1TLAA

Hydrophobic core repacking and aromatic-aromatic interaction in the thermostable mutant of t4 lysozyme ser 117 (right arrow) phe
Total Genus 60
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNFLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH6 (108-113)O1 (113-115)AH7 (115-123)AH10 (143-155)AH2 (39-50)AH4 (83-90)AH8 (126-134)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Hydrophobic core repacking and aromatic-aromatic interaction in the thermostable mutant of T4 lysozyme Ser 117-->Phe.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1tlaA00
1C64A 171LA 1SSYA 2HUMA 1SX2A 4K5YA 1QT4A 241LA 149LA 3K2RA 1L31A 2RBNA 4ARJA 1QS5A 1C69A 1L62A 1L28A 247LA 1L72A 1L79A 1JTNA 1WTHA 1L14A 2ANXA 198LA 1CTWA 4LZMA 1G0GA 1L24A 1OYUA 1SWZA 1CV4A 225LA 1L47A 2O7AA 1L65A 1L83A 219LA 251LA 3HH3A 2B6ZA 1L15A 145LA 3D4SA 1C6LA 1D3JA 3SBAA 183LA 3EMLA 1L99A 2B6XA 4W58A 220LA 1TLAA 1L17A 156LA 1C6DA 3GUIA 1G06A 3DN8A 1L50A 1JTMA 4PK0A 1CVKA 4ARPA 1PQKA 1L88A 1L67A 228LA 3C82A 221LA 1L71A 1L54A 3F8VA 1D3NA 2NTGA 3GUKA 3DN4A 1L38A 255LA 2B74A 1CV6A 1QTZA 1L37A 3GUPA 3C83A 217LA 3HTGA 1LYEA 2B75A 2RAZX 103LA 260LA 141LA 1NHBA 2LCBA 1L66A 4EJ4A 227LA 1L45A 118LA 161LA 1L46A 2CUUA 3V2YA 1L40A 1QUOA 1LYJA 164LA 2Q9EA 1L87A 244LA 215LA 1C63A 1L00A 4W53A 1L76A 110LA 4W57A 1C65A 3DKEX 1QT6A 2OTYX 1P2LA 4W59A 1QTCA 189LA 2RBOA 4EXMA 1L26A 3DMVA 1L51A 114LA 234LA 1L19A 1L23A 1PQIA 2OE9X 1L63A 2OEAX 1L30A 173LA 1KW7A 1L57A 5I14A 199LA 112LA 1L97A 1DYDA 1LWGA 243LA 3C81A 206LA 3CDTA 1L16A 158LA 2OE4X 157LA 1L39A 177LA 1C6NA 2B7XA 1C6AA 1P2RA 200LA 137LA 1L80A 4GBRB 4EKPA 1CU0A 123LA 1G0LA 1L12A 1L52A 259LA 1C6CA 2IGCA 113LA 1L49A 2HULA 3PDSA 1PQOA 3GUOA 3OE8A 213LA 1P46A 3VW7A 1T6HA 1C6FA 1D2YA 187LA 3CDVA 3HH6A 3HT6A 1L02A 1LI6A 1P5CA 3C8RA 184LA 1L53A 3UONA 181LA 2F2QA 1LYGA 1L96A 1CU5A 1L81A 175LA 3OE9A 2LC9A 4EPIA 1LGXA 1KS3A 3DN0A 102LA 1L55A 3GUMA 1P6YA 3NY8A 1L85A 262LA 3FADA 3OE6A 2OE7X 4LDOA 4I7OA 3HT7A 1I6SA 1D3FA 1OV7A 4W52A 4DAJA 1OWYA 197LA 1L01A 230LA 4PJZA 2B6TA 120LA 4OO9A 2ANVA 1L08A 210LA 4I7SA 4ARQA 167LA 3C7YA 4I7RA 248LA 3L2XA 129LA 211LA 4ARMA 1QUHA 1XEPA 1KY0A 2B6WA 