1T6HA

Crystal structure t4 lysozyme incorporating an unnatural amino acid p-iodo-l-phenylalanine at position 153
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
164
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The site-specific incorporation of p-iodo-L-phenylalanine into proteins for structure determination.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 56
structure length 163
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1t6hA00
261LA 1CU0A 252LA 1LW9A 1L98A 1L75A 166LA 245LA 1L57A 1L14A 4EKSA 3HTDA 3HU9A 185LA 1D9WA 1CV5A 1SSYA 1C66A 1D3FA 3DN1A 1DYAA 3DN6A 1L94A 1JTNA 1LGUA 1L33A 4YXCA 157LA 1CX6A 3DN0A 3EMLA 6LZMA 2ANXA 4ARQB 109LA 3G3WA 3C81A 102LA 3NY9A 1SWYA 4ARPA 4I7LA 4DJHA 4W54A 1C6KA 1L72A 223LA 107LA 3GUKA 2HUMA 232LA 1CUPA 1T8FA 231LA 239LA 1L04A 254LA 4I7QA 1L93A 4W55A 1L42A 1DYFA 2OTYX 156LA 1L18A 1C61A 2RB2X 158LA 3C83A 150LA 183LA 2RBSA 1DYCA 1D2YA 1OWYA 1SX7A 1TLAA 246LA 237LA 3F8VA 120LA 2B6ZA 2OU9A 1L67A 1L26A 1D3NA 3NY8A 3DMVA 4EPIA 4GBRB 2B6YA 1L45A 3F9LA 1L01A 3G3XA 1G0JA 1L68A 1PQIA 1QSBA 1G1WA 111LA 1CX7A 1C65A 127LA 1L55A 1QTBA 4IAPA 1LI3A 1D3JA 1LYEA 220LA 148LE 160LA 3GUOA 1L54A 1L44A 3LZMA 218LA 3C7YA 1LYJA 210LA 1OVKA 4W53A 3K2RA 1DYGA 1JTMA 3GUMA 110LA 2A4TA 4W58A 3C8SA 3SBAA 1QT5A 3SB8A 162LA 209LA 3PBLA 4W56A 181LA 103LA 1QSQA 2RBOA 4EJ4A 3C80A 3HU8A 1QUOA 219LA 1P6YA 1L87A 200LA 2Q9EA 147LA 161LA 1OWZA 2B74A 1L64A 1L77A 1L10A 2B73A 1L53A 1G0LA 5I14A 3CDVA 3DMXA 1L70A 164LA 1QTHA 1L84A 1KW5A 1L41A 140LA 1L80A 1LYHA 1CU2A 2OE4X 4I7KA 1L17A 1L51A 2LCBA 115LA 1L0JA 1L83A 249LA 3DN3A 1L81A 104LA 4ARQA 2OEAX 1C64A 2RB1X 2RBPA 1QTCA 262LA 1L63A 1L52A 159LA 3DKEX 1L76A 1CU3A 1L15A 123LA 1L40A 1L12A 1L69A 1XJUA 213LA 1T8GA 1L08A 177LA 139LA 3DN2A 169LA 1L97A 1OYUA 2LC9A 3HH3A 2ANVA 2LZMA 1QS9A 3DN8A 129LA 3HUQA 171LA 188LA 1QUHA 228LA 1L95A 1OV5A 2O4WA 1L82A 3V2YA 4I7JA 1PQOA 1L56A 3HTBA 1G07A 2RBNA 151LA 1L23A 236LA 2HUKA 205LA 4EKQA 1P2RA 2OU8A 1L47A 1L49A 4ARLA 2RH1A 1QUDA 226LA 4AQNA 3DMZA 4S0WA 1L11A 1L43A 1DYBA 1P56A 4LDOA 1QTVA 152LA 1P2LA 1C6MA 2RAZX 1C67A 3GUNA 175LA 250LA 1L46A 