1UIAA

Analysis of the stabilization of hen lysozyme with the helix dipole and charged side chains
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Fluctuations in free or substrate-complexed lysozyme and a mutant of it detected on x-ray crystallography and comparison with those detected on NMR.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Gallus gallus
total genus 49
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1uiaA00
1B5YA 153LA 3RW8A 3F6ZA 1A2YC 1LZ5A 1LYYA 4DD7A 3WUAA 1AT5A 4RDSA 1LMAA 4GCEA 1HMLA 3WU7A 1NWGA 3WXTA 3TXBA 1FLUA 2HUBA 2H9JA 1UIFA 5FHWA 1HEPA 1LMTA 1XEKA 1JTTL 3AGGG 3TMWA 1KXXA 1GFEA 1LZ6A 2Z18A 1GE3A 3FE0A 3N9EA 1LJIA 4NHIA 5B1GA 1VFBC 2ZQ3A 3RU5A 1CJ7A 5F9XA 1G7IC 2YBHA 4N1CC 4CGEA 1QIOA 3N9AA 1GFGA 3W6EA 2F4AA 4CJ2A 3ZVQA 2YSSC 4NGYA 3VWOA 3GXKA 4G4HA 1GBSA 3ATNA 1IP1A 1LHIA 1HF4A 1LHJA 5L3IA 1REYA 4CFPA 1VDSA 5KXXA 4CHXA 3AB6A 1HMKA 1UIHA 4B4EA 4WLTA 3WH1A 2IFFY 2BQNA 1G7JC 4TX7A 4R0FA 1LHKA 1IVMA 1GF5A 1XSFA 3P68A 1LSPA 1UACY 4GN5C 3B0KA 4DYGA 1W08A 5II3A 1GF4A 1RE2A 5KXMA 1JITA 4ET8A 4IATA 1RI8B 3HBEX 4H9BA 3GXRA 1WQNA 1JKCA 4H1PA 1LJJA 4P2EA 1WQOA 2N5ZA 1MLCE 1OUIA 1DZBX 3AJNA 2EKSC 4WO6A 4H9AA 5T3FA 2W1MA 3QE8A 1EQ4A 1YROA 5LVIA 3W6AA 1LZBA 1B7SA 4NFVA 3WPLA 1WTMA 2FBDA 5HMVA 4HSFA 3TMVA 1RCMA 4DC4A 1FBIX 1GB6A 5B59A 3BKHA 4H8XA 5KKJA 1LYSA 2MEGA 4YF2A 2XBRA 3TMUA 3W6CA 3TXHA 2EIZC 4G4BA 1JKDA 5K7OA 4L41A 4N8ZA 4WG7A 2F30A 2DQCY 3SP3A 4DD9A 4B4JA 4IJ4A 5KY1A 1D6PA 1GE4A 1OP9B 1WQPA 1OUCA 2C8PA 3IJVA 2PC2A 1NBZC 1GD6A 1XGTC 4WLXA 5LVJA 4ET9A 1BWIA 4OWAA 4WM6A 1GB0A 4WM1A 2NWDX 5DM9A 5KXZA 4C3WA 5B06A 1QUTA 3LZ2A 1GF6A 2A7DA 1UIGA 2HEDA 1IIZA 4LYCA 5FEKA 4M4OA 5KXYA 4HJVA 1LZ8A 4WM2A 1XGUC 3LHMA 4X3BA 4DD3A 4H90A 1J1XY 5L3HA 3J6KA 1HFZA 4HV2A 5HNLA 4LT1A 1SQ2L 2ZIKA 4KPMA 2MEIA 2YDGA 4R6CA 4DDCA 1LJGA 4DD2A 1LZTA 2FYCA 1GF3A 1BQLY 1GFJA 1IP7A 1OQMA 1HC0A 4E3UA 4LYTA 1KXWA 1LJ3A 4UWVA 3A91A 1UCOA 4NGJA 3WL2A 1WVUA 1HFXA 5C6JA 4KL7A 2Z12A 2DKVA 4ZIXA 2MEBA 1ZV5L 1B5VA 1C45A 4WM5A 5M1YA 1XFPL 2AUBA 2YBJA 3A6BY 3B6LA 4J1BA 