1L25A 3C8QA 142LA 1XJTA 3HT8A 3HUQA 131LA 174LA 148LE 1C6JA 1OVKA 3HU8A 1CX6A 1C66A 2OU8A 1C6TA 3DN3A 1L93A 1L22A 4YXAC 2RH1A 3SB7A 1L48A 216LA 1QSQA 1C62A 2QB0B 3V2WA 2B70A 1KY1A 115LA 1CX7A 2OU0X 2RBRA 1LYHA 2RB1X 3HTFA 3C80A 3HU9A 3G3XA 4EPFA 2L78A 4LDEA 4GRVA 4W54A 1T8AA 1LGWA 2RBPA 1C61A 235LA 1L35A 257LA 1CV1A 169LA 3CDQA 3SBBC 3HUAA 3NY9A 1C6KA 109LA 162LA 245LA 1L11A 4I7JA 3HTDA 4EKQA 1L0KA 4ARLA 3DMXA 1L29A 1XJUA 159LA 1SSWA 214LA 1DYGA 1SWYA 152LA 107LA 1OWZA 1C6PA 1ZYTA 3CDOA 1OVHA 3SB9A 3QAKA 2F47A 205LA 1ZURA 119LA 1L90A 258LA 1DYBA 3DN6A 2RB0X 1C68A 4I7KA 1L03A 1C60A 240LA 4LDLA 1L70A 1L21A 125LA 111LA 3SB5A 3DNAA 127LA 238LA 1T97A 2O79A 236LA 1C6GA 3CDRA 1C6MA 253LA 4S0WA 1L42A 4YXCA 176LA 1L18A 3HH5A 185LA 4I7MA 1JQUA 249LA 3HTBA 4I7TA 1QTBA 3HH4A 2RAYX 2OTZX 155LA 138LA 3DN1A 3F9LA 2RBSA 1QSBA 1G0PA 1PQJA 1C6BA 201LA 1CUQA 4ZPUA 1L91A 1P37A 151LA 1D3MA 178LA 1L68A 1LPYA 1L32A 1L13A 3NYAA 237LA 1L69A 1G0MA 1G1WA 3G3VA 1CU6A 1L64A 1LYFA 4I7PA 196LA 3OE0A 1CUPA 7LZMA 1LI2A 1L75A 4W51A 256LA 146LA 1D2WA 223LA 1L44A 4DJHA 209LA 1L05A 1C6HA 2Z6BA 2HUKA 160LA 1L56A 3HUKA 1L92A 3PBLA 1LYIA 1CU3A 3HDEA 3SN6R 2Q9DA 1P36A 3DMZA 1OVJA 190LA 1L36A 239LA 232LA 3SB8A 147LA 1LGUA 1DYAA 252LA 1P64A 1L0JA 3C7ZA 4AQNA 166LA 1C67A 195LA 1QT5A 3GUJA 192LA 218LA 2A4TA 3C7WA 163LA 1L98A 144LA 226LA 250LA 1LYDA 3HT9A 1CU2A 1L34A 186LA 1LW9A 233LA 188LA 1DYCA 140LA 1L59A 1D9WA 1LLHA 1P3NA 3HDFA 1EPYA 1QT3A 1OV5A 229LA 3HWLA 150LA 4I7NA 126LA 1L10A 1G0QA 1CV0A 4ARQB 246LA 3C8SA 1LI3A 180LA 1L60A 3SB6A 2B6YA 4EKSA 261LA 4I7QA 2LZMA 2O4WA 4ARMB 2B72A 4YX7C 1L07A 1CV5A 1L86A 3FA0A 4IAPA 170LA 6LZMA 1QS9A 1QT8A 1K28A 108LA 1L27A 1G07A 1L43A 1QTHA 1QUGA 212LA 242LA 1PQDA 1C6QA 1G0KA 104LA 1L84A 128LA 165LA 4I7LA 1DYEA 3FI5A 2OU9A 1L20A 3L64A 1T8GA 4E97A 139LA 1L58A 1L74A 1C6EA 1L77A 3ODUA 168LA 4EKRA 1QT7A 224LA 182LA 3RZEA 1LWKA 1P56A 1P7SA 3G3WA 1PQMA 1KW5A 3LZMA 1L41A 231LA 3GULA 2B73A 1DYFA 1CV3A 1B6IA 1L73A 191LA 2QARC 2RB2X 1QTDA 3JR6A 1G0JA 222LA 4W56A 1L04A 122LA 1SX7A 254LA 5LZMA 1KNIA 172LA 1L33A 143LA 4DKLA 1L89A 3DN2A 130LA 3GUNA 2F32A 1L09A 1ZWNA 1G1VA 3RUNA 2NTHA 1L94A 1L82A 1QTVA 1QUDA 