1T97A

Use of sequence duplication to engineer a ligand-triggered long-distance molecular switch in t4 lysozyme
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
173
structure length
165
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSINAAKSELDKAINAAGANTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Use of sequence duplication to engineer a ligand-triggered, long-distance molecular switch in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 50
structure length 165
sequence length 173
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1t97A00
211LA 1T8AA 2RH1A 1L32A 1SWZA 1L03A 243LA 2Z6BA 2A4TA 139LA 2RBPA 1L08A 1DYAA 1D9WA 1NHBA 1L93A 1LYGA 1SX7A 158LA 163LA 257LA 200LA 1L35A 3OE9A 219LA 5LZMA 2Q9DA 1L10A 1CUPA 3F8VA 4I7QA 3DN4A 1L40A 162LA 255LA 1DYGA 233LA 1P5CA 1QTZA 1L28A 1LGUA 1C69A 3QAKA 222LA 143LA 1L47A 3DMXA 1CU6A 3HH5A 1L17A 223LA 2OE7X 1L51A 2LCBA 128LA 3DN8A 138LA 1JTNA 3F9LA 4W54A 1G0PA 4ARQB 1CV6A 4W59A 1CX6A 1D3JA 4OO9A 4ARPA 3GUMA 3CDQA 122LA 2O79A 3HWLA 1QUGA 1PQJA 1CV1A 1XEPA 2RBQA 182LA 2CUUA 1WTHA 197LA 1XJTA 2B6TA 3HU8A 1G07A 1G0GA 3LZMA 1L83A 3HT8A 2OE9X 1C68A 4EJ4A 3ODUA 115LA 108LA 2QB0B 167LA 2B7XA 131LA 1L16A 215LA 2B72A 1PQKA 1C65A 1L59A 1P64A 152LA 1C63A 3HTFA 1LI2A 2B6XA 3RZEA 4LDOA 1L84A 217LA 1P56A 1T8FA 4I7NA 237LA 1L71A 209LA 1L00A 248LA 245LA 4AQNA 1D3NA 3CDTA 1C6LA 4W55A 2OTZX 1LYDA 2LC9A 262LA 188LA 1L43A 171LA 1LLHA 1L48A 2B6YA 4LDEA 1C6KA 1DYDA 3C83A 1D3MA 2B75A 157LA 1L98A 2F32A 4I7JA 1L07A 183LA 1C67A 102LA 1CV0A 187LA 2RBRA 3V2WA 3GULA 178LA 2RBOA 3SB8A 221LA 146LA 1JQUA 199LA 1QT5A 3EMLA 192LA 1L58A 2RBNA 4S0WA 1C61A 2RAZX 2NTGA 1L14A 174LA 3GUIA 170LA 1L06A 141LA 1G06A 254LA 3DMZA 1D2YA 169LA 249LA 119LA 3HT7A 1L49A 206LA 3HDEA 1QS5A 1QSBA 1L90A 1L52A 4ARJA 3C8SA 1P6YA 1QUHA 232LA 4GBRB 1T97A 1L31A 1C64A 4ZPUA 3C8QA 3G3VA 181LA 1L01A 1L82A 1ZYTA 1L19A 1L87A 3L2XA 1L92A 3SB9A 3D4SA 1LYFA 4I7PA 151LA 1G0QA 1P46A 137LA 4W51A 1L66A 1LGWA 4ARLA 1QT4A 251LA 1L62A 1LYHA 1QTVA 3K2RA 148LE 2RB1X 3HUAA 201LA 4W57A 145LA 1P3NA 1CU2A 1L18A 1KS3A 1C6DA 1XJUA 1CU5A 114LA 1L41A 1L23A 1L73A 1SWYA 196LA 3RUNA 3VW7A 3HH3A 4EKPA 127LA 