1T6HA

Crystal structure t4 lysozyme incorporating an unnatural amino acid p-iodo-l-phenylalanine at position 153
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
164
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The site-specific incorporation of p-iodo-L-phenylalanine into proteins for structure determination.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 56
structure length 163
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1t6hA00
2OU8A 205LA 1L71A 1SWZA 4I7PA 1L67A 1L15A 126LA 1C69A 3EMLA 1LYHA 3HH6A 1OV5A 3FA0A 1CU5A 1LI6A 4W56A 1PQJA 243LA 1PQKA 1LYJA 1L74A 1D2YA 225LA 1QS5A 4I7KA 152LA 4S0WA 3SBAA 2IGCA 1C63A 224LA 1P3NA 157LA 1KY1A 2NTGA 4EPIA 3SB8A 1L48A 1L85A 1G07A 3C7ZA 1QT4A 1P64A 2B6XA 3HT7A 181LA 145LA 1G0MA 192LA 1OVJA 3C81A 1L44A 1T8AA 3HDFA 1C6TA 3DN1A 3DNAA 3G3XA 1D3FA 4IAPA 1P36A 1PQMA 3HDEA 1C6BA 1L13A 2HUKA 3PDSA 127LA 1L0JA 1DYFA 2L78A 1TLAA 240LA 248LA 2HUMA 1L37A 102LA 1SX7A 1T8GA 2B6YA 258LA 146LA 1L96A 1QSQA 2HULA 233LA 227LA 2Z6BA 1L28A 3GUIA 3HH5A 3ODUA 1OV7A 1SSYA 109LA 1L50A 239LA 246LA 3NYAA 1C6DA 252LA 3GUJA 1SX2A 234LA 195LA 1L08A 3HH4A 1G0LA 1JQUA 1QUHA 1ZWNA 1P5CA 1C62A 2OEAX 3HTFA 141LA 3G3VA 3SB7A 1L42A 4GBRB 3G3WA 4W51A 1P2LA 1C64A 3HT8A 3HTBA 1QT5A 1LI3A 1L39A 200LA 1L79A 198LA 1CU2A 1CU0A 3DKEX 3PBLA 4EJ4A 1OYUA 3CDOA 3L2XA 1KS3A 1L89A 1L66A 1DYDA 2Q9EA 3SB5A 2ANVA 163LA 1L87A 1G1WA 1L40A 1L25A 1P6YA 114LA 1LWGA 4ARLA 1L18A 2QARC 2ANXA 1QUGA 1LYDA 3K2RA 1D9WA 1G0GA 221LA 165LA 3SN6R 2B6ZA 4AQNA 4YX7C 2B6TA 214LA 3HT6A 164LA 1G0KA 1QT7A 1QSBA 209LA 226LA 1PQDA 1QTBA 2O4WA 2OE7X 1L46A 159LA 108LA 3HUKA 1C6PA 1L75A 1L41A 3C7YA 1L52A 199LA 1B6IA 1C6AA 1C6HA 2OU9A 1QS9A 1CV4A 1QTVA 4K5YA 137LA 1L58A 1D2WA 6LZMA 1L77A 1L26A 2O7AA 107LA 3C83A 140LA 1C66A 174LA 3DN0A 1CV3A 2OE4X 4PK0A 1C6KA 1OVHA 4W54A 3C8SA 144LA 1L20A 143LA 185LA 3OE9A 1G0PA 1CX6A 1L70A 1D3MA 122LA 3OE0A 4EXMA 7LZMA 180LA 1L0KA 1L64A 230LA 256LA 3JR6A 2B75A 1CV1A 3HU9A 3HUAA 149LA 1LGWA 1L23A 4W59A 4EKPA 3DN4A 4I7QA 176LA 1L54A 4I7OA 1EPYA 1L45A 1QTHA 139LA 2RBSA 1L38A 1QT6A 1ZURA 3GUNA 2RBPA 1L82A 1K28A 1L31A 130LA 112LA 3HH3A 