1T8FA

Crystal structure of phage t4 lysozyme mutant r14a/k16a/i17a/k19a/t21a/e22a/c54t/c97a
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLALAAYADAAGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Alanine-scanning mutagenesis of the beta-sheet region of phage T4 lysozyme suggests that tertiary context has a dominant effect on beta-sheet formation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 54
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-05-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1t8fA00
4I7QA 2RBNA 210LA 1L64A 1L96A 1L90A 1L74A 3RZEA 2RBRA 200LA 189LA 1L11A 107LA 3UONA 1C63A 197LA 205LA 3DKEX 1P56A 109LA 161LA 4W55A 1L05A 2B6ZA 2OE7X 1LI6A 256LA 1L50A 1CU6A 2ANXA 1L33A 3HU8A 112LA 1L82A 6LZMA 1C6AA 1L25A 2OE9X 4DJHA 1DYBA 1C6DA 190LA 1CV1A 144LA 1L18A 1P7SA 1P37A 209LA 1CX7A 1L03A 1L83A 103LA 4W51A 1L71A 150LA 1QS9A 3HH5A 2NTHA 2RB2X 3GUIA 1D3NA 245LA 1T8AA 4ARPA 1B6IA 3HT9A 2OTYX 1QTBA 1OVKA 2L78A 3SN6R 3LZMA 1OVJA 3EMLA 1LYJA 2B6WA 4ZPUA 1L40A 4LDOA 1QTZA 211LA 3HT8A 1CU5A 1L93A 192LA 172LA 169LA 1L73A 3CDQA 4W53A 1PQOA 3HH4A 1L29A 1D2WA 1KNIA 1C66A 1QT6A 261LA 232LA 3JR6A 237LA 242LA 138LA 1C6GA 1L57A 238LA 2QB0B 187LA 1L20A 3C7WA 3FA0A 164LA 1CU3A 1LYEA 2OE4X 188LA 1G0MA 3GUJA 4I7JA 1KY1A 253LA 130LA 2B74A 4K5YA 5LZMA 4EKRA 1G06A 1C60A 3GUOA 1L37A 1PQDA 2ANVA 1KW5A 3OE8A 159LA 1L36A 1QUHA 1C6NA 1KS3A 1QT4A 3DN6A 4ARLA 149LA 221LA 1C6TA 1L06A 1L17A 113LA 186LA 3HDFA 1L35A 1C65A 3HTGA 1G07A 2LCBA 1CX6A 104LA 4EPFA 1D2YA 2O7AA 1L23A 2RBOA 3QAKA 2B6XA 1L0JA 1L00A 3DMZA 114LA 2RAYX 2HUMA 1L32A 234LA 4I7MA 4W54A 1XEPA 1L76A 1L88A 222LA 126LA 1XJTA 1L77A 176LA 3SB5A 3DMVA 251LA 1CU2A 145LA 1L75A 2O4WA 1SWZA 214LA 1JQUA 162LA 1EPYA 4EXMA 1OWZA 2OU9A 108LA 2QARC 1L89A 1L08A 1C6FA 1JTMA 230LA 1QUDA 1CV6A 1CV5A 3DN0A 1QTHA 3NYAA 2F47A 128LA 3HTDA 4I7SA 195LA 1L61A 3SB8A 2HUKA 201LA 1PQIA 1T8GA 1TLAA 243LA 1OV7A 1L48A 175LA 1G0JA 1L01A 3C8SA 166LA 4GRVA 1LGUA 252LA 178LA 2OU0X 2F32A 3HWLA 239LA 1QS5A 151LA 3HUQA 1L62A 3C7ZA 3CDOA 152LA 119LA 244LA 1L58A 225LA 3HT6A 118LA 3C80A 1L56A 158LA 3F8VA 1QTVA 142LA 3C8RA 3C83A 3OE9A 199LA 1CTWA 