1SX2A

Use of a halide binding site to bypass the 1000-atom limit to structure determination by direct methods
Total Genus 61
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVAAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRECALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)TI2 (158-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)S3 (31-32)AH3 (60-80)AH4 (83-90)AH7 (115-122)AH8 (126-134)TI3 (159-162)AH10 (143-155)AH2 (39-50)AH6 (108-113)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Use of an ion-binding site to bypass the 1000-atom limit to structure determination by direct methods.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 61
structure length 163
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1sx2A00
1L75A 139LA 176LA 3C7YA 1L24A 1ZWNA 3GULA 2B73A 2B6XA 1L71A 2ANVA 3V2WA 2RBRA 1L15A 2RB0X 3SB8A 1D2WA 174LA 1L68A 114LA 3GUNA 1QT8A 238LA 180LA 1C6IA 4I7PA 192LA 1P2LA 4LDOA 3HUAA 3LZMA 228LA 217LA 1C6JA 1QSBA 1P64A 250LA 3NYAA 1G0PA 3SB9A 126LA 2Z6BA 1DYBA 2LCBA 1P7SA 2RB2X 1PQDA 3DMVA 1OVJA 1LI6A 1C64A 1G1VA 1LYHA 1SWYA 1T8GA 3C83A 120LA 1L58A 1G0MA 4DJHA 3DMXA 209LA 2B6TA 1L67A 212LA 2RAZX 1QTZA 159LA 1DYDA 2IGCA 4I7SA 251LA 2HUMA 4ARMB 1CV3A 1CU2A 187LA 1QUGA 245LA 158LA 1L85A 1QUDA 1T8FA 2RAYX 3DN1A 1QT3A 3HT7A 234LA 198LA 1L06A 240LA 4DKLA 1KW5A 1XJUA 3HH6A 258LA 1L91A 253LA 1L07A 1CU0A 1L45A 4DAJA 1L26A 3HWLA 222LA 1C6TA 3DN8A 5LZMA 178LA 3HT8A 6LZMA 3DN2A 1L08A 215LA 1CUPA 4ARMA 4EPIA 5I14A 151LA 3HH5A 1P56A 171LA 110LA 3C81A 1P36A 1KW7A 3C8RA 175LA 157LA 1LPYA 3HU8A 1LYGA 4I7NA 147LA 1C6HA 2QB0B 1L88A 3HDFA 3D4SA 1L46A 1P6YA 224LA 1D2YA 1QTHA 1D3JA 112LA 164LA 1L43A 141LA 2LC9A 1G07A 1PQIA 102LA 1L14A 2B6ZA 1LYJA 1CVKA 177LA 123LA 1DYAA 1KS3A 1L18A 140LA 1CUQA 1L77A 3FADA 1DYGA 1L29A 3EMLA 3SB6A 247LA 184LA 4EPFA 3FA0A 206LA 225LA 195LA 220LA 1C62A 252LA 1L17A 189LA 1JQUA 216LA 2NTHA 3G3XA 3DMZA 1C65A 1C6CA 1C60A 1C66A 155LA 1L37A 4I7TA 103LA 1L23A 1C6LA 3C82A 4ARJA 1L50A 1WTHA 2OE4X 1L21A 160LA 1K28A 1QTBA 255LA 4LDLA 235LA 138LA 1PQOA 4S0WA 256LA 2A4TA 1L52A 201LA 108LA 2CUUA 1PQJA 104LA 1L25A 1L16A 4I7LA 111LA 259LA 1SX2A 2QARC 3HU9A 2OU8A 3HH4A 146LA 1L82A 2RBNA 113LA 4I7OA 