1SX7A

Use of an ion-binding site to bypass the 1000-atom limit to ab initio structure determination by direct methods
Total Genus 59
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVAAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRECALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)TI2 (158-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)S3 (31-32)AH3 (60-80)AH6 (108-113)AH7 (115-123)AH8 (126-134)TI3 (159-162)AH10 (143-155)AH2 (39-50)AH4 (83-90)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Use of an ion-binding site to bypass the 1000-atom limit to structure determination by direct methods.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1sx7A00
226LA 1K28A 1LI6A 167LA 1OVHA 104LA 2CUUA 1LYFA 3HU9A 3GUMA 1L50A 119LA 3OE0A 107LA 1P2LA 3K2RA 1EPYA 4YXAC 3UONA 3C8SA 223LA 1L70A 1G0PA 2OE9X 172LA 2Z6BA 1C6EA 1KS3A 2QARC 1G0LA 1L83A 221LA 3HTFA 2LC9A 3CDOA 1L05A 1QT3A 3HUKA 1C6HA 2LZMA 188LA 1LGWA 1NHBA 1DYFA 4LDLA 1P2RA 4DJHA 1PQOA 212LA 128LA 232LA 1L71A 2O79A 1L44A 1SSYA 1L60A 1KW7A 191LA 2RBOA 3RZEA 1C66A 1L12A 1L87A 3FI5A 3SBBC 4W53A 1OWYA 1QUHA 1TLAA 1OV5A 217LA 262LA 2HUKA 1QT4A 157LA 2B74A 1L16A 1CU0A 1L43A 2RBNA 1L97A 3GUPA 158LA 1C6LA 3CDQA 120LA 1L66A 1L82A 1SSWA 246LA 1T8FA 1L67A 143LA 4W58A 4ARMA 4PJZA 151LA 130LA 149LA 1L35A 139LA 4I7QA 1L22A 1L76A 1C6NA 1C61A 4ARQA 4YX7C 1L61A 253LA 1C69A 2RBSA 1QT5A 2OU8A 1DYGA 178LA 1QUOA 1L63A 1QSBA 1L18A 1L73A 1L46A 2OE7X 1G1WA 1QTDA 160LA 103LA 1CX7A 2F32A 4LZMA 1QTZA 114LA 1KY0A 174LA 201LA 3HT8A 1P5CA 1QTCA 4W55A 1QS5A 1OYUA 234LA 3C8QA 4W57A 4EXMA 4GRVA 251LA 127LA 1D3JA 1QUGA 1C6FA 1L57A 1L47A 3SB8A 3DMVA 1D2WA 229LA 1LI3A 1QT6A 1JQUA 2RH1A 109LA 183LA 187LA 1KY1A 1L21A 1L89A 113LA 244LA 1C65A 1L52A 169LA 118LA 231LA 168LA 6LZMA 1LGXA 1JTNA 138LA 1T8GA 2OU9A 1C6TA 173LA 256LA 125LA 1OVKA 235LA 1ZURA 1XJTA 213LA 1L27A 1C6BA 3HDFA 3G3VA 1P3NA 1L51A 1CUQA 156LA 241LA 1XEPA 4I7OA 236LA 3ODUA 3NY9A 1L72A 254LA 1L68A 2RBRA 3F9LA 3DN4A 2B6XA 2NTHA 2HULA 1CV5A 4EKRA 195LA 1JTMA 3SB5A 5I14A 141LA 1L30A 1L42A 3PBLA 4DKLA 1LI2A 4EKPA 1L80A 3CDVA 2Q9DA 2L78A 4I7PA 237LA 2B70A 3NYAA 248LA 131LA 1T6HA 1QSQA 155LA 1L55A 1L94A 3FA0A 1QTVA 