1SX7A

Use of an ion-binding site to bypass the 1000-atom limit to ab initio structure determination by direct methods
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVAAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRECALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Use of an ion-binding site to bypass the 1000-atom limit to structure determination by direct methods.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1sx7A00
1L05A 1JTNA 225LA 1G07A 145LA 1L25A 2RBSA 170LA 1L50A 1T8FA 243LA 1G0QA 252LA 1D2YA 1P37A 1QTBA 1L06A 1C66A 4GBRB 3SBAA 1G0JA 3DN2A 1I6SA 254LA 1C6MA 1L04A 137LA 3NY8A 2RB0X 1L52A 155LA 1L10A 1LWGA 1OV7A 3C7ZA 1DYDA 1L19A 1LYIA 4EKRA 3RUNA 157LA 1KNIA 1KS3A 1L48A 3F9LA 1QS9A 226LA 191LA 1L70A 1L87A 4EPIA 4DJHA 181LA 186LA 3HTGA 1L26A 1D3NA 1JTMA 3G3VA 2B6ZA 3GUKA 173LA 248LA 1OWYA 1SWYA 129LA 1L38A 1L61A 230LA 1OVJA 2HUMA 2RAZX 142LA 172LA 1C6AA 4W52A 1L03A 146LA 3CDOA 1C67A 1C68A 2B74A 160LA 2RBPA 1L63A 1L20A 4EXMA 1L86A 2HULA 1L85A 1L80A 1C6NA 108LA 1DYBA 1C6JA 201LA 1L08A 2LC9A 1LYJA 3SB6A 1K28A 140LA 2B6XA 1DYEA 1QUOA 1QT5A 4ARPA 1D9WA 1D2WA 4PK0A 1LI3A 1L31A 188LA 1DYGA 206LA 1LYDA 2F2QA 1L82A 1CV1A 1LI6A 1G1WA 197LA 4OO9A 1L09A 151LA 214LA 2O79A 1CUPA 1ZYTA 1L93A 143LA 1C6TA 1L18A 211LA 3GUIA 235LA 255LA 5LZMA 1CU2A 1QTHA 2OE4X 4W53A 1CU5A 1KY0A 1B6IA 1L66A 233LA 1L57A 1PQKA 2IGCA 1L28A 159LA 104LA 199LA 1SX7A 2B75A 185LA 1LGUA 1L41A 4IAPA 3V2YA 236LA 1L73A 1KY1A 178LA 3FA0A 4I7PA 2OE9X 3HWLA 150LA 1L34A 4W57A 1L60A 1QTZA 3ODUA 3GUNA 176LA 3HT7A 261LA 1L58A 3QAKA 118LA 232LA 1LLHA 1WTHA 3CDVA 1LYGA 3JR6A 1L11A 238LA 247LA 2LCBA 1OV5A 1L53A 152LA 2RH1A 1CX7A 216LA 196LA 3SN6R 234LA 3SB9A 262LA 217LA 1P6YA 4EKPA 2RBOA 5I14A 1L68A 1CX6A 1OVKA 4I7OA 3FADA 4W54A 3GUOA 1QT6A 1T97A 1L39A 4EJ4A 180LA 1G0MA 1C6CA 1L55A 3DMZA 123LA 249LA 1CU3A 1L01A 4W51A 1L74A 1DYAA 3HT6A 141LA 1QUGA 3OE9A 1G1VA 1L49A 209LA 3HUAA 1C63A 4I7RA 4DAJA 2NTHA 1L33A 1L37A 1JQUA 1L65A 103LA 111LA 2ANVA 1D3MA 3C7WA 3HT8A 163LA 166LA 212LA 3CDRA 2HUKA 1P2RA 4YX7C 149LA 4EKQA 4S0WA 1LYFA 3GULA 1G0LA 1L12A 3C8QA 3DNAA 3HUKA 2RB2X 2L78A 1QT8A 