1LZ9A 2Y8PA 4NSGA 7LYZA 5LAFA 4MCKA 4J7VA 4YEOA 2W1XA 2Z19A 4WL7A 1BB5A 1QDTA 3M18B 5LVKA 2BQDA 1HNLA 1JSEA 3CSQA 3B0IA 2Q0MX 2BQGA 4J1AA 2XJWA 1BWHA 4PHIA 5C6LA 1C46A 5E9RA 1XGPC 4NWHA 8LYZA 1PS5A 4YENA 1UIAA 2DQGY 2GV0A 3TMXA 3WVXA 4NGVA 2DQDY 3WMKA 1C10A 1LPIA 5DN5A 1LHLA 1YIKA 3W6DA 2BQLA 4NGIA 1XEIA 2CJLA 4GCFA 4XYYA 9LYZA 3OJPA 3TXJA 1HHLA 4WLDA 2DBTA 1IOCA 5KXKA 1NMMA 5IHGA 2HEAA 193LA 1GDWA 1GBZA 3RNXA 2LZ2A 3D9AC 2RSCA 1GF0A 3P65A 4UWNA 4B4IA 4GN4A 4N9RA 2MEHA 1WQMA 5C6IA 3WW6A 3AZ6A 4NHPA 1B5XA 1GFUA 1YQVY 2BLXA 3LYOA 4H8YA 3WU9A 5LYTA 2ZNXY 5KXRA 1JJ0A 4GCCA 4WLYA 3A92A 5KXSA 1YANA 5KJ9A 1WQQA 1HENA 4U3XB 1DPXA 5A3EA 6LYZA 5HMJA 4OWCA 3P66A 1IP2A 2CWIA 1J1PY 1J1OY 1UIBA 1LSCA 5KXPA 5LINA 1FN5A 1HSXA 1GB7A 3AZ5A 5DN4A 2FBBA 4HP0A 5APFA 5LAGA 3AGIA 3T36A 4TSCA 4HV1A 4W96A 2Z39A 4XJHA 3ZVQB 3TXEA 4H94A 3RZ4A 1JTPL 4RW1A 3P4ZA 4NSIA 1JJ1A 5LA5A 2EPEA 3MGWA 4NIJA 1YKZX 4WM4A 5J7CA 3E3DA 1AM7A 1B5UA 1LZDA 1CNSA 1OUFA 1GHLA 3CT5A 1LJNA 1GFVA 1HFYA 3CQLA 4TTDA 4PRQA 4OOOA 1B7QA 1TCYA 1VEDA 3CT1A 1GWDA 1LSDA 4QGZA 1IX0A 4LYOA 5LYMA 3CSRA 2HU1A 4O34A 133LA 1GFRA 1DI4A 4LT0A 1JJ3A 4WL6A 1TEWA 4J0LA 4TWSA 1JHLA 3WULA 4DD0A 4H9HA 4NG1A 1XGQC 2YBIA 4ANRA 4LT2A 4NG8A 5APDA 3W6FA 1LZRA 4WO9A 4LT3A 4B1AA 1IP5A 1YILA 5F16A 2BQAA 5APEA 5HQ1A 1FKVA 1LZCA 3B72A 4G49A 4H9EA 4ML7A 1B7MA 1D0MA 1GAYA 1T3PA 3AW7A 1IWYA 4LGKA 5KXOA 4OWHA 1IP6A 2G4PA 3WYHA 1IP3A 4BS7A 5I54A 5APCA 1B7LA 4DT3A 2Z38A 3A93A 5JENB 1D6QA 4A7DA 5LVHA 1Z55A 3RT5X 1LZSA 5FSTA 4ETCA 1C7PA 4YM8A 4LYZA 1QUSA 1G7HC 1KIQC 2H5ZA 2X0AA 1XEJA 4M6DA 5KXTA 4G9SA 4HTKA 1IC4Y 4NHSA 5ILCA 4OWBA 207LA 1WTNA 5L9JA 1AKIA 1BVKC 4GCBA 3TXGA 4WM3A 1P2CC 1TBYA 2LHMA 1LJHA 3A6CY 1IR9A 132LA 5HLLA 1FLYA 2LYMA 4DWXA 3CB7A 1A4VA 1PZYA 1CKCA 1GB9A 4GLAA 1NDMC 2D4JA 1BGIA 3IWRA 4KXIA 1GXV2 4EMNA 1LHHA 4GLVA 4ETEA 1TAYA 1GBWA 3IJUA 1F6RA 2F4GA 3A3QA 4XN6A 1CJ8A 1INUA 1EQ5A 3LYZA 154LA 2F2NA 1NKHA 3BKVA 3EO5A 5KXNA 4C5FA 2DQEY 1BB4A 1IEEA 1DKKA 1LTMA 3QY4A 4II8A 4UWUA 5E4PA 1LYOA 3WPKA 1LSNA 4XENA 4CFOA 2BQJA 3T6UA 3WU8A 4DD1A 