1SX2A

Use of a halide binding site to bypass the 1000-atom limit to structure determination by direct methods
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVAAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRECALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Use of an ion-binding site to bypass the 1000-atom limit to structure determination by direct methods.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 61
structure length 163
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1sx2A00
112LA 1WTHA 4S0WA 4DJHA 1L62A 4E97A 3F9LA 198LA 1OWYA 1L64A 4YXAC 1C6NA 250LA 1LYJA 3HUQA 4K5YA 4ARPA 3SB8A 4ARMB 2LCBA 2L78A 1LYHA 137LA 1T97A 115LA 1L00A 214LA 3G3VA 4AQNA 189LA 2RBOA 1ZURA 3CDOA 1C60A 220LA 3SBBC 1L66A 175LA 3C8RA 3G3XA 206LA 1CX6A 1L22A 1SWYA 1P36A 224LA 3HH5A 1G0PA 1QT6A 1T6HA 183LA 3PDSA 1L98A 1C6BA 1L49A 1CV3A 2ANVA 1L46A 3K2RA 1P2LA 1C62A 1L97A 4I7NA 1C6TA 1C6IA 3C81A 2QB0B 1QT8A 2HULA 1KY1A 2B74A 6LZMA 1PQJA 2RAYX 3GUMA 4LDOA 246LA 233LA 104LA 2Q9EA 4DKLA 1JTNA 127LA 1LWGA 3QAKA 3FADA 1CV1A 172LA 1C6MA 3NY8A 2LZMA 187LA 3HH6A 1L51A 103LA 3V2WA 1L65A 239LA 1PQIA 1QUOA 1QT3A 2RAZX 3HDFA 2B73A 3VW7A 2RBRA 3C8QA 1L28A 1KY0A 191LA 1L10A 1L42A 244LA 216LA 2OU8A 1C6HA 4I7TA 4I7MA 1L79A 129LA 182LA 4OO9A 4EPIA 125LA 1L44A 240LA 151LA 163LA 4ARMA 3C83A 1L52A 259LA 1LYGA 176LA 1L87A 1QUHA 1L88A 1QTBA 1L31A 225LA 3GUIA 122LA 3CDTA 1C6EA 3DKEX 1PQDA 1C63A 3HT8A 184LA 2RBSA 1QT7A 1L11A 141LA 221LA 200LA 142LA 2NTHA 4ARJA 1L57A 1NHBA 219LA 209LA 197LA 1DYDA 1L43A 3HTDA 215LA 262LA 1OWZA 2RB0X 4GBRB 4YX7C 248LA 1L63A 254LA 3PBLA 107LA 4W51A 4ARQB 1JQUA 249LA 167LA 2OTZX 4W52A 1C6CA 1CU0A 3DMZA 237LA 1OV7A 1G0QA 2RBPA 3L2XA 119LA 1C6DA 3HT7A 3HUKA 1L26A 1PQOA 1D3FA 2OU9A 1C66A 1CUPA 2QARC 1LGWA 3C7WA 3DN8A 1LI3A 190LA 253LA 1G1WA 111LA 228LA 1C6KA 3DN3A 1C6LA 3HWLA 2HUMA 3GUNA 2O7AA 177LA 1L32A 1P46A 3HU9A 3SB9A 1L50A 4W55A 4EPFA 1L99A 1L83A 4EKSA 2F32A 1L67A 185LA 1LI6A 252LA 4I7RA 181LA 235LA 1C6GA 205LA 3SBAA 1LW9A 1OVJA 1DYCA 1L68A 1L72A 1T8FA 217LA 2IGCA 236LA 1G1VA 1CV4A 1G0KA 1QS5A 3DN1A 4I7SA 3HT6A 3UONA 4EJ4A 1SWZA 2RBQA 1L54A 3C82A 1L07A 