1T8GA

Crystal structure of phage t4 lysozyme mutant l32a/l33a/t34a/c54t/c97a/e108v
Total Genus 59

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
158
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHAASLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGVTGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH10 (143-155)AH9 (137-141)S1 (14-19)TI'1 (54-57)EMPTYTI1 (20-23)S2 (25-28)AH2 (39-50)S3 (31-32)AH3 (60-80)AH4 (83-90)AH7 (115-123)AH5 (93-106)AH8 (126-134)AH6 (108-113)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Alanine-scanning mutagenesis of the beta-sheet region of phage T4 lysozyme suggests that tertiary context has a dominant effect on beta-sheet formation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 59
structure length 158
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-05-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1t8gA00
239LA 3NY8A 1QUOA 3HH5A 2RBSA 1OYUA 1KNIA 1L79A 3G3XA 3SB7A 1L27A 1L93A 3F8VA 145LA 2B73A 158LA 166LA 3DKEX 1C6AA 1C6GA 1L66A 4I7KA 1T6HA 1C6NA 1L03A 131LA 3HDFA 125LA 129LA 3HT6A 1D2YA 3GUOA 3CDVA 1K28A 115LA 196LA 3HTBA 1P37A 1T97A 246LA 1QUDA 159LA 3VW7A 3CDTA 1CUQA 2B7XA 3C80A 1L87A 1QUGA 1L02A 3SBBC 2O7AA 2IGCA 260LA 142LA 165LA 1C66A 143LA 233LA 1L62A 1L38A 126LA 1ZYTA 4YXCA 212LA 3HUKA 181LA 3HH3A 1L0KA 2LCBA 1L14A 150LA 195LA 128LA 1D3NA 1G0JA 1L92A 227LA 1DYCA 1PQKA 3FI5A 168LA 2OTYX 3OE8A 1L19A 1L67A 1PQOA 258LA 3HUQA 1OWZA 2QB0B 3C7ZA 4W53A 3RUNA 180LA 1B6IA 1L80A 1CU6A 210LA 2Q9DA 178LA 3DMVA 3DN2A 1C68A 2OU0X 112LA 4EKSA 3GUMA 1C6MA 2RB0X 1G07A 1XJUA 122LA 1L32A 1LWGA 1L82A 2RBNA 7LZMA 1L53A 157LA 1CV3A 138LA 109LA 3FA0A 198LA 2OE4X 1L98A 1C6KA 1G06A 146LA 213LA 3GUKA 1CX7A 2RAZX 3G3WA 1P56A 4W51A 123LA 1L68A 1C63A 2RAYX 1DYGA 6LZMA 1NHBA 1DYDA 218LA 1DYFA 1SX2A 1CU5A 4DKLA 184LA 1L42A 1L26A 1CV1A 1C64A 1LYHA 1G0PA 127LA 4I7RA 253LA 4K5YA 1L91A 1L12A 1XEPA 1KW5A 3GULA 2B74A 3PDSA 3HH4A 139LA 1QTVA 4I7NA 4DJHA 1L06A 2ANXA 3SN6R 4PK0A 3SB6A 119LA 1LPYA 1P6YA 205LA 1LYIA 4W54A 1L34A 241LA 1L69A 3G3VA 4I7OA 3DN3A 3HTDA 152LA 1L73A 1L55A 1L18A 1L57A 1L46A 3HT9A 3NYAA 1LGUA 226LA 2RBPA 1L48A 1L20A 1L45A 140LA 1L0JA 2B72A 1DYEA 1T8GA 3DNAA 1DYAA 3DN0A 183LA 1C61A 3ODUA 