3EMLA 210LA 1L75A 1CTWA 253LA 2A4TA 2CUUA 2Q9EA 187LA 1L21A 3C8RA 4ARQB 4DKLA 4I7KA 1LGXA 3OE8A 1P64A 3HH4A 2OU0X 1L15A 6LZMA 229LA 1DYFA 1DYCA 1QUHA 1QUDA 3SB7A 4I7JA 1CV0A 1LYEA 198LA 1P46A 1CVKA 156LA 256LA 4E97A 4W58A 4EKSA 1C6FA 1L30A 2B6TA 4I7MA 165LA 109LA 3GUJA 1C6EA 1C60A 1L90A 1C6DA 3HT9A 3LZMA 102LA 1L13A 3HH5A 1L79A 4I7NA 3HDFA 1T8AA 1QT3A 1C6IA 4GRVA 4ARQA 1T6HA 7LZMA 1LWKA 114LA 175LA 1C6PA 1KW5A 1L27A 126LA 2B7XA 2QB0B 4W59A 3HUQA 125LA 2B70A 2F47A 168LA 2OU9A 4LDLA 1G06A 3HU8A 184LA 1XEPA 195LA 1L0JA 231LA 1G0PA 3C7YA 1L94A 200LA 174LA 1L14A 1C6HA 1TLAA 3V2WA 2Q9DA 1L29A 1L40A 2NTGA 4LDEA 3RZEA 4I7TA 1L42A 1L69A 1CV4A 190LA 3F8VA 3GUMA 1SSWA 3DN4A 2B6YA 259LA 1L98A 3L2XA 107LA 2RB1X 1C65A 3VW7A 1EPYA 1L22A 1L91A 183LA 3L64A 2LZMA 1L67A 215LA 1L16A 1L46A 1L84A 219LA 260LA 4PJZA 1L97A 258LA 1D3FA 1LGWA 1QTVA 3HTFA 1C62A 1XJUA 246LA 1C61A 4YXAC 1LW9A 2F32A 2RBRA 3OE6A 115LA 1QS5A 3C81A 2OTZX 3DN0A 2OEAX 2RAYX 1LI2A 182LA 1LYHA 4I7QA 1L95A 1PQDA 1L92A 239LA 3DMVA 1L23A 1L76A 1L35A 1L54A 171LA 1L47A 1XJTA 1C6LA 4YXCA 1L00A 161LA 1L0KA 3C80A 128LA 4AQNA 3C82A 147LA 3HDEA 4EPFA 3GUPA 3HTBA 167LA 1L32A 3PBLA 2OTYX 3SBBC 127LA 3C8SA 1L45A 1CU0A 112LA 131LA 3SB5A 1ZWNA 158LA 237LA 1QT4A 3NY9A 3SB8A 3G3XA 4ARMB 1D3JA 3HTDA 130LA 1CV6A 205LA 1L88A 1L56A 1KW7A 1LPYA 1C6KA 3HH3A 4LZMA 2RBQA 2RBNA 120LA 4W55A 241LA 4I7SA 1L89A 1L17A 221LA 3DN3A 3DN6A 1P5CA 250LA 1NHBA 3DMXA 1L02A 1L83A 1C6BA 1L07A 3HU9A 1L99A 3C83A 1CV5A 1P56A 169LA 162LA 245LA 1QSQA 1QTCA 177LA 2O7AA 4ARJA 242LA 4ARMA 1L71A 224LA 2ANXA 2B6WA 1PQIA 222LA 220LA 3G3WA 1PQMA 1CUQA 1SWZA 2B73A 1OVHA 3NYAA 1P36A 3HH6A 139LA 1QTDA 144LA 4I7LA 1T8GA 3CDTA 3PDSA 1L81A 1SSYA 138LA 240LA 2O4WA 148LE 2OU8A 1QSBA 213LA 3OE0A 1OWZA 3K2RA 164LA 244LA 1L62A 223LA 257LA 1QT7A 3DN8A 227LA 1P3NA 3DN1A 1L51A 1L77A 113LA 1C6QA 3DKEX 1L64A 1SX2A 1L43A 3UONA 251LA 1L24A 1C6GA 2Z6BA 4W56A 1G0KA 3D4SA 2B72A 1OYUA 1C64A 1L44A 2OE7X 4LDOA 1P2LA 192LA 1ZURA 4ARLA 218LA 110LA 1L59A 1P7SA 122LA 1L72A 1PQOA 1C69A 3FI5A 1L96A 119LA 1L36A 2QARC 1PQJA 228LA 1G0GA 1CU6A 1CV3A 189LA 4K5YA 3CDQA 4ZPUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WXUA 2D4IA 1L05A 1JTNA 145LA 2RBSA 3N9EA 4WL6A 1LSZA 4NGWA 3CB7A 2CWIA 3SBAA 5LXWA 137LA 4ZFPA 4H8YA 5L3IA 1LWGA 157LA 1KS3A 1CJ8A 1L48A 1CKGA 4GLAA 4GN3A 1D3NA 2MEFA 3G3VA 2B6ZA 3GUKA 248LA 5EBHA 1L38A 1OVJA 2RAZX 3A67Y 1GE2A 1WQMA 1C6AA 1LJKA 2BQGA 4DQ7A 2RBPA 1GF5A 5KY1A 194LA 1C6NA 4LYOA 1ZVHL 2Z2EA 5KXWA 1LTMA 5B1FA 4AXTA 140LA 3WU9A 1LMCA 2FBBA 2B6XA 3ULRA 4A7DA 1QUOA 1QT5A 4ARPA 1D9WA 1J1XY 4DQJA 2D6BA 206LA 1LYDA 2F2QA 3AZ6A 1L82A 1LYSA 4ET8A 1G1WA 1GF7A 1QUSA 4W94A 1BB7A 2ZYCA 143LA 1C6TA 1LJJA 2FYCA 2Z2FA 133LA 4W53A 4H90A 1L66A 1JTTL 1FLUA 2X0AA 5HLLA 1L28A 1SX7A 4NG8A 1LGUA 4IJ4A 1L41A 4PRQA 1WVVA 1CJ9A 3WXTA 1LZ6A 4WG1A 4GN4A 1QTZA 2DQCY 3TMXA 261LA 1D6QA 1EQ4A 5KXNA 118LA 1LLHA 1GDXA 1B5YA 3A95A 4ETAA 5ILFA 3P68A 1IOSA 2LCBA 152LA 2RH1A 1CX7A 216LA 196LA 3W6CA 3VWOA 3A34A 1UIBA 1DI4A 4EKPA 4X3BA 3B0OA 3A8ZA 4DWXA 5I14A 1TCYA 4I7OA 1GFAA 3FADA 180LA 1L55A 1HSXA 1YIKA 4PJ2C 1CU3A 1UCOA 1L74A 1IR8A 2C8OA 1RCMA 1JEFA 1C63A 1TDYA 4I7RA 4ETEA 1DQJC 4DAJA 1LSPA 2F2NA 5KKJA 1WTMA 2ANVA 5KXKA 2LYZA 163LA 166LA 2FBDA 5DL9A 1UBZA 4YX7C 4EKQA 2IHLA 4B4IA 1GFHA 3A93A 3LYMA 1MELL 5I54A 1G0LA 1L12A 4N5RA 208LA 3M3UA 4H8XA 3HUKA 4BAPA 1L75A 2A4TA 253LA 2CUUA 2Q9EA 2DQGY 1LGXA 2Z18A 2W1XA 1L15A 2G4QA 6LZMA 1LSCA 229LA 4DC4A 1GB5A 1CV0A 4W58A 3AZ4A 4WM3A 5IHGA 207LA 3TXHA 3LYTA 1BWJA 1C60A 2RSCA 3LZ2A 1C6DA 1XEIA 3ZEKA 2YSSC 3LZMA 3QE8A 4I7NA 1T8AA 1GF0A 1B7PA 1C6IA 4ETDA 1MLCE 7LZMA 1CNSA 2EKSC 1FDLY 1GFEA 4NHQA 1FBIX 2CDSA 1L27A 1GF8A 4FJRA 1LSFA 2QB0B 4W59A 3HUQA 1G06A 184LA 3AZ5A 231LA 1YL1X 4NSIA 3W3EA 2CGIA 1W08A 2F30A 1L94A 200LA 2BQEA 1NDMC 4LDEA 5B07A 3N9AA 1IY3A 1IR7A 4H9HA 4QEQA 5B1GA 1F10A 4DYGA 3DN4A 4Z41A 4CFPA 1GBZA 1IWTA 1L91A 1G7JC 2YDGA 4Z46A 4NWHA 1BVXA 4N0JA 1L84A 3AW7A 1OUBA 1B5XA 1L97A 1XEJA 258LA 4LGKA 1LGWA 1QTVA 1BHZA 2F32A 4OW1A 115LA 3LYZA 1LMPA 4DD1A 3G3BB 5LINA 182LA 2HU1A 1JWRA 3B0KA 4WLTA 2HUBA 171LA 1KXYA 1GE3A 2YBNA 147LA 1LJEA 3GUPA 1DPWA 4YOPA 3HTBA 1C7PA 2OTYX 3C8SA 1L45A 3AB6A 237LA 2YBIA 1AKIA 5A3EA 1D0MA 3G3XA 1AT6A 3HH3A 1VEDA 4LZMA 1XSFA 1B7NA 4OWEA 1L17A 1OUJA 3EXDA 250LA 4KL7A 4WM6A 