1KNIA 1L80A 4YXCA 1B6IA 1DYCA 1LWGA 2HUMA 1LYJA 4I7KA 1L44A 1C6AA 2IGCA 1L67A 210LA 1JTMA 3SBBC 1C66A 205LA 1C6IA 213LA 4I7SA 3HU9A 1QTBA 165LA 1L91A 3GUJA 126LA 1CV5A 4I7TA 5I14A 1L65A 3CDRA 3DKEX 1L53A 1L45A 1G0KA 1L27A 3C80A 259LA 120LA 1PQDA 3G3XA 3HT9A 1QS9A 1QTHA 1LW9A 2L78A 1L60A 1L86A 1QUOA 218LA 3C7ZA 1PQMA 3DN6A 1L81A 110LA 1L0JA 1LYIA 1L76A 4W52A 168LA 1SSYA 1DYEA 1OWZA 4I7LA 150LA 1L05A 1G1WA 1C60A 246LA 4DJHA 1C6NA 1CV4A 1L20A 261LA 125LA 166LA 2OU0X 1L13A 1C6JA 3CDVA 1TLAA 242LA 180LA 1CUQA 3SB7A 1L68A 1L72A 3NYAA 1OVKA 4GRVA 3GUPA 177LA 224LA 3HUKA 1C6HA 1KY0A 1L42A 3HH6A 1LWKA 4EKRA 1CU0A 241LA 4YX7C 4YXAC 1OVHA 238LA 156LA 3FI5A 159LA 250LA 4ARQA 1L30A 226LA 3C82A 228LA 118LA 1P2LA 212LA 140LA 1L34A 1L09A 1QTCA 1P2RA 1L69A 1C6EA 1L89A 1LPYA 1QUDA 1OWYA 252LA 2O7AA 1P7SA 4LZMA 3DN0A 2RB2X 1DYBA 3HH4A 1D2WA 1L70A 2OU9A 1L36A 1L77A 1LI6A 1L99A 2OE4X 1L0KA 4LDLA 1T8GA 3OE6A 1PQIA 2HUKA 3DN1A 4W53A 1CVKA 3SB5A 1G0MA 2RAYX 1CX7A 1D3FA 227LA 3GUOA 4E97A 1L94A 1L63A 2ANXA 225LA 4I7OA 4I7MA 109LA 3FA0A 1P37A 2ANVA 3G3WA 184LA 216LA 1SX2A 229LA 112LA 1KW5A 1L88A 231LA 4I7RA 3SBAA 6LZMA 1L02A 3CDOA 1L38A 1L24A 1L33A 3C8RA 2QARC 3NY8A 160LA 1CTWA 4ARMA 230LA 3SB6A 1T6HA 247LA 1C62A 2F47A 1L46A 3OE0A 1KW7A 1L55A 1QT7A 4EKQA 3HTDA 3HDFA 130LA 185LA 236LA 1SSWA 2LZMA 1L50A 1L25A 1L39A 173LA 172LA 1C6CA 2OU8A 244LA 190LA 4IAPA 1L95A 142LA 1L79A 1QSQA 3HT6A 4PJZA 198LA 1L97A 4PK0A 4DAJA 1QTDA 2NTHA 1L85A 3DNAA 1L29A 1C6MA 129LA 186LA 176LA 2B74A 2Q9EA 4EKSA 1K28A 239LA 1P36A 4W58A 1L12A 3NY9A 1C6BA 2B6WA 1ZWNA 2B73A 107LA 3HUQA 1L96A 1L04A 1PQOA 2RB0X 258LA 1G1VA 1C6PA 260LA 3C81A 4W56A 3JR6A 1L56A 1LI3A 1ZURA 1LGXA 2HULA 4EPFA 2B70A 1G0LA 1L57A 3PBLA 3FADA 2OTYX 144LA 1QT6A 111LA 1EPYA 155LA 214LA 147LA 220LA 1OV7A 3UONA 104LA 3HTGA 191LA 1C6GA 1L22A 1CU3A 1C6QA 234LA 1L54A 1OYUA 1L15A 240LA 256LA 1L26A 1KY1A 4ARMB 123LA 2F2QA 2OEAX 3DN2A 1QT3A 1G0JA 3GUKA 2O4WA 3C7WA 4DKLA 3PDSA 1OV5A 3L64A 4EXMA 4K5YA 235LA 7LZMA 3SN6R 3C7YA 1CV3A 2RBSA 1OVJA 1QT8A 3HTBA 1L21A 1L75A 1I6SA 1L11A 1LYEA 1C6FA 3V2YA 1C6TA 149LA 161LA 1L74A 253LA 175LA 195LA 1L64A 2B6ZA 1L61A 1L37A 189LA 3DN3A 3DMVA 