1CTWA 3C7YA 4GBRB 2B75A 192LA 4LZMA 1L85A 223LA 197LA 2F2QA 1L52A 1LI6A 1P46A 120LA 1L24A 111LA 3GUJA 1LYDA 3L64A 248LA 200LA 2B6XA 149LA 232LA 2RBQA 236LA 1OV5A 3SB9A 228LA 2OE7X 1OV7A 1L81A 3C83A 1CV4A 4EPFA 107LA 3FADA 1ZWNA 3CDOA 162LA 1L97A 1SX7A 1C69A 1C6IA 229LA 4I7LA 3HH6A 2B6TA 1L90A 1SWYA 3DN4A 2OU9A 1QS9A 3HTGA 1LW9A 3K2RA 3C8SA 1L35A 4S0WA 3DN8A 2CUUA 3D4SA 141LA 1D3MA 4DAJA 214LA 1L96A 2Z6BA 231LA 1L95A 4ARMA 261LA 3DMXA 1L99A 1C6PA 1KY0A 172LA 3HUAA 4W59A 173LA 3RZEA 4AQNA 102LA 1G0LA 4PJZA 4EJ4A 4I7TA 1L11A 3C82A 1JQUA 1C6FA 251LA 108LA 3EMLA 1L76A 4LDOA 1L89A 1D2WA 1C6DA 1G1VA 1LI2A 144LA 182LA 1G1WA 1CV5A 1CU3A 1L71A 209LA 1L58A 3NY9A 4I7JA 1L64A 1OVKA 1D3JA 4W52A 242LA 1SSYA 4ARMB 2LC9A 199LA 1D9WA 1L04A 5LZMA 1P7SA 1TLAA 3L2XA 238LA 255LA 3SB8A 4ARPA 1L16A 259LA 2HUKA 1PQJA 1C6HA 3C8RA 1JTNA 1L23A 1OVHA 1L63A 118LA 1C6LA 4W57A 235LA 1L65A 1CU0A 2NTGA 243LA 1L15A 222LA 1L17A 2B70A 1QT6A 4ARJA 1ZURA 1PQMA 2O79A 2QARC 1LYGA 137LA 240LA 1L29A 1L50A 3OE0A 1L30A 3QAKA 2HUMA 221LA 171LA 1L36A 3CDRA 206LA 3F9LA 1CV6A 219LA 247LA 2F32A 1P2LA 1CVKA 4EPIA 201LA 262LA 156LA 244LA 167LA 1L31A 110LA 216LA 3LZMA 1L61A 1L51A 103LA 1T8AA 1L41A 211LA 2B6ZA 5I14A 1G0GA 1P64A 215LA 1L05A 1QT5A 3UONA 3OE6A 1L21A 1PQIA 1QSBA 230LA 3PBLA 1L09A 1SSWA 1L43A 4ARLA 188LA 1C67A 4ZPUA 1QTDA 1L44A 3DN1A 4I7SA 1L08A 1QT8A 2L78A 1DYBA 4LDLA 2RBRA 1C6TA 1L22A 185LA 1L60A 1G0KA 2O4WA 147LA 161LA 220LA 164LA 1KY1A 1QTZA 3HDEA 2Q9EA 190LA 1C6CA 1G0QA 1WTHA 217LA 1L39A 3DN6A 174LA 1CV0A 1L74A 2A4TA 3GUNA 1L13A 2OEAX 4W58A 3V2YA 175LA 163LA 2OTZX 2OU8A 2B6YA 254LA 1L54A 1PQDA 186LA 1P2RA 3HU8A 2RBOA 4W56A 1L59A 4EKQA 104LA 1I6SA 2RB1X 4YX7C 2NTHA 1L01A 2OE9X 113LA 1L33A 234LA 4EKPA 1D3FA 1QTCA 3SB5A 169LA 114LA 1KW7A 1LGXA 1LLHA 1L00A 4ARQA 1L07A 3HTFA 1KS3A 170LA 1QS5A 1CX6A 1LYEA 1L25A 4GRVA 1CU2A 1QTBA 1QT7A 1CUPA 1L47A 1QT4A 1C6EA 1C6JA 1L37A 4LDEA 1XJTA 1L84A 1QT3A 1L49A 176LA 1T8FA 3HWLA 1C60A 1P36A 257LA 4W55A 187LA 1LWKA 4I7MA 3C8QA 1L75A 1QTHA 3HT7A 4ARQB 155LA 3HT8A 250LA 4YXAC 245LA 177LA 3GUPA 4EKRA 1L88A 1P3NA 1OWYA 225LA 1LI3A 1QSQA 3SBAA 1G0MA 224LA 2F47A 1LGWA 4IAPA 1L94A 1L86A 256LA 2RB2X 3V2WA 148LE 1EPYA 1LYJA 1L72A 1LYFA 1L83A 1P5CA 160LA 1OVJA 