1C6MA 1C6LA 1L86A 1L03A 1L43A 1OWYA 1LLHA 3GUKA 3HU8A 2B74A 2OE9X 1KNIA 1L63A 216LA 3DMVA 262LA 103LA 4ARJA 1T8FA 2B72A 1LPYA 1L72A 1L92A 222LA 1SSWA 1P7SA 3HTDA 158LA 250LA 3D4SA 2B7XA 219LA 4EKSA 118LA 4DKLA 1PQIA 1C6EA 169LA 1CV6A 1C60A 1XJTA 206LA 4EPFA 212LA 168LA 2CUUA 1L59A 1L83A 1CV5A 1CV0A 1QT8A 3GULA 1C6GA 4W58A 1L35A 3VW7A 125LA 260LA 2B73A 1C6QA 1CUPA 2LZMA 4YXAC 236LA 1CX7A 1L24A 1L49A 1QT3A 237LA 4I7TA 120LA 3DN8A 1OVKA 189LA 188LA 1L33A 1L19A 1L02A 210LA 1DYGA 1QTZA 1D3JA 3RZEA 251LA 155LA 1C67A 1QUDA 3HT9A 3RUNA 4EKRA 3OE8A 220LA 249LA 1L76A 1G1VA 2LC9A 148LE 128LA 1C65A 1LW9A 1QTCA 3L64A 1L04A 197LA 1L95A 1L97A 3F8VA 4LZMA 229LA 1LI2A 1L09A 1LWKA 1PQOA 3HTGA 1C6FA 175LA 1ZYTA 1L17A 235LA 1L73A 167LA 217LA 1CTWA 1L14A 4ARQB 238LA 182LA 213LA 1OWZA 2RBOA 5LZMA 1DYEA 3C7WA 4OO9A 1L12A 2RB0X 1KY0A 2NTHA 3V2WA 4ZPUA 1KW5A 1DYCA 1L91A 1L69A 4ARMB 4EKQA 4LDEA 241LA 4DJHA 147LA 232LA 2Q9DA 162LA 3FI5A 2QB0B 1DYBA 3GUMA 3C8RA 151LA 247LA 223LA 2OTZX 228LA 1T97A 186LA 2LCBA 1LYIA 245LA 231LA 1LYEA 4E97A 2F47A 1CUQA 2RBNA 201LA 1C6CA 1L36A 129LA 1L80A 113LA 3CDVA 1L93A 1XEPA 1C68A 218LA 5I14A 172LA 3QAKA 178LA 1CU6A 170LA 1LYFA 1L53A 1L21A 1LGXA 1C6NA 115LA 187LA 1L06A 1CU3A 4LDLA 3SBBC 119LA 3LZMA 1L29A 1LYGA 173LA 138LA 156LA 1L30A 3HWLA 184LA 183LA 1T6HA 1LGUA 171LA 4W57A 3NY9A 1P56A 161LA 4I7MA 4I7JA 3HUQA 1L68A 1L88A 131LA 2RAYX 261LA 1CVKA 1WTHA 1L16A 1C6IA 211LA 3DMZA 2RB1X 1QTDA 3SB9A 2OU0X 3C8QA 4W52A 2F2QA 1L55A 1L34A 1L47A 3NY8A 190LA 1L98A 3C82A 254LA 4I7RA 3DMXA 4ARQA 2B6WA 160LA 1L27A 1P37A 1L81A 1L01A 2O79A 244LA 1L90A 3CDQA 257LA 3DN6A 4I7LA 1C6JA 2RB2X 1G0QA 1DYAA 2F32A 3C80A 4YXCA 191LA 4ARMA 3DN2A 3F9LA 150LA 166LA 1L57A 1NHBA 110LA 1L56A 104LA 1L51A 2B70A 2RBQA 3CDTA 111LA 1KW7A 3GUPA 259LA 1L07A 1I6SA 2RBRA 4I7NA 177LA 1JTNA 2RH1A 242LA 4I7SA 4W53A 3V2YA 1L22A 1QUOA 1L62A 1P46A 1G06A 3FADA 4DAJA 1L11A 2OTYX 142LA 1L05A 4GRVA 1L99A 3DN3A 1C61A 1XJUA 3UONA 3OE6A 1L32A 1L10A 196LA 1L00A 4ARPA 1SWYA 4LDOA 3GUOA 3CDRA 1P2RA 1L94A 1G0JA 123LA 253LA 4W55A 1L60A 2RAZX 215LA 1L61A 2A4TA 1D3NA 4PJZA 1JTMA 1L84A 255LA 1L65A 