1TLAA

Hydrophobic core repacking and aromatic-aromatic interaction in the thermostable mutant of t4 lysozyme ser 117 (right arrow) phe
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNFLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Hydrophobic core repacking and aromatic-aromatic interaction in the thermostable mutant of T4 lysozyme Ser 117-->Phe.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1tlaA00
3SB9A 166LA 1CTWA 1C61A 1QT4A 3UONA 1PQDA 1L31A 1D3MA 1PQOA 1C6FA 3HH4A 185LA 1C6KA 147LA 2B6WA 1C6QA 220LA 2RBPA 1L43A 183LA 1OYUA 4I7OA 2ANVA 3HU9A 1L89A 2F47A 3C7WA 128LA 3HT8A 3LZMA 215LA 218LA 222LA 3DN2A 1L32A 4I7RA 1G1VA 255LA 1P56A 1G0MA 4ARPA 1LYDA 3SB8A 4W55A 1L73A 1OV5A 1L52A 1L02A 257LA 210LA 1L56A 3JR6A 229LA 1CU0A 2O79A 160LA 3DKEX 4PK0A 1L13A 3V2WA 1L01A 1P2LA 1L37A 4AQNA 3HUAA 4EKSA 1KY1A 1P36A 3GUKA 1L41A 3CDVA 1CU6A 1OVJA 4DAJA 1L23A 142LA 1L98A 1KNIA 4EPFA 1LWGA 4ARQA 251LA 138LA 1P5CA 1C6NA 102LA 2A4TA 1WTHA 261LA 2OTZX 1L59A 1LGXA 2ANXA 1L21A 3HH3A 1P3NA 1C6MA 184LA 2RH1A 3G3XA 1L12A 174LA 4YX7C 1C65A 156LA 4W57A 1L42A 1LLHA 248LA 3HDEA 2RBRA 1DYEA 1QUGA 1L86A 4I7LA 1L83A 1ZYTA 2B75A 254LA 119LA 1L20A 2B74A 224LA 3HTDA 2LZMA 137LA 1CV3A 1L36A 4I7KA 1L97A 155LA 1L87A 1CV0A 1T8AA 3OE9A 262LA 1L57A 1L48A 2F2QA 2OE9X 1G0GA 3HT9A 1OVKA 1L81A 214LA 1T6HA 1L26A 182LA 1C6DA 1T97A 2QB0B 3CDQA 1PQMA 2B6TA 4YXAC 1L34A 4ARJA 1DYGA 3ODUA 1OVHA 1CV6A 3SBBC 2O7AA 109LA 145LA 1L54A 1L10A 1P46A 1L45A 1LWKA 3HTFA 1DYDA 1L30A 3G3VA 4I7TA 2OU8A 235LA 3CDRA 175LA 3GUNA 165LA 2QARC 2OEAX 1L70A 1LI6A 118LA 3DMZA 3HUQA 1OWYA 3K2RA 1ZWNA 4GRVA 3L64A 3HWLA 4EKRA 205LA 1C6PA 1JQUA 3SB5A 1L67A 3CDTA 1C6TA 4ARMB 227LA 3QAKA 1C66A 4ARQB 6LZMA 1L49A 1L06A 180LA 211LA 1L69A 3C82A 125LA 1ZURA 1L60A 152LA 144LA 1SSWA 1L50A 4DKLA 2Q9DA 1CV1A 178LA 1L38A 1L47A 187LA 219LA 2OE4X 2RB2X 3GUMA 1L09A 157LA 1L96A 2OU9A 1L51A 1P7SA 5LZMA 1L72A 1G0LA 3L2XA 3GUOA 1L08A 1G0JA 4I7SA 1L46A 1P64A 237LA 4YXCA 223LA 140LA 150LA 1D2WA 253LA 2B6XA 2B6YA 2LC9A 1LYEA 226LA 1QSBA 234LA 1LGUA 158LA 1QS5A 244LA 1L19A 1XJTA 1C69A 1CU3A 1L27A 3CDOA 149LA 1KS3A 1DYFA 1L29A 