146LA 186LA 1C6PA 1L60A 138LA 4W56A 1DYGA 4ZPUA 3C80A 3SB5A 2OTYX 1L61A 1G0MA 1L30A 1CU5A 2O4WA 1LGUA 1TLAA 3L64A 1L06A 230LA 1L91A 261LA 3SB6A 1D3JA 118LA 7LZMA 1D2WA 1SSYA 3FA0A 2OE4X 241LA 4ARQA 1CU6A 3C7YA 1L95A 1P3NA 1C61A 1L05A 226LA 1P56A 128LA 231LA 4EKRA 155LA 102LA 3GULA 2B7XA 232LA 1L37A 3SN6R 173LA 110LA 1OVHA 1L38A 1CU2A 109LA 1XJUA 243LA 108LA 1KS3A 3OE8A 1L93A 1L71A 1LPYA 1G06A 3GUKA 1CV5A 1L19A 2B6TA 3GUPA 199LA 1L89A 1L04A 1CV6A 1LYEA 3ODUA 150LA 1CX7A 1QTCA 148LE 1I6SA 1L58A 1QSBA 3DN0A 3HTBA 213LA 3RZEA 2OU0X 2ANXA 2A4TA 1L12A 3RUNA 3OE9A 2CUUA 1ZWNA 3CDQA 229LA 1QTDA 4PK0A 158LA 1G07A 1P6YA 120LA 1L94A 4I7LA 1L77A 170LA 1XEPA 160LA 3DN6A 1QTVA 1C65A 1L56A 3C7ZA 4I7QA 2F2QA 4W58A 1L59A 201LA 2Q9DA 4I7KA 1L47A 4EKQA 211LA 1XJTA 1L53A 1L90A 1L25A 1LGXA 3HUAA 1L75A 123LA 1P7SA 130LA 2B72A 162LA 4I7PA 1C6QA 2NTGA 171LA 1CU3A 1EPYA 1L13A 1L14A 1L20A 1K28A 1L73A 1L41A 245LA 1C69A 1L76A 247LA 3DN2A 4PJZA 1LI2A 1L40A 1DYAA 2F47A 1CVKA 4EXMA 3HT9A 1L96A 1LLHA 1SX7A 114LA 212LA 3D4SA 1L15A 1L70A 2B6YA 1C6FA 126LA 4W54A 1L35A 2RH1A 3EMLA 1CTWA 2RB1X 3DN4A 1DYFA 3NY9A 1LYDA 1C6JA 218LA 3LZMA 166LA 161LA 2LC9A 3F8VA 260LA 222LA 1L81A 3DNAA 159LA 1L36A 1LYFA 3OE0A 1C68A 1KW7A 4EKPA 3G3WA 1SX2A 140LA 195LA 3FI5A 1PQKA 251LA 4LDEA 3GUJA 2B6ZA 2B6XA 2O79A 2RBNA 178LA 145LA 1L0JA 1QTHA 4YXCA 113LA 1L85A 2Z6BA 1D3NA 1L23A 4LDLA 1L02A 1OYUA 1L03A 192LA 1QSQA 1P2RA 2HUKA 3HU8A 2RB2X 1L08A 180LA 4W59A 1L74A 1DYBA 1L01A 1L48A 1D9WA 1L33A 210LA 1L21A 256LA 1L27A 4ARLA 4DAJA 3HH3A 1KW5A 147LA 1JTMA 3HH4A 3DMXA 1B6IA 3HTGA 1QT5A 223LA 1D3MA 2OE9X 3JR6A 1T8AA 5LZMA 169LA 188LA 3HDEA 5I14A 1KNIA 1L84A 1L17A 2OE7X 4I7OA 131LA 1L18A 1DYEA 1L69A 164LA 4W57A 1L16A 1LWKA 1L55A 1P64A 257LA 1L82A 1T8GA 4IAPA 1LYIA 1ZYTA 139LA 1C67A 4W53A 1L86A 3SB7A 3C8SA 168LA 1G0JA 144LA 143LA 149LA 1G0GA 1G0LA 1L80A 165LA 1QUDA 4LZMA 1L29A 1L92A 227LA 3HTFA 2OEAX 2B6WA 1CUQA 234LA 1P5CA 3OE6A 3V2YA 1PQMA 3NYAA 242LA 3GUOA 152LA 4GRVA 1P37A 1QUGA 1OV5A 1SSWA 1L0KA 258LA 1C64A 255LA 1QT4A 4I7JA 3DMVA 156LA 238LA 1L09A 2B70A 157LA 1CV0A 1L45A 1L24A 1C6AA 1L34A 1QTZA 1D2YA 3CDRA 196LA 2B75A 1OVKA 3CDVA 