5FDJA 4OWBA 1L83A 1QDRA 1L99A 1CV5A 1YAOA 4B1AA 4WLYA 2BQOA 2MEIA 4M6DA 5KXPA 3AW6A 2ANXA 1UICA 1PQIA 1JKAA 1N4FA 4Z98A 1A2YC 4I7LA 1OUFA 1QTEA 3TXBA 3CDTA 1SSYA 138LA 240LA 1ALCA 3A91A 1JTOL 1QSBA 1AT5A 213LA 1H6MA 3OE0A 9LYZA 3A92A 3DN8A 227LA 1HERA 3CSQA 1FLWA 3DN1A 1L51A 2ZQ3A 4XADA 1L64A 1SX2A 1L43A 1GBYA 4XN6A 251LA 2MEEA 4RDSA 5AMYA 8LYZA 4W56A 1IX0A 4UWUA 4H9EA 1LZRA 4RW2A 5J7CA 1P2LA 1UIAA 218LA 110LA 1GB7A 119LA 2D4JA 4NHSA 3TXGA 5LA8A 5C6IA 1YILA 189LA 4TX7A 3A90A 1YQVY 4N1CC 1LPIA 170LA 1L50A 2BQMA 4DDBA 1T8FA 5HMJA 5IELA 243LA 1G0QA 1QTBA 3DN2A 1I6SA 1UIGA 1B2KA 3FI7A 1NBYC 1L10A 1OV7A 4MR1A 1DKKA 4EKRA 3WW6A 3W6AA 3F9LA 226LA 1L70A 186LA 3HTGA 2Y8PA 3A3QA 1OWYA 4BADA 4YENA 2HUMA 5F14A 4HV1A 142LA 172LA 1GB0A 4W52A 146LA 1IIZA 1GD6A 2LHMA 2B74A 160LA 4NG1A 3TMWA 5LYZA 1L20A 1LSMA 4EXMA 4N9RA 1L86A 5M1YA 1IC5Y 1WQOA 2LC9A 1LYJA 4HJVA 3SB6A 3K3TA 1D2WA 2H5ZA 1LKSA 3GXRA 4KXIA 4WM1A 188LA 1DYGA 4MCKA 1LI6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WXU A;  2D4I A;  1L05 A;  1JTN A;  145L A;  2RBS A;  3N9E A;  4WL6 A;  1LSZ A;  4NGW A;  3CB7 A;  2CWI A;  3SBA A;  5LXW A;  137L A;  4ZFP A;  4H8Y A;  5L3I A;  1LWG A;  157L A;  1KS3 A;  1CJ8 A;  1L48 A;  1CKG A;  4GLA A;  4GN3 A;  1D3N A;  2MEF A;  3G3V A;  2B6Z A;  3GUK A;  248L A;  5EBH A;  1L38 A;  1OVJ A;  2RAZ X;  3A67 Y;  1GE2 A;  1WQM A;  1C6A A;  1LJK A;  2BQG A;  4DQ7 A;  2RBP A;  1GF5 A;  5KY1 A;  194L A;  1C6N A;  4LYO A;  1ZVH L;  2Z2E A;  5KXW A;  1LTM A;  5B1F A;  4AXT A;  140L A;  3WU9 A;  1LMC A;  2FBB A;  2B6X A;  3ULR A;  4A7D A;  1QUO A;  1QT5 A;  4ARP A;  1D9W A;  1J1X Y;  4DQJ A;  2D6B A;  206L A;  1LYD A;  2F2Q A;  3AZ6 A;  1L82 A;  1LYS A;  4ET8 A;  1G1W A;  1GF7 A;  1QUS A;  4W94 A;  1BB7 A;  2ZYC A;  143L A;  1C6T A;  1LJJ A;  2FYC A;  2Z2F A;  133L A;  4W53 A;  4H90 A;  1L66 A;  1JTT L;  1FLU A;  2X0A A;  5HLL A;  1L28 A;  1SX7 A;  4NG8 A;  1LGU A;  4IJ4 A;  1L41 A;  4PRQ A;  1WVV A;  1CJ9 A;  3WXT A;  1LZ6 A;  4WG1 A;  4GN4 A;  1QTZ A;  2DQC Y;  3TMX A;  261L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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