1C67A 1L35A 1L90A 1L92A 110LA 162LA 129LA 4I7QA 228LA 3SB6A 213LA 246LA 2B72A 1QTHA 1P2RA 3RUNA 3V2YA 4PJZA 1L66A 1D3JA 1SWZA 3GUPA 1OWZA 1L53A 1C6AA 4W58A 1L91A 3D4SA 201LA 1L28A 1PQIA 4LDOA 112LA 1LPYA 1L15A 233LA 3C81A 2RBNA 2RBQA 225LA 123LA 2RBOA 4EKPA 127LA 173LA 3HH6A 242LA 188LA 231LA 1XEPA 1SX7A 3HTBA 1L44A 5I14A 1L07A 3SB7A 1QTCA 130LA 3HDFA 239LA 249LA 146LA 3OE8A 2RB0X 1I6SA 1L85A 3DN8A 3HT7A 170LA 3OE6A 3C7YA 1CV4A 4ARLA 236LA 1B6IA 1G07A 3EMLA 198LA 3C8RA 1CUPA 1L62A 3PBLA 1L84A 163LA 1L61A 4W54A 3HH5A 1PQKA 176LA 1PQJA 2OTYX 3GULA 4LDLA 1G0PA 3SN6R 3NY9A 1L99A 1P37A 1TLAA 169LA 245LA 143LA 131LA 1QT7A 4IAPA 2IGCA 2NTGA 171LA 2B6ZA 1L82A 192LA 1QTVA 1L94A 3DMVA 3OE0A 209LA 3DNAA 3G3WA 1OV7A 1P6YA 2LCBA 1L74A 1L14A 3C8QA 7LZMA 3F9LA 3SBAA 177LA 3DN0A 1LYFA 1C6IA 1CVKA 1SX2A 1D9WA 1CX6A 181LA 4I7JA 1SWYA 1KW5A 122LA 2HUKA 1CV5A 1CU2A 151LA 139LA 1G0KA 1L0JA 4LZMA 4LDEA 199LA 1QTDA 1QUOA 196LA 1JTNA 1L0KA 216LA 250LA 2RAZX 164LA 4S0WA 3NY8A 168LA 1L05A 1L18A 1C6LA 2B73A 238LA 2F32A 1KW7A 1L11A 115LA 1G06A 1LYIA 1L65A 1D3NA 1C60A 1L40A 221LA 4EJ4A 1L75A 3RZEA 256LA 1DYBA 230LA 260LA 1CU5A 3C80A 1L16A 212LA 3GUIA 104LA 1C6CA 1C62A 1L63A 2B70A 200LA 206LA 259LA 2CUUA 1C63A 4K5YA 243LA 1C6BA 2HULA 4OO9A 1QTBA 103LA 1LI3A 2Q9EA 186LA 111LA 3HU8A 3C83A 1G0QA 4I7PA 141LA 1LYJA 3DN4A 4DJHA 1DYCA 4ARMA 1LI2A 4E97A 4ZPUA 1EPYA 2O4WA 1C6GA 1L04A 4EXMA 120LA 1QUHA 1L25A 1L68A 2OE7X 2Z6BA 189LA 113LA 1L79A 3NYAA 3VW7A 1KY0A 161LA 247LA 1QUDA 1LYHA 3HTGA 1CX7A 1L71A 114LA 1QS9A 2B7XA 1C64A 1QTZA 3PDSA 1L00A 1T8GA 1NHBA 4EKQA 3DMXA 1T8FA 4W52A 2RB1X 3HT6A 2HUMA 3HUKA 240LA 1L88A 172LA 252LA 1QT3A 3FADA 1L77A 1L39A 148LE 232LA 4GBRB 3GUJA 195LA 1L64A 2L78A 190LA 258LA 4W56A 159LA 1DYAA 2NTHA 3DN3A 1D3FA 3C7ZA 1L17A 1L03A 1C6EA 126LA 1C6JA 4W59A 1L55A 1LW9A 4W53A 167LA 3DN6A 3DN1A 1L24A 1JTMA 1K28A 1L33A 2RBSA 1L95A 3FI5A 1QSQA 1LYGA 1D2YA 2RAYX 4EPIA 2OU0X 1L76A 241LA 108LA 107LA 1L93A 1QT8A 1L58A 1XJUA 3FA0A 3C8SA 3F8VA 1L22A 4I7MA 197LA 1C6HA 1QT5A 1SSYA 1CUQA 191LA 4I7NA 4W51A 1L80A 1QT6A 217LA 1G1WA 1C68A 1LGWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SB9A 