1L29A 233LA 239LA 4I7MA 2B6TA 3G3WA 1SWZA 4E97A 1C67A 3HWLA 240LA 1L90A 1LGUA 1LYJA 110LA 1G0QA 1G07A 1L36A 3DKEX 1L19A 4W54A 3HH6A 2B73A 1L53A 3NY8A 224LA 1P6YA 3HH5A 1L20A 3QAKA 1C60A 1CU6A 209LA 1D9WA 4ARJA 1L23A 1P7SA 1L37A 3RUNA 161LA 1LYEA 185LA 3SN6R 2A4TA 1QTBA 1L62A 1L75A 4I7LA 1T8AA 4IAPA 3C7ZA 4LDOA 2ANXA 1SWYA 3HT6A 1L07A 3GUIA 1G0JA 3L2XA 250LA 2Q9EA 190LA 1G0KA 2LCBA 1C6IA 1P64A 1KNIA 1L85A 171LA 1PQIA 1L39A 1L34A 215LA 3L64A 2RB1X 1L00A 1L14A 177LA 2B75A 3C7YA 3PDSA 4ARPA 1L54A 1G1VA 165LA 3HH4A 4YXCA 4I7RA 1G06A 4I7NA 1P36A 2B72A 3HUAA 181LA 1L74A 162LA 3DN6A 2OU0X 1C6PA 1L81A 170LA 2O4WA 1CV4A 1C6DA 1L0JA 1L58A 2RBPA 4I7SA 1C63A 3EMLA 145LA 4S0WA 1I6SA 1L95A 1LWKA 257LA 1C6CA 3LZMA 3HUQA 1QUDA 1CUPA 1G0GA 1L15A 102LA 4ARMB 1LYGA 3C83A 2RB0X 3V2WA 205LA 3C8RA 4I7JA 4EKQA 4EPIA 1L64A 4ARQB 3HTBA 1DYCA 1L45A 1XJUA 1L38A 3DNAA 1LYHA 3D4SA 199LA 1L86A 5LZMA 227LA 252LA 3C81A 1CTWA 112LA 1C6KA 1CVKA 2RAZX 126LA 3V2YA 3HH3A 1L25A 1L10A 2RB2X 1L98A 197LA 3HTDA 186LA 1L28A 140LA 3VW7A 1C68A 1L26A 4LDEA 2ANVA 230LA 148LE 1DYEA 218LA 4W59A 1WTHA 123LA 1P56A 1ZYTA 3SB7A 3C7WA 4W56A 3G3XA 242LA 3OE8A 189LA 1CV3A 1KW5A 7LZMA 1L69A 1L01A 1L99A 1OV7A 1L02A 1L91A 1SX7A 2B6WA 216LA 3SB6A 2NTGA 1P46A 3HU8A 1C6JA 2OTZX 137LA 142LA 249LA 4GBRB 4W51A 3CDRA 198LA 1D3MA 108LA 1L65A 2IGCA 3SB9A 1L08A 1D3FA 1D3NA 1C6QA 222LA 3DN1A 1L04A 1C6MA 1L56A 1L17A 3DN0A 1L59A 182LA 1L13A 1L32A 3F8VA 2F47A 4ZPUA 3OE9A 3HTGA 115LA 1L96A 1PQMA 146LA 144LA 3DN8A 147LA 152LA 1L92A 1LWGA 1LYIA 1ZWNA 1L48A 2F2QA 1LW9A 200LA 1QTHA 1L24A 1B6IA 4I7KA 260LA 1CX6A 3HT9A 3GUKA 1C6AA 1L0KA 4EKSA 258LA 175LA 255LA 2B6YA 163LA 1QT7A 1L49A 1CU5A 164LA 4I7TA 259LA 1PQDA 1DYDA 3DMXA 1L06A 214LA 1C6GA 1L40A 1P37A 2RBQA 1LPYA 1DYAA 192LA 1C64A 220LA 3GULA 243LA 3DMZA 2OEAX 3GUNA 1L93A 3C80A 3HDEA 1C62A 4EJ4A 2B7XA 4ARLA 166LA 1L77A 1OVJA 3HT7A 1QS9A 1PQKA 1DYBA 1L79A 261LA 2OTYX 228LA 3GUOA 238LA 1LLHA 3DN3A 210LA 247LA 3OE6A 176LA 1L09A 1L88A 1LYDA 1QT8A 2HUMA 150LA 225LA 3GUJA 1L11A 245LA 4DAJA 211LA 1CV0A 1L41A 4AQNA 1CU2A 1L03A 1CU3A 111LA 1G0MA 3SBAA 4W52A 219LA 1PQJA 1SX2A 4OO9A 129LA 2RAYX 184LA 3CDTA 1L31A 1L84A 3DN2A 4PK0A 2QB0B 2OE4X 1OWZA 