182LA 3DN4A 2B70A 1L04A 166LA 169LA 1D9WA 1L83A 2O7AA 196LA 1L02A 185LA 1L49A 2RBPA 1LYIA 1L40A 4GRVA 1L42A 1P46A 4W53A 1L80A 2OU9A 1L38A 1L01A 191LA 254LA 4EXMA 131LA 1L54A 170LA 248LA 4W52A 1C6KA 4I7KA 1L03A 1L44A 1LI2A 1L41A 183LA 1L59A 1L66A 2Q9DA 128LA 200LA 2L78A 2LZMA 150LA 1C6MA 232LA 1SWZA 2OEAX 246LA 1L76A 3UONA 1L84A 181LA 3CDTA 1L48A 1L63A 145LA 1L94A 2OTZX 1I6SA 3ODUA 1L27A 218LA 4OO9A 148LE 1NHBA 1SSYA 4W54A 2B6WA 1QT6A 3C8SA 4W59A 1L35A 1C68A 1OVHA 173LA 4W58A 210LA 3HH3A 4IAPA 115LA 4EKRA 1L36A 1LYFA 249LA 109LA 125LA 227LA 1DYFA 4I7RA 2B6YA 3QAKA 7LZMA 107LA 1L57A 1PQMA 1CTWA 3CDOA 122LA 241LA 3HTDA 4PJZA 1L0KA 142LA 1TLAA 1P37A 1QT7A 2O79A 144LA 3C7WA 1CU3A 1OVKA 1L28A 1OWYA 1OWZA 4E97A 4W57A 1L92A 1CV1A 3F8VA 4LZMA 4EKSA 1CV4A 1D3FA 2F32A 1L47A 1L33A 3NY9A 243LA 167LA 1KNIA 186LA 172LA 1L11A 162LA 2RH1A 1L39A 1G0LA 1OV7A 1L69A 1P2RA 2F2QA 3SBBC 1P5CA 1C63A 211LA 1G06A 1L55A 1LGXA 1L30A 3F9LA 2OE7X 1C6AA 261LA 1L62A 1C67A 118LA 4EKQA 3VW7A 1QT4A 1C6NA 1T6HA 2ANXA 3GUJA 2B75A 1CU6A 4K5YA 1L74A 1L96A 1QTCA 4EKPA 1G0JA 223LA 188LA 2RBOA 2RBSA 3NY8A 4PK0A 1L53A 1B6IA 1L09A 1OV5A 3FI5A 4YXCA 3SBAA 4ARLA 3CDVA 1DYCA 1P3NA 1PQKA 233LA 1L89A 236LA 3C8QA 213LA 1L90A 129LA 1QUHA 1CV5A 239LA 2OU0X 4I7JA 1XEPA 163LA 1L87A 3HT6A 1L31A 3GUIA 1L19A 1XJTA 3HTBA 1JTMA 237LA 1LW9A 199LA 1L00A 3C80A 3HUKA 3L2XA 1ZYTA 2O4WA 168LA 1OYUA 1QT5A 127LA 1C6GA 4GBRB 3OE9A 3SN6R 3GUKA 2B72A 3K2RA 244LA 1L73A 1L65A 4ZPUA 4W55A 3DN0A 161LA 1C6QA 3SB7A 2OE9X 1CV0A 3DN3A 4W56A 1KY1A 1L97A 2NTGA 1CX6A 1C6BA 3SB5A 1CU5A 229LA 1L10A 1LGUA 221LA 1D3MA 1C6DA 1L05A 152LA 3G3VA 226LA 2B74A 1QS9A 4YXAC 262LA 1C69A 3RUNA 231LA 1LWKA 1L72A 242LA 4LDEA 1L93A 1L98A 3GUOA 1G0GA 1C6EA 3DNAA 1ZURA 2RBQA 1KY0A 1T97A 3DKEX 1EPYA 1L70A 1L20A 143LA 1SX7A 1L56A 1CV6A 230LA 165LA 4ARPA 4YX7C 1T8AA 2HULA 3JR6A 4I7QA 1L12A 1L95A 2F47A 197LA 1C6PA 2Q9EA 1G0QA 4W51A 3RZEA 3PBLA 1L32A 1L86A 1SSWA 1LWGA 1C6FA 3HT9A 130LA 1L34A 3HTGA 1JTNA 219LA 3OE0A 1LLHA 1G0KA 3L64A 3V2YA 3OE6A 1LGWA 1L61A 1QSQA 1L51A 1QS5A 205LA 2RB1X 1G1WA 3HDEA 1D3NA 2HUKA 1L13A 1L64A 190LA 1L22A 4ARQB 119LA 4EJ4A 1L81A 1LYEA 2B7XA 257LA 3PDSA 137LA 1L0JA 3HTFA 1DYEA 1QUOA 3OE8A 1QTDA 3CDQA 1L79A 3GUMA 3HUQA 3C7ZA 214LA 1QTVA 1CX7A 1C61A 1L99A 4I7MA 3CDRA 1L60A 1LYDA 3GUPA 4AQNA 149LA 3G3WA 1LI3A 260LA 2OTYX 3DN6A 4ARQA 156LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
