1TDYA

Dissection of the functional role of structural elements of tyrosine-63 in the catalytic action of human lysozyme
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRWWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Dissection of the functional role of structural elements of tyrosine-63 in the catalytic action of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HUMAN LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Homo sapiens
total genus 50
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1tdyA00
3D9AC 1Z55A 3N9EA 1H6MA 3HBHA 4NSJA 1B5YA 2EQLA 2HEEA 1IOTA 1BB7A 1AT6A 1WVUA 1LZAA 4PGJB 4DD9A 4EOFA 3AJNA 1GPQC 4FDYA 1A4VA 4OWBA 4QEQA 4BADA 1XEKA 4LFXA 4DDCA 1YAPA 1IWWA 4R6CA 5KXMA 4OOOA 1BGIA 5B06A 1REYA 4B4EA 2BQEA 4KL7A 4BAPA 4GCDA 1T6VL 1C43A 1F6RA 1JISA 3AW6A 3M18B 3OJPA 4LYTA 4NSIA 3QNGA 4YEMA 1BB3A 3AZ5A 4H9CA 3TMWA 3TXDA 5C6LA 4DDAA 1LHLA 4Z98A 5JENB 1IWUA 1A2YC 1REZA 4BAFA 1GF3A 1WQMA 2IHLA 4WM4A 3TXEA 8LYZA 5F9UA 1XGQC 3WULA 5HNCA 4NGLA 1XGTC 1LZDA 4LT1A 3T36A 5DLAA 1B0DA 5FSTA 4GLAA 194LA 4ETCA 3A34A 1IY4A 3LZ2A 4NWHA 2G4NA 4IASA 1WQPA 2HU1A 1BQLY 2PC2A 4NSHA 1IEEA 2YVBA 4HV1A 2ZILA 2F2NA 4J1AA 5LAGA 2Z18A 4M6DA 1LJKA 1LTMA 2D4KA 2MEEA 2D6BA 3D3DA 1D6QA 3IJVA 3OK0A 6LYZA 2W1XA 5KXWA 4H9AA 4XJHA 5LXWA 4WLTA 1UA6Y 1I1ZA 1AZFA 1VFBC 3A8ZA 2W1YA 1JUGA 1YIKA 207LA 1LSPA 1VDPA 1GDXA 4WOAA 5F14A 1GF9A 1G7LC 3EXDA 4ETEA 3G3BB 1CKCA 2HEFA 4B49A 1HSWA 5T3FA 1F10A 3B0IA 1UIFA 1OUJA 4LYOA 1GAZA 4WG1A 1ZVYB 3AGGG 1OUHA 5F81A 4NGWA 5B59A 1IY3A 3CSQA 4IATA 1QIOA 5LINA 5D5FA 1PZYA 4HJYA 1CKFA 1EQ4A 4YM8A 5I54A 1INUA 4NY5A 4ZIXA 1JIYA 1LHKA 2LYZA 1LYYA 1DI3A 1GBXA 1LHIA 1LZ9A 1RCMA 3GXKA 4PRUA 2XBSA 2F4AA 1C45A 2FYDA 3CB7A 5IHGA 1JKDA 1B7RA 4TTDA 4YEOA 1IWYA 1LJJA 2BQMA 1CNSA 5KXNA 2BQDA 1LMOA 4UWVA 1YAOA 4XJBA 4AGAA 1IP3A 4MR1A 3WL2A 5KXXA 1IP1A 1D0MA 2ZWBA 4WM1A 2Z2EA 4XN6A 5M1YA 1E8LA 1GB2A 1QTKA 3RZ4A 2LYMA 3AW7A 3P4ZA 5LAFA 4WM5A 1NMMA 1PS5A 3AGHA 3KAMA 4W94A 1KIRC 1NBZC 1EQEA 5C6IA 1LHMA 5I4XA 1EQ5A 1G7JC 1LJ3A 1GXXA 3P66A 4IJ4A 3CSZA 4WO6A 3A3RX 1QTEA 