1T8GA

Crystal structure of phage t4 lysozyme mutant l32a/l33a/t34a/c54t/c97a/e108v
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
158
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHAASLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGVTGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Alanine-scanning mutagenesis of the beta-sheet region of phage T4 lysozyme suggests that tertiary context has a dominant effect on beta-sheet formation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 158
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-05-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1t8gA00
3HU9A 4DKLA 224LA 3JR6A 1L52A 1L93A 2B7XA 3HWLA 3V2YA 1T97A 1L97A 3HH4A 113LA 1QTCA 229LA 181LA 3CDTA 1P56A 1EPYA 1L41A 1L05A 3HH5A 1D2YA 2F32A 3D4SA 1L22A 1L55A 205LA 1LYJA 1DYEA 1L64A 1L06A 1L21A 1T6HA 4W56A 3ODUA 3G3VA 190LA 4EPIA 1L83A 1L96A 3DN4A 3OE9A 183LA 211LA 1LI3A 1LGUA 2RBNA 1L70A 226LA 2HUMA 3HT6A 1DYGA 3C7WA 3SBBC 1CU5A 230LA 1CV3A 2RB2X 3LZMA 111LA 128LA 175LA 1C66A 182LA 248LA 1L24A 1L63A 241LA 210LA 3GUOA 195LA 1CX6A 1L72A 1KW5A 3DN6A 1QTBA 1C6HA 1L49A 4ARPA 3HT8A 1C65A 1L92A 164LA 126LA 1P3NA 131LA 250LA 3C8SA 3HTBA 1NHBA 1L86A 252LA 104LA 1CV5A 171LA 1L16A 1L94A 4EKQA 2B75A 1P6YA 1LWKA 1OWZA 159LA 1DYFA 1KY1A 2QB0B 178LA 2Q9EA 1L42A 217LA 4W54A 1G0JA 259LA 1CV6A 1C69A 188LA 1LI2A 1OYUA 1L65A 150LA 169LA 234LA 225LA 1CTWA 1QT5A 3SB8A 1PQJA 1L12A 1L0JA 1G0LA 4I7JA 1L95A 4YX7C 2B6XA 4I7RA 6LZMA 1L08A 3F8VA 1QTVA 3HH6A 231LA 247LA 1C6AA 1QTZA 4I7MA 148LE 149LA 1CV4A 1KY0A 232LA 4W57A 201LA 254LA 1L35A 255LA 3HUKA 5LZMA 4EKSA 1L18A 3FA0A 3SB6A 1L62A 2LC9A 3OE0A 3FADA 1C62A 215LA 1C6PA 176LA 4I7OA 220LA 1L02A 3GUJA 3NYAA 3CDOA 1QS9A 1DYBA 3QAKA 3L2XA 1D2WA 3C7ZA 1QS5A 4I7QA 1L26A 1KNIA 3SN6R 1P2RA 216LA 3DKEX 2A4TA 4W52A 2RAYX 1PQOA 109LA 172LA 249LA 158LA 1L69A 199LA 1QT7A 2CUUA 258LA 174LA 1QUDA 112LA 4I7PA 4EJ4A 1L25A 219LA 155LA 156LA 1CU0A 1L17A 1XJUA 2B6ZA 253LA 1LYEA 3NY8A 3OE8A 4DJHA 177LA 147LA 2ANXA 4W59A 1QUHA 1ZWNA 2RBSA 1D3JA 3HT7A 4LDOA 4W58A 3RZEA 1P2LA 4YXAC 1L50A 1LYDA 122LA 1C6JA 163LA 1L75A 140LA 1L61A 1OWYA 3DMVA 3HH3A 2ANVA 4PJZA 4ARMA 1C6CA 