1P46A 227LA 229LA 1L63A 183LA 1C6PA 3DN2A 3D4SA 260LA 1CVKA 3GULA 3CDTA 1L02A 3HT7A 226LA 4W52A 1P6YA 2Q9DA 1OV5A 1LGWA 2B75A 3C7YA 235LA 1QTCA 228LA 1P2LA 1C6CA 1D3FA 3L64A 1L49A 1L12A 1L16A 3DN3A 1L30A 218LA 1LYIA 4DKLA 3G3XA 4YXCA 115LA 2B72A 1QUOA 174LA 231LA 3CDVA 3SBAA 125LA 1T8FA 123LA 4ARMA 223LA 2B6TA 1PQMA 1OYUA 1D9WA 3ODUA 167LA 1L44A 1G1WA 1L94A 4I7TA 3V2YA 1LW9A 240LA 258LA 180LA 217LA 2RBPA 1SX7A 1L66A 3PDSA 4EKQA 1DYGA 1SX2A 3HU9A 182LA 3DN8A 3HH6A 1QT3A 3FI5A 3G3VA 147LA 4OO9A 4PJZA 163LA 1L69A 1L87A 170LA 250LA 1L67A 2A4TA 241LA 4ARJA 1L65A 137LA 3SB7A 206LA 2RB0X 215LA 3L2XA 1L38A 4W57A 4ARQA 2NTGA 3GUMA 4EKSA 1DYCA 3DN1A 3VW7A 168LA 1L07A 247LA 4YX7C 156LA 1L22A 1LGXA 3HTBA 1L14A 2B7XA 1DYFA 4I7KA 3K2RA 246LA 4S0WA 1KW7A 143LA 3HUAA 1L81A 1LPYA 4I7LA 1C6JA 2B73A 1LLHA 1QUGA 1L31A 1L99A 1C68A 3HUKA 4LZMA 1L68A 2Q9EA 1L95A 1L60A 1L72A 1XJUA 1C6MA 1G0QA 2RBSA 3SB9A 1ZURA 1L46A 1C6EA 1L0KA 1L26A 213LA 2RAZX 1C6BA 3CDRA 2RH1A 1L28A 4LDLA 129LA 4LDEA 1L09A 1L42A 4PK0A 1PQKA 1L70A 248LA 4EJ4A 1L51A 1CV4A 1QSBA 3HDEA 165LA 3F9LA 2OEAX 1I6SA 1LI2A 4I7PA 1DYAA 1PQJA 3C82A 1ZYTA 3V2WA 249LA 1OVHA 1D3MA 184LA 255LA 236LA 1OWYA 1SSYA 1P3NA 131LA 2LC9A 2IGCA 141LA 7LZMA 1QTDA 1C67A 3RUNA 1L84A 1L53A 3NY9A 139LA 1C6IA 148LE 1L79A 1C6LA 171LA 1DYEA 1L34A 2Z6BA 2OU8A 1L27A 4W59A 1K28A 140LA 1L43A 3C81A 185LA 233LA 1JTNA 3HTFA 262LA 1C61A 1SSWA 191LA 216LA 1CU0A 1L80A 212LA 1L04A 4I7RA 1T6HA 1CV3A 1L86A 4DAJA 1ZWNA 3G3WA 1C6HA 1P36A 196LA 4W58A 111LA 3FADA 1QT8A 1L15A 1LYDA 3OE6A 3NY8A 1P2RA 1L85A 1NHBA 1C6KA 259LA 2CUUA 1G0LA 1L39A 181LA 1G0KA 1L19A 3GUPA 1D3JA 1C69A 1G0PA 3HH3A 1P5CA 1LYGA 1C62A 2B6YA 102LA 2B70A 120LA 1L41A 3SBBC 254LA 110LA 2RBQA 4ARMB 1L91A 1CV0A 2LZMA 4IAPA 160LA 1DYDA 3GUKA 4EPIA 4YXAC 1QT5A 4EKPA 1P64A 3DN4A 1L54A 1LWGA 1KY0A 1L21A 220LA 1L92A 1SWYA 3OE0A 1L47A 1G1VA 1L59A 2O79A 1C6QA 3GUNA 2RB1X 3DNAA 3DMXA 1L98A 1QSQA 155LA 1L55A 198LA 1LI3A 127LA 4W56A 146LA 1L10A 3PBLA 157LA 177LA 1LYFA 2HULA 1CUPA 3SB6A 1C64A 1T97A 224LA 2OTZX 4E97A 5I14A 1L24A 1L97A 2F2QA 4ARQB 1G0GA 1CUQA 4I7NA 1L13A 219LA 1WTHA 1QT7A 1LYHA 257LA 173LA 3C8QA 1L52A 4GBRB 1L45A 