113LA 103LA 3OE8A 164LA 3GUNA 1DYFA 4EPIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YBLA 1SWZA 243LA 5B59A 2NWDX 4HJYA 2X0AA 2A4TA 2RBPA 4B4EA 1LYOA 1L93A 1KIPC 257LA 4TUNA 4OOTA 4WM1A 1L40A 4XENA 1GBZA 1RE2A 1C46A 233LA 4XJHA 1QTZA 3LN2A 4OWHA 3HH5A 1L17A 2OE7X 1LZDA 4UWVA 2LCBA 1OUCA 3AGIA 1CKCA 3DN8A 2BQHA 5KXTA 4GCFA 5KXSA 1IR8A 4GN3A 2D4JA 5D5FA 4XN6A 2ZIJA 4HV2A 1MLCE 1GFHA 3HWLA 5KJ9A 1IOSA 1LHHA 1I1ZA 3CT5A 4NGWA 1UIAA 2CUUA 2PC2A 2DQAA 1G7HC 3LZMA 4B1AA 4PHIA 4WMGA 1B5VA 3HT8A 3ODUA 5I53A 1J1XY 5DL9A 2QB0B 1LHKA 1XEKA 2B72A 1YAPA 1LJJA 152LA 1C63A 3D3DA 1LI2A 1IOQA 4LDOA 237LA 209LA 1L00A 3WVYA 1D3NA 3CDTA 1ALCA 188LA 1L43A 1DPXA 1L48A 1UC0A 2B75A 157LA 1LZ1A 1ZV5L 1OUGA 5M1YA 5I4XA 146LA 1GBWA 199LA 1QT5A 2RBNA 1C61A 1D2YA 119LA 5ILFA 2LZTA 1L49A 1BWIA 206LA 1QS5A 1LZ4A 4I8SA 4ARJA 1GPQC 1P6YA 4DD3A 3TXKA 1IR9A 232LA 1T97A 3A6CY 4ZPUA 1UBZA 1IP1A 3C8QA 1D9UA 1ZVYB 1IP4A 1L87A 1L92A 1A4VA 3SB9A 1LYFA 1EQ5A 1GDXA 1G0QA 132LA 4WLXA 137LA 1CJ6A 4J1AA 5B1GA 4ARLA 251LA 5II3A 1QTVA 133LA 2RB1X 1LSPA 1P3NA 3W6BA 1UIEA 1C10A 1GF0A 1L41A 1SWYA 196LA 1LYZA 3HH3A 1YAOA 4FJRA 1LYJA 2MEGA 1BB7A 1L44A 4HJZA 4I7KA 1GE0A 2LHMA 5L3HA 4KL7A 205LA 1LMNA 4DD0A 4I7SA 3HU9A 1L91A 1GB6A 3AZ6A 1JJ3A 5I14A 1GEVA 4XJIA 1WQOA 1G0KA 1L27A 3C80A 1B7SA 3M3UA 2DBTA 1BHZA 1QTHA 1LW9A 1L60A 3B0KA 1QUOA 218LA 3C7ZA 110LA 4H8ZA 1L0JA 4W52A 1L76A 168LA 4PPOA 1OWZA 4I7LA 1L05A 1AZFA 2DQJY 246LA 4DJHA 1D6QA 125LA 1C6JA 1INUA 4LT2A 5FELA 1CUQA 1L68A 1C6HA 3B0OA 1LWKA 3N9EA 4HTQA 2HECA 1CU0A 1VAUA 1BGIA 2Z39A 2FYCA 4WG7A 4ARQA 159LA 226LA 3C82A 118LA 4FDYA 212LA 140LA 2G4PA 1L34A 1GE2A 1L69A 2ZYCA 1RI8B 2O7AA 1I56A 3DN0A 2RB2X 2IFFY 3W6FA 1YIKA 3LYZA 1GEZA 1T8GA 4P2EA 2HUKA 3DN1A 1N4FA 1RCMA 1G0MA 1T3PA 1CX7A 5LVHA 227LA 3GUOA 1LZAA 1RFPA 2EKSC 1LZBA 1L63A 2ANXA 1W08A 225LA 4I7OA 3TXFA 4E3UA 5HNLA 216LA 229LA 112LA 4LT1A 3SBAA 1PS5A 1L02A 3CDOA 1HFYA 1L24A 1LZRA 1GB0A 160LA 1CTWA 3SB6A 247LA 1IEEA 4IJ4A 3HBDA 1L46A 3OE0A 4N5RA 4H92A 1V7TA 4AGAA 2LZMA 3CT1A 1GDWA 2BLYA 172LA 4LYZA 5A3EA 1NMMA 4OWEA 2IHLA 5KXYA 3P65A 1GFAA 1VDQA 4GCDA 1CKGA 3AB6A 198LA 3AZ5A 4WO9A 1LSAA 1LZEA 1C6MA 1IWZA 4ETEA 2D6BA 4ETAA 