1LLHA 1G1VA 3SB7A 1L60A 166LA 198LA 1L44A 2Q9DA 191LA 1LWGA 1LYIA 145LA 1L53A 1PQMA 1L30A 213LA 1QSQA 4W51A 1CX7A 1L29A 1I6SA 3C81A 1L74A 185LA 3C83A 2NTHA 103LA 3HDEA 170LA 1CV1A 1JQUA 1L14A 1L84A 221LA 1QUGA 119LA 1CUPA 1L82A 1L09A 1L99A 1L59A 1C67A 3RUNA 2B72A 2F2QA 4PK0A 1G06A 1L23A 1L58A 1PQDA 1C61A 1DYCA 1C6NA 1OV7A 1ZYTA 1JTMA 5I14A 4LZMA 1QT8A 1L98A 1L01A 1G0QA 1C6TA 3V2WA 1XEPA 1P37A 152LA 1KW7A 1L38A 209LA 4I7TA 4I7SA 4ARQA 2Z6BA 4ARMB 4ARJA 3PBLA 1QT3A 118LA 1L40A 4I7KA 1D3NA 1SX7A 1L85A 4ARLA 4EKRA 1OVKA 4W55A 1L34A 223LA 2RB1X 1L51A 4E97A 1L45A 3GUKA 1L39A 1QT4A 1L73A 3DN3A 180LA 2B6WA 239LA 102LA 3DNAA 1P46A 1C6DA 1L36A 4W53A 1L48A 1C6EA 151LA 1OVJA 2OU9A 1L88A 3DN1A 1C64A 3GULA 1C6BA 1G0MA 1L07A 1L56A 3CDVA 1L15A 1LW9A 1ZURA 1C6FA 7LZMA 1LYHA 3NY9A 1P36A 120LA 212LA 1L66A 1L89A 2RH1A 3HUAA 1CU2A 238LA 129LA 1L54A 4ARQB 1CVKA 1JTNA 3C8QA 2OEAX 4OO9A 2NTGA 2O79A 1B6IA 1C6IA 1QTDA 1CV0A 1CU3A 1SSYA 1L19A 3SBAA 2RBOA 3DN0A 1G0GA 1G0KA 1L90A 1L43A 1T8FA 2OTZX 3K2RA 1P7SA 3HTGA 1DYAA 2RBPA 206LA 192LA 197LA 4LDEA 3SB9A 1K28A 4S0WA 1L47A 108LA 187LA 1L71A 233LA 1QT6A 143LA 245LA 2OE7X 3C8RA 2RBQA 1L32A 1XJTA 1G0PA 243LA 1L33A 3EMLA 1SWYA 1C60A 2OTYX 1CUQA 1C6MA 1L31A 1LYGA 184LA 3CDRA 1KS3A 2QARC 168LA 256LA 110LA 2RBRA 1C63A 114LA 1G1WA 137LA 186LA 2HUKA 1LGXA 1L00A 1QTHA 130LA 236LA 3UONA 4AQNA 4I7LA 3PDSA 1L77A 2OE9X 1DYDA 1LGWA 4EXMA 1L10A 2O4WA 1D3FA 2LCBA 3DN8A 2B6YA 139LA 1SSWA 214LA 244LA 227LA 2OE4X 1L67A 1L87A 1LYFA 2F47A 1C6KA 1L37A 4EPFA 123LA 1QUOA 3DN2A 237LA 1SWZA 4IAPA 1LPYA 4I7NA 1L57A 2RAZX 4GBRB 1QSBA 3OE6A 3DMZA 2HULA 167LA 235LA 3GUPA 162LA 142LA 1WTHA 218LA 1TLAA 257LA 242LA 3L64A 2B73A 3GUIA 2RB0X 1L76A 4LDLA 1OVHA 125LA 1C68A 1L80A 3HTFA 4K5YA 115LA 3HDFA 3G3WA 189LA 1L20A 246LA 1C6LA 2LZMA 3HU8A 2B70A 2OU0X 3DMXA 1D9WA 1OV5A 3F9LA 107LA 261LA 161LA 260LA 2B6TA 1T8GA 3G3XA 1L11A 127LA 3FI5A 138LA 1C6QA 1L03A 1L46A 1C6GA 1L13A 3VW7A 3C7YA 1PQIA 146LA 1LI6A 1SX2A 4DAJA 2IGCA 2OU8A 1T8AA 3CDQA 165LA 196LA 1L68A 262LA 251LA 1P5CA 1L28A 2L78A 1D3MA 3GUNA 3SB5A 1L27A 4EKPA 3C82A 1L04A 3HUQA 1P64A 4ZPUA 1L79A 3HTDA 160LA 3C80A 240LA 2O7AA 200LA 141LA 222LA 1PQKA 4GRVA 1L0KA 