176LA 4L41A 5F9XA 4GLVA 2B73A 4NG1A 1L71A 1RCMA 4G4CA 1VATA 3WU9A 2RBRA 5HLLA 114LA 1LYYA 1LZ5A 180LA 2XBSA 1GAZA 1RI8B 3TXGA 4G9SA 3J6KA 1GPQC 1QSBA 2BQAA 2YBNA 2Z6BA 4HV2A 1GFRA 1PQDA 4WG7A 1UACY 1HEOA 1IC7Y 1EQ5A 2GV0A 4MSTA 1L58A 5LINA 1G0MA 1LZBA 3DMXA 4ET8A 1BVKC 159LA 1AT5A 2W1YA 4ETCA 4Z46A 4I7SA 4B4EA 4WO6A 4LYOA 1L85A 1QUDA 1IO5A 5T3FA 3QNGA 5B1FA 3RU5A 198LA 4CFOA 240LA 4ETBA 4HTQA 2HEDA 5J7CA 253LA 1DPXA 1L07A 4GCFA 1ZVHL 5APFA 1LMQA 2YDGA 3DN2A 4I0CA 4H9CA 1CUPA 1G7MC 4EPIA 1LJFA 2ZYPA 171LA 4DD9A 5LYZA 1KW7A 2DQAA 4YOPA 3HU8A 1LPYA 1LYGA 1C6HA 1LZ4A 1P6YA 224LA 1QTHA 2DQHY 2B6ZA 4YM8A 1JPOA 2X0AA 1DYAA 1LJIA 1KS3A 1CUQA 5I5QA 3FADA 1YILA 2FBBA 208LA 4NHIA 184LA 4DDBA 4XJDA 3FA0A 1LMPA 1GXV2 1C62A 2HEBA 1OUGA 2CWIA 189LA 1LSGA 1C65A 1LYSA 5KXYA 1HSWA 1C60A 4A7DA 4OWAA 5IELA 4NEBA 1BVXA 1PS5A 1IY4A 2Z18A 4LT0A 2H5ZA 1L50A 1CKFA 1GB9A 4H92A 1GF7A 1K28A 1I20A 4LDLA 235LA 3TXFA 2CUUA 1PQJA 4R0FA 111LA 4LYMA 4LT3A 1L82A 1IP2A 3K3TA 3DN4A 2B70A 1IY3A 2HU3A 1GHLA 1GBOA 185LA 4BS7A 1L40A 1CKDA 4GRVA 5AMYA 1L42A 1DQJC 1LJHA 1P46A 2BLYA 1L54A 5DLAA 3WPKA 2BPUA 1IEEA 1RE2A 1LI2A 1XGUC 193LA 1GFEA 200LA 4TX7A 2L78A 4TUNA 2BQGA 1OUIA 1CJ9A 232LA 4GCBA 4OWEA 246LA 4DD2A 4GCDA 4LFPA 181LA 1GFVA 145LA 5LXWA 1L27A 4OW1A 2DKVA 4WL6A 2YBLA 1GB6A 249LA 4NWEA 5FELA 109LA 1LJGA 1FLUA 227LA 3A6BY 2B6YA 1L57A 1GE3A 1SLYA 4HPEA 122LA 5KXNA 2ZIKA 1P37A 2EPEA 1LZ1A 1OVKA 2LYZA 3ATOA 4XYYA 1Z55A 3AGIA 4W57A 4EMNA 4LZMA 1JJ3A 3EMSA 1OUJA 4UWNA 1D3FA 2F32A 1LZEA 1ALCA 186LA 1GB5A 3WVYA 5LVJA 1DXJA 162LA 1L39A 2BAAA 1JKBA 2DQFC 2Q0MX 4NHSA 4HTNA 4NHQA 1ZMYL 1G7LC 1G06A 1L55A 1JUGA 1LGXA 1LOZA 2LYMA 1BWIA 1JISA 1GBWA 1QTCA 1B7QA 2RBSA 3NY8A 3ULRA 1LJNA 1LSFA 1OV5A 3WYHA 3CDVA 1P3NA 1B5WA 1T6VL 2W1XA 213LA 1QUHA 239LA 4I7JA 1P2CC 1LHJA 1L31A 3GUIA 1AM7A 1YL0X 2YBJA 1AZFA 5LVIA 2MEHA 4G4BA 2Z19A 1OYUA 1B9OA 1INUA 2B72A 3K2RA 1L73A 4ZPUA 1D0LA 1YKZX 2BQHA 3DN3A 3B0IA 5ILFA 1L97A 2NTGA 3T36A 4NY5A 3KAMA 2ZYCA 1RJCB 152LA 4H9FA 3WUMA 1C69A 3RUNA 231LA 1LWKA 1HNLA 1KIRC 