1LWKA 4I7OA 122LA 4AQNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L64A 1KXWA 1L90A 1L74A 1FLYA 200LA 107LA 1IWYA 3DKEX 109LA 161LA 1UACY 4XENA 2B6ZA 256LA 1L50A 1B0DA 1L25A 1LZTA 3D3DA 2OE9X 1LJIA 1YQVY 4DJHA 3SP3A 5KXYA 1FLQA 1L83A 2BQFA 4BAPA 5LVHA 1HSXA 3HH5A 2CJLA 2Z2EA 1BVKC 1QSAA 2XQOA 2IFFY 1LKSA 1D6PA 3QE8A 5II3A 3W6DA 1QTBA 3AZ7A 2B6WA 1L40A 1RCMA 1BGIA 4J0LA 1LZYA 211LA 1BB4A 4W94A 169LA 1GBWA 1PQOA 5I5QA 1QTEA 1KNIA 1QT6A 1IOQA 1CKDA 1FLUA 242LA 1B9OA 238LA 4NGLA 187LA 1B7SA 164LA 1YIKA 1IWUA 1LYEA 2OE4X 1WQOA 253LA 4H90A 3OK0A 1UIDA 3T6UA 1GFGA 2MEDA 2WARA 113LA 1JKBA 3P66A 2D4KA 4TTDA 1LMQA 1G07A 4HJYA 1D2YA 2BQHA 4YENA 2RBOA 3QAKA 3DMZA 5F81A 114LA 5EBHA 4I7MA 4J1BA 4N8ZA 4WO6A 5L3HA 1XJTA 176LA 3GXKA 3LYMA 5F14A 145LA 4FDYA 2Z38A 5D5CA 2O4WA 1GE0A 4CFPA 1JQUA 1EPYA 1OWZA 1L89A 1JTMA 230LA 4AXTA 1QUDA 4XJIA 3HTDA 3WU9A 1L61A 1IC5Y 1YAMA 1G0JA 2DQEY 4M6DA 4GRVA 252LA 5I54A 178LA 1LOZA 4HJZA 3C7ZA 1HEOA 1LKRA 1L58A 2FBBA 3C80A 1L56A 1REYA 199LA 5LVKA 4OW1A 3W6FA 1GBSA 4WM2A 1NBZC 3DN2A 1B5WA 1IWXA 260LA 3N9EA 1GAYA 1L02A 3WL2A 4H8XA 1OP9B 1P6YA 1QSWA 2Q9DA 4GN4A 235LA 1C6CA 1YKYX 4I8SA 4TX7A 3DN3A 5APFA 1L30A 3G3XA 4YXCA 4IASA 1QUOA 4NY5A 1LAAA 125LA 1HELA 1T8FA 4II8A 4R6CA 4ARMA 4ZEEA 1AT6A 1PQMA 4UWUA 1VDSA 1OYUA 2DQHY 167LA 4GLAA 1L94A 4I7TA 3A96A 4NWEA 1SX7A 1SX2A 2BQEA 3FI5A 3G3VA 4OO9A 1L69A 5HQ1A 4WLTA 4MSTA 4B4EA 1IWVA 3TXEA 1B2KA 2Z18A 4ARJA 137LA 3SB7A 4ARQA 2NTGA 3GUMA 3TXFA 1DYCA 1GF4A 1IOTA 5LVJA 4DD9A 1VDQA 1DYFA 5F16A 1GDWA 1YAOA 3A94A 1B5YA 3HUAA 4I7LA 1RI8B 1C6JA 2GV0A 4DYGA 1QUGA 1LSFA 1UIHA 1L31A 3HUKA 4LZTA 2Q9EA 5ILFA 1GBZA 2NWDX 1L60A 4GCBA 1C6MA 1G0QA 4RDSA 3SB9A 1LHHA 1ZURA 1C6EA 1AZFA 3AW6A 1C6BA 1KIPC 2BLXA 4LDLA 2XTHA 1GB9A 1L70A 2BAAA 1CV4A 1GE1A 1QSBA 1IVMA 165LA 2OEAX 1E8LA 1QDTA 1LI2A 3A3RX 5C6LA 4LT2A 1OUCA 1UIFA 4PGJB 255LA 236LA 1OWYA 2Z39A 3LN2A 1N4FA 3ATNA 2IGCA 1RJCB 4DDAA 4X3BA 5F9UA 4LT3A 4WLDA 139LA 148LE 1L34A 1XGQC 1L27A 1LZ8A 4NG1A 140LA 1L43A 3C81A 4OWHA 4DD2A 2CGIA 262LA 2BQMA 1GFEA 1IP3A 1CU0A 4L41A 5HLLA 2VB1A 1TDYA 4LFXA 1B7QA 4HPIA 1GB2A 5FDJA 1CV3A 4DAJA 1P36A 3A90A 4GCDA 4H9IA 1LYDA 1EQEA 1Z55A 4XJGA 1G0LA 