3GUMA 144LA 1G07A 173LA 1L81A 2B74A 3HT9A 4YXCA 157LA 1CU6A 228LA 1L91A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IP7A 3AGGG 4DKLA 1GE1A 1GE0A 5DLAA 5KXXA 2DQDY 1RCMA 1OUGA 1FLQA 1L41A 4B1AA 8LYZA 2F32A 5HNCA 3RU5A 4N1CC 1L64A 1L06A 2Z12A 190LA 1OUIA 4EPIA 3AZ7A 3DN4A 3AYQA 5D5CA 1CV3A 248LA 2I6ZA 1IVMA 2Y8PA 1EQEA 210LA 2YBLA 1KW5A 3G3BB 1IWXA 4H90A 5K7OA 3HTBA 1IO5A 1NHBA 1L86A 2YBIA 1WQRA 4G4HA 1L16A 1P6YA 1OWZA 1D6QA 5I4WA 4QDNA 217LA 1HF4A 1LJIA 1CV6A 1IWVA 1C43A 1OYUA 4NIJA 4TUNA 3A92A 150LA 1GD6A 3N9AA 1F6SA 2D4JA 4RLNA 3IJVA 1PQJA 1L95A 1FKVA 1XGQC 2B6XA 6LZMA 1QTVA 3HH6A 1LZRA 247LA 1NKHA 2NWDX 1QTZA 4LYTA 1HEPA 2MEHA 4HTKA 1B7SA 149LA 1CV4A 1KY0A 1UC0A 3TXHA 4CHXA 1RE2A 201LA 255LA 4H9BA 193LA 3SB6A 4J1AA 4N1EI 5LXWA 1LZSA 1L62A 2MEAA 1GEZA 4DQ5A 1CKFA 3NYAA 3GXRA 1LMPA 2ZNXY 1QS5A 6LYZA 4W52A 2XBSA 109LA 249LA 199LA 1QT7A 2CUUA 4HV2A 1FKQA 258LA 174LA 1IP4A 155LA 1G7LC 1CU0A 1GBSA 1XGTC 4N5RA 2B6ZA 1BWHA 4IASA 2ANXA 4HTNA 5E9RA 1ZWNA 4W58A 2BQHA 2MEFA 4YXAC 1L50A 4XJGA 4WG1A 3TMUA 1OWYA 4PJZA 1REXA 4WM4A 3WH1A 1LTMA 1VDQA 1LWGA 2BQAA 5HMVA 1CX7A 1LSYA 4OWBA 1LKSA 1IX0A 3B0IA 170LA 1JQUA 1L14A 3WXTA 4H94A 1YAQA 3FE0A 1L82A 4ETAA 4YEOA 4UWVA 1L59A 4PK0A 1LHHA 1D6PA 1HSWA 4OOTA 4GCDA 5I14A 1QT8A 1MELL 1G0QA 1GAYA 1LSBA 2BQJA 4I7SA 2DQHY 2Z6BA 1F10A 4ARMB 1QT3A 1SX7A 5KXKA 1L85A 4ARLA 4W55A 4LZTA 1L45A 5IDDA 1L73A 3DN3A 1B7MA 1LZ4A 1P46A 4XJIA 1L36A 4W53A 1HC0A 2HEEA 3RNXA 2OU9A 1L88A 1IOTA 1NBYC 2F4GA 2XBRA 2HEAA 3A95A 3TMXA 4WMGA 2LZTA 3AW6A 4BADA 3D9AC 1LW9A 1D0LA 3J6KA 3NY9A 4BS7A 4I8SA 1GBYA 212LA 5E4PA 4QGZA 1YIKA 3HUAA 4II8A 129LA 4ARQB 4HJZA 1C6IA 2A7FA 1QTDA 3A6CY 1YILA 4WM2A 1IP6A 1G0KA 1L90A 1T8FA 1I1ZA 3K2RA 1C08C 1LZ6A 2RBPA 1QSAA 4WL7A 197LA 4S0WA 5L3HA 1L47A 3TXKA 3CQLA 1L71A 245LA 4RW2A 1EQ5A 1L32A 2FBBA 3W6DA 3P64A 4YF2A 1C60A 2D4KA 4PJ2C 1CUQA 1QTKA 1L31A 2DQAA 1DI5A 5B1FA 184LA 1LSNA 2CGIA 1KS3A 1ZVYB 168LA 110LA 5APEA 5LAGA 4G4BA 1JTTL 1L00A 236LA 1LKRA 4AQNA 1L77A 3F6ZA 2OE9X 4YENA 1GF6A 1L10A 1JSEA 1WVVA 4HPEA 139LA 1CJ6A 4NY5A 1L87A 2BQFA 1GE3A 1KXYA 5HMJA 2W1YA 4HJVA 237LA 1L57A 2XJWA 2RAZX 2ZYCA 3DMZA 1LSGA 3FI7A 4N0JA 4H1PA 1IWYA 235LA 162LA 1WTHA 2X0AA 