1L06A 1C6IA 1T8FA 4W55A 1L61A 1L95A 2RBQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WMKA 4YEOA 171LA 2HUMA 1LMOA 149LA 1LMTA 4DD2A 3A91A 1DXJA 1L14A 2LYZA 1CTWA 4LZMA 2W1YA 3HH3A 1LSFA 5KXPA 4XJHA 2G4QA 4G4HA 4WG1A 4PJ2C 1LSZA 5L9JA 1XGRC 8LYZA 2YBHA 1GBWA 3DN8A 2Z2FA 3N9EA 1A2YC 5KXKA 1RJCB 4NSJA 1WQMA 5E9RA 228LA 4J0LA 1VEDA 4WLYA 1L54A 4H9FA 3GUKA 2LZ2A 1HELA 1UACY 1INUA 3A6BY 3C83A 217LA 3HTGA 2B75A 1LOZA 260LA 1B7QA 1L66A 4HV2A 227LA 1FLQA 1L46A 1JKCA 1GBZA 4G49A 3CT5A 215LA 1L00A 1L76A 2HEFA 5F14A 3DKEX 2OTYX 3WYHA 1GB9A 1WQPA 1JKDA 2OE9X 2OEAX 1C43A 1KW7A 5KXLA 112LA 1LWGA 243LA 4HJVA 1LZCA 1B0DA 4CJ2A 1GD6A 1IWWA 5HNCA 1L39A 1NKHA 3A94A 1C6NA 2N5ZA 3WVXA 4BAFA 1L80A 4XJFA 2ZWBA 2D4IA 1HMKA 3AB6A 1QIOA 208LA 2YBIA 123LA 1G0LA 1IP5A 2IGCA 1IR7A 2ZYCA 3J6KA 1YROA 1PQOA 1LMCA 1T6HA 1D2YA 2FYCA 2MEDA 1HEPA 1L02A 181LA 4N5RA 5LAFA 1KS3A 3DN0A 1LSMA 3TMXA 1L85A 262LA 3FADA 1LPIA 3TXBA 3WPKA 2F30A 1PS5A 4LDOA 4I7OA 4Z98A 1W08A 1OWYA 4NHPA 1EQ5A 4OWBA 4XENA 167LA 4HSFA 4WL6A 211LA 2F2NA 1OUGA 5LYMA 3HBDA 1OP9B 1W6ZA 2B5ZA 1LZNA 3J4GA 3A95A 3WH1A 1TDYA 1GB2A 1C66A 1CKGA 3DN3A 2HU3A 1L48A 2C8OA 1C62A 1PZYA 4LYMA 1CX7A 2OU0X 3HTFA 1KIPC 3C80A 1REYA 4DQJA 4EPFA 1IP4A 1FLUA 4LDEA 4WM3A 1F6SA 1T8AA 1GF5A 4CFPA 257LA 3A3QA 4B49A 2G4NA 1C6KA 109LA 245LA 4EKQA 3TXDA 3DMXA 2DQHY 1DYGA 4UWVA 3QAKA 1LZBA 4NGOA 3B72A 1IR8A 3DN6A 1L03A 4LDLA 2ZILA 4NIJA 3TMUA 5LYTA 1IWYA 111LA 4WL7A 5I54A 3DNAA 5KJ9A 127LA 1QSAA 3CDRA 6LYTA 1HERA 253LA 176LA 1L18A 1LHLA 4B0DA 4J7VA 3HH4A 2RAYX 4RW1A 2OTZX 1GF0A 3DN1A 1UUZC 1I20A 3P66A 1C6BA 201LA 1CUQA 4II8A 4ZPUA 5FSTA 194LA 151LA 1LMAA 1KIQC 4XJBA 1L13A 237LA 1L69A 4WLXA 3N9CA 5DM9A 3G3VA 1CU6A 2HECA 3QY4A 1MLCE 4M4OA 1F0WA 4X3BA 1B5XA 4DD3A 223LA 1L44A 4LYBA 3E3DA 3TMVA 1C6HA 3T36A 1JJ3A 4H9HA 2MECA 2D91A 1WTMA 3CSZA 2HUKA 160LA 5KKIA 1BWIA 4PHIA 1DI3A 2DQIY 3PBLA 3HDEA 4PRQA 1P36A 4QY9A 1GHLA 1L36A 1OUDA 2FBBA 1LZAA 2DQDY 1DYAA 3BKHA 1L0JA 2BQGA 166LA 1C67A 195LA 192LA 218LA 2A4TA 163LA 250LA 3HT9A 1L34A 1LW9A 2BQCA 1QQYA 1GAZA 1L59A 1LZTA 2IHLA 1OV5A 4ZIXA 126LA 4H90A 2NWDX 1L10A 3LZ2A 1G0QA 1NF5A 4AXTA 1NWGA 246LA 180LA 1LSDA 1GEZA 3D9AC 1YL1X 2LZMA 