1T8AA

Use of sequence duplication to engineer a ligand-triggered long-distance molecular switch in t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSINAAKSELDKAINAAKSELDKAIGANTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Use of sequence duplication to engineer a ligand-triggered, long-distance molecular switch in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 175
sequence length 175
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-05-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1t8aA00
2RBRA 188LA 1L13A 226LA 4I7JA 3C7WA 251LA 3HH5A 157LA 171LA 3SN6R 1CU3A 1I6SA 239LA 1L23A 1QT6A 1L37A 1QUDA 223LA 1L33A 1L28A 259LA 192LA 4EPIA 3DKEX 1QS9A 225LA 2B75A 3G3VA 1L59A 107LA 164LA 1L29A 3HT9A 4I7OA 163LA 2RBPA 221LA 4EKSA 4E97A 186LA 1QTDA 1CU5A 2OE4X 1CV4A 1L65A 255LA 3GUIA 7LZMA 1L38A 150LA 2ANVA 3SB6A 1L86A 4I7KA 1L94A 1L48A 1C6NA 3HU9A 115LA 4GRVA 1D3MA 233LA 3HU8A 166LA 3G3WA 5LZMA 142LA 4S0WA 201LA 129LA 1L80A 1L32A 2QARC 1T6HA 156LA 3C7ZA 4OO9A 3SBBC 2F2QA 214LA 1L60A 3GUPA 1G0GA 1G0JA 1OWZA 2OE7X 215LA 1L42A 3F9LA 1L0JA 3OE6A 1L77A 3HT7A 1L71A 4GBRB 104LA 190LA 1L68A 211LA 1CU0A 2F32A 249LA 1L47A 1SX7A 3DN0A 1D3NA 2B6XA 3SB9A 2B7XA 1QTVA 1CX7A 120LA 1G07A 1QSQA 1L89A 1CV6A 1CUPA 244LA 1L81A 1LI2A 1C60A 1L79A 1OVJA 1L40A 1C66A 4EJ4A 195LA 1L08A 3GUMA 2Z6BA 1G0KA 177LA 1P37A 1QSBA 4W52A 3K2RA 3L2XA 1CV0A 146LA 205LA 155LA 2B74A 1P7SA 1ZURA 3D4SA 1L39A 1WTHA 242LA 1L44A 1JTNA 1LLHA 1P2RA 2O4WA 3C83A 119LA 4EKRA 1QS5A 1L14A 1L21A 1L73A 2ANXA 4LDLA 147LA 138LA 2RBSA 1C65A 1LWKA 4YXCA 2B72A 140LA 1T8FA 1LYGA 175LA 1C6HA 4W53A 1L70A 1L51A 1PQJA 1QT5A 1P3NA 1LI3A 1L45A 1QTHA 4W58A 196LA 4I7SA 127LA 180LA 182LA 3DN8A 3GUNA 1NHBA 1L11A 1C68A 189LA 148LE 1L05A 3HTFA 1L16A 169LA 4DJHA 1QUOA 1JTMA 1L52A 1C69A 1KY1A 3SB5A 1L82A 216LA 1L04A 123LA 1LYIA 1C6PA 1OYUA 149LA 1L0KA 2L78A 262LA 3QAKA 2B6YA 1L31A 2RBOA 3CDRA 1LGXA 1XJUA 1L24A 1OV7A 4EXMA 144LA 1D2YA 2F47A 1QT4A 2RBNA 1L41A 3CDTA 1L26A 152LA 174LA 1L99A 3C8SA 1PQOA 3DMVA 160LA 3C82A 1L85A 2OU9A 1C62A 232LA 4I7NA 1C6LA 1L02A 1L03A 1L61A 243LA 3DN2A 3HDFA 125LA 1SX2A 200LA 1KS3A 3RUNA 3HUQA 1L10A 