3HH6A 3HTGA 198LA 3HUAA 1L65A 1CVKA 3CDTA 3FA0A 1G0KA 1L36A 1I6SA 4YXAC 125LA 1QS5A 4W52A 2OE9X 1LPYA 186LA 201LA 143LA 1L96A 1L28A 1CV6A 3CDRA 165LA 1L60A 4K5YA 7LZMA 128LA 197LA 2HULA 3L64A 2L78A 3DN4A 1LI6A 3CDQA 1PQJA 3ODUA 1LGWA 176LA 4PK0A 1KY0A 251LA 189LA 190LA 3SN6R 1QT8A 2QB0B 122LA 1L71A 3OE9A 1P46A 3SB5A 1G1VA 1ZWNA 5LZMA 233LA 260LA 1L03A 4I7SA 1CV4A 3JR6A 230LA 2RBRA 144LA 4EXMA 1L05A 3SB9A 1L86A 1C6NA 1L31A 1DYDA 211LA 4W57A 3OE8A 4I7RA 170LA 126LA 3HUKA 1L24A 1L99A 227LA 1L35A 1G0PA 2OU0X 4W51A 1L13A 2B6XA 1L22A 1JQUA 1QT6A 3FI5A 244LA 3CDOA 1CTWA 146LA 1L62A 1XEPA 1L34A 1L32A 206LA 248LA 1QT4A 3HWLA 255LA 1QTZA 3GUPA 1T97A 3SB7A 1WTHA 4DKLA 137LA 1CUQA 2NTGA 4PJZA 3HT6A 2B7XA 1P5CA 1KNIA 1L48A 1L79A 138LA 3HT7A 113LA 1L61A 1CU6A 3RUNA 4ARMA 1C6EA 1D2WA 1ZYTA 257LA 1L29A 1L16A 3VW7A 1L58A 1CU5A 3L2XA 182LA 3GUIA 168LA 1L66A 1G0MA 1L50A 130LA 1L91A 1C6PA 3G3VA 1L90A 3HDEA 222LA 1T8AA 4LZMA 241LA 2F2QA 1C68A 1KW7A 4I7NA 3DNAA 4ARJA 1L0KA 4EPFA 1C6HA 1L02A 1LWGA 155LA 4DAJA 1PQDA 2OTZX 1L00A 1PQKA 1QT7A 3HH4A 238LA 1XJTA 215LA 1SX2A 2RB0X 4I7PA 1G06A 1L74A 1KS3A 3RZEA 2O7AA 118LA 3HT9A 1C6LA 3GUJA 1L85A 173LA 4ZPUA 174LA 195LA 3HH5A 1L39A 1L21A 3GULA 4ARMB 2IGCA 4YX7C 2B70A 2NTHA 1C69A 1C63A 1CV0A 1C6BA 145LA 234LA 1C6DA 1L27A 2Q9DA 1L20A 214LA 1QTDA 3PDSA 3UONA 2QARC 180LA 3C82A 167LA 1SSWA 1G0QA 1C6FA 1NHBA 3OE6A 1L59A 149LA 1DYEA 3FADA 4OO9A 225LA 1LYGA 1L06A 142LA 1C6IA 1T6HA 1L89A 3QAKA 1C60A 1PQMA 2RBQA 258LA 2O79A 1L88A 1C6AA 3SBBC 2B6TA 2RAYX 1LI2A 4EKPA 2Z6BA 3V2WA 163LA 3HTFA 1L92A 3D4SA 256LA 192LA 184LA 1KY1A 187LA 2F32A 1L09A 1C6JA 240LA 1C62A 141LA 224LA 235LA 2B72A 199LA 242LA 4EKRA 1B6IA 2CUUA 108LA 3OE0A 196LA 172LA 1L19A 4I7OA 1K28A 1LWKA 4E97A 1C6QA 1QT3A 1L25A 1P37A 1G0GA 212LA 2B6WA 1P3NA 3C8RA 247LA 4GRVA 1LYFA 1QUGA 2F47A 1L30A 4LDEA 114LA 1C6GA 1P64A 178LA 1C6CA 2B75A 1CV3A 1C6TA 3C7WA 1LLHA 1OVHA 221LA 1D3MA 119LA 1OV7A 229LA 2OE7X 3SB6A 243LA 4W59A 1P36A 217LA 3HT8A 191LA 1L73A 259LA 1LGXA 4I7MA 1LYDA 1P7SA 112LA 3C8QA 1OVJA 1L37A 1ZURA 131LA 1L38A 4LDLA 3NYAA 1EPYA 1SWZA 1LYIA 1L07A 3HDFA 253LA 3C7ZA 4I7TA 