4BAFA 2C8PA 3UONA 4ZEEA 1HEMA 1L31A 4IJ4A 1PQOA 1VATA 3LZ2A 1XEKA 3WW6A 1JTTL 1NDMC 2BLYA 1GF4A 3AZ7A 1L89A 4UWVA 4H9EA 5K7OA 1HEOA 1L32A 1G0MA 2G4NA 4UWNA 4OWBA 2BQKA 1L52A 3GXKA 4WLDA 210LA 3QE8A 229LA 1GEZA 2ZYCA 2O79A 4ETAA 160LA 3DKEX 4PK0A 3V2WA 2XTHA 1CJ6A 2Z38A 4WM1A 1P36A 5LVJA 1UA6Y 4DAJA 1NWGA 5II3A 4WM4A 5E4PA 251LA 3A96A 1B7OA 1LGXA 3HH3A 5LIOA 2F30A 5F9UA 1T6VL 1YL1X 156LA 1C7PA 4W57A 1NHEA 1QUGA 4AXTA 4YOPA 4DQ5A 3AW7A 3G3BB 5D5CA 3HTDA 2Z19A 1LZ4A 1L97A 1LHMA 2ZQ3A 1D9UA 3OE9A 1JTPL 4DD1A 1L48A 2F2QA 5KJ9A 3CDQA 1LHJA 4YXAC 5FEKA 4ARJA 1LZNA 1DYGA 3ODUA 2YBLA 1CV6A 2O7AA 2MEGA 3AZ5A 3HBHA 1WQPA 3EXDA 3HTFA 2HEEA 4ETBA 3G3VA 3AYQA 4I7TA 4TSCA 3TXDA 1LZ5A 1XFPL 1DPXA 1J1PY 3WH1A 1L70A 118LA 4MR1A 2A7FA 1GBXA 3CSZA 1AKIA 4G4CA 1GXV2 2MECA 1H6MA 1VEDA 1C6TA 2XJWA 3T6UA 8LYZA 4ARQB 4YEMA 1LHKA 125LA 144LA 4OOOA 4DKLA 4PHIA 3TXFA 4LFPA 1L47A 5I4WA 4DD2A 219LA 2RB2X 1RFPA 5I5QA 3GUMA 5D5FA 4WM3A 1IC4Y 5LZMA 1HENA 3P68A 134LA 5LVKA 1VAUA 4I7SA 4HSFA 5C6JA 5F9XA 237LA 4YXCA 1D2WA 4DDCA 3A94A 244LA 1LGUA 1JHLA 4LYMA 1L19A 1GF3A 1C69A 1REYA 3CDOA 1GD6A 2HU1A 5KXZA 3W6AA 1GFKA 1C46A 3EMSA 4GN4A 3CT1A 4I7QA 228LA 213LA 3WUMA 4N1EI 2LYZA 3GUPA 1HEQA 1JJ3A 1IP5A 2EIZC 5IELA 2Q0MX 1F10A 1PQIA 1LJEA 3D3DA 1L15A 5DN4A 3CT0A 1O23A 3RNXA 3WW5A 154LA 4EKPA 123LA 2BAAA 2YBIA 1B7RA 127LA 4Z98A 188LA 1XEPA 3G3AB 5L3HA 4HTNA 1L07A 2RB0X 3DN8A 3HT7A 5B05A 1HFXA 1HEPA 1CJ9A 2YDGA 4H8XA 3WXTA 3EMLA 1AM7A 1DI5A 1L62A 4PJ2C 1BB7A 3HH5A 4DWXA 4NGZA 1PQJA 1XGPC 3GULA 1P37A 143LA 131LA 3P64A 2IGCA 2HEAA 3A67Y 2Y8PA 1I1ZA 192LA 2LYOA 3EO5A 4H8ZA 2MEEA 3G3WA 1RCMA 2LCBA 4RDSA 1L74A 1L14A 3F9LA 3IJUA 2H5ZA 177LA 3DN0A 1C6IA 135LA 4TSBA 1D9WA 3D9AC 1CX6A 1V7TA 1OUDA 2BQFA 1SWYA 1KW5A 122LA 1LYOA 139LA 4HTQA 1T3PA 1GWDA 2DKVA 2YSSC 4DD3A 216LA 2D91A 4D9ZA 4NG1A 1KIPC 3FI7A 1C6LA 2F32A 1L11A 3A8ZA 1G06A 3LYMA 1LYIA 1D3NA 1FKVA 1C60A 1L40A 4O34A 4EJ4A 3ATNA 256LA 230LA 3WULA 2MEIA 1B2KA 3P4ZA 4W94A 4GCDA 1W08A 4K5YA 1NF5A 1LSDA 2D4JA 5F81A 243LA 3BKHA 1JKAA 4GN3A 2ZIJA 1LI3A 2Q9EA 1WVUA 1LSYA 111LA 4PRQA 4HJYA 1NBYC 5HLLA 1GBSA 1B7MA 5F16A 2GV0A 