218LA 2EKSC 5KXZA 2HEBA 257LA 1LYYA 1BWIA 3ZEKA 2RB0X 4WM3A 1FLUA 1L76A 4LDLA 1OVHA 1LMNA 4K5YA 115LA 1GE2A 2YVBA 189LA 1EQ4A 3W6FA 246LA 2Z2FA 1GBOA 1NWGA 3EXDA 1HMKA 4GCBA 2ZILA 4WM6A 5ILCA 1GF0A 261LA 1FBIX 2B6TA 1T8GA 3N9EA 4HV1A 1B7PA 2CWIA 127LA 4B4JA 138LA 3WVYA 1L46A 3C7YA 1LZ8A 1LJNA 1LI6A 4WLDA 3AGHA 2OU8A 1T8AA 1L68A 1KXXA 262LA 4OWCA 3VWOA 4TTDA 1L27A 3AGIA 2HEFA 5APCA 1L79A 160LA 3C80A 4XJHA 1NBZC 4CGEA 1LZAA 1L0KA 3GUMA 2DQFC 1L81A 3OK0A 1NMMA 3RT5X 4LYZA 1YL1X 4GCEA 2DBTA 4E3UA 2MECA 224LA 4RDSA 2DQEY 1L93A 3V2YA 4XADA 1IC7Y 1L97A 1LZEA 4WLXA 4DD7A 1KIQC 181LA 1EPYA 2Z38A 3HH5A 2G4PA 3D4SA 3N9CA 1VDTA 205LA 1L21A 3ODUA 1BB3A 1HMLA 1L96A 1ZV5L 2EIZC 5JENB 1LGUA 1L70A 226LA 3SBBC 1CU5A 4ETBA 128LA 3IJUA 4NGJA 1L63A 1BVKC 5F9XA 195LA 4WO9A 1CX6A 1L72A 1IWZA 1L49A 2FBDA 3HT8A 1C65A 2BQKA 2CJLA 4GN5C 4PGJB 1P3NA 1JHLA 250LA 3P65A 4OOOA 2F30A 3WUMA 4B0DA 2B75A 1FLWA 4W54A 4ET8A 4Z41A 1NDGC 4H91A 1G0JA 2HTXA 1C69A 188LA 1ZMYL 169LA 4WL6A 234LA 4IJ4A 4NFVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IP7 A;  3AGG G;  4DKL A;  1GE1 A;  1GE0 A;  5DLA A;  5KXX A;  2DQD Y;  1RCM A;  1OUG A;  1FLQ A;  1L41 A;  4B1A A;  8LYZ A;  2F32 A;  5HNC A;  3RU5 A;  4N1C C;  1L64 A;  1L06 A;  2Z12 A;  190L A;  1OUI A;  4EPI A;  3AZ7 A;  3DN4 A;  3AYQ A;  5D5C A;  1CV3 A;  248L A;  2I6Z A;  1IVM A;  2Y8P A;  1EQE A;  210L A;  2YBL A;  1KW5 A;  3G3B B;  1IWX A;  4H90 A;  5K7O A;  3HTB A;  1IO5 A;  1NHB A;  1L86 A;  2YBI A;  1WQR A;  4G4H A;  1L16 A;  1P6Y A;  1OWZ A;  1D6Q A;  5I4W A;  4QDN A;  217L A;  1HF4 A;  1LJI A;  1CV6 A;  1IWV A;  1C43 A;  1OYU A;  4NIJ A;  4TUN A;  3A92 A;  150L A;  1GD6 A;  3N9A A;  1F6S A;  2D4J A;  4RLN A;  3IJV A;  1PQJ A;  1L95 A;  1FKV A;  1XGQ C;  2B6X A;  6LZM A;  1QTV A;  3HH6 A;  1LZR A;  247L A;  1NKH A;  2NWD X;  1QTZ A;  4LYT A;  1HEP A;  2MEH A;  4HTK A;  1B7S A;  149L A;  1CV4 A;  1KY0 A;  1UC0 A;  3TXH A;  4CHX A;  1RE2 A;  201L A;  255L A;  4H9B A;  193L A;  3SB6 A;  4J1A A;  4N1E I;  5LXW A;  1LZS A;  1L62 A;  2MEA A;  1GEZ A;  4DQ5 A;  1CKF A;  3NYA A;  3GXR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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