4ARLA 4ARQA 4DKLA 222LA 219LA 213LA 238LA 237LA 1DYEA 1LYDA 1L25A 185LA 1L97A 3HTDA 247LA 4W57A 2OU0X 3HWLA 1L62A 4AQNA 3ODUA 3FADA 1CUQA 113LA 1QT3A 3NYAA 2B70A 4ARQB 3SB8A 1DYGA 228LA 1G0LA 1SSYA 1C63A 252LA 2OEAX 197LA 3CDVA 1C6TA 1L98A 1L54A 130LA 1L07A 191LA 229LA 2OU8A 3V2WA 1ZWNA 246LA 4K5YA 3V2YA 1G06A 3HH6A 1L01A 4YXAC 3DN3A 2HUMA 3DNAA 3OE9A 1G1WA 3CDOA 256LA 3EMLA 1PQIA 4W54A 122LA 245LA 137LA 110LA 109LA 1KW7A 1CV5A 162LA 1L56A 3DN4A 209LA 2QB0B 1OWYA 3FI5A 173LA 1L36A 1LYFA 1L17A 231LA 4PK0A 2RH1A 3C8QA 1L67A 165LA 2RBQA 1L74A 172LA 1CV1A 1L46A 1C64A 261LA 2LCBA 1L30A 1CU6A 4ARMB 158LA 3HDEA 159LA 1ZYTA 1D2WA 1L43A 253LA 240LA 2IGCA 114LA 3OE8A 1KNIA 1KY0A 1D3JA 3HH3A 4I7TA 2RB0X 4EPFA 4LDOA 141LA 1QTZA 2LZMA 181LA 1DYDA 1C6IA 1L69A 1L09A 1P46A 1OVHA 3DN6A 1L84A 217LA 4W56A 4W51A 2B6WA 1C6GA 260LA 2CUUA 1LW9A 128LA 1L57A 1K28A 2Q9EA 3GUKA 3LZMA 1CTWA 1D3FA 1L90A 1QT7A 2A4TA 1L49A 3NY8A 145LA 1CVKA 1D9WA 236LA 4W59A 1C67A 1QTCA 3SBAA 1P36A 111LA 5I14A 1KW5A 1C6KA 1LPYA 2Q9DA 1CX6A 1QUGA 257LA 2RB1X 3HUKA 139LA 2RB2X 3HTBA 183LA 1XEPA 1SSWA 3HTGA 1DYCA 1CU2A 4ZPUA 4I7LA 198LA 3DN1A 1L63A 1C6MA 258LA 1L19A 1T8AA 4I7RA 112LA 1L66A 1DYBA 3HH4A 1L27A 3C8RA 224LA 1LYEA 1PQMA 3CDQA 1C6FA 2OE9X 2B6ZA 3F8VA 3SB7A 1L12A 1L34A 1L64A 1G1VA 1XJTA 4I7PA 4W55A 1L88A 248LA 1L95A 1L06A 1EPYA 1QT8A 212LA 230LA 1C6BA 1B6IA 220LA 168LA 1L35A 167LA 1PQDA 4YX7C 1L72A 218LA 1PQKA 1LGWA 1L22A 3C80A 2OTYX 234LA 1L75A 3PBLA 3RZEA 4I7MA 3C7YA 235LA 2RAYX 1C61A 1L76A 1G0MA 254LA 4LZMA 1L00A 2HUKA 1LYHA 227LA 206LA 2RAZX 4LDEA 3NY9A 1CV3A 4ARMA 1C6EA 6LZMA 184LA 1P64A 3HUAA 4ARJA 4ARPA 1QUHA 3PDSA 1L83A 2O79A 131LA 1C6CA 1LGUA 1L15A 4EKQA 1P6YA 1L53A 1OV5A 3G3XA 3JR6A 3VW7A 3HT8A 3DMZA 1L87A 1DYFA 1LWGA 2LC9A 1L93A 161LA 1L58A 1T8GA 1T97A 1P2LA 4IAPA 2NTHA 1L55A 126LA 1JQUA 2O7AA 1DYAA 3C81A 3GUJA 1LI6A 1TLAA 102LA 1C6JA 1P56A 3GULA 151LA 3HT6A 176LA 1L91A 108LA 1G0QA 1SWZA 1L92A 1C6AA 187LA 199LA 2OTZX 4DAJA 143LA 2B6TA 2B73A 1C6DA 241LA 1L50A 3FA0A 178LA 170LA 1G0PA 4I7QA 1SWYA 1P5CA 210LA 4PJZA 1QTBA 250LA 3UONA 3DMXA 118LA 1C6QA 1OVKA 3GUOA 4EKPA 1L20A 1L18A 3OE0A 103LA 2NTGA 3L64A 