4XJDA 1B5ZA 2LYOA 4R0FA 1CKGA 2F30A 1LZGA 2F4GA 3A67Y 4CFOA 132LA 1GWDA 1WQRA 1GBSA 1HMLA 4GCFA 5FELA 3IWRA 5HNLA 1ZV5L 4KPMA 1GFAA 1YAMA 1C7PA 1BWJA 1OP9B 3A3QA 1QQYA 2BQKA 5LVHA 1HHLA 1NDGC 2ZNXY 1TDYA 1GD6A 3N9AA 1BVKC 1IX0A 1DKKA 1BVXA 2HEAA 3N9CA 3TXFA 4BS7A 2CJLA 4H94A 4DD0A 4I8SA 3LYMA 1GFVA 2YDGA 5KY1A 1YROA 3A6CY 1LSGA 4NSGA 3WPLA 1NF5A 4H90A 4NIJA 5LA8A 2CDSA 2MEBA 1SQ2L 1VDTA 2C8PA 4WO9A 3GXRA 3RU5A 1IWTA 1F6SA 3B6LA 4B4JA 2YBMA 5E4PA 3RNXA 4Z46A 1GF4A 3LHMA 3WVYA 3A95A 3AZ4A 4C5FA 1B7QA 1YL1X 5LYTA 5FCPA 5B07A 1B7OA 1FLWA 4DD3A 4LGKA 4NHIA 1LSNA 2WARA 3ZEKA 1LSCA 1B5XA 2BQBA 4NGIA 5FHWA 1LYSA 1F0WA 1GF7A 2H5ZA 2H9KA 1B7SA 1UIBA 3WW6A 1LJ4A 4L41A 4DD7A 3CSRA 5B05A 3W6BA 3TMVA 1LJIA 2MEAA 5KXKA 1DI4A 1JJ1A 2ZQ3A 1GAYA 4EMNA 1IP7A 2RSCA 4H9IA 3BKHA 4N9RA 1GXV2 1XGRC 2D4IA 5LA5A 4ET9A 1I56A 4NGOA 1IR9A 1OUFA 1TAYA 1NKHA 2DQJY 4QDNA 1EL1A 4U3XB 3WPKA 4CHXA 1IP5A 5HLLA 1XSFA 4RDSA 1ZMYL 1OQMA 4NG8A 5DN4A 1DPWA 5I5QA 1YKZX 4Z3MA 2HEBA 1DQJC 1HERA 4NHSA 5L9JA 2BLYA 1RFPA 1LSAA 1GEVA 1LZCA 2Z19A 3A6BY 4LZTA 2N5ZA 1W6ZA 1NHEA 2BQHA 2LZ2A 1B5VA 1D0KA 4I0CA 4OWAA 1IOCA 1YL0X 2MECA 1VDQA 4XADA 3LYOA 1KIQC 4YENA 4LT0A 4WL6A 1IC7Y 2DKVA 5IDDA 1QSAA 2Z2FA 5LVIA 3TXKA 3W6CA 1GFTA 3LYTA 1MELL 1WQQA 1LZNA 2A7DA 4N5RA 2MEHA 1CJ7A 2BQGA 3WUNA 1LZRA 4TWSA 5KXOA 2CWIA 1HEMA 5A3ZA 3LYZA 3TMUA 4KXIA 2MEDA 2HTXA 3T6UA 1DKJA 4E3UA 5AMYA 3ZVQB 3MGWA 1GBOA 1GE0A 4J1BA 4OWCA 4OWEA 1FBIX 3QE8A 1UUZC 4GCBA 3AB6A 5LVKA 4HJVA 3VWOA 4NWEA 1OUDA 1LSEA 1UIEA 1HELA 1LJNA 3EMSA 1HSXA 4XJIA 5LVGA 2Q0MX 1GF0A 1IC4Y 1JWRA 1IIZA 1LKSA 1XGPC 1LHJA 1LYZA 3E3DA 3WU7A 3TXBA 5J7CA 5D5CA 1GE1A 1GBZA 5E9RA 4ETBA 1KIPC 1YQVY 1GB7A 4TUNA 5APCA 4FJRA 5B1GA 1LZ8A 134LA 4DDBA 1V7TA 5B1FA 4CFPA 1UBZA 1OUAA 4II8A 3M3UA 3AZ7A 1C08C 1HEWA 1GFJA 2MEFA 4YOPA 1FKQA 5APEA 3ATNA 1QDRA 1IORA 1VATA 1H87A 2H9JA 4W96A 2NWDX 2LHMA 3P64A 4AXTA 135LA 1D9UA 1LMNA 5KXTA 4N8ZA 1BB6A 3TXJA 5KXRA 2BQFA 1LZ5A 1OUBA 1GB8A 2HUBA 2W1LA 5KKJA 1AT5A 1J1XY 4ZEEA 3TXGA 1JKBA 1GB6A 2EKSC 1GB9A 5HMJA 3WU8A 3AYQA 1HMKA 1FLQA 1N4FA 4LYBA 4GCEA 2YBHA 5KXYA 