1L39A 174LA 1QS9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LSEA 5LA8A 1L62A 1IWWA 1UIBA 3F9LA 198LA 1B7LA 4YXAC 1IWZA 2LCBA 2BQLA 4AQNA 189LA 1KIPC 1IOCA 1B7RA 4DD9A 1SQ2L 1YROA 1YANA 2YDGA 8LYZA 1P36A 4B1AA 1L98A 2DBTA 4H8ZA 4GCEA 4OOOA 1HERA 1L46A 1P2LA 4BAFA 1RCMA 2DQFC 1GB5A 4ETAA 1B7OA 3EBAB 3TMXA 1QT8A 1KY1A 2DQHY 4HTNA 2Z37A 4LDOA 1INUA 1GBZA 1JTNA 2RSCA 3AZ7A 4B4EA 1LWGA 1OUAA 3QAKA 2LYZA 4NGWA 1CV1A 1QUSA 172LA 1HEPA 2LZMA 4NSGA 187LA 3HH6A 4NWHA 2X0AA 5KJ9A 1GFEA 2RAZX 1JTTL 3VW7A 3C8QA 1L28A 3WPKA 2OU8A 4I7MA 1YKXX 182LA 4OO9A 4EPIA 125LA 1L44A 5E4PA 2FBDA 4ARMA 1Z55A 1L52A 1QUHA 2DQCY 3A67Y 1XGTC 3W3EA 1TAYA 122LA 2MEHA 1C6EA 1PS5A 1LZ8A 134LA 4DD1A 1C63A 2ZNWY 3HT8A 1HF4A 2F2NA 2XTHA 1B5VA 200LA 5LVHA 4ARJA 4HJYA 209LA 4L41A 5F16A 1DYDA 1JKBA 1HEMA 215LA 262LA 4OW1A 1HMKA 1BWHA 4ARQB 3AW7A 3N9CA 1YQVY 2HUBA 4XENA 4W52A 1QTKA 4ETEA 1CU0A 1GFTA 3QE8A 1IP3A 1OV7A 1GXXA 1LZTA 2RBPA 1C6DA 3AGHA 7LYZA 1FKVA 3HUKA 4NIJA 1GAZA 207LA 2OU9A 3A8ZA 5AMYA 5KXNA 1FN5A 1LGWA 3C7WA 5F14A 1WQQA 5KXTA 190LA 4ET8A 228LA 5KXPA 3GUNA 1LOZA 2W1MA 1CKDA 1LZ5A 3HBEX 1OUBA 1BB6A 1LI6A 4R6CA 252LA 3A6CY 1GFGA 5I4XA 1C6GA 3GXRA 5LVKA 3SBAA 1OVJA 5J7CA 1AT6A 4EOFA 1UBZA 1I1ZA 1YILA 4HSFA 4I7SA 1QS5A 5KKIA 3OJPA 2RBQA 1L54A 3C82A 1GBOA 1O23A 5KXSA 1C6PA 4W56A 3LYOA 4WM5A 1GBSA 1IORA 1G0MA 1CU5A 1LGUA 1L06A 3TXGA 1OUEA 2YBIA 2C8OA 118LA 1B5YA 1DI5A 4GN3A 1GPQC 3IJUA 4NGVA 4XJFA 241LA 1BGIA 4LFPA 3TMUA 3A90A 1WTNA 2G4QA 3WPLA 232LA 173LA 4WO9A 1OVHA 1B5XA 109LA 2BQDA 108LA 1LSNA 5B59A 1LJ4A 5L3IA 3WXTA 1L93A 1GB8A 1LJ3A 4DQ5A 4LYZA 2B6TA 1GFUA 4HPIA 2VB1A 150LA 3VWOA 4LYBA 1A4VA 213LA 2A4TA 4P2EA 1FLYA 1NBZC 229LA 1QTDA 1UICA 1LYSA 3A93A 1HEQA 120LA 1L94A 170LA 2H9KA 1LHHA 2NWDX 4WLXA 5KXMA 4HJVA 1D9UA 1OUDA 2Z2FA 1GF6A 1L47A 1UIGA 4I7KA 2BQOA 1HFZA 1REZA 1L90A 1L25A 4WL7A 123LA 4BADA 1IR8A 1NHEA 2B72A 3CT0A 1G7LC 171LA 3FI7A 3TXDA 4NSJA 4TSBA 2CWIA 3ATOA 5FSTA 4CHXA 4WM2A 1K28A 1KXWA 2HEFA 4PJZA 4EXMA 1UIHA 208LA 4LT2A 1LLHA 2ZIKA 212LA 4H9HA 5DM9A 1IWXA 4GCDA 1C6FA 126LA 4N1EI 3GXKA 4A7DA 2BLXA 4W54A 1GFVA 3EXDA 1SLYA 1HENA 3TMWA 1V7SA 1LSAA 1C08C 1L36A 1XGUC 1HNLA 4GN5C 195LA 