1L96A 2HULA 1LYJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5L9JA 4Z46A 157LA 3M18B 171LA 3SN6R 1CU3A 1I6SA 4QDNA 5KXYA 239LA 4LYZA 1GBOA 1L28A 2VB1A 4N8ZA 2B75A 1UIAA 1NBYC 107LA 1L29A 5KXNA 163LA 4HJZA 186LA 1QTDA 2OE4X 1CV4A 5LIOA 4DQ5A 1LJGA 2F2NA 2DQEY 2B5ZA 4XADA 4AXTA 1D3MA 4RDSA 1AM7A 1REMA 2D91A 2QARC 1D6QA 3SBBC 2F2QA 3HBDA 5IELA 2PC2A 4H9IA 1G0JA 1OWZA 2OE7X 215LA 3W6AA 4J1AA 2X0AA 4HSFA 4GBRB 1KIQC 1L68A 4XN6A 249LA 1YROA 1SX7A 1P2CC 3B0KA 1YQVY 1CV6A 244LA 1L79A 1C66A 1FDLY 4NG1A 1IP4A 2FBDA 1IP6A 1L08A 4RLNA 2Z6BA 4W52A 5F9UA 205LA 1LZCA 1GD6A 1UBZA 3D4SA 2MEFA 4H9EA 1P2RA 3C83A 4EKRA 2EPEA 1IEEA 1L73A 1B5ZA 1UACY 5F81A 4I0CA 5C6JA 1PQJA 1B7MA 1GFGA 1GE3A 1JISA 3GUNA 5LINA 1NHBA 1VFBC 189LA 4XYYA 1JITA 5II3A 1IY4A 1JKDA 1C69A 4DD2A 3SB5A 3P66A 1L04A 1C43A 1GF3A 1J1XY 1LYIA 3IWRA 2L78A 1IOSA 1LSNA 5L3HA 2LYMA 4H8ZA 1QTEA 5KXTA 1IOCA 1OV7A 5LAGA 144LA 4KPMA 2F47A 1QT4A 4NGLA 1L26A 174LA 1F10A 1ZMYL 1L85A 2F4GA 1C6LA 1L03A 3DN2A 125LA 1VDPA 2DQIY 2YBIA 4TSCA 1SX2A 200LA 3W6FA 1INUA 1CJ6A 4TUNA 1XGRC 222LA 237LA 1LSBA 1GE1A 1O23A 2XBSA 4RW2A 4AQNA 1GB6A 4KT3A 1LZ6A 113LA 2ZNXY 4CHXA 1LJJA 4ZIXA 4NGYA 1NWGA 1QTKA 130LA 1B7RA 3BKVA 3M3UA 4NGVA 246LA 1IVMA 1G06A 3DN3A 5LYMA 3OE9A 1YILA 3HBEX 1G1WA 4B4IA 3A94A 4BAFA 1I1ZA 1NDMC 1B9OA 109LA 1BVKC 1D9UA 162LA 3ULRA 3DN4A 1L17A 231LA 4HTNA 2RBQA 1RE2A 1C64A 2BQFA 3N9EA 1CU6A 3WXTA 4H90A 1D2WA 1OP9B 114LA 1JHLA 1KNIA 1IOTA 4OWHA 4H9CA 181LA 1HMKA 4XJGA 3A6BY 1LMPA 4GN3A 1P46A 1OVHA 1L84A 2I6ZA 3AZ6A 1C6GA 2MEGA 128LA 2HEFA 1UIEA 3LYZA 145LA 4A7DA 1D9WA 1OUBA 1IP2A 4HV1A 194LA 1P36A 111LA 2LYZA 5I14A 1LPYA 2RB1X 3HUKA 139LA 3P68A 1B7OA 1SSWA 3A93A 7LYZA 4I7LA 198LA 3DN1A 1GFAA 4LT1A 1QUSA 5LVJA 1GE2A 3WW5A 1LHHA 3B72A 1IWTA 1OUAA 5IHGA 5B1FA 1DKKA 1L66A 1LZTA 1DYBA 3C8RA 1PQMA 1C6FA 1LYZA 2OE9X 1IP1A 1OUEA 1JSFA 2BQLA 3CSQA 3CSRA 1XJTA 4W94A 5D5CA 1PQDA 1FKVA 1L72A 5DM9A 2OTYX 4Z3MA 4WO6A 1JKAA 3WUNA 4ZEEA 4II8A 2RAYX 4H93A 1L76A 1LMCA 1LYHA 5I54A 1C7PA 1F0WA 2RAZX 1CV3A 1QUHA 3PDSA 4L41A 131LA 5DN5A 1LSPA 1NKHA 1P6YA 4ETAA 1OV5A 3A3RX 5D5FA 1DZBX 3VW7A 1IWYA 3HT8A 1GF8A 3T36A 3F6ZA 4NHSA 1HHLA 4I8SA 1L93A 161LA 