3W6FA 4M4OA 4GN5C 1LMCA 1T3PA 1AM7A 1JITA 5KXZA 3TMXA 3W6EA 4NG1A 1GB0A 1LZBA 1GB3A 4HTNA 5KJ9A 1O23A 3CT5A 4H91A 4WMGA 2BAAA 4H9HA 4RW1A 1GFKA 1LJFA 5HMVA 1B2KA 4WLDA 1JSFA 5F16A 4WM3A 4ZFPA 1JHLA 2G4PA 1DXJA 4DD1A 4TSBA 1LZTA 1LHHA 1MLCE 1SLYA 4J7VA 1GHLA 1QUSA 3EBAB 3RW8A 1FLYA 3WW5A 1FKVA 4ETAA 4PPOA 1JJ0A 5A3EA 1JPOA 4DD2A 2XTHA 1LJHA 1OUCA 5FDJA 5I4WA 3WXUA 1DPXA 2FBBA 2ZNWY 1GBWA 4J0LA 1LOZA 1BB5A 3EO5A 1HNLA 1LZYA 5II3A 1LZ1A 5HQ1A 1G7IC 153LA 4KT3A 3HFMY 2YBNA 2Z39A 4H9BA 1B7LA 5ILFA 1CKDA 1XEJA 1HF4A 4WL7A 3W6AA 1IWVA 2BQCA 2G4QA 3B0KA 3ULRA 1ALCA 4XENA 4DT3A 1HEQA 1CJ8A 2YBLA 3J4GA 2YBJA 4MCKA 1B5UA 3ZVQA 4XJFA 5DN5A 1BB4A 1IP2A 4H9FA 3WMKA 1WQOA 1RJCB 3WVXA 1B5WA 4GCCA 1UIHA 4LYZA 4O34A 3WUMA 133LA 5F9XA 4D9ZA 3TXIA 1LSMA 4HPEA 4N1CC 1YANA 2Z38A 2B5ZA 1IOQA 1JTPL 3W6DA 1UIAA 4B4IA 1AKIA 3P68A 4N1EI 1YKYX 3WYHA 1YILA 2X0AA 1JTTL 4NFVA 1OUIA 1BWIA 4B1AA 3AZ6A 4OOTA 1LAAA 3HBDA 3SP3A 4WM6A 1C46A 1GFUA 2BQOA 3FE0A 1V7SA 3A94A 4ET8A 5L3IA 1GEZA 1TBYA 4NHPA 1LJEA 1NWGA 1D0LA 1GE3A 2DQDY 1IO5A 1G7MC 1FLUA 4NGZA 2BQIA 1REXA 2ZIJA 1VEDA 4RLNA 4G4BA 1YKXX 4NGKA 3RT5X 1LSDA 3B72A 4UWNA 3HBEX 4B0DA 4WLXA 1IOSA 1XEIA 1GFGA 2FBDA 4WM2A 5LVJA 4G9SA 1GDWA 2BPUA 1TCYA 4LYMA 4GN4A 2Y8PA 5EBHA 9LYZA 4TSCA 2ZIKA 1HC0A 1UIGA 2DQAA 2ZQ4A 5LIOA 2DQHY 208LA 1IR7A 1IP6A 1GFRA 1ZVHL 2I26L 4UWUA 5KXLA 5ILCA 4TX7A 2BLXA 1J1OY 2FYCA 5LYZA 1B7PA 1G7HC 1B9OA 1P2CC 3A93A 4H9EA 4ML7A 2MEGA 2MEIA 4WLYA 4HJZA 1QSWA 1LMTA 2W1MA 3CT0A 1IP4A 1NDMC 1W08A 4G49A 2EIZC 5KXPA 3TXHA 1BWHA 1YAQA 1UCOA 1LMPA 1UICA 4DC4A 1OUEA 1LZSA 2ZYPA 7LYZA 1CJ9A 3WH1A 4LFPA 6LYTA 1NQIA 4HV2A 2YSSC 3G3AB 1LYOA 1UC0A 3P65A 3B0OA 3A92A 1JKAA 1NBYC 1GF6A 1KXWA 2HU3A 1LZ4A 1WTNA 1CKHA 4H92A 1HEPA 1LSYA 2HEDA 1J1PY 1KXYA 4PHIA 3A90A 5LYMA 1HFXA 2DQCY 3BKVA 3QY4A 1DI5A 2XJWA 1JTOL 2BQLA 2CGIA 4HTQA 4QGZA 4XJGA 5L3HA 4H93A 3AGIA 1IR8A 1GE2A 1LSFA 3WU9A 1DZBX 1LPIA 1QDTA 2D91A 2DQGY 2Z12A 4NHTA 5I4YA 1JEFA 2XBRA 3W3EA 2I25L 2BQNA 5KKIA 1FDLY 2BQJA 4RLMA 1VAUA 4NEBA 4NGYA 3IJUA 5APDA 2ZYCA 4CGEA 1TEWA 1LZ6A 5C6JA 2HECA 2VB1A 4G4HA 