3EBAB 3WXUA 1F0WA 4NGOA 4Z41A 1NDGC 1JTOL 3WW5A 1D9UA 5KXLA 2HEEA 2D6BA 4FDYA 3WVYA 2HECA 3A8ZA 3WUNA 1V7SA 4B0DA 1IC5Y 3EXDA 1BHZA 4BADA 1FLQA 4WOAA 2I25L 4QEQA 5IELA 3LYTA 4PRUA 1LZ1A 1JIYA 4LYBA 4ETAA 1N4FA 2MEEA 4MR1A 1YAQA 4Z46A 2I26L 2ZYCA 1G7MC 4NGLA 4ETDA 4MSTA 4NHTA 4NY5A 1JSFA 1LKSA 3TXKA 1UA6Y 4RLMA 1B5WA 1IORA 2MECA 1REZA 1E8LA 4LYMA 2W1LA 1LJFA 4AGAA 3M3UA 2Z2FA 4B49A 1GF9A 1IY3A 3TXFA 1I20A 4NWEA 2A7FA 4OOTA 4GN3A 2G4NA 4XJIA 1DI3A 2HU3A 2D4KA 1KXYA 1IWZA 1JUGA 1GFKA 5B1FA 1GE2A 5LIOA 1T6VL 1B0DA 1HSWA 1QTKA 1C43A 1CKFA 1GBYA 1GEVA 1JEFA 1MELL 4IASA 4KT3A 2MEFA 3A67Y 1B7PA 1DI5A 4NGZA 5D5CA 1OUBA 5FELA 1NHEA 1FDLY 3K3TA 1B5ZA 1CJ6A 1DQJC 5I5QA 1RFPA 1IOSA 1OUHA 1REXA 1UC0A 1YL1X 2CGIA 1YKXX 2IHLA 4HJZA 1LYZA 4AXTA 1GB3A 1SLYA 4TUNA 1LSFA 3A34A 3AZ4A 1OUEA 5I4WA 1GFAA 4XADA 4XJDA 1LMOA 1QTEA 1LAAA 1IOTA 1EQEA 1HELA 3HBHA 1BWJA 1LSAA 1WVVA 2YBNA 4EOFA 1B7RA 1I56A 1I1ZA 3TXDA 2ZWBA 1LJKA 2BAAA 4ETBA 6LYTA 2LZTA 4ZEEA 2DQIY 3HFMY 1AT6A 1QDRA 1CJ9A 2Z37A 2HEFA 1JWRA 3W6BA 4XJFA 1ZMYL 4N1EI 2YVBA 2H9KA 1LHMA 1HEMA 1ZVHL 1IOQA 1LCNA 1IR8A 1H87A 1GXXA 1JPOA 1LJEA 4BAPA 1IO5A 1FLWA 2MEDA 3TXIA 2I6ZA 2Z2EA 1YAMA 1CKGA 3ZEKA 1GFTA 4FJRA 4RLNA 1UIDA 1F6SA 1IWUA 4HJYA 4PPOA 5AMYA 2HTXA 1CKHA 2ZYPA 1KIPC 1LMCA 4HPIA 4DDAA 1H6MA 2BQHA 4XJBA 5F14A 5DLAA 4QDNA 1DPWA 1LZGA 4NHQA 2DQAA 1LSZA 2ZQ4A 1GAZA 5IDDA 5FDJA 3A90A 4W94A 1LZYA 1LSEA 2EQLA 2BLYA 4LFXA 1B7OA 1QQYA 2ZNWY 3EMSA 5FCPA 4ZFPA 1V7TA 2XBSA 2CDSA 1LMPA 1LZEA 3LZTA 5F9UA 2BQEA 1GEZA 3CT0A 3LN2A 3LYMA 4YOPA 1RJCB 2WARA 1LSMA 1GB8A 2C8OA 3KAMA 4DDBA 1AZFA 1IWXA 1BVXA 4NSJA 4PJ2C 2FYDA 4HPEA 4H92A 1HEWA 1VDTA 1LZ4A 3HBDA 1GE0A 1G7LC 3OK0A 2MEAA 3G3AB 3AW6A 4NEBA 3G3BB 1BB6A 3A3RX 5DL9A 3A95A 1DKJA 1LJ4A 1IWTA 1OUGA 1YAOA 2DQHY 3D3DA 4N0JA 4OW1A 1LOZA 1YKYX 1OUJA 1LMNA 2DQJY 4NGKA 5B07A 5I4YA 2BQOA 1OUDA 3ATOA 1D0LA 1QSAA 2BQBA 3CSZA 3B0OA 1YAPA 4GCDA 1JISA 3AZ7A 3W3EA 1FKQA 1REMA 2ZILA 3A94A 1D0KA 1LSBA 1W6ZA 1IC7Y 2LYZA 2YBLA 1BB7A 4D9ZA 1VATA 1NQIA 5HNCA 2D4IA 1GB2A 2BQMA 2LYOA 1DXJA 3WPJA 1UICA 1VAUA 4PGJB 