2BQCA 5F9XA 1DPWA 1NKHA 1H87A 1HF4A 1P5CA 1CJ9A 1NHEA 1QDRA 2LZMA 2HTXA 3GUKA 3B72A 4EPIA 4YXAC 1GE3A 1L54A 1LZRA 1LWGA 4H9BA 1KY0A 4KXIA 5KXKA 1L21A 5KXMA 1BB3A 1L47A 2ZYPA 1L59A 4HTQA 3TXGA 2RB1X 5APCA 3DNAA 1GDXA 1LJFA 5A3EA 135LA 146LA 4W56A 1NF5A 4WM6A 1J1OY 1G7JC 1T97A 224LA 4NHIA 2DQJY 1LHLA 1JKDA 4H8ZA 219LA 3C8QA 1L52A 1HNLA 4E3UA 1LSZA 2DQFC 1H6MA 5DLAA 1JIYA 1ZMYL 1L96A 1NBYC 1QIOA 4H9HA 4HPEA 3UONA 1P56A 1UC0A 4W55A 1L05A 4DDBA 4WLXA 1CU6A 3AGGG 1L33A 1LHKA 6LZMA 2BQNA 3ZVQB 4NGKA 1P7SA 4IATA 1L03A 1HEQA 4U3XB 4W51A 1OUBA 4R0FA 2NTHA 1IEEA 1LZGA 3GUIA 1D3NA 245LA 4AGAA 4LYMA 2XBRA 4PRQA 1IP1A 2OTYX 1CKGA 4N5RA 1YAQA 4CHXA 3SN6R 2MECA 1CNSA 5KJ9A 3EMLA 2ZIKA 1L93A 172LA 2MEBA 4CGEA 2HECA 1GXV2 1OUEA 3CT5A 4NWHA 2A7FA 232LA 2XJWA 5DL9A 1GF7A 4DWXA 1LMOA 3OJPA 5FSTA 1A4VA 2C8PA 2HEAA 5LZMA 1LYSA 4O34A 3TMXA 1CKFA 1QUHA 1KS3A 4RW1A 1QT4A 4ETEA 5LVGA 3DN6A 149LA 3AB6A 1C6TA 1L06A 186LA 3HDFA 4QDNA 1GE2A 2LYMA 2EPEA 2LCBA 1C43A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L64 A;  1KXW A;  1L90 A;  1L74 A;  1FLY A;  200L A;  107L A;  1IWY A;  3DKE X;  109L A;  161L A;  1UAC Y;  4XEN A;  2B6Z A;  256L A;  1L50 A;  1B0D A;  1L25 A;  1LZT A;  3D3D A;  2OE9 X;  1LJI A;  1YQV Y;  4DJH A;  3SP3 A;  5KXY A;  1FLQ A;  1L83 A;  2BQF A;  4BAP A;  5LVH A;  1HSX A;  3HH5 A;  2CJL A;  2Z2E A;  1BVK C;  1QSA A;  2XQO A;  2IFF Y;  1LKS A;  1D6P A;  3QE8 A;  5II3 A;  3W6D A;  1QTB A;  3AZ7 A;  2B6W A;  1L40 A;  1RCM A;  1BGI A;  4J0L A;  1LZY A;  211L A;  1BB4 A;  4W94 A;  169L A;  1GBW A;  1PQO A;  5I5Q A;  1QTE A;  1KNI A;  1QT6 A;  1IOQ A;  1CKD A;  1FLU A;  242L A;  1B9O A;  238L A;  4NGL A;  187L A;  1B7S A;  164L A;  1YIK A;  1IWU A;  1LYE A;  2OE4 X;  1WQO A;  253L A;  4H90 A;  3OK0 A;  1UID A;  3T6U A;  1GFG A;  2MED A;  2WAR A;  113L A;  1JKB A;  3P66 A;  2D4K A;  4TTD A;  1LMQ A;  1G07 A;  4HJY A;  1D2Y A;  2BQH A;  4YEN A;  2RBO A;  3QAK A;  3DMZ A;  5F81 A;  114L A;  5EBH A;  4I7M A;  4J1B A;  4N8Z A;  4WO6 A;  5L3H A;  1XJT A;  176L A;  3GXK A;  3LYM A;  5F14 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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