1T8FA

Crystal structure of phage t4 lysozyme mutant r14a/k16a/i17a/k19a/t21a/e22a/c54t/c97a
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLALAAYADAAGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Alanine-scanning mutagenesis of the beta-sheet region of phage T4 lysozyme suggests that tertiary context has a dominant effect on beta-sheet formation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 54
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-05-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1t8fA00
3C80A 3CDVA 1G0MA 4IAPA 1QTHA 2Z6BA 137LA 1L88A 219LA 2RB1X 1L80A 1PQIA 2OTZX 186LA 4EXMA 1CU0A 191LA 4ZPUA 1CV3A 4ARQA 1L05A 168LA 221LA 1L50A 1PQDA 220LA 251LA 1C6DA 4PJZA 2RBQA 1L68A 173LA 1P37A 1DYFA 1G0KA 172LA 1L66A 1C6LA 224LA 3HU8A 3HTFA 2OE9X 139LA 211LA 143LA 1L45A 3K2RA 4LZMA 1L22A 1L42A 1L38A 4EJ4A 3CDOA 227LA 255LA 254LA 1L72A 1PQKA 3HDEA 126LA 205LA 3HUAA 3PBLA 4YXAC 3DNAA 147LA 1L89A 3DN2A 127LA 120LA 160LA 1G0PA 4I7QA 5I14A 218LA 256LA 2CUUA 240LA 223LA 162LA 4ARLA 178LA 4I7LA 2RBPA 1L65A 1LYFA 2OTYX 1L56A 1C68A 2RBOA 1JQUA 104LA 1C6MA 2B6XA 1L20A 1L18A 3DMVA 195LA 1WTHA 125LA 3SBBC 1L64A 3F9LA 4W56A 1L41A 1LGXA 3VW7A 1LGWA 3JR6A 244LA 3OE0A 3DN6A 102LA 1G1WA 144LA 1T8FA 1C64A 1QSQA 3DN8A 3G3XA 1C6TA 114LA 169LA 2B6WA 1L73A 112LA 1L84A 1KY1A 1XEPA 1C6IA 2IGCA 4K5YA 2OU9A 3V2YA 1SWYA 140LA 1QT8A 175LA 2B6ZA 196LA 1K28A 1L23A 1CU6A 1L75A 2RBNA 1CV6A 3OE6A 3HU9A 2B6YA 1CV5A 1G07A 3L64A 3HH6A 182LA 1L85A 1C61A 1L27A 1KY0A 249LA 3GUJA 103LA 216LA 1LI2A 260LA 1G1VA 1P36A 1L47A 3C82A 1L79A 1KW5A 3C7YA 1L32A 1L82A 1QTCA 1DYDA 3C83A 1CVKA 4LDLA 1JTNA 2ANXA 3FI5A 3HT9A 4LDOA 4DJHA 210LA 2B6TA 1P6YA 170LA 123LA 228LA 1L0KA 3DMZA 1ZWNA 171LA 225LA 3CDTA 2HUMA 197LA 1L21A 152LA 3EMLA 1L70A 1G0JA 1L55A 2NTHA 3DN3A 3HTGA 1LYDA 3OE9A 1L02A 222LA 4ARQB 4ARJA 1XJUA 3D4SA 1L03A 3FADA 1L14A 3HTDA 1QUDA 3FA0A 4I7SA 1SX7A 215LA 253LA 155LA 2OU0X 1L90A 1CUQA 247LA 192LA 138LA 1L33A 1JTMA 1OVHA 1C6AA 167LA 1L01A 1OVJA 1L99A 177LA 3L2XA 2ANVA 1L59A 1QS5A 1L49A 1T8GA 1CU5A 1D9WA 1L60A 122LA 4S0WA 3HTBA 2B74A 1L76A 1C62A 4I7OA 4DAJA 1L11A 1L25A 