1PQKA 251LA 5FELA 4WO6A 2B6ZA 178LA 145LA 2ZYPA 1L0JA 4YXCA 113LA 5DLAA 1VAUA 4YM8A 1BHZA 1LJNA 1OYUA 1L03A 4H8XA 192LA 1HMLA 5B1GA 2LYMA 1V7TA 1CKFA 4W59A 2YVBA 4NEBA 4Z46A 1NDGC 1L48A 4H93A 2BQJA 2HEBA 210LA 256LA 4ARLA 1L27A 1QUTA 1GB7A 3DMXA 1QT5A 1EQ5A 4OWCA 3JR6A 188LA 5I14A 1KNIA 1IWYA 1RE2A 4I7OA 4KPMA 1L18A 1NWGA 1HEOA 164LA 1D0MA 1LSZA 1IWVA 4W57A 1LWKA 1VDPA 1P64A 4UWUA 3B0KA 4HV2A 1ZYTA 1C67A 1REXA 1WQMA 1HHLA 144LA 4HV1A 143LA 1XGRC 149LA 1G0LA 1QDTA 1GB6A 4LZMA 1IEEA 4G4BA 2HEDA 1H6MA 1L29A 1XEIA 2W1LA 4O34A 1F6RA 234LA 3D3DA 3V2YA 1PQMA 2HU3A 4U3XB 255LA 1QT4A 3TXJA 3LYTA 3DMVA 156LA 4Z98A 2MEFA 2XBSA 3P4ZA 3BKHA 1HELA 1J1XY 3RZ4A 4XJHA 2EKSC 174LA 1EL1A 1IR9A 4S0WA 2AUBA 1LYJA 4ZFPA 2CDSA 2L78A 1LYHA 4DD2A 2ZWBA 1B7QA 1YAPA 115LA 1L00A 4NWEA 3CDOA 1XGPC 2BQCA 220LA 4M6DA 1L66A 4MSTA 175LA 1OUCA 4NSIA 206LA 2Z18A 1L22A 1LYOA 1SWYA 224LA 3A3QA 2GV0A 183LA 1GB0A 2IFFY 1CV3A 2ANVA 1LZ6A 1W6ZA 3K2RA 1CJ8A 4LT3A 1C62A 3WVXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LSE A;  5LA8 A;  1L62 A;  1IWW A;  1UIB A;  3F9L A;  198L A;  1B7L A;  4YXA C;  1IWZ A;  2LCB A;  2BQL A;  4AQN A;  189L A;  1KIP C;  1IOC A;  1B7R A;  4DD9 A;  1SQ2 L;  1YRO A;  1YAN A;  2YDG A;  8LYZ A;  1P36 A;  4B1A A;  1L98 A;  2DBT A;  4H8Z A;  4GCE A;  4OOO A;  1HER A;  1L46 A;  1P2L A;  4BAF A;  1RCM A;  2DQF C;  1GB5 A;  4ETA A;  1B7O A;  3EBA B;  3TMX A;  1QT8 A;  1KY1 A;  2DQH Y;  4HTN A;  2Z37 A;  4LDO A;  1INU A;  1GBZ A;  1JTN A;  2RSC A;  3AZ7 A;  4B4E A;  1LWG A;  1OUA A;  3QAK A;  2LYZ A;  4NGW A;  1CV1 A;  1QUS A;  172L A;  1HEP A;  2LZM A;  4NSG A;  187L A;  3HH6 A;  4NWH A;  2X0A A;  5KJ9 A;  1GFE A;  2RAZ X;  1JTT L;  3VW7 A;  3C8Q A;  1L28 A;  3WPK A;  2OU8 A;  4I7M A;  1YKX X;  182L A;  4OO9 A;  4EPI A;  125L A;  1L44 A;  5E4P A;  2FBD A;  4ARM A;  1Z55 A;  1L52 A;  1QUH A;  2DQC Y;  3A67 Y;  1XGT C;  3W3E A;  1TAY A;  122L A;  2MEH A;  1C6E A;  1PS5 A;  1LZ8 A;  134L A;  4DD1 A;  1C63 A;  2ZNW Y;  3HT8 A;  1HF4 A;  2F2N A;  2XTH A;  1B5V A;  200L A;  5LVH A;  4ARJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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