1IWVA 1JJ1A 4YX7C 5I5QA 1LZ6A 242LA 1QUGA 3WU8A 1B5ZA 104LA 128LA 1WQOA 165LA 4I7LA 4B4IA 3A6CY 1T8GA 3L64A 3W6AA 4E97A 1JKAA 2Z38A 3HFMY 1L74A 2IFFY 2W1MA 4EKRA 2BQMA 1QT7A 5L3HA 4TX7A 3TMWA 1OUIA 3G3WA 1XSFA 1LSGA 1HEMA 1L41A 3GULA 1XGTC 1L73A 1GFRA 191LA 4DQ7A 2RB2X 1QTDA 3JR6A 1L04A 1UIGA 2F4AA 4ZEEA 5A3ZA 1BHZA 130LA 3GUNA 1GE1A 132LA 1L09A 2EKSC 1J1PY 1ZMYL 1KXWA 5KXMA 3RUNA 1L94A 4NSIA 4EOFA 5K7OA 5HMJA 4DT3A 5I53A 1CKCA 1YIKA 4K5YA 1QT4A 3K2RA 4GN5C 1VDPA 1L62A 1L28A 247LA 1LZEA 2DQAA 1JTNA 1WTHA 207LA 4NGJA 198LA 4CFOA 1WQNA 1JPOA 3P68A 1L24A 4Z3MA 1CV4A 225LA 1P2CC 4NGWA 2XTHA 1C6LA 183LA 1B9OA 1IC4Y 1G7LC 1TLAA 4KPMA 4QGZA 1L17A 1C6DA 3GUIA 5LA5A 1G06A 2FYDA 3IJVA 4Z46A 4LT0A 4NGVA 4ARPA 1GFAA 4XADA 4NFVA 1L38A 2Y8PA 3WPJA 1NDMC 1WVUA 2HUBA 4GCEA 1B5WA 1NHBA 3WXTA 2LCBA 4EJ4A 1JKBA 161LA 1LJNA 2CUUA 1JIYA 1JISA 2Q9EA 244LA 3CQLA 2D6BA 4D9ZA 1JTOL 5HNLA 1P2LA 2VB1A 1QTCA 1IEEA 1HNLA 4LYTA 2RBOA 1YKYX 3DMVA 1L51A 4GLAA 4LT3A 1L23A 1L63A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WMK A;  4YEO A;  171L A;  2HUM A;  1LMO A;  149L A;  1LMT A;  4DD2 A;  3A91 A;  1DXJ A;  1L14 A;  2LYZ A;  1CTW A;  4LZM A;  2W1Y A;  3HH3 A;  1LSF A;  5KXP A;  4XJH A;  2G4Q A;  4G4H A;  4WG1 A;  4PJ2 C;  1LSZ A;  5L9J A;  1XGR C;  8LYZ A;  2YBH A;  1GBW A;  3DN8 A;  2Z2F A;  3N9E A;  1A2Y C;  5KXK A;  1RJC B;  4NSJ A;  1WQM A;  5E9R A;  228L A;  4J0L A;  1VED A;  4WLY A;  1L54 A;  4H9F A;  3GUK A;  2LZ2 A;  1HEL A;  1UAC Y;  1INU A;  3A6B Y;  3C83 A;  217L A;  3HTG A;  2B75 A;  1LOZ A;  260L A;  1B7Q A;  1L66 A;  4HV2 A;  227L A;  1FLQ A;  1L46 A;  1JKC A;  1GBZ A;  4G49 A;  3CT5 A;  215L A;  1L00 A;  1L76 A;  2HEF A;  5F14 A;  3DKE X;  2OTY X;  3WYH A;  1GB9 A;  1WQP A;  1JKD A;  2OE9 X;  2OEA X;  1C43 A;  1KW7 A;  5KXL A;  112L A;  1LWG A;  243L A;  4HJV A;  1LZC A;  1B0D A;  4CJ2 A;  1GD6 A;  1IWW A;  5HNC A;  1L39 A;  1NKH A;  3A94 A;  1C6N A;  2N5Z A;  3WVX A;  4BAF A;  1L80 A;  4XJF A;  2ZWB A;  2D4I A;  1HMK A;  3AB6 A;  1QIO A;  208L A;  2YBI A;  123L A;  1G0L A;  1IP5 A;  2IGC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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