4ARMB 146LA 4W53A 1L40A 1XJTA 2RB0X 1L74A 3DKEX 4W57A 1L69A 1DYAA 1L86A 145LA 3G3VA 1C6PA 1CTWA 2OU8A 4W51A 3RUNA 4AQNA 1L97A 5LZMA 3UONA 2F47A 1L39A 1C63A 1CUPA 1L46A 111LA 129LA 1SSYA 149LA 1P3NA 1NHBA 2RAYX 2OE4X 4DKLA 1C6GA 3GUPA 1D2WA 1L98A 3GUKA 1L81A 1DYBA 1OV5A 1QT7A 4W58A 1P5CA 109LA 209LA 1LYGA 3QAKA 1L06A 1QSBA 130LA 201LA 1DYGA 1L93A 2RBSA 1C69A 176LA 2B75A 1L87A 1LYJA 1C6KA 1C6JA 1C6EA 181LA 2QARC 3HT6A 1OVKA 2A4TA 1QTDA 4PK0A 1G0LA 243LA 233LA 4YX7C 246LA 3PDSA 4I7PA 1LI6A 183LA 259LA 1G0GA 3G3WA 2QB0B 1B6IA 200LA 1L35A 1L77A 1TLAA 1D3NA 1L62A 1L44A 4I7MA 163LA 2HULA 1SWZA 212LA 4I7KA 1OV7A 141LA 150LA 4W59A 1QT5A 3HUKA 158LA 230LA 3C8SA 1L08A 1L31A 1I6SA 3GUMA 3CDQA 3HT8A 235LA 3DMXA 1L94A 1CV4A 1L95A 1LW9A 151LA 115LA 119LA 1L13A 1G06A 3SB7A 4W55A 3HWLA 184LA 3SB5A 2RB2X 1L91A 3RZEA 1PQOA 185LA 4EPIA 1LPYA 4EKRA 187LA 190LA 2HUKA 108LA 3SBAA 1SSWA 2RH1A 1L96A 1KS3A 1L0JA 3C8RA 1L36A 241LA 131LA 1D3FA 1L67A 3HH3A 1C6BA 1CX6A 2OE7X 113LA 245LA 1L09A 3HH5A 1C6QA 4ARPA 2LZMA 1L53A 118LA 1L63A 1CU3A 1EPYA 261LA 1C6CA 4EKSA 1L04A 1L71A 3SB9A 164LA 231LA 1L00A 1L26A 180LA 3C81A 1L12A 1QUGA 1L51A 4YXCA 3C7ZA 1L19A 1LYEA 3DN4A 1D3MA 217LA 1PQJA 2LCBA 1P64A 1SX2A 2L78A 3V2WA 1L52A 159LA 1QUOA 174LA 1L28A 214LA 2B72A 1P46A 1QTZA 1C67A 3NY8A 1QS9A 1KNIA 1ZYTA 4EPFA 1QT6A 1CX7A 3HH4A 1L48A 4GBRB 165LA 2F2QA 1P2RA 1LGUA 4I7NA 2LC9A 1OWYA 1QT3A 4I7JA 3DN1A 1L57A 1L58A 3HDFA 3GUNA 1D2YA 238LA 1L54A 1D3JA 156LA 229LA 236LA 3ODUA 4ARMA 1C60A 189LA 3LZMA 1C66A 161LA 1L17A 1L29A 1P7SA 166LA 1DYEA 1KW7A 1L83A 1PQMA 2Q9DA 1CU2A 1L43A 148LE 1L61A 3SB8A 3OE8A 1LWGA 157LA 3C8QA 2Q9EA 198LA 4W52A 257LA 239LA 1L37A 1C65A 3SB6A 3C7WA 1QTBA 1P2LA 110LA 1DYCA 1G0QA 1C6NA 1L10A 1LYHA 3NYAA 1C6HA 3CDRA 213LA 2NTGA 2O79A 2RBRA 1CV1A 1L24A 4I7TA 3GULA 234LA 242LA 188LA 3GUIA 4W54A 2B7XA 1LI3A 1QT4A 1C6FA 4I7RA 4EKPA 128LA 3DN0A 142LA 2B73A 2F32A 1CV0A 1ZURA 1LLHA 107LA 4GRVA 1L07A 1LWKA 4E97A 250LA 262LA 1L16A 4OO9A 1QUHA 4LDEA 237LA 1L15A 248LA 3F8VA 1L30A 258LA 3NY9A 1P56A 6LZMA 1OYUA 226LA 1L34A 2B70A 3GUOA 7LZMA 2OEAX 1T6HA 199LA 1T97A 3HT7A 1OWZA 2O7AA 2O4WA 1L92A 2RAZX 3HUQA 