4LYCA 5I53A 4YF2A 3CQLA 4ANRA 1D6PA 1B7NA 1WQNA 1LKRA 1HENA 1UACY 2C8OA 1IWXA 1GB5A 5IELA 1GF8A 4X3BA 2DQEY 1KXXA 1XFPL 3FI7A 4N0JA 4C3WA 4DWXA 4PRQA 1REMA 1IVMA 1WTMA 1LZEA 154LA 1CJ6A 2YBIA 3LZTA 4H8ZA 1B7MA 4NGVA 4LT3A 1LMAA 1GFEA 3J6KA 5APFA 2EPEA 4RW2A 1I20A 1C10A 4A7DA 2IFFY 4LT2A 3ATOA 1JKCA 3CT1A 1FN5A 1BHZA 1LJGA 3A96A 1GFHA 4Z41A 5K7OA 4H1PA 1HEOA 4HPIA 1GF5A 1XGUC 2GV0A 1LSZA 3LN2A 4GLVA 2I6ZA 5DL9A 5FEKA 3WPJA 1GBYA 4NGJA 1RI8B 1LSBA 2Z37A 4WG7A 5KXSA 4ETDA 1QUTA 1UIDA 4G4CA 4GN3A 2D4JA 3A91A 1VDSA 1RE2A 4MSTA 4P2EA 2A7FA 2AUBA 4QY9A 1JSEA 3WUAA 1JJ3A 4HTKA 1LCNA 5DM9A 2DQFC 4OW1A 4PJ2C 4OWHA 2DBTA 1GE4A 4HSFA 3WXTA 4DYGA 2LZTA 3F6ZA 4HP0A 1WVVA 1IWZA 4H8XA 3K3TA 4H8YA 4NHQA 1HFYA 1HFZA 4XYYA 1IC5Y 4CJ2A 1LMQA 1OUGA 193LA 2BQAA 2DQIY
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CUQA 3N9EA 158LA 3HBHA 1B5YA 1G1VA 4PGJB 1L45A 1A4VA 1LYDA 1KNIA 1L20A 1YAPA 4ARMB 1BGIA 1QT3A 4B4EA 2BQEA 4GCDA 1JISA 4YEMA 4LYTA 3TXDA 4DDAA 1IWUA 1L10A 4BAFA 4WM4A 3TXEA 1CV6A 1KW5A 1XGTC 2HULA 194LA 3LZ2A 1QUGA 1BQLY 2PC2A 1L46A 215LA 2F2NA 254LA 5LVHA 2Z18A 4M6DA 6LYZA 2D4KA 1D6QA 4EXMA 1SWYA 4WLTA 2B6ZA 1UA6Y 3NYAA 5LXWA 1LWGA 1VFBC 3SN6R 149LA 207LA 4WOAA 5F14A 3SB7A 3CDQA 4B49A 5T3FA 1F10A 4E97A 1CVKA 1UIFA 4WG1A 1GAZA 3AGGG 4DQ7A 146LA 1OUHA 5I14A 5B59A 1IY3A 103LA 4IATA 1PZYA 1CKFA 4NY5A 1GBXA 3GXKA 1RCMA 241LA 2L78A 2XBSA 2F4AA 248LA 2FYDA 5IHGA 1QTCA 1LJJA 5KXNA 1QUHA 3DN6A 3HH5A 3NY8A 1E8LA 1L12A 1C6MA 3AGHA 1ZYTA 4W94A 3HT6A 197LA 3C8RA 1EQEA 1EQ5A 1LYFA 3A3RX 1QTEA 1B5ZA 1C6HA 261LA 2LYOA 1CKGA 2F30A 1LI6A 3A67Y 132LA 1WQRA 3IWRA 1L86A 3A3QA 1QQYA 2BQKA 1TDYA 1L11A 1ZURA 4BS7A 4I8SA 1L94A 1OYUA 3SBAA 3G3VA 3WPLA 1L24A 5LA8A 1QT8A 2C8PA 4WO9A 1IWTA 3RNXA 1CX7A 1GF4A 4I7OA 3WVYA 3AZ4A 1B7QA 1YL1X 200LA 1L97A 5B07A 1FLWA 1B5XA 170LA 1L98A 2H5ZA 2RB0X 4DD7A 159LA 236LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3D9A C;  1Z55 A;  3N9E A;  1H6M A;  3HBH A;  4NSJ A;  1B5Y A;  2EQL A;  2HEE A;  1IOT A;  1BB7 A;  1AT6 A;  1WVU A;  1LZA A;  4PGJ B;  4DD9 A;  4EOF A;  3AJN