1TDYA 4H91A 1F10A 4OWEA 1CKDA 2BQIA 4H9FA 4NSHA 4NGWA 1GF8A 208LA 5D5FA 5I53A 1LMQA 1GBXA 2D91A 1IY4A 135LA 5F81A 4TSBA 1GFHA 1NF5A 1GPQC 3N9CA 3J4GA 4H9CA 2BQCA 1YL0X 4HTQA 1LZAA 3P64A 4WG1A 2B5ZA 1HERA 4BAFA 5LVGA 1QSWA 4RW2A 1JKBA 1GDXA 1NBYC 3ULRA 5LYZA 1LKRA 134LA 194LA 1EL1A 5LA8A 2XTHA 1WQRA 4WMGA 2BPUA 1IWWA 1LSYA 4H9IA 4HTNA 5I4XA 2G4QA 1BB3A 4QY9A 1JKAA 1IP4A 1B9OA 5EBHA 2W1YA 1GB5A 4H8ZA 1XGRC 1UUZC 1B2KA 4Z98A 2DQFC 4N5RA 4I8SA 1B7NA 1VDPA 3A96A 1OUAA 1UBZA 1ZVYB 1KIRC 4LFPA 1UIEA 4YEMA 1VDQA 1GBOA 1IWVA 2BQFA 5KKIA 2BQKA 1HEQA 1LZNA 3WUMA 1IR7A 2ZIJA 4G4CA 3AYQA 1GE1A 2HEBA 1LSGA 1HEOA 3QNGA 5KXWA 2VB1A 5B05A 1O23A 3FI7A 4LZTA 4I0CA 1GF7A 2YBMA 4XJGA 5A3ZA 1C08C 4Z3MA 4H93A 1ALCA 3AGHA 5ILFA 5LXWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3F6ZA 1KW7A 4RDSA 1HMLA 1LMTA 1JTTL 1L95A 1LJIA 1LI3A 1VFBC 3RU5A 2YBHA 1QSBA 244LA 3GUIA 1QIOA 3C8QA 3ZVQA 189LA 1L86A 182LA 216LA 145LA 1LHIA 1LHJA 1L72A 2B6YA 162LA 2RBSA 1HMKA 4I7OA 4I7LA 243LA 4R0FA 3V2WA 1IVMA 1GF5A 5II3A 1GF4A 1RE2A 5KXMA 1JITA 1MLCE 5T3FA 1LZBA 3D4SA 1WTMA 205LA 2FBDA 1RCMA 1GB6A 1C6AA 1QT6A 4H8XA 1EPYA 4YF2A 1CU5A 3W6CA 1JKDA 2F30A 1L56A 1G0GA 4I7PA 4DD9A 196LA 4IJ4A 1D6PA 1NBZC 1GD6A 3HH6A 2OE9X 1BWIA 5B06A 2Q9DA 2HEDA 1IIZA 104LA 241LA 5KXYA 1OV5A 1LZ8A 4DD3A 4X3BA 5L3HA 1L64A 5HNLA 1L38A 1L17A 1LZTA 1C64A 1GF3A 3A91A 1UCOA 1HFXA 252LA 2B75A 115LA 4J1BA 2Y8PA 1CU3A 3LZMA 2RBOA 4W56A 1C6MA 2W1XA 2Z19A 4WL7A 5LVKA 3B0IA 2Q0MX 3HTGA 4I7RA 3HDFA 3UONA 209LA 2GV0A 3HH5A 3WVXA 3WMKA 5DN5A 3W6DA 3DN4A 4XYYA 1SSWA 1L45A 173LA 5KXKA 193LA 1C6DA 1GBZA 3RNXA 3D9AC 2RSCA 1L0KA 1GF0A 4UWNA 2B6XA 1WQMA 3AZ6A 1L75A 1DYAA 1L74A 1PQKA 2BLXA 4H8YA 3WU9A 1LYEA 4WLYA 2B73A 1QTDA 3SB6A 2HUMA 4U3XB 1DPXA 3SB5A 5HMJA 3P66A 1IP2A 2CWIA 1J1PY 5DN4A 5APFA 3AGIA 164LA 4HV1A 257LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B5Y A;  153L A;  3RW8 A;  3F6Z A;  1A2Y C;  1LZ5 A;  1LYY A;  4DD7 A;  3WUA A;  1AT5 A;  4RDS A;  1LMA A;  4GCE A;  1HML A;  3WU7 A;  1NWG A;  3WXT A;  3TXB A;  1FLU A;  2HUB