3SB6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LVKA 205LA 1L71A 2ZNWY 4WM6A 1GAZA 5DN5A 3A91A 1LZ6A 4XN6A 1C69A 1VATA 1GF6A 2D6BA 3WULA 2LYOA 2DQGY 1VAUA 5B1GA 133LA 2ZNXY 4CFOA 3SBAA 1MLCE 1LSFA 5KXOA 1P3NA 157LA 1L48A 3TXJA 1GFTA 2B6XA 2DQAA 4LGKA 1L44A 1C10A 3HDFA 1B7SA 1BB3A 3DNAA 4DYGA 1TEWA 1D3FA 1P36A 4RLNA 5KXTA 1JTOL 1L13A 1WVVA 1WQPA 2F4GA 5ILFA 2L78A 240LA 102LA 146LA 4TTDA 3WPKA 3GUIA 1GF0A 1LZYA 2BQBA 5HNLA 3ULRA 1LZSA 3M18B 239LA 4N1EI 3NYAA 4NSIA 2BQDA 5APCA 1SX2A 2HU1A 3HH4A 1ZWNA 3QNGA 3SB7A 3LHMA 4GBRB 4MSTA 1IIZA 1P2LA 1C64A 3HT8A 1HFXA 200LA 2N5ZA 4NWEA 1CU2A 1CU0A 2A7FA 4OOOA 3PBLA 4EJ4A 135LA 4WMGA 1L66A 1DYDA 4WM2A 2B5ZA 1GFVA 1GE2A 163LA 1FBIX 1L40A 4J1AA 3CSZA 4FDYA 2QARC 1GB7A 1HSWA 5B05A 4ZEEA 4B0DA 4DD0A 2B6TA 1DI3A 3HT6A 2DQJY 4NHTA 4WG1A 2DQHY 3A34A 4CJ2A 5LVJA 4J0LA 1L46A 1EQ5A 5FEKA 4R6CA 1L41A 4G9SA 3C7YA 4NHPA 1LMTA 1B7MA 1MELL 1QS9A 1CV4A 4K5YA 1L58A 1CKHA 1D2WA 4UWNA 5I54A 1GF8A 1L77A 5D5FA 2ZWBA 1L26A 3A92A 1LYZA 1W08A 1F0WA 1GFEA 140LA 3WUNA 3W3EA 1CKGA 1YKYX 4W54A 1CJ6A 3C8SA 5LIOA 1LKSA 1G0PA 3F6ZA 1IP6A 122LA 3OE0A 2D4KA 7LZMA 2W1MA 2BQNA 2B75A 3RU5A 5DM9A 1B7RA 3B0OA 2YDGA 4W59A 1BB7A 1L54A 1QTHA 139LA 1G7IC 1OUCA 1L38A 1ZURA 1CKDA 1F6SA 4WL7A 5FCPA 1L31A 1C6MA 3GUKA 1BWIA 1OUJA 3HU8A 3ATNA 262LA 1J1OY 2GV0A 1IWYA 4ARJA 2NWDX 2B72A 1D6QA 1L92A 3HTDA 158LA 3TXFA 5LVGA 1JTTL 2I25L 1CV6A 5KXRA 1QTEA 2BQHA 4EPFA 5LYZA 1LZRA 4PJ2C 2G4QA 2YBHA 2BQAA 1CJ9A 2WARA 3GULA 1B0DA 2YBLA 4HTQA 3VW7A 125LA 1B7PA 2LZMA 4YXAC 1DPXA 3OK0A 4DD7A 1DKKA 1QT3A 237LA 4B4EA 7LYZA 210LA 1DYGA 1LSNA 1XGTC 2AUBA 1XGPC 4UWVA 5KXXA 1GF4A 3OE8A 1L76A 1G1VA 148LE 3J6KA 128LA 3L64A 3RT5X 4LFXA 3HTGA 1C6FA 1WVUA 2LYZA 1IWXA 1L17A 1GDXA 217LA 2YVBA 182LA 1OWZA 1L12A 1LJHA 4OWBA 1LJEA 2RB0X 5I4XA 2NTHA 1GB6A 1LYYA 1KW5A 2BAAA 4WLYA 4M4OA 1NQIA 4LDEA 3E3DA 241LA 232LA 3FI5A 3CSQA 2QB0B 1DYBA 3AGHA 2ZQ3A 9LYZA 223LA 228LA 1T97A 2LCBA 1C43A 1LMOA 4O34A 231LA 4E97A 2BQGA 4PPOA 3WU8A 4I0CA 129LA 1L80A 3IJUA 2W1YA 1LYFA 1L53A 1C6NA 115LA 4LDLA 3SBBC 1LYGA 173LA 1QDRA 3WXUA 4DD3A 1T6HA 4W57A 4GCCA 1P56A 1WTMA 1LMNA 3MGWA 1L68A 3TXDA 5J7CA 1WTHA 1L16A 3DMZA 3SB9A 3QE8A 