A;  1GPQ C;  4FDY A;  1A4V A;  4OWB A;  4QEQ A;  4BAD A;  1XEK A;  4LFX A;  4DDC A;  1YAP A;  1IWW A;  4R6C A;  5KXM A;  4OOO A;  1BGI A;  5B06 A;  1REY A;  4B4E A;  2BQE A;  4KL7 A;  4BAP A;  4GCD A;  1T6V L;  1C43 A;  1F6R A;  1JIS A;  3AW6 A;  3M18 B;  3OJP A;  4LYT A;  4NSI A;  3QNG A;  4YEM A;  1BB3 A;  3AZ5 A;  4H9C A;  3TMW A;  3TXD A;  5C6L A;  4DDA A;  1LHL A;  4Z98 A;  5JEN B;  1IWU A;  1A2Y C;  1REZ A;  4BAF A;  1GF3 A;  1WQM A;  2IHL A;  4WM4 A;  3TXE A;  8LYZ A;  5F9U A;  1XGQ C;  3WUL A;  5HNC A;  4NGL A;  1XGT C;  1LZD A;  4LT1 A;  3T36 A;  5DLA A;  1B0D A;  5FST A;  4GLA A;  194L A;  4ETC A;  3A34 A;  1IY4 A;  3LZ2 A;  4NWH A;  2G4N A;  4IAS A;  1WQP A;  2HU1 A;  1BQL Y;  2PC2 A;  4NSH A;  1IEE A;  2YVB A;  4HV1 A;  2ZIL A;  2F2N A;  4J1A A;  5LAG A;  2Z18 A;  4M6D A;  1LJK A;  1LTM A;  2D4K A;  2MEE A;  2D6B A;  3D3D A; 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 1JEF A;  2XBR A;  3W3E A;  2I25 L;  2BQN A;  5KKI A;  1FDL Y;  2BQJ A;  4RLM A;  1VAU A;  4NEB A;  4NGY A;  3IJU A;  5APD A;  2ZYC A;  4CGE A;  1TEW A;  1LZ6 A;  5C6J A;  2HEC A;  2VB1 A;  4G4H A;  4LYC A;  5I53 A;  4YF2 A;  3CQL A;  4ANR A;  1D6P A;  1B7N A;  1WQN A;  1LKR A;  1HEN A;  1UAC Y;  2C8O A;  1IWX A;  1GB5 A;  5IEL A;  1GF8 A;  4X3B A;  2DQE Y;  1KXX A;  1XFP L;  3FI7 A;  4N0J A;  4C3W A;  4DWX A;  4PRQ A;  1REM A;  1IVM A;  1WTM A;  1LZE A;  154L A;  1CJ6 A;  2YBI A;  3LZT A;  4H8Z A;  1B7M A;  4NGV A;  4LT3 A;  1LMA A;  1GFE A;  3J6K A;  5APF A;  2EPE A;  4RW2 A;  1I20 A;  1C10 A;  4A7D A;  2IFF Y;  4LT2 A;  3ATO A;  1JKC A;  3CT1 A;  1FN5 A;  1BHZ A;  1LJG A;  3A96 A;  1GFH A;  4Z41 A;  5K7O A;  4H1P A;  1HEO A;  4HPI A;  1GF5 A;  1XGU C;  2GV0 A;  1LSZ A;  3LN2 A;  4GLV A;  2I6Z A;  5DL9 A;  5FEK A;  3WPJ A;  1GBY A;  4NGJ A;  1RI8 B;  1LSB A;  2Z37 A;  4WG7 A;  5KXS A;  4ETD A;  1QUT A;  1UID A;  4G4C A;  4GN3 A;  2D4J A;  3A91 A;  1VDS A;  1RE2 A;  4MST A;  4P2E A;  2A7F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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