A;  2H9J A;  1UIF A;  5FHW A;  1HEP A;  1LMT A;  1XEK A;  1JTT L;  3AGG G;  3TMW A;  1KXX A;  1GFE A;  1LZ6 A;  2Z18 A;  1GE3 A;  3FE0 A;  3N9E A;  1LJI A;  4NHI A;  5B1G A;  1VFB C;  2ZQ3 A;  3RU5 A;  1CJ7 A;  5F9X A;  1G7I C;  2YBH A;  4N1C C;  4CGE A;  1QIO A;  3N9A A;  1GFG A;  3W6E A;  2F4A A;  4CJ2 A;  3ZVQ A;  2YSS C;  4NGY A;  3VWO A;  3GXK A;  4G4H A;  1GBS A;  3ATN A;  1IP1 A;  1LHI A;  1HF4 A;  1LHJ A;  5L3I A;  1REY A;  4CFP A;  1VDS A;  5KXX A;  4CHX A;  3AB6 A;  1HMK A;  1UIH A;  4B4E A;  4WLT A;  3WH1 A;  2IFF Y;  2BQN A;  1G7J C;  4TX7 A;  4R0F A;  1LHK A;  1IVM A;  1GF5 A;  1XSF A;  3P68 A;  1LSP A;  1UAC Y;  4GN5 C;  3B0K A;  4DYG A;  1W08 A;  5II3 A;  1GF4 A;  1RE2 A;  5KXM A;  1JIT A;  4ET8 A;  4IAT A;  1RI8 B;  3HBE X;  4H9B A;  3GXR A;  1WQN A;  1JKC A;  4H1P A;  1LJJ A;  4P2E A;  1WQO A;  2N5Z A; 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 4RLN A;  1UID A;  1F6S A;  1IWU A;  4HJY A;  4PPO A;  5AMY A;  2HTX A;  1CKH A;  2ZYP A;  1KIP C;  1LMC A;  4HPI A;  4DDA A;  1H6M A;  2BQH A;  4XJB A;  5F14 A;  5DLA A;  4QDN A;  1DPW A;  1LZG A;  4NHQ A;  2DQA A;  1LSZ A;  2ZQ4 A;  1GAZ A;  5IDD A;  5FDJ A;  3A90 A;  4W94 A;  1LZY A;  1LSE A;  2EQL A;  2BLY A;  4LFX A;  1B7O A;  1QQY A;  2ZNW Y;  3EMS A;  5FCP A;  4ZFP A;  1V7T A;  2XBS A;  2CDS A;  1LMP A;  1LZE A;  3LZT A;  5F9U A;  2BQE A;  1GEZ A;  3CT0 A;  3LN2 A;  3LYM A;  4YOP A;  1RJC B;  2WAR A;  1LSM A;  1GB8 A;  2C8O A;  3KAM A;  4DDB A;  1AZF A;  1IWX A;  1BVX A;  4NSJ A;  4PJ2 C;  2FYD A;  4HPE A;  4H92 A;  1HEW A;  1VDT A;  1LZ4 A;  3HBD A;  1GE0 A;  1G7L C;  3OK0 A;  2MEA A;  3G3A B;  3AW6 A;  4NEB A;  3G3B B;  1BB6 A;  3A3R X;  5DL9 A;  3A95 A;  1DKJ A;  1LJ4 A;  1IWT A;  1OUG A;  1YAO A;  2DQH Y;  3D3D A;  4N0J A;  4OW1 A;  1LOZ A;  1YKY X;  1OUJ A;  1LMN A;  2DQJ Y;  4NGK A;  5B07 A;  5I4Y A;  2BQO A;  1OUD A;  3ATO A;  1D0L A;  1QSA A;  2BQB A;  3CSZ A;  3B0O A;  1YAP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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