216LA 1CV1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KXIA 1IP4A 1FBIX 2DQIY 1L75A 1LMOA 1L14A 1DI3A 5KXSA 1NQIA 4ET9A 4DD3A 193LA 1C66A 1DYAA 1L94A 1B5VA 157LA 3EMLA 5E4PA 109LA 4NGWA 102LA 1UACY 4RDSA 4WM3A 1L72A 2HUMA 1EQEA 1L93A 1L42A 1DYFA 1WQPA 5KXKA 2RB2X 4H94A 1DYCA 246LA 237LA 3F8VA 4H92A 5KY1A 2OU9A 4NG1A 3DMVA 4GBRB 1IEEA 2B6YA 5KXTA 1GF0A 3AW7A 5APEA 4DT3A 1L68A 1PQIA 4NWHA 1HFXA 4QEQA 2D4IA 1D3JA 4EMNA 1LZRA 1LZ5A 210LA 1OVKA 1GAZA 3K2RA 1DYGA 1QUTA 3SBAA 1QT5A 1AM7A 5LXWA 1LOZA 1JUGA 1LZBA 3ZVQA 209LA 2HEBA 5J7CA 2HUBA 2ZNXY 1P6YA 4I8SA 3CSZA 1SLYA 1GEVA 2B74A 1GF3A 1L77A 2D4KA 1GBWA 1LHLA 4B0DA 3K3TA 1L84A 1KW5A 3ULRA 2OE4X 4I7KA 4P2EA 3A3RX 4GCDA 1L17A 115LA 4KPMA 4FJRA 1JHLA 249LA 1OUFA 1OQMA 3GXRA 3AGGG 1QTCA 4LYCA 4XADA 1JKCA 3DKEX 4B49A 1L69A 4NGVA 177LA 2FYDA 1OYUA 1XSFA 1IX0A 4DD9A 3DN8A 4GLVA 1JITA 188LA 5B1GA 3V2YA 5LAGA 1GB9A 1B5UA 1LJGA 1SQ2L 1HEPA 4NWEA 1JKDA 1L47A 1GF6A 4Z3MA 4I0CA 2HEDA 1YKXX 4S0WA 1GFHA 1P56A 4LDOA 4OOOA 2ZQ3A 1P2LA 1YL1X 250LA 3LYZA 4C3WA 2ZWBA 4XN6A 1CVKA 1INUA 4CFPA 4NGLA 4WM6A 4D9ZA 3CDTA 4DQJA 125LA 3A6BY 2A7DA 5M1YA 3OJPA 128LA 1PQJA 3ODUA 1LGWA 176LA 1BQLY 1B5XA 189LA 1BWIA 1LJFA 4BAFA 2I25L 4DD2A 1P46A 5L9JA 4DWXA 5LZMA 3EXDA 1L03A 1HERA 3BKVA 1L05A 4WLDA 3OE8A 3CQLA 3A34A 1HFYA 4OWCA 227LA 1L35A 2OU0X 1REYA 4W51A 207LA 1JJ1A 4H93A 1C7PA 5D5CA 4UWNA 1HEQA 1WQRA 4NSHA 3TMXA 1LJNA 5A3EA 3GUPA 3SB7A 1WTHA 1WQOA 2YBMA 5DM9A 4PJZA 4HTKA 3RT5X 3TMVA 1IP6A 1KNIA 1L48A 1LJIA 1B5WA 138LA 3HT7A 1L61A 1B0DA 3LN2A 4QGZA 1L16A 4ML7A 3A95A 1LSGA 5E9RA 2ZYPA 3VW7A 1OUBA 182LA 1D9UA 1LHIA 1L50A 130LA 1C6PA 5A3ZA 1G7IC 222LA 1T8AA 1TBYA 1REMA 2C8OA 241LA 2F2QA 4ZEEA 1KXYA 4EPFA 1L0KA 1GFAA 4NGJA 4DAJA 1LJJA 3D9AC 4ANRA 215LA 4I7PA 1IWTA 118LA 1LHKA 5APFA 3W3EA 5F9UA 3BKHA 4ZIXA 1GFTA 195LA 1L39A 1FLQA 3GULA 1DPXA 5LA8A 3TXHA 4DD1A 3FE0A 1C69A 1C63A 4HSFA 1JSEA 3AZ5A 5I54A 1AZFA 1JPOA 1LZYA 3WU8A 1DPWA 3QNGA 1LZ1A 1L20A 214LA 3PDSA 4W94A 3UONA 4WO6A 180LA 1LMQA 1G7HC 1SSWA 1WQQA 1IP3A 1JEFA 132LA 1L59A 5B59A 1GDWA 4DQ7A 4OO9A 225LA 3WW5A 142LA 1LHHA 1T6HA 2HEAA 3QAKA 1PQMA 2RBQA 1GE2A 3CB7A 2H9KA 4TX7A 