1B5UA 4NGLA 1SLYA 3C82A 254LA 4I7RA 3DMXA 5A3EA 4YENA 3AZ4A 4HJZA 1BVKC 1DI4A 1C08C 4DQ7A 1L90A 257LA 2XTHA 5K7OA 1C6JA 4ETAA 1YL1X 2YBIA 1B5WA 3DN2A 2CWIA 3F9LA 1W6ZA 150LA 1L57A 1VDQA 1B5VA 110LA 1A2YC 1L56A 2DQIY 4G4HA 3GUPA 4I7NA 1I6SA 5FHWA 1JTNA 2RH1A 4I7SA 4LT0A 3WUMA 5LAGA 142LA 1L99A 2HTXA 1C61A 1LMCA 3ZVQA 4LYTA 4NGJA 4LDOA 4AXTA 5KXMA 3CDRA 1L60A 1L61A 1IR9A 2A4TA 1GBWA 4GLVA 5HLLA 3AZ5A 3IWRA 1I56A 3P65A 1BVXA 1IC4Y 3AZ7A 3HBDA 3A95A 1L15A 4KT3A 1LYHA 2D4JA 3HH6A 5L3HA 4EMNA 1LI6A 4HPIA 4ZFPA 243LA 1PQKA 1D2YA 1HERA 5I5QA 3J4GA 1QS5A 3N9CA 4S0WA 2IGCA 1C63A 1YILA 1D0LA 1T6VL 224LA 1KY1A 1LYSA 2Z18A 1EQ4A 3GXKA 4H8XA 4ANRA 1G7LC 1LZ8A 2LZ2A 3HT7A 1G0MA 4NHQA 1LHMA 5LINA 192LA 1JTPL 1UICA 1B5YA 3N9EA 4E3UA 1C6TA 4TWSA 3A6BY 5KY1A 3PDSA 3ATOA 1L0JA 2IFFY 2HEAA 2HUMA 3LN2A 1T8GA 258LA 1L96A 5APFA 2MEBA 1L28A 3HH5A 1FKQA 1BWHA 1VDTA 3ODUA 1SSYA 1YAQA 1BHZA 2ZQ4A 1FKVA 109LA 2FBDA 3W6AA 1QUSA 1KXXA 1C6DA 3OJPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5LVK A;  205L A;  1L71 A;  2ZNW Y;  4WM6 A;  1GAZ A;  5DN5 A;  3A91 A;  1LZ6 A;  4XN6 A;  1C69 A;  1VAT A;  1GF6 A;  2D6B A;  3WUL A;  2LYO A;  2DQG Y;  1VAU A;  5B1G A;  133L A;  2ZNX Y;  4CFO A;  3SBA A;  1MLC E;  1LSF A;  5KXO A;  1P3N A;  157L A;  1L48 A;  3TXJ A;  1GFT A;  2B6X A;  2DQA A;  4LGK A;  1L44 A;  1C10 A;  3HDF A;  1B7S A;  1BB3 A;  3DNA A;  4DYG A;  1TEW A;  1D3F A;  1P36 A;  4RLN A;  5KXT A;  1JTO L;  1L13 A;  1WVV A;  1WQP A;  2F4G A;  5ILF A;  2L78 A;  240L A;  102L A;  146L A;  4TTD A;  3WPK A;  3GUI A;  1GF0 A;  1LZY A;  2BQB A;  5HNL A;  3ULR A;  1LZS A;  3M18 B;  239L A;  4N1E I;  3NYA A;  4NSI A;  2BQD A;  5APC A;  1SX2 A;  2HU1 A;  3HH4 A;  1ZWN A;  3QNG A;  3SB7 A;  3LHM A;  4GBR B;  4MST A;  1IIZ A;  1P2L A;  1C64 A;  3HT8 A;  1HFX A;  200L A;  2N5Z A;  4NWE A;  1CU2 A;  1CU0 A;  2A7F A;  4OOO A;  3PBL A;  4EJ4 A;  135L A;  4WMG A;  1L66 A;  1DYD A;  4WM2 A;  2B5Z A;  1GFV A;  1GE2 A;  163L A;  1FBI X;  1L40 A;  4J1A A;  3CSZ A;  4FDY A;  2QAR C;  1GB7 A;  1HSW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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