4EKSA 1B0DA 4B49A 1LZTA 4LYBA 3NY9A 2B73A 107LA 1L96A 2LYMA 4ZIXA 5LYTA 5KXOA 1GAZA 5KXKA 2MECA 4W56A 1LI3A 1ZURA 2Z12A 4WL7A 4J0LA 1TCYA 2GV0A 1G7IC 155LA 1GWDA 1EQ4A 1LZ5A 2W1LA 2Z37A 3UONA 4CHXA 1VFBC 2F2NA 1GHLA 3WUAA 2CJLA 1SLYA 240LA 3IJUA 3N9AA 1OP9B 4ARMB 3DN2A 4PRQA 1SQ2L 2Y8PA 2Z2FA 2MEEA 5J7CA 3IJVA 4WM2A 2XBRA 4DKLA 3L64A 5APDA 1CV3A 3HTBA 1L21A 1B7PA 3TXGA 1C45A 5I4WA 4DDBA 4NSGA 2VB1A 4NGJA 5KKJA 3N9CA 103LA 164LA 1DI4A 3TMWA 4TX7A 1DYFA 1B7OA 3D9AC 2ZYPA 4NG8A 1L03A 3CSQA 1HMKA 139LA 1L08A 4DDCA 2LYZA 1FLWA 9LYZA 200LA 1L35A 3LZ2A 4R0FA 1FKVA 1LJFA 1NKHA 1L10A 1CUPA 3F8VA 3DN4A 1CKHA 255LA 5T3FA 1L28A 1C69A 2D4IA 2Z38A 3QAKA 1CU6A 1IVMA 223LA 2AUBA 1HENA 1LSZA 1JTNA 2XTHA 1QDTA 2Z18A 1LMQA 4G49A 1G0PA 4ARQB 1CV6A 1CX6A 122LA 1QUGA 4I0CA 1XEPA 2Q0MX 2RBQA 1IR7A 1LYYA 1LOZA 1G0GA 5FDJA 1HEPA 1IWUA 1LSGA 4G4BA 2BQBA 115LA 1GFRA 1LSYA 131LA 3A94A 1GF6A 1HNLA 2ZNXY 1L84A 1LZ9A 1GB5A 248LA 1GB2A 245LA 1IY3A 5B05A 2OTZX 1LYDA 1BB5A 3AJNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2YBL A;  1SWZ A;  243L A;  5B59 A;  2NWD X;  4HJY A;  2X0A A;  2A4T A;  2RBP A;  4B4E A;  1LYO A;  1L93 A;  1KIP C;  257L A;  4TUN A;  4OOT A;  4WM1 A;  1L40 A;  4XEN A;  1GBZ A;  1RE2 A;  1C46 A;  233L A;  4XJH A;  1QTZ A;  3LN2 A;  4OWH A;  3HH5 A;  1L17 A;  2OE7 X;  1LZD A;  4UWV A;  2LCB A;  1OUC A;  3AGI A;  1CKC A;  3DN8 A;  2BQH A;  5KXT A;  4GCF A;  5KXS A;  1IR8 A;  4GN3 A;  2D4J A;  5D5F A;  4XN6 A;  2ZIJ A;  4HV2 A;  1MLC E;  1GFH A;  3HWL A;  5KJ9 A;  1IOS A;  1LHH A;  1I1Z A;  3CT5 A;  4NGW A;  1UIA A;  2CUU A;  2PC2 A;  2DQA A;  1G7H C;  3LZM A;  4B1A A;  4PHI A;  4WMG A;  1B5V A;  3HT8 A;  3ODU A;  5I53 A;  1J1X Y;  5DL9 A;  2QB0 B;  1LHK A;  1XEK A;  2B72 A;  1YAP A;  1LJJ A;  152L A;  1C63 A;  3D3D A;  1LI2 A;  1IOQ A;  4LDO A;  237L A;  209L A;  1L00 A;  3WVY A;  1D3N A;  3CDT A;  1ALC A;  188L A;  1L43 A;  1DPX A;  1L48 A;  1UC0 A;  2B75 A;  157L A;  1LZ1 A;  1ZV5 L;  1OUG A;  5M1Y A;  5I4X A;  146L A;  1GBW A;  199L A;  1QT5 A;  2RBN A;  1C61 A;  1D2Y A;  119L A;  5ILF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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