5APDA 2LZ2A 1BQLY 1LI2A 4E97A 4ZPUA 2NWDX 1EPYA 1L04A 1LZGA 120LA 2Z6BA 189LA 1JEFA 4HV1A 161LA 1QUDA 1LYHA 1IP6A 2B7XA 1C64A 1T8GA 1NHBA 4EKQA 5KY1A 3HUKA 4H9FA 172LA 3FADA 1TAYA 148LE 2CGIA 3KAMA 1QDTA 232LA 4H92A 3GUJA 195LA 2EKSC 5I54A 5KXLA 159LA 1DYAA 5KXOA 3C7ZA 4YM8A 1C6EA 1B5UA 4NGYA 1LZAA 4W59A 1YILA 3VWOA 1LJIA 1L55A 167LA 9LYZA 4GCEA 4H94A 3FI5A 1UACY 4GCFA 1LYGA 1OUEA 4EPIA 5B06A 5JENB 4LYBA 108LA 3P65A 1L22A 3TMUA 1SSYA 1QT6A 2ZNXY 3WL2A 4DQJA 1C68A 3WVXA 1WQQA 1XEIA 1GBZA 1CTWA 5A3EA 1QT4A 1GFUA 1V7SA 1WQNA 1D3MA 1LZDA 1OUFA 4U3XB 3HH4A 185LA 1C6KA 1XGTC 1YAPA 2RBPA 3HU9A 1LZ1A 2I6ZA 2MEDA 4I0CA 3DN2A 222LA 1LYYA 4H91A 1G1VA 4II8A 1J1OY 1LYDA 257LA 3E3DA 4XYYA 3ATOA 3K3TA 4KXIA 4MSTA 1I20A 4HV2A 3LYTA 4EKSA 5C6LA 3GUKA 4NG8A 1L41A 3CDVA 1CU6A 1KIRC 1L23A 1GBYA 1L98A 4PRUA 4J1AA 133LA 1Z55A 1DI3A 1P5CA 2BQDA 1OUAA 2OTZX 1C6MA 3AZ6A 3G3XA 174LA 1DKKA 1G7JC 2HU3A 2IFFY 1FLWA 1C65A 1RE2A 4H93A 1UIHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3SB9 A;  4BAF A;  2C8P A;  3UON A;  4ZEE A;  1HEM A;  1L31 A;  4IJ4 A;  1PQO A;  1VAT A;  3LZ2 A;  1XEK A;  3WW6 A;  1JTT L;  1NDM C;  2BLY A;  1GF4 A;  3AZ7 A;  1L89 A;  4UWV A;  4H9E A;  5K7O A;  1HEO A;  1L32 A;  1G0M A;  2G4N A;  4UWN A;  4OWB A;  2BQK A;  1L52 A;  3GXK A;  4WLD A;  210L A;  3QE8 A;  229L A;  1GEZ A;  2ZYC A;  2O79 A;  4ETA A;  160L A;  3DKE X;  4PK0 A;  3V2W A;  2XTH A;  1CJ6 A;  2Z38 A;  4WM1 A;  1P36 A;  5LVJ A;  1UA6 Y;  4DAJ A;  1NWG A;  5II3 A;  4WM4 A;  5E4P A;  251L A;  3A96 A;  1B7O A;  1LGX A;  3HH3 A;  5LIO A;  2F30 A;  5F9U A;  1T6V L;  1YL1 X;  156L A;  1C7P A;  4W57 A;  1NHE A;  1QUG A;  4AXT A;  4YOP A;  4DQ5 A;  3AW7 A;  3G3B B;  5D5C A;  3HTD A;  2Z19 A;  1LZ4 A;  1L97 A;  1LHM A;  2ZQ3 A;  1D9U A;  3OE9 A;  1JTP L;  4DD1 A;  1L48 A;  2F2Q A;  5KJ9 A;  3CDQ A;  1LHJ A;  4YXA C;  5FEK A;  4ARJ A;  1LZN A;  1DYG A;  3ODU A;  2YBL A;  1CV6 A;  2O7A A;  2MEG A;  3AZ5 A;  3HBH A;  1WQP A;  3EXD A;  3HTF A;  2HEE A;  4ETB A;  3G3V A;  3AYQ A;  4I7T A;  4TSC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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