1NDMC 2ZNWY 3V2WA 3HTFA 194LA 4YEMA 3SP3A 184LA 1VDSA 4HP0A 1KY1A 1QSAA 2F32A 2BQHA 240LA 154LA 1HC0A 224LA 4LYZA 1LJEA 1LYYA 3TXBA 2CUUA 1LCNA 4I7OA 3RU5A 1HELA 3ATNA 1G0GA 2DQGY 2B6WA 4OW1A 4GN4A 1P3NA 1GDXA 3C8RA 4MR1A 1QUGA 1LJHA 1GE1A 2AUBA 5FCPA 4LDEA 1LAAA 4GCFA 4LYBA 221LA 1WVVA 1D3MA 1QQYA 2Z2FA 1L73A 259LA 3C8QA 3RW8A 1L37A 3EMSA 1L38A 2DQCY 1EPYA 3A67Y 3C7ZA 4LT1A 1LMTA 216LA 1CV1A 1IOQA 3A3QA 1L57A 5IHGA 2D91A 3HU9A 1FKVA 1D9WA 1CV5A 1XGUC 2Z37A 1IP7A 3AYQA 2D4JA 1GBXA 1WQMA 1JTNA 1ZVHL 1OUJA 1CX6A 6LZMA 3G3WA 1YAMA 3C81A 2DQFC 4TSCA 133LA 4DJHA 1FLWA 1T8FA 239LA 4M4OA 1L04A 4I7QA 1GFRA 156LA 3A96A 2BQOA 4G9SA 2RBSA 1OWYA 1F6SA 1SX7A 4HV1A 5HMJA 5KXMA 120LA 2LZTA 1L67A 2DQJY 1L45A 4H8ZA 1L01A 3G3XA 4DQ5A 1QSWA 1QSBA 1G1WA 1L55A 4IAPA 1LI3A 1DI5A 220LA 1LYEA 4RW1A 2BLYA 1C08C 160LA 218LA 1YILA 1LYJA 4W53A 3GUMA 110LA 2A4TA 5FDJA 3SB8A 4H9IA 2ZIJA 2IHLA 181LA 4LFXA 1IIZA 2CWIA 4EJ4A 2PC2A 200LA 147LA 161LA 1L10A 4R6CA 1T3PA 3CDVA 1JSFA 1L41A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4KXI A;  1IP4 A;  1FBI X;  2DQI Y;  1L75 A;  1LMO A;  1L14 A;  1DI3 A;  5KXS A;  1NQI A;  4ET9 A;  4DD3 A;  193L A;  1C66 A;  1DYA A;  1L94 A;  1B5V A;  157L A;  3EML A;  5E4P A;  109L A;  4NGW A;  102L A;  1UAC Y;  4RDS A;  4WM3 A;  1L72 A;  2HUM A;  1EQE A;  1L93 A;  1L42 A;  1DYF A;  1WQP A;  5KXK A;  2RB2 X;  4H94 A;  1DYC A;  246L A;  237L A;  3F8V A;  4H92 A;  5KY1 A;  2OU9 A;  4NG1 A;  3DMV A;  4GBR B;  1IEE A;  2B6Y A;  5KXT A;  1GF0 A;  3AW7 A;  5APE A;  4DT3 A;  1L68 A;  1PQI A;  4NWH A;  1HFX A;  4QEQ A;  2D4I A;  1D3J A;  4EMN A;  1LZR A;  1LZ5 A;  210L A;  1OVK A;  1GAZ A;  3K2R A;  1DYG A;  1QUT A;  3SBA A;  1QT5 A;  1AM7 A;  5LXW A;  1LOZ A;  1JUG A;  1LZB A;  3ZVQ A;  209L A;  2HEB A;  5J7C A;  2HUB A;  2ZNX Y;  1P6Y A;  4I8S A;  3CSZ A;  1SLY A;  1GEV A;  2B74 A;  1GF3 A;  1L77 A;  2D4K A;  1GBW A;  1LHL A;  4B0D A;  3K3T A;  1L84 A;  1KW5 A;  3ULR A;  2OE4 X;  4I7K A;  4P2E A;  3A3R X;  4GCD A;  1L17 A;  115L A;  4KPM A;  4FJR A;  1JHL A;  249L A;  1OUF A;  1OQM A;  3GXR A; 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