1QTVA 206LA 3SN6R 1T8AA 4EKQA 232LA 252LA 1LYIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZIKA 1JPOA 2DQEY 4DD9A 4NIJA 1QTHA 2H9KA 1D6QA 1L88A 2OTZX 4HJZA 1YQVY 1EL1A 194LA 5B05A 3AJNA 1NWGA 4ZPUA 4DDBA 207LA 1L05A 3WYHA 5B06A 1WQMA 4NG1A 4XENA 2FBDA 220LA 1GFRA 1GFGA 4PJZA 1L68A 173LA 4WM3A 4DD1A 1P37A 4ZIXA 1NF5A 1G7HC 3GXRA 172LA 1GDXA 2OE9X 1G7IC 5ILCA 1GFAA 211LA 1L45A 3TXDA 4LZMA 4CGEA 2RSCA 1L42A 3CDOA 5I53A 1L72A 1LZDA 5LYTA 3PBLA 4YXAC 4H9EA 1IX0A 1JTPL 4OOOA 160LA 4NSGA 1W6ZA 4B4JA 218LA 1G7MC 1LSGA 4HTKA 9LYZA 2MEAA 1OUEA 4X3BA 2RBPA 4LYMA 4GN4A 2OTYX 1C68A 2B6XA 2Z12A 4YF2A 4WM6A 195LA 125LA 5T3FA 208LA 1LSEA 1GF8A 3VW7A 3OE0A 1JKDA 1C64A 3DN8A 5B1GA 4XADA 3G3XA 1B7OA 1JKBA 114LA 2XBSA 1IEEA 1ZVHL 1HEWA 4LYCA 1GFHA 1KY1A 1XEPA 4RW2A 2OU9A 4RLMA 1UIDA 1L75A 1CU6A 4OW1A 4TSCA 3QNGA 1CKDA 5HLLA 3HBEX 1G07A 4NSHA 3FE0A 2D91A 216LA 1BWJA 1L79A 3C7YA 3AZ5A 1B5YA 1QTCA 1LSZA 3K3TA 4H94A 3FI5A 1B7NA 2W1XA 1FBIX 4HJYA 1IWWA 1RFPA 170LA 5HNLA 228LA 3DMZA 1ZWNA 171LA 197LA 4DD3A 1B7LA 4LT0A 4FJRA 4ZEEA 3OE9A 1B2KA 1GBOA 1YILA 1BB4A 4IASA 4CFPA 1FLYA 1YAPA 1L14A 4B49A 1JUGA 1QUDA 5L3HA 3HBHA 155LA 1WVUA 2EIZC 1LSCA 192LA 3AZ6A 4NGOA 1UIHA 1VDSA 1J1PY 1F6SA 4ETBA 1JTMA 1OVJA 4U3XB 1L99A 3L2XA 4J0LA 1JJ0A 2DQAA 1LYYA 1QS5A 1L49A 1T8GA 1L60A 1L76A 1LJ4A 1C62A 2HUBA 1L11A 146LA 4W53A 1EQ4A 1L69A 1DYAA 2BQNA 1BVKC 4W51A 1C6PA 2OU8A 3EBAB 4AQNA 1L97A 5LZMA 2F47A 4H9FA 8LYZA 111LA 1WQRA 1NBYC 1IR7A 4DKLA 2RAYX 2OE4X 1N4FA 2HTXA 1DYBA 1OV5A 4XJIA 1UIGA 1P5CA 209LA 1QSBA 1DYGA 2RBSA 1LYZA 4YENA 2B75A 4J1BA 1C6KA 3OJPA 181LA 2ZYPA 2QARC 3HT6A 1IP1A 1SLYA 3WXTA 5L9JA 2A4TA 1G0LA 5EBHA 4YX7C 3D3DA 1IOQA 3PDSA 1GF4A 4WM1A 3G3WA 3AB6A 5C6LA 5KXPA 5DL9A 1L35A 1TAYA 1TLAA 4W94A 1NHEA 1HEQA 4I7KA 5APCA 3W6DA 3WVXA 4G49A 4W59A 3HUKA 1GE2A 1UA6Y 158LA 3C8SA 2Z39A 1I6SA 3A3QA 3HT8A 4GCBA 4YEMA 1RE2A 2HECA 1L95A 3AZ4A 1DI5A 5LVIA 1GXV2 3MGWA 3CSQA 4W96A 1IP5A 3HWLA 5B59A 1JKAA 3TXFA 1G7JC 1XGQC 2DQIY 2X0AA 4NGIA 135LA 1SSWA 5KXXA 3C8RA 131LA 1L67A 3G3AB 1IVMA 3HH3A 4HSFA 113LA 3A92A 1L09A 3HH5A 1L53A 5LAFA 2D6BA 4KPMA 4N1CC 2Z38A 1CU3A 1EPYA 2XQOA 1C6CA 3TXGA 1L00A 1L26A 