196LA 159LA 1L33A 206LA 3FADA 1T97A 1CV1A 122LA 1CV6A 2O7AA 4K5YA 180LA 2B6ZA 1D2YA 3JR6A 4EPFA 3C82A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1K28A 1WQPA 1JTTL 1OVHA 1LZRA 3A3QA 3HU9A 2A7DA 1L50A 1I1ZA 3OE0A 3J4GA 1LZ6A 5I4XA 1L70A 1G0PA 2Z6BA 5DL9A 1LJHA 1VEDA 1G0LA 1L83A 4HJVA 1WVUA 2LC9A 3CDOA 4GCBA 1L05A 1GFAA 1WQQA 1QT3A 4NWHA 4WM5A 2Y8PA 4DJHA 5KJ9A 1I56A 3AZ4A 1GFEA 2H9KA 4HPIA 1B9OA 1JUGA 3AJNA 5C6IA 1BWJA 1GE1A 1L16A 4WG1A 1L97A 3CT0A 1C6LA 1L82A 1L67A 4W58A 4QEQA 1L35A 5KXPA 1C61A 4YX7C 4DD9A 1LMNA 2RBSA 1VDSA 3BKVA 3WPLA 1L63A 1QSBA 1LSCA 4WO9A 1L73A 4Z3MA 160LA 4D9ZA 1QUSA 1JKAA 1LZ5A 1HENA 3T6UA 4W55A 1IY3A 2F30A 2HEEA 4TTDA 2F4GA 4NHSA 127LA 1D3JA 2EKSC 4NHPA 1C6FA 1LMOA 1L47A 3DMVA 1LI3A 2NWDX 1JQUA 5F9UA 3W3EA 1HSXA 1DPWA 1LZNA 109LA 1OUBA 183LA 1L21A 4LGKA 113LA 4P2EA 1LHMA 1LJEA 3WUAA 231LA 168LA 1GFVA 1JTNA 138LA 2YBJA 4II8A 4OOTA 2OU9A 1C6TA 173LA 256LA 2YBMA 2Z18A 5EBHA 235LA 4LFPA 4H8ZA 1UIEA 1L51A 1CUQA 5HNLA 1YILA 3ODUA 1L68A 4H9CA 3DN4A 2HULA 195LA 1JTMA 4M4OA 3SB5A 141LA 2HU1A 3LYOA 4N8ZA 1RCMA 1UICA 2BQEA 4EKPA 1L80A 4HJYA 4IASA 1Z55A 3AGGG 4H9AA 153LA 248LA 131LA 3CT5A 1L94A 4HTKA 1QSWA 233LA 4FJRA 4XJIA 4DDBA 3QE8A 1C67A 4LYZA 3HWLA 2CDSA 5APDA 1LYJA 2W1LA 1G0QA 2Z37A 1L36A 2BQKA 1CJ9A 1LZTA 2D91A 4I8SA 2I26L 1JJ3A 1QSAA 2D4KA 224LA 1P6YA 3HH5A 1L20A 2ZIJA 209LA 1UIHA 1L23A 1L37A 3RUNA 1KIPC 5I54A 1LYEA 1XGTC 1QQYA 2D6BA 1QTBA 1DXJA 1NKHA 193LA 2ANXA 1L07A 3L2XA 4WLDA 4R0FA 1AM7A 2LCBA 3RW8A 1L85A 4WM1A 1IP1A 3W6BA 1FN5A 2GV0A 3L64A 1GE0A 1IOTA 5IDDA 1L14A 177LA 2B75A 3C7YA 3PDSA 1J1XY 3HH4A 4I7RA 1NDGC 2ZNWY 3HUAA 181LA 162LA 4LT1A 1CV4A 134LA 4OWAA 145LA 5DLAA 1LKSA 3RT5X 1L95A 1CKFA 3A94A 4DT3A 2G4NA 1C6CA 1WQMA 1QUDA 1CUPA 2VB1A 5HLLA 5B1GA 3IJVA 1L15A 1AKIA 3TXJA 1G7LC 205LA 3C8RA 1BVXA 1C7PA 4I7JA 4EPIA 4ARQB 1OUCA 1L45A 4H91A 3DNAA 1IX0A 1VFBC 112LA 4NGKA 1GAYA 2RAZX 4OWCA 3WMKA 1HMKA 1L25A 5C6LA 197LA 1JJ0A 4NG8A 1JSEA 4LDEA 2Z38A 1LJJA 230LA 4W59A 5B06A 1LHJA 1TEWA 4H9FA 4QGZA 1ZYTA 3C7WA 4W56A 242LA 3AGIA 3LHMA 1JTPL 189LA 1GFTA 4HV1A 1HF4A 4BS7A 1CV3A 1HELA 132LA 2W1MA 1FBIX 1IWXA 4NGOA 1P46A 4NG1A 9LYZA 3QNGA 4H90A 4WM6A 108LA 4H92A 1D3FA 222LA 2N5ZA 1L17A 1L13A 