2RH1A 3DMZA 189LA 2HULA 3HU9A 4EXMA 1L56A 1L10A 1JTMA 4E97A 1L70A 1C6BA 151LA 3CDQA 252LA 249LA 1QUHA 1C62A 1L77A 2LZMA 3GUIA 1L40A 3OE9A 4I7QA 4I7PA 1SWZA 3C81A 4OO9A 130LA 2B6WA 2ANVA 1C65A 191LA 1L28A 1C6QA 3C7WA 237LA 3JR6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5L3HA 1H87A 239LA 1RE2A 1OUIA 3IWRA 4WG1A 3SB7A 1L27A 4UWNA 1B5UA 3BKVA 145LA 166LA 4I7KA 1GB5A 1C6NA 2X0AA 2ZQ3A 3AGHA 125LA 129LA 3HT6A 1B7NA 1LJEA 3GUOA 4B49A 1LKSA 1K28A 3CDVA 4I8SA 5HNCA 5M1YA 5C6JA 3HTBA 1IX0A 5AMYA 159LA 3CDTA 5HMVA 1QTEA 5KXSA 3SBBC 5DN5A 4PRUA 4L41A 4YEMA 233LA 4H8YA 2FYCA 1QUTA 2EPEA 4DD2A 1IR8A 1NWGA 1ZYTA 212LA 3A90A 181LA 1KXYA 3AGGG 3HUKA 4HTKA 5F16A 1B5VA 4M6DA 5I54A 1SLYA 4BAFA 3FI5A 2OTYX 3OE8A 3G3BB 1GBOA 4J7VA 1OWZA 2QB0B 1PZYA 4HV2A 2H9KA 4Z98A 4E3UA 1B6IA 210LA 1BB3A 3W6AA 3DN2A 4IJ4A 1UIDA 4EOFA 3WW5A 4TWSA 2RB0X 1XJUA 4DD9A 1D0MA 1L32A 7LZMA 3CSZA 1CV3A 4C5FA 138LA 4Z46A 109LA 3FA0A 3EO5A 1C6KA 5I53A 213LA 1C7PA 4WM6A 4B1AA 1D6QA 2RAZX 3TXHA 123LA 4GN5C 2RAYX 3WL2A 132LA 1DYDA 1YANA 2I6ZA 1CKGA 1DYFA 1OUCA 4WLYA 3LYZA 1GB8A 1GAZA 4CHXA 4W94A 4J1BA 1B7PA 5DN4A 1D0LA 253LA 3SP3A 4Z3MA 4K5YA 4GCCA 1KW5A 3GULA 3LYOA 3PDSA 3HH4A 1EQ4A 1DI5A 4DJHA 1L06A 5E4PA 1VDPA 4GCFA 1LYIA 1L34A 2FYDA 1B2KA 4RW1A 2DKVA 3HT9A 1ALCA 3NYAA 226LA 1L20A 1LKRA 3CT5A 5KXLA 1C61A 1GAYA 2H5ZA 4NGVA 3C7YA 1LSGA 2B75A 192LA 197LA 1IC4Y 1L24A 4HPIA 1GEVA 4RW2A 2B6XA 1OV5A 228LA 2Z2EA 1JTPL 4CGEA 2F4AA 2MEBA 1ZWNA 1SX7A 1J1XY 229LA 3A94A 4I7LA 3KAMA 5EBHA 1QS9A 4WG7A 3BKHA 1UCOA 4XJHA 4IASA 3WVYA 3C8SA 1L35A 1JKAA 1LSYA 2CUUA 4DAJA 4ET8A 2Z6BA 1A4VA 1AT6A 2B5ZA 2DQEY 4H90A 3DMXA 1GFUA 1C6PA 1D0KA 4GN3A 1AT5A 4YOPA 102LA 4ANRA 1G0LA 1F10A 1RFPA 3RW8A 1IWVA 5KXRA 2MEDA 4ZEEA 1L76A 4LDOA 1LI2A 4H9IA 4TTDA 1LJFA 1L71A 1LMQA 3WU9A 4I7JA 1GBSA 4ARMB 3M18B 199LA 4WM3A 5HLLA 2DBTA 1VDTA 4XYYA 1P7SA 3L2XA 3SB8A 3WH1A 2IHLA 5KXMA 5DM9A 4H91A 3C8RA 1C6LA 4H9HA 4WL6A 1FLQA 1UIEA 4WMGA 1UIHA 3WMKA 1L15A 2EIZC 1T6VL 2IFFY 4GCBA 1QT6A 1P2CC 1LYGA 1L50A 3A95A 5IDDA 1IWTA 3CDRA 4KT3A 219LA 1HENA 4NSIA 1IY3A 4NY5A 2F32A 4H9FA 4WLXA 156LA 167LA 1IR9A 5T3FA 1LYOA 4UWVA 5HQ1A 1IO5A 1L51A 1HC0A 1T8AA 5KXKA 4NEBA 1L05A 1DXJA 3QY4A 2F2NA 1PQIA 1WTMA 4P2EA 230LA 1LZEA 4KPMA 1BVXA 1LSNA 2YBHA 4N1CC 