180LA 1REYA 1IC4Y 4HPIA 1D0KA 1GDWA 3A34A 1PQJA 1SX2A 1RJCB 3AYQA 1HFZA 1GEZA 1UICA 1A2YC 2BQBA 4WM4A 5LVHA 1DKKA 1QT6A 5C6IA 1DI4A 4H9HA 4RW1A 4ANRA 5IELA 5KXLA 1QUTA 1L57A 238LA 5F9XA 1INUA 1YL1X 4MR1A 5A3ZA 1C66A 1L17A 1DYEA 1PQMA 2Q9DA 4DQ5A 4IATA 1L61A 3P4ZA 1DPXA 5KXOA 1T3PA 4XN6A 4CJ2A 1NMMA 1C6NA 3NYAA 3CDRA 213LA 2O79A 3M3UA 4PPOA 1OUJA 5KXRA 4PJ2C 1CV1A 1NKHA 2F4GA 1HEPA 1LZ4A 4GLAA 3GUIA 3W6BA 2ZIJA 3B6LA 4C3WA 1LLHA 107LA 3TXIA 1B7MA 2BQKA 1QUHA 1LKSA 4H8YA 5LIOA 1BQLY 1NDMC 5KXWA 2H5ZA 3A6CY 5FHWA 1L30A 3CQLA 3CSRA 3AZ7A 5L3IA 1P56A 1H6MA 2EPEA 4OWEA 4N8ZA 226LA 1JEFA 1REXA 3A6BY 199LA 4YM8A 5KXMA 2BQEA 4LYTA 2O4WA 1L92A 4GLVA 4ML7A 1YAMA 4LYOA 5E4PA 2F30A 232LA 1LSNA 3WXUA 2Z6BA 1LMNA 2ZQ3A 137LA 219LA 1L80A 186LA 2BLXA 4NHQA 4ARQA 168LA 1XGTC 2PC2A 1L50A 251LA 1LTMA 1FLUA 4NFVA 1DYFA 1C45A 1G0KA 133LA 1LJFA 153LA 1C6LA 2Z18A 1OUDA 4Z98A 1WTMA 1UIBA 3AGHA 1IORA 1V7SA 1ALCA 1GB7A 3A3RX 254LA 4NGWA 3WUAA 3HDEA 126LA 147LA 3EO5A 1LZAA 4LGKA 1UBZA 3ZVQA 127LA 1VDTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2ZIK A;  1JPO A;  2DQE Y;  4DD9 A;  4NIJ A;  1QTH A;  2H9K A;  1D6Q A;  1L88 A;  2OTZ X;  4HJZ A;  1YQV Y;  1EL1 A;  194L A;  5B05 A;  3AJN A;  1NWG A;  4ZPU A;  4DDB A;  207L A;  1L05 A;  3WYH A;  5B06 A;  1WQM A;  4NG1 A;  4XEN A;  2FBD A;  220L A;  1GFR A;  1GFG A;  4PJZ A;  1L68 A;  173L A;  4WM3 A;  4DD1 A;  1P37 A;  4ZIX A;  1NF5 A;  1G7H C;  3GXR A;  172L A;  1GDX A;  2OE9 X;  1G7I C;  5ILC A;  1GFA A;  211L A;  1L45 A;  3TXD A;  4LZM A;  4CGE A;  2RSC A;  1L42 A;  3CDO A;  5I53 A;  1L72 A;  1LZD A;  5LYT A;  3PBL A;  4YXA C;  4H9E A;  1IX0 A;  1JTP L;  4OOO A;  160L A;  4NSG A;  1W6Z A;  4B4J A;  218L A;  1G7M C;  1LSG A;  4HTK A;  9LYZ A;  2MEA A;  1OUE A;  4X3B A;  2RBP A;  4LYM A;  4GN4 A;  2OTY X;  1C68 A;  2B6X A;  2Z12 A;  4YF2 A;  4WM6 A;  195L A;  125L A;  5T3F A;  208L A;  1LSE A;  1GF8 A;  3VW7 A;  3OE0 A;  1JKD A;  1C64 A;  3DN8 A;  5B1G A;  4XAD A;  3G3X A;  1B7O A;  1JKB A;  114L A;  2XBS A;  1IEE A;  1ZVH L;  1HEW A;  4LYC A;  1GFH A;  1KY1 A;  1XEP A;  4RW2 A;  2OU9 A; 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