1LSMA 1L32A 1PS5A 4TSCA 4DC4A 3DN8A 2BQFA 4PGJB 1ZWNA 2F2QA 2MECA 4YM8A 200LA 1L24A 2EPEA 4I7KA 3WW6A 1CX6A 5LVIA 208LA 4KXIA 3A67Y 5I5QA 4XJGA 4C3WA 164LA 4I7TA 259LA 1LZEA 2HTXA 1DYDA 1L06A 2RBQA 1HEQA 1C64A 1GF0A 3ZEKA 3GULA 243LA 2BAAA 2OEAX 3GUNA 3HDEA 2XBRA 3WPKA 4ARLA 1D6QA 4NSHA 1GDWA 5B05A 1PQKA 1L79A 2OTYX 228LA 3DN3A 3BKHA 4TWSA 4RDSA 4ET9A 3ATOA 2Z12A 3GUJA 1L11A 1LSNA 2MEFA 4CGEA 1L41A 4ETAA 111LA 1G0MA 3M3UA 1L31A 2QB0B 1C46A 1YKXX 3FADA 3A8ZA 1J1PY 3WVXA 1F0WA 1T97A 2MEBA 1CV6A 4EPFA 3WH1A 1IWWA 226LA 3B6LA 1G7HC 2BLYA 1GFRA 3WL2A 1DI3A 1NF5A 3ZVQB 223LA 1LZYA 172LA 2OE9X 4NGJA 2BQDA 5KXOA 4E3UA 3AZ5A 4WOAA 5D5FA 1C6HA 2H9JA 4NSJA 5T3FA 1BB6A 4PRQA 1SSYA 1YQVY 2RBOA 1L12A 1L87A 3AYQA 1LSEA 1OWYA 1OV5A 262LA 3W6FA 157LA 158LA 3CDQA 246LA 130LA 149LA 139LA 1GE4A 1L22A 4NY5A 5AMYA 1L76A 1REMA 4ARQA 3RZ4A 3A6CY 1C69A 3ATNA 4QDNA 1C08C 3B0OA 1L18A 1L46A 4NGYA 1LHLA 1QTZA 2BQHA 2BPUA 5HQ1A 5LINA 1UUZC 1QS5A 1OYUA 4W57A 3WYHA 251LA 4FDYA 4O34A 1D9UA 5LVJA 2CWIA 1QT6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1K28 A;  1WQP A;  1JTT L;  1OVH A;  1LZR A;  3A3Q A;  3HU9 A;  2A7D A;  1L50 A;  1I1Z A;  3OE0 A;  3J4G A;  1LZ6 A;  5I4X A;  1L70 A;  1G0P A;  2Z6B A;  5DL9 A;  1LJH A;  1VED A;  1G0L A;  1L83 A;  4HJV A;  1WVU A;  2LC9 A;  3CDO A;  4GCB A;  1L05 A;  1GFA A;  1WQQ A;  1QT3 A;  4NWH A;  4WM5 A;  2Y8P A;  4DJH A;  5KJ9 A;  1I56 A;  3AZ4 A;  1GFE A;  2H9K A;  4HPI A;  1B9O A;  1JUG A;  3AJN A;  5C6I A;  1BWJ A;  1GE1 A;  1L16 A;  4WG1 A;  1L97 A;  3CT0 A;  1C6L A;  1L82 A;  1L67 A;  4W58 A;  4QEQ A;  1L35 A;  5KXP A;  1C61 A;  4YX7 C;  4DD9 A;  1LMN A;  2RBS A;  1VDS A;  3BKV A;  3WPL A;  1L63 A;  1QSB A;  1LSC A;  4WO9 A;  1L73 A;  4Z3M A;  160L A;  4D9Z A;  1QUS A;  1JKA A;  1LZ5 A;  1HEN A;  3T6U A;  4W55 A;  1IY3 A;  2F30 A;  2HEE A;  4TTD A;  2F4G A;  4NHS A;  127L A;  1D3J A;  2EKS C;  4NHP A;  1C6F A;  1LMO A;  1L47 A;  3DMV A;  1LI3 A;  2NWD X;  1JQU A;  5F9U A;  3W3E A;  1HSX A;  1DPW A;  1LZN A;  109L A;  1OUB A;  183L A;  1L21 A;  4LGK A;  113L A;  4P2E A;  1LHM A;  1LJE A;  3WUA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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