA 1FLWA 5C6IA 4LZTA 1LLHA 2BQHA 1LYEA 3C82A 2F4AA 1L08A 2HUBA 1FBIX 3C83A 4N9RA 113LA 2Z12A 4TSBA 4I7RA 1GBYA 1WQRA 4DYGA 1CJ6A 1DI4A 5B05A 1IP5A 4GBRB 1GDXA 241LA 2EIZC 3NYAA 1LZEA 1LJ3A 2W1YA 1L67A 1G1VA 4N0JA 4H9HA 243LA 5F14A 4Z46A 1PQOA 1LYGA 1P7SA 1DI3A 4OWBA 2Z19A 4OOOA 4E97A 3W6DA 2F2QA 4NY5A 180LA 3WMKA 1XJUA 2LHMA 1LZCA 5KXKA 1D3MA 5HNCA 104LA 4ARQB 1CV3A 3A95A 1LAAA 212LA 250LA 1LSGA 1QUDA 2LYZA 3HH3A 1B7QA 1GE0A 3B0KA 1SWZA 4II8A 199LA 206LA 3A3QA 3B0OA 1P64A 3B72A 1MLCE 1YKXX 3W6CA 4C3WA 1CU5A 1JEFA 4I7JA 5A3ZA 2RBPA 1GF5A 3WVXA 4YEMA 3UONA 4BADA 1GB5A 4LFXA 159LA 1L51A 3HFMY 2XJWA 4ZEEA 1OQMA 5HQ1A 1IR9A 174LA 4TTDA 1LMAA 4XJHA 3QY4A 2D4JA 1YAPA 3TMXA 2YVBA 2EQLA 4BAFA 150LA 1AM7A 2BAAA 2BQNA 4PGJB 2ZQ3A 4I8SA 1WQQA 4UWUA 258LA 3WUAA 3P65A 4DQ7A 1L84A 2W1LA 4QEQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1SWY A;  1ZVH L;  5F9U A;  4I0C A;  2F2N A;  162L A;  229L A;  5APE A;  3WL2 A;  2XBS A;  5KXL A;  1HF4 A;  1JPO A;  2LCB A;  2B72 A;  2HU3 A;  221L A;  4B4I A;  1LMO A;  1RI8 B;  1YKY X;  4IAS A;  127L A;  2MEH A;  2RBN A;  1L44 A;  5I4Y A;  1OUC A;  1LJJ A;  1L97 A;  4H8Z A;  3K3T A;  103L A;  3DMV A;  1QUG A;  3QAK A;  4AGA A;  4NEB A;  254L A;  2BPU A;  1B0D A;  1C6H A;  4HV1 A;  4GCF A;  1IX0 A;  1L21 A;  1HEQ A;  1LHI A;  3L64 A;  2F32 A;  189L A;  2LZ2 A;  3DNA A;  1B5U A;  4NFV A;  2H5Z A;  1L99 A;  1L85 A;  2DQI Y;  3T6U A;  5LIO A;  3HT6 A;  1IWT A;  157L A;  5KXY A;  2MEF A;  2CGI A;  3AGH A;  3EO5 A;  1GHL A;  2RB2 X;  5II3 A;  1L98 A;  1L76 A;  3HU8 A;  1LSC A;  1LZD A;  4LYT A;  1LGW A;  3HDE A;  1QT7 A;  2B6X A;  1D9W A;  218L A;  2BQF A;  1B7S A;  3WYH A;  2B73 A;  3F8V A;  3FI5 A;  4WOA A;  1GF0 A;  5DLA A;  4HJZ A;  1XGQ C;  2ZYP A;  4IJ4 A;  1HC0 A;  5KXN A;  1NF5 A;  3CDV A;  4LYC A;  4ET8 A;  1L32 A;  5KKI A;  168L A;  2N5Z A;  4WLX A;  2LC9 A;  1L02 A;  5LA8 A;  1B9O A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1SWY A;  1ZVH L;  5F9U A;  4I0C A;  2F2N A;  162L A;  229L A;  5APE A;  3WL2 A;  2XBS A;  5KXL A;  1HF4 A;  1JPO A;  2LCB A;  2B72 A;  2HU3 A;  221L A;  4B4I A;  1LMO A;  1RI8 B;  1YKY X;  4IAS A;  127L A;  2MEH A;  2RBN A;  1L44 A;  5I4Y A;  1OUC A;  1LJJ A;  1L97 A;  4H8Z A;  3K3T A;  103L A;  3DMV A;  1QUG A;  3QAK A;  4AGA A;  4NEB A;  254L A;  2BPU A;  1B0D A;  1C6H A;  4HV1 A;  4GCF A;  1IX0 A;  1L21 A;  1HEQ A;  1LHI A;  3L64 A;  2F32 A;  189L A;  2LZ2 A;  3DNA A;  1B5U A;  4NFV A;  2H5Z A;  1L99 A;  1L85 A;  2DQI Y;  3T6U A;  5LIO A;  3HT6 A;  1IWT A;  157L A;  5KXY A;  2MEF A;  2CGI A;  3AGH A;  3EO5 A;  1GHL A;  2RB2 X;  5II3 A;  1L98 A;  1L76 A;  3HU8 A;  1LSC A;  1LZD A;  4LYT A;  1LGW A;  3HDE A;  1QT7 A;  2B6X A;  1D9W A;  218L A;  2BQF A;  1B7S A;  3WYH A;  2B73 A;  3F8V A;  3FI5 A;  4WOA A;  1GF0 A;  5DLA A;  4HJZ A;  1XGQ C;  2ZYP A;  4IJ4 A;  1HC0 A;  5KXN A;  1NF5 A;  3CDV A;  4LYC A;  4ET8 A;  1L32 A;  5KKI A;  168L A;  2N5Z A;  4WLX A;  2LC9 A;  1L02 A;  5LA8 A;  1B9O A; 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