1DYBA 1B5ZA 4NSGA 2O4WA 3TMUA 147LA 1GDWA 3W3EA 5I5QA 3W6BA 1YL0X 190LA 1C6CA 4LYOA 1WTHA 4MR1A 2BQJA 5KKJA 3DN6A 2HU1A 5KXYA 1FN5A 2N5ZA 2BQKA 2OU8A 1UA6Y 1O23A 1GB7A 1L54A 3WVXA 1P2RA 5I4WA 5D5CA 1HFZA 2RB1X 4YX7C 4YEOA 1L01A 2OE9X 113LA 234LA 2DQIY 1KW7A 4DDCA 4CFOA 1HNLA 2MEEA 5LA5A 1NBYC 4ARQA 1KS3A 170LA 3EMSA 3IJVA 1CX6A 2YBIA 4DDAA 1IP4A 1NHEA 2BQBA 1QT7A 1QT4A 2CGIA 1C6JA 1L37A 1LSPA 4LDEA 1T8FA 3B72A 3IJUA 2HEFA 1LSZA 2LYOA 2DQFC 5A3EA 4HV1A 1AM7A 3HT8A 4DQJA 250LA 2ZWBA 4BADA 4YXAC 245LA 1YIKA 2FBDA 1L88A 2W1LA 1DI3A 1G7LC 225LA 3A91A 1QQYA 1QSQA 1SQ2L 1GDXA 1G0MA 224LA 1JISA 1L94A 1L72A 1LYFA 1P5CA 2YSSC 1LMTA 3HU9A 1L10A 4G4CA 4B4JA 5APCA 5II3A 4B0DA 249LA 1C62A 3ATNA 4I7QA 4I7PA 5APFA 1LAAA 2ANVA 1LJGA 1C65A 3OJPA 2MEFA 1L28A 1C6QA 3C7WA 1XEIA 5IELA 1LJJA 3AGIA 1OYUA 1QTKA 1KIQC 1L93A 1GF3A 1F0WA 3WUMA 4QY9A 1T6HA 4OWHA 5KJ9A 4OWEA 1LZ6A 3A93A 196LA 3TMWA 246LA 1QUDA 4HPEA 2B7XA 1L87A 1L02A 4DD3A 142LA 1LMCA 1GFTA 2AUBA 2EKSC 1CJ6A 2LCBA 4YENA 150LA 2Z19A 195LA 5C6IA 128LA 1WQQA 4GLAA 1D3NA 1G0JA 3A8ZA 227LA 3WXTA 1DYCA 4XJGA 1BVKC 4ETBA 3B0IA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5L3H A;  1H87 A;  239L A;  1RE2 A;  1OUI A;  3IWR A;  4WG1 A;  3SB7 A;  1L27 A;  4UWN A;  1B5U A;  3BKV A;  145L A;  166L A;  4I7K A;  1GB5 A;  1C6N A;  2X0A A;  2ZQ3 A;  3AGH A;  125L A;  129L A;  3HT6 A;  1B7N A;  1LJE A;  3GUO A;  4B49 A;  1LKS A;  1K28 A;  3CDV A;  4I8S A;  5HNC A;  5M1Y A;  5C6J A;  3HTB A;  1IX0 A;  5AMY A;  159L A;  3CDT A;  5HMV A;  1QTE A;  5KXS A;  3SBB C;  5DN5 A;  4PRU A;  4L41 A;  4YEM A;  233L A;  4H8Y A;  2FYC A;  1QUT A;  2EPE A;  4DD2 A;  1IR8 A;  1NWG A;  1ZYT A;  212L A;  3A90 A;  181L A;  1KXY A;  3AGG G;  3HUK A;  4HTK A;  5F16 A;  1B5V A;  4M6D A;  5I54 A;  1SLY A;  4BAF A;  3FI5 A;  2OTY X;  3OE8 A;  3G3B B;  1GBO A;  4J7V A;  1OWZ A;  2QB0 B;  1PZY A;  4HV2 A;  2H9K A;  4Z98 A;  4E3U A;  1B6I A;  210L A;  1BB3 A;  3W6A A;  3DN2 A;  4IJ4 A;  1UID A;  4EOF A;  3WW5 A;  4TWS A;  2RB0 X;  1XJU A;  4DD9 A;  1D0M A;  1L32 A;  7LZM A;  3CSZ A;  1CV3 A;  4C5F A;  138L A;  4Z46 A;  109L A;  3FA0 A;  3EO5 A;  1C6K A;  5I53 A;  213L A;  1C7P A;  4WM6 A;  4B1A A; 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