2XTHA 1XEKA 3CT5A 1L70A 3BKVA 1WQOA 1JJ1A 1GFAA 2DQCY 4OWHA 1B7NA 1LWGA 4FJRA 1HELA 4BADA 1LLHA 1GBZA 4J0LA 3LZ2A 1BB7A 3P66A 1L61A 1L51A 1QS5A 1XGTC 5IHGA 5FSTA 1TEWA 1G1WA 3HDEA 3A3RX 1D3NA 1B5ZA 190LA 1L22A 4ARQB 1KXWA 1LAAA 1YKYX 3TMVA 2A7FA 4PRQA 2YBIA 1CJ7A 4EOFA 2ZNXY 4XJGA 1GF8A 1HSXA 3G3WA 4II8A 4RLNA 4ARQA 4LT2A 156LA 1GDWA 1WQQA 4C3WA 1L24A 1YAMA 1ZWNA 1LSDA 2B6XA 3B0KA 1LZDA 4O34A 3V2WA 3IWRA 1G7HC 1L15A 5LVHA 174LA 1L68A 3GUNA 238LA 1C6IA 4BAFA 1XFPL 4WM1A 4LDOA 3LZMA 4WLXA 3MGWA 4G49A 4OOOA 5KXRA 1P64A 3NYAA 2D4KA 1JHLA 5HQ1A 126LA 2RB2X 4ETEA 4LYBA 3DMVA 1LZYA 1HEWA 1GE2A 1G1VA 1FN5A 3OJPA 3WU8A 3AZ5A 1F10A 4QDNA 132LA 4M4OA 4DJHA 1LZ8A 4GLAA 5B07A 1HHLA 1L67A 1JTOL 1B5XA 4LZTA 1NQIA 1NHEA 2D4IA 1IP7A 4HV1A 5A3EA 1JITA 2HUMA 3A92A 4DD7A 4TTDA 1CNSA 1CU2A 187LA 245LA 1QT3A 1B5UA 234LA 1NDMC 5KXKA 1FBIX 1L06A 3CSRA 7LYZA 1KW5A 3HH6A 258LA 4ET9A 1G7JC 4DAJA 1L26A 3DN8A 178LA 6LZMA 4ZFPA 1UUZC 2Z37A 1IP4A 1L08A 5LIOA 1GXXA 215LA 2YBHA 1HC0A 1LPIA 3C81A 1LSEA 1BWHA 157LA 1LZSA 4TWSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 176L A;  4L41 A;  5F9X A;  4GLV A;  2B73 A;  4NG1 A;  1L71 A;  1RCM A;  4G4C A;  1VAT A;  3WU9 A;  2RBR A;  5HLL A;  114L A;  1LYY A;  1LZ5 A;  180L A;  2XBS A;  1GAZ A;  1RI8 B;  3TXG A;  4G9S A;  3J6K A;  1GPQ C;  1QSB A;  2BQA A;  2YBN A;  2Z6B A;  4HV2 A;  1GFR A;  1PQD A;  4WG7 A;  1UAC Y;  1HEO A;  1IC7 Y;  1EQ5 A;  2GV0 A;  4MST A;  1L58 A;  5LIN A;  1G0M A;  1LZB A;  3DMX A;  4ET8 A;  1BVK C;  159L A;  1AT5 A;  2W1Y A;  4ETC A;  4Z46 A;  4I7S A;  4B4E A;  4WO6 A;  4LYO A;  1L85 A;  1QUD A;  1IO5 A;  5T3F A;  3QNG A;  5B1F A;  3RU5 A;  198L A;  4CFO A;  240L A;  4ETB A;  4HTQ A;  2HED A;  5J7C A;  253L A;  1DPX A;  1L07 A;  4GCF A;  1ZVH L;  5APF A;  1LMQ A;  2YDG A;  3DN2 A;  4I0C A;  4H9C A;  1CUP A;  1G7M C;  4EPI A;  1LJF A;  2ZYP A;  171L A;  4DD9 A;  5LYZ A;  1KW7 A;  2DQA A;  4YOP A;  3HU8 A;  1LPY A;  1LYG A;  1C6H A;  1LZ4 A;  1P6Y A;  224L A;  1QTH A;  2DQH Y;  2B6Z A;  4YM8 A;  1JPO A;  2X0A A;  1DYA A;  1LJI A;  1KS3 A;  1CUQ A;  5I5Q A;  3FAD A;  1YIL A;  2FBB A;  208L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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