1T97A 3TMVA 3A8ZA 2NTHA 1DI5A 1IORA 126LA 1JQUA 3C81A 1VATA 3HT6A 108LA 5I4YA 134LA 1IWWA 1L92A 1D0MA 1QUTA 1LMQA 2CWIA 5KXSA 2W1XA 3WL2A 1BGIA 1L50A 1HSXA 4PHIA 1QTBA 3EBAB 1GBYA 3UONA 4EKPA 3LHMA 5LAFA 4N5RA 3CB7A 4ET9A 103LA 2BQIA 3KAMA 1CNSA 5HLLA 188LA 1L13A 226LA 4GCFA 4GN5C 1LJKA 1V7TA 3CT5A 1GB7A 1QT6A 1L37A 223LA 1L33A 1HELA 5C6LA 192LA 2DQFC 1YIKA 3WUMA 2HEDA 4CGEA 1LSFA 4DD3A 2ZYCA 4E97A 1GAZA 1CU5A 255LA 3GUIA 1OUFA 150LA 2ANVA 5B05A 1IR9A 3WPLA 3CT0A 4I7KA 1G7JC 1JTPL 1L48A 1WQPA 3HU9A 5F9XA 4GRVA 1GF4A 5HNLA 4NHQA 233LA 3HU8A 3LZ2A 3G3WA 142LA 4S0WA 2BQGA 129LA 4J7VA 4G4CA 1T6HA 3C7ZA 1UUZC 3AW7A 3GUPA 3G3AB 1RJCB 1VEDA 1GEVA 1CJ9A 3D9AC 190LA 1CU0A 1C46A 1B5UA 1D3NA 1W6ZA 2B6XA 1QTVA 1GF5A 4NGWA 1HEMA 1CX7A 4NWEA 1CUPA 1B5XA 1B7SA 5KXOA 2HTXA 177LA 2W1YA 1P37A 1QSBA 4GCBA 3K2RA 3LYMA 1CV0A 1LYSA 155LA 2B74A 1P7SA 1ZURA 1L39A 2O4WA 1JTNA 1LLHA 2ZIJA 1QS5A 1NHEA 3BKHA 132LA 5DN4A 4HTKA 1LZYA 4W53A 1C6HA 1L51A 1P3NA 1SLYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5L9J A;  4Z46 A;  157L A;  3M18 B;  171L A;  3SN6 R;  1CU3 A;  1I6S A;  4QDN A;  5KXY A;  239L A;  4LYZ A;  1GBO A;  1L28 A;  2VB1 A;  4N8Z A;  2B75 A;  1UIA A;  1NBY C;  107L A;  1L29 A;  5KXN A;  163L A;  4HJZ A;  186L A;  1QTD A;  2OE4 X;  1CV4 A;  5LIO A;  4DQ5 A;  1LJG A;  2F2N A;  2DQE Y;  2B5Z A;  4XAD A;  4AXT A;  1D3M A;  4RDS A;  1AM7 A;  1REM A;  2D91 A;  2QAR C;  1D6Q A;  3SBB C;  2F2Q A;  3HBD A;  5IEL A;  2PC2 A;  4H9I A;  1G0J A;  1OWZ A;  2OE7 X;  215L A;  3W6A A;  4J1A A;  2X0A A;  4HSF A;  4GBR B;  1KIQ C;  1L68 A;  4XN6 A;  249L A;  1YRO A;  1SX7 A;  1P2C C;  3B0K A;  1YQV Y;  1CV6 A;  244L A;  1L79 A;  1C66 A;  1FDL Y;  4NG1 A;  1IP4 A;  2FBD A;  1IP6 A;  1L08 A;  4RLN A;  2Z6B A;  4W52 A;  5F9U A;  205L A;  1LZC A;  1GD6 A;  1UBZ A;  3D4S A;  2MEF A;  4H9E A;  1P2R A;  3C83 A;  4EKR A;  2EPE A;  1IEE A;  1L73 A;  1B5Z A;  1UAC Y;  5F81 A;  4I0C A;  5C6J A;  1PQJ A;  1B7M A;  1GFG A;  1GE3 A;  1JIS A;  3GUN A;  5LIN A;  1NHB A;  1VFB C;  189L A;  4XYY A;  1JIT A;  5II3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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